2NXHA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
KFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 88
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxhA00
4R53A 2F7FA 3N3MA 3CQ0A 4K6AA 5DBTA 4YMZA 3W7LA 5H91A 2J6XA 2V8ZA 2HS8A 1PHQA 5F2GA 3W1NA 1LOQA 3KFTA 1LYXA 3S0CA 3O6YX 5LGXA 1A5SA 1FCQA 1ZENA 2PCQA 3Q58A 3G22A 1VPXA 1EP3A 4MKNA 3GK0A 1Z44A 5D04C 1EPXA 3KVMA 3SIZA 1SW3A 3UY8A 1LROA 3PS7A 3UY7A 3G3MA 2FIQA 3B0PA 1LLZA 3JS3A 4LV9A 5CSSA 3HGOA 4XBSA 3I6RA 4UTIA 4XTIA 3NA8A 1SO5A 3MYOA 3R5EA 1EUNA 3MO7A 1KV8A 3WJYA 3WJSA 1ICPA 1ADOA 5D2WA 4JTEA 1EA0A 1AW1A 1GG1A 1KFBA 2G95A 2ZCGA 4QNWA 2QUVA 1FWTA 5FI8A 1DKWA 1S5WA 4OQVA 4TMCA 1YDNA 1J4EA 1RR2A 2CZEA 4TO8A 3P84A 5L9FA 4XKYA 3L5LA 5F1UA 4CCCA 3W7CA 4O10A 3C3NA 5CG7A 3MW7A 3CWNA 1W5NA 1OFQA 3R8RA 4QSHA 5LGZA 1G6CA 5G1YA 2WV8A 3VCRA 3A21A 1KA9F 2CLIA 2X1SA 1J2WA 5AHMA 3GB6A 4O0KA 1ML1A 3T4CA 5HNRA 3PBUA 1JULA 4AF0A 2ZZ4A 2PURA 3LGEA 2W0UA 4PFMA 3GAYA 1GJPA 5LKYA 2CLFA 4Q33A 1NEYA 1PV8A 3GX9A 2A6NA 3UWWA 3PF3A 4FX7A 1ZALA 5CZTA 2JBMA 4UFKA 1IXPA 3E02A 3F4WA 3WJXA 1KTCA 3L66A 3SW6A 1P1XA 1R2TA 2I1OA 5DLCA 3EB2A 2QF7A 2EF9A 1AG1O 3EXSA 1D9EA 1LTDA 3QQ1A 1F6KA 3GXNA 3QFEA 5D38A 1H7PA 5LNSA 2E6YA 2WPBA 4NUWA 1GTEA 4UC5A 5AC6A 1B9BA 4TU1A 2H8ZA 3V75A 5HR6A 1TPC1 3UYCA 1SFLA 2ZRXA 1ZFJA 3FFSA 3IIVA 5F2MA 1ME8A 3W23A 1KM3A 3CEUA 5H2ZA 4BK9A 4AXKA 3LRMA 2R8WA 3HGJA 4LY8A 2EKCA 5FEPA 3UWZA 5HINA 1XC4A 3NM1A 4UR8A 1YXYA 1TO3A 4Y90A 4JN6A 3L65A 2J9ZA 2GOUA 2QAFA 5HUPA 3B0UX 2HTMA 3TU9A 2W6RA 1TRDA 3IVSA 3FOKA 2J88A 3C52A 3CWOX 2EAWA 3MJYA 4DF1A 4ZQRA 4Z1BA 3W1RA 4RXFA 4KFNA 3TC7A 3HF3A 1GYNA 3HOJA 3L67A 5K9XA 1OF6A 3MP5A 1OVDA 3GDTA 4ICNA 3UWQA 2ZQ0A 1DQWA 2WSQA 3LB0A 4EWND 5SWUA 1MEWA 4XTDA 2E09A 2O7SA 5LSMA 1GVFA 1X8FA 3LRKA 1XI3A 3QF0A 2Y7GA 3UXDA 3G24A 4FO4A 1DQXA 4WUIA 3NDOA 2YPIA 5DXYA 3GDLA 1FQ0A 1ALDA 3TMQA 4K39A 3MHFA 1Q45A 3RF9A 4UTUA 3RNDA 4LT9A 3W22A 1W5QA 2HSAA 4A22A 4MYAA 1ZAHA 3HGRA 2C18A 4AEOA 4MZ8A 3W73A 4K8HA 4HSNA 4IQLA 3USBA 2CLOA 4OWGA 3UNDA 1QCWA 3WK3A 4N6FA 3QSRA 1KM2A 3GAKA 3W7RA 3TH6A 1DHPA 1KW1A 2FFCA 1PIIA 1VYPX 4S2CA 1A5BA 3ZR4A 3ABSA 5HQEA 4YCOA 3PAJA 4ADUA 3W7IA 1F76A 1I2NA 2B0MA 4H4IA 1K7XA 5TQLA 1N7KA 5AC8A 3DFTA 4BWLA 3IEBA 3KVLA 4S1FA 1F7BA 1TPB1 4IXXA 5LNRA 5MHBA 3W86A 3I7QA 4O0ZA 1OFPA 3W2KA 2I14A 3QSTA 4O53A 1I2QA 1V5XA 4MFEA 4QITA 3W7DA 1KTBA 4JGDA 3S5OA 3CIWA 4EIVA 3JR2A 1B4KA 1FCUA 4M6VA 1QPRA 3N2MA 4EOUA 1JQXA 2DZXA 3W1MA 4EVZA 1XBVA 2VFEA 3G1SA 1WXJA 3GR8A 2DJXA 2JK2A 4MJMA 4MY9A 2EPHA 4A3UA 4BI5A 3EEGA 3W7NA 4AWUA 4LUIA 1XFBA 1KM0A 3YPIA 3BPWA 3STGA 5F1VA 1A53A 2H3DA 2Q3RA 4E0CA 3BLFA 3HGSA 3M47A 3W84A 2B7PA 3V1PA 3LCHA 4RKAA 3HG4A 3SZ8A 2QCFA 2C6QA 5LNVA 2C1HA 3SGZA 2Z6JA 3E96A 4MZYA 4LVBA 4MVAA 4JY9A 4YL2A 5CZ0A 3L2IA 1HTIA 4NU7A 4H3DA 1DJQA 3LXBA 4L4MA 2WQPA 3D0CA 4CCEA 1S5TA 4HNNA 2Z2UA 1JUKA 3DKJA 1L2UA 5CSRA 1H7RA 3E0IA 3GNNA 4Y96A 5AYXA 1LBMA 3LX9A 4NJHA 3G1VA 4K37A 4TX9A 3M9YA 4XQ6A 1Z41A 1ICQA 1FCVA 1OYCA 5HJLA 4UFMA 3TSDA 3SI9A 4KFOA 5HWNA 4FIRA 1KFKA 1FDJA 2OX1A 5G1TA 4IOTA 3STFA 2E6AA 1Z42A 3TCEA 3TUUA 4JDYA 4O11A 3NPUA 4N9BA 3EX1A 1XM3A 4Z1CA 3B8DA 2C16A 1SUXA 1GEQA 4JDBA 2QUTA 2FB2A 4MY8A 1QWGA 3WJWA 2Y7FA 1QPNA 3S1UA 2ZRZA 1WOAA 1G67A 5LNWA 3OEXA 2Z1BA 2V5BA 3W76A 3E12A 1PE1A 1IF2A 2BSLA 1OJXA 5CZJA 1VC4A 1I2OA 4ML9A 4UFJA 3BW4A 5LZLA 2DORA 3T55A 2Y61A 4M7TA 5HWJA 1ME9A 3EWWA 1GWJA 3C2OA 2EHHA 3NQ7A 2OT1A 4YWIA 5FF3A 4GUIA 3GR7A 3NGJA 4JX6A 3NQEA 3C0JA 3W1TA 1QAPA 1TPH1 1O60A 1EB3A 1O4UA 2CFFA 2G96A 5G2IA 1WAUA 3W88A 2GVLA 3LOTA 5BNKA 2QJGA 4YCPA 1PHWA 5F4XA 5EKYA 1PS9A 4AAJA 4IX0A 3UPBA 4RZ6A 4IPJA 3FEMA 1ME7A 3HBLA 3T78A 2WOQA 3ZFHA 4IJBA 2Y88A 1OFAA 2GPTA 1R2SA 4JTFA 4XBKA 3GKAA 5K4ZA 4JTTA 3TR2A 4HT3A 4TMBA 1I2PA 3U2OA 4AWSA 3KOFA 3OVRA 4MZ1A 5K9DA 3NQMA 3LCWA 3LCLA 2AQWA 5C5YA 1PCKA 4MLRA 1HG3A 4KFPA 2TSYA 3HPXA 3S5ZA 4C1KA 2NUYA 4NNBA 5DCEA 1AW5A 1KLZA 2OMAA 3NYZA 4MOZA 5D2VA 1L6SA 2DP3A 5AHLA 3FJ6A 2A7RA 4UTWA 4JTIA 5LHFA 2A7PA 3QJAA 3HPSA 3PG9A 4BWLC 1WBHA 4U4MA 2ZZ7A 4K7VA 1VS1A 1H7OA 3NQ8A 4Y8FA 3AJXA 2X1TA 1PL9A 2RDTA 3C2FA 5EY5A 3TFXA 4O1CA 1IGSA 2FPVA 3TK7A 1PCWA 5EMUA 3THAA 2GUUA 2Z6IA 2Y89A 3B0VC 2Y63A 3CU2A 3SFKA 1P4CA 3W7KA 1ICSA 3BO9A 3QMTA 4LVAA 4XKYB 3T7VA 3IV3A 2VFDA 3A22A 3VFLA 3P8JA 4K38A 3OIXA 5D32A 3CTLA 4LRTA 5BOOA 4LNYA 2QCMA 3NVTA 4CNNA 3MHGA 2ZA1A 1PVNA 1TTIA 3ZWSA 2ISWA 4NJJA 1B4EA 3N14A 4M7SA 5D03A 1KM1A 3R13A 1JCXA 1H51A 1TPFA 1IIGA 2QCGA 3S8HA 1C8VA 1ZAJA 4A2SA 3DAQA 4AF0B 1NFBA 4HIBA 4UNLA 2QCCA 1XBXA 3IGUA 1QPOA 5HWMA 2VENA 3DH7A 3EWZA 1YADA 4WOQA 3TMLA 2NXGA 4DEFA 2X16A 4OU1A 4O1AA 3EXRA 1TB3A 4QISA 1G7UA 4POCA 3MWAA 4UFLA 1F05A 5GVJA 4HNTA 3P5YA 3M6YA 5G4EA 1VYSX 2Q8LA 2X30A 2JGQA 2V9DA 2J24A 1RQHA 1QFEA 4BR1A 2CZFA 3M16A 1TREA 3IVTA 5L6UA 4XUGA 4UCGA 4H6KA 4HKPA 1W5OA 3O16A 2V82A 2YR1A 3P8IA 3TX9A 3VNDA 1FXQA 1X1ZA 3MI2A 1K7EA 2D73A 3LCGA 1FCBA 3G18A 3LTSA 5D2TA 2VOMA 2ISSA 2DZVA 3GKFA 4NZJA 5I3JA 3GXPA 5E1QA 2VXNA 4DPQA 4UFHA 3PB0A 4DBDA 3O06A 1CX9A 4GUJA 1T8XA 5K7JA 1SO4A 2P0OA 3TFCA 3L9CA 3W2LA 3NQFA 1TV8A 4PODA 4CQ9A 4UTMA 2WNZA 2P10A 4ZZ9A 3UWYA 2GQ8A 3LV5A 1XDMA 3TNOA 3TQKA 5AYYA 4EF9A 5BMWA 1VHCA 1KTNA 3EX2A 3MI6A 3DENA 3SECA 5EYWA 3T44A 1TQXA 5BRBA 5F4WA 5I3IA 1JQVA 1L9WA 1TPEA 2FLIA 2RH9A 5FEXA 3IGXA 3P82A 3NL3A 1XKYA 1V7YA 3M43A 1BEUA 4X3ZA 1YLVA 1GT8A 4LW7A 3C2VA 2PRHA 5AOUA 5BMXA 1A5CA 3MP4A 1ZJIA 3OVQA 3G3DA 4LUJA 3S1VA 4QNEA 3EKLA 3LBMA 4JTGA 3QW4B 4ZQOA 2DJLA 4S2BA 1OFBA 1XUZA 5DCDA 3P67A 1FXPA 3PR2A 3TV8A 1H50A 1OFEA 4JY8A 1LP6A 4LS0A 2O7QA 3W1AA 3M5VA 4O50A 3PUOA 3H53A 4FNRA 3GXTA 1M5WA 2A0NA 2DZTA 2ATSA 4K7YA 2ZZ5A 3L5MA 3BLIA 2NXHA 3S5YA 4FNTA 3MUXA 3F4NA 3W7EA 1S5VA 4UTWC 2CW6A 5AFDA 5DY3A 4Z0SA 1WA3A 3WK1A 2Q8ZA 4FNQA 3NNTA 4RX0A 1RPXA 5D30A 4LS2A 1VLWA 1A50A 4JTSA 3O05A 5DELA 4ADSA 3LM7A 3ABQA 3TW7A 1THFD 2FPYA 4AWTA 2Y7EA 4R7JA 4GRSA 3CB8A 5E0KA 2E1DA 5LHEA 5AHNA 1VZWA 2VFFA 3G0SA 3PULA 3WK2A 3I7RA 4RV8A 1WBJA 3EX6A 4TR9A 1O5XA 4HPXA 2BZNA 3PBYA 2A4AA 2ZZ2A 3DFOA 3O6CA 2ZTKA 2YXGA 1H7NA 7TIMA 4FF7A 4ZQNA 4DXVA 4GBUA 2H6RA 1DOSA 2ZA3A 4NXSA 2ABBA 4O12A 1FWWA 1LRQA 3BLEA 3NQ2A 4UIOA 1FDYA 1WX0A 5CGQA 2WSRA 5KZEA 3KX6A 4IWWA 3LI0A 5KSWA 4JYEA 1TIMA 1TPWA 3TXVA 1JCMP 4WXYA 4IUOA 3HG2A 3DXIA 3ATZA 1SSGA 4GNJA 4N9EA 4WX2A 1U83A 3OHIA 1ZY9A 5DBUA 4CQAA 2WO5A 2ZZ6A 4UMCA 3W72A 2ZBTA 1OG0A 4X9SA 1I45A 4JEQA 2ZRYA 3UQNA 4IMGA 5G5IA 3BW3A 3M5ZA 3FYPA 2V2HA 5FEZA 5G4WA 1TMHA 4Y9AA 3CLMA 2VEPA 1AL8A 1F6PA 1UUOA 1DV7A 1LRNA 3CIXA 2RDWA 4QAIA 5C6MA 3W70A 3C6CA 1DJNA 3M41A 1TTPA 2CZDA 4UTTA 3BG3A 3VE7A 4Q4KA 1JR1A 3B06A 3JRKA 1I4NA 3DZ1A 1TTQA 4ALDA 3NO5A 3ATYA 3KRUA 1DVJA 5DCBA 1Q6LA 1NF7A 2X1UA 3P80A 2CLMA 2PRMA 1SZNA 1K02A 3KAOA 4N6EA 3VE9A 4I9AA 2E5DA 2TYSA 3HIJA 4AVFA 1W56A 2DZUA 1MSSA 2XN1A 1XL9A 4N9DA 1UBSA 1C29A 5BW6A 3TROA 3UZJA 1JUEA 1N55A 3TC6A 1L6YA 3HMJG 2PE4A 3P81A 3NQVA 2E5BA 4FNSA 3EX3A 4ZQPA 2RDUA 4NXKA 2YX0A 4LS1A 2ZRUA 2FB3A 3IIZA 3MMTA 5FF7A 3ZWTA 3IIOA 5KTLA 1BKSA 1SZFA 1F2JA 3TDFA 1G4EA 2LLEA 1KM6A 5AB3A 2KZHA 4N9CA 3UWVA 3NPWA 1BWLA 1B57A 5AHEA 1OABA 4JTKA 3LHUA 3L0GA 1L6WA 3MP3A 3TIMA 5HR7A 3G1XA 3RLUA 3ABRA 3CT7A 4E2BA 1GYLA 3DFSA 1ZNNA 2CLHA 3TQ0A 3WJZA 1JCJA 1OK6A 2ZA2A 2ZTJA 3S9YA 3ELFA 4Z1AA 5C2XA 2B7NA 3FKKA 3O6DA 4IMDA 2E77A 1W5PA 3G0XA 3KVKA 3RLVA 2XN0A 2VFHA 4Z08A 3W7JA 3LCFA 4FNUA 1EWDA 5AN7A 3HG5A 1M7PA 1FWRA 5D2XA 3W7PA 4AMAA 3BGGA 2EGZA 5D02A 3BVJA 4QJ1A 3L21A 4PL1A 3GYEA 4O17A 5F4SA 3EWBX 3G1HA 1H62A 1FDZA 2B7OA 4O18A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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