2J7HA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with azafagomine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7hA00
1UKPA 2PWFA 2ZX6A 2GJRA 3N15A 3KL5A 4DWSB 3W28A 2J7DA 3D5HA 4NRRA 1TUXA 1WP6A 4AD3A 4S3KA 3GNRA 2W62A 1W9VA 3VGDA 3BAWA 3MU7A 4J28A 1WAWA 1V02E 2J8FA 3GZAA 3J7HA 2QMJA 3MO4A 3AIEA 4WKHA 2CIPA 1KR0A 3SCUA 3WNNA 5E0FA 4ZEPA 3NCOA 3VD7A 3VNZA 4AEFA 1WDSA 3AMLA 3ARUA 2DT3A 4PMUA 2PB1A 1WZMA 4JFVA 2YA2A 2WLZA 7TAAA 2VUYA 4WIWA 2J79A 5DFAA 1FHDA 2NW0A 1GVIA 5DT7A 3TA9A 3VIHA 3ZT7A 3CUGA 3FXYA 3GXFA 1PIGA 4BS0A 3WQWA 4LYRA 4A3HA 5FD0A 3RCNA 2J25A 2J7EA 2CXGA 2W5FA 2HISA 4PCTA 3RJXA 2X0YA 1E71M 4BZYA 2XFRA 2YDQA 2WC3A 5M17A 2J7FA 2V5CA 1G5AA 4UCFA 2VI0A 3UG5A 2EQDA 6TAAA 4CU7A 3AHTA 2AAAA 3O6AA 4W5UA 2WHKA 3PTKA 2J74A 2Y4SA 1GZJA 4BQ3A 1HJSA 1CECA 2WKGA 3WNMA 2A3HA 3EYPA 2WZHA 1ZS2A 3WF0A 4XUYA 1XHGA 3TOPA 4B16A 2GDUA 1QI2A 1ZBWA 4UOQA 1VFUA 3WMSA 1A3HA 4ATLA 2G3MA 1GNXA 2G3NA 1X1NA 3M7SA 3PN8A 1MW2A 3U57A 4BCEA 1CDGA 2WHJA 1QBAA 2BHUA 1DEDA 3OZOA 1BG9A 3FHAA 3SCSA 5AY7A 4WSKA 1JYNA 5E09A 5CLWA 4ML4A 2QPUA 4UFMA 2ZUVA 3GNPA 2CNCA 3EDDA 2J77A 4HPGA 3SUSA 2CEQA 4AZHA 4JL1A 1JGIA 1E73M 2CBJA 3ARTA 5D8WA 1UWSA 2FDMA 2VZOA 3EDFA 1JFXA 3NSXA 1G0CA 4CN1A 1BQCA 2ZICA 5I79A 4XB3A 1QNQA 4V27A 5I5RA 1DP0A 1Q4NX 3GXMA 3L2LA 2XVPA 3OLIA 5BYWA 1WDQA 1GQJA 2WXDM 1NM9A 1CLVA 4N42A 5BROA 2YL8A 4XX6A 3GBDA 1RP8A 2EPNA 3MUZ1 1DWFM 3OLEA 3ALFA 3WD4A 3WUBA 3AS1A 3VDCA 2ESCA 1PX3A 5DEZA 4FLQA 2JIEA 3FNDA 1E43A 2FHCA 1VBRA 5GPRA 1H49A 3K4DA 1XSIA 2EEXA 3W38A 1UR9A 1TG7A 1UQZA 5A6AA 3WQ5A 5I2UA 2DSWA 2GUYA 3ARXA 4MAVA 4BA0A 5FKYA 4W93A 1HJVA 5HDRA 3SCQA 2VMFA 3SCWA 3QHNA 5A8OA 4CD5A 3M07A 1J0YA 3AHYA 2VCBA 1B3WA 5IFTA 2WKLA 3CUFA 3PZTA 3T0BA 3W27A 3U7BA 4PEEA 1C8XA 1CXLA 2E4TA 1EHAA 3VNYA 3GH5A 1V03A 5DT5A 2WANA 1W3LA 3VO0A 1I75A 2YBTA 3VIMA 4NI3A 3EMCA 1R7AA 3DYOA 1C8QA 5E6YA 4UZUA 1K9EA 4IPLA 3W24A 4UFHA 1UOKA 1HIZA 4FLSA 3VMNA 1XCXA 2OWXA 3SUVA 1UZ1A 1C3FA 4EAMA 3RILA 1WPCA 3BC9A 1CNVA 2VOTA 5IDIA 1E4IA 2EPLX 2D3NA 2XM1A 5A6LA 1OD8A 2WCAA 4Y7EA 4OOZA 1E56A 4HMCA 1E0WA 3OGSA 1CXHA 3AI0A 1KCLA 1JI2A 1FFRA 3M6DA 2C0HA 2WVSA 1UD3A 4P7LA 4FK9A 1FA2A 2XSAA 4H8HA 1RP9A 2E9MA 2Z1KA 1XGZA 2BVTA 1FH7A 4F79A 2DT1A 1HKJA 1TA3B 2ZUUA 1VAHA 1KBBA 2X1IA 4QFUA 1XH2A 3DHPA 1M7XA 2C7FA 2NT1A 4W8LA 2A3CA 1WZLA 4AD0A 3EMZA 2DPEA 3UG4A 3LPGA 1NWTA 5I3DA 2YLLA 1LJYA 3AROA 3VVGA 3CUHA 1PAMA 2BVYA 3WUEA 5GQBA 4ZENA 1V3JA 3AJ7A 4E4PA 1B1YA 1US3A 3RM8A 4KRUA 3OZPA 4GI6A 1HP5A 1OSEA 4ACZA 2UY4A 1AQMA 1B9ZA 3WSUA 1UG6A 2XWEA 3F5JA 3POHA 3CZJA 3CHEA 4U2ZA 1R87A 2A3EA 1FP8A 3AIVA 3QHMA 5D9MA 1KWGA 1LWJA 5EBAA 3L4WA 4MJ4A 4JFWA 4WKFA 3FHQA 2ZOXA 1JL8A 1J10A 4ZXOA 2DH3A 2CHOA 4CD7A 4AW7A 4PMDA 4JFSA 2ZUMA 3L2MA 2YOCA 1BYAA 1E6QM 3GH4A 3VGHA 1KFWA 1UR1A 2J7BA 4RL3A 1IZKA 5A2AA 1H5VA 1KXTA 2GJXB 2WB5A 1CGYA 1QI5A 2WW5A 5FCZA 4KGLA 1OBAA 3AQUA 4AZ5A 1JYVA 3WD3A 2ZUWA 4HA4A 4F66A 1OGGA 1PJ9A 3W26A 1HKKA 1PPIA 3ZR5A 1NQ6A 2D23A 1GJWA 1GCYA 5CXPA 1B3YA 4GI8A 2VQUA 3W25A 2VURA 1OM0A 3ARYA 3B9DA 1QPKA 4HZ6A 4U5KA 3FN9A 4RE3A 3W37A 3A3HA 1KXQA 4FF5A 1HT6A 3CIVA 4EE9A 3RJYA 4OOUA 3WDJA 1B30A 3MSDA 2VCAA 2JEPA 3WBEA 1V0NA 1G01A 3WKZA 2XVGA 4F9JA 2DGAA 3IJ7A 1VFOA 2Y5EA 1WKYA 2WVVB 2OYMA 2UY3A 1FP9A 3AXXA 1QI0A 1LL6A 1GHRA 4EKJA 1HKIA 1F4AA 2Y8VA 2RGLA 1FFQA 1C7TA 3ZMRA 3WH5A 3WL0A 2EXOA 3HJEA 4W8AA 2WVTA 3RMEA 4WLCA 1B2YA 2PC8A 5AC4A 1E5JA 2GVYA 2JE8A 2VRQA 1CBGA 1FH9A 1UA7A 4Z2LA 1HVXA 3AIWA 2DIEA 3ZJ8A 2WCGA 3VD3A 1V3HA 3VMPA 1BAGA 4IPNB 4V28A 4WSJA 1QHOA 2ZWYA 1VRXA 1H09A 2A3AA 1NWUA 3VPLA 2W63A 1DWAM 3MMUA 1V6XA 2G3IA 4H04A 1MQQA 4JAWA 4LQ1A 3U5YA 4CU8A 4E2OA 4GPNA 1LWHA 3DC0A 1V0KA 3T0AA 4NSBA 5JIWA 4X0VA 4GXPA 1IZJA 3UERA 1J18A 5DO8A 4JKKA 1ISZA 3ZSSA 3L4YA 3WNOA 3WN6A 3ZJ7A 3AISA 1ISXA 4Q7NA 2JIWA 2BXZA 1XC6A 3VGEA 1TCMA 1Q6DA 2XWDA 1CENA 3B8SA 1CXEA 1ITCA 3BAIA 4GI9A 1E15A 1E0XA 5BWFA 2JFEX 1MWOA 4WK9A 3ZJ6A 1W1VA 2J8GA 2VVSA 3SUTA 1JZ2A 2OSYA 3BAJA 1M53A 5A95A 3VINA 3MKKA 4C7GA 2XVLA 3LMYA 1UH3A 3IAQA 4AEEA 3WQ6A 3QHOA 1J0IA 3VGGA 1OINA 5IFPA 4PRWA 1LLOA 3WL1A 1V3MA 5GNXA 1HX0A 3KL0A 1E3ZA 2Q8XA 4AD2A 2YJQA 5HPOA 3B9AA 1U30A 3FAWA 1SR0A 4PSRA 2EJ1A 4HTYA 3ECQA 4B3KA 1QI4A 1VEMA 4H8VA 4OBSA 4TXEA 3IANA 2D24A 3LPFA 3DYMA 3GH7A 2WBGA 3B9EA 2WMIB 4QLKA 1B3ZA 4CCEA 1J0JA 3NUKA 1ZL1A 4BQ5A 5HXMA 4PTVA 1HXJA 1XYFA 3AIQA 2YL9A 2DQXA 4RE4A 1CPUA 4AISA 1NWRA 1MQPA 2WZEA 3T09A 1JF5A 2ZXQA 2E40A 1CGVA 3AZSA 3U7VA 2DT0A 1MW0A 3ZJKA 5CGTA 2YDSA 3T2PA 3AIUA 5A3HA 1WB0A 2A3BA 3WEMA 4HA1A 4IM4A 4NZCA 4W7UA 2ZX5A 1CEOA 3VKKA 4UOJA 1V6WA 1PEZA 4QAWA 5E6ZA 1DWIM 2WC7A 1C91A 2JALA 3A4WA 4CKQA 1JIBA 1JXKA 2ZXAA 1PX8A 2V3DA 4EK7A 1UR4A 3T2QA 1UQYA 4TX6A 2VZVA 2YL6A 3W0KA 2GSJA 3UETA 2W66A 1H11A 4DM1A 5IXEA 3AHXA 1M04A 2VX6A 1OD0A 4TTUA 2PWDA 1PX4A 1QHPA 2X05A 2BHYA 1NWSA 5D9PA 1QNOA 1MVYA 3ARQA 1OT1A 1ESWA 4AIOA 1E6XM 2E8ZA 1E40A 5IHSA 1PZ3A 2DSKA 4BQ2A 4W84A 4JKLA 1E70M 4P8VA 3WDIA 3VU2A 3AZTA 5FIPA 3WENA 1UD6A 5A8NA 1KWKA 4D6EA 3WD2A 4HPHA 4K68A 4AD5A 4CN4A 7CGTA 1JZ8A 1B3VA 2BV9A 3UR7A 1JZ7A 1UZ4A 3WMBA 1JZ4A 2VZUA 3GM8A 4Q22A 4AYSA 1NOFA 4N0RA 2X2YA 1I1XA 4D6CA 2D0GA 3WDHA 4PTMA 2G3JA 3NDZA 2BY2A 4JFUA 1SMDA 4WKAA 3NDYA 4DWSA 5BCAA 1BFNA 5BXRA 3W82A 1QI3A 2F2HA 1KQYA 2FGZA 3A47A 2DSVA 4B15A 3CZEA 5JBEA 5CJ5A 5LYRA 1H4PA 1JG9A 4PMQA 3DYPA 5A6MA 4A4AA 5AYIA 4BF7A 3SCOA 4CD8A 4AZGA 4AMCA 3AMDA 4CCDA 4W87A 1ZBKA 3EDJA 3T2OA 3MMWA 3T08A 3WUFA 4GZIA 3F5LA 3WNLA 3I3DA 2WK2A 1QW8A 1UUQA 2WMKA 4HA3A 1FOBA 5LA2A 3W6MA 2J47A 1UR8A 1GOOA 4QP0A 3AS0A 3GNOA 1JDAA 5CPQA 5JIPA 3M46A 3UG3A 1JD7A 1CWYA 1GW1A 2RGMA 3GYCA 3ZOAA 2WBKA 4KGJA 1UKOA 2YL5A 4J3XA 1BHGA 1NOUA 2CCRA 5F7UA 1E6SM 3AXHA 4QLJA 4CUCA 5HBFA 3PZQA 2J75A 2WWCA 2XUCA 2OYLA 3VDAA 2E3ZA 1W91A 3EMQA 3BCDA 4MADA 2QF8A 1E72M 1LF1A 3TTQA 3WH8A 2DSUA 2EPKX 3CZLA 2FHFA 2Y24A 2FGLA 1MYRA 2OSXA 4ACZB 5HOSA 4U2YA 5ABFA 4D6IA 4HMDA 4W7WA 2XGIA 2E0PA 4YN5A 3WH6A 3ZT6A 1XSJA 1WDRA 1TVNA 3THDA 5EMYA 2YA0A 4J27A 5CQ1A 4AZCA 4D6DA 1CGXA 2XVNA 4F9DA 5E9AA 4M80A 3TTSA 3BAXA 5BXSA 1W9DM 1Q6EA 1M03A 1C7SA 3TONA 1QHZA 5LA1A 4JL2A 3ARRA 1OT2A 1BGGA 5D9NA 4PUDA 2WCSA 3AICA 4DWSD 2PBGA 3KZSA 4YPJA 4UNIA 4MB3A 4UFIA 3L4XA 2VZTA 3ALGA 2CITA 1TR1A 1M01A 4CVUA 5D4YA 4J3TA 3WDPP 1VF8A 4M24A 3GTNA 4MNJA 2D3LA 1J0HA 1US2A 1HJWA 3PZOA 1TVPA 2CPUA 1HNYA 1TMQA 5AC5A 1GHSA 1E1FA 5A94A 5ABEA 1D3CA 5A6KA 4PMOA 1UD8A 4HMEA 2CHNA 3SCRA 5JBFA 4MJ2A 5HPCA 3OLGA 3EDKA 2W61A 3GBEA 1VB9A 4TTGA 1MW3A 1SFSA 3WFLA 1LL7A 3ARWA 4KWUA 5E0CA 1OGBA 2WVUA 2V3FA 3VTRA 3BSGA 4QCEA 1KBKA 1YQ2A 2OSWA 4FMVA 1BG4A 3AFBA 4U5IA 4GQQA 3VIOA 1W2VA 2GJPA 4ZXLA 2O92A 3OA5A 1ISWA 4EANA 1XCWA 2ZXBA 4BQ4A 2D0HA 1OCQA 4TVCA 4AWEA 4UQBA 2D22A 1CGWA 3WELA 4E8DA 1IV8A 4HOZA 5JBDA 3WQ4A 3QR3A 4GZEA 5E70A 2WHLA 2WMHA 5A6SA 3FAXA 1B31A 4OZOA 3PZUA 1CLXA 4W7VA 4OBRA 2WLYA 3NSNA 2DDXA 1O7AA 2WYSA 1NOWA 2PWHA 3GDBA 4LXFA 4CU6A 5TD4A 1GUVA 3LPPA 5A1AA 5M5DA 1Q6CA 2YDRA 5BRQA 3G6LA 4WF7A 4D71A 4D72A 4E8CA 3VIKA 3HU7A 2ZX9A 1A47A 1C90A 4H8UA 4H2CA 2Y2WA 4CD6A 1TE1A 1CXKA 4ZFMA 5I0DA 3I3EA 3EDEA 4DM2A 3APGA 4DUWA 1DWGM 1JAKA 1MQRA 1GPFA 1XV8A 3ZSTA 2ZX7A 1XH0A 4MNLA 3VGBA 2XJ7A 3WQ8A 1DTUA 1W2PA 2DEPA 4YHGA 1K9DA 2BXYA 2VRKA 3BAYA 3IJ8A 4MAZA 2XGBA 1UR2A 2JEQA 3N11A 1VBUA 2IUZA 4P7OA 1AVAA 3WMCA 3VD4A 1BSIA 3MUIA 3K1DA 1TA3A 2WMGA 4QDMA 1AMYA 5I23A 1NARA 1V6VA 1ZBCA 2WZIA 3CTTA 1UYQA 2VZSA 2PI6A 1D2KA 1XYZA 5CSYA 3PZIA 2QMKA 2V3GA 1WO2A 1H3GA 4M81A 3VD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UKP A;  2PWF A;  2ZX6 A;  2GJR A;  3N15 A;  3KL5 A;  4DWS B;  3W28 A;  2J7D A;  3D5H A;  4NRR A;  1TUX A;  1WP6 A;  4AD3 A;  4S3K A;  3GNR A;  2W62 A;  1W9V A;  3VGD A;  3BAW A;  3MU7 A;  4J28 A;  1WAW A;  1V02 E;  2J8F A;  3GZA A;  3J7H A;  2QMJ A;  3MO4 A;  3AIE A;  4WKH A;  2CIP A;  1KR0 A;  3SCU A;  3WNN A;  5E0F A;  4ZEP A;  3NCO A;  3VD7 A;  3VNZ A;  4AEF A;  1WDS A;  3AML A;  3ARU A;  2DT3 A;  4PMU A;  2PB1 A;  1WZM A;  4JFV A;  2YA2 A;  2WLZ A;  7TAA A;  2VUY A;  4WIW A;  2J79 A;  5DFA A;  1FHD A;  2NW0 A;  1GVI A;  5DT7 A;  3TA9 A;  3VIH A;  3ZT7 A;  3CUG A;  3FXY A;  3GXF A;  1PIG A;  4BS0 A;  3WQW A;  4LYR A;  4A3H A;  5FD0 A;  3RCN A;  2J25 A;  2J7E A;  2CXG A;  2W5F A;  2HIS A;  4PCT A;  3RJX A;  2X0Y A;  1E71 M;  4BZY A;  2XFR A;  2YDQ A;  2WC3 A;  5M17 A;  2J7F A;  2V5C A;  1G5A A;  4UCF A;  2VI0 A;  3UG5 A;  2EQD A;  6TAA A;  4CU7 A;  3AHT A;  2AAA A;  3O6A A;  4W5U A;  2WHK A;  3PTK A;  2J74 A;  2Y4S A;  1GZJ A;  4BQ3 A;  1HJS A;  1CEC A;  2WKG A;  3WNM A;  2A3H A;  3EYP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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