2JIEA

Beta-glucosidase b from bacillus polymyxa complexed with 2-f-glucose
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRHGYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus Polymyxa Beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights Into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 165
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jieA00
1TVPA 2ZWYA 4HOZA 5IXEA 3VIIA 5HOSA 1JXJA 4BZYA 3MSGA 1GUVA 2DSZA 2ZX6A 2XHYA 3ZR6A 3D3AA 1TE1A 2W66A 1NARA 1Y7VA 4S3JA 5D9NA 2HISA 3WDJA 1E1FA 3WH9A 1E73M 4WK9A 4H41A 4TVCA 3VD5A 4J3SA 1M04A 1U30A 3AI0A 1M7XA 3AOFA 1JI1A 3WH8A 2Q8XA 2YL8A 1W9UA 1F4HA 2OSYA 3OA5A 1UH3A 1MW3A 4WIWA 3ZJ7A 1W2PA 3MU7A 2VMFA 4DUVA 3J7HA 3WBAA 3B8SA 4PMUA 3GXIA 1JZ4A 1OT2A 4P7NA 2EEXA 1JAEA 1L8NA 3GH4A 3VNZA 2W4XA 3O9NA 4JFUA 4UZSA 3CUFA 1PPIA 3CLWA 3IJ7A 3I3DA 1D2KA 1K9DA 1IV8A 4D6JA 4W86A 3BMVA 1C91A 3WUFA 4WSJA 2J7HA 3RILA 4NRRA 1HP5A 4MB4A 5A6MA 4JAWA 3AHXA 1LLOA 1EO5A 1JNDA 5BROA 1VJZA 3PZ9A 3GTNA 3SUUA 1YHTA 5A6BA 1ODUA 3W37A 4IUGA 5BYWA 1JFHA 3LPPA 1O7AA 3AXIA 2EPKX 1Q6EA 3B9AA 3EMZA 4XZBA 1N82A 2DT1A 2WZEA 4PMOA 1QW8A 1OWQA 2J8FA 4N0RA 4F9JA 2GJPA 4PEEA 1V3KA 4XV0A 2A3HA 2WXDM 2J47A 2BY1A 4U5IA 5ABFA 1FFRA 5HBFA 3AS3A 4P8XA 1VIWA 3VMNA 5A94A 1I1WA 2BVYA 2VO5A 2WAGA 4ACZB 1CEOA 2QPSA 3W26A 1Q6FA 2DEPA 2ZX7A 1FHDA 3CZGA 5A2AA 1PIGA 3OGVA 3SUSA 2J77A 1QI0A 2CERA 1FH7A 2GJRA 4JFVA 1W9BM 2CITA 1W3LA 1LF1A 2XWEA 4JIEA 1LL7A 3NJ3A 3F5LA 3PTQA 3SCRA 3ZOAA 4DWSA 2EPOA 1C3FA 1UKPA 3AIVA 1JYWA 4AYSA 2PC8A 3WNNA 3VO0A 2QHAA 2VX7A 1LG2A 4PTWA 2VZUA 1XSJA 4AD4A 5ABHA 5I2UA 1H3GA 4HPHA 1PAMA 1KR0A 1DWHM 4H8HA 4JZ5A 5BXTA 1BYAA 2VVNA 3EDFA 4U33A 2VX5A 3ALFA 4GO9A 4IM4A 5TD4A 2EXOA 4PYSA 3AXHA 1B3YA 4D6DA 5CGMA 3L2LA 1WZKA 3A47A 1UR9A 4UZUA 3WH5A 2X09A 3AYSA 3AIQA 1S46A 2F61A 3K8LA 3CHEA 1DWJM 1V6XA 1EDQA 4P8WA 1V6YA 1OCQA 2WSPA 3BLKA 9CGTA 3OIHA 4BQ4A 3AMDA 3AICA 1ZB5A 2XVLA 4M29A 2XIIA 3T2OA 1HP4A 2EBNA 4AEFA 5JIWA 2WANA 4PUDA 3NSMA 3GNPA 2OWWA 4IPNB 3BAJA 4M82A 3EDEA 1JFXA 2VR4A 3WIJA 4AISA 1EHAA 4NZCA 3SUTA 1BVNP 1HT6A 1VF8A 1CGVA 3T2PA 4QP0A 4MNJA 1BG4A 3AHTA 4AXNA 1JL8A 3ZQ9A 5I0DA 2UY4A 1QNPA 4AD0A 3G6MA 1GOKA 3DC0A 1DWGM 2PB1A 3GXMA 1P6WA 3M7SA 5IFPA 5JBFA 3WUBA 5I5RA 4MAZA 1O6IA 1B9ZA 1KWKA 4HMDA 1R85A 1W9DM 4UQBA 3T09A 3VPLA 1E56A 1KXHA 4AWEA 4JHOA 4PUEA 3WH6A 2FH8A 3DHUA 3M46A 3F4VA 3ARWA 2XSAA 2CKSA 2XIBA 3OG2A 4UQCA 1VBUA 1KB3A 1J10A 2E3ZA 1E43A 1KXVA 3ZJKA 5E70A 5FCZA 1J0IA 2DT0A 4CVWA 3T2QA 1XH0A 2AOSA 2W63A 4PMYA 3TTQA 2ZUMA 3WENA 5CQ1A 1AMYA 2YOCA 2VC9A 2WCSA 3ALGA 1MWOA 1UD5A 1J11A 4M81A 4GZIA 4J27A 2VTFA 3WF2A 5IHRA 1JZ8A 1UH4A 2VRKA 4AZ7A 2W67A 2OWXA 3WNLA 2XVNA 2PWGA 4TVDA 4NRSA 3VILA 3AXXA 1NP0A 1UKTA 4E8DA 4W89A 3F5KA 2VL4A 1WZAA 1WAWA 1VFOA 1KCKA 1FP9A 2UWFA 2JALA 1H4PA 4AD2A 1KXQA 1W32A 2WSKA 1I1XA 3N12A 1EH9A 1QVBA 3GXFA 1MXGA 1W1YA 3VOCA 2J4GA 3MMWA 1E40A 1GW1A 1Q6DA 4W7UA 4X9YA 4HU8A 4GQRA 4ZXOA 1IZJA 3CZEA 1DWIM 3VIOA 4OUEA 1RPKA 4WF7A 4GINA 4QFUA 5IDIA 4AZHA 2E8ZA 3ZM8A 3CO4A 4ATWA 1A47A 2CBJA 2F2HA 2VNCA 4CCEA 1GJUA 1HJSA 5BRPA 1E6PA 1KGXA 3WNPA 3L4ZA 6TAAA 2J78A 4QLJA 2MANA 3CTTA 4LYRA 4TUFA 1G1YA 4Z2JA 1DHKA 4YN5A 2XGIA 1V0LA 2V3FA 5JBDA 1LL6A 2ZUTA 1J0JA 2WZHA 4KGLA 3K1DA 4H2CA 2C8NA 1QNRA 4UFLA 3TA9A 2J7FA 1BAGA 3CIVA 3WF4A 4KRTA 1Q6CA 3RM9A 3WD1A 4XUYA 1TCMA 3AIUA 3TTOA 4U3CA 1XD0A 1BF2A 1QI5A 4OBRA 4UQ9A 3QHOA 1XRVA 1D7FA 3ARTA 4FLQA 1BYDA 2OSXA 3SEPA 2WLZA 3U7VA 3AYRA 4BF7A 2O92A 5HPOA 2BY2A 2WMHA 1J0YA 1J0KA 4ZXLA 3WQ8A 2PBGA 3SIMA 4M80A 4AD3A 1UR8A 1UD2A 4U31A 1B90A 2XM2A 3UG5A 4DM2A 4L4PA 2VUYA 4UFHA 4J3VA 1UR1A 3F5JA 3UERA 5CJ5A 5CZKA 1ECEA 4H04A 1MFUA 5I3DA 1J18A 3L4VA 5A6BD 3I3EA 3SCSA 1I75A 4HMCA 1GOQA 4AD5A 4A3HA 4W84A 1UWIA 5A95A 1JGIA 1E4NA 1A3HA 1H11A 1W91A 3LPGA 4CN6A 3CHFA 1E1EA 2WMJA 4UFKA 5CG0A 3ARUA 2J7BA 1C8QA 3VDBA 5AYIA 4HU0A 1PEZA 3BLPX 3KL0A 3MUZ1 3K4AA 3GNRA 3CMJA 2QMKA 1WPCA 1GVYA 1K6AA 1DTUA 2YJQA 2ZXDA 5BCAA 1MW1A 1BLIA 2ZX9A 2WC3A 3NYDA 4A4AA 3QHMA 2OYMA 5I78A 1E6QM 1R7OA 1EQPA 1UA7A 1VAHA 3BAYA 4TX6A 2QPUA 1NOFA 3LMYA 1J0HA 3FHQA 1ZJAA 1QNSA 5FKYA 1B3XA 1E4IA 2WCAA 5GNYA 1HL8A 2ZUWA 2EPLX 3NSXA 5EFDA 1W1PA 2WBGA 2YLAA 3PZIA 1UHVA 3VIJA 1LL4A 3WFLA 1CLVA 2VR5A 4FF5A 1CXFA 1UR0A 4C7GA 4BQ5A 2XUCA 2UY3A 5HPCA 4W7VA 3SUWA 1CXEA 3PZNA 2D0FA 2ZUSA 2A3AA 5BXPA 4FLOA 3WD3A 1NOUA 4B9YA 3PTKA 2JIWA 1JNEA 1ISYA 1XH1A 4WKHA 1X6LA 2JFEX 2YBUA 5F7UA 2JF6A 2YLLA 2VQTA 3WQ4A 3QOKA 2ESCA 2OYKA 3WUEA 1B3VA 3FAWA 3OGSA 3BCDA 8CGTA 2Y4SA 2QF8A 4GZJA 1UWTA 3FN9A 3MV01 3L4WA 5LA0A 3ARQA 1DWAM 2WKLA 3VIGA 1BVZA 1JDDA 2G41A 4PN2A 1OGSA 4CD8A 1J0ZA 4R27A 1GQLA 2WM0A 4J3XA 1BYCA 2GK1B 1ZBCA 1B3ZA 2ZOXA 4MDPA 2X8RA 2DGAA 4U2YA 4BQ2A 2YL6A 1B0IA 1EXPA 1KR1A 1KXTA 5I6SA 3K8KA 1W3KA 1LWHA 2J79A 4JCMA 5IHSA 3MANA 1BHGA 3KEHA 4XB3A 2V5CA 4AY1A 4KRUA 3SCUA 2AAAA 4FMVA 2Y24A 2Z1KA 1D3CA 1UKOA 2A3EA 1TA3A 1UR4A 2XFRA 2VQUA 4GO8A 4KGJA 2V3DA 1X6NA 4P7QA 1V6WA 2J7EA 5KEZA 1BG9A 1KBBA 1MFVA 3GH7A 3DECA 2F8QA 2G3NA 3W81A 3WQ6A 4CD7A 1AQMA 2G4FA 4R5EA 1PX4A 4GIAA 3PZOA 1VENA 1SMAA 1XV8A 4P7OA 4CN4A 3T0DA 3T0AA 4PCSA 4CD5A 1VEOA 3W6MA 3VX1A 1C92A 2YA0A 2DT3A 5I77A 4DM1A 1W9PA 1W9XA 2RGMA 4GPNA 2VZVA 1NM9A 4C7FA 1WP6A 4UQEA 1HKKA 2CKRA 2WZIA 4D72A 2VX4A 2HVMA 2X05A 2O9RA 1HIZA 4W8LA 4OOUA 3AROA 4FLRA 4PMDA 5D4YA 1BPLB 3SCNA 2EPMX 2BY0A 3VDHA 5JBEA 5ECUA 1B2YA 2XGBA 3N9KA 4AD1A 1GQIA 2DSVA 3BXWA 3CMGA 3UESA 3ZSTA 2FHCA 3GNOA 1VBRA 1BGAA 1QHPA 4J7RA 2CNCA 1UOKA 1C7SA 5E09A 3MMDA 4JHZA 2D20A 4P7RA 4H8UA 4GXPA 3AZRA 3VIPA 4OKDA 3FW6A 3OLDA 5CSYA 1CDGA 1G94A 3OBAA 3B9EA 4AEEA 5DEZA 2UY2A 2PBOA 5CSUA 3W24A 1XD1A 1H0GA 2Y8KA 4HA1A 4PMVA 1C90A 3KL3A 3VGDA 3ARXA 1NWSA 5A6JA 3K46A 4KMQA 4WKFA 3RPMA 4NSBA 3M6DA 1GOIA 2JEQA 1E0VA 2CHNA 1UR2A 2WHKA 1U33A 3PZQA 1E6RA 4D6IA 1F4AA 3RM4A 1H41A 2FHFA 4CUCA 1CXIA 2JF7A 3WEOA 2YKKA 1XCWA 2XVPA 1V03A 5M03A 5AC5A 4W93A 5ABGA 3NDYA 2WHLA 4QCFA 5A6SA 1UWUA 3SCTA 3A4AA 4UR9A 2DPEA 3SCQA 2DIJA 2CPUA 3KWXA 1CPUA 1G9HA 3WDRA 1E0XA 3WEZA 1VFMA 3HU7A 3OZPA 4LYPA 1KGUA 2ZXQA 1E0WA 4KWUA 1E71M 2BS9A 7CGTA 3VD7A 3GZAA 2ZWZA 5LA2A 4P8UA 1MW2A 1VEMA 1G5AA 4HZ6A 6CGTA 3RCNA 3N18A 2D22A 3N1AA 1UZ4A 3WQWA 1GCYA 5HXMA 2E9LA 5C70A 1E9LA 3JUGA 4BA0A 7TAAA 4GZEA 4Z2HA 1GPFA 5FL0A 3CZLA 4CCDA 3VDAA 1HNYA 3AHYA 5DFAA 5DO8A 4MPKA 1XH2A 4AZBA 1RH9A 4ACYA 3WN6A 1K9FA 3IAPA 3VUPA 1HN1A 4Z2IA 1QHZA 4CKQA 2D23A 3LPFA 1OD8A 3A6OA 5A69A 4UOZA 4ZFMA 3L4YA 5D9PA 3WF3A 1ISWA 3VIHA 1NWTA 3IJ8A 2WMFA 4B9ZA 1XCXA 1E6SM 3ZT7A 4RE4A 3N13A 1L0PA 3BH4A 3CHCA 4HP5A 1FOBA 1Q4NX 1SYTA 4KH2A 1ISXA 3PTMA 4W85A 1QBAA 4QLKA 4FK9A 4L4OA 5A8MA 3UG4A 3VKKA 5GNXA 2QV4A 4NI3A 2O9TA 3WMSA 1E70M 1JF5A 4M1RA 5E6ZA 1MXDA 2V3GA 1BTCA 2FDMA 1TFVA 5HNNA 3WNKA 4J3WA 3T0BA 1G0CA 4BQ3A 3CZ8A 3IJ9A 3RMEA 1WB0A 4J28A 3CUIA 2RGLA 3TOPA 4UQAA 2J7CA 2NT0A 2E9MA 3WSUA 4UFJA 1MYRA 1PJ9A 4PTMA 4TVUA 1C93A 1G01A 2Y5EA 2YL5A 1V6UA 4MAVA 2OYLA 1AQHA 4MNMA 2J25A 1UWQA 3E1F1 3SCWA 1JZ3A 1TR1A 2J7GA 3K4DA 1RP8A 2CESA 3DYPA 4Z2GA 1R86A 1GOWA 5FD0A 4OIFA 1CGXA 4MNKA 3NIYA 2C0HA 2DDXA 1KCLA 2PI6A 3WF1A 4M24A 3W38A 2TAAA 3WL0A 1QNQA 1V02A 4JKLA 2OSWA 5FIPA 1EOKA 1CYGA 2W61A 2XVKA 5CLTA 4MNLA 5CGTA 3W28A 4MB5A 3UR8A 1U2YA 5BWFA 3AS0A 4MJ2A 2YA1A 4OBSA 3GXDA 1CBGA 1GZJA 3PZGA 2X0HA 3AS2A 1VFFA 3RJXA 2ZIDA 1BFNA 2J74A 3WDQA 1HXJA 2ZX5A 5ABFB 1FA2A 2WWDA 1E5JA 1MQPA 1SMDA 3WBEA 2VZTA 2YDQA 1V0MA 2G3IA 2XM1A 3W6LA 3RJYA 1H49A 3U5YA 4CVUA 1GONA 4JKKA 3OLGA 1UUQA 4D6FA 1E6NA 1OB0A 1GHRA 4AIOA 4DWSB 2W5FA 4P8VA 1JAKA 2Y8VA 1HJXA 3NDZA 1EGZA 4MB1A 2WK2A 1OGBA 4W5UA 4AZCA 1JD9A 3DHPA 1CENA 1H5VA 2WPGA 3WMCA 4PBGA 5AC4A 4M56A 1W9VA 1V3LA 3CGTA 4AZ6A 3THCA 1OIFA 3A3HA 4XZWA 4H7VA 1PX8A 5A6KA 1K9TA 1FFQA 2NSXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TVP A;  2ZWY A;  4HOZ A;  5IXE A;  3VII A;  5HOS A;  1JXJ A;  4BZY A;  3MSG A;  1GUV A;  2DSZ A;  2ZX6 A;  2XHY A;  3ZR6 A;  3D3A A;  1TE1 A;  2W66 A;  1NAR A;  1Y7V A;  4S3J A;  5D9N A;  2HIS A;  3WDJ A;  1E1F A;  3WH9 A;  1E73 M;  4WK9 A;  4H41 A;  4TVC A;  3VD5 A;  4J3S A;  1M04 A;  1U30 A;  3AI0 A;  1M7X A;  3AOF A;  1JI1 A;  3WH8 A;  2Q8X A;  2YL8 A;  1W9U A;  1F4H A;  2OSY A;  3OA5 A;  1UH3 A;  1MW3 A;  4WIW A;  3ZJ7 A;  1W2P A;  3MU7 A;  2VMF A;  4DUV A;  3J7H A;  3WBA A;  3B8S A;  4PMU A;  3GXI A;  1JZ4 A;  1OT2 A;  4P7N A;  2EEX A;  1JAE A;  1L8N A;  3GH4 A;  3VNZ A;  2W4X A;  3O9N A;  4JFU A;  4UZS A;  3CUF A;  1PPI A;  3CLW A;  3IJ7 A;  3I3D A;  1D2K A;  1K9D A;  1IV8 A;  4D6J A;  4W86 A;  3BMV A;  1C91 A;  3WUF A;  4WSJ A;  2J7H A;  3RIL A;  4NRR A;  1HP5 A;  4MB4 A;  5A6M A;  4JAW A;  3AHX A;  1LLO A;  1EO5 A;  1JND A;  5BRO A;  1VJZ A;  3PZ9 A;  3GTN A;  3SUU A;  1YHT A;  5A6B A;  1ODU A;  3W37 A;  4IUG A;  5BYW A;  1JFH A;  3LPP A;  1O7A A;  3AXI A;  2EPK X;  1Q6E A;  3B9A A;  3EMZ A;  4XZB A;  1N82 A;  2DT1 A;  2WZE A;  4PMO A;  1QW8 A;  1OWQ A;  2J8F A;  4N0R A;  4F9J A;  2GJP A;  4PEE A;  1V3K A;  4XV0 A;  2A3H A;  2WXD M;  2J47 A;  2BY1 A;  4U5I A;  5ABF A;  1FFR A;  5HBF A;  3AS3 A;  4P8X A;  1VIW A;  3VMN A;  5A94 A;  1I1W A;  2BVY A;  2VO5 A;  2WAG A;  4ACZ B;  1CEO A;  2QPS A;  3W26 A;  1Q6F A;  2DEP A;  2ZX7 A;  1FHD A;  3CZG A;  5A2A A;  1PIG A;  3OGV A;  3SUS A;  2J77 A;  1QI0 A;  2CER A;  1FH7 A;  2GJR A;  4JFV A;  1W9B M;  2CIT A;  1W3L A;  1LF1 A;  2XWE A;  4JIE A;  1LL7 A;  3NJ3 A;  3F5L A;  3PTQ A;  3SCR A;  3ZOA A;  4DWS A;  2EPO A;  1C3F A;  1UKP A;  3AIV A;  1JYW A;  4AYS A;  2PC8 A;  3WNN A;  3VO0 A;  2QHA A;  2VX7 A;  1LG2 A;  4PTW A;  2VZU A;  1XSJ A;  4AD4 A;  5ABH A;  5I2U A;  1H3G A;  4HPH A;  1PAM A;  1KR0 A;  1DWH M;  4H8H A;  4JZ5 A;  5BXT A;  1BYA A;  2VVN A;  3EDF A;  4U33 A;  2VX5 A;  3ALF A;  4GO9 A;  4IM4 A;  5TD4 A;  2EXO A;  4PYS A;  3AXH A;  1B3Y A;  4D6D A;  5CGM A;  3L2L A;  1WZK A;  3A47 A;  1UR9 A;  4UZU A;  3WH5 A;  2X09 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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