2JEQ | Genus

Total Genus 148

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	148
sequence length	359
structure length	359
Chain Sequence	QIVSEMGAGWNLGNQLEAAVNGTPNETAWGNPTVTPELIKKVKAAGFKSIRIPVSYLNNIGSAPNYTINAAWLNRIQQVVDYAYNEGLYVIINIHGDGYNSVQGGWLLVNGGNQTAIKEKYKKVWQQIATKFSNYNDRLIFESMNEVFDGNYGNPNSAYYTNLNAYNQIFVDTVRQTGGNNNARWLLVPGWNTNIDYTVGNYGFTLPTDNYRSSAIPSSQKRIMISAHYYSPWDFAGEENGNITQWGATSTNPAKKSTWGQEDYLESQFKSMYDKFVTQGYPVVIGEFGSIDKTSYDSSNNVYRAAYAKAVTAKAKKYKMVPVYWDNGHNGQHGFALFNRSNNTVTQQNIINAIMQGMQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__239300693474894__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__239300693474894__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2JEQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__239300693474894__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"239300693474894","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2JEQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__239300693474894__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd42a5885c5ce14bced556/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd42a5885c5ce14bced556/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd42a5885c5ce14bced556/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd42a5885c5ce14bced556/pdb.gz): 647 ms

reading 359 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

359 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:358});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Paenibacillus pabuli
publication title	Characterization and Three-Dimensional Structures of Two Distinct Bacterial Xyloglucanases from Families Gh5 and Gh12. pubmed doi rcsb
molecule keywords	XYLOGLUCANASE
total genus	148
structure length	359
sequence length	359
ec nomenclature	ec 3.2.1.151: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase.
pdb deposition date	2007-01-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2jeqA00

2PWHA 3EDKA 5E0CA 1B3XA 3VIKA 1ISXA 5A6BA 4TTUA 1UR2A 3ZJ7A 1TG7A 1E43A 3F5LA 4WJXA 3QHNA 3WFLA 2W63A 2WB5A 5JBFA 1EDTA 4LQ1A 3U7VA 3WDPP 3WEMA 5GNZA 2ZUMA 4NRRA 2YBTA 3AIUA 2OWXA 1WZMA 3BAIA 1UWUA 3CBWA 3DC0A 2HVMA 4BQ4A 1SMAA 4CVUA 5ABEA 3GDBA 4AZCA 4Q22A 1VEOA 3CUFA 4TVUA 4WK9A 1MWOA 5A8PA 3M46A 3MO4A 4LXFA 2ZUWA 4PMVA 4D71A 4JCLA 1CGVA 4UQCA 4MB3A 3ZOAA 3CHDA 3K4DA 3M07A 4XB3A 4ACYA 2J77A 5CG0A 1LL6A 3NYDA 1BYCA 3AHZA 1NWTA 1N82A 5IFPA 2YBUA 1HXJA 3SCVA 3NUKA 3WBEA 2BY3A 4EAMA 3WY1A 1ZJBA 3I3BA 3AZSA 4AMCA 3ZQ9A 1JG9A 2WMGA 3CUHA 2OYMA 4IPLA 3S2CA 1ZBWA 3WQ6A 2EPMX 2WCSA 1LF1A 2V3GA 5BXSA 3BAWA 1B1YA 1FA2A 5I3DA 2VJXA 4AD5A 5I2UA 1VIWA 3ZT5A 2WC4A 2VZSA 2ZX6A 4WSJA 1VFOA 1B3VA 4PMZA 3EMCA 2NSXA 1CYGA 1HF6A 3HMCA 4RE3A 5E09A 2J79A 4GPNA 1W9DM 2XPKA 1Z32X 1QHOA 4GZJA 5I79A 1UWSA 4TX6A 4JFSA 3A3HA 1E56A 1PX4A 4AISA 4PCTA 1F4AA 4PMDA 3VD9A 4MTVA 4HZ8A 2G4FA 1QBAA 4CD6A 1VRXA 5DT7A 5IHRA 4MB1A 2B31A 5DEZA 4C7GA 1QHPA 2O9PA 1HKJA 3OBAA 8A3HA 3W37A 3N9KA 1VJZA 1H09A 1QW8A 2WZHA 4UQ9A 4AZ6A 2CBJA 4U5KA 1R86A 4HZ6A 4AD2A 1JXJA 2V5CA 2E8YA 1PAMA 1W1YA 3WH9A 3L2MA 3VIIA 4B16A 2PC8A 2XM2A 1CECA 1ODUA 3VUPA 5DMYA 1OIFA 4W8BA 1E6SM 3W6LA 2XVKA 1JZ6A 1JYWA 1H4PA 1CENA 3AS1A 4GO9A 4H8UA 2CBIA 5CPSA 5CLWA 3VTRA 2QPUA 2D24A 2VC9A 4C7FA 4A4AA 3WDQA 4UFKA 3AXIA 5ABGA 4AC1X 3ZJ6A 3A4WA 4DUVA 3G6MA 4OJYA 4YHEA 4AD4A 3PZIA 4AW7A 5C71A 2WVTA 4UQDA 2CKSA 2OYLA 1J0ZA 3DECA 2WVUA 3NSXA 1BYAA 4PMUA 2VMFA 4OIFA 2ZWYA 3AIWA 3WF3A 1E6ZA 3L4TA 1U33A 4D6GA 5GNYA 1QNRA 5C70A 1FH7A 3CMJA 4W5ZA 3VMNA 2EQDA 2CHNA 2CCRA 3WNPA 4UFMA 4OBSA 1IT0A 1JXKA 2DT1A 1M53A 4Z2GA 2JEQA 4PYSA 4Q7NA 2D3NA 1E0WA 1QI0A 1CGXA 3MV11 3N04A 2EPLX 3VPLA 2J8GA 3W27A 2BXZA 3W82A 1CXIA 2XYLA 3CLWA 3ARWA 1BHGA 2E0PA 1Q4NX 2WWDA 3BAYA 2O9TA 2Y5EA 1CDGA 1J0IA 1HJUA 1HKMA 3WDJA 3ARSA 1V3KA 1RH9A 2ZXBA 2RGLA 1E40A 3AZRA 2YL5A 1UKQA 4ZXLA 5I23A 1BYDA 1ZJAA 2XVNA 2GJRA 3SCOA 3L4WA 3K8MA 1UA3A 5JIPA 4UOQA 4QP0A 4ZE4A 2D1ZA 5LA2A 3VOCA 1B90A 3VNYA 1FFRA 1Q6DA 1EOMA 4TX8A 2Y4SA 1HNYA 2WVVB 4ACZA 3N1AA 3POCA 4KRUA 1M01A 5JIWA 1CGWA 1ITCA 1NWUA 2VZOA 1BVZA 2JIEA 3TTYA 4HP5A 3GBEA 2QLYA 2UY5A 1UD2A 3AIEA 5TD4A 3RILA 5A6LA 3KL5A 3NIYA 3EMQA 1SMDA 2DEPA 1HP4A 3PZ9A 4U2ZA 5A95A 1OIMA 2EXOA 4X0NA 4MPKA 2F2HA 4J3VA 1B31A 3VGEA 5A6JA 1EHAA 1V0KA 4U31A 1BTCA 3BSGA 1CEOA 3AHXA 4GIAA 4HA1A 4BF7A 2GUYA 2WW5A 4ATWA 2ZUSA 3WQ8A 5FIPA 2D3LA 2X1IA 3AOFA 4P7QA 4W84A 5BRQA 4D1IA 2OSYA 5BXPA 2BV9A 2DH3A 4DUXA 3CH9A 4ZENA 2WZEA 1ZS2A 5BXTA 2WLZA 2J7FA 1H2JA 3AI0A 2CIPA 1MQRA 4MNJA 4NZCA 4D6FA 2JEPA 1E3XA 2CETA 1C91A 3HN3A 2ZX5A 4K68A 2OYKA 3M7SA 5A94A 1JDCA 2GJPA 2A3HA 1CXLA 3VX1A 3IJ8A 3MUAA 2WBGA 3VGDA 3WN6A 1NM9A 3CUJA 3TOPA 4F79A 1CLXA 3A47A 1UR9A 2X0HA 3PZUA 5BWFA 2J7CA 1QI4A 1HKKA 3FHAA 1ZL1A 3KL0A 1WDSA 5EFDA 3WKZA 3OIHA 1H3GA 1V3IA 3SCWA 3MMWA 2WHKA 1VJSA 4CD8A 1JD9A 3G6LA 2XGBA 4X0VA 1TVNA 3AMKA 2J7BA 3APGA 1J10A 2BY1A 2XFYA 1GHSA 4BZYA 1UH2A 2DSKA 2FHCA 2O9RA 1UWRA 3WMSA 5DFAA 3MUY1 3W6MA 3B8SA 1ISWA 2BHZA 4UQBA 2ZE0A 5M5DA 1E3ZA 4FLOA 1PBGA 2CBUA 1C7SA 2CYGA 2J4GA 4JAWA 5A8QA 3VVGA 2EO7A 2VT0A 1B3WA 3UERA 2FHBA 3PBGA 3WF0A 1VENA 2ZUVA 4OZOA 3WD4A 1KBBA 2W66A 3WF4A 3AS3A 2AAAA 4W85A 4HMCA 5E70A 1EH9A 2VI0A 2Q8XA 5CZKA 2DT3A 3GTNA 1AMYA 1HVXA 3NJ3A 2DSZA 2VTFA 2WVSA 1GQLA 2VR5A 1EXPA 1OSEA 4P8VA 2PBOA 3W24A 1CXKA 1UZ4A 1A47A 4E4PA 2DGAA 2WMIA 3LMYA 1GHRA 3A6OA 2NT0A 7CGTA 2G8ZA 3AROA 1QVBA 2DSVA 3AZTA 1B3YA 4TVCA 2FDMA 2J8FA 4QLLA 1DTUA 1E4IA 2PWEA 3ZJ8A 1DP0A 3RPMA 3F4VA 1ITXA 3FXYA 3U7BA 3ZO9A 4EANA 3TP4A 1NWSA 4FLSA 3WD2A 2WCAA 4AEEA 3PZVA 1WZAA 1KR1A 1O6IA 1V03A 4F9DA 1V3MA 3AMLA 3KE0A 3UESA 4DUWA 1UA7A 5CQ1A 2ZXQA 1E6PA 3CGTA 4UQEA 2WNWA 3QR3A 4B9YA 1R87A 2VQUA 2QMKA 1MQQA 1HL8A 2CNCA 4PMOA 4W86A 1QBBA 4U5IA 1KB3A 3F5KA 3WNOA 3O2LA 1D7FA 3VIGA 4IM4A 4U33A 1XD0A 3ZM8A 1C8QA 5JBEA 2DH2A 5I5RA 2CBVA 3WUGA 3W38A 5M03A 4MJ2A 5A2BA 3AIQA 5D8ZA 4QAWA 1OB0A 2WYSA 2EEXA 3WUBA 2EPKX 2WHLA 1KQYA 2J7EA 4MDOA 2C8NA 3AIVA 4D1JA 1O7AA 4JL2A 5CSUA 2VX7A 1KXTA 2WK2A 1OCQA 3OLDA 1P6WA 4QLJA 1CTNA 1HX0A 5BXRA 1E4LA 2Y24A 1JI2A 2WMJA 4D6CA 4BCEA 1QNOA 1WDRA 2A3CA 2X0YA 1ESWA 4UOZA 1OGBA 2WANA 4BA0A 2YDSA 4BQ5A 1FH9A 3CZKA 2XGIA 2UY3A 3LPFA 1H0IA 2JFEX 4GZIA 8CGTA 2DT0A 3SUTA 1JDDA 4QCEA 3VGFA 2O9OA 1US3A 2UWFA 2GK1A 4N42A 3T0BA 4A3YA 5I77A 5CJ5A 1JYNA 5C8BB 1D2KA 5ABFB 1XC6A 2GJXB 1E6QM 3UG5A 1CGTA 5BYWA 3ZJKA 5FL1A 3O9NA 4J3XA 3O6AA 2BHYA 1KGUA 3KL3A 2IUZA 1GUVA 1UG6A 4U3AA 3CO4A 3N11A 2YA2A 4J28A 1DHKA 3RIKA 3WENA 1GCYA 5M17A 1XSJA 3LPPA 1ISVA 3TTSA 3WQWA 3VGBA 2EPNA 1DWIM 4MNMA 3RM9A 3OLEA 1W9VA 2XVLA 3IJ7A 1CGUA 1VEMA 1XYFA 1CXHA 4HOXA 4U2YA 1IZJA 5FOOA 1WKYA 4WKFA 1HL9A 4TUFA 2QPSA 3OZPA 4WSKA 4HTYA 1DWAM 1W9BM 5LA0A 1OGSA 2XG9A 5BRPA 1XD1A 3WD1A 4PMRA 1X6NA 3FY1A 1X6LA 4W87A 2VRJA 3D3AA 2W4XA 2ZUTA 3U5YA 3N13A 1RD6A 1SFSA 3MU7A 1W1TA 3I3EA 3I3DA 3VDAA 3VNZA 1F4HA 1W9PA 3IK2A 2A3AA 1WDQA 3PHAA 2F8QA 1A3HA 2WXDM 1C90A 1UOKA 2JALA 5E0FA 1CWYA 3CHEA 2WBKA 1TA3A 2Y8KA 2G41A 3UETA 3PTQA 3VMOA 1TFVA 1GORA 1UD5A 1J0KA 1U30A 1UWIA 1DWJM 1JIBA 3OA5A 3TTOA 2EJ1A 3VIMA 4PSPA 4PN2A 1H49A 1BLIA 1YQ2A 5D9NA 3W26A 3WEOA 1OINA 3GXMA 1KBKA 1XCWA 4QLKA 3OGVA 3WNMA 4JFUA 3K4AA 1PPIA 4GKLA 4F66A 4CGTA 1VFFA 1CGYA 3SUVA 3SCTA 1FH8A 4DWSC 1QW9A 3TTQA 4M24A 3GNOA 1BVNP 4PUDA 1ISYA 2ZX8A 5HNNA 4CCEA 4UNIA 3SEPA 3FNDA 4E8DA 4HZ7A 3F5JA 1V02E 3K1DA 4ATDA 4E8CA 4B15A 4CN4A 1TVPA 4J7RA 3W81A 3OB8A 3MMUA 3UG3A 1XSIA 1J18A 3AIBA 2E3ZA 3QHOA 9CGTA 3MKKA 2WSKA 3W53A 3AIRA 1TCMA 1M03A 3VU2A 5JUVA 5D9PA 1EGZA 1OWQA 3WH5A 4XV0A 4RE4A 4V28A 4F9JA 3AISA 3ALGA 1CPUA 4AZCB 3GH5A 5A6MA 5KEZA 3WF1A 4PSRA 5I6SA 3N12A 1VAHA 4H7VA 1H11A 1KXQA 1UD3A 2PWDA 1EDGA 1NH6A 3K46A 1HVQA 3T08A 2CKRA 1V6YA 2OWCA 3VGHA 2DIEA 1C7TA 1OBAA 2D0FA 2ZXAA 3ARTA 1X1NA 1VBUA 3NDYA 3BCDA 1ZBCA 1V3JA 2E9MA 2OLHA 5A6BD 5EFFA 4AZIA 4CCCA 3L4YA 3TONA 3SCRA 7A3HA 3WDIA 1QHZA 2WCGA 4JKKA 4GQQA 2GVYA 1PX3A 3IAQA 2YL6A 1JZ2A 4JKLA 2XUCA 1JL8A 2XVPA 3K8KA 3PZNA 5LA1A 4P7NA 4HU8A 3ALFA 3AHVA 2QMJA 1J01A 1GQJA 1E0XA 1EO7A 2BVTA 3VMPA 1JYVA 3GXFA 4CUCA 4J3UA 1QOXA 4TTGA 5AC5A 3BSHA 3OG2A 2ZWZA 1JNEA 4TOQA 2WSPA 4XZBA 3QOMA 5EB8A 1XH0A 4M29A 1UKSA 5HOSA 2VRQA 2VUYA 4CVWA 2FGZA 1E0VA 5F7UA 2DPEA 2JE8A 1LLOA 1AQ0A 1C3FA 2V38A 3D5HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JEQA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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