2NWRA

Crystal structure of c11n mutant of kdo8p synthase in complex with pep
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 87
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nwrA00
3FIGA 1TTQA 3QSTA 5CPMA 5K7JA 5FF7A 1ME8A 3CTLA 4XZ9A 4I9AA 3SGZA 2V0TA 3TSMA 1H7NA 3W7LA 5CZ0A 4LW7A 3SSJA 5K9CA 4CCEA 2W6RA 4LOCA 3SY5A 1TPUA 5E93A 3M41A 5G1TA 3SGUA 1FWRA 3B0UX 1KFCA 3GAYA 3N2XA 1HG3A 1EUAA 3MJYA 3G18A 4FNTA 2EPHA 3NPXA 4MY1A 3EX2A 4P61A 4FX7A 1RQEA 2X30A 2I9EA 4O15A 3W74A 4DF2A 3CEPA 3E0IA 3T7VA 3UXAA 4PCFA 5TIMA 5F2IA 2ZBTA 3FKKA 4M6PA 2QUUA 4WOQA 4RXGA 1RQHA 3BGJA 1OK4A 6TIMA 2CZ5A 3N3MA 4X2RA 2ZDRA 4K36A 4M19A 1LRQA 2NWRA 3EX6A 4JTSA 4CQAA 3A23A 3FFSA 4O1CA 1VQTA 1EWEA 3T78A 1TTIA 1H63A 3W7EA 3C2OA 3FYPA 3PVFA 4MFEA 5FEXA 2AGKA 2ZFAA 4MKNA 3T55A 1KFBA 5I3JA 1HO1A 3FJLA 1G4PA 4MLJA 3IGUA 4GC4A 3O8AA 1YPIA 5G4WA 4OU1A 2HMCA 4O54A 3UZJA 5AC8A 1MEIA 4JX4A 3YPIA 1W56A 1V7YA 5FEWA 1KM2A 1ME7A 4UTKA 4GNJA 3G24A 3WK1A 1OVDA 3ZWTA 3C3NA 4AF0B 1I45A 4BR1A 5H91A 5H2ZA 3LBMA 4UXDA 1Y0EA 4RXFA 1XFBA 2QJIA 4ICNA 3DFSA 7TIMA 3GDTA 4O11A 4GBUA 1QWGA 1PL9A 4MY8A 4NU7A 3W7PA 3P8IA 3VNDA 1ALDA 4NJHA 1PIIA 1FCBA 3S5YA 1S3HA 1YXDA 3EKZA 4BI6A 3W2NA 3IRDA 3UXDA 3OHIA 3NQCA 1JCMP 2VXNA 3MBFA 3L0KA 3QQ1A 1OX4B 3UWUA 3BLIA 1ZFJA 3A21A 4ML9A 5CPLA 2V81A 3W1UA 4POCA 3BGGA 1I2OA 2C0AA 5CSSA 4YCPA 5D32A 3LCLA 3P7YA 2IQTA 3IGXA 5DCEA 3DFOA 4Z1DA 1W5QA 2VEMA 3ELFA 4OV9A 1VLWA 4CNPA 5E0KA 3NQ6A 4IJBA 4JYFA 1Q45A 2GQ8A 3W1LA 3A5VA 1AG1O 3G1VA 4ONVA 4DO6A 4NVTA 3NR0A 1FCQA 1R2TA 2Z0IA 3CWOX 3W7MA 1WDWA 2VELA 4FNRA 3G1SA 3NQ2A 3BVJA 1Q6QA 2DJXA 2ZA2A 1M6JA 3W3OA 4O12A 4AB4A 3BK0A 1K8YA 1NSJA 3GXPA 1TRDA 3P67A 3GK0A 2OZ0A 2Y7FA 3DHFA 4JR5A 5D02A 5C6MA 4CQ8A 1OFDA 2GQAA 3E12A 3GB6A 4JIPA 1NF0A 3WJWA 3PB0A 3TX9A 1I8JA 1BKSA 4RV8A 1KBJA 1EX5A 1KV5A 1TO3A 1SZNA 1ICSA 3TQKA 2WNQA 1ML1A 2NZLA 3MMTA 3HIJA 4JDYA 5DLCA 4L4LA 1A50A 1S5WA 3UWYA 2VFGA 1TPDA 3DU0A 2QKFA 3THQA 1H61A 5HWMA 2FTPA 1J5TA 1PE1A 5AHNA 4NX0A 2Y7EA 5IM51 3TR2A 3TXZA 1FY6A 2YR1A 4XTDA 1FWTA 4TO8A 4GE8A 1IF2A 3MP5A 1GYLA 4UMAA 3GXNA 5LNWA 3W87A 3M5XA 3T4CA 4MJZA 1K7FA 3GYEA 3L2IA 3C2RA 2V2HA 3EKLA 3RFAA 1FWWA 4K39A 1NAL1 3DENA 4FNPA 5LKYA 1RV8A 1SUXA 1LORA 5AFDA 4UTMA 1W5MA 2PURA 4GXMA 1KTNA 1X8FA 3DZ1A 4UTWA 3ABQA 1T0OA 1L6WA 1FXQA 4LV9A 3LM7A 1QPQA 1XBYA 3G0SA 1P5BA 3UPBA 1HUVA 5F4XA 4RZ4A 1N55A 4DF0A 5D33A 2C15A 3MO7A 4KFPA 1JJKA 4MLRA 1P1XA 2A7RA 3SJ3A 1TRIA 1M7OA 4DXVA 1FUYA 1O94A 2D73A 4UMBA 5DY2A 4IMCA 4UTUA 3TDFA 1BWLA 4IMDA 3LHUA 4MZYA 1SQ7A 3HPSA 2R14A 2QCDA 2E5BA 1EP2A 1VYPX 3HGJA 5HUPA 2GQ9A 1KA9F 1R2RA 3GR7A 4ORMA 1RZMA 5HR7A 1VYRA 3EX3A 3PG8A 3G1YA 4TX9A 4BFAA 4FIQA 3ATZA 4JGDA 2JKAA 4N6EA 1QO2A 5G5IA 2V8ZA 5LGXA 3NYZA 4LS0A 1MSSA 1TQJA 4TMCA 5LNRA 4ADUA 3UYCA 3I6RA 1TTPA 2XN1A 3LB0A 4LC6A 1QR7A 3LGEA 2XFWA 1YADA 4LTSA 3F4NA 3LTSA 4XTIA 1G4SA 4O50A 3R89A 3CEUA 3W84A 3KVMA 3UY7A 1T99A 2YW3A 2QCLA 4Y90A 1PS9A 3MHFA 1IGSA 3S8HA 5LZLA 3NL6A 2FPYA 1YDVA 1IXNA 1XM3A 3DH7A 2PRLA 2ISSA 5I3KA 3ZS4A 4MOZA 3PUDA 1KTCA 4PFMA 4S1FA 3PM6A 4R7JA 4K37A 1UASA 4UFIA 5SWUA 3L5AA 4WXYA 1YYAA 3HBLA 4KFNA 1Z41A 4FEZA 5EPDA 3W6YA 1TSIA 3GNDA 2VOMA 4WX2A 5D2XA 1WV2A 3C2FA 3LHVA 5F4WA 1LOLA 3TIMA 3CWNA 3H53A 4AMAA 3B04A 3NVTA 5AHLA 3UPWA 1KTBA 4N2YA 2NXGA 2HS8A 3LLFA 2X2GA 2YYUA 2PRMA 1VGAA 3S6DA 4FB7A 4JY9A 1GVSA 4MY9A 3CU2A 3V1PA 4OE7A 5F2MA 1EB3A 3M6YA 3QMTA 3GNNA 3L9CA 3B05A 2TMDA 1QFEA 3CIXA 6ALDA 5D2YA 5BNKA 3MWAA 2ZYFA 3USBA 4N6FA 3MHGA 5LHEA 1SO5A 3QSRA 3MI2A 4HNNA 3CQ0A 1Q3NA 5BMXA 3R12A 3KX6A 3M5ZA 4UFLA 2FDSA 1JULA 2WSRA 1TPWA 4JTJA 4PC8A 3NO5A 4JICA 3QQ0A 1DOSA 2ZRVA 2CLHA 4O4VA 4ADTA 4JDBA 4FIRA 4DQWA 4S2CA 2JK2A 3QFEA 5J5RA 1TB3A 2E09A 2Q3OA 2QF7A 3UZ5A 1LROA 3C56A 3P5YA 3K30A 1FCVA 2CZEA 3BG3A 4RCXA 1ZJIA 2ATMA 5I3IA 3U8GA 1KBIA 3M43A 2C1HA 3OBKA 4UTHA 2QCDB 3GIYA 3LRMA 4LVDA 4Z0JA 1I2QA 3M9YA 1H60A 4EIVA 3G3MA 3TW7A 1OFAA 3W76A 2QCMA 3DFTA 5FF4A 2BTMA 3NQDA 1W31A 3W7GA 3VFLA 2VC6A 4ZQPA 1OJXA 2ABAA 3LOTA 3GKFA 4QITA 5HMSA 1AW5A 4HNUA 3TUUA 3M7WA 3W88A 5KINA 1ZY9A 4YL2A 3S5NA 3VKJA 2FJKA 3W7KA 2EF9A 4R33A 5EY5A 4CCCA 1O95A 4HKPA 1HO4A 5I3FA 4MUZA 1XC4A 2WOQA 1NF7A 2GOUA 5AYXA 1RD5A 1TMHA 4HPJA 4H3DA 4K8EA 1CX9A 8TIMA 1P4CA 1SW3A 4MFDA 2W79A 1OHLA 3QW4B 2FPTA 4AF0A 4UMCA 3B0PA 3DXIA 4ZQNA 4FF7A 2Y62A 2DZSA 1X6UA 3HGOA 4MZ1A 4LNYA 3BW2A 4JTGA 2ZA3A 1DBTA 3LV5A 3PC0A 4Z0SA 4LY8A 2B7NA 4O8RA 3NZ1A 1T8XA 3NNTA 4FO4A 4QAIA 5D37A 1H7PA 4O52A 1PV8A 5F2LA 3AO0A 4QJ1A 3W1MA 1H1ZA 2X1RA 1SZGA 3EXTA 3L0NA 3O16A 1RVGA 5F2GA 2DORA 4QNWA 1SSGA 4M6QA 2V2DA 1LLZA 4OQVA 4TIMA 1TPC1 1I4NA 4DEFA 3DFNA 4RZ6A 4O1AA 4NX5A 3KXQA 4JN6A 1OX4A 1SFLA 2H6RA 1QOPA 3BLFA 1LDCA 1LP6A 1TQXA 3N73A 3E02A 5FEZA 5U4NA 1KM4A 3NPWA 2X1UA 5HULA 3RLVA 4UNKA 3W7DA 4XUGA 3C6CA 5AHEA 1SO3A 2V9DA 2WQPA 3B03A 3GDRA 2ZRYA 2VFHA 4X9SA 2RFGA 3CHVA 2GVGA 3FS2A 1F05A 5D05A 3HF3A 3ZR4A 3GZ3A 3NQMA 1G4TA 1H5YA 1OK6A 3N34A 3TFXA 1LCOA 4EVZA 3PUEA 2JGQA 3W22A 1KFLA 1VCGA 4CCDA 4BF9A 4C1LA 2JKEA 5DY3A 3W7QA 2WPBA 3HG3A 4JTLA 1ME9A 2NXHA 1GPWA 5G2IA 1W5NA 2J9YA 4ALDA 5KTLA 4K38A 1EUNA 4HN4A 4FHAA 3TH6A 4CNNA 4AAJA 1VHCA 4HSNA 5F1UA 1LRNA 1SO4A 5HWJA 5I3GA 3CLMA 4LUIA 1DKWA 3JRKA 1LRTA 2CZDA 2DZPA 2ZRZA 1WX0A 1H7XA 1K03A 2G97A 5HWNA 2ABBA 3VI2A 2C3ZA 1TPFA 4OGZA 3STGA 3HO8A 4IX0A 1D3HA 4TMBA 3MYPA 4IMGA 1T96A 4JIQA 3TW6A 1GVOA 2J6XA 1TV8A 2X1TA 2PE4A 2AQWA 3QPZA 1XCFA 1OX5A 4YCOA 1QPRA 2UV8G 4QSHA 2VEKA 1AL8A 5AYZA 5CPOA 1KM5A 1H7WA 3N19B 4NZJA 4RR4A 3L21A 2I14A 3PBVA 4UUIA 1JCJA 4A2SA 3EX4A 1EEPA 4O14A 3UWVA 1B4EA 4LUJA 1YTKA 1XUZA 4WY0B 1FBAA 5AC6A 3TC6A 4FNSA 4YWIA 4U4MA 3I68A 2YZRA 2E1DA 3EWBX 4IGHA 5D04C 3W1RA 2QUTA 2C6QA 3I7QA 4O28A 4Y96A 1J2WA 4Y9AA 1W5PA 3NM3A 2ZRUA 3TV8A 4EF8A 2A4AA 3W85A 3ABOA 4L4MA 3HOJA 3STFA 4GUFA 3M0ZA 3HPXA 1WA3A 3L5LA 4QM1A 2Z2UA 2GPTA 4H6KA 5D38A 1W5OA 1F73A 4UC5A 4K8HA 4Q4KA 3GVGA 2J24A 3M47A 2WNNA 1G4EA 5CZJA 3P84A 1R46A 1MEWA 3W70A 3LRLA 1AK5A 4HHPA 1XL9A 3DI0A 2E5CA 2F7FA 2QDHA 2NX1A 2CW6A 1TPEA 3GDLA 3KRZA 1Z48A 4KFOA 4BI7A 4GUGA 2OX1A 4O57A 5LSMA 1F74A 3EWUA 3HQ1A 3MHUA 1IXOA 1OF6A 4NNBA 4DBDA 3KHJA 2FQIA 1VCVA 5C5YA 1EPXA 2ZZ6A 3EWYA 4LVAA 3IIXA 4IXXA 3N9RA 3IVTA 5HR6A 3C8FA 4UR7A 2YFOA 3W2KA 4UTTC 1PHQA 3EWXA 3G8EA 3RU6A 3P60A 4AH7A 4HPXA 3R2GA 4Z1AA 1SFJA 3W2LA 4UFMA 5G2HA 1IXPA 3N9SA 1TV7A 1ZAJA 4JTKA 4DO4A 4LS2A 3DKJA 4LVFA 3LCHA 2QCGA 3GLCA 1LYXA 3NPUA 3STCA 1ONRA 1L6SA 1XUUA 3TA6A 4M7SA 1WYIA 4E2BA 1YTEA 3HPZA 1A53A 2ATSA 4HNVA 2FFCA 4JYDA 3FA5A 2RDTA 1F2JA 1GVFA 1OF8A 3P5ZA 3LX9A 4I7UA 4IUOA 3S5OA 4N9CA 3TMLA 3P80A 3HG5A 5DELA 4RX0A 1EWDA 2YW4A 1ZAIA 4LRSA 1BTMA 3W72A 4GRSA 2ISVA 4EF9A 4UTWC 3LXCA 3PF3A 1DV7A 1JQXA 3O6CA 2H8ZA 3L65A 2RH9A 2YX0A 3JR2A 4R34A 3GAKA 4UTJA 4FXSA 5HUOA 1JUBA 1P0NA 1I2RA 2PRHA 3STEA 3HMJG 1GOXA 1X7FA 3E9AA 4PA8A 3SFKA 3MI6A 1FDZA 3A5FA 3LRKA 5G2WA 3G22A 4IOTA 1YDOA 2CLEA 4H4IA 1TREA 5U7SA 2E5DA 2HSAA 2R94A 2FB3A 2GVLA 3WK3A 3WJZA 4UR8A 3VE7A 3TQ0A 1JRCA 1FWSA 5BRBA 2QUVA 1VRDA 2ZRXA 2VEPA 5CZSA 3W7RA 1BWKA 2Z1BA 3C2EA 3UWWA 4AWTA 2BX7A 1JCYA 2RDWA 1XDLA 1TCDA 3H55A 3P61A 2NUYA 1UUOA 1KW1A 3O63A 3OA3A 3PG9A 4EOUA 1G69A 2FPVA 2CWNA 5K4ZA 1JCLA 4JTIA 4LVGA 1MZHA 5TQLA 1UCWA 1H51A 3RLUA 3UD6A 5ABTA 3G1AA 3S5ZA 1V5XA 3ANYA 3W7NA 2G95A 2H8XA 3NZRA 1U83A 2E6YA 3W86A 3ZWSA 3LBCA 5EMUA 3PY2A 1SR9A 4JTEA 4LVBA 3A22A 2V82A 3W7OA 3W71A 4NJGA 3T44A 2ZA1A 1GVQA 2B7PA 5IBXC 1WQ5A 2WSYA 3MI3A 4M5PA 3NOEA 2V2CA 1TJRA 1SW7A 3DKLA 4LC8A 3QMSA 5EBUA 3O6YX 2ZQ0A 4NUWA 2PC4A 2Z6JA 3L68A 5CKSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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