2NWRA

Crystal structure of c11n mutant of kdo8p synthase in complex with pep
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 87
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nwrA00
2AGKA 1VGAA 2WKJA 1ME8A 4CCDA 1TYGA 1LBLA 2DU2A 1K7XA 5F4WA 1NF7A 2J6XA 3L0NA 4JYDA 3QMTA 5G4EA 5ABTA 2QDGA 4GUHA 4PC8A 3W2UA 2X30A 3W7NA 4QQ3A 3FFSA 5D30A 3C56A 1GPWA 1SFLA 1GVQA 4UFLA 2I14A 1W3NA 2Q3OA 2J27A 3QMSA 1RQHA 3WJSA 3DI0A 4LVBA 4D2JA 2EF9A 3CPRA 3NPVA 4BWLC 3SY5A 1GQNA 1LOLA 3EB2A 4M5PA 5FF4A 3HGRA 3S1WA 1CI1A 3NQAA 3NQ2A 3IIOA 3MHGA 3WK3A 1TIMA 1QNVA 4FX8A 5DN1A 1TPEA 4I9AA 3PM6A 3VNDA 1C8VA 5FEXA 3DFOA 5D33A 1G7UA 4EIVA 1VYRA 4GBUA 1WBHA 5CSSA 4JX6A 1ZAJA 3GVGA 4AAJA 2TRSA 2A7RA 4EWND 1SO6A 2KZHA 2FPVA 2DZPA 3TSDA 3L0KA 2PE4A 2ZCGA 3PG8A 3PSWA 3TK7A 1PHWA 1EWEA 1IF2A 3S6DA 3L68A 4O10A 3A23A 3UZ5A 3BARA 2J88A 3PY2A 3O6CA 2QJHA 1ME7A 1OFQA 4WJEA 3E9AA 2HTMA 3GR7A 4JIPA 5FEZA 4UTLA 3WK0A 1RV8A 2Z0IA 2B7PA 4O4WA 2RDTA 3ATYA 2YR1A 3T55A 1FXQA 4L4MA 3USBA 3MI3A 2NXIA 1W3IA 3QM3A 2B7QA 1KM6A 2QCNA 1TPUA 5FEWA 4JICA 3S42A 3LTSA 4A3UA 5AHFA 1MEHA 4U4MA 3PC0A 5TIMA 4R7JA 5J5DA 3B04A 2ISSA 2HMCA 2R94A 4IUOA 4YCPA 3RLUA 1OFAA 3NL5A 5F2LA 1W8SA 3M7WA 5E0KA 2YFNA 1FCUA 1JUKA 1Z48A 1DVJA 4GUGA 1TJPA 1ZAHA 4JTGA 3HB9A 4UCGA 4UFKA 2XN2A 1F2JA 4NX0A 1SO4A 1AW2A 1KV8A 1FUYA 4LTSA 3NDOA 1WV2A 4N6FA 4I7WA 4HSOA 2Y89A 3UY7A 3FS2A 5FI8A 5K9XA 3W1UA 1ZFJA 2Y62A 3GXTA 3I7QA 2DZUA 3QSRA 3TKFA 5KZMA 2WSQA 3FKKA 4FNSA 4RZ4A 2WJZA 2P1FA 1WAUA 2NUYA 3TROA 2E5BA 3B4UA 1X1OA 2Y7DA 4RLIA 2NLIA 2WO5A 2CLLA 3OVQA 4DO4A 1JCNA 4MZ1A 3H54A 2E6AA 1B4EA 4UMBA 3NZRA 3QEZA 2TMDA 3VCRA 5GVJA 4AHPA 1SFJA 2UV8G 3NQDA 2OT1A 3R12A 4O28A 2G96A 4POCA 3E02A 3A21A 3GNDA 3SGZA 3NPWA 4UTWC 1NF0A 4QAIA 3G24A 3U2OA 4WY0B 4K39A 1X8FA 2GOUA 3P84A 1W56A 3QQ0A 1GYLA 4HIBA 4OBTA 1IXOA 2EPHA 3GKFA 4JGDA 3ZS4A 1KM3A 1DQWA 5AHNA 1TTQA 1MEWA 2GQ8A 3LRLA 1EEPA 1Z42A 2GQ9A 5KITA 4E38A 1GVFA 1DKWA 4O50A 3PBVA 3LV6A 2Z2UA 1OFEA 2J9XA 4JTLA 1XUUA 3LLFA 1ZCOA 4NVTA 3MUXA 1GVRA 4N4PA 5D05A 4ZQNA 4DPQA 5G2WA 1A5CA 3PAJA 1EP3A 3MHUA 2ZRUA 4MLJA 2ZZ2A 3M6YA 1LCOA 3S1XA 5F2GA 1I2OA 2E1DA 2YDAA 3P82A 4O13A 5KZEA 3HG5A 3WJYA 4O15A 3QZEA 4QIUA 4UXDA 2RDWA 3QMRA 3CIXA 1OYBA 5BMXA 1WOAA 1N8FA 3S0CA 2BLEA 4NZJA 3KAOA 4YXGA 1YADA 3HOJA 5EPDA 1AW5A 2OT0A 6ALDA 3SIZA 4HNTA 4N2YA 4O1DA 5FF2A 3ZWTA 3Q58A 4TO8A 3UPBA 2VEMA 1FXPA 4MFDA 2QF7A 2QCCA 4B5NA 1Q3NA 3QPYA 1H63A 4O17A 4JTSA 3V1PA 2DZWA 3G8EA 4KWVA 1OFRA 2YSWA 2Y63A 5AYYA 2ZZ6A 4UTMA 4AVFA 2QCDB 4ZVJA 5A8GA 2Y6ZA 3PB0A 4E0CA 1L6SA 3NQVA 4UTUA 4MZYA 1V7YA 3OVRA 1AL7A 1I2NA 1KFLA 3W1MA 1TQXA 3RLVA 3W7MA 5HJLA 4ZZ9A 2QCLA 2AAMA 3CC1A 3W87A 2CZFA 3LHUA 1UASA 3CEPA 1VRDA 2NV2A 3ANYA 3NQ7A 4GUFA 4AEOA 3SSJA 1G7VA 4DF0A 1LP6A 1OX4B 1TRIA 3BPWA 4GJ1A 3JR2A 1HL2A 3GAYA 3KVKA 2QCDA 3LOTA 1D9EA 3M9YA 5IBXC 3N73A 1TQJA 4JYEA 3IVSA 3KX6A 3W1NA 4BR1A 2FIQA 3CT7A 3LCLA 1NEYA 2FPTA 1OYAA 3W1QA 1LZOA 4OU1A 2Y70A 2CLHA 3H55A 1TPH1 3LHTA 1ZHAA 3TQVA 3MHFA 1OX4A 1F7BA 3W72A 3G18A 4PFMA 3F4WA 4DEFA 1YXYA 3L0GA 3TMLA 4LV4A 2D73A 1KW1A 5D04C 2Q3RA 4YLWA 2VFHA 2OZ0A 2EGZA 1PE1A 2ABBA 3W88A 3R89A 5G1TA 4LVFA 5HINA 2ZZ5A 2RFGA 3G1DA 1FBAA 4YMZA 4UUIA 1SZNA 1F05A 4LRTA 4A22A 3NQEA 3LERA 2H8ZA 2Q8ZA 4RJEA 3N9RA 3W7OA 1JULA 3QW4B 4IPJA 4RK8A 1YXDA 4NXSA 3P8JA 4JY8A 1S5VA 1SR9A 4K8EA 3C8FA 3HPZA 3SECA 4QJ1A 5DBUA 5F1UA 1K8YA 2YFOA 2E6DA 3BG9A 1VS1A 1G4SA 3O07A 1N55A 4PL1A 1QDSA 5HMSA 4AWUA 5C54A 3O15A 1LLWA 3A5FA 2V82A 4M6QA 1F76A 1RQEA 2PRMA 3CIWA 3G0SA 5AOUA 1EIXA 4IXXA 3L5LA 5DCDA 5BOOA 3NQMA 3W6YA 5AHIA 4JNMA 3EXTA 3KHJA 3IGXA 1YDOA 3W75A 4MYXA 1H1YA 1BEUA 1VHCA 4ZQCA 4HNVA 2EHHA 4PH6A 4WZHA 1TPWA 4P2VA 2QDHA 3SW6A 5K9DA 3EWXA 4FF7A 3OEXA 3G1YA 5BRBA 3CM4A 2NWRA 3EWBX 3ZR4A 1A5SA 1HG3A 1JCMP 3BW3A 2A6LA 2YZRA 2RKXA 4JDYA 1HFBA 3TUUA 1T96A 2YYUA 4O57A 2DZTA 3W2JA 1TMHA 2ALDA 2EKCA 5AN7A 4FIRA 2NUXA 4FNRA 2FB2A 1RR2A 3PUEA 4X3ZA 1GG0A 1YDNA 3LBMA 3W1LA 4RV8A 3DFNA 1OK6A 1K02A 3LHWA 3FYOA 5K7JA 4UTIA 3DFSA 3LRMA 5D2WA 1ONRA 1VCVA 5DXXA 4PODA 3QJAA 5BNKA 1A53A 3DFTA 1L6WA 3NYZA 1ZAIA 2CZ5A 3EX2A 1R2TA 5CKSA 5HNRA 4BI7A 3DAQA 3F4NA 1GTHA 1EWDA 1O5XA 1TPC1 3N19B 1MO0A 1OJXA 1I8JA 2YCEA 3NQCA 1VYPX 1Q45A 4O12A 4TX9A 3MI6A 4LS1A 5DXYA 5DCBA 4BWLA 2JBMA 4H3DA 2Z6JA 3M0ZA 2CFFA 3W7HA 3RK8A 4XQ6A 2EAWA 2ZRZA 4NNBA 4ADUA 4MKNA 4O11A 4U28A 3TCEA 3AO0A 1R2RA 1JUEA 3P60A 3MYOA 3ZFHA 5KTLA 5D2VA 4BI5A 1TB3A 4N9DA 5HQEA 3LTYA 3TIMA 4L4LA 5C6MA 2C18A 4UFMA 4H6KA 1PIIA 2VOMA 4IWWA 2NX9A 1UUMA 4ONVA 3UWVA 2JGQA 4GFSA 4OE7A 4N6EA 5LKYA 2V0TA 4ZQMA 3DGRA 3W2MA 2FJKA 4OV9A 3S5YA 3G3MA 2VEPA 1K8XA 4NZFA 4HN4A 1VQTA 3PWAA 1PV8A 3MP5A 2B0MA 4XUGA 3GDLA 3UXDA 5DY3A 4UC5A 3PBUA 3LLDA 5EY5A 4YCOA 1QMLA 5D2TA 2E68A 1K7FA 2A2IA 2GJLA 1OVDA 3W74A 5G4WA 1TTIA 1XDLA 2VEKA 1LROA 2Y7EA 1VR6A 1XBYA 3O06A 3G1HA 3IEBA 2PRHA 3PB2A 4HPJA 1F6PA 1EPXA 1FQ0A 3W23A 1IXNA 3NR0A 3TQKA 4A29A 3HBLA 2GJNA 2ZDRA 3LCWA 4JXCA 2BZNA 4IQLA 1VYSX 1W5MA 3M16A 1ALDA 3P5YA 1MZHA 1KFJA 1OK4A 4DBEA 1KM5A 1BWLA 3PG9A 3UWZA 1B4KA 3BK0A 2DORA 4JTEA 3HF3A 3W73A 1LRNA 3RMJA 3RF9A 2CZEA 2A5HA 4LW7A 2NWSA 4KFPA 4R34A 5FESA 3C0JA 4TIMA 3O05A 4IPIA 2WQPA 1L6YA 5HUPA 4XTDA 1Y0EA 1C9DA 2C13A 1FWNA 1NAL1 1IIGA 3MO7A 5MHBA 1JVNA 3GKAA 4QISA 1EA0A 1Z44A 5C5YA 4A2RA 1S5TA 3TQ0A 1GEQA 3G8RA 4LVAA 1VHNA 1VPXA 4JX4A 3A22A 1W1ZA 5D32A 1KBIA 5DY2A 2H6RA 1OX5A 3DHFA 4OGZA 5KZDA 4O19A 1XM3A 4Z1CA 3VFLA 1W0MA 2QCHA 3N2XA 3SGUA 3IIZA 1XBVA 3TJXA 4UTWA 1E51A 4JEQA 5K3VA 2BX7A 5D2XA 1EUAA 1TV5A 5D09A 3QYQA 3T7VA 3FKRA 2Y7FA 1JCLA 2B4GA 5F2IA 3C4UA 1M7PA 4HPXA 3LHZA 4RKAA 2QAFA 5CGQA 3DZ1A 4K6AA 1VZWA 3CEUA 1IGSA 3TX9A 2I9EA 3MMTA 3LV5A 5BW6A 3QH2A 2O7SA 5KMYA 4OT7A 3NQGA 3W2KA 3STGA 3TDFA 4UTKA 3FIGA 1XC4A 1W5OA 2YW4A 1RQBA 4ADTA 2FLIA 5CPLA 5DELA 2ISWA 4LC8A 4H4IA 2VFFA 3I65A 3VE7A 1I2RA 1KTBA 1EP2A 4IMDA 3MI2A 5F4SA 2X1UA 1OF8A 4XBSA 1BWKA 4IX0A 1THFD 1LM1A 3KRUA 4MLRA 1XI3A 1KA9F 4MZ8A 4LV9A 3R13A 1FDJA 2HSAA 4RZ5A 4CQAA 3BGGA 1XKYA 4P61A 2TYSA 3GZ3A 1H7OA 3H53A 1DL3A 2CLEA 3MP3A 4R53A 1QWGA 2Y85A 1OHLA 1MEIA 4OQVA 4CCCA 3EXSA 3PBYA 4DO6A 2LLEA 4QM1A 4M7TA 3CLMA 1KM1A 2J24A 3L65A 3GB6A 2QAPA 3WJXA 1SSDA 3LCFA 3BVJA 4UR8A 1TCDA 1FCQA 2CLFA 3A5VA 1C29A 2V2CA 4JTUA 2GVJA 4RCXA 1QPOA 2ZYFA 1KM0A 3KVLA 1KV5A 1T0OA 2DZVA 4EOUA 3PR2A 5I3JA 2G5WA 3LCHA 4IOTA 3DENA 2R8WA 5D02A 4O1CA 2PCQA 3LRKA 3GK0A 1SUXA 4IMFA 2NUWA 2P0OA 1J4EA 2W6RA 3GX9A 4JY9A 4LY8A 1G4EA 1PHQA 3LX9A 5EL1A 1QO5A 2QEZA 4Z1DA 3G1AA 3GYEA 3ATZA 1S5WA 2WNNA 2E5DA 2H8XA 1Q6RA 4ICNA 4DO5A 4E2DA 2B7OA 1I4NA 3A24A 4NUWA 4K37A 4C1KA 4PA8A 1KFKA 3I7SA 1ICPA 4WY0A 4FNQA 3P61A 4NJHA 4UMAA 1VC4A 1P1XA 1TPB1 2HS8A 4LOCA 4NJJA 5IBXA 1H60A 4UFHA 1RD5A 3QW3A 1SW3A 3U6WA 5C55A 3Q2DA 3G0UA 4AWTA 3B06A 4O1AA 4O0ZA 3S5ZA 3NG3A 4NU7A 1QPNA 3TC6A 1YYAA 4RR4A 4RXGA 1DBTA 1LOQA 2X2GA 1K03A 4YWIA 5CSRA 3EX1A 5CPNA 1G69A 4O53A 3W7RA 1TTJA 2WSYA 2DZSA 4FX6M 3HG4A 1H62A 4LVDA 5CG7A 3TW6A 4JTFA 4ADSA 1OFDA 4RZ6A 1D3GA 3BLFA 3TXZA 3M5VA 1A5AA 4TMBA 4DELA 5HWMA 5FF7A 3IIXA 3THAA 1K8ZA 4MJZA 2ZRWA 4CNPA 1MXSA 4TR9A 2CU0A 2JKAA 2BWGA 4Y8FA 3NQ6A 1EUNA 1H1ZA 5U7SA 3E49A 4LS0A 4IX2A 1FWSA 1OX6A 2TPSA 3N14A 2A0NA 1T8XA 5IM51 1FWRA 1CX9A 5LGZA 1N7KA 3BW2A 4NQ1A 5HUOA 3CWOX 4NJIA 2A85A 1LRTA 3W70A 2W0UA 3WJZA 3CQ0A 3TNOA 4IGHA 4AXKA 3JS3A 1DJQA 1R30A 2VFIA 1UUOA 2P10A 1B57A 5AB3A 3P81A 4N9CA 2A1YA 4N9EA 4LS2A 5CPOA 5LZLA 3HPSA 2ZBTA 3OA3A 5AC7A 5EBUA 3LI0A 3SZ8A 3W83A 1JRBA 1JR1A 5I3GA 5SWUA 2V8ZA 2QR6A 3DFQA 4M7SA 4FNUA 2QCMA 2Z6IA 4UIOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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