2O9RA

Beta-glucosidase b complexed with thiocellobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9rA00
4F8XA 1E71M 2A3EA 3D5HA 4BCEA 1WDSA 1EO5A 5D9NA 1VAHA 5M3WA 2OYLA 4XX6A 2BVDA 1WNOA 2WMIB 3M46A 2VT0A 3VIMA 2YKKA 1H41A 4GQQA 1VFOA 1V3IA 4AWEA 3T0BA 2WMJA 3I3DA 3PZOA 1HJUA 4L4PA 3VIPA 1XRVA 2PWFA 3MUAA 5A2BA 4AZCA 3I3EA 4GKLA 5D9MA 5HPOA 1F4HA 1B0IA 1E73M 4JZ5A 4JCMA 3ZOAA 4MNJA 4PMUA 2XWDA 4OBRA 5A6BD 3AMGA 1J01A 1K9EA 4S3JA 4LYQA 1TZ7A 5BROA 2BXYA 4DWSD 2J7HA 4D6JA 5IFPA 2VMFA 1E6NA 1NM9A 1V3MA 1W2PA 2ZUSA 4Y7EA 3AZSA 1MYRA 3CPUA 4N0RA 3S2CA 4BZYA 4P7OA 3A4WA 1E15A 1OB0A 1DWHM 3W53A 1FH8A 4AIUA 5IDIA 2F8QA 4JAWA 1VBRA 4TX8A 1H09A 1V02A 2BY0A 3CTTA 1OT2A 2G3IA 3CO4A 3TONA 3GH4A 2CCRA 4EK7A 2OYMA 3VDHA 1B3XA 3VGHA 3MU7A 4QP0A 1E4IA 3VM5A 2CYGA 3ZM8A 4QLJA 4AZ5A 4EANA 3GDBA 2DSZA 3L4VA 4CU6A 1PX3A 4M56A 3QHNA 2WW5A 3WF3A 1HKMA 3FAXA 1HP4A 3SUVA 5C8BB 4K68A 1R86A 1CXLA 1V0KA 2CBJA 3WNPA 4GINA 3VIKA 4QCEA 3CUIA 4UFHA 1CIUA 1PX4A 3OZOA 4PYSA 3SEPA 1JZ6A 3K4DA 1H4PA 4QDMA 2XUCA 4NRRA 1ISZA 1MFVA 3T2QA 2WMFA 4UQ9A 1C8YA 5HNNA 3VM7A 4UFJA 4TVCA 1UH2A 1FHLA 2J7CA 2CETA 4C7DA 2XGIA 1MQPA 2WC4A 2VCBA 4UOZA 8A3HA 5I0DA 1KBBA 1XD1A 4H04A 1WDQA 3VU2A 2WMKA 1MW2A 3ALGA 2J8GA 3BCFA 4H8HA 1DWIM 3VD9A 1UKSA 3ZQ9A 5BXRA 2ZUNA 3EMCA 4AD3A 2WVTA 4HZ6A 3MMDA 1UHVA 4OOZA 1V3LA 3GTNA 6TAAA 1V02E 4GPNA 5FOOA 3CHCA 2OLHA 1BVNP 1U2YA 3ARWA 1JDAA 2VRJA 4JFUA 3VIHA 4DM1A 1C90A 2WZEA 4QFUA 5I77A 4U2YA 1WO2A 2X09A 3MMUA 2IUZA 2DH2A 2ZUVA 4PSRA 2VR4A 3AXXA 5C70A 1HJSA 2VX7A 1YHTA 3PTQA 5AC5A 2UWFA 2BHUA 4YN5A 1J0HA 1QPKA 3WUEA 3BAIA 3GH5A 1PPIA 1B3YA 1BG9A 4AZBA 2YBUA 3PZTA 3UEQA 1OGBA 1PAMA 4PTMA 2XTKA 3L2LA 3KL0A 3IJ9A 1JFHA 4TTGA 1UH4A 3VIFA 2J25A 3AMLA 4Z2IA 3AMDA 4FLRA 2CPUA 3ECQA 1CNVA 5DO8A 3OIHA 4U31A 1KCLA 3EDEA 4MPKA 3L2MA 4AC1X 3RM9A 1PJ9A 1QVBA 1B3ZA 3VIJA 1ESWA 2WWCA 1UD8A 2ZOXA 3VMOA 3GYCA 1XSJA 3W4RA 1RH9A 4E2OA 2EBNA 4EE9A 4H2CA 2WCGA 4N42A 1LG1A 4Z2LA 1UD4A 2GJXB 5D8ZA 5FKYA 3L4XA 4M1RA 3NDYA 3QOMA 4PMRA 2Q8XA 2D20A 3BMVA 1JIBA 4AEFA 1E6RA 3AYRA 1EHNA 3T2PA 4PUDA 3U5YA 5DF0A 2Z1SA 3WDRA 2XYLA 1JL8A 3WF0A 3VOCA 3POCA 3OGSA 1ISVA 1JAEA 5IFTA 3OA5A 1CXHA 2VJXA 5E6YA 3KL3A 1VEPA 3W82A 1V08A 3VIIA 3WMCA 5TD4A 1CXEA 3WD2A 2YDRA 2E4TA 3AIEA 1J0YA 1UKPA 1WP6A 4FLQA 5IHSA 1JZ7A 4CCCA 1HL9A 2DSVA 1DWFM 4M82A 2VVNA 4MB5A 2PB1A 4AZCB 1ZJBA 4CN1A 4ATLA 2VCCA 1B31A 4RL3A 4P7QA 3SCVA 2PC8A 1V6UA 3PZQA 2G3JA 3BXWA 3CZEA 3WBEA 1Q6EA 2CBUA 3CHFA 3WSUA 2IXVA 4B9ZA 3CIVA 1O7AA 2QLYA 4F66A 3CBWA 3AHVA 2PWGA 3PZUA 3NSXA 4S3KA 1JD9A 4WKHA 2VQTA 1VB9A 5HDRA 4A3YA 1AMYA 1KCKA 3EDDA 4JIEA 4AZGA 3QHMA 1KXTA 3NJ3A 4BA0A 2FGZA 5ABEA 1HKKA 2X05A 2OSYA 5CG0A 5M03A 3WH7A 2PWEA 3OBAA 4HZ7A 4OKDA 3TA9A 2D0GA 2EPKX 4W7UA 4WJXA 1QI3A 1GOIA 3VTRA 7CGTA 3CZGA 2X2YA 1U33A 4M8UA 1QHOA 3GXMA 1UWSA 1TG7A 4AMCA 2FHFA 1HL8A 2J74A 1DWJM 1DHKA 2VC9A 1NWSA 1EQPA 3IJ7A 5FIPA 3RDKA 1ISYA 3ZT5A 1NOUA 2Y8KA 5EB8A 5GNXA 3RILA 2NT1A 2VRKA 1QBBA 1JZ3A 4J3SA 4H7VA 4Z2JA 4CD5A 1EOMA 2BV9A 4KH2A 1NH6A 4IUGA 3N04A 5FD0A 7TAAA 1E1EA 1V0MA 2DSKA 3WF4A 3AISA 1KBKA 5LA2A 3WUBA 3NSNA 5CGTA 2G41A 4ZENA 1ZS2A 2XSBA 4RE4A 3OZPA 2OWXA 1GOKA 5HBFA 1BAGA 1E5JA 2WSPA 1UR8A 1W91A 2GJRA 2J47A 1JI1A 2O9TA 3GNRA 4OOUA 1B3WA 1E6PA 4JFSA 1GHRA 3WNLA 4V2XA 3WF2A 4GI8A 8CGTA 2WYSA 4D72A 1U30A 3IAQA 1ZBWA 1UR9A 2BS9A 4W8BA 3W37A 1RPKA 3WUGA 2W63A 4UFIA 3D3AA 1FH7A 4UQAA 1SYTA 1TA3A 2VL4A 4B3LA 1C91A 2GK1A 2WVUA 5GQBA 1H49A 3K8MA 1JG9A 4ACZA 5A6BA 4WF7A 3PBGA 1OGGA 1FH9A 2E40A 2QF8A 3K4AA 4DWSA 3BAYA 2EEXA 4CVWA 3AIWA 3PZVA 3KWXA 1OIMA 5AC4A 4X0VA 4P7RA 2VTFA 1CXKA 2PF0A 5HXMA 2XGBA 1LG2A 6CGTA 1VFUA 3RCNA 1UYQA 4PTWA 2EO7A 1EA9C 2G4FA 3DYPA 4XV0A 4TVDA 3THDA 4JL2A 1OSEA 3CZLA 3AS2A 5BXSA 2PI6A 3FN9A 1G01A 2Y4SA 3VINA 2CKRA 3LPPA 4UNIA 1VBUA 1QI5A 2RGLA 5I23A 3NYDA 2BY2A 3GXFA 4D6EA 1V6VA 5D8WA 5JIWA 1LWJA 1E4NA 5E6ZA 3DC0A 1JYNA 3T08A 4PMNA 2WKGA 2JALA 2OYKA 4UQBA 2VZVA 4PCSA 4CD7A 2YA1A 3WQ6A 1EOKA 2YLAA 2DGAA 1BF2A 3ARVA 3FXYA 5CLWA 3VVGA 3W25A 4UQEA 4AIOA 5FCZA 2VX6A 1CBGA 4LX4A 1JNEA 1OCQA 1GQLA 1QNSA 2ZX8A 3AIBA 1CWYA 1TCMA 2CBVA 1HVQA 1J12A 4GO9A 2JEPA 5CJ5A 1HIZA 2E8ZA 1I1XA 5CSUA 1Q6FA 1XH1A 4OBSA 2JFEX 4HOWA 2W66A 3VGEA 4PTXA 4B9YA 1E6XM 3BGAA 5A8MA 3VX0A 2FDMA 3IK2A 3SUTA 5BXPA 3CHEA 4UZSA 3WH5A 3ARUA 1BFNA 5BYWA 3KZSA 3ZJ6A 4P7NA 1KQYA 2QPUA 2ZXDA 3VILA 1FP9A 3WL1A 1CGXA 1HJVA 1PX8A 3RIKA 1GOWA 5GNYA 2GJPA 5A8PA 2WCAA 1AVAA 4J3XA 4GZEA 2FHBA 1JFXA 4PMDA 4HMCA 5I79A 3WKZA 2DSWA 3BCDA 1D3CA 5ABFA 2GVYA 2ZIDA 2W5FA 3AI0A 2HVMA 3SCSA 1V3HA 5I5RA 1KXQA 3PZ9A 1FHDA 5CPSA 3IAPA 4U5KA 2DEPA 1CGTA 1CGUA 4PMQA 4AEEA 4J7RA 1ZL1A 2V3FA 4MB1A 1E0VA 3VD5A 2JF6A 3W6MA 1TMQA 1KWKA 2JIWA 1FOBA 1W2VA 1OWQA 1BSIA 1N82A 3W27A 4D71A 3WNNA 4Q7NA 2WVVA 1CGWA 4PMXA 2WHMA 4TX6A 3EDJA 1D7FA 2WXDM 2XVLA 3ARRA 4BQ2A 1D2KA 2CHOA 5CPQA 2XVNA 5DEZA 5D4YA 2CIPA 1ITCA 1XGZA 4NZCA 3W81A 2W92A 3A4AA 4ZXOA 1M03A 3BAWA 1O6IA 3EYPA 4J3WA 5A6MA 2YOCA 3WENA 3GNOA 4IISA 4X0NA 5ABGA 4HOZA 2O9RA 4F9DA 1UWIA 5EBAA 4W8LA 2DH3A 4W88A 5BRQA 1MFUA 1UKTA 2W62A 4M81A 6A3HA 2QV4A 3ARYA 3N11A 3N12A 1XH2A 3VD4A 3HU7A 2WCSA 4UFMA 4W86A 3WFZA 3AIQA 1GOMA 4GO8A 1KFWA 1E0WA 4W89A 5I6SA 1J11A 3ALFA 4IM4A 4Z2HA 2DDXA 4MJ2A 4NRSA 3VIGA 4JHZA 2QMJA 1LJYA 1H3GA 5A3HA 4WK9A 4HZ8A 1EDGA 2Y5EA 4NF7A 4AD1A 4M24A 3AICA 3TTQA 1UWTA 1G5AA 4MB3A 1VF8A 2YJQA 2YA0A 3ZT7A 4U3AA 1BGGA 2VNCA 1QBAA 2D23A 3SCQA 1UOKA 1LF1A 2RGMA 4UOQA 4ATDA 2WB5A 1VRXA 4GZIA 2GK1B 5I2UA 5A8NA 2VZSA 3VX1A 3UG3A 3II1A 1CLXA 2JEQA 3WD0A 3EBVA 3WQVA 4ACZB 3RM4A 3U7VA 3T09A 1BYCA 5I3DA 1WZKA 3MO4A 4OZOA 1J18A 3PZIA 2DPEA 5CSYA 4GQRA 3HJEA 1KR1A 3ARQA 2VX5A 3AS1A 2XIIA 4MNKA 3S6TA 4AXNA 4E4PA 4UOJA 1JF5A 2XVGA 2C7FA 1NOWA 2YL8A 4IPLA 4LYPA 1VFMA 1V6XA 4BS0A 3PZNA 3BAKA 1VFFA 1UQYA 4J3UA 2ZX6A 2ZUMA 1US2A 1XYFA 1ZBKA 2E8YA 3EDKA 1GNXA 3RM8A 3OG2A 2BNJA 1UH3A 4RE3A 3VPLA 4C7FA 1H5VA 1NOFA 1TFVA 3AOFA 1OGSA 2EPMX 3MMWA 4MDPA 1M04A 1NP0A 3UR7A 3BAXA 4WKFA 1FFQA 2VURA 2AAAA 1CEOA 3N13A 4CN4A 2PBGA 3VMNA 2XJ7A 2OWWA 4JKMA 1DP0A 2ZX5A 4U3CA 5A6JA 2WHKA 2WK2A 1JNDA 1JYVA 5JBEA 1F4AA 4PBGA 2BHZA 1WDRA 1E1FA 3UETA 4B3KA 1YQ2A 4UQCA 4TUFA 1BHGA 4P7LA 3PTKA 1J0ZA 4GXPA 4CD6A 2E9LA 1WE5A 3CZJA 3FHQA 1IV8A 3W28A 3TTOA 4F9JA 3AHTA 3SCUA 2OSXA 1MQRA 1KQZA 1B30A 3SCNA 2EPLX 2TAAA 1V0LA 2BY3A 3PHAA 1BYDA 3SUUA 1EO7A 3LPOA 5LA0A 2BFGA 1Z32X 2CERA 3CZKA 3WH8A 1S46A 2E3ZA 1WCGA 4J27A 1UR2A 1CZ1A 5A95A 2J4GA 4YPJA 1WZMA 4EAMA 2D24A 3QR3A 1PZ3A 2BY1A 5CXPA 1H0GA 1UQZA 4M29A 5CGMA 2VI0A 3M6DA 3CUGA 3BAJA 3CZ8A 4EKJA 1HXJA 1L8NA 3PTMA 2WMIA 3B9AA 3AHXA 3SIMA 3UERA 3OLDA 2FGLA 3F5KA 4LQ1A 3FAWA 2Y24A 4PUEA 1DWGM 1E55A 1W1PA 4QLKA 3BLPX 3GNPA 3TTSA 1R7OA 1K9TA 1W9PA 4D1IA 3CLWA 1OD8A 2J7FA 3BSGA 3UR8A 1HJWA 2WZIA 4WIWA 1UA7A 5A1AA 4NSBA 3B9EA 4D6GA 2J79A 5BWFA 3NCOA 1EDTA 3VNYA 4H8UA 1JF6A 1DEDA 4DWSC 3VD7A 1E3ZA 2YL6A 5I24A 2ZWYA 2PBOA 1K6AA 2ZXAA 3W26A 5D9PA 2V5DA 1GOQA 3ZJ8A 5A8OA 4PTVA 2E9MA 4HOXA 3AHYA 1B90A 2EPNA 7A3HA 1XHGA 2AOSA 1A47A 2BHYA 3JUGA 1Q6DA 4NI3A 5FL0A 3SCPA 3WDHA 1JZ8A 1JZ5A 2YBTA 1AQMA 2UY4A 1CTNA 1XV8A 3GXIA 2W61A 3WMSA 2D22A 4ZEPA 2OSWA 3UG5A 2JIEA 3AS3A 1BTCA 1BVZA 1Q4NX 3GBEA 4KGLA 1UKQA 2A3CA 1C3FA 3VGDA 1R7AA 2W67A 1V03A 3N9KA 1QNRA 4GI9A 3F4VA 3LMYA 1UWUA 5D9OA 1M7XA 2WPGA 1HF6A 3MUIA 5E9AA 1PIFA 2XWEA 3KE0A 1X1NA 4MJ4A 1TVPA 2D0FA 1W3JA 3CHDA 4PMZA 2O9PA 3AQUA 1EQCA 4W87A 4P8UA 1ITXA 4HPGA 2XPKA 1LL6A 4CGTA 1R85A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F8X A;  1E71 M;  2A3E A;  3D5H A;  4BCE A;  1WDS A;  1EO5 A;  5D9N A;  1VAH A;  5M3W A;  2OYL A;  4XX6 A;  2BVD A;  1WNO A;  2WMI B;  3M46 A;  2VT0 A;  3VIM A;  2YKK A;  1H41 A;  4GQQ A;  1VFO A;  1V3I A;  4AWE A;  3T0B A;  2WMJ A;  3I3D A;  3PZO A;  1HJU A;  4L4P A;  3VIP A;  1XRV A;  2PWF A;  3MUA A;  5A2B A;  4AZC A;  3I3E A;  4GKL A;  5D9M A;  5HPO A;  1F4H A;  1B0I A;  1E73 M;  4JZ5 A;  4JCM A;  3ZOA A;  4MNJ A;  4PMU A;  2XWD A;  4OBR A;  5A6B D;  3AMG A;  1J01 A;  1K9E A;  4S3J A;  4LYQ A;  1TZ7 A;  5BRO A;  2BXY A;  4DWS D;  2J7H A;  4D6J A;  5IFP A;  2VMF A;  1E6N A;  1NM9 A;  1V3M A;  1W2P A;  2ZUS A;  4Y7E A;  3AZS A;  1MYR A;  3CPU A;  4N0R A;  3S2C A;  4BZY A;  4P7O A;  3A4W A;  1E15 A;  1OB0 A;  1DWH M;  3W53 A;  1FH8 A;  4AIU A;  5IDI A;  2F8Q A;  4JAW A;  1VBR A;  4TX8 A;  1H09 A;  1V02 A;  2BY0 A;  3CTT A;  1OT2 A;  2G3I A;  3CO4 A;  3TON A;  3GH4 A;  2CCR A;  4EK7 A;  2OYM A;  3VDH A;  1B3X A;  3VGH A;  3MU7 A;  4QP0 A;  1E4I A;  3VM5 A;  2CYG A;  3ZM8 A;  4QLJ A;  4AZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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