2NWS | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Aquifex aeolicus
total genus	92
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2006-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2nwsA00

2C6QA 2VFGA 1KM0A 2AGKA 1DBTA 3W23A 1O5KA 3HGSA 1VYRA 4O14A 2VC6A 4X22A 5TBOA 1IIHA 3GLCA 3M0ZA 4FX6M 3PB2A 1UASA 4JR5A 4O1BA 2OT1A 1K7XA 3K30A 1A53A 1KV8A 3E9AA 2YPIA 3USBA 2WPBA 4IXHA 3BLIA 3MHUA 4O52A 5D2WA 3EEGA 1KFJA 2J88A 2FB2A 2NXGA 4D2JA 3QQ1A 1W3NA 3W88A 3NL6A 1SO6A 3BW3A 5D32A 3W07A 3I7SA 5AYZA 4GBUA 5I3HA 5TQLA 4UTWC 3L9CA 5C54A 4DBDA 1HUVA 8TIMA 4O1AA 2AAMA 2P1FA 2GVLA 1H5YA 1H62A 3HGRA 3BLFA 4NJJA 5HNRA 1L2UA 3CT7A 3JR2A 3VI2A 3LI1A 3HG3A 3KOFA 2CLIA 1SO5A 3HBLA 5ABTA 3EKZA 3LBCA 5HWJA 3SSJA 3M44A 3GKFA 2A6LA 3W1NA 1QPRA 2E68A 4LVBA 4UFMA 1KTBA 2V30A 2F84A 3G8EA 1AK5A 1NAL1 3HG4A 2FB3A 1FWTA 3KRSA 4LU0A 3MP3A 2OCZA 1AW5A 1YLVA 2QUUA 4NU7A 3W1RA 3MW7A 3HOJA 3MHFA 5DELA 4JTHA 1G6CA 2JK2A 3MI2A 2E09A 2O7QA 1PCKA 1WV2A 1OK6A 1KTCA 3EB2A 1ADOA 1ONRA 3Q58A 2WO5A 5F4WA 1TQXA 3LLFA 3L5MA 4A2RA 3BK0A 3KX6A 5LKYA 1JRCA 1W37A 2V2DA 3QQ0A 1VYSX 2G97A 3UPWA 5F4SA 4UMAA 2C13A 1O60A 3F4WA 3BW4A 1FDJA 4Y9AA 3M5ZA 3W72A 1GVQA 3M16A 1LZOA 2NUXA 3H53A 2ZA1A 1OYBA 1GOXA 3WK0A 3QW3A 2NXIA 4WX2A 4O13A 4H3DA 1SW0A 5C5YA 3B03A 4ADSA 1F2JA 1JCLA 3KRZA 4CNOA 1UUOA 1W5NA 4OU1A 3IIVA 3HGJA 2NX1A 3M9YA 3PBVA 1FCVA 3TK7A 3BO9A 3P84A 3O06A 4AEOA 3I6RA 3HJZA 2TMDA 3UPBA 3L5AA 2QDHA 3IEBA 3T55A 4WY0B 5CGQA 3P8JA 1G4TA 4Z1CA 4ADUA 3KAOA 3S6DA 4YLWA 5EMUA 1VS1A 3OEXA 2NX9A 3TUUA 3VFLA 1PVNA 3DKLA 3UZ5A 5CPOA 4NX0A 1G7VA 1C29A 1XBZA 4JTLA 2GQAA 3M1ZA 4RLIA 3W1UA 2B7QA 3QW4B 1FX6A 2NV1A 3IIPA 2QCDA 2CLFA 3IRDA 1SQ7A 2E5DA 1RQEA 4GRSA 4PTNA 3B05A 3FS2A 2XN1A 5F1VA 1IXPA 4LRSA 5K7JA 1LBLA 1KFKA 2Y85A 2ZZ7A 1DJNA 4KFPA 3GNDA 3PR2A 4WJEA 3MWAA 2V82A 4J9JA 5HUOA 3WJWA 3W2MA 1V5XA 3EXTA 3OG3A 1R30A 5EYWA 4HSNA 2B7OA 3HG2A 3NPUA 2LLEA 5LSMA 3M7WA 2E6FA 2FTPA 3V75A 3PULA 4AHPA 2QCMA 1QPNA 3L0GA 1WBHA 4UFIA 4RKAA 2A1YA 1X1OA 1YXCA 3HPZA 1SSDA 3A21A 2NZLA 4MFDA 4BR1A 3EWUA 3RK8A 3M47A 1W3IA 4CLMA 5MHBA 3DFOA 3MI6A 2ZZ5A 3LDVA 4IPIA 3TNOA 1QOQA 2ZA3A 2EAWA 3PBYA 4RZ6A 4JXCA 4LVAA 1CW2A 1DQXA 3WJYA 2ZRXA 1P0KA 4OBTA 2QJIA 4ZMGA 1TV8A 4IJBA 3LTPA 1TPWA 2JGQA 3IVSA 5K4XA 4BK9A 1H1ZA 3GDTA 3QEZA 5BMWA 1TMHA 4WZHA 1H7WA 1TJRA 5AHMA 4QM1A 5K2ZA 1I2OA 1LBFA 5DY2A 3N2MA 1K8YA 5AFDA 1SO4A 4DPPA 3LV5A 1SFJA 2WNNA 3W2JA 1DOSA 3T78A 2DZSA 3HPSA 4LS2A 2DZVA 4N6FA 4RX0A 3NPVA 1OFDA 4IMFA 5C2XA 3W7IA 3TAOA 1DL3A 3TW7A 1B9BA 1W56A 1ZAIA 3QMSA 3LXCA 2W79A 5FF2A 3AJXA 2H3DA 4AWUA 4O1DA 2QUTA 3UYCA 1FY6A 4AF0B 1H61A 4K37A 1OG0A 4JX4A 5F2MA 2JGYA 3NQCA 5CPNA 4ZQRA 1QAPA 3QRHA 4NXKA 3TMLA 2ZBTA 4FNSA 4RZ5A 1MEHA 4K6AA 3G1VA 4OGZA 4WXZA 2V2HA 1EWEA 7TIMA 4ADTA 1F05A 4GFSA 2ALDA 1L6SA 4UFLA 3IIXA 3IGXA 4Y90A 2B4GA 2VFIA 3O05A 4BWLC 3D0CA 1ICQA 1WOAA 2BSLA 2CLOA 5C55A 1TPEA 5DXYA 5FEWA 1R47A 1RV8A 5F4XA 3STGA 2OMAA 5LGXA 2WKJA 2YYUA 5D09A 4X3ZA 2A7RA 3PG8A 5BNKA 2V9DA 3RNDA 3CWNA 4MY1A 4RJEA 1ZNNA 4UXDA 5F2IA 1PS9A 2I9EA 2BWGA 5AYYA 5I3JA 1TTQA 1YTDA 3EXSA 2A85A 3G22A 3EWBX 2Q8LA 1P5BA 4LUIA 4S2CA 1PHQA 5U4NA 3LBMA 1XL9A 2GUUA 4UC5A 2DZUA 3MBDA 1VCVA 3DFPA 2EHHA 3GZ3A 3NGJA 1BKSA 2YSWA 3LI0A 3HB9A 4H4IA 4IQLA 3GK0A 1SFLA 1UCWA 3NQVA 1KLZA 3NZRA 3BV4A 3GR7A 1OYAA 3NM3A 3NPWA 4KWVA 2YYTA 2WSQA 1OX4B 3PS7A 2GJLA 3LXAA 1RZMA 3PSWA 2ISSA 1K8XA 2E1DA 4MOZA 4AWTA 2E6DA 1GVSA 1BWLA 4FIQA 4A3UA 2EF9A 3KVLA 2C0AA 1H7XA 3SR7A 1B3OA 3N9RA 2DU2A 1GTEA 3A23A 3HG5A 3LTSA 2G96A 3W9ZA 4RCXA 4K8HA 3HQ1A 3UXAA 3W1TA 4O15A 3GKAA 2ATSA 3I7QA 4Y96A 4M6QA 2ABBA 3PC0A 1GVRA 3HF3A 3UWUA 3CHVA 4MUZA 4EWND 3A5VA 1TRDA 4PFMA 3W86A 2ZRWA 1AW2A 2Y7EA 2R14A 4XWUA 5D03A 2WOQA 2A21A 3EWXA 5FEPA 5I3IA 3NL5A 3TJXA 4FNUA 5G2HA 5CPLA 3NEVA 3LCIA 3G1FA 1Z42A 2J9ZA 4A29A 2QCNA 2YW3A 2ZFAA 3RLUA 3E49A 4CCCA 3CWOX 5CSSA 4JS3A 3P74A 3TFXA 2FPYA 3KXQA 3L5LA 3DFNA 2W0UA 3CTLA 2J24A 2YXGA 3O16A 3NZ1A 3R2GA 1HG3A 3W74A 3ATZA 1Q6RA 3NR0A 1TYGA 3DXIA 3QMTA 2BZNA 1OFAA 1LTDA 1Q6OA 1XDMA 4JYEA 3EX2A 2YX0A 3C3NA 1OFPA 1LLZA 4JEQA 4FX8A 5AC6A 3FJ6A 1SR9A 4UTHA 1TJPA 5L9FA 4I7VA 4XKYA 4CCDA 3TXVA 3P80A 1WBJA 1N7KA 3LOTA 1GQNA 1V7YA 3C61A 3W7DA 3G18A 1I8JA 3OVRA 1GZGA 4AVFA 1JCJA 2E6AA 2WQPA 1XBYA 5FF0A 4TO8A 3TCEA 1B4EA 1ME9A 1RPXA 3WJSA 1C8VA 3NA8A 2XN2A 3M5YA 1KA9F 3UD6A 4O28A 3DI1A 2WNQA 3IVUA 3LCGA 5I3KA 2PURA 3S8HA 2ZRUA 4ORIA 5G4EA 1VGAA 5SWUA 1NFBA 3T7VA 5F1UA 3P67A 3NQ8A 4UUIA 2RDWA 3STEA 2E5BA 4X2RA 4H6KA 2YDAA 5EKYA 4JIQA 4DBEA 1J2WA 4MZYA 3QPZA 2EPHA 1YDOA 4JTEA 3PBUA 1KFEA 4Z1BA 4QSHA 3IIZA 2ATMA 3LCLA 5HMSA 3FYPA 3PUDA 1EP3A 4N4PA 3SGUA 5D02A 1O5XA 4CQAA 3NL2A 3SIZA 3BVJA 3R89A 2CLKA 4KWWA 4TX9A 3UY7A 1I2QA 1DJQA 1FWRA 3WJXA 3OA3A 4WY0A 1K7FA 3S0CA 2NXHA 5DN1A 3MMTA 4MJZA 3FEMA 1G67A 3KVKA 3NQEA 4N9BA 3TE9A 4DELA 3C0JA 4XBSA 5CZ0A 1M7OA 5D04C 3SI9A 2A0NA 1TSIA 3HMJG 2BTMA 2H8XA 3NM1A 3LRMA 4NXSA 4N9CA 1XI3A 3B0VC 3CLMA 3NL3A 2GVGA 1VCGA 4MYXA 1IXOA 1HTIA 2Y70A 1U5JA 3GDKA 4UTIA 5EBUA 1OFBA 2IQTA 1QR7A 1JCYA 3CQ0A 1OYCA 3DHDA 3T4CA 1XXXA 5K4ZA 4WY0F 4QNEA 1VRDA 1I2RA 2A6NA 3R13A 1EIXA 4FIRA 1RD5A 4E2BA 4JDBA 1W5PA 1LRQA 3KFTA 2RHGA 1KV5A 1AW1A 1NVMA 1QWGA 3WK3A 3W7JA 1NSJA 1GTHA 1J5TA 1GEQA 1JCNA 1DQWA 1ZAJA 2ZYFA 2CLEA 3QSRA 4QIUA 1H7RA 4DF1A 2J6XA 3ABOA 1OABA 2DZPA 5DCBA 2QR6A 3MI3A 3TSBA 1OFRA 2J9YA 2FJKA 3QYQA 3E96A 2OJPA 1VZWA 5AC7A 4IOTA 3FOKA 3R12A 3G3DA 3GYEA 3CIXA 1XFBA 3M43A 3UWWA 1ML1A 2ZZ4A 4IMDA 1FWWA 1KFBA 4UTLA 5LZLA 1L6WA 3LGEA 1RR2A 2Q3RA 3MP5A 3W2NA 3VCRA 2NWRA 4M6VA 4JDYA 4EVZA 2C1HA 4GNJA 5AB3A 3MUXA 1T99A 3SW6A 2R8WA 4HNVA 2A2IA 2X2GA 2VEMA 2RH9A 2FLIA 4NVTA 3NQDA 3GAKA 1TPVA 3C4UA 3ELFA 3FYOA 4XQ6A 1FWSA 3UWYA 1DVJA 3QH2A 2H8ZA 4NNCA 4HPXA 3BPWA 3S5YA 3TU9A 4BI7A 1KLYA 3TQVA 2Y88A 4I9AA 3H55A 2NX3A 2J27A 1LRNA 1H63A 5J5RA 3JS3A 1JCMP 2YGYA 3F1QA 3MJYA 4N2YA 4MY9A 2QCFA 4OHQA 2PCQA 3B8DA 3VE7A 2ZZ6A 4OE7A 5HR7A 2X1RA 1W5OA 1WQ5A 2QJHA 4LV4A 4P61A 1JR1A 2GQ8A 5A5WA 1A5SA 3P7YA 4E2DA 1XUZA 4UFJA 4JTSA 4AHQA 2BLEA 4Z08A 3W2UA 3TSDA 1K3UA 1TPB1 5L6UA 5FI8A 5CPMA 3W7OA 4XZ9A 2TYSA 5D2YA 4ZQNA 1XCFA 1RQHA 3WK2A 3LHYA 2CW6A 2X30A 3TX9A 4U4MA 3NQFA 1VHNA 4FNRA 5D30A 2C14A 5D05A 1BEUA 5KZDA 5T26A 3R5EA 1H1YA 1SZGA 4UTKA 1KM6A 3NPXA 4JTIA 2CWNA 3C2RA 4MY8A 1OK4A 2YFOA 3C2EA 2C15A 4O57A 2OT0A 3AO0A 2VEKA 3ANYA 4MIMA 3UQNA 3MHGA 1TPC1 1XBXA 2VXNA 3EX6A 1CI1A 2GQ9A 3LCWA 4AWSA 1RQBA 4IUOA 1H7OA 2FIQA 3RU6A 1OX4A 1KM3A 4PEKA 1H7NA 3IIOA 3V1PA 1YPFA 1WXJA 2EKCA 3Q37A 4UR8A 5C6MA 4LT9A 5G2IA 1MZHA 4WUIA 2J9XA 4UNLA 2C19A 4RV8A 3GDRA 1DORA 2V5BA 3BGGA 5AYXA 1QDSA 1R46A 4GXMA 4QQ3A 3S1XA 2RKXA 4BFAA 3W7EA 1OX5A 2QEZA 4IX0A 1JCXA 2I1OA 4XBKA 2QAFA 5G1TA 3W1XA 3W7PA 3ZR4A 5CZJA 4HNTA 2Z1BA 3GAYA 4FXRA 3G0UA 4A2SA 4LVFA 4O8RA 1YTEA 1P1XA 3QM3A 5GVJA 2DJLA 3G1HA 3ZS4A 1VJIA 3TV8A 4UR7A 3TKFA 4GUFA 1TV7A 2P0OA 1M6JA 2G5WA 3W76A 4PODA 3B04A 5DY3A 1ZCOA 1JULA 3W7HA 1LRTA 2QCDB 2NV2A 3ABRA 1W8SA 3QF0A 2YR1A 4XTIA 1XBVA 2Y7GA 5AN7A 4HNNA 2ZDRA 2H90A 3BG3A 4K39A 4P2VA 3DU0A 2WNZA 3SGZA 1OVDA 3YPIA 1IGSA 5AHNA 1PIIA 5AHLA 4MZ1A 4N9EA 1QOPA 1BWKA 3HO8A 1B4KA 3A9IA 1LYXA 2CFFA 5CSRA 4GUJA 1P4CA 3W1QA 3FJLA 4YWIA 3PVFA 5H91A 4A21A 5DXXA 3SECA 3G8RA 4RK8A 3W1MA 4GUIA 5CKSA 2E5CA 1YPIA 4O0KA 3W85A 5J5DA 3NQAA 5DBUA 1N55A 3HPXA 4O12A 3IGSA 3W1AA 4M7TA 1W31A 5AHIA 4KFNA 2CU0A 3INPA 1W5MA 5HJLA 5D38A 3P60A 2GOUA 3W22A 3TR2A 5FEXA 1EPXA 3LB0A 2YW4A 1AMKA 3LCHA 4NNAA 4DQWA 4Z0SA 1J4EA 2Y6ZA 3E02A 1MEIA 1IF2A 2V5LA 3BLEA 2GPTA 3NQGA 4NX5A 4C1KA 1DHPA 3NQ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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