2JF7A

Structure of strictosidine glucosidase
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
472
structure length
467
Chain Sequence
VVHRRDFPQDFIFGAGGSAYQCEGAYNEGNRGPSIWDTFTQRSPAKISDGSNGNQAINCYHMYKEDIKIMKQTGLESYRFSISWSRVLPGGRLAAGVNKDGVKFYHDFIDELLANGIKPSVTLFHWDLPQALEDEYGGFLSHRIVDDFCEYAEFCFWEFGDKIKYWTTFNEPHTFAVNGYALGEFAPGRGGKGDEGDPAIEPYVVTHNILLAHKAAVEEYRNKFQKCQEGEIGIVLNSMWMEPLSDVQADIDAQKRALDFMLGWFLEPLTTGDYPKSMRELVKGRLPKFSADDSEKLKGCYDFIGMNYYTATYVTNAVKLSYETDDQVTKTFERNQKPIGHALYGGWQHVVPWGLYKLLVYTKETYHVPVLYVTESGMVEENKTKILLSEARRDAERTDYHQKHLASVRDAIDDGVNVKGYFVWSFFDNFEWNLGYICRYGIIHVDYKSFERYPKESAIWYKNFIAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular Architecture of Strictosidine Glucosidase - the Gateway to the Biosynthesis of the Monoterpenoid Indole Alkaloid Family
pubmed doi rcsb
molecule keywords STRICTOSIDINE-O-BETA-D-GLUCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
total genus 184
structure length 467
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.105: 3-alpha-(S)-strictosidine beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jf7A00
3BMVA 1EO7A 2ZX7A 4JCLA 4PUDA 4B3KA 3CBWA 1NOUA 3UERA 1B2YA 4CN6A 1GVIA 5BCAA 3QHOA 4MADA 2CBUA 2V5DA 1JNDA 5C8BB 3WBAA 5AC5A 5KEZA 1BSIA 1E5JA 1UKTA 1V6WA 2E0PA 2J7HA 1BG4A 1HJVA 1B0IA 1V3LA 1E70M 4P8WA 1B31A 2XSAA 2XFFA 1L0PA 4U2YA 1E1FA 3PZ9A 2IXVA 3SUTA 1PIFA 1JYNA 3EDDA 5F7UA 4JFUA 3W29A 1ODZA 1UD2A 4UOQA 2EQDA 1X6LA 3ZQ9A 1E43A 4AEEA 2GDUA 1JZ7A 1NP0A 1JFXA 4RE3A 4W7UA 4IPLA 2XIBA 3GNOA 3BGAA 4U3CA 2WB5A 2DEPA 1EHAA 3TTQA 2ZWZA 3BLPX 4GINA 4MPKA 3WNOA 1NWTA 1C8YA 4AZ7A 1LG1A 3BH4A 3VTRA 3SCSA 6TAAA 3WNNA 3AHVA 3BXWA 1FFQA 1SFSA 4U31A 2CBJA 2DT3A 1QHOA 4PCSA 3VD4A 2D0GA 3SCQA 5FCZA 1C92A 4NRSA 3MMWA 4PMQA 4UQBA 3GH7A 3K4AA 2X8RA 2VZUA 4Z2LA 1E3ZA 2BVTA 4XX6A 1C3FA 2GJXA 4JKKA 4AISA 3ZJ8A 4CVWA 1E9LA 2X05A 4UZSA 2WWDA 3GM8A 3NIYA 3OGSA 1VF8A 1GONA 1KCLA 2XVNA 2WBKA 1ZJBA 1ITXA 2UY5A 1M01A 2WSPA 1KWKA 1US2A 4W93A 3SURA 1E71M 1UKPA 1UUQA 2CBIA 1XYFA 2D24A 3HMCA 3VMNA 2GDVA 3QHNA 1KWGA 2ZX6A 5JIWA 1RP9A 3AIWA 2DT1A 4U33A 1GORA 2J79A 1XD0A 1U2YA 3WDJA 3MUY1 2EO7A 3AYRA 1VRXA 1H5VA 2G41A 3N18A 3WMBA 1GOWA 4MB3A 2YL8A 2O9PA 1W3JA 3GYCA 5A94A 4RE2A 1KXTA 2JIWA 1BF2A 4OZOA 2FGZA 4UQCA 4D6FA 4MDPA 4Q22A 2UY3A 1V6UA 2FH6A 3AIVA 4F9JA 4HMCA 4H8VA 4FF5A 1HJXA 3PHAA 4ZE4A 2WHLA 3WUEA 3WIJA 4EE9A 1CEOA 1HKKA 2OWWA 3SUUA 3AZSA 1PJ9A 1VFUA 4NRRA 2PWDA 1IV8A 1E5NA 3KL0A 5FL1A 3ARRA 1CENA 4AIOA 1CXIA 4TVUA 1NWRA 2XSBA 3GXIA 2FH8A 4V28A 1VFMA 1GCYA 1GOKA 3W37A 1XH2A 4HPGA 3HN3A 4HTYA 5CG0A 2O9OA 3PZOA 1TE1A 3VX0A 3ZR6A 3OBAA 1UKSA 4P7RA 1AQ0A 1V02A 4KGLA 4P8XA 3IAQA 4WSKA 3K46A 5CQ1A 3MUIA 5I0DA 3AMLA 1LL6A 1MQRA 1HX0A 1E4MM 3EDFA 1ISVA 3WNPA 1HT6A 2ZOXA 5IHRA 1XD1A 1SMAA 4FLSA 3SCPA 4F8XA 3WN6A 2GVYA 3W24A 1UR2A 4N42A 3AIUA 5DFAA 2J8GA 1HJSA 3F5JA 5JBDA 1Q6CA 3OLDA 4AZCB 2Y2WA 3ALGA 1Q4NX 5BROA 3WD4A 1V3HA 3FAWA 3KEHA 3N1AA 2EJ1A 1UWTA 1ZBVA 1FH8A 1WP6A 1RD6A 3POCA 5GNYA 2VX5A 2CERA 4PMYA 4R5EA 3FAXA 3WEMA 1GOOA 2E9MA 4KRTA 3CHEA 3WUGA 1LLOA 3WDHA 1ISZA 3BSHA 2V3EA 4HZ7A 1VAHA 1CNVA 4TVCA 1LJYA 3VGGA 2JF7A 2QPSA 1V0KA 3CUHA 4WF7A 4PTXA 9CGTA 3W53A 2NT0A 3PTQA 2JEPA 2XM1A 1K6AA 3OZOA 4JHZA 2HVMA 3NDZA 3A4XA 3DYOA 3GXDA 1JDCA 2ESCA 1CXKA 5GPRA 2WHKA 1DP0A 2D0FA 3CTTA 4D6GA 4H8UA 3NSNA 1ECEA 4D6CA 1W9XA 2J75A 1C8QA 3MO4A 4E8CA 2YBUA 1W9UA 2OSYA 1NP2A 3AIEA 3K4DA 1FHDA 1BAGA 3RPMA 3AMCA 3VDBA 4GI6A 1KQZA 5KZ6A 2BHUA 1EDQA 1BYAA 3HJEA 1HP5A 5CGTA 1GQLA 1Q6GA 2X0HA 3MKKA 5BWFA 4V27A 3UEQA 2ZICA 3NSXA 1XHGA 1E6XM 3QOMA 4W85A 2GJXB 2J74A 4M81A 5A6SA 2G3JA 4CKQA 1UWSA 8CGTA 3UR8A 5EBAA 3VILA 4CUCA 5D8WA 3F5KA 3CZ8A 2VI0A 1V6VA 2PBGA 1W2PA 4XB3A 4UQ9A 1C93A 2CESA 4HA4A 1TVPA 5CXPA 4JKLA 3L4XA 1HL9A 3NYDA 4OOZA 1UZ1A 4CD8A 3L4ZA 4AWEA 3KWXA 5IFPA 2WKLA 2FDMA 3FN9A 1PZ2A 4AZGA 3OGRA 5A8QA 3KZSA 4QP0A 3SCRA 3I3EA 3TOPA 2WVTA 1ZB5A 1LL7A 3N9KA 2ZUNA 4U3AA 2YL6A 1UH4A 2XIIA 4U5IA 3WQ8A 1A3HA 5GNXA 3VD9A 2J7EA 4MNKA 3PZMA 1IZKA 4XUYA 1H2JA 1HP4A 1ZS2A 3RIKA 1JZ8A 3KE0A 4D6IA 1V0MA 1VJZA 1CIUA 3AYSA 5HPOA 4MB5A 5ABFA 4HA1A 1CTNA 1VJSA 3KL5A 4YHGA 3W82A 1QNQA 2VZOA 4GXPA 5DF0A 3DECA 2E8ZA 2OYKA 5EFDA 2PWHA 4X9YA 3U7VA 3VIMA 3BLKA 1PEZA 3CUIA 4S3KA 2DSWA 1UH3A 3F5LA 1RP8A 1JL8A 2E4TA 4MNMA 1I1WA 4J3UA 2PC8A 2VVSA 1W9VA 2YDQA 4Q7NA 3L4UA 2DSKA 4J7RA 1G9HA 1W3KA 2J7FA 1Y7VA 3VU2A 3RMEA 4HA3A 2E40A 4TTGA 4GZJA 1TUXA 4ZE5A 2A3BA 4P7QA 1Z32X 1OIMA 2CHNA 3WH5A 1CGUA 2CETA 1KR0A 4P7NA 3GZAA 2YJQA 2XYLA 4HOXA 4JL2A 2Y4SA 3AMGA 2XVPA 1JXJA 1E56A 4CCEA 3ARSA 1E6QM 4AD3A 4MB1A 1W1YA 4AMCA 5A95A 4UQAA 2XVKA 2DPEA 8A3HA 2GSJA 5FL0A 5CSYA 4AXNA 5A6BA 1CXFA 4P8UA 3WNMA 3N13A 3ECQA 4QCEA 3PZNA 1G0CA 4HOZA 1JI1A 3WD3A 2IUZA 3L2MA 5HDRA 3WDPP 4CGTA 1E15A 1FFRA 1QHZA 1XV8A 3GNPA 3EBVA 4GI9A 3TTYA 1BLIA 3G6LA 5D9NA 2XJ7A 5I24A 3CO4A 1UD6A 4HMDA 3WQWA 1FP8A 4BZYA 3LPFA 2WSKA 4RE4A 1GOQA 2A3EA 3AS2A 1B3YA 5A8NA 1V3KA 3U7BA 3ARQA 3NCOA 3PZQA 2OWXA 2FHFA 3IJ7A 3OB8A 3RM8A 4CCDA 2GJPA 1QPKA 3VIGA 1EA9C 2VX7A 1VIWA 3VDAA 3CMGA 4H04A 3AISA 2EPMX 1G01A 4QCFA 4AD4A 1KGWA 3EMCA 1NQ6A 1VB9A 3AJ7A 2BY2A 4PMDA 2J7GA 4LYPA 1QBBA 2WLZA 3AI0A 4WK9A 4XZBA 2CCRA 1WZMA 4UTFA 2CITA 4AIUA 5FKYA 1EDGA 2QMKA 1B3ZA 2BXYA 4NI3A 1JDAA 1OGSA 2ZUTA 3WF4A 2ZUWA 1YHTA 1E73M 2YBTA 1DWJM 1XRVA 1ZBKA 1EDTA 1PIGA 4J3SA 1MVYA 2CEQA 2QLYA 1MW0A 3WF0A 3SEPA 2D22A 2J25A 4CD6A 2WCGA 1UOKA 3ZMRA 1J0KA 1E0XA 4HP5A 4MNJA 1UWQA 3J7HA 2HISA 2VCAA 3PZIA 3WL1A 1R87A 5M3WA 3WH7A 4AZBA 3RILA 4HOWA 2D23A 1V6XA 3ARPA 2BS9A 1UA3A 3VGHA 5A8MA 1QI5A 1FHLA 4PYSA 2O92A 3KL3A 4N0RA 4BCEA 5A6AA 1VFFA 2JE8A 4ACZA 4B15A 4BA0A 3W81A 4BQ2A 2XPKA 4M56A 2BHZA 1TMQA 2PWEA 1HN1A 2W66A 4GO9A 2ZXQA 2WC4A 3PTMA 4OUEA 3CHCA 1M7XA 1QNOA 3U5UA 4V2XA 1PPIA 2X2YA 1MXGA 3PZGA 1GJUA 6A3HA 1LQ0A 4BQ3A 2F2HA 1QI2A 2E9BA 1E72M 3BAKA 3K1DA 1NM9A 4MNLA 4OOUA 1QNSA 2OSWA 3T0AA 1F4AA 5CPSA 3BCDA 4J28A 2VOTA 1JD9A 3TTSA 1OINA 3GH4A 2G8ZA 2X1IA 1EOMA 4WIWA 4A4AA 1PZ3A 3CUGA 3VIOA 3M07A 4GKLA 2BV9A 1MW3A 3L4VA 1UA7A 4PMOA 3WDRA 2W63A 5M5DA 2YA0A 1EOKA 3BAJA 4JFWA 3VIHA 1CGXA 4MDOA 1HNYA 4FLRA 3W38A 3RCNA 2VQTA 3VVGA 4LYRA 5DT7A 4JFVA 5EMYA 5BXRA 5I78A 4WLCA 1KXHA 1BTCA 4D6HA 5HNNA 4UFLA 4ZXLA 3VM5A 2DIEA 4W7VA 3ZT7A 3MV01 4W5UA 3SCUA 5JBFA 1G94A 1XCWA 1NARA 3ARYA 5A6KA 2V38A 4QAWA 4DWSD 1C91A 5D9MA 1B9ZA 2E9LA 4HMEA 1QNPA 4MAVA 1TR1A 1PBGA 4D6JA 1W9PA 2VNCA 2XVGA 3T0BA 1J12A 2W92A 2JEQA 1UZ4A 5TD4A 4AIEA 4TUFA 3QGVA 2CKRA 5GQBA 4UQDA 1EHNA 1J0ZA 1B3XA 2E3ZA 4HU0A 4UCFA 5A1AA 4AD0A 1WDSA 1H0IA 1MQPA 2J4GA 1U30A 3EDJA 5HPCA 3AIBA 4UOZA 3CZLA 5DMYA 1K9TA 3VIFA 1EQCA 5D4YA 4BQ5A 2EBNA 4PMXA 1B1YA 3TA9A 2WVVA 3UG3A 3RM4A 2YL5A 2G4FA 4R27A 5I5RA 1HJWA 3PN8A 3WL0A 1VENA 3FW6A 3SCNA 3WQ4A 4JIEA 3RJYA 3VKKA 2CNCA 1R86A 1QI3A 5A69A 1BGGA 2G3MA 3VIIA 3AZTA 5AY7A 1MQQA 4Z2GA 3RO8A 4CCCA 4ATLA 3ZR5A 4AY1A 2A3CA 1GOMA 3ZSTA 2D1ZA 1TA3A 3TTOA 4JAWA 4DUVA 2C7FA 3OZPA 1HJUA 2X0YA 5BYWA 1H0GA 3THCA 3B9DA 2YA2A 4WSJA 2B31A 4MTVA 3NJ3A 1GJWA 2XVLA 4UFIA 3AROA 2WMIA 2PWFA 1J01A 4PTWA 3BMWA 4A3HA 1JD7A 2XG9A 1BFNA 1E0WA 2JIEA 4LPCA 3T2OA 4CU7A 3RM9A 3FY1A 2BFGA 3WBEA 1EGZA 3RDKA 4C7GA 4XZWA 2EPKX 3II1A 3T2PA 3N12A 3WSUA 2FHCA 3ZJ6A 2ZUVA 5JIPA 4TX6A 4ACZB 1UKQA 2WMFA 3W0KA 3EMZA 1XSKA 1DWHM 1JFHA 2QHAA 4W87A 1QI0A 1CWYA 1BPLB 2PB1A 4W8BA 1UH2A 1UQYA 3AIQA 2VR5A 5I6SA 4FLQA 2Z1KA 5EFFA 4ATDA 3SCOA 2VL4A 1H1NA 1PX4A 2JFEX 4UR9A 3FHAA 2Z1SA 4TOQA 1F4HA 1J0IA 2ZUMA 4PCTA 2J62A 1OT1A 5BRQA 2WMKA 3L2LA 1W9DM 1MFUA 1XC6A 4YN5A 2D3LA 1JG9A 1ISYA 4BQ4A 3MSGA 5CJ5A 2UWFA 4OJYA 4CVUA 3AXIA 1JNEA 4OIFA 1US3A 1QI4A 3I3DA 1BQCA 1HF6A 1HXJA 1WZKA 1WNOA 2ZXBA 3GDBA 5DT5A 3GTNA 3IK2A 4JFSA 1YQ2A 2QPUA 4FMVA 1UD8A 4U2ZA 4D71A 3BAYA 3AICA 1V08A 5I77A 3QOKA 3S6TA 1HVXA 2VRJA 5HOSA 1CDGA 3SIMA 3WQ6A 4B3LA 3DHPA 1OGBA 4TXEA 1J18A 3SUWA 1H41A 1BVZA 1CGWA 3E1F1 1E3XA 4PRWA 4GI8A 2J78A 2WK2A 1MXDA 1W2VA 1E4IA 1UYQA 1JAKA 3A3HA 4NF7A 3K8LA 2XFYA 4OKDA 4JFTA 1M03A 2YOCA 1WO2A 4AD5A 1ZBCA 2BY3A 3DYMA 3AHYA 1JYWA 2PI6A 1PX3A 2ZE0A 2CXGA 3VNZA 3PZUA 4C7FA 1OM0A 2D3NA 1CLXA 2GUYA 2XUCA 4MAZA 4A3YA 1GPFA 1UHVA 1UD4A 5E70A 1EO5A 1SMDA 2O9RA 1JXKA 2GJRA 1MFVA 5M17A 1CXHA 4QLKA 3WMCA 4GQQA 2VZTA 1V3IA 4QLJA 4DWSA 4LQ1A 4HZ8A 1OD8A 1TG7A 4DUXA 2VR4A 2XHYA 2XGIA 3VMPA 2EEXA 1DTUA 4KGJA 2WVVB 1ZBWA 1TZ7A 2JALA 1UWIA 4IM4A 4E2OA 2Y24A 2DH2A 4H2CA 4AZIA 4HZ6A 1FOBA 2W4XA 1OCQA 4MJ2A 2CBVA 3M6DA 4U5KA 5DEZA 4AEFA 1BVNP 2D2OA 1N82A 1MWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BMV A;  1EO7 A;  2ZX7 A;  4JCL A;  4PUD A;  4B3K A;  3CBW A;  1NOU A;  3UER A;  1B2Y A;  4CN6 A;  1GVI A;  5BCA A;  3QHO A;  4MAD A;  2CBU A;  2V5D A;  1JND A;  5C8B B;  3WBA A;  5AC5 A;  5KEZ A;  1BSI A;  1E5J A;  1UKT A;  1V6W A;  2E0P A;  2J7H A;  1BG4 A;  1HJV A;  1B0I A;  1V3L A;  1E70 M;  4P8W A;  1B31 A;  2XSA A;  2XFF A;  1L0P A;  4U2Y A;  1E1F A;  3PZ9 A;  2IXV A;  3SUT A;  1PIF A;  1JYN A;  3EDD A;  5F7U A;  4JFU A;  3W29 A;  1ODZ A;  1UD2 A;  4UOQ A;  2EQD A;  1X6L A;  3ZQ9 A;  1E43 A;  4AEE A;  2GDU A;  1JZ7 A;  1NP0 A;  1JFX A;  4RE3 A;  4W7U A;  4IPL A;  2XIB A;  3GNO A;  3BGA A;  4U3C A;  2WB5 A;  2DEP A;  1EHA A;  3TTQ A;  2ZWZ A;  3BLP X;  4GIN A;  4MPK A;  3WNO A;  1NWT A;  1C8Y A;  4AZ7 A;  1LG1 A;  3BH4 A;  3VTR A;  3SCS A;  6TAA A;  3WNN A;  3AHV A;  3BXW A;  1FFQ A;  1SFS A;  4U31 A;  2CBJ A;  2DT3 A;  1QHO A;  4PCS A;  3VD4 A;  2D0G A;  3SCQ A;  5FCZ A;  1C92 A;  4NRS A;  3MMW A;  4PMQ A;  4UQB A;  3GH7 A;  3K4A A;  2X8R A;  2VZU A;  4Z2L A;  1E3Z A;  2BVT A;  4XX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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