2JK2A

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. crystal structure of the wild type enzyme.
Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (6-11)TI5 (223-226)EMPTYTIV1 (12-15)S3 (60-63)TIV2 (92-95)AH9 (198-202)TI1 (34-37)TI2 (56-59)S2 (37-42)3H1 (45-47)AH3 (80-86)AH4 (96-102)S4 (90-93)S5 (122-127)S6 (160-164)AH5 (106-119)TIV3 (154-157)TI3 (157-160)AH7 (138-152)O1 (165-167)AH6 (131-136)S7 (206-208)3H2 (167-169)TII2 (169-172)AH8 (178-194)TIV4 (194-197)AH10 (216-222)AH11 (238-245)S8 (228-231)AH1 (18-30)AH2 (48-54)TII1 (74-77)3H3 (233-236)TI4 (213-216)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jk2A00
2V5LA 4TU1A 3NM3A 2QR6A 2VELA 4O12A 5D03A 5EBUA 2DZPA 3KRSA 2H8ZA 3UPWA 1BWLA 1N55A 1RZMA 4NZFA 1KTCA 3IGXA 3NQAA 3TW6A 2YYUA 4WOZA 3GAKA 3FIGA 3PM6A 3E96A 1EP2A 1X6UA 1U83A 2Q3OA 3FYOA 3NL2A 4GRSA 5IBXA 1AL7A 1IIGA 4WUIA 3B0PA 4NQ1A 4XUGA 2V2HA 3PBUA 3NAVA 2I9EA 1SO6A 3W1TA 3NVTA 2JKPA 1G7UA 3M43A 3PUOA 1WBHA 1H7RA 3W7EA 1ICSA 2FPYA 3R2GA 4LVFA 5AYXA 5LZLA 1WYIA 3UY8A 7TIMA 4LVDA 2VEMA 3L67A 3TH6A 4EF8A 4OU1A 1ALDA 1I2QA 3QYQA 1EA0A 4EOUA 5D05A 1WOBA 3G0UA 3TQ0A 3HOJA 4JN6A 3UD6A 4GC4A 3DZ1A 1DHPA 5C54A 2CLKA 1SUXA 3A9IA 4GNJA 1VQTA 2Y7DA 2ATMA 3LRKA 1D9EA 2A5HA 4IMCA 1S5TA 3CIXA 3NQDA 1I2RA 2EAWA 1SZGA 4JTHA 3DFTA 2Q3RA 2DZUA 3TAKA 3FLUA 1W5MA 1R2SA 2QCGA 1Q6LA 1SFJA 4GUJA 1KA9F 2FTPA 1EP1A 2V9DA 3S1WA 4JX5A 5AHMA 3RMJA 5D30A 4EVZA 4H3DA 4FB7A 1RQEA 2VOMA 4E38A 1OHLA 4XKYB 4Q32A 3UWWA 5AC8A 1R2TA 4NU7A 1ME8A 1BKSA 3F1QA 3QPYA 3T44A 4Z1BA 3GYEA 3S6DA 2WKJA 5ABTA 3C2EA 1NF0A 1W3NA 1KV5A 4UTIA 5C5YA 1OFOA 1DQWA 1I2PA 1M5WA 1W0MA 1T0OA 1FX6A 4NVTA 1TMHA 2ZCGA 1X1ZA 3W7OA 4H6KA 3HPZA 5DELA 3MI6A 1YDOA 1YTKA 4O13A 4AWUA 5H2ZA 4S2CA 4UFLA 5TQLA 1MO0A 1TPEA 1M7PA 2YSWA 5FEZA 4WJEA 1ML1A 1NVMA 3QSRA 5DBTA 3W72A 4JXCA 4LW7A 3WJSA 1FWNA 2TSYA 1ZAIA 1TRDA 5D37A 1W31A 3MUXA 1MZHA 4IMEA 3PUEA 2CZEA 4M6PA 1Z42A 1LBFA 5HWMA 2C15A 2DZTA 3KOFA 3PBVA 2R94A 3PWAA 1R47A 3P8JA 2A0NA 1L6SA 4O0KA 3G1YA 1TYGA 3W86A 3R8RA 1NF7A 3S5ZA 5IM51 1KFBA 3P7YA 4RZ5A 1Q6OA 2ZA3A 3KVJA 1AL8A 5AYYA 4LV9A 3RNDA 1AK5A 3DFPA 4YLWA 1JUKA 4M7TA 4DEFA 3P67A 3WK3A 4JTFA 4DXVA 4BI7A 4X9SA 4MYXA 2C3ZA 1YYAA 1F5ZA 4AEOA 2CW6A 5F4WA 1XKYA 2C6QA 2IQTA 2QCHA 1JCLA 3DKJA 5F2MA 2E09A 3NGJA 1A53A 4CQ8A 4UNLA 2W79A 5K9XA 1RQHA 1UB3A 4HPJA 1LROA 1T96A 4ALDA 5KMYA 2VEPA 1F7BA 4OT7A 3TX9A 1DKWA 3L2IA 4EWND 5D2XA 3PY2A 3UWZA 3UZJA 2WJZA 1LOLA 1RVGA 1OFDA 2NX9A 3CWNA 3DKLA 4YCPA 1SPQA 3T55A 2VFFA 3O05A 3MYPA 2BSLA 4WY0A 2YDAA 3PB0A 1QOPA 2QCDA 3EWXA 1KLYA 2QCNA 4RX0A 1ZHAA 2V5BA 4R33A 1JQXA 5CSRA 2NUYA 5E0KA 2VEIA 5CGQA 5C2XA 1X8FA 3GXTA 3DU0A 3GDLA 4ORMA 2ABBA 1HO1A 1TB3A 5CZTA 1FWWA 3BW3A 2C19A 3VFLA 2VFDA 2FFCA 1VR6A 4OV9A 4XBKA 3P74A 1OFRA 1KW1A 5H91A 1A5BA 3S9YA 3LCGA 1QPRA 4O1BA 3O63A 2V81A 3QZEA 3W7RA 3H54A 1EUNA 1M7OA 2WSRA 3DFSA 3NNTA 4O28A 1SZNA 1IIHA 3EXSA 2HSAA 1H63A 2Z6IA 4I7WA 4PL2A 5D32A 3DI1A 4JGDA 1H7OA 3C8FA 3NQMA 1QO2A 4KFNA 1IXQA 4RKAA 3P82A 5C6MA 3LV5A 3GIYA 5KSWA 4W9TA 5LGZA 4ORIA 1GQNA 3TA6A 4QM1A 3SR7A 1ZFJA 4U28A 3CLMA 1OABA 4MJZA 5HR7A 2GPTA 3W6YA 1ME9A 3TMLA 3O6DA 2ZFAA 4FO4A 3FOKA 4JDYA 4YMZA 1LP6A 4ZQCA 2TMDA 4NNCA 5D04C 3OVPA 1Q45A 2NV1A 3IIXA 4M5PA 4WOQA 1K3UA 3G3MA 3NPWA 1LRQA 1PVNA 4O15A 5I3HA 3PBYA 4O57A 1DVJA 3FJ6A 3GXPA 1OG0A 3WJXA 3I68A 1PHQA 2A1YA 4JR5A 4MLRA 5AOUA 3TU9A 2DZXA 3DH7A 4QNEA 4FNPA 3P61A 5CPMA 4O52A 4UC5A 3W88A 3QF0A 1O60A 2J24A 3UPBA 3PBWA 4QNWA 3W22A 2RDWA 4AB4A 1V7YA 3F03K 1B3OA 2ZZ1A 4JTSA 5KZEA 4XWUA 4QQ3A 4N6FA 4MFEA 4PL1A 1K7EA 3N19B 5F2LA 2OT0A 4K8HA 3SFKA 3P5YA 4LC6A 5DLCA 2ZRYA 3TSMA 2VFGA 3NQ7A 4IXXA 1VLWA 2EKCA 3CIWA 5K4ZA 1SQ7A 2QJGA 3INPA 3W7QA 1TO3A 3NQ8A 3EWZA 3QEZA 1EB3A 2Z2UA 2NXHA 4N9CA 4WY0F 3HIJA 5HULA 4IQLA 2FIQA 3CB8A 5LKYA 1QFEA 4K36A 3I65A 5F2GA 1AMKA 4HN4A 1WA3A 3FKRA 3W85A 1RD5A 3IIZA 3IIOA 4NX5A 4TIMA 1KM3A 2V30A 3QC3A 3IV3A 4JICA 2BWGA 4UFJA 2XFWA 5CPLA 2QAFA 1TPH1 4LNYA 2A85A 1H7PA 1W56A 3R13A 3MBFA 2GQ8A 4DO5A 1VCGA 3L5LA 1TPFA 1OF8A 1YADA 2E6FA 4XBSA 1W54A 1OYBA 3LHYA 2J9ZA 1QDSA 5EKYA 2OCZA 4I7VA 1W5OA 5D09A 4UCGA 4UFIA 3IRDA 4N4QA 4P61A 3NQ2A 3QQ0A 3RLVA 4ICNA 3S1VA 2C0AA 1X1OA 3EWBX 1LBMA 3NQCA 5FF3A 3RFAA 2A7RA 2C18A 3W7LA 2FQIA 2OX1A 3EKLA 4LY8A 2AGKA 2P0OA 3LHUA 3M5YA 4Z1DA 4CQ9A 1HG3A 4X22A 2NUWA 1HFBA 4A2RA 3FJLA 4PEKA 4O1AA 5EMUA 3M5ZA 4TR9A 2ZZ3A 4MKNA 3BG5A 1VJIA 2WNZA 3N14A 3W7HA 3TXZA 1TPC1 1JRBA 1VRDA 5CZJA 2F7FA 4O17A 5EL1A 3GLCA 3QW3A 1OX5A 2NWRA 4R7JA 1PHWA 4LVBA 3IIPA 5LHEA 3JRKA 3LCLA 4EIVA 2RFGA 4OE7A 3RLUA 1TPVA 1GTHA 3C61A 4HSOA 2YR1A 4O1CA 4PTNA 4JTLA 3UZ5A 1LORA 2CLMA 2CLHA 4CNPA 4HKPA 1GVQA 3MO7A 4O16A 3TQVA 1GVSA 3LTYA 4A22A 3PAJA 1JCJA 3P84A 1PE1A 5AHIA 3W1MA 3SGUA 3CM4A 1VYRA 1DBTA 5FEXA 3E02A 3GVGA 2FJKA 4JTKA 5BW6A 5F4SA 1EX5A 3C2VA 4O8RA 3NA8A 4Z1AA 1XL9A 3PR2A 1XI3A 3BK0A 2EF9A 1R46A 3T4CA 2ISVA 5AC6A 1SW3A 3LXCA 5EA9A 1W5NA 3HPXA 4DELA 3STEA 2JKAA 1F76A 3G18A 1IXPA 1Q3NA 2GVJA 1WDWA 1UUOA 3ZFHA 5IBXC 1YTEA 3QH2A 4NX0A 3OA3A 5LNRA 3IEBA 3C2OA 5D2YA 5J5RA 5CZSA 1J4EA 3ZWSA 4AVFA 2X1TA 2FPVA 1I2OA 1FY6A 4AHPA 1VPXA 1OX4B 1ZCOA 4GXMA 1S5VA 1GZGA 1WX0A 3T7VA 2A2IA 1VYPX 3GKFA 4LOCA 3UNDA 3M6YA 5D2WA 2PURA 4RR4A 4G1KA 4UXDA 1GG1A 3K30A 4K39A 3W76A 3KX6A 1KM0A 1OK4A 3LXBA 4ONVA 1KM1A 2YPIA 3DAQA 1G4TA 4YXGA 5AHNA 3HGOA 3M7WA 3H55A 3M16A 2CLLA 1VGAA 3HG4A 3VE9A 4UTTA 1PCWA 2CLFA 3HB9A 4MY9A 2QUUA 1JVNA 4R53A 1FDYA 4LRSA 5FF7A 3O15A 3VCRA 3KVMA 3N2XA 2GVLA 3A21A 1RPXA 2YYTA 4CCDA 5D33A 1LLWA 1TCDA 3MHFA 1O5XA 1ADOA 3CU2A 1T8XA 3L9CA 5D2VA 1QPOA 1XCFA 4GFSA 2X1UA 1KM6A 3BARA 2CZFA 4UTLA 2Q8ZA 1KFJA 2VC6A 3UYCA 2PRMA 3CEPA 3LBMA 3T78A 3OIXA 1C29A 1KLZA 4O54A 3LOTA 2NXIA 3F4WA 3W87A 4QITA 3DBPA 4BFAA 4O11A 3GZ3A 1R30A 1JUEA 1GVFA 1IGSA 2E5DA 4FX8A 4UNKA 3A5FA 1C8VA 2ISSA 8TIMA 1LLZA 3GDMA 2GVGA 3G1SA 1QNVA 2B7PA 4LVGA 4S1FA 3GXNA 3UWVA 4JS3A 4MY1A 4NT0A 4FXSA 3NL5A 4XZ9A 1ICQA 3IIVA 4BI5A 3HQ1A 2NXGA 1A50A 1JQVA 3TIMA 5G4EA 4QSHA 3TMQA 3S5NA 1FCBA 4QJ1A 1SSDA 1YXDA 3W1XA 4KWVA 5AFDA 2R91A 1ZENA 1XXXA 4O53A 1S5WA 4JIQA 1PIIA 3ATZA 3USBA 1J5TA 1FCUA 3NYZA 1T99A 2E6DA 2Y88A 3BG3A 3C52A 3WK0A 2WSQA 3NZ1A 3THAA 2GOUA 3G0SA 3KHJA 4BWLC 1O5KA 3NDOA 2R14A 2ZZ6A 2X30A 1GT8A 3HGJA 1GPWA 4K8EA 2CZDA 3C4UA 3CHVA 2DJLA 3HG3A 1IXOA 4R34A 5TIMA 3QPZA 3W7CA 1YDNA 3O6YX 3W7DA 4JDBA 4KKXA 3PS7A 1DJQA 4N4PA 4HT3A 3S1UA 5K9DA 3TCEA 3W1UA 4K38A 4N9DA 4PC8A 2E5BA 2F84A 3Q94A 3VI2A 1O94A 1G4PA 1K8YA 3TAOA 4AWTA 2QUTA 5AHLA 4OQVA 5HUPA 4DO4A 3OEXA 1W5QA 3OVQA 3B8DA 1JCMP 3KRZA 3NQ6A 5F4XA 4BWLA 2GUUA 2B4GA 1NAL1 1OVDA 2BX7A 1D3HA 3SGZA 3LCWA 1RV8A 3DXIA 5CZ0A 2YGYA 4RCXA 5EPDA 4GBUA 2ABAA 1GG0A 1BTMA 2J9XA 4IPJA 4ZQRA 1GTEA 5G2IA 5CG7A 3W83A 5DCBA 3G0XA 4QISA 1QOQA 1LZOA 5I3JA 1XBXA 3G8RA 1K03A 1FCVA 1XFBA 4LC8A 5C55A 4UMCA 5LNVA 1TQXA 1TSIA 3LHWA 1GVOA 1KTBA 3KAOA 1DJNA 1GOXA 4UIOA 2YW3A 4Q33A 3GB6A 3P80A 1HO4A 4WD0A 4LWWA 1F74A 3EWUA 4JTJA 1LDCA 3TDFA 1D3GA 1G67A 5DBUA 1F05A 1OFPA 3NOEA 4O14A 3DHDA 1I45A 3FKKA 4GUIA 4UMAA 1VHCA 3UY7A 4LUIA 2DZWA 3LM7A 3P5ZA 1FXQA 4B5NA 4NZJA 2A4AA 2AQWA 3CC1A 3NM1A 3PC0A 1PS9A 3HMJG 1KFCA 3RF9A 1NEYA 3LCFA 5L6UA 3CQ0A 4WQ6A 1LOQA 4JYFA 2JGQA 1L6WA 5TBOA 3SY5A 1ZNNA 3E9AA 3TKFA 4O50A 2YW4A 2GQ9A 4UUIA 1TPDA 1GVRA 5DCDA 5L9FA 1TJRA 2E1DA 3L65A 4JTGA 2FDSA 3TQKA 1F2JA 2B7OA 3O06A 3SSJA 1XUZA 5BMXA 1XBVA 3LLDA 3LCIA 4EF9A 1KBJA 3MJYA 4L4MA 2WSYA 1OFBA 3WK2A 3W7GA 5FF2A 2XN1A 3NQGA 1H1ZA 3GNNA 3OG3A 4JTUA 3BGGA 3TSDA 1K8ZA 3MI2A 5LHFA 2NWSA 1OFQA 4JNMA 3PG9A 4IMDA 1DL3A 1QAPA 1MXSA 2TPSA 3E0IA 3ABOA 5AYZA 3P62A 3QMRA 5DY2A 3LDVA 4Z1CA 4JY9A 4XKYA 3W1NA 4AH7A 5HMSA 1JJKA 1ZAJA 5BRBA 1EUAA 2DU2A 3C56A 1B4EA 3HGSA 1TTIA 4LVAA 4YWIA 1XM3A 3NZRA 2QDGA 3GNDA 3L0KA 2FPTA 3RU6A 1H62A 1L6YA 6TIMA 3BLIA 3QQ1A 2TYSA 4AHOA 3P60A 2CFFA 4RXFA 3WJWA 4FNUA 4FX6M 3R12A 1KFKA 5F1UA 3TJXA 1KBIA 1MSSA 1TV5A 3C2RA 1SFLA 2YZRA 3N9SA 2HS6A 2RDUA 3HG5A 4MLJA 3W07A 1VHNA 1TREA 1WAUA 3C2FA 1QPQA 1NFBA 1JCYA 3Q37A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HYW A;  4LEF A;  3SN0 A;  4DJE C;  3GFZ A;  2JAL A;  3VGE A;  2R1P A;  3FJ4 A;  2ISF A;  4BZY A;  2DZP A;  3G2G A;  3UPW A;  1N55 A;  3IGX A;  5A6A A;  2YYU A;  1RAK A;  1JIB A;  1IEV A;  1WO2 A;  1X6U A;  2WZT A;  1U83 A;  1G9H A;  3PPG A;  5HAO A;  3SCW A;  2CYG A;  4J3V A;  1P6W A;  4I9M A;  3DFH A;  4WUI A;  4BEU A;  3B0P A;  1BXN A;  4NQ1 A;  2IPG A;  2P3E A;  3PBU A;  2I9E A;  3KRB A;  2EPM X;  1XIS A;  2DT3 A;  1Y5V A;  2HV5 A;  2GJX A;  3PUO A;  3W7E A;  4XD4 A;  1ICS A;  1R0M A;  3PUG A;  3LZ3 A;  4LVF A;  5ENL A;  4DZA A;  4RZB A;  5A6K A;  1UOK A;  3L67 A;  5CC6 A;  3S83 A;  1ALD A;  1I2Q A;  3MA8 A;  3NSN A;  4EOU A;  5D05 A;  2VWT A;  4S3K A;  3TQ0 A;  4GXW A;  1AVA A;  2O9O A;  4JCL A;  1YEY A;  4GC4 A;  3DZ1 A;  4GQG A;  2CBU A;  4QQU A;  1VJS A;  2ATM A;  3MSR A;  1OBA A;  2INE A;  2ZUV A;  4OOZ A;  1S5T A;  3CIX A;  4WHB A;  3NQD A;  4KEZ A;  3WNP A;  5IFP A;  2VR5 A;  1K9E A;  4AW7 A;  4DLF A;  1A5K C;  4I8Y A;  1CIU A;  3A4A A;  1W5M A;  2I56 A;  1R2S A;  2QCG A;  1EP1 A; 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