2LLEA

Computational design of an eight-stranded (beta/alpha)-barrel from fragments of different folds
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
234
structure length
234
Chain Sequence
MGKIVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKGFIVNTAAVENPSLITQLAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAAAAASVFHFREIDGRELKEYLKKHGVNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Potential of fragment recombination for rational design of proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chemotaxis protein CheY, Imidazole glycerol phosphate syntha
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
total genus 70
structure length 234
sequence length 234
ec nomenclature ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date 2011-11-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2lleA00
3NA8A 1DQWA 3TQKA 2ZZ1A 5AYZA 1VRDA 1IXPA 3S42A 1TPC1 5I3JA 3L9CA 4O50A 3B06A 1FCBA 3C4UA 4E2BA 3MHUA 3WK2A 4JYEA 3QSTA 1K02A 1D3HA 1EB3A 4FNQA 4HNTA 3TXZA 3NZ1A 3P7YA 2NWSA 3P74A 4JTHA 1JRCA 4FX8A 3WJYA 3ZWTA 1VCGA 2GPTA 1H61A 3CT7A 2QAPA 4FXRA 5A8GA 3EWBX 1G4TA 1ZHAA 1L6YA 5BRBA 3R5EA 3TMQA 1XI3A 3FKKA 4E38A 4AWSA 3UXAA 1G4EA 2DZSA 4CNNA 2ZZ2A 1X1ZA 3B0PA 4IPIA 2IQTA 5C54A 1A5BA 1OYBA 2ISSA 4ADTA 3LHUA 3UWQA 5K7JA 3C56A 4PCFA 3HMJG 4CNPA 4JX5A 4FNRA 1H51A 2GQAA 4NJGA 4O1BA 4ONVA 2DZPA 1GVQA 2BSLA 2ZQ0A 4IOTA 2P0OA 1YDNA 2WKJA 4WY0F 2D73A 4NNCA 4FEZA 1H5YA 5LSMA 1DVJA 2B7QA 4W9TA 3PAJA 1XFBA 3NQCA 4G1KA 4NXSA 3PG9A 4HIBA 5K3VA 4E0CA 2WNZA 2ISWA 4HPXA 4JXCA 4JTKA 1LYXA 3KXQA 3BLIA 4JTEA 3BW4A 2VELA 3P5YA 5HMSA 4N6EA 2Y61A 3IVUA 4ORIA 4IPJA 3NXFA 2H3BA 1B4KA 3MI3A 1XBVA 4ZZ9A 1TREA 4IGHA 1BWKA 1NVMA 3DI0A 1XXXA 2ZA2A 4FX6M 3ATZA 1ZNNA 1KM1A 2ALDA 2V5BA 3KHJA 5F2LA 5D2TA 5ABTA 4Q33A 4CQ9A 3L65A 4DF0A 3NQVA 3DHDA 2V5LA 3W75A 1ADOA 2QCNA 5AFDA 3GR7A 1VHNA 2OT0A 1OFBA 2Q3RA 1KFKA 5TQLA 3G1YA 3NQFA 4A2RA 4O13A 2Y62A 2NWRA 3B4UA 1OFRA 3T78A 4TX9A 4AF0B 2VFDA 3LRLA 4BWLC 2E6YA 2V8ZA 1KV8A 3O16A 3S9YA 1XDMA 4XBKA 4RXGA 2C0AA 1TPB1 5G1TA 3NPXA 3KVMA 4EIVA 3W7EA 1YXDA 1G7UA 2PURA 3TE9A 2ZA3A 2TPSA 4FNPA 3STGA 3BK0A 2ATMA 2GOUA 1KFEA 2NX9A 3W7DA 1J4EA 3HQ1A 1QMLA 1DORA 4HSNA 3U6WA 4PTNA 1YXCA 1MEHA 3NL2A 4N02A 3EWWA 3TC7A 3C2EA 3W72A 2QCGA 4O14A 2HS8A 3L67A 4NUWA 4UTLA 3IGSA 3DKJA 4U4MA 4EWND 4OV4A 2FFCA 3T40A 1ML1A 1IGSA 2JGQA 4M19A 3OVQA 2NUXA 4XBSA 1PV8A 3RFAA 1FWTA 4WD0A 1DJNA 4WZHA 2CLMA 2HMCA 1S3HA 3LHYA 3PG8A 4AB4A 2VEKA 1OF6A 3UNDA 1G69A 1THFD 1WXJA 2LLEA 3QYQA 1A53A 3BG5A 1HFBA 1LLZA 1JCYA 3B04A 3ABOA 3P60A 1FCUA 1KFCA 3TW6A 1G7VA 2HSAA 3IGUA 5FEPA 3W7HA 4LV9A 2QCDB 3N14A 2OJPA 4MY1A 3CIWA 3NR0A 4BR1A 3V75A 1TPEA 3C2OA 5D33A 3OA3A 1ZALA 3THQA 4LVGA 4NJJA 1IXNA 1OF8A 4ZQRA 1SSDA 2DJXA 3NL6A 3W83A 5IBXA 4M5PA 3LHVA 3ABRA 1GVOA 4IX0A 3EX6A 2YYUA 3QW3A 2FLIA 2GQ8A 1R30A 2J24A 1J2WA 3B8DA 5U7SA 1SQ7A 2YW4A 3LBCA 4XQ6A 3GB6A 3W85A 4YCPA 2EF9A 1LTDA 1SZEA 2OCZA 4JYDA 2H8ZA 3CIXA 5E0KA 4ADUA 2Z2UA 4OBTA 1RV8A 1YYAA 1XM3A 2QUUA 5KZMA 3PUDA 3P82A 3UY7A 1VS1A 4JTGA 3NM1A 4RKAA 1H7PA 3GIYA 2J9XA 3LLFA 4IUOA 4AEOA 3DGRA 2GQ9A 4WXZA 2BX7A 4JY8A 2NV2A 3VI2A 2JK2A 3N3MA 4PEKA 4O53A 4JX4A 5FEZA 4UFKA 1SO3A 4L4MA 3EXSA 3H55A 4MJMA 1VYSX 1H63A 3UD6A 4JTIA 3MMTA 1AW5A 3B05A 3NAVA 3LI1A 3KX6A 2QCEA 2E5CA 4DF1A 5BMWA 2R8WA 1QPQA 4EF8A 1YPIA 1KW1A 2FPTA 2O7QA 3LTPA 1TJPA 5D38A 2UV8G 3THAA 3M5YA 4U28A 1XDLA 3HIJA 3MW7A 3IV3A 2WOQA 4RV8A 1TTJA 4IWWA 1EP1A 1F76A 1R47A 2CLKA 2QKFA 2NUYA 3CWNA 3FYOA 3PUOA 3TIMA 4QQ3A 2R94A 1JCXA 3TJLA 3W1LA 1X7FA 1TRIA 3QFEA 1ICQA 4Y8FA 2J9YA 3V1PA 3GXPA 1K8YA 1IF2A 1XUUA 1FXPA 3CU2A 5CGQA 3GKFA 4HKPA 3O63A 3RNDA 1NFBA 1K3UA 4MLJA 1GZGA 4RX0A 2A5HA 3W1MA 3GX9A 2NX1A 4R7JA 2YXGA 1ME8A 5C5YA 3RLUA 3NOEA 3SI9A 1KM2A 4ZVJA 1DV7A 3GKAA 1H7NA 1JUBA 1WOBA 3E96A 4FIRA 1ONRA 5KZEA 2B7NA 4LUIA 4TMCA 2AAMA 4BWLA 2ZA1A 1PCKA 1A5CA 2QR6A 3BV4A 4YL2A 3TJXA 2C18A 1GOXA 1N55A 1N7KA 1W5MA 4HT3A 4PODA 4DO5A 2YSWA 3NQMA 4K6AA 4UC5A 1FX6A 1Z42A 3S5YA 3QQ1A 3VKJA 3CQ0A 2NXIA 2DU2A 3O8AA 3LCLA 2HTMA 3SFKA 7TIMA 5J5RA 1C29A 1G67A 1KFBA 2WSRA 3O6CA 2VFEA 1YTKA 1S5VA 5HR6A 1AL8A 2HS6A 1B4EA 3W74A 3GDLA 3W1UA 2BWGA 1UUMA 3KRSA 1AW2A 4H3DA 4LS0A 1X8FA 3S1WA 5E93A 4NNBA 5HWMA 1H7OA 4YLWA 3TSMA 1VLWA 2EKCA 3NGJA 4GE8A 2FIQA 2YW3A 3QJAA 2V82A 1GTHA 2VFFA 5BW6A 4MY9A 2FTPA 4LUJA 1UASA 2OX1A 2QUTA 2FB2A 3L5LA 5FF3A 4AAJA 4Z0SA 2CU0A 1VQTA 3RK8A 3W2NA 2WSQA 3SR7A 3ZFHA 3G0UA 2QJGA 4BI6A 2X1TA 1C9DA 3L68A 4C1KA 4DELA 4EVZA 1R2TA 3ELFA 2RDUA 2E5BA 4UTUA 3PBUA 2CLIA 1M7OA 2Y88A 4JR5A 4N9BA 3E0IA 4ML9A 1XUZA 1A5AA 1RZMA 3FOKA 1FXQA 3A24A 5EMUA 3NPWA 3NQ7A 4K7VA 1X6UA 2YR1A 5DN1A 1V7YA 3NDOA 2BXVA 2C15A 2QCLA 1W37A 1GYLA 3TDFA 2X1RA 3N34A 1UBSA 4LVFA 1EX5A 1OFAA 2V30A 4OV9A 1JUEA 3CLMA 3N19B 2ZDRA 2QF7A 3NG3A 3OIXA 4HN4A 4JS3A 3W7JA 1KTCA 4O12A 5H91A 1ALDA 4LVBA 2B0MA 3Q94A 3GVGA 1H62A 1TPH1 3M0ZA 5DXYA 5D05A 4JTJA 2X30A 5BNKA 3G1HA 4UR7A 1Q45A 3QPYA 1OFPA 3W7LA 1AL7A 4XKYB 3UWYA 1VYPX 4UFHA 5F2GA 3GK0A 1GT8A 1SW3A 4Q32A 1FCQA 5IM51 2OZ0A 3UQNA 2Y7FA 2B7PA 2PE4A 1JCNA 2J6XA 5G4WA 2Z0IA 4XUGA 4JTSA 3VCRA 4MKNA 3NQGA 4QM1A 1ME7A 1WA3A 4UXDA 3I7SA 1YLVA 4Z1BA 4UMAA 3EXTA 3LX9A 2G95A 3EX1A 3PSWA 1F6KA 4AHQA 3GNDA 4UCGA 1QNVA 3W7MA 5F4SA 1VYRA 1ZJIA 1TQXA 1W0MA 1L9WA 3KRUA 2A21A 5U4NA 4A3UA 4BFAA 4MY8A 5AN7A 3IIOA 5I3IA 1TYGA 1SUXA 2Y63A 4TMBA 5EPDA 1Q3NA 3BLFA 4O17A 2B7OA 2NX3A 3TU9A 2BZNA 2ZZ7A 1ZAHA 4DPPA 4RJEA 2A6LA 2JKEA 3IIVA 4GXMA 5F2MA 1LP6A 1CW2A 3DZ1A 1F05A 2A2IA 4DEFA 3NM3A 4FHAA 4MJZA 1OK4A 2V9DA 5EKYA 1VC4A 3HG2A 3EEGA 1V5XA 2ZZ4A 3L66A 3EWUA 3WJWA 2RDWA 3LLDA 4GUHA 1U83A 1OFQA 5EBUA 4S2BA 2Z1BA 1GWJA 4AH7A 2WNQA 4LV4A 3TQ0A 4QNWA 3HGJA 1R2SA 4XTDA 1XC4A 1I45A 3FKRA 1D3GA 3O6DA 2GUUA 1DL3A 1NSJA 1Z41A 4O52A 2E09A 4PL1A 5BOOA 1JQVA 2ZRWA 1OYCA 1I2RA 1K03A 3SECA 1DJQA 3PBVA 1YDOA 2G5WA 5MHBA 1QPNA 1OX4A 1W5QA 5D37A 1LOQA 3LXAA 1FY6A 1GJPA 5AC7A 5AC6A 5AHIA 1FQ0A 4IXHA 3DAQA 5D02A 1TTIA 3M5XA 3CEUA 5TIMA 3S5OA 1B9BA 3A9IA 4WQ6A 4LVDA 1TO3A 5EA9A 5AYXA 3LCGA 4MYAA 3P81A 3LCXA 1TMHA 3MO7A 4FNUA 4O8RA 3WFAA 1YXYA 3NQ6A 3W7KA 4DF2A 1W3NA 5LNSA 3LB0A 3QH2A 2F7FA 2YYTA 1I2QA 4XWUA 1HL2A 1MXSA 1QDSA 4RK8A 1U5JA 4Y9AA 3HOJA 3FA5A 4Y90A 4JIPA 4ZQOA 1ZAJA 1HUVA 4HSOA 4O4WA 5KMYA 4YCOA 2XN1A 1OK6A 1F6PA 5DCBA 5FESA 1IXQA 2CZFA 3NO5A 1JRBA 1ZFJA 5D32A 3P8IA 3GLCA 3STFA 4X3ZA 3T4CA 1FDJA 1LCOA 4JD4A 2H90A 1QCWA 5FI8A 1UCWA 1DKWA 1VCVA 4H6KA 3PC0A 1P5BA 1RR2A 5HJLA 3WJXA 5CPOA 2ZRYA 3BVJA 5HWJA 1GTEA 3PF3A 3PVFA 1EEPA 4L4LA 4QISA 2FPYA 5SWUA 1P1XA 5AHFA 3HG4A 3TV8A 4DBDA 2WNNA 2E6DA 4QNEA 3DKLA 4KFOA 2GVJA 5E1QA 1WX0A 3BGGA 1M5WA 4QAIA 5KITA 4NZJA 3R89A 2JKAA 3UZJA 3LERA 1F73A 1OJXA 3QW4B 4TU1A 4NJKA 4Y6GA 2CFFA 3MBFA 5C6MA 4AWUA 1TTQA 4O11A 5CZTA 5KZDA 3ZS4A 3AJXA 3W2UA 1EWDA 3W7RA 1XKYA 3WK1A 5LGXA 3UXDA 2NXGA 3LOTA 3STEA 3L21A 1KV5A 2Y7EA 3HO8A 1R46A 3W2KA 5FF7A 4O0KA 1O94A 2A0NA 3NQDA 2P1FA 5DXXA 2I14A 3KRZA 1SO5A 1GQNA 1WOAA 4JTFA 1QO2A 5D2YA 1OYAA 3CB8A 3LCWA 1W56A 3SY5A 5T26A 4OE7A 3NNTA 1Q6QA 1KLZA 4OT7A 2WQPA 2DORA 3GR8A 4I7WA 4AXKA 3TW7A 2H6RA 5CPMA 1GVSA 3I7RA 1AK5A 2RFGA 3EKLA 1QR7A 4Z1DA 3Q2DA 3UWZA 1EUNA 2FQIA 3C3NA 1QWGA 1TB3A 4WY0A 1T96A 2ZTJA 2GJLA 4NVTA 5AC8A 4CQ8A 1Z44A 2CZEA 4UIOA 4UR8A 2Y7GA 4O28A 3N9SA 4UMCA 3W1PA 4AHPA 3HGSA 2Y85A 2QJHA 2YDAA 3FYPA 3DFQA 2CLEA 5HUPA 3P67A 3NZRA 1J5TA 2Y89A 5LHFA 2OT1A 3LDVA 1MEIA 3LV5A 3NQEA 2VFIA 4YMZA 2QEZA 2CZ5A 3L5MA 3OVPA 5EY5A 2QCFA 3Q37A 4XTIA 3GXNA 2ZZ3A 1SW7A 4NNAA 3UWUA 3M47A 5C2XA 5KINA 3SSJA 3DFSA 2QCMA 1M7PA 2YX0A 4AMAA 1DBTA 5LNRA 1MO0A 3M7WA 4IJBA 1SO4A 5K4ZA 2EPHA 2Q3OA 1HO4A 3W07A 4UTMA 2DZVA 1LM1A 1WDWA 5D04C 5AOUA 3G8RA 2NXHA 1I2NA 1GYNA 5KSWA 2E1DA 2AGKA 2CW6A 4LVAA 1EA0A 3G1VA 1F74A 4TO8A 4DBEA 1OG0A 4ZQCA 1OVDA 3BPWA 2Z6IA 4KKXA 2JGYA 4QITA 3G18A 4UTJA 3PWAA 5K2ZA 4GNJA 4O57A 1OX4B 5HWNA 3SZ8A 4LS1A 3B03A 3DU0A 4OU1A 5AB3A 3TFXA 3I7QA 2OMAA 1WV2A 3TSBA 5KTLA 3UWVA 1SZNA 2H3DA 1JCJA 3LRMA 2BLEA 4DO6A 3EX2A 4HPJA 4LTSA 2E6FA 3HF3A 3G1XA 4FB7A 4NT0A 1LLWA 1LRTA 4WX2A 5AHNA 3W22A 4JYFA 3FFSA 3HG3A 5BMXA 2QJIA 2X1UA 4RXFA 2ZRUA 3S0CA 3TQVA 3F4NA 3W7QA 1HG3A 3DI1A 3TSDA 2A85A 3C6CA 4B5NA 3UPBA 3I65A 3TAKA 3W7OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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