2NXIA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
262
structure length
257
Chain Sequence
KFLVIAGMNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to nonmetallo 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthases
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 88
structure length 257
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxiA00
4UR7A 4UUIA 2W0UA 4FX8A 3TC6A 1KM3A 4MYAA 2HS6A 3BLFA 1WAUA 5BOOA 4O14A 1EX5A 3N34A 1WYIA 2W79A 1KV8A 4ORIA 3TA6A 3GAKA 3CWOX 3IIOA 4GJ1A 4A2RA 2O7QA 2QCHA 1TMHA 3UPWA 4HHPA 1YADA 4WY0A 1ML1A 3WJZA 4C1LA 1WXJA 4GUJA 4WUIA 2ZTKA 3CB8A 2RDWA 4AEOA 1GJPA 5CZ0A 4GNJA 2X30A 4X22A 5KSWA 4GE8A 3RK8A 3W7MA 3W7RA 1ICQA 3R12A 3SJ3A 2FPYA 3O6YX 1B4EA 4AVFA 3CT7A 1YXDA 1VQTA 1K8YA 2CLHA 4AHOA 3PULA 3EKLA 3IGSA 2VEMA 1LRTA 4M5PA 3PY2A 1V7YA 1QPQA 3Q58A 4N9CA 1D3GA 1F7BA 1GG1A 1H1YA 2BXVA 3GK0A 1GZGA 3G24A 2B7QA 4G1KA 3GNDA 4NUWA 1C29A 3W1NA 3GAYA 3C2OA 3W7CA 4NNBA 3W7EA 4HKPA 4MLRA 1FWRA 1W0MA 1A5BA 1H7NA 1FQ0A 2YR1A 5G1YA 4S1FA 3DFNA 3WJWA 3B0UX 2Q8ZA 4O1CA 5LNRA 1HO4A 4K8HA 5D2VA 1KFLA 4DBDA 4UTLA 2J9ZA 3O16A 2X1UA 2C13A 2QJIA 3HG2A 3E12A 3W73A 4Q32A 3VCRA 1LCOA 4E2DA 3BV4A 1JULA 2ZZ5A 5EA9A 1PL9A 3MHGA 2J27A 3EX6A 4WY0B 5G1TA 1GEQA 3G18A 4CQ8A 1SZFA 3W2MA 3NEVA 4CCEA 3QYQA 4UFHA 3DKLA 5IBXC 1A5AA 3SGUA 3SZ8A 1Y0EA 2ATSA 3STGA 2FTPA 3UWVA 4UFKA 1P1XA 1TPDA 2A7RA 3TNOA 2Y7FA 5D33A 3B04A 3MWAA 5LGXA 2EPHA 3GXPA 4JR5A 1FCVA 3LXBA 4J9JA 4LV4A 4ONVA 3HGRA 4M6VA 3L0GA 2CLFA 1JJKA 3W23A 1RVGA 4LY8A 3QSRA 1FCBA 3S5OA 4PODA 4WJEA 3GXNA 3F1QA 3LCGA 3KAOA 3S9YA 3WJXA 1H62A 2NXGA 3M0ZA 1FUYA 1VHNA 5H91A 1VHCA 4NT0A 1F74A 1DL3A 3IVSA 1QR7A 4ZZ9A 2DJXA 3B05A 2YYUA 2E6FA 1R2SA 3W7PA 3DFQA 3HGSA 3I68A 3TFCA 3IIPA 3FYOA 3CEUA 3A21A 4EWND 4HPXA 1T96A 1W31A 1DJQA 4JS3A 1C9DA 4YLWA 3HGOA 3G1FA 2NZLA 3CEPA 1X7FA 5G4WA 3C0JA 3BGGA 5C6MA 2YPIA 4QSHA 1L6WA 3FS2A 3L66A 3GDRA 3W7NA 4NQ1A 2JKPA 1XBXA 4Y8FA 1GVSA 4RV8A 4RZ5A 3W2NA 3JS3A 3W85A 3S6DA 4ZQPA 1GT8A 4LC8A 3L65A 1P5BA 3BW3A 1KTNA 1KBIA 3AJXA 5AHMA 3W7OA 1BWKA 1OK4A 2XFWA 3NQAA 4UIOA 5I3IA 2C18A 3MI6A 4GUFA 5E0KA 4WZHA 3TSDA 1XDLA 2QCDB 3BG5A 2R94A 3MBFA 1YLVA 4N4PA 1X6UA 5AFDA 1F5ZA 2DZSA 3LXAA 5F2GA 3CU2A 1L6SA 3QM3A 1I2OA 1FDJA 4DO4A 3A22A 2EKCA 3M5ZA 5FF0A 1Q3NA 3W72A 1TB3A 2A5HA 2Y62A 1Z42A 2CZDA 1DVJA 1OFDA 3MI2A 3IEBA 2FFCA 4GUGA 4TMCA 1OX4B 3S5NA 3I6RA 3NQVA 3L5AA 3M16A 3ATZA 1UJPA 1DKWA 1Q45A 4ZQCA 3LRLA 5BMXA 1O95A 1YDOA 2E77A 2ABAA 3SR7A 4BI7A 3OVQA 2XN0A 2Y6ZA 2ZA1A 2YFNA 3T40A 2I1OA 1OF8A 2Z1BA 5CG7A 5F2LA 1X8FA 3AO0A 3LHYA 3PBYA 5K2ZA 2Z6IA 4RR4A 1J2WA 4JGDA 2J9XA 2QCMA 2RFGA 2C6QA 4IGHA 4LC6A 4MYXA 3W70A 1TRDA 1Z48A 3TXVA 5LZLA 5C2XA 2VFDA 1WOAA 2A7NA 3TJXA 4Z08A 3O6DA 4OQVA 4N4QA 3GXTA 3W2LA 3PUDA 1GYLA 1G69A 1BWLA 1T99A 2GVJA 4IJBA 1ME8A 5U4NA 3TMQA 3UWUA 3FA5A 3KX6A 2H3DA 4JYFA 1ZFJA 2BSLA 1OFAA 1GVFA 2CZ5A 5HUPA 2QR6A 3S1XA 1XBYA 5DY3A 5AHLA 1JCMP 3HGJA 3U2OA 3P80A 1PCWA 1C8VA 2VELA 1ZENA 2TRSA 3W7JA 4WOZA 1SO3A 2E5BA 1K7EA 2PC4A 2OZ0A 3T4CA 4Z1AA 3M5VA 1AMKA 1SSDA 3PC0A 2YGYA 5HUOA 1K7FA 2ZRXA 2JKEA 2Q3OA 1K3UA 2I14A 5LHEA 4UFLA 4LVGA 3PSWA 3P74A 1JCJA 1CW2A 2OJPA 5AC6A 1LROA 1GVQA 2A85A 2DU2A 4RK8A 1SR9A 3C56A 3EWZA 2QEZA 2EAWA 3PR2A 5CSSA 5FF7A 4FIQA 3P84A 3VNDA 3LCLA 5H2ZA 2R8WA 1LBMA 3PG9A 4JTKA 1LORA 4AXKA 4YL2A 3V1PA 3DI1A 2E6YA 2HSAA 1K02A 1LM1A 4CQAA 2ZBTA 1A5CA 2C0AA 5MHBA 3HQ1A 5K4XA 3CLMA 4JX4A 4FXSA 2E5CA 1I2QA 5F2MA 1LOLA 2QUVA 3LCFA 4RXGA 3OG3A 4K37A 4O19A 3GVGA 4GFSA 1G67A 3O06A 1K7XA 1QAPA 4RZ4A 2VFIA 2YX0A 4TR9A 1SQ7A 1B4KA 1AL8A 1O94A 4ZVJA 4RCXA 1TTPA 2FB2A 3W83A 4LV9A 3TR2A 1MO0A 5G2HA 2V81A 2GUUA 3NPUA 2A1YA 2H90A 4FHAA 1CX9A 2V30A 4XBSA 4M7TA 4Y6GA 1R46A 5CPMA 3HOJA 1LYXA 4U28A 8TIMA 4PC8A 1XL9A 5F1UA 3HPZA 4LS1A 4LTSA 3USBA 1AK5A 1EWEA 1A5SA 2CZFA 2DORA 1H51A 1OFPA 2C1HA 3W9ZA 4Z1CA 4A22A 5AOUA 5D38A 2ZZ6A 3TC7A 3C2FA 3QH2A 3HPXA 3A23A 4BWLA 3MBDA 3GYEA 3IVTA 1YPIA 2DZTA 5F1VA 3LV5A 2AQWA 1R2RA 4JY8A 4RZ6A 1JUKA 1SSGA 4PCFA 2IQTA 2QDHA 3BARA 3W76A 4JX5A 3TUUA 3KOFA 2QDGA 2I9EA 1KFBA 1LZOA 4DF2A 2QCFA 4IMEA 3STCA 3BK0A 1QOPA 2A21A 1F2JA 1T8XA 3QQ0A 5EL1A 3LTSA 4P2VA 2X1TA 3O6CA 1W5QA 3FIGA 4IQLA 4WXZA 4UTWA 5BNKA 4YMZA 1FXPA 2CW6A 4JIPA 4O0KA 5ABTA 4AWUA 3M6YA 4IMCA 2Z0IA 3S1VA 2YXGA 3C6CA 5DCEA 2F84A 1ZALA 4MJMA 3M43A 2CWNA 3CHVA 3EX1A 2PE4A 3NQ8A 1DHPA 1GVOA 3TE9A 2J24A 4NZJA 4YWIA 4DPQA 3ABOA 3LCHA 4O16A 4UTTA 4O28A 2NV1A 5LNUA 3LBCA 2QJGA 3I7QA 2FB3A 3W2JA 1OX6A 4I7WA 3UQNA 3SI9A 1M6JA 2CZEA 4Q4KA 3S42A 4EF9A 1QPRA 4JTUA 4UFMA 1SZNA 2HTMA 4KFNA 4FXRA 3LCWA 2YSWA 4CNNA 3CC1A 3IRDA 1ICSA 1O5XA 3PUEA 3N2MA 3MYPA 2J9YA 1U83A 4MKNA 2FJKA 4BR1A 4OV9A 1WX0A 1ZAIA 2FPVA 1VYSX 1TPWA 2WNQA 1WBJA 2GVLA 3GNNA 4O1BA 1G7UA 5TBOA 5EPDA 2P1FA 3STFA 3NM3A 2B7NA 4O15A 3S1WA 1OHLA 4A21A 4TMBA 1PE1A 3A5FA 2QCEA 3W2KA 2J6XA 1LBLA 5F4SA 3T55A 3QF0A 1Q6QA 5C54A 1UASA 2FLIA 4MZ8A 1AG1O 2KZHA 3C2VA 3SY5A 4UTMA 3INPA 1SW3A 2QKFA 2ZZ7A 3WK1A 4BI5A 4O17A 4O18A 3TXZA 1Q6OA 4BF9A 3C4UA 2NX9A 3P61A 5TIMA 1RV8A 2CU0A 5FEZA 3BW4A 2B0MA 5FF2A 1S5VA 4LS0A 2ZZ4A 3G1SA 3F03K 4MUZA 3PG8A 4NXKA 2RDTA 3NG3A 4LS2A 1R2TA 3L0NA 3TFXA 4HT3A 3N9SA 3IIZA 1OABA 3DFSA 4UTHA 2QCGA 2E6DA 1MEHA 3M1ZA 4QISA 1H7PA 1XFBA 2QJHA 5D05A 1ICPA 3W1QA 5KINA 4LVDA 1JCXA 1L2UA 3LB0A 4WXYA 3SIZA 2BLEA 3N73A 1LOSA 2P0OA 1YXCA 3NQFA 1O60A 3N3MA 4NNAA 4UFIA 5DBTA 3W1UA 1IIGA 1H63A 3W86A 3TH6A 4ZQNA 1KFCA 3C8FA 1AW1A 1XC4A 2XN1A 3NPVA 3DFTA 3ZS4A 1KM6A 3FOKA 4LNYA 4TO8A 4HIBA 1I2RA 5DXYA 3CQ0A 1GTEA 2Y61A 3V75A 1OG0A 5AC7A 3UZJA 3L5MA 4JXCA 3BVJA 3HO8A 1OFQA 4DO5A 1NSJA 2UV8G 4R33A 1NF0A 1W5NA 3C52A 3S8HA 3L0KA 3S5YA 4JTSA 4ADUA 1JCNA 2QCLA 3NDOA 1CI1A 2ZRZA 1VCFA 3DENA 3QFEA 5D32A 1TV5A 3G1VA 3L67A 3A24A 1TQXA 2FDSA 4NJJA 3LV6A 2V2CA 4KFOA 5E93A 1KLZA 3NAVA 2DZWA 3N14A 2VFFA 1FBAA 2E68A 1NEYA 3FEMA 4FEZA 1H61A 3PSVA 3HB9A 5SWUA 3QW4B 5KZDA 1DV7A 4JN6A 4LRTA 1FCUA 5AHEA 2W6RA 1SW7A 4IX2A 3FKRA 5EKYA 3EXTA 1FXQA 5FI8A 3NQ6A 3RU6A 3WK3A 3UYCA 3H55A 1BTMA 4BWLC 3B4UA 3B8DA 1EWDA 1HL2A 4K7VA 4LVAA 5LHFA 3OIXA 1YDNA 1G4SA 1JCLA 3W07A 5LKYA 3UY8A 4Y90A 3LBMA 3W1LA 1M7OA 3EEGA 1JQXA 2F7FA 4FX7A 5FF4A 5K7JA 1W54A 4NU7A 5LSMA 1GQNA 1G6CA 1PS9A 4XZ9A 5LGZA 1XUUA 2V9DA 1DQWA 1XCFA 5L9FA 1JVNA 4JTIA 1JQVA 4QQ3A 3TKFA 2GJNA 4QM1A 4FNRA 1PHWA 1THFD 2VEPA 1KM5A 5KMYA 2Q3RA 1EP1A 3HF3A 3KRSA 3FLUA 1Z41A 3LHZA 3LDVA 5HMSA 5KZEA 1Z44A 4JTLA 3SECA 3G1AA 5I3HA 3UY7A 2ALDA 1XBZA 1TTQA 1LLZA 4R7JA 4Y9AA 4O1AA 3UNDA 4NJHA 2Y7EA 5DCBA 3W75A 2X2GA 4WD0A 1U5JA 2Y70A 4JTEA 4O1DA 5D2TA 1FDYA 3MMTA 1M5WA 4M19A 2PCQA 1IXQA 3NQDA 4UTIA 2LLEA 3OVRA 4AHQA 3U8GA 4N9DA 2B7OA 1K8ZA 1G4PA 3IIXA 1QMLA 3UWWA 3GKFA 4DQWA 3P8JA 2Z6JA 3DKJA 3ANYA 3G3DA 3THAA 4O53A 3S5ZA 1OYCA 2G95A 3HPSA 2B4GA 3L5LA 3CM4A 4CCCA 1H7RA 2PURA 3O8AA 1D9EA 1FWTA 2ZYFA 2ATMA 4H3DA 3TSBA 1O5KA 3W87A 4FX6M 3W22A 4IOTA 3LXCA 4IXHA 4AF0A 3P5ZA 4HNVA 1OF6A 3PF3A 1IGSA 3E96A 4JD4A 3EWYA 1XI3A 1L9WA 3BG3A 3NL3A 5LNSA 1OVDA 3HIJA 1TPB1 3MW7A 4HNUA 4XUGA 3LHVA 3LCIA 2PRHA 4KWVA 4N9BA 4JEQA 4PTNA 1EP2A 3DHFA 2QAFA 4OV4A 1A50A 2OT0A 5D2YA 3QEZA 4XKYA 1UUOA 1D3HA 2VFEA 3LI0A 1TV8A 3TQKA 1DORA 4X2RA 3THQA 2NX3A 4A3UA 1F6KA 4MVAA 1R30A 1IIHA 3LHWA 5AN7A 1B3OA 4UR8A 3QC3A 5DY2A 1KW1A 4QITA 5E1QA 4O54A 4NVTA 1W3IA 2A2IA 2NUYA 4FB7A 2WSQA 3W3OA 5CSRA 3U6WA 4TIMA 1TRIA 3PBWA 1TTIA 3VKJA 1S5TA 1UBSA 1RD5A 3UWYA 4X9SA 3SSJA 5HULA 3TJLA 4FO4A 4XTIA 1EEPA 1XXXA 5K3VA 1LLWA 3EXSA 1DOSA 2Y88A 2Y7DA 3EKZA 4O10A 3W7IA 2ZZ2A 2E5DA 3NR0A 1IXNA 3T7VA 1ALDA 1OX5A 2FIQA 3WK0A 3QW3A 1KFJA 3IGXA 3P67A 1QPNA 2ISSA 2PRLA 3TK7A 4K8EA 4RXFA 1VCGA 4BK9A 1FCQA 4QAIA 5AYXA 3M9YA 1PV8A 1UCWA 1IXOA 3CTLA 1FWSA 3OBKA 4E38A 1MEWA 2XN2A 4PFMA 3NPWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLI A;  3WNO A;  4E3T A;  3OYZ A;  1UWU A;  2WZT A;  4F0M A;  4QS5 A;  1BLI A;  3UGR A;  3BLF A;  1DWF M;  4HQV A;  4MWA C;  4CEX C;  1WAU A;  1TWZ A;  4O14 A;  3KL3 A;  3N34 A;  3TA6 A;  3CWO X;  2ZC8 A;  2VCB A;  4HHP A;  1ML1 A;  1WXJ A;  3SUS A;  5LIW X;  4ATL A;  4AEO A;  1ZL1 A;  1TJ1 A;  2X30 A;  2AL2 B;  4DZ5 A;  3SJ3 A;  4MNK A;  3O6Y X;  1B4E A;  1YXD A;  3PUL A;  4US5 A;  3Q58 A;  1ELS A;  1GG1 A;  4DWS B;  2I17 A;  4XAG A;  4GVI A;  3EOE A;  1CGX A;  5DQP A;  3ZZ1 A;  1J0H A;  4CUC A;  1GZG A;  2GGG A;  3GND A;  4EAN A;  4RL3 A;  2FHF A;  3C2O A;  2Z28 A;  1EPV A;  1ONW A;  4QBX A;  1FWR A;  1W0M A;  2GK1 B;  4B5V A;  1ESW A;  3B0U X;  3AI0 A;  1KFL A;  2WZH A;  4DBD A;  4UTL A;  4QP0 A;  3NSM A;  3HG2 A;  3E12 A;  2ACR A;  2BOG X;  4MNJ A;  4F0R A;  4QRN A;  2XPK A;  1LT8 A;  2OWC A;  2V69 A;  2ZZ5 A;  5EA9 A;  1PL9 A;  3N6J A;  2J27 A;  5A6K A;  1K4G A;  1GEQ A;  4MB4 A;  3W0K A;  3W2M A;  4QE4 A;  2OXN A;  4UFH A;  3SZ8 A;  4QG6 A;  1Y0E A;  1TPD A;  4ENL A;  2A7R A;  1NY1 A; 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