2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
4KH2A 4PSPA 3W81A 3WELA 4H8VA 2EQDA 3CTTA 4JIEA 2CERA 7TAAA 3W25A 3II1A 3PN8A 1QI5A 3WD3A 5EMYA 1V08A 3ZR6A 3BAWA 1DWGM 1JI2A 1ZBVA 4AY1A 1UD4A 5A6SA 1KWGA 2PWEA 1Q6GA 1EA9C 2J7DA 2ZWZA 1BG9A 1SMDA 2BS9A 3G6LA 4U3CA 4J3TA 1MFVA 4U2ZA 2YKKA 1JNDA 4Z2IA 4J3UA 1W3KA 3WNOA 1BVNP 1W3HA 4H7VA 4CVWA 3MMDA 2FH8A 3BLKA 3AXXA 3BGAA 3WMSA 2IXVA 4M24A 8A3HA 1L8NA 1B90A 4PMYA 2O9PA 3ARTA 1EDTA 1NWRA 3FY1A 3ZT5A 1I75A 1H5VA 5DFAA 5A8OA 3TTOA 2FGLA 1W2PA 3WENA 3MO4A 4LGXA 2WVTA 4DWSC 4OOUA 3POCA 5DT5A 4FLRA 5D8ZA 3CHEA 3WF0A 3K8MA 3WH6A 2BHZA 2VZVA 3PZIA 3K8LA 4TX8A 1XSKA 4W87A 2GJRA 3PTQA 1VFUA 1UWRA 2BV9A 4BQ5A 2E9LA 4CD4A 3CO4A 1JIBA 2PBGA 3I3BA 1OIMA 4HA1A 1NP2A 4V28A 1E6NA 1LG2A 4AXNA 1FA2A 5E9AA 1JXKA 2ZWYA 1Y7VA 1OSEA 1OT1A 3W27A 4CD7A 2ZICA 1OCQA 3KL5A 3SCOA 3N1AA 1V0NA 2A3EA 4QFUA 1XSIA 3MUIA 4JL1A 1R87A 4JHOA 4HPHA 2EEXA 2F61A 4M81A 3RJYA 3THDA 2X0HA 4AEFA 2CITA 4D6DA 5CPQA 3GBEA 3BAYA 4AZCB 1HX0A 3PZVA 3IANA 4FF5A 4KWUA 4AZCA 1CZ1A 1BSIA 4CD8A 2WMFA 4W89A 1J10A 4U2YA 4UTFA 1EXPA 1QNRA 1E3ZA 1G94A 2XTKA 2WZEA 2BY1A 3KWXA 3VDBA 1CXFA 1W3LA 4LYRA 2EPKX 1GQLA 1HKKA 2VT0A 3WQVA 2G41A 2E40A 5D8WA 2AOSA 3NDZA 3W0KA 5LA2A 1AQ0A 3S2CA 1E4LA 4C7GA 4M56A 1C8XA 2OWWA 1UWIA 1V0LA 1PZ2A 1J0HA 3SEPA 3ZOAA 5GQBA 1FP8A 4L4OA 1OINA 1FH8A 4CU6A 1UKOA 3AHYA 5A3HA 4ZE5A 1US3A 2D24A 4HOZA 1JZ4A 1CGXA 3OA5A 4XX6A 3N18A 2OYKA 4PTXA 1DWIM 4KGJA 1UR2A 5HPCA 2AAAA 4LYQA 2VR4A 2QPSA 5AY7A 1U33A 3VIPA 1E6ZA 4V2XA 1HT6A 1RH9A 1UD5A 2FGZA 3AISA 3AMCA 4FLQA 2DH3A 2WNWA 1K9FA 1EIBA 3MUZ1 1VB9A 2VCBA 2G3IA 4IPLA 3KL3A 2C7FA 4ATLA 2DGAA 1CGVA 3FHAA 1HP4A 4X9YA 4GZEA 4JFSA 1FOBA 2OSWA 2D2OA 3A4AA 3BSGA 2GUYA 5A2AA 3UG3A 3B9DA 1H0GA 3VILA 4UQAA 3WNNA 5D9MA 1B2YA 1E6QM 4MADA 1JYVA 4GQQA 2OYLA 4ACYA 4AIUA 2EPOA 4KMQA 1H41A 2UWFA 4U31A 1UKPA 1WNOA 3BAKA 5E6ZA 1UWTA 1AVAA 1BTCA 1ISXA 1KXTA 3WEZA 2DSUA 1WDQA 4OUEA 4D6IA 3ARUA 3WD1A 3SCUA 3VMPA 5E70A 5IDIA 3AS1A 3EDDA 3BAXA 2J77A 4JKLA 3NIYA 2CHNA 2X05A 5AYBA 3W38A 1QW9A 2BVTA 1YHTA 1BF2A 2ZIDA 3UCQA 3VM7A 3WQ5A 3N04A 4TUFA 1ZJBA 1E0WA 1IV8A 2O9OA 2WK2A 4MNMA 3MV01 2O9TA 3O2LA 5CXPA 4D6FA 5GNZA 3MS8A 1DWFM 5D9NA 2YDRA 3EDKA 4RE4A 3ZJ8A 4AD3A 1UYQA 2TAAA 1GOOA 1NWSA 4DUWA 3WBAA 5CSUA 3CUGA 3GH4A 1UR1A 5DMYA 1SFSA 2ZUWA 1UA7A 2V3DA 3ARRA 2VCAA 2WHLA 2G3NA 1KBBA 3TOPA 4AD4A 3PTMA 2D3NA 4JKKA 4MPKA 4F66A 4D6JA 3WDQA 1GJWA 1GOMA 3VDHA 1PIGA 2CBIA 4M8UA 3NDYA 4GO9A 9CGTA 3WNPA 5JBDA 5M3WA 1B3VA 1V6YA 3THCA 1Q6CA 3VD9A 4CU7A 1HKJA 1OD8A 1QOXA 3WMCA 3CZKA 1K6AA 3K46A 2E3ZA 3AYSA 4EKJA 4F8XA 2RGLA 4FMVA 3VM5A 3WNKA 1V6UA 4BS0A 2XVKA 3VUPA 4EANA 1GQKA 4AZ6A 4W5ZA 4WSKA 2J4GA 3L2LA 3T2OA 2JF7A 3SUTA 3UG4A 1O6IA 1JFHA 3WN6A 1RPKA 4XB3A 1VAHA 3IAQA 2JEPA 3WMBA 2ZE0A 3SCTA 1NOUA 2V3GA 1LLOA 1W9PA 4E8CA 1MQRA 4GI9A 3SCWA 1KGWA 1GW1A 1CXKA 4PRWA 3B9AA 2XFYA 1J0JA 1XC6A 4LPCA 3W53A 3WUBA 3AIEA 1JL8A 5CG0A 1VBUA 4PMVA 3SCSA 1UR9A 3VIOA 2DPEA 2NSXA 2WMJA 1B3WA 4KRUA 3PBGA 4NI3A 3RO8A 1ITCA 4AD5A 3WL0A 2YL9A 1MWOA 1GVIA 3OGSA 3AS3A 4HTYA 3VGHA 2G8ZA 3U57A 1E73M 2C8NA 2WANA 3VIFA 1BPLB 3WD4A 5A8NA 3ARWA 5FCZA 1CIUA 3EBVA 2XWEA 4M29A 3VGEA 4PMRA 1H11A 1W9BM 4TVCA 1LWJA 1HJVA 4XV0A 5HNNA 4JL2A 3BCFA 5DF0A 1D2KA 4PBGA 1W9VA 3SURA 4UFIA 2XFRA 4YHEA 1E56A 1WAWA 3CMGA 4UQEA 5D9OA 4AD2A 2VQUA 3N15A 5GPRA 3VNYA 3MMWA 1ISWA 3CZLA 2VZTA 3K1DA 1JG9A 4FLSA 1L0PA 2YA0A 3ALFA 4DUVA 1V3LA 3TA9A 2VL4A 3U7VA 3E1F1 2YJQA 3VIHA 4S3JA 3ZO9A 1FHLA 3WFZA 2DH2A 3JUGA 2VRJA 1CGWA 4W7WA 1VJZA 1UKTA 1JF6A 3PZGA 1V3JA 3K4AA 4MAZA 4J3VA 4UOZA 5A1AA 1OT2A 4Q7NA 2G3JA 3W37A 1V6WA 1MW1A 4D71A 1M7XA 3WH7A 1V3HA 4EK7A 4WIWA 2ZUSA 3WBEA 3EDFA 4PTMA 3BCDA 4PCTA 4ACZB 3RM8A 4ACZA 1DP0A 4UFKA 4GXPA 2W4XA 4JFWA 5E6YA 3OBAA 2W5FA 3WDHA 2VNCA 4WK9A 1HN1A 3GXMA 3L4VA 5KZ6A 3AROA 3LPOA 4RE2A 4MNKA 8CGTA 4LQ1A 3W28A 1B3XA 2CETA 4UFJA 5LA1A 3EYPA 1F4HA 1DHKA 5AC5A 2F2HA 3L4ZA 2YBUA 5I79A 4DUXA 4AIOA 5C71A 2Y8VA 2EO7A 2J78A 5C8BB 1JYWA 4HZ6A 2WHMA 3WDJA 4X0VA 3VTRA 2ZUNA 1LQ0A 1ZBWA 1AQHA 3CH9A 1DTUA 2WLZA 3AHXA 4J28A 3OLGA 3WQWA 1H4PA 2EXOA 3NCOA 4UFLA 1VFMA 2OYMA 2EPNA 1SR0A 4AEEA 1J0ZA 3GYCA 4ATWA 1W91A 4BQ4A 1GOIA 1K9EA 3AZSA 2EPMX 4K68A 1ECEA 3DC0A 2QLYA 5AC4A 4HOXA 1NOWA 5JUVA 3CZJA 1F4AA 3SUSA 4CCEA 2JALA 3VO0A 1M53A 1V6VA 3GXIA 1BYDA 1VRXA 1JFXA 3B8SA 4IUGA 1Q4NX 2J75A 5JBFA 1KXHA 2WHJA 1C3FA 1WZMA 2WZIA 3QHNA 4AD0A 4GZIA 1ZBCA 1Q6EA 2WMGA 4YN5A 1XH2A 4LX4A 1HJXA 5A6LA 2JIEA 3FXYA 4DM2A 2PF0A 2VRKA 4QLJA 1FH7A 5TD4A 1UR4A 4UQBA 1RD6A 3QR3A 2CBVA 1E4NA 5EFFA 1FP9A 2OWXA 2Q8XA 1H49A 1UH2A 4D6CA 2WC3A 3IAPA 1PZ3A 5I5RA 5CJ5A 1QI4A 1TVNA 2B31A 1GHRA 4DWSB 2W91A 4YHGA 2YOCA 4DWSA 3L4XA 4B3LA 2PC8A 1BVZA 1QNQA 4HZ7A 4EAMA 1UUQA 2XVPA 4HMDA 3ZT6A 1EHAA 2D0FA 2YLLA 2WC7A 2BXYA 3FAWA 3DHPA 2XM2A 3L4UA 3AYRA 1PX4A 3VGFA 5FL1A 5ABFA 2DT2A 1PEZA 3PZ9A 1G1YA 1VENA 3AIWA 2PBOA 4AMCA 2J25A 1X6LA 4BZYA 4B16A 1BAGA 2WYSA 2YLAA 5A69A 1QBAA 2GVYA 1OGGA 3F5KA 4C7DA 3IJ8A 4WSJA 4BQ3A 1GHSA 2XUCA 5I77A 3VINA 1E6PA 3FNDA 4JFUA 2NW0A 4F79A 4WF7A 1E3XA 3HJEA 4A3HA 1HNYA 5I23A 2XHYA 3WQ6A 2OSXA 3AXHA 2ZUTA 3AZRA 4PMUA 4PTVA 2VZUA 1GONA 3OLIA 4UOJA 3SCQA 5FOOA 1KQYA 2V3FA 1C7TA 1QHZA 1MXGA 5A6KA 1LF1A 1WDRA 1HVXA 2XPKA 5BXPA 3RPMA 4F9JA 3TONA 4Q22A 3CLWA 3PZQA 2D1ZA 3VGBA 1JNEA 5ABGA 5IFTA 2PI6A 1ODUA 1R85A 2VI0A 1C8QA 1ZS2A 3UG5A 2QV4A 4BF7A 1YQ2A 4P7OA 1XCXA 5D4YA 2X0YA 2YDQA 4W8LA 1MQQA 1WB0A 1V02A 3IK2A 4JCMA 5C70A 2ZXQA 3WF1A 3A4XA 1M04A 3LMYA 3AMGA 2D20A 2BVYA 5IHSA 5ABEA 2DSWA 1WCGA 3ZSTA 1K9DA 2WB5A 3ARZA 3ZJKA 2WM0A 2PWDA 2YA2A 1XV8A 5A8QA 3VMOA 5EFDA 4QLKA 2VRQA 4UZUA 5FL0A 4AZIA 1HKIA 1TZ7A 1KGXA 2WVSA 5BWFA 1OD0A 4OBSA 3LPGA 1KQZA 3OG2A 2XYLA 1JXJA 2WW5A 3CZGA 3VNZA 1W2VA 3ARSA 4MNLA 1E0VA 1CLVA 2YL8A 2J7HA 3FHQA 3VD5A 5M5DA 4PCSA 1UQZA 2DQXA 1XGZA 1H09A 4AYSA 5LYRA 3ZSSA 4EE9A 3AICA 3QOKA 4AZBA 2FHCA 4GZJA 5BRPA 1QW8A 1HXJA 2UY4A 5DT7A 3TTQA 1NOFA 2YL5A 3M07A 3PZOA 1XYFA 2BY2A 1KBKA 1LJYA 1UR0A 5FIPA 3GH7A 2EJ1A 1PIFA 3T09A 3MSDA 4MTVA 6TAAA 1CTNA 3CHDA 4MB5A 4M1RA 1WZAA 5EBAA 5I2UA 2CYGA 4JFVA 3WNMA 2Y8KA 4R27A 1JYXA 1PX8A 1HKMA 4CD5A 5A6MA 1UH3A 1LG1A 4OZOA 3VOCA 1Q6DA 2JIWA 1FH9A 1QHPA 3POHA 5HBFA 3VMNA 2E9BA 1C92A 3T0DA 1GQIA 3ARPA 1GNXA 1C93A 1CGUA 3M7SA 1PAMA 1LL7A 4UR9A 3ZQ9A 4HMCA 3SIMA 4GI8A 1WP6A 1V6XA 1DEDA 1ZL1A 5E0FA 2GDUA 2XSAA 2CKRA 3AFBA 1JI1A 3W4RA 3F5LA 1XD1A 1ITXA 1HL9A 3KE0A 1KR1A 2J74A 1U30A 3KL0A 2A3HA 1GZJA 1ESWA 1W9DM 2F8QA 5A6JA 5A8PA 4J7RA 4RE3A 3ARXA 2WAGA 2VX6A 5A94A 4GIAA 5I78A 2ESCA 3WUGA 4P8XA 2J7GA 4GQRA 1QNSA 1UQYA 1CBGA 4KRTA 4W5UA 2ZUUA 1EGZA 1HJWA 3DYPA 3WY1A 1XHGA 2HVMA 2X09A 4QCEA 1FFRA 2GSJA 2PWGA 4AZGA 1E5NA 4WJXA 2XJ7A 2VX5A 3BSHA 4DM1A 1NH6A 1OM0A 1JDAA 3ECQA 1VF8A 2J79A 3SCVA 3UETA 5IHRA 3QOMA 3F4VA 4GKLA 2CPUA 3T0AA 3RM4A 4W86A 3M6DA 3MANA 4QP0A 3AS0A 7A3HA 3T08A 4UQCA 1E0XA 2WCSA 3MUY1 1R7AA 2HISA 4IISA 1CXHA 4C7FA 1CPUA 3OZOA 3SCRA 1UZ4A 1GQJA 4CKQA 4CN4A 2A3BA 5A8MA 1U2YA 1V3MA 2UY5A 3VD7A 3OLDA 3F5JA 1WDSA 3SUUA 4RL3A 4GPNA 3WDIA 3CBWA 2WPGA 2Z1KA 1Q6FA 3CZ8A 3HU7A 3MMUA 1JD7A 1O7AA 3FN9A 1W1TA 3NUKA 1X1NA 6A3HA 1AQMA 1BGGA 1WDPA 2WBGA 4W93A 1WZLA 2WSPA 1UD3A 2ZX5A 3CPUA 1CEOA 3T0BA 3WIJA 1CGYA 2VZSA 1SYTA 4FK9A 2CCRA 4N42A 2YL6A 1ZBKA 4HU0A 3VIKA 3I3EA 2YIHA 2V3EA 5DO8A 3U5YA 4YPJA 2OWCA 3VU2A 3WNLA 5LA0A 4TTUA 3N9KA 4UZSA 2AMGA 5BRQA 1VEOA 4TVUA 3U7BA 3WF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KH2 A;  4PSP A;  3W81 A;  3WEL A;  4H8V A;  2EQD A;  3CTT A;  4JIE A;  2CER A;  7TAA A;  3W25 A;  3II1 A;  3PN8 A;  1QI5 A;  3WD3 A;  5EMY A;  1V08 A;  3ZR6 A;  3BAW A;  1DWG M;  1JI2 A;  1ZBV A;  4AY1 A;  1UD4 A;  5A6S A;  1KWG A;  2PWE A;  1Q6G A;  1EA9 C;  2J7D A;  2ZWZ A;  1BG9 A;  1SMD A;  2BS9 A;  3G6L A;  4U3C A;  4J3T A;  1MFV A;  4U2Z A;  2YKK A;  1JND A;  4Z2I A;  4J3U A;  1W3K A;  3WNO A;  1BVN P;  1W3H A;  4H7V A;  4CVW A;  3MMD A;  2FH8 A;  3BLK A;  3AXX A;  3BGA A;  3WMS A;  2IXV A;  4M24 A;  8A3H A;  1L8N A;  1B90 A;  4PMY A;  2O9P A;  3ART A;  1EDT A;  1NWR A;  3FY1 A;  3ZT5 A;  1I75 A;  1H5V A;  5DFA A;  5A8O A;  3TTO A;  2FGL A;  1W2P A;  3WEN A;  3MO4 A;  4LGX A;  2WVT A;  4DWS C;  4OOU A;  3POC A;  5DT5 A;  4FLR A;  5D8Z A;  3CHE A;  3WF0 A;  3K8M A;  3WH6 A;  2BHZ A;  2VZV A;  3PZI A;  3K8L A;  4TX8 A;  1XSK A;  4W87 A;  2GJR A;  3PTQ A;  1VFU A;  1UWR A;  2BV9 A;  4BQ5 A;  2E9L A;  4CD4 A;  3CO4 A;  1JIB A;  2PBG A;  3I3B A;  1OIM A;  4HA1 A;  1NP2 A;  4V28 A;  1E6N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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