2JFEX

The crystal structure of human cytosolic beta-glucosidase
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
459
structure length
459
Chain Sequence
FPAGFGWAAATAAYQVEGGWDADGKGPCVWDTFTHQGGERVFKNQTGDVACGSYTLWEEDLKCIKQLGLTHYRFSLSWSRLLPDGTTGFINQKGIDYYNKIIDDLLKNGVTPIVTLYHFDLPQTLEDQGGWLSEAIIESFDKYAQFCFSTFGDRVKQWITINEANVLSVMSYDLGMFPPGIPHFGTGGYQAAHNLIKAHARSWHSYDSLFRKKQKGMVSLSLFAVWLEPADPNSVSDQEAAKRAITFHLDLFAKPIFIDGDYPEVVKSQIASMSQKQGYPSSRLPEFTEEEKKMIKGTADFFAVQYYTTRLIKYQENKKGELGILQDAEIEFFPDPSWINVDWIYVVPWGVCKLLKYIKDTYNNPVIYITENGFPQSDPAPLDDTQRWEYFRQTFQELFKAIQLDKVNLQVYCAWSLLDNFEWNQGYSSRFGLFHVDFEDPARPRVPYTSAKEYAKIIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Crystal Structure of Human Cytosolic Beta-Glucosidase Unravels the Substrate Aglycone Specificity of a Family 1 Glycoside Hydrolase
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYTOSOLIC BETA-GLUCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 163
structure length 459
sequence length 459
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jfeX00
2VQTA 2X8RA 4CCCA 3ARPA 3ZMRA 1OBAA 3SCOA 1KGXA 1UWSA 2WHMA 1EXPA 2ZUTA 3ARUA 1EDGA 1TFVA 1LJYA 4CVUA 4UQBA 4MADA 1SMAA 1EHNA 2WK2A 1A3HA 1CECA 3QOMA 5CSUA 4PN2A 1AMYA 3WQ5A 3W0KA 5AY7A 1VFMA 2BXYA 2YA2A 4H8VA 4OKDA 4F9JA 1EA9C 1J0KA 1PIFA 4IPLA 1BVZA 3WMBA 2VCAA 4OIFA 1P6WA 2WM0A 1KQZA 3SUWA 1UH4A 2Z1KA 1E71M 3OB8A 4HOZA 3NSNA 4UCFA 1J0JA 1HN1A 3RMEA 1AQHA 1DTUA 1XSIA 2WWDA 5D8WA 3BAYA 5EMYA 1HVQA 1Q6DA 4LPCA 4EKJA 1BYBA 1ISVA 2D3NA 1J01A 1D7FA 1QHZA 5HDRA 3OLGA 1ISZA 3VIKA 3AS0A 2VMFA 4QLLA 1QNSA 2VRKA 3VILA 1BPLB 5ABFB 1C92A 1R87A 1GCYA 1E3ZA 4WK9A 4ZE5A 4P7QA 5A95A 4F79A 1OWQA 3WD4A 2OYLA 2D3LA 5JIPA 1NP0A 2MANA 1PX8A 3AIEA 1QNRA 4ZEPA 1XH1A 5BRQA 4NI3A 4PEEA 2A3BA 3FXYA 2JEPA 3WNPA 1DHKA 2ZUMA 2QPSA 1GZJA 2BY0A 1JFXA 4WKFA 3K4AA 1UH3A 1LLOA 1EGZA 5CQ1A 2E3ZA 2BVYA 3ARTA 1M7XA 1JI2A 1H0IA 1FA2A 3EMCA 1Y7VA 4ZENA 1H0GA 4KWUA 1NWRA 7TAAA 2V3DA 5A2AA 2G3JA 3UCQA 2WMHA 1EIBA 2A3HA 1B0IA 2E8ZA 2VZVA 3AI0A 1OSEA 2ZXDA 1E4NA 4CD4A 2NSXA 2W63A 4H8HA 4TTUA 4M82A 1FFRA 4K68A 4NSBA 1EHAA 3ARZA 1KQYA 1TE1A 3BGAA 4E8DA 2F8QA 3GTNA 3W6MA 1V6VA 1SMDA 4D6FA 2XJ7A 4GO8A 3GYCA 4JFSA 3AMKA 3BCFA 1BGAA 1JYVA 2YBUA 4W8BA 2Z1SA 5D4YA 1LL4A 5AC4A 3OG2A 1H2JA 2BVDA 1NOFA 2VURA 3QHMA 1NQ6A 2DT1A 2VX6A 2GK1A 3MUZ1 1O6IA 4TVUA 1UD3A 4S3JA 4UZSA 2PF0A 5FIPA 4YPJA 2WZIA 4J27A 2DDXA 1XCXA 3VKKA 3J7HA 3VX0A 4BQ5A 2GDUA 5CLTA 1WCGA 5A8MA 3SUTA 3W26A 4U5IA 4ACZA 3VIJA 2E9BA 1C8QA 1TMQA 3K8LA 4M56A 1GW1A 3VPLA 3SCTA 6TAAA 1G94A 2DSKA 1E15A 3BCDA 2E0PA 1WE5A 5I23A 4C7GA 3WQWA 1S46A 3OBAA 2X09A 3PN8A 1WDSA 4HMEA 3PZIA 4ML4A 1YQ2A 2IXVA 3W28A 3WNLA 1UH2A 1FHDA 2BY2A 3AHVA 1UZ4A 1AVAA 1KXHA 4JFUA 1PAMA 3WNNA 3AMDA 4U31A 2DSVA 1U33A 4AWEA 5GNZA 1F4AA 4OZOA 3EDEA 4HU0A 3CIVA 2O9OA 3WKZA 4AZ6A 5CPQA 4QFUA 4W86A 5F7UA 4XUYA 3WUBA 2EPOA 3DYOA 1C3FA 3VDBA 4MNJA 1UD6A 2YDRA 1OGGA 4HZ6A 1CZ1A 4ATDA 1XYFA 1E6RA 2GJPA 2YIHA 2XFFA 5A94A 2EPNA 3MU7A 4FLQA 3DYMA 1RPKA 1PEZA 3TTSA 3KZSA 3VX1A 4UFKA 1R7AA 4P8WA 4H8UA 2G4FA 4A3YA 4W93A 2FGZA 3AIQA 1JZ3A 4W84A 4UQDA 4HP5A 1FH9A 4H7VA 2WVTA 1QBBA 4PMYA 4D72A 3RILA 1WO2A 4XZBA 3F4VA 1VEMA 1V02A 3WY1A 4PMVA 3W4RA 2G3IA 1CWYA 4ACZB 2DSZA 1JZ7A 3AZRA 3VIFA 1CNVA 1GJWA 1UYQA 5IFPA 1J11A 1HKIA 3POHA 3WELA 4Z2JA 1X6NA 4D71A 3T0BA 2UY2A 1KBKA 3LPGA 1JDCA 3VGBA 4C7DA 2VI0A 2J77A 4LYRA 1RD6A 1V3JA 3A4WA 5BROA 4HA3A 2OWCA 1I1WA 2RGMA 1VF8A 1BYDA 1VJSA 1G0CA 3EDFA 4MNLA 3WDIA 4AZCA 3NCOA 1QI3A 1CBGA 1L0PA 2WW5A 4GQRA 1XH0A 3WQVA 2JFEX 1WZKA 1H49A 3BMVA 4KRUA 1H11A 1GHRA 3W27A 2WLZA 2O92A 2ZXQA 1W2PA 2XSAA 2JIEA 5DT5A 3VUPA 3ARWA 3SCPA 3UR8A 1B3XA 4WSKA 2CHNA 3VVGA 3GM8A 1GOMA 3T09A 4ZXOA 1E70M 1QHPA 3WMCA 4MJ4A 3M07A 4J3VA 1CIUA 3AICA 2O9RA 1RH9A 4GKLA 2WVUA 4P8VA 2X05A 2J78A 3VDHA 1UWRA 3VGHA 3VO0A 1JNDA 5FD0A 1ZBCA 4JFTA 3CO4A 1JZ2A 4A3HA 4HA1A 2VZOA 5E09A 2JALA 2W61A 4Z2IA 3ZJ6A 2EJ1A 2GDVA 1WZAA 2JF6A 2WMIA 4AIOA 4BCEA 5ABEA 4D1JA 3VGDA 3GH5A 3VIIA 3W37A 1OGSA 3DYPA 3ARYA 2GJXA 4PMDA 3WL0A 1UQZA 2DSUA 5CXPA 5A6AA 4A4AA 4X0VA 1QI2A 3MSGA 5FKYA 1CGWA 3UEQA 1RP8A 2BFGA 5GQBA 1C93A 2HVMA 3MMUA 1U2YA 3MS8A 4FLSA 4D6CA 2XYLA 1N82A 3MMWA 2YKKA 2EPLX 2J74A 3UESA 2CHOA 3A4AA 4TTGA 4MAVA 3WF3A 4Z2HA 3TOPA 3II1A 5A6SA 5A1AA 1FH7A 5I78A 1X1NA 3SEPA 4BA0A 3ARXA 1V6WA 1TG7A 3UETA 2J79A 2WCAA 4M80A 3ZJ7A 5JIWA 3L4VA 4HMCA 1J0YA 3CMJA 2WYSA 4FLOA 1E43A 2J7DA 2V38A 4GO9A 3OLIA 3GDBA 3PHAA 3CUGA 4GI8A 1E6PA 4AD4A 2ZIDA 4NRRA 1MFVA 1MQPA 5FL0A 4D6IA 1CXHA 4V2XA 3I3DA 1E73M 2OSWA 2PWGA 3WH9A 2WSKA 1E6QM 1OD8A 3QR3A 4D6JA 1PX3A 1CDGA 5A8NA 1QW9A 3AMGA 2C8NA 1TZ7A 2ZXBA 3FY1A 5HNNA 2EPMX 1NARA 2ZX5A 3GXMA 2QLYA 2FH8A 4AZBA 1GVYA 1BHGA 4AY1A 1KR1A 1UOKA 2W66A 2EPKX 1HL9A 1H1NA 1KGUA 4JHOA 1HP5A 3BAIA 3O2LA 1JIBA 4QP0A 4CU8A 4JZ5A 1QVBA 3MUY1 4HPGA 3WEMA 2ZUWA 5D9PA 3CHDA 2DH3A 4J3SA 1MVYA 3ZM8A 1B3VA 4XZWA 1V0LA 1ZBKA 2CITA 3ALFA 3NSMA 4GI6A 1EDQA 1E5NA 1PJ9A 3RPMA 1JNEA 1VFUA 1LG1A 1HL8A 3ZIZA 2X1IA 1AQ0A 2CPUA 2HISA 3GH4A 4BQ2A 4P7OA 1HXJA 1VBRA 1H41A 3WF4A 7CGTA 3CHFA 4PBGA 4HTYA 3CH9A 4P8XA 4URIA 4J3TA 4F66A 3HN3A 5E0FA 2DPEA 4AD3A 2J7CA 3N12A 1ZJAA 3MKKA 8A3HA 2CIPA 4M8UA 2QV4A 3VGFA 4LGXA 2WC4A 1E1EA 2XFRA 2FGLA 2DT0A 2Y5EA 3T0DA 4UOZA 3HU7A 1JD7A 1UD5A 4OOUA 4WIWA 4AEEA 1UD4A 3BXWA 2VT0A 3AS1A 4J3XA 2WMKA 1BSIA 2BY1A 4ACYA 3N11A 4XX6A 3LPPA 4H04A 5CJ5A 4EK7A 1V3MA 1MQQA 4L4OA 5E9AA 5KEZA 1KCLA 2X0YA 3TP4A 5D9OA 3VTRA 2VO5A 3I3EA 3DECA 1QNPA 1GOOA 2B31A 2YL6A 4B9ZA 1UQYA 2DQXA 2AMGA 2WBKA 3K4DA 1NWSA 3ARQA 2W67A 5A6BD 3ZR5A 1BYAA 6CGTA 1KXQA 1GQJA 4J28A 3OLDA 4JFWA 1JZ8A 2WC3A 2ZWYA 1ESWA 1FH8A 1GQKA 3T2OA 3B8SA 4MPKA 5CGTA 4F9DA 1B3WA 2F2HA 1QNQA 1R8LA 4TVCA 3GXDA 2CBJA 3PZTA 1UR2A 1FFQA 4N42A 2WKGA 3G6LA 1UKOA 2IUZA 3OLEA 2WANA 4AIEA 4PSPA 4PUDA 1PPIA 5BXRA 5CLWA 4JL2A 1UWQA 3CZ8A 1HT6A 1NM9A 3TTOA 1H3GA 2YA1A 1ITCA 4B3LA 1W9BM 1EH9A 3WDJA 3KL0A 1UKTA 3WH6A 1VB9A 1JYWA 2WMFA 4KRTA 3EDDA 4LQ1A 1LL6A 2J75A 5CSYA 2ESCA 1J9YA 3ARRA 4PRWA 1HNYA 2GJRA 1H4PA 1ECEA 2J7FA 1ISYA 1BVNP 4R5EA 1H5VA 1QNOA 3PZMA 3D5HA 3NIYA 3WNKA 4AYSA 2D22A 3NDYA 1E6ZA 1D3CA 4PMOA 3IJ7A 1WP6A 4CU7A 4WKAA 4DM1A 1TCMA 2VOTA 3WNMA 1US3A 4U2ZA 4QDMA 5C70A 1VFFA 5LA2A 2F61A 1WZLA 5C71A 4PMNA 1Q6FA 3PTQA 3U7BA 1UR8A 2CXGA 1UUQA 3AXHA 3WFZA 1HKKA 4FLRA 4CVWA 5D9MA 3K46A 3T2QA 1CENA 4R27A 1OIMA 1LWJA 1UA7A 2E40A 3EMQA 1QBAA 2XGBA 4CN6A 1WNOA 1JL8A 3B9DA 3BAKA 3SCUA 2YDQA 1BG4A 4PMZA 2W91A 2OWWA 2WVVA 1WDQA 3WNOA 3PZGA 3VDCA 1B3ZA 1K9DA 1V3KA 3VGEA 1VRXA 2BNJA 2ZE0A 1QI0A 1JYNA 3QHNA 3T08A 3SCWA 2YJQA 3K8MA 2E8YA 3K1DA 5HXMA 1MWOA 4AZ7A 5FOOA 1WB0A 4HZ7A 4OBSA 5A6LA 2XM1A 3VNYA 1J0ZA 1MW1A 3AQUA 2W5FA 2XWDA 1W2VA 5A69A 4ATLA 5M03A 1CPUA 1J0HA 4EE9A 1EO7A 2CCRA 3T2PA 2BY3A 3TONA 2DIEA 5A6MA 2WPGA 3UERA 1HJQA 3OZOA 2XVNA 4J3UA 1GNXA 2BHUA 1E9LA 4RL3A 1RP9A 4BF7A 1E4LA 2J7EA 3L4WA 4MB3A 1WDPA 4D6EA 1ODZA 2CKRA 4X0NA 1K6AA 3B9AA 1UR0A 1MW0A 2YDSA 1NOWA 2UWFA 5I79A 3ZT6A 3WQ8A 4UR9A 1IZJA 2W92A 3L4YA 1Q4NX 1GQIA 3EDJA 3FHAA 2XGIA 2BS9A 2WLYA 3PZQA 4J3WA 1DP0A 4ZFMA 1JD9A 3F5JA 3RIKA 3QGVA 1UR9A 3VU2A 1A47A 2WMGA 4PTXA 1CXIA 4NF7A 4WLCA 5LYRA 3A6OA 4DWSA 3W6LA 1E55A 1VJZA 4U3AA 3OGRA 2OYKA 1B31A 3HJEA 3N15A 3VIHA 2GK1B 2W62A 1FOBA 5LA1A 1B9ZA 2Y4SA 4D6HA 3W25A 3PZ9A 2FHBA 2VC9A 4TX8A 1SR0A 1HVXA 4AMCA 2YBTA 3SUVA 3U5UA 2C0HA 5BRPA 1W9DM 3RM8A 4Q7NA 1CXEA 1TVPA 4TUFA 2VX7A 1XHGA 4N0RA 4HOWA 2V3GA 1UWTA 4MTVA 4PUEA 2E9MA 1VEPA 5CGMA 2VTFA 2FHFA 3M7SA 3KE0A 1W32A 2CETA 2DEPA 1JG9A 5D8ZA 2GSJA 3AIRA 3PZNA 2BXZA 3A4XA 6A3HA 2EQDA 4EANA 4Q22A 3D3AA 1DWJM 4HOXA 2CNCA 5CPTA 1UA3A 5DMYA 5JBFA 2J25A 1GORA 1I1XA 1XYZA 2Y8KA 3AYSA 2XM2A 5CG0A 4WJXA 4QAWA 4Z2GA 5ABHA 1Q6GA 5DT7A 3M6DA 4W5UA 3N9KA 1FHLA 4FF5A 1MYRA 3E1F1 3EDKA 3WDPP 3BSGA 2XWEA 4DWSB 4U33A 3S2CA 3MV11 2EBNA 1KXVA 1C8YA 3NYDA 5AC5A 4PCSA 3KL5A 1IZKA 1JAEA 3CZEA 4AZHA 4MDPA 2QF8A 1VIWA 4AEFA 2FDMA 1NWUA 5KZ6A 3AMLA 3MANA 5BXPA 4UFHA 4IM4A 1QOXA 3ARVA 4JKMA 1TA3A 3RDKA 5FCZA 5BXTA 1OGBA 3GXFA 1V3IA 2ZXAA 5I5RA 3LMYA 2PWDA 3CUJA 4DWSC 2JEQA 5EFDA 1HJVA 1FP8A 4W8AA 3PZUA 4MB5A 3SCSA 4HZ8A 3CTTA 4UFIA 2FHCA 1DWGM 1ZB5A 5M5DA 1LG2A 1V0NA 2ZX6A 2J7BA 4YHEA 1CGXA 1JXJA 1KXTA 3NDZA 4AZCB 4AD1A 4TVDA 2JF7A 1KCKA 3AHYA 3AOFA 3VD3A 3SUUA 5IFTA 1V03A 1VAHA 3SCQA 2Y24A 5GPRA 1QI5A 1CGVA 3O9NA 3PZVA 4JCLA 1V6YA 4AXNA 3VIGA 1GOKA 5EB8A 1I75A 3AFBA 4YN5A 5AYBA 1B2YA 1ISWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VQT A;  2X8R A;  4CCC A;  3ARP A;  3ZMR A;  1OBA A;  3SCO A;  1KGX A;  1UWS A;  2WHM A;  1EXP A;  2ZUT A;  3ARU A;  1EDG A;  1TFV A;  1LJY A;  4CVU A;  4UQB A;  4MAD A;  1SMA A;  1EHN A;  2WK2 A;  1A3H A;  1CEC A;  3QOM A;  5CSU A;  4PN2 A;  1AMY A;  3WQ5 A;  3W0K A;  5AY7 A;  1VFM A;  2BXY A;  2YA2 A;  4H8V A;  4OKD A;  4F9J A;  1EA9 C;  1J0K A;  1PIF A;  4IPL A;  1BVZ A;  3WMB A;  2VCA A;  4OIF A;  1P6W A;  2WM0 A;  1KQZ A;  3SUW A;  1UH4 A;  2Z1K A;  1E71 M;  3OB8 A;  4HOZ A;  3NSN A;  4UCF A;  1J0J A;  1HN1 A;  3RME A;  1AQH A;  1DTU A;  1XSI A;  2WWD A;  5D8W A;  3BAY A;  5EMY A;  1HVQ A;  1Q6D A;  4LPC A;  4EKJ A;  1BYB A;  1ISV A;  2D3N A;  1J01 A;  1D7F A;  1QHZ A;  5HDR A;  3OLG A;  1ISZ A;  3VIK A;  3AS0 A;  2VMF A;  4QLL A;  1QNS A;  2VRK A;  3VIL A;  1BPL B;  5ABF B;  1C92 A;  1R87 A;  1GCY A;  1E3Z A;  4WK9 A;  4ZE5 A;  4P7Q A;  5A95 A;  4F79 A;  1OWQ A;  3WD4 A;  2OYL A;  2D3L A;  5JIP A;  1NP0 A;  2MAN A;  1PX8 A;  3AIE A;  1QNR A;  4ZEP A;  1XH1 A;  5BRQ A;  4NI3 A;  4PEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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