2NXIA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
262
structure length
257
Chain Sequence
KFLVIAGMNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to nonmetallo 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthases
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 88
structure length 257
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxiA00
1XL9A 2V5LA 2P1FA 4N9CA 1NF0A 4Z1BA 3NR0A 1DVJA 2OJPA 1LRQA 3M5XA 1XC4A 5KSWA 4WUIA 3VI2A 1Z48A 3AJXA 4JTGA 1I45A 2PC4A 3TQ0A 2Y6ZA 5D33A 3CWOX 1P4CA 3MJYA 1MXSA 4P2VA 5KZMA 3GYEA 3QW4B 4JS3A 4P61A 5D30A 5F1UA 3NO5A 3IRDA 3QEZA 3JRKA 2GUUA 3W3OA 3SGUA 3W2JA 5HWNA 2R91A 4FNQA 4LV4A 1CI1A 1T0OA 1O5XA 1TYGA 3MYPA 5AHEA 4FIRA 5C55A 5H91A 2VEIA 3SJ3A 3O1NA 2B0MA 3WK2A 4LVBA 4MJMA 3LHZA 4UMAA 4G1KA 4ZQCA 2Y63A 3MP4A 3ZFHA 4O10A 1TREA 3INPA 3IIOA 1F76A 3B8DA 4ORMA 2EHHA 3M0ZA 2YFNA 1LYXA 3NQCA 3TC6A 1LOQA 4WY0F 1FXQA 1RZMA 2BTMA 3RK8A 3TR2A 4UTHA 1GZGA 3EEGA 3U8GA 1GPWA 3M6YA 1L9WA 3MUXA 2ZRVA 2B7QA 3DZ1A 3FEMA 5FEZA 2R8WA 3W9ZA 4GC4A 4ZQRA 3V1PA 5F2GA 3P74A 4IMGA 1YYAA 1D3HA 1WA3A 3LI1A 4GFSA 4O18A 4UTLA 4HN4A 3A21A 1JULA 2O7SA 3LHYA 1VS1A 2OX1A 2I9EA 2FPVA 3TQKA 3W73A 1KFEA 3HGRA 2ISWA 3W1NA 1K7EA 3O15A 4JDBA 2GOUA 2ZA3A 1VYPX 4IX0A 4JTEA 4LY8A 4LV9A 4UTJA 3F03K 3N19B 3IGXA 1YXYA 3UWUA 1WXJA 4LS0A 2VXNA 1LP6A 2BXVA 2A5HA 4JTLA 2VFDA 3TV8A 4NQ1A 1TTJA 3GAYA 5LKYA 3F4WA 1GG1A 1VLWA 5DELA 2GJNA 3A23A 3TUUA 1O5KA 4UIOA 1LRTA 4ADSA 1VHCA 4Z1CA 3HQ1A 2I1OA 4JX6A 4NJIA 2E77A 2VOMA 1YXCA 4NXKA 1FCUA 2AGKA 3N73A 1W5MA 2QR6A 3LGEA 1SW7A 3PULA 3S8HA 4JYFA 4HSOA 5T26A 3UWYA 4IJBA 2H3BA 3W72A 5D05A 4AWTA 4M6QA 3W7DA 3PWAA 1LBMA 3TFXA 5D2VA 3EWYA 3O8AA 1QPRA 1SPQA 3EB2A 4TMCA 4OE7A 4H3DA 3TMLA 1JR1A 2CFFA 1FXPA 3CB8A 3IIVA 2Y85A 1PHQA 1NEYA 3LLFA 5HUPA 4N9EA 2OT0A 1N7KA 2V8ZA 1FDJA 1H51A 2ZQ0A 4HNVA 1GJPA 4HHPA 1TCDA 3LRMA 1VC4A 1AL7A 1TPDA 4MY9A 4AXKA 4GUIA 3CPRA 4GNJA 1OHLA 4N6EA 5LNWA 4DO5A 1VCVA 3THAA 3QZEA 3DENA 3LCWA 1GVQA 1SW0A 1UASA 1TPVA 2ABBA 4BI7A 1O4UA 3UNDA 3PM6A 4UTUA 1W56A 3BPWA 2V2DA 4GWEA 5FF4A 4UMCA 3DFQA 4PODA 1QDSA 4GBUA 4DO4A 4ZVJA 1M7OA 2Z6IA 4JEQA 4UC5A 5F1VA 2QF7A 2WV8A 4CCDA 3NQMA 2CZEA 3HJZA 3W7PA 1JCJA 3W1QA 3TW7A 1SO5A 4LOCA 5KTLA 3C2RA 2V5BA 4WJEA 3KRZA 2YW4A 5CGQA 2YCEA 3HBLA 5FEXA 4LC6A 3R2GA 4EIVA 5G4WA 3L9CA 4K7VA 2VEMA 1B9BA 2YX0A 2J9XA 3QYQA 1TPUA 3W07A 1ICSA 4E0CA 1AK5A 4IX2A 3NPXA 3P5ZA 4I7VA 5HMSA 2QCDA 1RQEA 3FOKA 4AB4A 5CZJA 1TSIA 1ZCOA 3W6YA 3MP5A 4UFLA 5E0KA 4AH7A 3QSRA 3OVRA 3A5FA 3W2MA 4D2JA 1WV2A 1HFBA 4ADUA 4WXYA 1GQNA 3HMJG 4O19A 3UPBA 4FF7A 2FPYA 4WQ6A 4KKXA 1SZEA 3M1ZA 5MHBA 2EAWA 1LORA 3WJYA 4YCPA 3DH7A 3S5YA 4JTFA 4TR9A 4JR5A 2HTMA 2ZZ1A 4IPJA 1CX9A 3STCA 3AO0A 1N55A 4AF0B 5I3GA 1K8YA 3W7HA 2IQTA 2ZA1A 5EPDA 1JVNA 5CZTA 1WDWA 3HGSA 3S5OA 1GYNA 3CU2A 1IXPA 1FWTA 2A7NA 2ALDA 3DXIA 4I9AA 2NZLA 4HNUA 4ZQMA 3EX6A 2Y7FA 1FWSA 3TSDA 2XFWA 1GVRA 4DXVA 3TXZA 2YR1A 3BLFA 3DBPA 1OYCA 1QWGA 3MHUA 1QO5A 4LW7A 5D37A 3T55A 1QR7A 2EF9A 2NX3A 1EA0A 4XBKA 4DBDA 1JCXA 4DF2A 1UUOA 3NPWA 1KFJA 4JGDA 4RXGA 4NZJA 1K7XA 4LC8A 1K02A 1Q6LA 5KZEA 3PVFA 4FNPA 3HGJA 3NQ7A 5IBXA 1H50A 5BOOA 2RKXA 3W1AA 1FDYA 2QCNA 3N34A 2FJKA 4FXRA 1BKSA 1EIXA 4JTSA 3NQ6A 1VGAA 4QAIA 2G95A 2Y7DA 4RZ6A 1WBHA 2E5BA 1W8SA 4JIQA 1YDVA 3NXFA 3PG9A 5D04C 1FX6A 1D3GA 1TPC1 1VYRA 3GIYA 1SQ7A 2WNQA 5K4ZA 2ZZ3A 1IXOA 1O95A 2ISSA 4LNYA 1OFPA 3GXNA 2J9YA 1TPB1 1KTBA 4NNAA 4E38A 1A5BA 4A21A 3RMJA 5LHFA 1DBTA 2OZ0A 3MW7A 2WSQA 3KRSA 1WOBA 2ZA2A 3EXTA 3W23A 3VNDA 4M7SA 3Q94A 2TMDA 3PBYA 3IVUA 2WO5A 2DZWA 1AMKA 5LNVA 3N2XA 5SWUA 4IPIA 3FLUA 3C61A 4NVTA 3QMTA 4WOQA 3O63A 2DZSA 3GDMA 1H1YA 4GRSA 3DFPA 3CHVA 3UYCA 3W1UA 1F6KA 2GJLA 1DORA 5HR7A 3P84A 2JGQA 1OFBA 4AAJA 5BW6A 3W1XA 1SO6A 3EWXA 4NUWA 4GUGA 4CQAA 4CLMA 4IXXA 1L6SA 3ZR4A 3QJAA 4M19A 3W7NA 3G24A 1S3HA 5EY5A 2QAPA 1B4KA 3EWWA 5AOUA 4K37A 3VE7A 4HT3A 4JYDA 4A3UA 3B04A 3W7QA 1G6CA 3UWWA 1U5JA 2A85A 5AB3A 1W5NA 1JCLA 6ALDA 4TMBA 5G1YA 1H7RA 1PVNA 4C1KA 4X9SA 1THFD 3STFA 1XUZA 5I3FA 3P81A 2C14A 3HG3A 2QJHA 4UFMA 3TK7A 2NXHA 3LV6A 4CQ8A 3I7RA 3LCLA 3WK0A 3Q2DA 4JYEA 4XBSA 1EWDA 3T44A 3GKFA 4UTMA 2Y61A 4JNMA 2WNNA 1WOAA 5L6UA 5HNRA 5LSMA 3UWVA 2CLIA 4FHAA 4EF9A 1DJQA 3NGJA 5LNUA 3G1VA 3M41A 3ZWSA 1JCMP 1XBVA 4UTKA 3EXRA 4PL2A 1OFDA 2E68A 4K8EA 4XKYA 2TPSA 1SR9A 1LCOA 3W7GA 4JTTA 3ZS4A 2NXGA 3TX9A 3OG3A 5G1TA 4FNTA 2RDTA 1OX6A 4O12A 1HO1A 3MHFA 1F74A 1GVOA 3MI3A 5C6MA 2R94A 3TSBA 3I68A 5IBXC 4Z1DA 3BGJA 5HQEA 4QNEA 5DBTA 1RQBA 4QM1A 2V30A 5AHLA 1RVGA 1WQ5A 1K7FA 3W7EA 2V0TA 1Z44A 2X1TA 1FCVA 1W3IA 3GB6A 3GDTA 3R13A 3W70A 3GDLA 1KFCA 4NZFA 3NL6A 4AHQA 1G4PA 1OFEA 1CW2A 1PL9A 4O1CA 4B5NA 4AVFA 1NSJA 3W7KA 1G7UA 1Q3NA 3GXPA 1OG0A 2QKFA 4R53A 4W9TA 1OK6A 1IXQA 5DXXA 3G0SA 1JCYA 1DJNA 5F2MA 3NZRA 4EWND 1N8FA 3G1SA 4EVZA 4O1AA 3LHVA 1K3UA 3F1QA 1YADA 5FEWA 2QJIA 3RFAA 3UZ5A 1QPNA 4DPQA 5L9FA 2C18A 2RDWA 1BWKA 2NV2A 5FESA 5HINA 2RDUA 1HO4A 3W7RA 1ME8A 4QNWA 3VCRA 3T4CA 1LOLA 2ATMA 3LI0A 4QITA 1GT8A 4RK8A 5EKYA 3WK3A 5GVJA 1YXDA 3TJLA 1ME7A 3GLCA 5D32A 3FJLA 1W1ZA 3C52A 5KINA 1KA9F 1W3NA 2KZHA 4UTWC 1ZY9A 1EX5A 2FLIA 2JK2A 5EYWA 2FFCA 1B4EA 1OX4B 1VCGA 3OA3A 3FFSA 3DFOA 2VELA 1V5XA 2DP3A 3BLEA 1P1XA 2G5WA 3Q37A 4LT9A 3H54A 1Q6QA 5AHIA 2GQ9A 4MZ8A 2PRMA 4HPXA 4DPPA 2HSAA 2WJZA 4NJHA 1R2RA 1PE1A 3NQAA 2A7RA 3P82A 4HPJA 4QSHA 3KVKA 3EKLA 4FX7A 4O11A 3PBVA 3UWZA 1OYBA 2ZZ7A 3NAVA 4UFJA 1Z41A 3DI0A 4C1LA 1TTQA 3P8IA 4K8HA 3W2NA 2DJLA 4FIQA 3SSJA 4MFEA 4WX2A 1G4TA 3IEBA 3GKAA 4MPQA 3N9SA 5ABTA 3UQNA 3S5NA 3EWZA 4N9DA 2E5CA 4S2BA 1QMLA 3HPXA 4KFNA 5G4EA 3KHJA 2Z0IA 2V2CA 1FCQA 3TE9A 3EX2A 3OHIA 4O4VA 5G2IA 2JGYA 4PTNA 3LHWA 2EGZA 5CSSA 3LBCA 4NNCA 3M43A 3CLMA 2CZDA 3WJXA 3IVTA 4RX0A 5E1QA 4KWVA 4JX4A 3SW6A 1PHWA 3SY5A 1TQJA 2J6XA 3BVJA 1JUBA 2VKZG 5FF0A 3P61A 4PEKA 4HIBA 2TRSA 2YYUA 3CT7A 4AWUA 4JIPA 4MOZA 4MLRA 4E2DA 3L21A 4X22A 2V9DA 1W54A 4OGZA 1IIGA 1Z42A 5TIMA 2EKCA 3GXTA 1ZJIA 4JTHA 1R30A 4UXDA 2H3DA 1J2WA 1G69A 1KM3A 4AWSA 5K9CA 4Y96A 4RV8A 1ZNNA 1HL2A 5J5DA 2ABAA 1H7WA 1SFJA 1YPFA 2R14A 2GPTA 1W3TA 3GVGA 1GG0A 1D9EA 3QQ0A 1J4EA 2FPTA 1XUUA 1S5TA 2ZRZA 4WY0A 4MYAA 3I65A 3W7IA 2QCGA 3C56A 2QCFA 3B0UX 4N4PA 3IGSA 3RF9A 3TFCA 2QDHA 5K3VA 4K6AA 2VEKA 1ALDA 3UXAA 1H7XA 5DY3A 2VEPA 4MLJA 4FNRA 1KM0A 3NG3A 2B7OA 4MFDA 3W83A 1QCWA 4OBTA 2A21A 3C2VA 3NA8A 4BF9A 4YLWA 2Y89A 1LBFA 1OJXA 3L0KA 3QW3A 1YTDA 3B06A 2VFFA 3LXCA 4POCA 5FEPA 2WSYA 5C54A 3NQEA 1TB3A 2QCCA 3H55A 4A29A 2W0UA 1PCKA 3NQ8A 2YDAA 4DF1A 1SSGA 2Q3RA 4FX8A 4Z1AA 1DKWA 5D02A 3SR7A 1AW5A 3DFNA 5J5RA 2QUTA 3KVJA 3PG8A 2P10A 1X1ZA 1EUNA 2XN1A 3E12A 4EOUA 3G1AA 2V2HA 3A22A 4LUJA 3M5VA 1VJIA 4UMBA 4LVAA 4X3ZA 1QAPA 2A1YA 3M5ZA 3N3MA 1EEPA 2X1RA 1M6JA 1VQTA 4UNKA 3HO8A 1QFEA 4LRSA 2PURA 5CSRA 1XBZA 1KM4A 1PV8A 1KBJA 4ZMGA 3GDRA 2QCLA 4LS1A 3UY7A 5HUOA 2H8XA 1F6PA 2E6YA 2WOQA 2ZRUA 3L0NA 4IWWA 1MEHA 3OEXA 1O60A 2PCQA 2ZTKA 3ELFA 2OT1A 1MSSA 2JKAA 3HG2A 3S6DA 3ABSA 4XWUA 4FX6M 5K9XA 1WX0A 3G0XA 3B05A 1P0NA 1UCWA 3W76A 4OT7A 1W5OA 1T96A 3I7SA 1JQVA 2B7PA 3W71A 4O8RA 3MWAA 3NNTA 1A53A 2P0OA 1XXXA 1VPXA 1H62A 3BW2A 4MZYA 4IMCA 2V81A 1VYSX 3FKRA 3O05A 5FI8A 2W79A 3W88A 1QPOA 5K4XA 3FYPA 3W1RA 3TXVA 4PL1A 1ICQA 3QRHA 3R8RA 1C8VA 5LZLA 3G3MA 5LNRA 3GR7A 3T78A 1UB3A 4NJKA 1QOPA 1GWJA 2CW6A 1G7VA 1H7NA 5BMXA 1JJKA 5F2IA 4XTDA 2QCDB 1I2PA 3N2MA 3L0GA 1GOXA 3C2OA 3DU0A 1OF8A 2DZXA 2E6DA 1TPEA 2WNZA 3EX3A 3BGGA 4KFOA 4S1FA 1I2QA 1SO3A 3W7MA 1EP2A 5F2LA 3C4UA 3A9IA 2C0AA 4BWLC 4L4MA 3RLUA 2EPHA 2FQIA 1H7PA 4JTIA 4AHPA 1W31A 3M44A 3PAJA 1GTHA 4GJ1A 3S1XA 4N9BA 4CQ9A 1FCBA 2D73A 2A0NA 2GVJA 1H60A 2G97A 1RQHA 2J24A 3G22A 3TSMA 1VHNA 2NUWA 3OVPA 1I4NA 1H61A 2E5DA 3GK0A 4O13A 3ABRA 1H7OA 1SO4A 4M6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZVH B;  2ACQ A;  3EPM A;  1DVJ A;  4JCL A;  1TWD A;  4WUI A;  3IUD A;  4JTG A;  4BS0 A;  3CH9 A;  3KBV A;  4LAL A;  1PEZ A;  3AXX A;  4X0V A;  3VGF A;  3BWW A;  4CNU A;  4ROP A;  1JYV A;  2J8T A;  2XJ7 A;  1VBR A;  3SGU A;  4ZOA A;  5HWN A;  5LIX X;  2ZDS A;  4FNQ A;  1O5X A;  5A8P A;  1OQF A;  1A3H A;  5A1A A;  3MYP A;  4FIR A;  1QNO A;  5C55 A;  5H91 A;  2WJE A;  3QHM A;  3WH8 A;  3SJ3 A;  3WD1 A;  3O1N A;  2B0M A;  3WK2 A;  2WM1 A;  4DIA A;  4MJM A;  3LHZ A;  1CDG A;  3QV6 A;  1AZ2 A;  3KLK A;  2X2Y A;  4O10 A;  1Q2R A;  1UD5 A;  3IIO A;  3QTG A;  1F76 A;  4URI A;  4CD7 A;  4JFT A;  1S1P A;  4E3T A;  1JZ7 A;  2XZ7 A;  2YFN A;  2CLP A;  1FKX A;  3NQC A;  4F0L A;  2QUM A;  1A5L C;  3V0S A;  4NRR A;  4WY0 F;  2CHN A;  1RZM A;  2Z28 A;  1ADS A;  1GZG A;  3W6M A;  1E3X A;  4DUX A;  1GPW A;  1M1B A;  3T4W A;  1VFU A;  1WDR A;  5FEZ A;  5LIK X;  4J3T A;  4R85 A;  2XGZ A;  3V1P A;  5F2G A;  4IMG A;  3UFY A;  4GI9 A;  1D3H A;  1WA3 A;  4YU1 A;  4UTL A;  4HN4 A;  1JUL A;  3LHY A;  4OZO A;  2VD9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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