2JK2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	90
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2008-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jk2A00

3GXNA 1QPNA 1SZNA 4MLJA 3E49A 4M6QA 2E5DA 3GYEA 2CLLA 3IIXA 5I3FA 1H7PA 4ADUA 1KM4A 2P0OA 1FWRA 1K8ZA 1XFBA 4GXMA 1JQXA 2E6YA 3EXRA 3S42A 5BRBA 3S1WA 4IMEA 2ZBTA 3TJXA 3BW3A 3E12A 2V5BA 3VFLA 3LHZA 4ZVJA 4RXGA 2ZA2A 5EY5A 3CIWA 1TJRA 4PC8A 2WV8A 1H1ZA 1TPB1 4QNEA 3THAA 1TPH1 2ZA1A 1TTPA 3G1XA 3B0VC 3PR2A 1N8FA 2YGYA 1PV8A 1H7WA 1TV8A 1WAUA 5K9CA 3S1UA 1EP1A 2VKZG 3LCHA 1S3HA 3B0UX 3NGJA 4Y9AA 2FPVA 4JX4A 4DO4A 2B4GA 3QW4B 2OCZA 3MHUA 1WOAA 5T26A 2ZCGA 5SWUA 1M7PA 3LI1A 4CCDA 1KTNA 1J4EA 1XXXA 3TQKA 4NJHA 3F03K 1KV5A 4O53A 1G7UA 3QMSA 3ZWTA 4NU7A 3LLDA 3W22A 4I7WA 4DF1A 4LC8A 2H8ZA 4C1KA 3STCA 2ZZ2A 5LZLA 2E09A 2QJIA 3LRMA 3EWZA 1ZCOA 3M16A 3BLEA 1H63A 4E0CA 4IGHA 1EPXA 1E51A 3L2IA 4MUZA 5DXXA 8TIMA 1DBTA 1Q6LA 2QAFA 4NJKA 2XN0A 3IVSA 3SJ3A 4Y6GA 3G8EA 1BEUA 4JY9A 2G95A 2H90A 2AQWA 3BGGA 2JBMA 5EL1A 2VFGA 1ZALA 5TBOA 1C29A 5TIMA 1H7NA 3NOEA 2AAMA 3NL2A 4Y8FA 1YADA 3W1MA 3C2RA 3EX4A 3DKJA 1DL3A 4JD4A 1I2QA 1KFCA 3M9YA 3GR8A 1ZAHA 3QF0A 5K9XA 2QCFA 4AVFA 3TH6A 3KHJA 4UR7A 3A5VA 3M5ZA 5C2XA 2A2IA 5CG7A 4MY8A 3I6RA 3UXAA 2ISWA 1YXYA 2FB2A 4I9AA 4IPIA 1THFD 1HUVA 3LCGA 1B3OA 4MLRA 3G3MA 4IXHA 5HINA 5D2TA 2QF7A 1UBSA 2PC4A 3OEXA 2VXNA 1JRBA 1OYAA 2E6DA 3W6YA 4DXVA 4ZQMA 5HR6A 1JR1A 5FEZA 3EXTA 5A5WA 3T78A 3GVGA 1M6JA 4NNAA 4ML9A 3RNDA 4PH6A 3W70A 5K4ZA 1ZHAA 3BG3A 4MY1A 1YXCA 2Q3OA 3BK0A 2YXGA 5EBUA 4BI5A 4UMAA 2Z2UA 3G1AA 1XUZA 3UWWA 3LXBA 4I7VA 1KM2A 3F4WA 4CLMA 1OFQA 2F7FA 2RDTA 2E1DA 3KRZA 4KFPA 4YL2A 4O18A 1G69A 3L0NA 1ML1A 1QOPA 4A3UA 4X9SA 3TMLA 4P61A 4XQ6A 1OFPA 4M7TA 3LXAA 3THQA 1W31A 4X22A 4IXXA 1K02A 2JK2A 4S2BA 2WNQA 4U28A 3UXDA 3NL6A 4D2JA 4JYFA 2Y85A 2DP3A 1A5CA 4UFMA 1K03A 4N2YA 3IIOA 2CZFA 4YCPA 4KFOA 3O05A 3S1XA 4YLWA 2A21A 5HUPA 4WOQA 4NXSA 4UFHA 2H6RA 2BTMA 2VFFA 3HGRA 3NM1A 3T55A 1WBJA 2Y7DA 4JEQA 4UTHA 3CPRA 1YXDA 4WY0B 2V82A 1QWGA 3CEPA 3NG3A 1RQHA 5DCEA 3SSJA 3W85A 3SGUA 2JKEA 5K9DA 5AYYA 3TW7A 1PCKA 3PBVA 1KLYA 3IGUA 1KFKA 2H3DA 4Y96A 2EPHA 1ZY9A 1G4TA 1WXJA 4WXYA 3LM7A 1L2UA 4UXDA 3L67A 1GZGA 2YW3A 5AHLA 3M47A 4RX0A 2ABBA 4MJMA 1K8YA 3STGA 3DKLA 4FEZA 3VKJA 4ONVA 3MP5A 1LRNA 5BW6A 3PF3A 1H7OA 2WO5A 3PS7A 1H7XA 3TXVA 4OHQA 1QO2A 1VHCA 4BI6A 3DH7A 4EF9A 5K4XA 4A21A 4OV4A 3L65A 2ZRWA 5AHFA 1XM3A 4M19A 1AK5A 2A1YA 5AHIA 2PE4A 5KINA 2C1HA 4LW7A 4LY8A 1S5VA 5LHEA 3T44A 3QJAA 4AWSA 1GT8A 3C2EA 4AWUA 4HNVA 1TSIA 1DJNA 4UNLA 1OFRA 1VCGA 1I45A 3W7IA 3W1LA 5LKYA 5DY3A 2DZPA 2O7QA 5G2HA 1SSDA 4MIMA 3WJXA 3N2MA 2Y70A 3SW6A 5AYXA 1H1YA 5G2WA 1ICSA 1GG0A 1F5ZA 5I3GA 2AGKA 3LRLA 5CZTA 1P1XA 1SPQA 4MFDA 3GIYA 4ZMGA 3NL3A 3W7DA 1RQBA 3TK7A 5CSRA 4XKYA 3UPWA 1KW1A 5U7SA 4LC6A 4FNRA 1KBJA 3N34A 3EX2A 4O4VA 3W2UA 1EWEA 1I2NA 1WOBA 4JTSA 5BMXA 3MBDA 5KTLA 2ZDRA 2GOUA 2WQPA 3W84A 1FX6A 3NQCA 4O52A 1A50A 3BW2A 3F4NA 3ZWSA 4NJIA 2A7NA 3MBFA 2NX3A 2O7SA 1ALDA 2F84A 1AL8A 3QRHA 5F4XA 1RPXA 1JUKA 3OA3A 3B03A 1LZOA 2Y7EA 1T0OA 4S1FA 1RR2A 2XFWA 2TSYA 3U6WA 3EX6A 4HIBA 2EKCA 2V0TA 2QAPA 4FNSA 3MP4A 2FLIA 2HS8A 3H55A 4N6FA 3M41A 4MOZA 3GR7A 1XCFA 4FXRA 1F6KA 1HTIA 4O12A 4ZQCA 2ZZ3A 4NNBA 3DXIA 3LHTA 3STEA 4AB4A 2QR6A 4XTDA 4R7JA 3W1PA 2CU0A 3PG9A 1G6CA 3HPSA 2CLOA 4K8EA 1DJQA 2R8WA 2TMDA 3O6CA 2J88A 1A5SA 2C14A 2A6LA 4O17A 5HJLA 4BK9A 4XKYB 2V9DA 3FFSA 1QNVA 4JIPA 3N9SA 2FPTA 3MWAA 5EA9A 3AJXA 1BWLA 2NWSA 3PSVA 5IM51 2R14A 1PVNA 3IGSA 1XBXA 2X2GA 5HMSA 2A4AA 4MVAA 2UV8G 3IEBA 4GUIA 3W9ZA 1GOXA 1P4CA 1KFLA 3CC1A 5AC7A 2J27A 1DQXA 1SR9A 4POCA 4WY0F 2ZTJA 3UWVA 3CQ0A 2A6NA 2DZWA 5BMWA 3NPXA 4JX5A 3A5FA 3NM3A 4UTTA 5EYWA 2Z6JA 2GUUA 2DZTA 4LU0A 5CPMA 4PTNA 1F73A 4OGZA 4O28A 4Z1BA 3LDVA 3KVLA 3L21A 1YTEA 2DZSA 3GLCA 4RZ5A 2Q3RA 4BI7A 3HPZA 3ELFA 3KFTA 3OHIA 3TE9A 3I7QA 4UTWC 3TNOA 3PM6A 5K2ZA 1TREA 5D05A 1TB3A 5CZSA 2VFDA 4ZQOA 4IMGA 1IIGA 1SW3A 1W0MA 4UTWA 1VYSX 4UNKA 1EIXA 1I4NA 2GJNA 4K36A 4O1CA 3UZ5A 1X7FA 3HG5A 3LV5A 2I1OA 4Q4KA 5MHBA 2P1FA 5C55A 1FDZA 3G0XA 4LV9A 1OF6A 3HGJA 1JVNA 3N3MA 1SUXA 3HG2A 3TSMA 1YLVA 1R2SA 3NDOA 1F7BA 4UTIA 3HG4A 1LBMA 5FF3A 5D33A 5HWNA 1FBAA 1B4EA 4UMCA 4GUFA 3T7VA 3DHDA 3JRKA 4TR9A 2NUWA 1JUEA 4JTJA 1BWKA 1T8XA 1JULA 3SIZA 4PL1A 3R5EA 3FYPA 4ADSA 4UTUA 4DF0A 1DV7A 1K7XA 1VCFA 3GDLA 4JICA 4O10A 2EF9A 4LUIA 2A5HA 3LBMA 2NXGA 1A5AA 1JCYA 3O6DA 3ZFHA 4TIMA 2ISVA 1W3TA 2LLEA 1SZGA 1FY6A 4QSHA 3W7QA 3N9RA 4ORMA 4ZQPA 2V5LA 4K38A 5LGXA 2CLMA 2WNNA 4DO5A 1J2WA 3GK0A 3Q94A 5D2WA 1AMKA 2YYUA 5AC6A 5HNRA 1H61A 3MJYA 3R2GA 4WZHA 3KX6A 3DBPA 3M1ZA 3BO9A 1W5NA 2ZQ0A 1FUYA 1RVGA 1Z44A 1LYXA 1MEHA 3PG8A 5AHEA 1XI3A 3HIJA 1FWWA 3I7SA 1OX6A 5EMUA 2PCQA 1PIIA 5DXYA 2BX7A 1JCMP 2CW6A 2RKXA 3A21A 4BR1A 4LVDA 1KA9F 1FXQA 4MZYA 1D3HA 1Q6RA 1TRDA 2KZHA 3WK3A 3KRUA 1K8XA 2BZNA 4JXCA 5CSSA 3QYQA 1LLWA 3S5YA 4CNPA 1P0NA 1FXPA 3BV4A 5D2XA 1SW0A 3E02A 3S8HA 1KV8A 2FTPA 2DU2A 1KM3A 1HFBA 2PRLA 3VE7A 3LOTA 4MPQA 4NX0A 5F2MA 4QIUA 3B04A 1K3UA 1M5WA 1XBVA 4Z1DA 1G4PA 1TTJA 3C0JA 2OT0A 5AYZA 1SZEA 2WSQA 4IMCA 4UUIA 1VJIA 1VGAA 4K7VA 1Z48A 4DBEA 2JGYA 3DHFA 3CB8A 1YDVA 4IMDA 1PHQA 3BARA 3W86A 4KWVA 1OG0A 2C19A 3OVPA 3W2JA 3L68A 4PODA 1U83A 4CQ9A 4MY9A 1YPIA 5DBTA 3NXFA 4FX8A 5D03A 2GVGA 4GE8A 1ICPA 4LVBA 3PULA 2WKJA 3EWXA 3QFEA 3C2OA 2E77A 4LWWA 4JTTA 2RHGA 5E93A 1JCLA 3EEGA 1OK6A 4XWUA 5C54A 1CI1A 1EUNA 1TQJA 3FS2A 5AFDA 2QDGA 3BVJA 1FWNA 2VOMA 3P82A 3LERA 3G24A 3TA6A 4FHAA 2VFEA 1OFAA 2CLEA 2FB3A 5K7JA 3HBLA 1NAL1 3TUUA 1TPC1 3NQ7A 3W7HA 1EEPA 1G7VA 4ORIA 5D2YA 3W2LA 4K39A 3FEMA 1L9WA 1ZNNA 3NQDA 3QC3A 3P61A 1VPXA 1GTEA 3IIZA 3KVMA 4WY0A 1JCXA 4NT0A 1I2RA 1JQVA 4ZQNA 3TJLA 5KITA 4Z1AA 4GC4A 6ALDA 2BSLA 4MYXA 4LTSA 1I8JA 1UUMA 3O06A 5FESA 2EGZA 1FQ0A 3FOKA 3DI0A 5F2LA 5G4WA 3U8GA 3KAOA 4FNUA 3WJYA 4FIRA 3V1PA 1VLIA 3TFXA 4QM1A 1XBYA 3ZS4A 1LORA 4O1BA 4NZJA 3USBA 3ABRA 2WPBA 4MFEA 3S5NA 1SFJA 3MMTA 4GWEA 4QISA 4RXFA 2HSAA 3SR7A 4WD0A 4RR4A 1Q45A 5H91A 4CQAA 3FJLA 3FJ6A 5CGQA 2E5BA 5K3VA 1GWJA 1TPEA 2C18A 3FYOA 4H6KA 1KTBA 1JUBA 1WX0A 4Z0JA 1OHLA 3EWBX 2J6XA 2CLKA 4XZ9A 2OX1A 1ZFJA 1SZFA 5KMYA 3BLIA 5CZJA 3NQ6A 3WJWA 3TCEA 1FDYA 1LBFA 4O1AA 2IQTA 2NXHA 2Q8ZA 2TYSA 2Z1BA 5C6MA 1KFEA 3B0PA 3C3NA 3LHVA 4AH7A 2X16A 1JRCA 5G1TA 3PB2A 3GDRA 5DCDA 4MZ1A 1WDWA 3MYPA 3C2FA 3E96A 4K8HA 3VE9A 2OMAA 5EKYA 2JKAA 3CLMA 1Y0EA 3WK1A 4QAIA 1SW7A 5I3JA 3UY7A 3M44A 3UZJA 4NUWA 2J9ZA 5D30A 4GFSA 4NQ1A 2W6RA 4LUJA 1EB3A 3IIVA 3GNDA 3LBCA 3IVTA 2C16A 3HF3A 3W7PA 1F74A 2WOQA 1WV2A 4M7SA 5KZDA 4O54A 4HNNA 1LRQA 4X2RA 1UUOA 3T40A 4JTIA 4KKXA 1KM6A 3L66A 3JS3A 4R53A 3S1VA 5H2ZA 4KWWA 3TW6A 1XDLA 4TMCA 3FIGA 2I14A 4HSOA 3CHVA 3LCIA 2C6QA 3UWZA 2E6FA 3QQ0A 3GDMA 2C13A 3PWAA 4UTMA 5DBUA 3N14A 4CNNA 5LNRA 1KTCA 3ATZA 4IMFA 2QUUA 1XDMA 2CZDA 1MZHA 3GKAA 3QEZA 1KM5A 4AF0A 2QCHA 4FX7A 2BLEA 4DO6A 3UWUA 1VYRA 3BLFA 1TO3A 4RKAA 1OF8A 1VLWA 3HO8A 1IXPA 1Z42A 1F76A 4R33A 3FA5A 3LV6A 1WYIA 1W8SA 3I65A 4PCFA 4JTLA 1VQTA 3GXTA 3W71A 5D38A 2RDWA 3RLUA 3PBUA 2YPIA 4CCEA 1KFJA 3GXPA 4FX6M 4XTIA 3RF9A 1EP2A 1IXNA 2YSWA 5C5YA 4J9JA 2BWGA 3EWUA 2B7PA 4IUOA 3GZ3A 4L4LA 4A2RA 4AWTA 3EX1A 1JCJA 1HO1A 4PA8A 5CPOA 2QCMA 2NX9A 4N9BA 4LT9A 4X3ZA 3A9IA 4JGDA 1VYPX 1SO5A 1QAPA 3M43A 5HWMA 2B0MA 2VEMA 3LCLA 3ATYA 3W2MA 4JTUA 1GTHA 1F05A 3A23A 1OFEA 2H8XA 5FF2A 3M0ZA 1ICQA 4WJEA 2Y7FA 4LS1A 4EWND 3GKFA 2GJLA 1TCDA 1UCWA 3NPWA 3P62A 1X6UA 5IBXC 4UTKA 1R2RA 3E9AA 3MUXA 1FWTA 4LOCA 2DZUA 5CPLA 2NV1A 4AF0B 3UWYA 5IBXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2JK2A

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