2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
50100150200250300350400020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
2D1ZA 1W1YA 3BAKA 3CBWA 4GI8A 4MDOA 3EDFA 1LQ0A 2DGAA 4UQEA 2PWEA 4WSKA 2VZUA 2EPKX 4FLOA 4Y7EA 1GHRA 4P8UA 1WAWA 1QBBA 1VEOA 2ZUVA 3K4DA 4ZFMA 2AAAA 3BAJA 1QHOA 3BGAA 2XFYA 2WMKA 5EFFA 2XVNA 1VEMA 2VRQA 3T2QA 4KGJA 4P8XA 4ATDA 2WMGA 3AFBA 4ACYA 1CXEA 1R7AA 3TONA 4IISA 3WSUA 2D22A 3KWXA 4AIOA 3AS0A 4WKHA 1FH7A 1GJWA 1Y7VA 1FH9A 4UFMA 3GZAA 4C7DA 3DYMA 4CVWA 2DT2A 1UR0A 5E6ZA 1V08A 3KL0A 1CXLA 1HN1A 1QNQA 1OWQA 4D6IA 3AQUA 3GXMA 2YL5A 4GQQA 4JKMA 3WL0A 1CENA 3MUZ1 1OINA 3PTKA 2WC4A 5CZKA 3BCDA 2ZX8A 2ZOXA 3CUIA 5I6SA 4J28A 1TFVA 1VBUA 4DM1A 3VTRA 3WN6A 4M82A 4IUGA 4W88A 1Q6CA 1HF6A 2EPMX 2WC3A 2WXDM 3L4VA 4GZEA 1ISWA 3WQ4A 3GXDA 1H0IA 3WQ6A 3WUEA 3T0BA 4CCCA 4BCEA 4UOQA 1J0HA 1V6XA 3ZJ7A 3VIOA 2GJXB 1CPUA 2QV4A 3AIQA 1KXTA 1KXQA 2W66A 4HMCA 3ARQA 1XYFA 5FIPA 5LYRA 2J4GA 4P7OA 3AI0A 4LXFA 1OD0A 5IHRA 2W67A 4PEEA 1LF1A 4HU8A 4UQDA 4AZ6A 3BXWA 3NSMA 3W81A 1GNXA 2W92A 3ALGA 4HP5A 5HNNA 2VZSA 1H4PA 2OWXA 1ODUA 1BAGA 2BHZA 4PTWA 4TX8A 1B3ZA 3ZT7A 3NSNA 3DHPA 4LYQA 1QNPA 2PWGA 2QMJA 1OCQA 3VGHA 1W1VA 4D6JA 1LJYA 3A3HA 2XIBA 3WEMA 4W86A 1X1NA 3WD1A 2UY3A 2YJQA 4MNKA 1NH6A 4E8DA 2X1IA 1JYNA 3CPUA 1V3LA 1ZBWA 4NZCA 3SUVA 4OZOA 3K46A 4JIEA 3FNDA 2ZXBA 2UY2A 5M3WA 1VFMA 2PB1A 3LPFA 2ESCA 2D0FA 4FMVA 4XB3A 2J74A 2YBUA 3K8KA 3RM9A 2E9BA 1BF2A 1TA3B 4AD2A 1UWIA 2NW0A 1MXGA 4WKFA 2WNWA 1EQCA 1GPFA 3AHZA 3HMCA 5JBDA 4Z2GA 4PMZA 2NT1A 3SCTA 3NYDA 3WEOA 4OBRA 4WK9A 2X05A 2WAGA 1E3XA 1GOWA 1UWUA 4F9DA 1QNRA 4P8VA 4HPHA 4D6DA 3KE0A 2ZXQA 5IFTA 4PMYA 2VVNA 2YLAA 1QHPA 3HJEA 3W29A 3ZJ8A 4D6GA 4AZGA 1G0CA 1KGXA 1G5AA 1UR9A 2CETA 3ARTA 2GVYA 1MW0A 4MB5A 2WMIB 3WMCA 1EXPA 4XZWA 1E4IA 3ARRA 1MWOA 5CJ5A 2VJXA 4OIFA 1UYQA 3WD3A 2PBOA 2DSUA 1QI3A 4KH2A 1GW1A 2VTFA 3RJXA 2PWDA 3WF4A 3KEHA 3QHMA 1KGWA 4D71A 1JDCA 4ZEPA 1CGVA 2FH8A 2BHYA 4B3LA 2ZWYA 3GH7A 2J75A 2J77A 5CLWA 1AVAA 1J0KA 2D3LA 2XGIA 1PZ3A 1UR2A 2A3EA 3AYSA 3VX1A 4AXNA 1V3MA 4C7GA 5I79A 1EQPA 3VDHA 2EPNA 4WLCA 4AZCB 2BY3A 3AXXA 1M01A 3ZT6A 3B9DA 1GQJA 2VCBA 3RILA 4UOZA 1JZ8A 1JNEA 1BFNA 3N15A 1ZBKA 1ISZA 2IXUA 2XVGA 5KZ6A 3AHVA 2CBUA 1V02E 3AMLA 2UWFA 1LWHA 3CZEA 1UKSA 3ZIZA 2YOCA 2WZEA 1ISXA 3N12A 5A6MA 3BLKA 1BGAA 1OBAA 4UCFA 1VF8A 1JG9A 3MMWA 3A47A 3M7SA 3WY1A 2WANA 1GJUA 3VIHA 3EDJA 3ZO9A 4V27A 3O9NA 1CXHA 5C8BB 2D24A 2W61A 2CXGA 5TD4A 1V0LA 1WDQA 7TAAA 1PBGA 5AY7A 1B0IA 3ZR6A 3OLGA 1UHVA 2WSPA 4V28A 3W6MA 2VL4A 3U5YA 2O9RA 3NIYA 3RDKA 2HISA 2W4XA 2TAAA 4JHZA 1CTNA 4MB1A 4CD7A 3N04A 1JFXA 4E8CA 4DUXA 4W85A 5BYWA 1ZBCA 4W8AA 4W7UA 4AEFA 5D8ZA 4AZBA 1WKYA 3L4WA 3NUKA 4PUEA 2BY1A 1GQKA 5CGMA 4P7QA 4MB4A 3F4VA 3GXFA 4IPLA 1GVYA 1DTUA 1EIBA 3FY1A 3VIJA 1ESWA 2J62A 4ZE5A 2BY0A 3F5KA 3A4AA 5IXEA 1HJWA 4TX6A 4A4AA 1PAMA 5HOSA 2WB5A 1B2YA 2ZX5A 1UZ4A 8CGTA 2OYMA 1V0KA 3TOPA 5CSUA 4PMOA 4HOZA 3WQVA 4J27A 1KFWA 4XX6A 3PZTA 5A8MA 2PBGA 1HKKA 2J78A 1GUVA 4RE2A 4PTVA 3B9AA 3ZMRA 3SUTA 1JXKA 1CLXA 4DM2A 1TG7A 3T2OA 5JBEA 2WHJA 3A6OA 1JDDA 4EAMA 1E9LA 1UWTA 1E1EA 4UFIA 3IJ8A 3AZTA 3POCA 1IT0A 1OB0A 4W7VA 2BVTA 4CN4A 2JALA 2WHMA 1Q6FA 3ARPA 4HMDA 3VGDA 2ZE0A 2DSWA 2JE8A 2WVTA 3W37A 2OSYA 4WF7A 3VDBA 1XHGA 4HA4A 3LPGA 2XPKA 4H8VA 1B3WA 1LL4A 3PZGA 1EHNA 1OIMA 3AIUA 3ZM8A 4H8UA 4AWEA 1OT2A 5BXSA 4UNIA 2OWCA 3PN8A 3PZOA 1UWRA 4CD4A 1UKTA 3HN3A 1RP8A 3ECQA 4U2ZA 5GNYA 1TUXA 1UWSA 3GH5A 3QOKA 1KBBA 5I78A 2VCCA 3CZKA 2QLYA 1V3KA 4JFVA 4UTFA 3TTOA 6TAAA 1WZAA 4B15A 3FAXA 3WL1A 1EO7A 2FGLA 1OSEA 2ZUMA 4RE3A 2PC8A 3OLEA 2Y24A 3WNLA 1OGGA 6A3HA 4QCEA 1W3JA 1K6AA 1EDTA 1HVXA 3AHTA 4H8HA 4HTYA 1KB3A 1KQZA 4DWSA 1JI2A 1GCYA 3AMCA 3SCNA 1JZ6A 2W5FA 4B16A 1QBAA 3A4WA 1WZKA 3AOFA 1CXFA 1E0XA 2XJ7A 2J8GA 1YHTA 2XG9A 1H2JA 2W62A 2WLYA 1J10A 1VENA 3FHQA 5A2CA 2EO7A 1HNYA 5M17A 3U57A 3VD4A 3TA9A 1D2KA 2CERA 3CZJA 3ZOAA 1JDAA 4Q22A 3VIGA 3MU7A 3W6LA 4ACZA 4C7FA 3GH4A 2V3GA 1GOQA 4AIEA 2O9OA 4B3KA 5KEZA 1B9ZA 1CGTA 5ABGA 3ARXA 2VURA 3UG4A 3BCFA 3MV01 4BS0A 3WDPP 4FLRA 4TVUA 3GBDA 3UR8A 4ZE4A 1UG6A 3VDCA 4GQRA 4QLJA 4S3JA 2BY2A 5FD0A 1GOOA 1WE5A 3M6DA 2BFGA 3RCNA 3WDHA 4L4OA 4PSPA 1BYDA 1JAEA 1UH4A 2Y5EA 5CXPA 1A3HA 2A3HA 2XGBA 3GTNA 4M1RA 4HMEA 2WCAA 1U30A 2GFTA 3G6LA 5EB8A 1DHKA 3WDQA 4KRTA 5A8QA 1PZ2A 1XV8A 2WVVB 1ZU8A 1KGUA 1W9BM 4WJXA 4JFWA 3SUSA 1LG2A 1Z32X 1TVNA 4UZUA 3RM4A 1JI1A 3AXHA 3HU7A 1QNSA 4X0NA 3BMVA 1J0IA 1HJVA 1C93A 4W93A 5A6KA 3VU2A 1RH9A 3W24A 1VBRA 3DYOA 1C7TA 2PI6A 3KZSA 2F61A 3ZT5A 4J3UA 5I0DA 4UR9A 3APGA 2GK1A 3WF3A 3II1A 2XSBA 1E72M 1MW3A 1XH1A 3LPPA 1BVZA 5CPTA 5D8WA 2EXOA 3WQWA 1TZ7A 2D2OA 4BZYA 1AQHA 5CSYA 1E1FA 2CKRA 4J3XA 3VINA 1D7FA 1CBGA 4PUDA 2WYSA 2C0HA 4MTVA 1FH8A 4D6EA 1FA2A 2WSKA 5BXPA 4B9ZA 1UR8A 3VGEA 4BF7A 5HBFA 1OM0A 1W91A 2IXVA 2DQXA 1C3FA 1JZ3A 1K9FA 4YN5A 2W91A 1XGZA 3SCSA 3UCQA 4GKLA 3W82A 1JYVA 5F7UA 4JFTA 3OG2A 1XSIA 3CUFA 4JL2A 3W25A 3LPOA 4YPJA 1CNVA 3BC9A 1SFSA 3OGVA 4N42A 1PX4A 1UH3A 1V0NA 3K4AA 1W1PA 3UR7A 4AYSA 2J7BA 1ZJBA 4TXEA 3WQ8A 1GQIA 5IFPA 2JIEA 4MB3A 2XWEA 5ABFA 4DUWA 1XH2A 7CGTA 4W84A 5E70A 4GZIA 4OOUA 4OUEA 4Q7NA 1UQZA 5ECUA 4JFUA 2IUZA 5A8OA 1PJ9A 3I3EA 1PPIA 5A6BD 2DDXA 1W3HA 1E5JA 3MMDA 2YL8A 2OSXA 4CCDA 1F4AA 1QI2A 1WZMA 1UQYA 1BPLB 3IK2A 3VD3A 1UD5A 1JGIA 5A2AA 1WO2A 1A47A 4MJ2A 2AOSA 1TR1A 1R87A 4W89A 5HPOA 1JD9A 4X0VA 1P6WA 5EMYA 5EBAA 3ZSSA 1JF6A 2YL9A 1E56A 2B31A 3ZJKA 1V03A 2WVSA 3PHAA 1D3CA 3BAWA 2XIIA 8A3HA 1MYRA 1E5NA 3SEPA 1KXHA 2VO5A 4P7NA 3WF1A 3IAQA 1B3YA 1NWSA 2CNCA 3WF2A 4NI3A 2XM2A 2GUYA 1NARA 1UA3A 2F8QA 4AEEA 1HX0A 3FW6A 3L2MA 1JZ2A 3T0DA 4NSBA 3VGGA 4NF7A 2J7EA 2E8YA 4ATLA 4QP0A 3UERA 4TTGA 2ZUTA 1H11A 2ZX6A 3SUWA 1NWTA 2WWCA 2BXYA 1JAKA 4PMVA 3ZSTA 3DC0A 5I5RA 2VZVA 2WMFA 1VJZA 1JIBA 4GI6A 3UG5A 3VPLA 5D4YA 3CTTA 3G6MA 1K9DA 2OWWA 2DSZA 3VNYA 1OT1A 4AMCA 1ECEA 4LYPA 3LMYA 5HXMA 1LL7A 3MO4A 2EJ1A 5FKYA 2WHKA 4PSRA 4U2YA 1E6ZA 3B8SA 1RP9A 2J79A 1WDRA 2CHNA 3GNOA 3VMNA 3WIJA 4ZXOA 1J0JA 1R86A 2CCRA 2WMHA 4EK7A 3WH6A 1O6IA 1ZL1A 4EANA 2HVMA 1VAHA 4AZ7A 2CYGA 4TTUA 4JCMA 4HPGA 3PZNA 3RIKA 5BROA 2UY5A 1EA9C 3U7VA 3MSGA 3ARUA 1KCLA 2ZICA 3CLWA 3SCOA 4RL3A 5AYIA 3L4TA 4PMNA 3MV11 4X9YA 1NQ6A 1DWAM 1PIGA 1WB0A 4CKQA 3FAWA 1E40A 1RPKA 1JYWA 2FH6A 1E6PA 4PCSA 3AZRA 3L4YA 4E4PA 5A6AA 1NM9A 2VMFA 2WBGA 1HKMA 3BLPX 2BV9A 1HP4A 3AISA 4QFUA 3AS1A 4CU6A 1E70M 5E0CA 1UKOA 4D6FA 1PX3A 3RMEA 1ZJAA 1UR1A 3WUFA 3OZPA 1HT6A 1UZ1A 2PWHA 3IJ7A 3BAYA 1NOFA 1R85A 4PTMA 1UD6A 3IJ9A 4JKKA 2VZTA 3WNPA 3TTQA 1B31A 2RGMA 3U5UA 1XH0A 2NT0A 1GOIA 1B3XA 1FP9A 3CUHA 4YHEA 5LA2A 1KBKA 3OIHA 3VMPA 2GK1B 2VCAA 1B90A 1J0YA 4GI9A 5LA0A 1PX8A 2Y8VA 1KWGA 1E71M 5I23A 3CH9A 2DT3A 5I77A 4J3WA 1NWRA 3WDIA 2Z1KA 3OGRA 1HIZA 3AXIA 1JD7A 1TMQA 2XWDA 2G4FA 1UH2A 3VIKA 4BQ3A 4CUCA 4QLLA 4K68A 1WDPA 3SURA 3POHA 2ZXDA 1J9YA 2XFRA 3EDDA 3U7BA 1FOBA 1VFOA 4AD1A 3W4RA 3N9KA 2XSAA 4UOJA 3OGSA 5IHSA 1UD2A 2G8ZA 2J25A 3NJ3A 3AYRA 3PZIA 2DIEA 1G9HA 2DPEA 1IV8A 3KL3A 3W0KA 4BA0A 1H49A 1SMDA 3WD2A 1LLOA 3N17A 5EFDA 2CITA 1MXDA 2EQDA 3IAPA 1B3VA 2ZUSA 4MAZA 1DWJM 1XRVA 2E9MA 1J12A 3SCPA 5DT5A 2OYKA 2YBTA 3UESA 3S2CA 1W9PA 4KGLA 3WNMA 1V3IA 4MAVA 3ALFA 1OD8A 1R7OA 4AIUA 5I2UA 1UR4A 4Z2HA 3VIIA 1E4MM 4AC1X 2WBKA 3MUIA 5BRPA 3PTMA 4U31A 1HP5A 4WSJA 5CPQA 5JIWA 4UQBA 2V5DA 3VDAA 3AHYA 1WPCA 4U33A 4W7WA 4HA1A 4CCEA 3AS3A 2GJRA 1BHGA 2EPOA 3AIEA 5FL1A 3L4ZA 1E43A 3DYPA 3VMOA 1CGUA 3QGVA 2DSVA 3AHXA 1E6XM 2ZUUA 4GXPA 3N13A 4CVUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2D1Z A;  1W1Y A;  3BAK A;  3CBW A;  4GI8 A;  4MDO A;  3EDF A;  1LQ0 A;  2DGA A;  4UQE A;  2PWE A;  4WSK A;  2VZU A;  2EPK X;  4FLO A;  4Y7E A;  1GHR A;  4P8U A;  1WAW A;  1QBB A;  1VEO A;  2ZUV A;  3K4D A;  4ZFM A;  2AAA A;  3BAJ A;  1QHO A;  3BGA A;  2XFY A;  2WMK A;  5EFF A;  2XVN A;  1VEM A;  2VRQ A;  3T2Q A;  4KGJ A;  4P8X A;  4ATD A;  2WMG A;  3AFB A;  4ACY A;  1CXE A;  1R7A A;  3TON A;  4IIS A;  3WSU A;  2D22 A;  3KWX A;  4AIO A;  3AS0 A;  4WKH A;  1FH7 A;  1GJW A;  1Y7V A;  1FH9 A;  4UFM A;  3GZA A;  4C7D A;  3DYM A;  4CVW A;  2DT2 A;  1UR0 A;  5E6Z A;  1V08 A;  3KL0 A;  1CXL A;  1HN1 A;  1QNQ A;  1OWQ A;  4D6I A;  3AQU A;  3GXM A;  2YL5 A;  4GQQ A;  4JKM A;  3WL0 A;  1CEN A;  3MUZ 1;  1OIN A;  3PTK A;  2WC4 A;  5CZK A;  3BCD A;  2ZX8 A;  2ZOX A;  3CUI A;  5I6S A;  4J28 A;  1TFV A;  1VBU A;  4DM1 A;  3VTR A;  3WN6 A;  4M82 A;  4IUG A;  4W88 A;  1Q6C A;  1HF6 A;  2EPM X;  2WC3 A;  2WXD M;  3L4V A;  4GZE A;  1ISW A;  3WQ4 A;  3GXD A;  1H0I A;  3WQ6 A;  3WUE A;  3T0B A;  4CCC A;  4BCE A;  4UOQ A;  1J0H A;  1V6X A;  3ZJ7 A;  3VIO A;  2GJX B;  1CPU A;  2QV4 A;  3AIQ A;  1KXT A;  1KXQ A;  2W66 A;  4HMC A;  3ARQ A;  1XYF A;  5FIP A;  5LYR A;  2J4G A;  4P7O A;  3AI0 A;  4LXF A;  1OD0 A;  5IHR A;  2W67 A;  4PEE A;  1LF1 A;  4HU8 A;  4UQD A;  4AZ6 A;  3BXW A;  3NSM A;  3W81 A;  1GNX A;  2W92 A;  3ALG A;  4HP5 A;  5HNN A;  2VZS A;  1H4P A;  2OWX A;  1ODU A;  1BAG A;  2BHZ A;  4PTW A;  4TX8 A;  1B3Z A;  3ZT7 A;  3NSN A;  3DHP A;  4LYQ A;  1QNP A;  2PWG A;  2QMJ A;  1OCQ A;  3VGH A;  1W1V A;  4D6J A;  1LJY A;  3A3H A;  2XIB A;  3WEM A;  4W86 A;  1X1N A;  3WD1 A;  2UY3 A;  2YJQ A;  4MNK A;  1NH6 A;  4E8D A;  2X1I A;  1JYN A;  3CPU A;  1V3L A;  1ZBW A;  4NZC A;  3SUV A;  4OZO A;  3K46 A;  4JIE A;  3FND A;  2ZXB A;  2UY2 A;  5M3W A;  1VFM A;  2PB1 A;  3LPF A;  2ESC A;  2D0F A;  4FMV A;  4XB3 A;  2J74 A;  2YBU A;  3K8K A;  3RM9 A;  2E9B A;  1BF2 A;  1TA3 B;  4AD2 A;  1UWI A;  2NW0 A;  1MXG A;  4WKF A;  2WNW A;  1EQC A;  1GPF A;  3AHZ A;  3HMC A;  5JBD A;  4Z2G A;  4PMZ A;  2NT1 A;  3SCT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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