2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
2W91A 4JHOA 5A69A 3ZO9A 1ESWA 1PX3A 3WH5A 3WMCA 5ABHA 3RPMA 1GZJA 4OUEA 4W85A 1HXJA 3W0KA 1NM9A 1C92A 3FAWA 1LWHA 3WH6A 1HJUA 4MB5A 1HJVA 4JKMA 1H2JA 3UETA 4D6HA 4PUEA 4BF7A 1GONA 2YL6A 5BCAA 1E55A 3M7SA 4AC1X 1JXKA 1WP6A 3RJYA 1W1PA 3N1AA 4DM1A 3F5LA 4H2CA 2CPUA 1UD4A 5A8NA 4CKQA 2XYLA 3DHUA 3CHFA 3F4VA 2DSUA 1V03A 1JZ8A 1BVZA 2WVVB 3MMWA 1XRVA 3SEPA 4K68A 1R87A 3WF4A 1MFUA 2J7BA 2ZXDA 2DDXA 3GDBA 3GNPA 3WDRA 2YBUA 1B90A 9CGTA 2E8YA 5CSYA 1C93A 3N13A 4KWUA 3NSNA 2E4TA 1KWGA 3CZEA 4JFSA 2XWEA 4MADA 2FHCA 1UWTA 4AIOA 2BHYA 5A8MA 1XV8A 3IAPA 5BRPA 2GFTA 1R8LA 1UA7A 4MAVA 3KEHA 2D0GA 1JAKA 1CGWA 2JE8A 1GQKA 2D23A 3CUGA 2HVMA 2ZUVA 4YN5A 3EDKA 2DQXA 2GK1B 3A4AA 2VX4A 5LA0A 1FHDA 4UZSA 2FH8A 4H8HA 1EDQA 1W2VA 3G6LA 1CDGA 4CVUA 2F8QA 3WQ4A 4BQ2A 2YJQA 2XVGA 2W92A 4MJ4A 1VEPA 5HPOA 4ZE4A 4JHZA 5C8BB 4S3KA 4C7FA 1GUVA 1GQIA 3UESA 1QW8A 5C70A 4L4PA 3UG4A 4WIWA 3WKZA 3EDDA 2WBGA 3ARXA 2QLYA 1JYVA 2VX6A 3MV11 4M1RA 1J10A 2GJXB 5AC4A 4D71A 1TG7A 2NT1A 3B9EA 1JDDA 3VOCA 1UD5A 1BLIA 5DT7A 2WC4A 1GOMA 4XUYA 2J78A 3AQUA 2J7EA 3CIVA 1KGXA 2XVPA 3II1A 5I6SA 2EPKX 5FL1A 4CUCA 1V3JA 2DT0A 4J3WA 2WMGA 1MXGA 1E4LA 3CH9A 3GXMA 1UHVA 1CLVA 4M56A 2DIJA 2WSPA 2IUZA 1CPUA 1N82A 4JZ5A 5GNZA 1G5AA 3ECQA 1BPLB 1XSJA 3AIBA 3KE0A 2DH3A 3W25A 1CYGA 3T2PA 1XD0A 3MUAA 5BYWA 1E6RA 2XM2A 1JZ5A 2WMJA 1TVPA 5CLWA 5I0DA 2WHMA 5A2CA 1EA9C 4U33A 2BVYA 3CO4A 1HJWA 1B3ZA 4DUVA 2G3MA 3FAXA 1UKPA 2WYSA 3AISA 3CLWA 4UQAA 5A8PA 3CHCA 1HJSA 2X8RA 3NIYA 2EPLX 5F7UA 4AY1A 2BVTA 4PMYA 2ZXBA 4HPHA 4D1IA 3VIKA 1GOIA 5HXMA 3U5UA 1QNSA 4ATLA 4WF7A 4JFWA 5AC5A 1U30A 4D6IA 5DT5A 1OIMA 1ITCA 3MUY1 4B9YA 4UOZA 1VENA 5HBFA 4HMEA 3VD9A 2FDMA 1LG1A 4W8AA 5A6SA 2CITA 2VZSA 3ZT7A 3SCUA 2WANA 2X0HA 2XVLA 4GI6A 4Z2IA 1CENA 4MB3A 1PX4A 2BVDA 1E4NA 1CGUA 3EBVA 2VCBA 2G3NA 4DWSA 2WAGA 3BLPX 4PCTA 1YHTA 1XSKA 2AMGA 4W86A 3VKKA 4FK9A 5FD0A 3K8MA 1HP5A 2PB1A 3RO8A 3W38A 1DP0A 4Z2LA 2BV9A 3L2LA 1MW1A 3T0DA 4EE9A 2PWGA 3WMSA 3FHQA 4GI9A 1CXHA 1QI2A 2EPNA 3B9AA 1J0IA 1NQ6A 1G0CA 1E0WA 1S46A 2DT1A 3THDA 3CPUA 4MAZA 2DPEA 3DHPA 4BCEA 5M17A 2GJRA 2D3LA 1FH9A 4FF5A 2WB5A 2YA1A 3UCQA 3W26A 2YDRA 2WMHA 2W62A 3ARPA 5M03A 5CPSA 2EJ1A 5E70A 5GQBA 4V28A 2J7FA 2WVTA 2A3BA 1JYWA 5BXTA 1YQ2A 3M07A 1QOXA 5IHRA 4H41A 1UWQA 2A3CA 1EH9A 1QNQA 2CBVA 2EBNA 2WWDA 5A94A 4JIEA 4FLSA 4NF7A 1ZBWA 2YLLA 4JFVA 2VL4A 2W5FA 3VTRA 2VVSA 4U2ZA 3PZOA 4DWSD 2J7HA 4Z2KA 1BYDA 1QHOA 4CU8A 1ODZA 1EOMA 1LQ0A 2E8ZA 1JIBA 1OM0A 2EQDA 2J8FA 1JD7A 3IJ7A 1CZ1A 3VILA 1BG9A 4M29A 3GXIA 1JZ3A 5CZKA 1W3LA 1H4PA 1CGXA 1JDAA 1E0XA 1XD1A 1Q6FA 1CGYA 1BF2A 2VJXA 1XYZA 3GH4A 2VQUA 4M24A 3TA9A 2FHBA 3BAKA 1KB3A 3GM8A 3VGBA 5A8QA 3N11A 5CPTA 1R7AA 2VUYA 1ZBKA 3BAXA 3SCQA 1C7SA 4AZCB 4OBRA 1PJ9A 4GO8A 1UR1A 4NZCA 5ABGA 5D9NA 3WBAA 3AICA 1EDTA 2QV4A 2AOSA 1V6YA 2YDSA 1IT0A 1VIWA 2D22A 2ESCA 3CZKA 2BY1A 1H5VA 3VIOA 4AWEA 3AXHA 1RD6A 3IJ9A 4DUXA 5IFTA 2XUCA 5LA1A 3AMLA 5GNYA 4OZOA 1NP2A 3VM7A 1KBKA 4YHEA 4D6FA 4PMUA 3DC0A 3WF3A 4ATWA 3AHTA 2CKSA 2J7DA 5DFAA 5LYRA 2WVSA 3BXWA 3GYCA 4TX8A 8CGTA 1EO7A 3MUIA 1E3ZA 1JF5A 2FGLA 3ZMRA 3WUGA 2VZTA 1PAMA 3NSMA 2W61A 1BVNP 4UOQA 2OSXA 4WKAA 3S6TA 3NDZA 3WUFA 4JCMA 3AZRA 1E6SM 4IPNB 1VFOA 1V3LA 3IAQA 1MQRA 2BY3A 2E40A 3SCRA 4PRWA 5CLTA 1C7TA 4M81A 2OYKA 5GNXA 3GXFA 1M04A 3OIHA 3UG3A 2JIWA 4OOUA 5CSUA 3KWXA 4XZWA 4HU0A 3SUWA 5BXRA 1DHKA 4PTVA 4PMRA 2WHLA 1E0VA 5DMYA 3F5KA 4CD6A 1UR8A 4D6DA 5EBAA 1JXJA 4W8BA 1VB9A 3WMBA 1GVIA 5EFDA 4E8CA 1FHLA 3MUZ1 1JD9A 2TAAA 1E4IA 1ZJBA 4J3SA 1V02A 1GJWA 1X1NA 3A3HA 3I3BA 2PF0A 4D1JA 5E0CA 4OKDA 3WNOA 1PIGA 4ZE5A 3ARSA 2V5CA 2V3FA 1D3CA 3N15A 1E4MM 2ZX7A 3EMQA 1XCWA 1OGGA 3CUHA 1HKMA 2WM0A 4UNIA 1QNPA 3JUGA 3VMNA 1HJQA 3WDJA 3GTNA 3WQ8A 1QI4A 3CZLA 3A6OA 2WMFA 3WEMA 1VFFA 3MKKA 5C71A 3GNOA 5CG0A 5HOSA 3IJ8A 3ZSSA 2CETA 1MVYA 2V3DA 2YKKA 1LL7A 3AXXA 4HZ7A 2VVNA 1W3JA 1Q6GA 4AD5A 3NYDA 1EQCA 2D0FA 5CJ5A 3PZTA 1QBAA 2VTFA 1B3YA 3LPGA 4QCFA 1PPIA 4UFLA 2DEPA 3MS8A 4N42A 3WD2A 1FOBA 3WQ6A 5ABFA 5I78A 4AD0A 5A2BA 4KMQA 4PTWA 1OBAA 4P8WA 4W89A 1G94A 1U33A 4W7WA 3VD5A 2WC3A 2XSAA 2X2YA 1E3XA 5A6MA 1VBUA 1H49A 3UR7A 2V5DA 1M03A 1ZS2A 1Y7VA 4ZEPA 3VINA 1FA2A 3RM9A 1JI1A 3SIMA 3WQ5A 4MNKA 2XJ7A 2PI6A 1DWAM 1E6NA 3VIMA 2XVNA 1PX8A 3AHYA 5A1AA 4NSBA 2NW0A 1ZJAA 3TOPA 4PTMA 1QI5A 3UG5A 4X0NA 1R85A 1WDSA 1OD8A 3WNNA 1KWKA 1TE1A 1H1NA 3WDHA 3EYPA 1DWHM 2VCCA 6A3HA 1RPKA 4YHGA 3FY1A 3AMCA 2VMFA 5E09A 4BQ3A 4H8VA 1J0HA 1KFWA 1CGVA 2VT0A 4HZ8A 1XH2A 3UERA 2W67A 2PWFA 1RH9A 4CVWA 4KRTA 1QBBA 4GQRA 4TX6A 5AYBA 3W29A 2O9TA 2G3JA 5JIPA 3WF1A 1XH0A 3B8SA 4HZ6A 4X0VA 1EO5A 2VCAA 2ZE0A 3K1DA 1LG2A 4LYRA 4V27A 1QHPA 1MFVA 1BYBA 3T0AA 1XYFA 1BTCA 2G3IA 3DYPA 4W7VA 1B3WA 1BFNA 1L8NA 2ZUTA 4CGTA 1W9BM 1OGSA 1ZBVA 4TVDA 4H8UA 3RM8A 3D5HA 4R5EA 2RGLA 2YL5A 3MANA 2VZUA 4AXNA 3VGHA 1E1EA 3IK2A 3O9NA 1E40A 1SYTA 3PZMA 3SUUA 1SR0A 1RP8A 1UD6A 4NRRA 5HPCA 3THCA 3RM4A 5JBEA 4F79A 1W3KA 2JIEA 2CXGA 2WK2A 4U5KA 2X09A 3FW6A 4C7DA 1NP0A 1QHZA 5I24A 7CGTA 2O9RA 1Q4NX 1G9HA 5AY7A 3WNLA 1UH4A 2J7GA 4AZ7A 3QOMA 1NH6A 3F5JA 2QHAA 1M53A 4BZYA 1VJZA 2YLAA 3KL0A 3T08A 1ECEA 2XVKA 2BS9A 4QFUA 4OIFA 3TTOA 5EB8A 3K8KA 6CGTA 3ZT5A 1E9LA 1JZ7A 5JBDA 1DTUA 3AHZA 2CBIA 2WMIA 1B30A 5CPQA 1K9EA 1WKYA 4P7NA 2WCAA 2V3EA 2J8GA 4ZFMA 2PWHA 3WH8A 2DSVA 2OSYA 1CGTA 2C8NA 1UKQA 5CXPA 3VVGA 1K9DA 4J27A 3I3EA 3AXIA 3OGSA 4IUGA 3WQWA 1HNYA 1FFRA 1WCGA 3L4WA 3ZIZA 1C3FA 1E5NA 4DWSC 3L2MA 3CMJA 2XSBA 4W87A 4W93A 3E1F1 1DWFM 4ACYA 4LYPA 2DSWA 2E0PA 2ZUNA 4OOZA 4CD7A 5CGMA 2DT3A 2DSKA 3VIIA 1HN1A 5ABFB 4J3TA 2FHFA 4WKHA 2DSZA 3BCFA 1V3IA 2WXDM 3CUIA 3RMEA 2JALA 2WZHA 1BSIA 1BAGA 3VUPA 1TVNA 3GBDA 1KQZA 3SCNA 4AZGA 1KR1A 2CESA 3AOFA 3ZJ8A 1W9DM 1TA3A 3GZAA 1NWSA 1XC6A 4ML4A 4HA1A 1HF6A 4AD3A 2WC7A 1V02E 2BY2A 4H04A 2B31A 1GJUA 1AQ0A 2CBJA 3VU2A 5DEZA 4CD5A 3O2LA 1CWYA 1JYNA 3VMPA 3N18A 5BWFA 1MW2A 2E9LA 3OLEA 3ZR5A 5A6BA 5EMYA 1OINA 1OD0A 4P7LA 4AZ5A 1JAEA 1GOWA 1ISXA 4PTXA 5A3HA 2XHYA 4GI8A 2EO7A 4TTGA 1UR0A 4GINA 3L4UA 2X0YA 3BGAA 1W9PA 3VX0A 3T0BA 3LPPA 4M80A 1V08A 1VF8A 4JAWA 1EHAA 1OB0A 1V0NA 5CQ1A 1K9FA 2OYMA 2VX5A 1E6PA 2BNJA 2VRJA 4B9ZA 4RE4A 3QR3A 1J0KA 3OLGA 4E8DA 2VOTA 3QGVA 1WNOA 5DF0A 4CU7A 3MO4A 2Y4SA 3CHDA 1R7OA 1KCKA 1MXDA 1QPKA 3A4WA 4TXEA 1NWRA 3SUTA 1BYAA 1G1YA 1SMAA 4M82A 4QLKA 1E6ZA 1BYCA 3OZPA 4UQCA 4Q22A 1ISZA 3VM5A 4AW7A 2WBKA 3AS2A 1I75A 1CIUA 1C8XA 1EXPA 5LA2A 2VO5A 1ZL1A 4Z2JA 3OLIA 1H0GA 3AHVA 4W5UA 4LX4A 4GZIA 3AZSA 4JL1A 4HMDA 3ARVA 2XPKA 4Y7EA 2J47A 1MYRA 1B0IA 2DT2A 1CXFA 1AQMA 3ARWA 4PMOA 5I79A 2YBTA 4AZ6A 5A6BD 3ALFA 1O6IA 2WKLA 3FN9A 3CUJA 2XFRA 4P8XA 1CXKA 4QDMA 2OWCA 2DIEA 3OZOA 2O9OA 3W24A 1W91A 3MMUA 3AROA 3OA5A 3U5YA 3VIPA 3VGFA 2WMIB 1HKKA 3VMOA 1U2YA 3QHOA 5GPRA 3AIRA 1W9XA 4LQ1A 4BQ4A 2VQTA 5I77A 4HMCA 1NARA 3K8LA 4PMDA 4U3AA 5FCZA 1W9UA 5BRQA 1H3GA 1HP4A 3AMGA 5D9OA 1NWTA 3AIEA 3ARTA 2C7FA 4UOJA 1V3MA 3VD7A 3T2OA 1G01A 2IXUA 2DGAA 3W81A 1KQYA 5I5RA 5M3WA 1B3VA 2J74A 4PMNA 4XB3A 4HOWA 1P6WA 2J77A 4GPNA 3GNRA 5A2AA 3N12A 2G41A 3WUEA 3PZVA 3BC9A 4UZUA 1FH7A 3HJEA 2ZUSA 1KR0A 3TTSA 2XG9A 4JL2A 1E6XM 1RP9A 1NWUA 1UG6A 3M46A 2YOCA 8A3HA 1J0ZA 4TOQA 2CBUA 2BXZA 1TA3B 4ATDA 2O92A 4KH2A 4A4AA 1LF1A 5JIWA 2ZXQA 1CNVA 3SCWA 3HN3A 3WEZA 1QVBA 3PBGA 4AIUA 1O7AA 2ZIDA 4X9YA 5A6KA 2WVUA 1MQPA 4JCLA 4U5IA 4B3KA 3T09A 4DM2A 1GOQA 3W4RA 2E9MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2W91 A;  4JHO A;  5A69 A;  3ZO9 A;  1ESW A;  1PX3 A;  3WH5 A;  3WMC A;  5ABH A;  3RPM A;  1GZJ A;  4OUE A;  4W85 A;  1HXJ A;  3W0K A;  1NM9 A;  1C92 A;  3FAW A;  1LWH A;  3WH6 A;  1HJU A;  4MB5 A;  1HJV A;  4JKM A;  1H2J A;  3UET A;  4D6H A;  4PUE A;  4BF7 A;  1GON A;  2YL6 A;  5BCA A;  1E55 A;  3M7S A;  4AC1 X;  1JXK A;  1WP6 A;  3RJY A;  1W1P A;  3N1A A;  4DM1 A;  3F5L A;  4H2C A;  2CPU A;  1UD4 A;  5A8N A;  4CKQ A;  2XYL A;  3DHU A;  3CHF A;  3F4V A;  2DSU A;  1V03 A;  1JZ8 A;  1BVZ A;  2WVV B;  3MMW A;  1XRV A;  3SEP A;  4K68 A;  1R87 A;  3WF4 A;  1MFU A;  2J7B A;  2ZXD A;  2DDX A;  3GDB A;  3GNP A;  3WDR A;  2YBU A;  1B90 A;  9CGT A;  2E8Y A;  5CSY A;  1C93 A;  3N13 A;  4KWU A;  3NSN A;  2E4T A;  1KWG A;  3CZE A;  4JFS A;  2XWE A;  4MAD A;  2FHC A;  1UWT A;  4AIO A;  2BHY A;  5A8M A;  1XV8 A;  3IAP A;  5BRP A;  2GFT A;  1R8L A;  1UA7 A;  4MAV A;  3KEH A;  2D0G A;  1JAK A;  1CGW A;  2JE8 A;  1GQK A;  2D23 A;  3CUG A;  2HVM A;  2ZUV A;  4YN5 A;  3EDK A;  2DQX A;  2GK1 B;  3A4A A;  2VX4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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