2J7GA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methyl acetic acid-substituted glucoimidazole
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 177
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7gA00
3VX1A 4YN5A 4PRWA 1LLOA 4HOXA 3L2LA 4UFJA 4URIA 3GBDA 1K9TA 2CIPA 5M3WA 2PWGA 3AZRA 1GQIA 3ARRA 2G3IA 3PZOA 3RM9A 1UH4A 1JXKA 1XV8A 5BYWA 4A4AA 4PYSA 1KR0A 3BC9A 5D9PA 5I23A 3DYMA 4AD3A 2J25A 3RM4A 4HOZA 5DO8A 3RDKA 4B3LA 1UH2A 1ZBCA 2E9BA 3SCRA 1KXHA 2PC8A 3NYDA 4AD4A 2W61A 1HJUA 1J10A 1HL9A 7CGTA 3QR3A 1UZ4A 3BLKA 1C7SA 5FL0A 3WH8A 3WEOA 1E6NA 5A1AA 3LPFA 4UQCA 2V5DA 3M6DA 1E6SM 3NSMA 3W81A 1BVNP 1HL8A 1H41A 3UG4A 4CN1A 1CXKA 3WF4A 4GZIA 3WDHA 1R85A 3AMDA 2ZXQA 5BXSA 4BQ3A 1VEMA 3GH4A 1WO2A 1H3GA 4XX6A 4TVCA 4R5EA 2D3NA 1MXGA 4B9ZA 1TA3A 1JYXA 1QI0A 5A6JA 1RP9A 3BAXA 2VRJA 2J7DA 3NDYA 1WP6A 2YBTA 2D20A 3A4XA 2ZIDA 4MPKA 1W1PA 1HNYA 3W38A 3WDRA 2DSVA 2W91A 1SYTA 1EDTA 4X0VA 3CZJA 4AIOA 4JKLA 1FOBA 5CQ1A 1H2JA 3VD9A 3CGTA 4UFMA 2ZX9A 5HNNA 4QCFA 4JKKA 4HMDA 1NARA 1ZL1A 2XSAA 1UR8A 2QPSA 3BCFA 3WQVA 1TFVA 1LWHA 1LQ0A 3GNRA 2ZX7A 1CLXA 4IUGA 3SURA 1ISWA 1U33A 4W8AA 1NP0A 2ZUMA 2WVSA 3VPLA 1ZU8A 1E5JA 4PEEA 2JF7A 1JNDA 1BYAA 1LWJA 1QNOA 3BXWA 1LL4A 2J74A 1DWIM 3RO8A 4W8BA 3WUFA 2WMFA 4AZGA 4CD4A 4F9DA 5I0DA 4OOZA 1Z32X 1JAKA 1XSKA 4PUEA 3U5YA 2D0FA 4PTXA 1Q6CA 1VEPA 2BHUA 3T08A 2V5CA 1J12A 2F2HA 1K6AA 2ZX5A 4MJ2A 2XM1A 2UY3A 4W88A 3OG2A 2J47A 3EDKA 3GTNA 2O9OA 2WANA 5JIPA 2DSWA 1KQYA 5I3DA 2PI6A 4JIEA 3FHAA 1X6LA 1D2KA 1OCQA 2O9TA 4AZHA 4D71A 4ZENA 1CXHA 4JFWA 1Q6GA 3MUAA 4F9JA 5D4YA 1JD7A 1C93A 5EMYA 1FP8A 2DEPA 4U5IA 1EOKA 2DSZA 3TTYA 3W82A 4MTVA 4R27A 3QHMA 4BA0A 1MQQA 1EQCA 4B16A 3DYOA 1FHDA 4P8UA 3IJ7A 2V3FA 2WHLA 1E0VA 1B3WA 5EB8A 3AOFA 3VGGA 1QW9A 4QP0A 3LPPA 4GPNA 1C3FA 3WY1A 4MB1A 2ZXAA 3WEMA 2AOSA 1B30A 1OIFA 3OA5A 4XZBA 4B9YA 1EH9A 2Y8VA 4ZEPA 2VX5A 2CITA 4P7QA 3KWXA 4U5KA 4HP5A 3GH7A 1FH8A 2E8YA 1E4NA 4J3UA 1MQPA 3VIOA 1J0IA 1XGZA 3CZEA 1IZJA 1NWRA 2J7CA 4XV0A 2J78A 1CBGA 3GH5A 1SMDA 2CXGA 1D7FA 5IDIA 3KE0A 1PX3A 4BQ4A 2PWDA 3WF2A 2BVYA 1FP9A 1H0GA 2FH6A 1E0WA 4V2XA 4E4PA 1UH3A 2XVNA 5JIWA 3BSGA 1NP2A 1EDGA 2J7FA 1UWUA 1H09A 5CXPA 1YHTA 2GFTA 1E71M 4EE9A 1E0XA 2Y5EA 4GZEA 1MYRA 3B9DA 3KL0A 2G3JA 1UD5A 3IJ9A 3AROA 2E9MA 2JEQA 4MAZA 2GDVA 4YPJA 1HJXA 1KWKA 1UD6A 2JIWA 4PMRA 1UWRA 4P8VA 3CUIA 3BMWA 4QLJA 1RD6A 2O9PA 4WK9A 4TX6A 1GZJA 2FGZA 5GPRA 4IPNB 2XFFA 4XUYA 8CGTA 4Q7NA 5A6KA 1JFXA 1UKTA 2YIHA 4F79A 5D9MA 2D2OA 5AC5A 2E4TA 3NSNA 4LPCA 2VZVA 3SUTA 3FAXA 3ZSTA 3AHXA 1VJSA 3UG5A 4HPHA 4UFKA 5I79A 1BG4A 2WVVB 4GINA 3WQ6A 4HA1A 1XHGA 1UD3A 2YA0A 3MS8A 1BPLB 1UUQA 1E6PA 1B9ZA 5E70A 3L2MA 3VD7A 3AISA 2VZUA 4Z2HA 1LG1A 4NSBA 5FD0A 1UD2A 1PPIA 3QHNA 4XZWA 1E1FA 1Q6DA 1ITCA 1E73M 4MNLA 3WD0A 1HKKA 3VIJA 3AMCA 1UR9A 1SR0A 1CXFA 1J0HA 1US2A 2A3BA 3W53A 2BVTA 5GNZA 1I1XA 1JFHA 1R86A 3ZT7A 1GVYA 5IFTA 3GXIA 5A94A 4OJYA 3VDBA 1E70M 1EHAA 2YA1A 3CHDA 4BCEA 2WXDM 2X8RA 5I77A 2WNWA 3CIVA 5IHRA 1OB0A 1VBUA 1JIBA 1NWUA 4UTFA 2PBOA 3ZM8A 5BXTA 1PZ3A 3WH6A 5HPOA 2HVMA 2BS9A 2ZUNA 4AISA 3VUPA 5A6AA 1UKSA 2EXOA 4U31A 4AD0A 3WD3A 1TUXA 4FLQA 4CU7A 4WKFA 3G6LA 1D3CA 1ZBVA 5BRQA 2VX6A 2ESCA 3BAKA 3POHA 3ARTA 2WC3A 3SUWA 3EMCA 3N1AA 1UQYA 1JGIA 2OSYA 3CZLA 3FXYA 3AS3A 2XIIA 1TR1A 3BAIA 3WBEA 4U3CA 2CCRA 1JYVA 1ECEA 1XCWA 3ZR5A 3VMPA 1PZ2A 2QPUA 1JF6A 1H11A 2QLYA 2C7FA 2EPMX 3N04A 2UY4A 3WKZA 5CPQA 3WNLA 3MKKA 1VEOA 4W7VA 1WE5A 3RPMA 3AZSA 1KB3A 4MB5A 5CGMA 4AD5A 2WCAA 1K9EA 3WMSA 1TA3B 3UEQA 1OGGA 1V0KA 2VUYA 2Z1SA 3CMJA 5CG0A 3VDHA 1MW0A 1O7AA 1QVBA 2J8GA 4AEEA 4UOZA 3AICA 3WNKA 3AHVA 3KZSA 5D9OA 2X09A 4LYPA 4M29A 2PF0A 5A2BA 2ZWYA 4MNKA 5EFDA 4UNIA 2UWFA 3VVGA 4PN2A 5A69A 3U57A 4DUXA 5DF0A 2JE8A 1PIFA 1V6YA 2VNCA 4PMXA 5TD4A 3L4ZA 4S3JA 1W3LA 3CHCA 1PIGA 8A3HA 2E40A 5ECUA 4JFVA 4AY1A 4WJXA 1PBGA 4FK9A 1VF8A 4PTMA 1R7AA 4OBRA 4UR9A 4TUFA 3WH5A 9CGTA 2ZUTA 3WQ5A 1WZKA 1VB9A 3LMYA 4E8DA 3L4UA 1DWHM 4JHZA 3W4RA 2WKGA 1VFMA 5CGTA 2V3DA 1UD4A 2WB5A 4Y7EA 1IZKA 2J62A 2W63A 1W1TA 3WD2A 3T0DA 3CUHA 4M82A 5AY7A 2VQUA 1WDSA 3QHOA 1WZAA 2EPOA 1J18A 3O9NA 3W28A 3OLEA 3VGFA 2O92A 1KGWA 4ZFMA 3FHQA 3AXHA 1CDGA 4UZUA 3VM5A 1GVIA 1LJYA 3CUJA 5A3HA 5A8NA 3U5UA 3AIEA 1QBBA 1ITXA 1W3KA 3GM8A 3UR8A 3CHEA 4U2YA 5BXRA 2VL4A 2YOCA 1JF5A 1HKMA 1QI3A 1M03A 3W26A 3BCDA 3WBAA 5I5RA 4W89A 1TG7A 2W66A 4W7WA 1QNQA 3W6LA 3GZAA 4GKLA 1E4IA 3SUSA 4PTWA 1JL8A 1QOXA 4HU0A 4FLSA 1E3XA 2JF6A 1FFQA 3CZKA 1V3MA 3CZGA 2VRQA 2WMGA 1CGTA 4M81A 2J4GA 3RILA 3VKKA 1AQ0A 2VX7A 4M8UA 4J27A 1M7XA 3U7BA 3ZIZA 2OWCA 1BGGA 2NT0A 3VD4A 4GIAA 4JFTA 2EQDA 3WNMA 5IXEA 5I2UA 1CGVA 1BSIA 1WZMA 1AQMA 1HX0A 1GQKA 2GUYA 1FH7A 1W9XA 3VGDA 1E9LA 3O2LA 4D6GA 3NUKA 5JBFA 1SMAA 1CTNA 1GONA 4HOWA 1UA7A 3OZOA 1XYFA 2WK2A 5E09A 1BQCA 4RE3A 3AS2A 2CKSA 2ZX6A 4AC1X 4UFLA 1EHNA 2VMFA 4BS0A 2QF8A 1TZ7A 3N18A 2AMGA 1QHZA 2YJQA 1OBAA 1XRVA 3EBVA 1VJZA 3N9KA 1BHGA 2Y8KA 4J7RA 4KGJA 4PBGA 1E4MM 4CD5A 4ZXLA 2XWDA 4LXFA 1JYWA 4QFUA 1KGUA 1XD0A 3PZIA 1BF2A 3VOCA 3PBGA 1W1VA 5ABHA 2BY1A 1UQZA 3CHFA 1CLVA 4LYRA 4FLRA 1NWSA 4DUWA 3WDPP 4UOJA 2CERA 2G4FA 1MVYA 3M7SA 4D6JA 2BY0A 1MW1A 1CPUA 5GNXA 1RPKA 1CXEA 2VJXA 1HJWA 2WSKA 3T2QA 2YL5A 4PUDA 3ARPA 3K4AA 3POCA 4S3KA 5CPTA 3ALGA 3K8KA 3WN6A 2ZUSA 4Q22A 3TTOA 1W2PA 2W4XA 5A8QA 2WC7A 3N15A 3L4VA 4GQQA 5AYBA 4OIFA 3WH7A 3ARQA 7TAAA 1A47A 5IFPA 1QHOA 2GDUA 3OGSA 1KCLA 2XIBA 1B0IA 4GI9A 2E0PA 3WMBA 2CBUA 5EFFA 3N11A 3VGBA 4DM2A 4OOUA 1JD9A 5I24A 3GXMA 3BH4A 4F8XA 3UG3A 1V0NA 2OYLA 1W91A 4PMYA 1I75A 3TONA 4GI6A 5E6YA 1BAGA 1NOFA 1VRXA 2HISA 2JFEX 4HA3A 3THDA 3BMVA 3OB8A 2X2YA 2OYMA 1ZBWA 5E0CA 1WNOA 1JZ4A 5FIPA 3GDBA 4PSRA 1HN1A 3B9AA 1MW3A 4D6DA 4W87A 4H7VA 1LL7A 3TP4A 1A3HA 3PZUA 5CLTA 1W9BM 3PZTA 4KRTA 2J7GA 4MADA 2CHOA 1VENA 1JZ8A 3W37A 3FW6A 3GNPA 3ARWA 1US3A 4DUVA 1HP5A 2DT1A 4J3SA 1X6NA 4NRRA 1KGXA 1H1NA 1QPKA 2VRKA 4EKJA 2DT3A 5CLWA 3T0BA 2FHFA 4AIEA 1MFUA 4OZOA 4HMEA 2WYSA 1CENA 3CTTA 2XTKA 2D0GA 2A3EA 3VIKA 2YDQA 2ZX8A 4NF7A 3VIFA 2C8NA 2G3MA 4N42A 3MO4A 1HJSA 3SCVA 1V0LA 2EBNA 2VT0A 2OSWA 3UERA 2CBJA 5ABFB 1GW1A 2VR4A 2DPEA 3CH9A 3VIIA 1WAWA 2DT2A 4PMOA 4C7DA 4BQ5A 4MDOA 2WM0A 1J0JA 1GQLA 3ARUA 4WKAA 1L8NA 3MSDA 3WF0A 5HXMA 4K68A 3T0AA 2VX4A 1XC6A 3BAWA 1W9PA 4UCFA 3M46A 1UR4A 3WF3A 3F5LA 3FN9A 3WNPA 5CZKA 1WDRA 5AC4A 1VAHA 2GK1B 4LQ1A 2QHAA 1OT1A 1UR2A 1QI4A 2NT1A 2XFRA 1R87A 3II1A 2UY5A 4ATDA 3N13A 4D6CA 1OT2A 3CUFA 3JUGA 4H2CA 3AYSA 2YLLA 4ACZB 2V38A 1UWQA 2X1IA 1GHRA 2X05A 3RJYA 1WZLA 3WENA 2ZE0A 3VGHA 2XYLA 3O6AA 3VIGA 1EDQA 1KXVA 1Q4NX 2YBUA 3AIUA 1XSJA 4M1RA 1KXTA 2VCCA 3A3HA 3CUGA 4U33A 2WSPA 1E15A 1PX4A 3ARSA 1QBAA 3NIYA 3AYRA 3VMNA 3B8SA 2ZUUA 3ALFA 3MU7A 1TMQA 3OGVA 2XPKA 4Z2GA 1OIMA 3VU2A 2VZSA 3NJ3A 3WDJA 3PZNA 1AMYA 3WFZA 4UQ9A 4E2OA 2CETA 3GBEA 3GXFA 3HN3A 4HZ7A 1VFUA 1U2YA 4P7NA 1DWGM 2J8FA 3QOKA 4KGLA 1M01A 1KBBA 4HU8A 5IHSA 4N0RA 3AJ7A 2WMIB 1TVPA 1CYGA 2OWXA 4AW7A 2BXZA 3SCUA 3SCWA 1E72M 1V3HA 1GJWA 4OUEA 2V3GA 4AD1A 3VMOA 2WHJA 5BCAA 3OGRA 4RE4A 2CYGA 4H04A 2TAAA 1NWTA 2FHBA 3HU7A 2ZXDA 3TTQA 2XWEA 2PWHA 2J75A 1EO7A 1UD8A 3MMWA 3NSXA 1GJUA 2IXVA 2PB1A 1E3ZA 1HJQA 2CHNA 3AIRA 3FY1A 4RL3A 5BXPA 4TX8A 1E5NA 4YHGA 3AMKA 1NOWA 1RP8A 1JDDA 3LPGA 4P7LA 5DT7A 2VVSA 4UQAA 4P7RA 4PMDA 2WCSA 2X0YA 1ISVA 1HVXA 4HZ6A 3L4WA 1B2YA 3PTKA 2GJRA 1CXLA 5LA2A 2DSUA 4MNJA 3ZR6A 2CESA 2F8QA 3VDAA 1WKYA 2J77A 3ECQA 4QLLA 5ABFA 3AIQA 3WUGA 4JCMA 1GNXA 4IISA 2BY3A 2GSJA 5A8OA 4KRUA 4GI8A 4W93A 2UY2A 2CEQA 1CECA 4CD7A 4PCTA 3VD3A 1GOMA 2BV9A 3DYPA 1JI1A 4JKMA 4CD6A 1WDQA 3AMGA 1W9UA 3IJ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VX1 A;  4YN5 A;  4PRW A;  1LLO A;  4HOX A;  3L2L A;  4UFJ A;  4URI A;  3GBD A;  1K9T A;  2CIP A;  5M3W A;  2PWG A;  3AZR A;  1GQI A;  3ARR A;  2G3I A;  3PZO A;  3RM9 A;  1UH4 A;  1JXK A;  1XV8 A;  5BYW A;  4A4A A;  4PYS A;  1KR0 A;  3BC9 A;  5D9P A;  5I23 A;  3DYM A;  4AD3 A;  2J25 A;  3RM4 A;  4HOZ A;  5DO8 A;  3RDK A;  4B3L A;  1UH2 A;  1ZBC A;  2E9B A;  3SCR A;  1KXH A;  2PC8 A;  3NYD A;  4AD4 A;  2W61 A;  1HJU A;  1J10 A;  1HL9 A;  7CGT A;  3QR3 A;  1UZ4 A;  3BLK A;  1C7S A;  5FL0 A;  3WH8 A;  3WEO A;  1E6N A;  5A1A A;  3LPF A;  4UQC A;  2V5D A;  3M6D A;  1E6S M;  3NSM A;  3W81 A;  1BVN P;  1HL8 A;  1H41 A;  3UG4 A;  4CN1 A;  1CXK A;  3WF4 A;  4GZI A;  3WDH A;  1R85 A;  3AMD A;  2ZXQ A;  5BXS A;  4BQ3 A;  1VEM A;  3GH4 A;  1WO2 A;  1H3G A;  4XX6 A;  4TVC A;  4R5E A;  2D3N A;  1MXG A;  4B9Z A;  1TA3 A;  1JYX A;  1QI0 A;  5A6J A;  1RP9 A;  3BAX A;  2VRJ A;  2J7D A;  3NDY A;  1WP6 A;  2YBT A;  2D20 A;  3A4X A;  2ZID A;  4MPK A;  1W1P A;  1HNY A;  3W38 A;  3WDR A;  2DSV A;  2W91 A;  1SYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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