2JK2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	90
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2008-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jk2A00

2VFHA 1LORA 2AGKA 1LOSA 4AAJA 2QCEA 2Z2UA 1SUXA 5L9FA 1VLWA 4CNOA 2R14A 3M44A 4O10A 4ZQNA 3W1NA 5KZMA 4UTLA 3SY5A 1XXXA 2Y62A 1VQTA 1H7PA 1LOLA 5I3IA 4LS2A 3O15A 3YPIA 1JQXA 3NM1A 5A5WA 2CLEA 2E1DA 2BXVA 3QC3A 4JD4A 1DJQA 2QCMA 3TROA 1TRIA 1KFKA 4N02A 3NZ1A 2NV1A 2CZ5A 1VR6A 2G95A 2ISVA 1C9DA 2QCCA 3M5YA 3NL5A 3NQ7A 3PBVA 4Y96A 3E0IA 2ZZ1A 4A2RA 5KMYA 2R8WA 3MYOA 3GIYA 4TIMA 2CLOA 1TPFA 3W7EA 5T26A 4O28A 3GNDA 1F7BA 3WJSA 3MI2A 3IGUA 1OX4A 1L6WA 3HGOA 2YCEA 2FJKA 4IUOA 1QOQA 4JTSA 3TJXA 3TU9A 3MP3A 4GJ1A 3GLCA 4WD0A 2OZ0A 1GVRA 2RDWA 2UV8G 3BW2A 5CSSA 3TAKA 3W84A 1HO4A 4QNEA 4IMFA 1RQHA 2W6RA 4FNUA 1X1ZA 1I2QA 2DZWA 3CIXA 3LRKA 1ZJIA 3P5ZA 1QCWA 1LLZA 1ZAHA 3W1TA 1H1ZA 2F84A 4WOQA 5IBXA 3PS7A 3P81A 4UMBA 3PC0A 1GG1A 4JTFA 3FKRA 1AW2A 1A53A 1RZMA 3USBA 5D2YA 4FO4A 4NXSA 1T96A 1TV8A 3IVSA 4LVAA 3NZRA 1QPOA 4ADUA 2GVGA 2ZYFA 1YPFA 3S5ZA 2C18A 3N3MA 8TIMA 3GDMA 3O07A 3IV3A 4XZ9A 1DJNA 4O50A 3LHTA 3TXVA 4NJGA 1LRTA 1OYAA 4LVGA 4J9JA 4OV9A 3E9AA 4AF0B 1H61A 3P80A 3NR0A 1YXDA 3P62A 1G7UA 5AYYA 3FYOA 1GG0A 1F05A 4ZQCA 3SGUA 4LRTA 2NV2A 3V1PA 3ZR4A 2A1YA 3I6RA 2OT0A 3WJZA 1ZY9A 3ZFHA 2WSQA 4NQ1A 3O8AA 3EEGA 3GYEA 3FA5A 1W1ZA 3S5NA 4WJEA 4UTIA 1I2RA 4AEOA 3IRDA 1GTEA 1O5KA 1MEWA 3QF0A 3VCRA 1EUAA 3F4WA 2PRHA 1TPDA 1XFBA 3QSRA 5HMSA 4Z1AA 4UTKA 5H91A 1QAPA 4UFIA 1TTIA 2DU2A 1ZHAA 4PCFA 1NAL1 4CQ9A 1H7NA 4NT0A 1EPXA 5CG7A 3NQ8A 2V81A 1KBIA 2YX0A 4EVZA 2RH9A 4CCDA 2TYSA 1L2UA 3GZ3A 3NQ6A 3QFEA 2OT1A 3I65A 4NNCA 1FX6A 1ML1A 2ZRUA 3S1WA 1TPWA 3BV4A 5DBUA 2J88A 5FEPA 3TMQA 5FF2A 5FEXA 1U83A 3DFOA 3M5XA 3I7QA 4O4VA 1F73A 1PCWA 1FDZA 4RZ6A 2OX1A 5AN7A 2Z1BA 4Z08A 2ISSA 5CZSA 1R47A 3BW4A 3C8FA 5HULA 3UD6A 3B0VC 1ICSA 3GVGA 1N8FA 3W7PA 4LS1A 2XFWA 3KOFA 3LRMA 1KM0A 1I4NA 4RR4A 2C16A 4AXKA 1SSGA 4IGHA 3VE9A 2WJZA 2E6YA 3LCGA 2V9DA 4LC8A 2V8ZA 1JCXA 3BPWA 3T55A 2YDAA 2E68A 4IMEA 4UXDA 1PVNA 2RDUA 3QMTA 1OK6A 1FWTA 3PSVA 5E0KA 3UY7A 3PUDA 2NUYA 1WAUA 3LCLA 4MY8A 1EA0A 1OFOA 2CU0A 3G0XA 5D09A 1VGAA 3AJXA 1WV2A 4KFNA 1BKSA 3QPYA 5HUOA 2NX9A 1A5SA 1JCJA 4K36A 2JGYA 1C8VA 3L65A 2ATMA 3RU6A 3EX2A 4UTJA 4ALDA 4JTTA 5G4EA 1SO5A 5D33A 4N6FA 1VZWA 3LLFA 3G1AA 3G1DA 3PB2A 4BI5A 2FB3A 3C52A 3CWNA 3OIXA 4LVBA 5IM51 2NWRA 3IIZA 2KZHA 2Y85A 1Y0EA 2BTMA 1W3NA 2OMAA 3IGSA 3TSMA 1O60A 5K7JA 5AHFA 4OHQA 4IXXA 4P61A 3G0UA 1KV8A 4UC5A 3OVRA 5BNKA 1ADOA 2VEPA 5G2IA 1UCWA 1W56A 1XBVA 4KWWA 4PEKA 2B0MA 5EA9A 3W7QA 3CHVA 4UTHA 3W7LA 4DPPA 4IJBA 2HMCA 5J5DA 3NQAA 5K4ZA 1VYSX 3BG5A 4ADTA 3TAOA 5CSRA 5AHIA 4JYFA 3A5VA 3W74A 2V2CA 4OE7A 3RMJA 3TE9A 1BWLA 2QAPA 4X3ZA 4OU1A 4GXMA 3OBKA 3ZWSA 5C54A 4MFDA 5J5RA 1AL7A 1J2WA 4WY0F 1EWDA 1IXNA 5K9CA 3NNTA 2PRLA 1HFBA 2WNZA 1PE1A 1GWJA 1D3GA 1EP3A 3PBYA 5C55A 1ICPA 3SR7A 3W7RA 5AHNA 2ABBA 5SWUA 1EP1A 2WV8A 4HPJA 3ABSA 2CLKA 2H3BA 2RKXA 5DXXA 5HUPA 1EP2A 1W3TA 1EEPA 3DFSA 1XI3A 4XBSA 3M0ZA 4TU1A 2ZCGA 4N4QA 3VKJA 3W22A 2GQ8A 3THAA 1JR1A 1KM2A 5D2TA 3G0SA 4DXVA 3Q37A 5BRBA 1RD5A 4RXFA 3W7OA 2ZTKA 2CLFA 4QJ1A 5G1YA 3HPSA 1SSDA 3STCA 3P7YA 1IGSA 1TCDA 4LNYA 3W72A 2A7NA 1RVGA 3B4UA 3BG9A 4Y9AA 3U6WA 1SQ7A 4HSOA 1L6YA 4FIRA 3G22A 3MJYA 3SSJA 2VFIA 5KINA 5I3GA 1Z41A 4Z1BA 2CLHA 1TTPA 3SI9A 3PULA 3HQ1A 3NO5A 5CPNA 2P0OA 1JUKA 3M9YA 3HJZA 4BR1A 4ORIA 2B7OA 3W9ZA 3O05A 3LLDA 3LM7A 3DI1A 4ZQRA 1LDCA 2QCFA 3BLIA 1Q6QA 1B9BA 1AMKA 4LWWA 3TV8A 1J4EA 1TPH1 2V5BA 1X6UA 2CZEA 2OCZA 1M7PA 2Z0IA 3TW7A 1Q6RA 1NF7A 3G18A 3A21A 1ALDA 3QPZA 4OGZA 1TIMA 4MIMA 4LVDA 5DN1A 3DH7A 3G3MA 4NNBA 5CZJA 2ZDRA 1T8XA 4O17A 3KXQA 1HO1A 1H62A 2QJGA 3WFAA 3W1UA 4JNMA 3UY8A 2DJLA 1F5ZA 4HNUA 4JTKA 6ALDA 4IMGA 2ZZ4A 3GR8A 1EIXA 5U7SA 3GAKA 4FXSA 1KLYA 2P1FA 5K9XA 1QFEA 2DZUA 2JKAA 3U2OA 3CIWA 1T99A 3G1XA 3DAQA 2YSWA 1U5JA 1TJPA 5LHEA 4S2CA 1P4CA 3C0JA 3NDOA 5GVJA 5AC7A 1W3IA 3H54A 5F4WA 4FEZA 3OG3A 4O14A 2DJXA 3DKJA 2BWGA 2EGZA 2ZBTA 1O94A 3V75A 4HKPA 4I7WA 3W88A 1EX5A 2GJLA 4K39A 3W7NA 3ATZA 1FQ0A 5DBTA 4O54A 4CNPA 1KM6A 4WXYA 1DQXA 2H6RA 3QMRA 4O13A 2VELA 3P8IA 3U8GA 3R8RA 2D73A 3TUUA 1FWNA 4LUIA 4AWTA 4CCCA 5TBOA 5MHBA 4NZJA 3LCXA 1PS9A 1GOXA 3MP5A 3P82A 3BK0A 3P84A 1QWGA 3LX9A 1YPIA 4R7JA 3DHDA 3TNOA 4MY9A 2QUTA 3HPZA 4MLJA 1MZHA 1FCUA 1G7VA 1X7FA 3BG3A 5LKYA 1A50A 3M43A 1SO3A 5G2HA 3FEMA 1TTQA 3LHWA 4UMCA 4CQAA 3CT7A 4AF0A 5F2IA 1ME9A 1TTJA 3KVKA 4IPIA 1OX6A 3TK7A 1OYCA 2R94A 3G1VA 1A5BA 4A21A 2XN2A 3DFNA 2ATSA 4MLRA 4L4MA 1QR7A 2QAFA 3N73A 4GUIA 4HNNA 3A22A 3T44A 3W23A 3UZ5A 4EF8A 1YDNA 5FF3A 3WK3A 1ZFJA 3EWUA 1H5YA 3GXTA 1SZNA 3OHIA 4IWWA 3DFPA 1SZGA 2QDGA 3W7GA 3STGA 3HPXA 3E49A 4W9TA 4O0ZA 3VFLA 1ICQA 3RK8A 4E0CA 4O1CA 2Y7EA 4H6KA 1L6SA 4IX2A 3HGSA 1D3HA 5KSWA 3IIXA 2VFFA 2WPBA 4FX8A 1LRNA 1KFJA 1LLWA 4FB7A 1H7XA 4HSNA 5D05A 5LNVA 3RLVA 4TR9A 3N2XA 1RQEA 3GXPA 2PE4A 3OA3A 2EF9A 3B0UX 2VEMA 4POCA 2H8XA 5HNRA 5D02A 3C2VA 3PF3A 3TR2A 1K3UA 4YCOA 3DI0A 3M47A 5HINA 5A8GA 5D30A 1K02A 3M16A 1OABA 3LV5A 2J24A 4OWGA 3QMSA 4QISA 1QDSA 3GB6A 1HL2A 1K7FA 4JY9A 4N9BA 1WA3A 2WNQA 1LM1A 3G8RA 2A6NA 3QQ1A 3P61A 3DXIA 1N7KA 2AAMA 3LI1A 4KFPA 2FIQA 1JJKA 2ZRXA 4K6AA 3NAVA 4XBKA 2C0AA 1WQ5A 3W86A 2H90A 4RV8A 4WX2A 5D38A 4A29A 3E12A 1OFPA 1YXYA 4O53A 3LBMA 3NYZA 3VNDA 2XN1A 4O11A 1KTBA 2Y7DA 3BGGA 4JDYA 5G4WA 3OEXA 3S8HA 3F4NA 5AYZA 5AB3A 3NGJA 5F2GA 1S5TA 1VC4A 2ZRZA 5G1TA 2NX1A 4BI6A 4ZQPA 3CB8A 5L6UA 4UNLA 4DF0A 1YYAA 1FBAA 1OF8A 1ZAJA 1EWEA 3P8JA 4M6PA 3T4CA 3HG3A 5K9DA 5EYWA 4Q4KA 1FWWA 5U4NA 1OVDA 3HG5A 4EWND 2C13A 2HS8A 4FHAA 5HR6A 3W83A 1EB3A 4M5PA 4YLWA 4K37A 1R2SA 1WDWA 3NQ2A 2EAWA 1FCBA 3NA8A 4WZHA 1FCVA 1TO3A 4LUJA 5KZEA 2ALDA 1H7WA 1TMHA 3LXAA 4FX6M 2QCNA 1PHQA 2YPIA 4FIQA 2DZXA 3NG3A 3GDRA 4PTNA 1KLZA 2YFOA 1XDMA 1R46A 1YTKA 4GFSA 1OHLA 1FDYA 3QRHA 3EKLA 4WOZA 5LNRA 3LCWA 5HQEA 4ZVJA 3CTLA 5I3KA 5E1QA 4JTGA 4CQ8A 5D2WA 1JRBA 2CZDA 3EWXA 2YR1A 3WK2A 3NEVA 2ZA1A 4HIBA 3FS2A 3S42A 3NXFA 3I7SA 3FFSA 1OJXA 1ZCOA 2Y88A 2YW4A 3R12A 3NOEA 3CQ0A 3B0PA 5EBUA 4JTIA 3GK0A 3L67A 2Y63A 1LBFA 3MMTA 2QCLA 3LCFA 5ABTA 3IGXA 4NU7A 2C14A 3QSTA 4O16A 1UUMA 3LB0A 1XBXA 4O18A 1ZALA 3NPXA 3L21A 3W2KA 5D2VA 3NQMA 1W0MA 1G67A 1TQJA 3PVFA 5E93A 3S0CA 1Q6OA 1SR9A 1H60A 3C2FA 3HG4A 3KRSA 2C15A 4QAIA 1VCVA 2X30A 5AHEA 1A5AA 5I3JA 4O1AA 1JCNA 3T40A 3B05A 3O6YX 1S5VA 4QITA 4RX0A 4UCGA 3A24A 4NJHA 1W5PA 1D9EA 3S1XA 3A23A 1XDLA 5CKSA 2Q3OA 1JULA 1KFEA 1KM1A 1W5MA 1NVMA 3LHZA 3CLMA 1K8XA 3LHYA 3RF9A 4EOUA 1VYRA 2J6XA 4IPJA 3BW3A 2HS6A 2B4GA 2NXHA 3LXCA 3TQVA 4YL2A 3W7DA 3SIZA 2FFCA 2WSRA 3M6YA 1P5BA 4B5NA 2PRMA 3W2MA 1FUYA 5DY3A 3WK0A 5AHLA 3UWYA 1O95A 1DOSA 1X1OA 3TC7A 1GYLA 1SO4A 1SZFA 2V2HA 3O6DA 3S5YA 3FJ6A 5CGQA 3LOTA 2TSYA 3ATYA 1CX9A 4C1KA 5CZTA 4O57A 1Z42A 3S1UA 4AVFA 1MXSA 2O7QA 2A4AA 1V5XA 1B57A 1TPC1 4NJKA 4N9CA 4RXGA 5CPMA 3W76A 1S5WA 1WYIA 5FF0A 2A5HA 1ONRA 3PUOA 4Y6GA 4Z0JA 4LS0A 1FCQA 4HNTA 1IXPA 5AOUA 3EXRA 4PFMA 3A5FA 1PV8A 3TKFA 5CPLA 1GYNA 2QCDA 1I2NA 3E02A 5CZ0A 3LGEA 5HJLA 4AHOA 1O5XA 1RPXA 2A7PA 5EL1A 4IQLA 4G1KA 2BSLA 4YMZA 3BGJA 4UNKA 3H53A 1FXQA 1H50A 2DORA 4TMCA 4MFEA 5F1UA 5BOOA 2ZTJA 1F76A 3C2EA 1DQWA 4K38A 1TPB1 2PCQA 4MZ8A 3L0GA 3UYCA 2YGYA 4JR5A 1GEQA 2VC6A 3P74A 1AW1A 2JBMA 2NWSA 4ORMA 3TW6A 2H8ZA 1XBZA 4N4PA 4DF1A 1VCGA 2Y70A 1SO6A 4NJJA 4UUIA 1R2RA 3IEBA 4DEFA 5FESA 2JKPA 1C29A 3GDKA 2IQTA 2Q3RA 3HF3A 5LNWA 1DORA 3KVJA 4M6QA 3SZ8A 3INPA 2DZSA 4FF7A 4IMDA 1SPQA 4LT9A 3W1AA 3TCEA 4O19A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JK2A

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