2NXHA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
KFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 88
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxhA00
1MEHA 1SO5A 1SR9A 4LT9A 1G69A 4LNYA 5G1TA 3UYCA 3N73A 1UCWA 3LXBA 4POCA 1JCYA 4RV8A 5EA9A 4QISA 2UV8G 4LS1A 3W71A 4BFAA 1D9EA 3CT7A 4RJEA 4LOCA 4OBTA 4P61A 3DKLA 1M6JA 3NNTA 4CQ9A 4NJIA 5CPOA 1KTBA 1SUXA 2QCNA 1TIMA 1VLWA 1JQXA 2QJGA 3QZEA 4MOZA 2ZZ7A 1XUZA 1DHPA 3HG4A 5I3KA 3NQAA 3S6DA 1JVNA 1TTJA 4O50A 3ZFHA 4PA8A 3PR2A 3NGJA 3EKZA 4S1FA 4Z0JA 1ZFJA 5EBUA 1AW5A 3GB6A 3QH2A 1LRNA 2O7SA 3BLFA 2V2HA 4UFMA 3W86A 1YADA 1TREA 1VJIA 3GDLA 4JTEA 4O19A 5L9FA 2OJPA 4Z1DA 4JYFA 3TSMA 2R14A 1JUBA 1NF7A 5E93A 5SWUA 3RMJA 4FNUA 2Y7EA 4G1KA 4M19A 3LBMA 3C2EA 3PWAA 1M5WA 2QUTA 4A22A 1IIHA 1ICPA 3W2UA 2YW4A 2C18A 5D09A 2NXIA 1A50A 1FDYA 2NV1A 5TBOA 1FWTA 1K7FA 2VELA 2J9XA 1LBLA 3MHGA 1QPOA 3UY8A 3T44A 1QPRA 3VI2A 1H1ZA 2WKJA 3LI0A 4B5NA 3BG5A 3W7IA 3L21A 1KFEA 4UTWA 4ZQRA 3DAQA 4X9SA 3KVMA 5AHLA 3UWUA 4ADUA 1NEYA 3WK1A 2HTMA 1TPH1 3CIXA 1A53A 1EWDA 4N9CA 2W6RA 1DJNA 1YDOA 4O53A 3W1QA 3EWBX 1FXPA 2NXHA 4XTIA 2ZZ4A 4CQAA 4ONVA 3LX9A 4Z1BA 3W7QA 1NFBA 3IVSA 3UWVA 5G4WA 2P0OA 3CPRA 3F4NA 3TK7A 3A23A 4O1BA 4DPPA 3CC1A 4FNQA 4WZHA 2A0NA 4AHPA 5F2GA 2E6FA 3UWZA 1JRCA 5FEXA 1GTEA 2NXGA 4XBKA 3LCIA 5AHMA 3FOKA 3A5VA 3C2RA 1TSIA 1F05A 2GOUA 3GAYA 2X1TA 3W22A 3HPXA 4HPXA 2P1FA 3W1MA 4R7JA 2R8WA 4A2RA 1YXCA 1Y0EA 3T55A 4MKNA 4XUGA 1O5KA 1WV2A 3W07A 4UTHA 5D2XA 2VC6A 3BO9A 5K2ZA 4WXZA 2DZVA 1D3HA 1EP2A 5EKYA 4I7UA 4UIOA 4UXDA 4XWUA 1GQNA 1W5OA 1A5AA 5AYYA 3DENA 3PBUA 2J6XA 1W31A 3P5ZA 4HN4A 3MBDA 1TTPA 1VLIA 2ALDA 1A5SA 3N9RA 1TQJA 3W76A 3NQ2A 2ZZ1A 4NJGA 3R2GA 3W1AA 3MBFA 2EF9A 1ONRA 2ZRUA 1RPXA 2E6DA 4BK9A 1TRIA 3EX6A 5BMXA 1KM2A 2NUYA 4ORMA 2WNNA 1W3TA 3KXQA 5DCDA 4HNVA 2V2CA 3P7YA 5H2ZA 1B57A 3IIPA 4YMZA 4PODA 4JYEA 1W8SA 1YYAA 3WJXA 1P5BA 5C54A 2C6QA 3LCXA 3JR2A 5KZMA 1ZALA 5F4SA 2NX1A 5CKSA 5KZEA 4BF9A 1GPWA 4PCFA 4FIRA 3GAKA 1XDMA 4PL2A 4IMDA 1SZEA 5HWMA 3W7GA 4DBEA 3B0VC 4IQLA 2Z0IA 3HGJA 3ABQA 3K30A 1QNVA 1GYNA 1LBMA 4O4VA 1OYAA 4IGHA 3UPBA 3O6YX 4O18A 2Z6JA 1SW3A 3SFKA 4LS0A 1EWEA 1XI3A 4DELA 1SSGA 3WJSA 2VENA 4X3ZA 1XBXA 1R46A 4FEZA 1FCQA 2YSWA 1O60A 2D73A 3G22A 1Q6OA 5AYZA 1Z41A 4XBSA 4LUIA 3GDRA 1LM1A 3C61A 4IMCA 3UWQA 2B7PA 3UNDA 4L4MA 4M6PA 4P2VA 3LHZA 2B0MA 1OFPA 1EUAA 4N02A 1TRDA 4UTIA 4ZQOA 3M47A 1XC4A 3THAA 5EL1A 1T99A 1KTCA 3RLVA 1KV8A 3DFTA 1OF8A 4O1CA 3NYZA 4O1AA 3MW7A 4FNSA 1XUUA 4EF9A 1QCWA 3DFQA 1HG3A 2BLEA 2ZZ6A 4GXMA 2CU0A 1TV8A 4Q32A 2Q8LA 3DHDA 5F2MA 3W88A 3LHYA 3KFTA 3TSDA 1IXNA 1H61A 5IBXC 2A7NA 2H8XA 3SJ3A 3GVGA 3Q37A 4I7WA 1OFDA 5AHEA 4S2CA 5LKYA 3TAKA 4UMCA 2QR6A 4JD4A 2WOQA 1QPNA 3LLFA 4CCEA 2A6LA 1OYCA 1C8VA 4TIMA 2QAFA 3QYQA 5G4EA 1W5NA 3NVTA 4JICA 3TCEA 4LU0A 3O63A 4Z08A 3I6RA 3OEXA 3PSWA 1K8XA 1UUMA 3MYOA 3O06A 2GQ8A 1NSJA 3FFSA 1QO2A 4UNLA 1ZJIA 2G95A 3ABOA 2E77A 3TNOA 1H1YA 4K38A 2V5LA 2ZBTA 4JTKA 1A5BA 4IX0A 3FLUA 4S2BA 2Y62A 4QITA 2EHHA 3QC3A 2X16A 3DI0A 1VZWA 3YPIA 3C52A 1DBTA 3GXNA 3NAVA 1SZNA 1YTDA 2QDHA 2HSAA 5ABTA 3KRUA 1SFLA 4UFJA 2AGKA 2AQWA 3R5EA 4BI5A 3LRKA 1WOBA 1QOQA 5D05A 4NJKA 4LVDA 3VFLA 3BGGA 2ZRZA 4L4LA 3NDOA 1PL9A 1DV7A 3DH7A 1W1ZA 1PCKA 5D2VA 8TIMA 4LS2A 1ZHAA 5BW6A 1W3NA 1ZNNA 1AMKA 3P62A 3LOTA 1SZFA 3MP5A 3W1UA 3C8FA 2WQPA 3NQEA 2ZA2A 3S1XA 1XFBA 2QCFA 3A22A 4IX2A 4JTFA 4C1KA 3FEMA 4ZQCA 1KFKA 1K7EA 1F74A 3O6DA 1P4CA 1FY6A 3Q2DA 3M5VA 3HGOA 4NUWA 5LZLA 3WJWA 3W7KA 2J24A 3NQ6A 1VHCA 2O7QA 4RZ6A 3GDTA 4DQWA 1H5YA 3G24A 2WSYA 2W79A 4N4QA 4JXCA 4O8RA 3BK0A 5DXYA 3LM7A 4KFPA 3O16A 5D38A 5IBXA 2NUWA 2C1HA 4AXKA 3TFXA 4GBUA 2BWGA 3NPVA 1JR1A 3TXVA 1A5CA 1JCLA 4GNJA 4LRSA 4AH7A 4JX4A 2JGQA 4WUIA 3L66A 1LDCA 4ICNA 3F1QA 4X2RA 3G0XA 4JGDA 1HO4A 4JTSA 5TQLA 3CEUA 4CCDA 3TE9A 4KWWA 3M5XA 2OT1A 1TV5A 4JR5A 1SO3A 2YX0A 3ZWSA 2JKAA 1I2NA 5DN1A 1IF2A 3W84A 3L9CA 1GTHA 2Q8ZA 3FIGA 4LW7A 3PULA 3Q94A 4GUIA 1ICSA 4M5PA 2CLFA 1SZGA 2QKFA 2CLLA 3NQFA 5DXXA 4AF0B 3W2MA 1EA0A 3QPYA 4O16A 3M5ZA 2E6AA 1AW1A 4FX8A 2AAMA 4HNTA 1KM6A 2QCGA 5CSRA 3BG3A 2QDGA 3W7MA 3SI9A 2XN1A 1BWLA 4IOTA 3FS2A 2A2IA 1Q6RA 3C2OA 2ABBA 1H7WA 3W7OA 1OX4B 3MI2A 5K4ZA 4NJHA 4NZFA 3GK0A 4LVBA 4R33A 4RX0A 1DVJA 1JCJA 2E68A 3SSJA 1GVSA 3L0NA 2WSRA 1QAPA 1I2QA 5DCBA 1T96A 3S5YA 3W7JA 1XBZA 3EWYA 4PC8A 5KINA 3B04A 5DELA 2GVJA 3L5MA 1KA9F 2YFOA 2JKPA 3HB9A 1VHNA 4MY8A 5LHFA 1HTIA 4A21A 5HWJA 1V5XA 2Y88A 3DFSA 1WQ5A 4EOUA 1F76A 1AW2A 1YPIA 2J9YA 4QJ1A 3GKAA 3U6WA 2ZZ2A 3CU2A 3S5ZA 2QCCA 1QDSA 4EVZA 4O57A 3EX4A 4GRSA 3S1VA 2H3DA 3OHIA 3L65A 1JUEA 5DY2A 3O07A 3KHJA 4EWND 4NXSA 1S5VA 4O52A 3QW3A 3PUDA 3IGXA 4JTJA 1GVQA 3M0ZA 3GLCA 1WA3A 1EIXA 4JNMA 2A85A 3LCHA 4OE7A 4HSNA 2QF7A 3HGRA 1W37A 1TPEA 2HS8A 4CNPA 5HMSA 4LVFA 5G1YA 3BPWA 3HO8A 3MJYA 1LOLA 4XQ6A 5U7SA 3N2XA 2VKZG 3GXTA 1LLZA 2A4AA 5EPDA 3PVFA 5D04C 3CTLA 3HMJG 3ABSA 3EX2A 2DZWA 5KZDA 1ZAIA 4Z1CA 1DJQA 1Z48A 1IXQA 3VNDA 2C3ZA 2BTMA 4RK8A 2VFIA 3W1TA 1N55A 4NU7A 3O1NA 4AAJA 3CM4A 3EWWA 4NX5A 2X30A 2C13A 5L6UA 2YCEA 1LCOA 2QJHA 2Y89A 1QR7A 2OX1A 4UNKA 4LC6A 1G4TA 5F4WA 3LRMA 2YXGA 5HJLA 3UPWA 1LRQA 4RR4A 3B05A 3VE9A 4TX9A 3LERA 4FHAA 3LLDA 1OJXA 4AVFA 1O5XA 2WPBA 3S5OA 1QPQA 4A29A 3FYPA 4CQ8A 1V7YA 1PIIA 4D2JA 4BI6A 2JK2A 5K9DA 3HJZA 1YTEA 1IGSA 2FDSA 5HNRA 1GYLA 2VFEA 1C29A 3H55A 3TMLA 3G3MA 2V30A 4O4WA 2QCMA 1J5TA 4RLIA 3KRSA 4LV4A 3N19B 3R13A 4RCXA 4DO4A 2QUUA 3HF3A 1GVOA 3WFAA 4IUOA 1Z44A 4O0KA 4NVTA 3M7WA 3WK0A 2TMDA 3HG5A 3LTPA 3IEBA 3IIXA 5FEPA 1AG1O 3CQ0A 4IMEA 4FXSA 4NJJA 4TU1A 1B9BA 2WO5A 3STFA 1ZY9A 5FF4A 5CPNA 2J88A 4IPIA 3E12A 2OMAA 3TROA 3EB2A 2CFFA 4HPJA 3I65A 1OG0A 2Q3OA 2ZQ0A 1F2JA 2B7NA 4FXRA 3E96A 3PY2A 3W2NA 1W56A 1RQBA 1VC4A 3MHFA 4MYAA 1TV7A 1GG1A 1DORA 3M6YA 4M6VA 3W1LA 4O28A 3EX3A 2ISWA 3N2MA 3DU0A 3C2VA 1FQ0A 3L2IA 5CSSA 3IVUA 4JYDA 1H51A 4MFDA 3QMRA 3G0SA 5H91A 3P8JA 1IXOA 4BI7A 4DF2A 1QWGA 3W73A 4MFEA 4UR8A 4JTLA 3TC7A 2B7QA 4WD0A 2DJLA 2C0AA 3QPZA 1K03A 1E51A 1RQHA 2VEKA 1AL7A 4YWIA 3W7RA 4TMBA 1WAUA 1OFOA 1FDJA 4ZQNA 3W1RA 1XL9A 2HS6A 3EWXA 3WJYA 4GWEA 2YYUA 1EX5A 2GJNA 1UB3A 5LSMA 1K7XA 5AOUA 3PG9A 1G4SA 1AL8A 3BLIA 2E6YA 4O11A 3P5YA 3QSRA 1LORA 4NNAA 2Y70A 2PRLA 3NM3A 1MEWA 5HQEA 1TQXA 2FPVA 1WXJA 3QRHA 4K6AA 1LRTA 1P0KA 3RNDA 2QCHA 4AWUA 5KMYA 3F4WA 3WJZA 4ZZ9A 4DF1A 1S5TA 4JTUA 3LCLA 3ABRA 5HULA 3NG3A 1FCBA 1K3UA 2CLEA 1G4EA 1OK4A 1GVRA 3B0UX 4UTTC 3H54A 3RK8A 1W5PA 3ZR4A 3G1FA 1P0NA 1TYGA 2A21A 2GVLA 2Y63A 4HNNA 2E1DA 4RXFA 3TJXA 2TSYA 2ZTJA 3GDMA 3INPA 3L5LA 4U4MA 4N4PA 2VFFA 4ADSA 1XM3A 2WJZA 1H62A 3P60A 1KM3A 3CWOX 3OVPA 3WK2A 1ZENA 1UJPA 3STGA 4XKYB 5D32A 4GUGA 2G97A 4I9AA 2H8ZA 3MO7A 3S9YA 1SFJA 2BX7A 3C0JA 4MLJA 2ZRYA 3C4UA 1OABA 5J5RA 1G4PA 3HG2A 5HUPA 5D2YA 3W7HA 2E5CA 1WX0A 3D0CA 1H7XA 3W23A 3W7CA 2CWNA 4Y8FA 2X1RA 3FYOA 3H53A 4X22A 1BEUA 3MYPA 3G0UA 1ML1A 1Q3NA 4J9JA 1OFAA 1WDWA 3W7DA 1TPVA 2TPSA 1ME9A 4MZ1A 4QM1A 4RXGA 4FNRA 4MUZA 3LCFA 2GQ9A 1PCWA 3IIOA 1H7NA 1G7UA 1KBIA 2YFNA 3QSTA 1IXPA 5FF3A 3W1PA 2QCEA 3LHVA 4NXKA 1DL3A 1OFRA 2FPTA 4DEFA 3G18A 5AHNA 3WK3A 3TA6A 4O12A 1CW2A 1D3GA 1KFBA 3EXRA 3LXCA 5AYXA 3QF0A 3N3MA 3DHFA 5CZSA 1UBSA 4AHQA 2JKEA 1W5MA 1JCMP 1ZAJA 1EPXA 1MSSA 3L5AA 2XN0A 4WX2A 3UWWA 3M44A 1AK5A 2A7RA 3O6CA 2I14A 2ZRXA 3LBCA 1DKWA 5HINA 3C3NA 1L6SA 3M41A 3S1WA 1X7FA 4H4IA 3DKJA 4LVAA 3W70A 3DFOA 3NL6A 3W75A 3P67A 1WBHA 4PFMA 3A9IA 1SO6A 1T8XA 3NQDA 1P1XA 4AF0A 1W54A 1L6YA 3W83A 3IIZA 4AWTA 3VKJA 4LRTA 2DZPA 3LTSA 5BOOA 1OFBA 2CW6A 1TPDA 2X2GA 2WNQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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