2NX1 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Aquifex aeolicus
total genus	90
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2006-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2nx1A00

3B0PA 3WK0A 2NX3A 3NL6A 3PULA 3IGSA 4RCXA 5F2LA 3TROA 1PVNA 3O15A 3IIOA 3HBLA 1J2WA 2H3DA 3P61A 3MI3A 3HF3A 4OHQA 2QCLA 1SZFA 1X1OA 3W1RA 2E5DA 4FEZA 3GYEA 3F03K 2ZBTA 2WSRA 4K36A 4EIVA 5MHBA 2X1UA 3CEPA 2QF7A 4QIUA 1I2PA 1YTKA 1Z42A 3MI2A 2EAWA 2QCNA 4S1FA 5HUPA 4FNPA 1SPQA 3FIGA 4O11A 3M1ZA 5K9DA 3W7OA 5F4SA 1G7VA 3GDRA 5K4ZA 2EHHA 2E5CA 4CNPA 3W7JA 1FCBA 1ME9A 3NQCA 4MJMA 1VZWA 1X6UA 1TTIA 2NXGA 4FNTA 2H90A 4LS1A 5LSMA 2DJLA 3H54A 1W56A 3O16A 2ATMA 1GVOA 3R12A 3W2NA 3CWOX 1OFPA 3LRLA 3I7RA 3BARA 1SZGA 4HIBA 2YPIA 2QDGA 3W73A 3MMTA 3O1NA 1X8FA 1XBVA 1R30A 3TIMA 3SZ8A 1FWWA 3O6CA 4BI7A 1XBZA 1TTQA 4E0CA 3KRSA 2Y70A 3KRZA 3WK2A 5D38A 3NQMA 3S9YA 3ATZA 4LTSA 1TPEA 3RF9A 1G7UA 4I7VA 3DZ1A 3P5YA 3CTLA 3ABRA 3G3MA 4JR5A 4E38A 5G1YA 4GUJA 2B0MA 1A5SA 3GDKA 3NYZA 4GC4A 4IQLA 3PG9A 3HQ1A 4UTWA 4AWUA 3BG5A 4HNVA 4UFKA 5CPOA 3TW7A 4XKYB 5BRBA 5DY2A 3TSMA 2TYSA 3BO9A 3IGXA 1B4EA 3L66A 3NEVA 5D2TA 3GNDA 3CQ0A 4ZMGA 4OBTA 3QEZA 3SFKA 1Q6LA 4MZYA 3FKKA 4Y6GA 1TRIA 3G24A 3GAKA 2F7FA 3BGJA 1K8XA 1X1ZA 1YXYA 4JTIA 4XBKA 4GE8A 5FESA 2P0OA 5CSSA 5KINA 5D02A 4NXKA 4ZQPA 2J9YA 4FB7A 1GZGA 4GUIA 2JK2A 5G5IA 1LLZA 3W84A 1SO5A 1QDSA 4O4VA 5LNRA 3M0ZA 1UB3A 2DZSA 1WX0A 4LV4A 4UC5A 4JYDA 3TC7A 1PCWA 1JCJA 3L21A 3VE7A 3C4UA 4O10A 2VFDA 2CW6A 4GNJA 2CLEA 4ORIA 4WD0A 3G1AA 1ZJIA 4WUIA 4DO5A 1D3GA 2B7PA 5AC6A 4O8RA 3HG3A 2NX9A 4U28A 3EXRA 2KZHA 4AVFA 1DHPA 2H8XA 2Y7DA 4O15A 1U83A 1EP3A 4YMZA 2PCQA 4M5PA 2C0AA 2ZZ2A 1KBJA 4UCGA 1QO2A 3HG4A 4R34A 1SR9A 3EEGA 1FWNA 1UUMA 2CZEA 1MZHA 2FIQA 1FWTA 2CLOA 3FJ6A 3W87A 1NVMA 3S1WA 5F2GA 5FEXA 4N6FA 3A21A 1N7KA 2NX1A 5F1VA 1XDLA 3R5EA 3NL2A 1SO3A 1Z48A 1NFBA 4N9DA 5D2YA 2YFNA 2TRSA 3GLCA 4UNLA 3NZRA 3QPZA 3M5VA 2GVGA 1AG1O 3LCLA 3T78A 4CNNA 1RD5A 1DQXA 1FQ0A 4R33A 3WK3A 4PTNA 3N19B 4AHOA 4XKYA 1RPXA 3O07A 3QRHA 1ZAHA 3W2UA 4IPJA 3SECA 3TQ0A 3UQNA 3MJYA 4MLJA 3IV3A 2J9XA 4G1KA 3UYCA 4DEFA 1LP6A 4FO4A 4JX6A 4LOCA 1GYNA 2BX7A 1KA9F 2VEKA 5DN1A 2PRMA 4KFPA 1JRCA 4ZZ9A 1SW7A 3B4UA 4TX9A 2JKPA 3W7EA 4HPXA 2DZUA 4JTEA 3QMRA 2ZRYA 1KFBA 4CCEA 3CPRA 3W7RA 3NPXA 3ZR4A 4EF9A 4AF0B 3C3NA 1GTEA 1ZENA 2CWNA 2QUUA 3F1QA 4CQAA 1I8JA 3WJSA 1KV8A 3STGA 4BWLC 2YXGA 5D2WA 1QPRA 3QH2A 4FHAA 4IUOA 1YTEA 1VQTA 1NSJA 1QOQA 4TMCA 1KFLA 4JY8A 1VPXA 1KM6A 1VS1A 3UPWA 3KX6A 3NAVA 3W1AA 1JCNA 4TMBA 3S1VA 3IIXA 4Q4KA 4AHQA 4POCA 3WJZA 4WY0A 2E6AA 4OE7A 1LBLA 2AAMA 4O1DA 4S2BA 1AW5A 3C8FA 4CLMA 3IVSA 2WO5A 3P81A 1I4NA 3VNDA 2I9EA 1TPDA 2CLFA 2NLIA 5D30A 5AC7A 4JIPA 2NUYA 4WX2A 1OVDA 3DFNA 4N02A 3VE9A 3UWQA 1Q6RA 5HUOA 2LLEA 5FEPA 1W3IA 3W2MA 4FXRA 2E77A 3UWUA 5FF3A 1L2UA 2X1TA 2A7NA 3QQ0A 4X9SA 1Q45A 3DGRA 3HJZA 3L68A 4NUWA 3W2JA 1VCGA 1F6KA 6TIMA 4BI6A 1H60A 1VCFA 3JS3A 4GUHA 1LBMA 1EWEA 4HSNA 4TU1A 3TJLA 3LLDA 3O06A 2WSQA 2CZDA 3NQ6A 3W70A 3TXVA 3UWYA 1GOXA 4BF9A 3WJXA 1NAL1 2FPVA 3INPA 2NUWA 3UZ5A 5KITA 2BWGA 3M9YA 1M5WA 3G22A 4NQ1A 3DFPA 3W7QA 4K7VA 1W5NA 2WPBA 1JCLA 1A50A 2ZYFA 2ZZ7A 4O0KA 3AO0A 3TMLA 1JUBA 5C2XA 2VC6A 4A22A 3USBA 1WA3A 2DZTA 4PEKA 1SZNA 1W1ZA 4O54A 1TO3A 1I2OA 2G95A 1N8FA 1EWDA 1PCKA 1G6CA 4N9BA 4A29A 4LT9A 3U8GA 5EA9A 5HULA 5I3JA 4AF0A 3KVMA 3H55A 3B03A 5D05A 4K7YA 3JR2A 1LLWA 3UXAA 2HS6A 3GR8A 4UFIA 2ZRZA 1TREA 1F73A 1P0NA 5K4XA 5AYYA 1VGAA 2CLKA 3I68A 3NNTA 4CQ8A 3Q58A 4LS2A 1PHWA 2Z6IA 5G4EA 2QJGA 2VKZG 3MP3A 1PV8A 3GIYA 3CU2A 4ML9A 1KV5A 3LTSA 2BZNA 1TIMA 4DQWA 4I7WA 1OYCA 2JGQA 4WXZA 4WQ6A 3L5MA 2QAFA 1LOLA 5HR7A 4Y96A 4O14A 1QWGA 1VYSX 3W1NA 3MHGA 3GXTA 2C6QA 4PC8A 2X16A 4K38A 3BW3A 4IXHA 5HWMA 4YCPA 3EX3A 4PODA 5G2WA 4I7UA 1XUZA 2WSYA 4A21A 4X2RA 2A0NA 2R8WA 3YPIA 4JTSA 5C55A 1FY6A 3F4WA 1Z41A 1W3NA 4HHPA 2QDHA 4IX0A 4Z1BA 1XBYA 1SW0A 1HL2A 2B7QA 1KTCA 5F4XA 4DBEA 2FJKA 1GT8A 3KFTA 3W1XA 2ZA1A 4GBUA 3GB6A 5CPNA 3PUOA 1L6SA 3W7KA 3S42A 3A5FA 3OA3A 3O8AA 3T7VA 2GOUA 2ZA3A 3QYQA 4PL2A 1OFBA 1I45A 1TV8A 3NQAA 2Y89A 3W86A 4ZQMA 1R2SA 1L9WA 3PVFA 4PCFA 5L6UA 4GWEA 1KLZA 4MY9A 1MXSA 1W8SA 4LWWA 3G1HA 5DCEA 1GJPA 1K7EA 4IMGA 4JXCA 3STFA 3TFCA 8TIMA 4XTIA 3GR7A 4FX6M 4OU1A 5U4NA 1K7FA 3DI0A 3B04A 5D32A 4JTUA 5C54A 3M7WA 3I7SA 4LUIA 4LVBA 4NNBA 4XWUA 5LZLA 4QISA 2YFOA 1MEWA 4ADSA 1FCVA 3W6YA 1VLWA 1H7WA 2G96A 1W31A 3NQFA 5H2ZA 2EKCA 1TJRA 3EB2A 1W5OA 1VYRA 5EL1A 2QUTA 3TR2A 1HUVA 1AW2A 4AAJA 1EB3A 1W5PA 2W6RA 3NQ7A 3PG8A 1HFBA 4RV8A 3W7LA 4DBDA 3UPBA 1DQWA 5A5WA 4R53A 1H61A 1R2RA 3W85A 5HNRA 3CHVA 4LRTA 3SIZA 2GVLA 4LVFA 5HJLA 1YXDA 1I2RA 5CZTA 1O5XA 1FDJA 1ZY9A 2Y7GA 5K9XA 4HNUA 3IEBA 3NGJA 1R2TA 4A3UA 2OX1A 3RLVA 2VEPA 3NR0A 1R46A 1SQ7A 2X2GA 4I9AA 3LCXA 3UWVA 4MIMA 4MYXA 3G0SA 1PS9A 4X22A 4AHPA 3NM1A 4ZL1A 2NUXA 5LGZA 2HTMA 3W7HA 3P80A 2CLLA 3OBKA 4LVAA 1P1XA 3HG5A 4UMCA 3SW6A 3N2MA 3TDFA 2VENA 1KW1A 2Z6JA 1LM1A 3QW4B 4LS0A 3W7DA 3QQ1A 1TQXA 3L0NA 1GTHA 1VHNA 5E1QA 2OJPA 2J9ZA 3PY2A 2VFGA 4M7SA 4UTTC 5LNUA 1QO5A 2GVJA 1ICPA 3PBVA 3WK1A 4C1LA 3HG2A 3GXNA 3W74A 1WBJA 3S6DA 1ICQA 1LORA 3HGSA 1H62A 1TTJA 1IXOA 2V2CA 3LRKA 3L9CA 3HOJA 3LDVA 1FDYA 5AHFA 1MSSA 3TFXA 3NQEA 1RR2A 4RXFA 1HO1A 3RLUA 4RR4A 3G0XA 3EX6A 3O63A 3CWNA 1K8YA 4WY0F 2QAPA 1H63A 1O95A 4P2VA 3LHUA 2C19A 4NZJA 3SY5A 5IBXC 1KFJA 2Q8LA 1F7BA 5FEZA 2PC4A 3MYOA 4JTTA 4QM1A 3W71A 3KVLA 4Z1AA 3FA5A 4MLRA 3PS7A 2PE4A 1JVNA 1AL7A 1TQJA 2ZCGA 4BI5A 3FKRA 5AFDA 4JYEA 5AN7A 2ZZ4A 4HT3A 3LXAA 3G3DA 5BW6A 4LVGA 1LROA 5E93A 1JUEA 3CB8A 3HIJA 3N14A 4K8HA 4A2SA 1OX4B 3G18A 1XFBA 5DXXA 4RJEA 5DLCA 5G4WA 2B4GA 3NL3A 1OFAA 4K8EA 1NEYA 2GPTA 4TIMA 5KSWA 3NQ2A 4JTGA 3TW6A 3A23A 5D03A 5HWJA 3EX4A 3QW3A 2AGKA 1T8XA 3TV8A 3S5OA 4UFLA 3W1TA 3C61A 1UCWA 4N9EA 4ALDA 3GXPA 2Y85A 1KBIA 5T26A 3T4CA 3UY8A 3C2VA 3ABSA 3N73A 5D2XA 3G1DA 4WZHA 1H7XA 1DVJA 5I3KA 4QAIA 1UUOA 4M19A 3T40A 3DFOA 4JY9A 5AHEA 2DZVA 1CI1A 3W7GA 2AQWA 4RX0A 2NV2A 3LCHA 2YYTA 1H7PA 1VYPX 2BSLA 2RFGA 3C0JA 1W37A 3S8HA 3PF3A 5H91A 1OF8A 2Z1BA 4RZ4A 4AEOA 4MVAA 3P84A 4MY1A 3PM6A 2V2HA 1GEQA 3M47A 2CLMA 5DY3A 5G1TA 3MI6A 1K8ZA 1KM1A 4WY0B 1IXNA 2VFEA 4N4PA 2ZDRA 3TH6A 1OX5A 3P74A 3AJXA 1G4EA 1TPH1 5AC8A 1WQ5A 3TSDA 4NXSA 3MHFA 4ADUA 3BLFA 4S2CA 5AHMA 2CFFA 2ALDA 4NNCA 5EMUA 3L5LA 4NT0A 2B7OA 4Z0JA 2RHGA 1ONRA 3BG3A 2WKJA 3HPXA 3O05A 3B8DA 2VFIA 4IMDA 3TQKA 3TQVA 3LTPA 7TIMA 3D0CA 2BXVA 1W3TA 1O4UA 2NV1A 1QR7A 1T96A 4FNSA 1ZHAA 5A8GA 2ZRUA 5CSRA 3LHTA 1IF2A 3OG3A 3IVUA 3VFLA 2J27A 1YXCA 3VI2A 3M43A 4BK9A 5J5DA 4H6KA 2FB2A 3LHWA 2DZPA 3S5NA 2I14A 3N9RA 3RFAA 1UASA 1OX4A 3W7NA 1LTDA 3A24A 1DV7A 1F76A 1S5VA 3W1MA 1YADA 3E96A 2E6YA 4FX8A 2PRHA 4LY8A 2Y63A 5KZMA 1YDVA 4DELA 1KFCA 4CQ9A 2RDWA 2ZTJA 5DELA 3FYOA 1YLVA 3UWWA 1B4KA 4JYFA 3DI1A 1EP1A 1H5YA 1GPWA 4QITA 1JULA 1LYXA 5GVJA 3WFAA 5DCBA 3TA6A 3QC3A 4KFOA 3S1UA 1XC4A 1W0MA 4O12A 2A6LA 3TK7A 1SO4A 4UMAA 3M41A 5EBUA 1ZNNA 2VFFA 3R2GA 3QSRA 2A7RA 3A22A 2V5LA 1UBSA 4HN4A 2YW4A 3P5ZA 3N34A 4O18A 4ORMA 5BOOA 1FCUA 3H53A 1DKWA 3Q37A 2A5HA 5EPDA 3NZ1A 2QCGA 1SW3A 2DZXA 3SI9A 1HG3A 2V82A 3BLIA 3S1XA 3T44A 1VLIA 3DFTA 3RU6A 1GWJA 2QUVA 1S3HA 4RZ6A 1KFKA 3IIPA 2ISVA 2YGYA 5C5YA 5EY5A 4HNNA 4EVZA 1TPC1 3HMJG 1EUNA 1HO4A 3LCFA 1MEHA 2O7SA 3CIXA 5F1UA 4AWTA 4BWLA 4MOZA 1XI3A 1OK6A 1AL8A 3ELFA 5AHNA 4BFAA 3THAA 4H4IA 4CNOA 3CLMA 4ZQNA 3STEA 3MW7A 4M6VA 4O1CA 4EF8A 1OFDA 1TPWA 1ZALA 2DP3A 1EA0A 1TTPA 1A5CA 1WV2A 3W2LA 3R89A 4O50A 3M16A 3QPYA 2A85A 1C29A 2ATSA 3TXZA 1PIIA 2VEMA 3MWAA 1C8VA 2HMCA 4IJBA 3FJLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2NX1A

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