2NX9A

Crystal structure of the carboxyltransferase domain of the oxaloacetate decarboxylase na+ pump from vibrio cholerae
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
AIKRVGVTDVVLRDAHQSLFATRLRIDDMLPIAQQLDQIGYWSLECWGGATFDSCIRFLGEDPWQRLRLLKQAMPNTPLQMLLRGQNLLGYRHYADDVVDTFVERAVKNGMDVFRVFDAMNDVRNMQQALQAVKKMGAHAQGTLCYTTSPVHNLQTWVDVAQQLAELGVDSIALKDMAGILTPYAAEELVSTLKKQVDVELHLHCHSTAGLADMTLLKAIEAGVDRVDTAISSMSGTYGHPATESLVATLQGTGYDTGLDIAKLEQIAAYFRDVRKKYHAFEGMMKGSDARILVAQVPGGMLTNMESQLKQQNALDKLDLVLEEIPRVREELGFLPLVTPTSQIVGTQAVINVVLGERYKTITKETSGVLKGEYGKTPAPVNTELQARVLAGAEAITCRPADLIAAEMPTLQDRVLQQAKEQHITLAENAIDDVLTIALFDQVGWKFLANR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Carboxyltransferase Domain of the Oxaloacetate Decarboxylase Na(+) Pump from Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oxaloacetate decarboxylase 2, subunit alpha
molecule tags Lyase
source organism Vibrio cholerae
total genus 169
structure length 451
sequence length 451
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.3: Transferred entry: 4.1.1.112.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nx9A01
2EGZA 1W31A 1TYGA 5AN7A 4GE8A 3TR2A 1PL9A 3W7RA 3UWQA 1KM6A 2OT1A 3CIXA 4Z1AA 1RPXA 1QO2A 3R13A 3LBMA 5CPNA 3EEGA 1LOLA 1OFOA 4JGDA 3MJYA 3V1PA 3O06A 1ZJIA 3LTPA 4H3DA 4O11A 3TAOA 4N9BA 3G0XA 1JUEA 1MEWA 2YW3A 2PRLA 1DJQA 2CLEA 4ZL1A 4JEQA 5F2LA 3DBPA 2VEIA 1HTIA 3GR7A 3QEZA 1EEPA 2ZBTA 4MZ1A 3OG3A 5BMWA 3BG9A 3UXAA 2ZA3A 3FA5A 4Y6GA 1DOSA 3NQFA 4N9CA 2Y88A 3PG9A 2ZZ7A 1OYAA 3W1TA 1DKWA 3DGRA 4E0CA 5K9CA 3QQ0A 3SECA 5AC8A 3CQ0A 2FDSA 2VEMA 2NWSA 2NX3A 2YR1A 4ONVA 4O4VA 3M43A 4RXFA 3TJLA 1Q45A 3S1VA 3UNDA 4XBSA 3GNDA 2QCMA 4ADUA 4B5NA 4MUZA 1P1XA 1S5WA 4O54A 3W2MA 2J88A 3LHTA 1GVOA 4AF0B 3ATZA 4IGHA 4IX0A 4MFEA 3GNNA 3ZS4A 2A85A 4LOCA 3DZ1A 4OV9A 4NJKA 2OMAA 4JIQA 3KVLA 3W7KA 3TMQA 4UTUA 5HMSA 4IMDA 3STEA 4W9TA 3M5VA 3MMTA 3MYPA 1TQJA 4JYFA 3SGUA 5AB3A 2QJHA 1VC4A 3LERA 3PBVA 1VQTA 3KRZA 3W3OA 2GUUA 1LTDA 3QFEA 1T0OA 2J9ZA 5D2WA 4M7TA 1VCGA 1K7EA 2I1OA 5AC6A 4MY1A 3NPXA 1IXPA 4A22A 2G95A 5SWUA 3RU6A 3C2RA 1CX9A 2JBMA 3E0IA 3P67A 4O1AA 1FXPA 4IQLA 4IUOA 3MI2A 4O0ZA 1FWTA 1JCLA 3TXZA 4LS2A 3M7WA 1J5TA 5IBXC 1VYPX 1L6SA 3C2FA 5I3FA 4Z1DA 3WJZA 1G6CA 3KVMA 4E2BA 5HINA 4OE7A 3E49A 3GDTA 8TIMA 3EWWA 4EF8A 3W1MA 4UFMA 1HFBA 2NX9A 1ALDA 2A1YA 2Y7FA 2X1SA 1Q6QA 2ZZ6A 4UMAA 1QDSA 3B0VC 1NAL1 4ZQNA 1TB3A 3GIYA 1KFCA 5J5DA 3ZR4A 2QCDA 3W84A 1WX0A 4WOZA 5HR7A 3WJWA 4UFLA 2OJPA 1KV8A 4O13A 2QJGA 1YDNA 3LCIA 1M5WA 3S1XA 4DQWA 1SU5A 1SR9A 3TSDA 5E93A 1LCOA 1THFD 1TPC1 1GG1A 4DBEA 3G1YA 2W0UA 1KM2A 3G1XA 1OABA 3UZJA 3W7GA 2V2HA 4CNNA 2KZHA 3EX4A 1D3HA 1YDOA 5DCDA 3W7QA 3B03A 3MW7A 4ADSA 2Y61A 1JUKA 3TXVA 2GVLA 2QUUA 5U4NA 3GR8A 1O94A 1TTJA 2QUTA 2GOUA 3LCXA 1EP2A 6ALDA 4O57A 1PS9A 2TYSA 4FEZA 5D2YA 4M5PA 3R5EA 5EKYA 2WQPA 2NWRA 5C55A 3SFKA 3W07A 1ONRA 2B7QA 1T8XA 1WBJA 3TC7A 3TSMA 3HO8A 1TPEA 5D02A 4JTSA 3QM3A 1LLWA 4MOZA 4BF9A 2D73A 4PTNA 4UUIA 5DBTA 4M19A 1EB3A 1LRNA 1SSGA 3DFSA 1KLYA 4X3ZA 4XWUA 3AJXA 3L0NA 1OK6A 4JX5A 1W1ZA 5I3JA 5DELA 1EWDA 3EKZA 4BI6A 5LHEA 2BX7A 3LOTA 3A22A 4M6QA 3DKJA 4UTTA 3TJXA 4UNKA 2R94A 3M47A 2XN0A 2RH9A 4N9DA 1FCQA 1M7OA 3HIJA 3O07A 5D09A 4EIVA 2DZWA 2V82A 1VH7A 2ZZ1A 4MJMA 4RR4A 1K03A 3BW2A 4TO8A 4LU0A 4AEOA 3NZRA 3KVKA 1TJPA 3T4CA 3NQEA 1TPB1 4IWWA 4NQ1A 1FUYA 2AQWA 1TIMA 2TRSA 1KTBA 4FO4A 4FXSA 3W1LA 3G24A 3TW6A 4LY8A 2E5BA 4GJ1A 5CGQA 1QPNA 3W1XA 2NZLA 2VFDA 1H5YA 2H8XA 4ZMGA 4PEKA 1K8YA 3Q37A 1TPFA 4FHAA 3L9CA 4Q4KA 3KFTA 4LWWA 3ZWTA 2C3ZA 1G67A 3FJLA 4JTLA 3SGZA 1MO0A 4FNRA 3DXIA 3BVJA 3CIWA 3B0UX 1SW7A 1OFPA 1B3OA 1YDVA 4WQ6A 3RF9A 3W7MA 1BEUA 2A5HA 3WK1A 4UTIA 4TIMA 5FEWA 1WAUA 2QCHA 3P61A 3PB0A 3THAA 3G1FA 4HPJA 3OA3A 2Q3RA 3P62A 3NEVA 3LRMA 3IIZA 1KW1A 2PC4A 2YFNA 4O16A 4NXSA 1GOXA 2C1HA 1YPFA 3MO7A 3STCA 3BARA 1JQXA 4KFPA 4LUIA 1F76A 2HS6A 5C6MA 3FOKA 2JKAA 2A6LA 4ZQCA 2GQ8A 4MLRA 2B7PA 2B0MA 1TPVA 2NXHA 3S1WA 1ME9A 3MP3A 5F1VA 3UWWA 4RJEA 3L0GA 3QRHA 2H6RA 4LS1A 2C14A 1W5PA 3DENA 4MY8A 2VFFA 3DI0A 3DFPA 3ATYA 4FIRA 4D2JA 1ZAJA 3DKLA 3LCHA 4Y96A 3ZFHA 4O10A 3EX6A 1L2UA 1MEIA 4HIBA 3HG2A 1W3TA 2CLLA 1F6PA 3W1RA 1KFEA 4CQ9A 4JTGA 4BR1A 3LHVA 1JCMP 4CCEA 3W87A 3WK2A 1JQVA 1YYAA 3LM7A 1XI3A 2QKFA 1G7VA 3PY2A 3W1NA 1OFRA 1KM5A 3PSVA 4JX6A 3NQ8A 5D38A 4NU7A 1QAPA 3I6RA 4UTHA 2WOQA 1FDZA 4XKYB 2NUWA 4AF0A 1A5AA 4UFJA 1DJNA 5IM51 1GVQA 1X7FA 4QQ3A 3VE7A 1SFJA 1L6WA 3ABSA 1GWJA 2WKJA 1JVNA 2CLKA 4UTLA 3NL6A 3KRUA 3R8RA 2DJXA 3TCEA 1QOPA 4NNAA 1OHLA 4IMEA 3IIOA 2EHHA 4LUJA 3GKFA 4LVFA 3FIGA 5HJLA 4AWTA 1N8FA 1TV7A 2QCFA 3H53A 5D2XA 1B57A 4BK9A 1EPXA 2BTMA 3TV8A 4PFMA 4MIMA 3UY7A 4O28A 3MI3A 4CCCA 3GAYA 1IXOA 4UFHA 3LRKA 3L2IA 4JDBA 5LNSA 2O7SA 3HBLA 5CSRA 4P2VA 1TPDA 3FKKA 3PBYA 1OG0A 5DCEA 2WJZA 3NGJA 2I14A 1FDYA 3DH7A 3IVTA 3HMJG 4C1KA 2BZNA 2C0AA 4CCDA 2A6NA 5C54A 4NNCA 1FXQA 4GRSA 2ZZ3A 4FXRA 2J24A 1LBLA 3MHFA 3VCRA 2C15A 4HNUA 2QR6A 4ML9A 5I3GA 1TTQA 2YW4A 3PBUA 2GVJA 2TMDA 2GVGA 3C0JA 3W74A 3LV5A 3RFAA 2EAWA 1O5KA 1JCXA 3NQMA 4HKPA 2V8ZA 4E2DA 4RZ6A 4RCXA 3IGUA 1XUUA 2ABAA 4OHQA 4HSOA 3ABOA 4O1DA 5LKYA 1K02A 3EX2A 2DU2A 5AYZA 1TJRA 4MZ8A 5TBOA 3F03K 3NXFA 1PCWA 3PUEA 2A0NA 4AHPA 4ORMA 3Q58A 3LTSA 3NPWA 3N2XA 2B7NA 3G8RA 5AHEA 1B4EA 1G4EA 1FBAA 4ALDA 5D33A 4DPPA 3EKLA 1SFLA 3WJSA 4K7YA 1XBZA 4X22A 1GYNA 1WOAA 3LI0A 4O1BA 1KFKA 3NNTA 2A21A 4Y9AA 4UCGA 3WK0A 2C18A 2Y7GA 4HPXA 1VRDA 4JNMA 3TIMA 2E5DA 4O52A 3N34A 4XUGA 4MYAA 5KMYA 1SW3A 2RDTA 2VFHA 4I9AA 3HGRA 4N4QA 4YWIA 5HUPA 2C16A 2JGYA 3NQ7A 4LS0A 3W75A 1Z42A 5F1UA 3UY8A 1W3IA 1P5BA 4UXDA 5MHBA 1C29A 1UB3A 1G4PA 3CLMA 4TMCA 4YL2A 7TIMA 4MKNA 2CW6A 3OVRA 5EL1A 3UYCA 3RLUA 4FB7A 4FX7A 3CHVA 1QR7A 3ANYA 1I2NA 4HSNA 1OVDA 5F4SA 4DF2A 4HN4A 3AO0A 5AHIA 4UTKA 4JS3A 2DZSA 4M7SA 4JYDA 4EVZA 2F7FA 5L9FA 5BNKA 5K9DA 5D2TA 1K8ZA 4ZQPA 3N14A 3NM1A 5FF0A 1GT8A 1NEYA 5CPMA 1ME7A 2CLMA 2Q8LA 5C2XA 2UV8G 3P81A 4Z1CA 1KBIA 2WNZA 4WY0B 2PRMA 4K7VA 4DEFA 2DZUA 4LVBA 1GVSA 1VLIA 3GVGA 5HULA 4R34A 3TK7A 1YTKA 2FIQA 3GDLA 1O95A 1I2RA 5F2IA 1HUVA 3NG3A 4EWND 5CZ0A 2X1UA 3W7EA 4DF1A 2P10A 4JD4A 4UTMA 3LXCA 1VS1A 3HJZA 4JX4A 4MLJA 1A5CA 1SSDA 3P80A 1UCWA 3DFOA 3MP4A 4ICNA 3N9SA 3RNDA 3UPWA 1QO5A 4GFSA 1A5SA 3OBKA 4N6EA 1W5MA 3W71A 1NF7A 1H7XA 3OEXA 1QWGA 3W86A 2BSLA 2H90A 3STGA 3S5OA 2QCCA 3G1DA 1AG1O 3O6YX 4JXCA 5BW6A 1O4UA 3FLUA 1ZALA 1WBHA 1L9WA 3HG5A 1B4KA 3EWBX 2CLIA 1SO4A 3BGJA 5DY2A 2EPHA 3W23A 1OYCA 1ZFJA 3IGSA 2YDAA 3LHZA 3D0CA 3WK3A 3GXTA 3GKAA 3TMLA 5FF3A 4QAIA 4LC6A 5G2WA 3SY5A 2XN1A 3L5MA 3W72A 1E51A 4H6KA 2YGYA 5LNWA 1KV5A 2OX1A 3NAVA 1O60A 4LVAA 2OZ0A 2ABBA 3PR2A 1H7RA 1TRDA 3NZ1A 3KXQA 3E12A 3C52A 3NM3A 4LRTA 3QSRA 1OX4B 3TNOA 1NSJA 3TE9A 5LSMA 3M5ZA 4XQ6A 4JICA 1QFEA 4JN6A 4JTUA 4O12A 1LORA 5LHFA 3EXTA 4A29A 4JTKA 3QMTA 3DU0A 3PWAA 2VFEA 2YX0A 5LNVA 3CM4A 1IGSA 3LX9A 2FPTA 3LHWA 1SUXA 2GQ9A 3PS7A 2CU0A 2ZQ0A 1L6YA 4BI7A 3QW4B 4BI5A 2R8WA 4NZJA 3QZEA 1F74A 4XBKA 4MJZA 4N6FA 4JY8A 2JKPA 1SZNA 3L0KA 3JS3A 5D05A 3W70A 1OF6A 4NJIA 3HF3A 3L5AA 4JYEA 3L65A 4UTWC 3NO5A 1F73A 4MZYA 1YTEA 3EB2A 1OFQA 3FYOA 1DVJA 5AYYA 2ZDRA 2ZRVA 2GPTA 5AHNA 1X8FA 1YPIA 1YXCA 1GQNA 3TC6A 1PVNA 3PM6A 2E6DA 3PG8A 5H91A 2Y63A 1FWNA 1W54A 4GC4A 1IIHA 3LXAA 3BLEA 1T96A 4RLIA 4IMGA 4GBUA 1I4NA 5D04C 2HMCA 3MYOA 1WQ5A 5HR6A 3VI2A 4O18A 3ABRA 2VKZG 1X1OA 2EKCA 1EUAA 3ZWSA 1W3NA 2RDWA 4ZQOA 2DZVA 1ICPA 3MWAA 3TUUA 1ME8A 1H1ZA 1Z41A 3LHYA 2RFGA 4DPQA 4UTJA 4O17A 1JRCA 2QCNA 3E02A 4RK8A 1ML1A 4NVTA 2WSQA 2E5CA 4JIPA 3CEPA 3LCGA 4R7JA 3O6DA 4MVAA 4A2RA 1D3GA 4GNJA 4DBDA 3B06A 2DP3A 2H8ZA 3Q94A 4TU1A 4O19A 4LRSA 1D9EA 4M6VA 1J2WA 4UMCA 1RZMA 1U83A 2E1DA 2WSRA 5C5YA 3BW3A 2EF9A 4NX5A 3C4UA 4UTTC 2ZRUA 5D32A 4K6AA 3QC3A 4YCOA 1KM3A 4ZZ9A 5E0KA 4YMZA 3EWXA 4N4PA 3PUDA 1FQ0A 3IVSA 2Z1BA 1A50A 3U2OA 3W7LA 3FS2A 4AXKA 4WOQA 2TPSA 4IPJA 2Z0IA 3CWNA 4UFIA 2BXVA 1SO3A 3BGGA 1XDMA 2VEPA 3CU2A 1TMHA 2PRHA 2DZTA 3HG3A 1UBSA 2X2GA 3M9YA 1H7NA 1ICSA 3EWZA 3BV4A 3UXDA 4NXKA 3HG4A 1C8VA 1EUNA 2VENA 4O0KA 1DQXA 4DO6A 4DF0A 4FIQA 1ZAIA 3Q2DA 1J4EA 3A5FA 3VFLA 3BK0A 1G7UA 2V9DA 3NQDA 2R14A 1XC4A 3EX3A 1TREA 1OFDA 4FNSA 3T40A 4LC8A 5KITA 1YLVA 1F6KA 3QH2A 3QF0A 1XKYA 5U7SA 3W7OA 1OYBA 3P5ZA 4DO5A 1HO4A 1OF8A 1LRQA 5E1QA 3SI9A 5K9XA 3W2LA 3NPVA 2ATMA 4ADTA 2WSYA 3PC0A 1EP1A 1KTNA 2GJLA 5CKSA 1Q6RA 1K7FA 3BG3A 5K4XA 1VZWA 3MBFA 2E77A 4FX6M 3NA8A 2QCDB 4LVDA 4OWGA 1G4TA 1SW0A 3NQ6A 5BOOA 3FJ6A 4ZQRA 3G1VA 5ABTA 1W56A 2WNQA 2ZCGA 4HNNA 2Y85A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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