2O9TA

Beta-glucosidase b from bacillus polymyxa complexed with glucose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9tA00
4MJ2A 2EPNA 2YBTA 3VO0A 2E0PA 4UQAA 2QPUA 3D3AA 3MANA 2ZUUA 3UETA 3B9AA 4JCMA 1KWGA 4S3JA 4ACZB 5D9OA 1OCQA 3MMUA 5HNNA 2PWEA 2ZX5A 1H0GA 3UR7A 2BY2A 4CD6A 1JYWA 1KCKA 1UWSA 1V6UA 2MANA 4BCEA 2OSXA 4N0RA 2BVTA 1GOWA 3AS3A 4HTYA 1HJQA 3AHZA 1MQRA 3GXIA 3WH8A 1E6SM 3CUIA 3A4WA 1AVAA 4WLCA 4U33A 3CH9A 1JZ6A 4JHOA 1UD8A 3BLKA 2G8ZA 1KGWA 3CGTA 3MSGA 3LPPA 4W87A 5LA2A 3CUGA 1B30A 1BFNA 4LX4A 4E2OA 2IXVA 3I3EA 4KMQA 4CD7A 4DWSC 1CWYA 4R5EA 3LPOA 3ZM8A 2WWCA 1LWJA 1X1NA 1ZS2A 3M6DA 4J3XA 4HU0A 3RM8A 4PMZA 1BPLB 2WZEA 4CU6A 1TA3B 1PPIA 1H49A 4GZEA 1NH6A 1GUVA 2AOSA 4KRUA 2XFRA 1E6NA 1H4PA 1B2YA 2WW5A 3A3HA 4OBSA 4OUEA 4MDOA 3LPGA 1UOKA 4J28A 1LG1A 2VX5A 3GNPA 2GK1A 4OBRA 5EFDA 1DEDA 1M7XA 1U30A 3CHEA 1FH7A 3AMGA 3UERA 4J3WA 3WH5A 1E6PA 2VC9A 4CUCA 4XUYA 3VX0A 4MB5A 2VR4A 3WBAA 1CXEA 3SURA 5BRQA 4Z2GA 6TAAA 4PMOA 4JHZA 3WDHA 1PIGA 3A4AA 5A2BA 5I23A 2VCBA 2FDMA 2UY3A 4PMQA 3WQVA 2IXUA 2YA0A 3W6LA 4JFTA 3MUY1 1UR2A 4PMNA 4QLJA 4UOQA 1QBAA 1UHVA 1GQKA 1CXIA 1QI0A 1W3KA 1OD8A 1EDQA 4ACYA 2CBUA 3SUTA 4JAWA 1EOMA 1UH4A 2ESCA 2YA1A 4TUFA 1B3WA 4H8VA 3ARUA 3L4UA 3EDJA 3L2LA 1UUQA 3VGGA 1ZBKA 4Z2JA 5F7UA 1LWHA 5KZ6A 1C91A 1SMAA 3L4YA 5A6LA 4AC1X 1E43A 3ZSSA 5GPRA 1NOWA 1QW8A 3M46A 5DMYA 1W1PA 4BZYA 4ZXOA 1BVNP 1QHZA 3VNZA 1TA3A 1RP8A 5E09A 2CBIA 3ZMRA 3AXIA 3VD5A 4PEEA 3A6OA 2Y8VA 3GH5A 4GO9A 2ZUTA 2YL6A 2YOCA 1CYGA 1JGIA 1GNXA 3HU7A 1I1XA 2O9PA 4MNJA 3MMWA 1CGWA 1GORA 1W32A 4DWSB 1WDRA 3DC0A 4PYSA 2DSUA 1ITXA 3WQWA 2V5CA 3WSUA 4MADA 3AQUA 1H1NA 1NP0A 3SUSA 2WC4A 2J8FA 2E4TA 1VIWA 2UY4A 2WANA 4QCEA 8A3HA 3UG5A 1NWUA 3EBVA 3FNDA 3AI0A 1UWQA 4BQ3A 1JDDA 4M1RA 5FOOA 1NQ6A 2G3NA 4GPNA 3DYMA 3T08A 4H2CA 4H7VA 1IT0A 3L4VA 5I24A 3VIIA 3OLGA 4FLOA 1VJZA 2DT0A 3NJ3A 4MTVA 3OZPA 1DWHM 2BXZA 3T0BA 3N13A 3N17A 1HKKA 1ODZA 1CDGA 2YL5A 4AISA 3THCA 4RE4A 4CVWA 3ZJ8A 2XWDA 1B3XA 1JNEA 2XGBA 2DSKA 5IFTA 4WKFA 3EDFA 2V3EA 1I75A 2J7DA 1CXKA 3A4XA 3VDAA 4Z2IA 1UG6A 3PTMA 3SCOA 2UY2A 3ZJ6A 1WCGA 4WSKA 1VENA 3MUZ1 5IHSA 2FH8A 3N04A 2QF8A 2WB5A 3HMCA 5CXPA 2XIIA 4JCLA 1CXLA 5A69A 1ZBCA 2CETA 5I3DA 3W4RA 2ZWZA 1MWOA 3WKZA 1J01A 3EMZA 5E6YA 3SCPA 7CGTA 4D72A 3AZTA 1G01A 3WBEA 1EQPA 2BS9A 1B3VA 2CYGA 4D1JA 4AY1A 1UR4A 2JIEA 5HPOA 4HA4A 1OBAA 1G0CA 4DUWA 1FOBA 1K9FA 4E8CA 1TCMA 3MS8A 3AHYA 4PSRA 1WZMA 3WIJA 1CTNA 3QHMA 3GH7A 1VAHA 2OWWA 2BVYA 1GCYA 2Q8XA 1R85A 3WL0A 1C8YA 3T09A 1V02A 4D71A 3VPLA 1HJWA 1WPCA 2D0GA 2PI6A 4ZXLA 4AD1A 4TOQA 1BTCA 3OGRA 1GW1A 2WVVA 3W53A 3U5UA 2X1IA 1JXKA 3BCDA 4XB3A 3VGHA 2W67A 1KR1A 1TVNA 1RP9A 3HN3A 5I6SA 4LQ1A 4X0NA 3F5KA 5HXMA 1MQQA 1OM0A 1V6XA 3RDKA 3GBDA 4U3AA 2E9MA 4HMCA 2TAAA 1J11A 4UOJA 1F4AA 4F9DA 1NWSA 4XZBA 3RJXA 2ZX7A 1NP2A 3MO4A 1UD5A 1U2YA 3CUJA 4BS0A 5EMYA 3AZSA 2J7FA 2CHOA 2D2OA 3ARZA 1BAGA 1E4NA 1XYFA 3AZRA 3WDJA 4HA3A 2DSZA 3W28A 2VQTA 3VGFA 2VZUA 3WH6A 1W2PA 1QW9A 1UWTA 3PZMA 3VMOA 3VD3A 1W3HA 1GPFA 1PEZA 2WHKA 1UKPA 1JDCA 1QNSA 4MNKA 4CN4A 2VL4A 4H8HA 3NSXA 2WSKA 1JYVA 1RD6A 2C8NA 2PBOA 3WDIA 2D20A 2XSAA 5FCZA 5EFFA 4M80A 2ZUVA 1NARA 1UD6A 2OLHA 5E6ZA 5BXRA 1MW1A 4GXPA 5FIPA 4JKLA 1OB0A 1JAEA 1J0ZA 1WDPA 3WNOA 1GJWA 2VZVA 2EPKX 1OIFA 3WH7A 4HPHA 1GOKA 3IANA 3WUEA 3DYPA 4ZENA 3BAYA 2OYMA 1EXPA 3WQ4A 1EH9A 2GSJA 4QP0A 2JFEX 3D5HA 2FH6A 3PTKA 4WJXA 4DUVA 4GZIA 2C7FA 2WC7A 3B9EA 2ZIDA 1M03A 4W5UA 5A6SA 3ALFA 2DH3A 3LPFA 2NW0A 3VIFA 1J18A 3WEOA 1H3GA 1H11A 3VNYA 1NOUA 3HJEA 4PCTA 2YLLA 2FHCA 3L4WA 4CN6A 5AC5A 3GBEA 5D8WA 3DHPA 3WF4A 3NIYA 4H04A 1J10A 4NSBA 5C70A 2J79A 1FP8A 1XYZA 1WZAA 2YDRA 1XRVA 4TX8A 3II1A 4A3YA 4GQRA 4DM1A 2F2HA 1FH8A 1CECA 4MDPA 2Z1KA 4WF7A 2CCRA 4GQQA 4AMCA 3TONA 1Q6CA 1B31A 4ZEPA 2BY3A 2Y24A 1QNOA 1QNRA 3W29A 2WKGA 1Q6EA 1OGGA 3IJ8A 1JXJA 1EQCA 2WXDM 4HA1A 3VOCA 5TD4A 3SEPA 1WNOA 1BF2A 3GNOA 5I5RA 1HNYA 1Y7VA 3ARQA 3VM7A 4D6JA 2D0HA 2WMIA 1TZ7A 4U5KA 4PSPA 3QOMA 5IHRA 4EANA 4AWEA 3O9NA 5IDIA 3ZT5A 1OSEA 4P7LA 4ZE5A 1CBGA 4RL3A 2DEPA 5I77A 3SUWA 1FP9A 1NWTA 2VI0A 2XWEA 4UQDA 3LMYA 4MNMA 4PMUA 4MAZA 1V6VA 4MPKA 4LPCA 3TOPA 2GJXA 1KGXA 1TVPA 2WVSA 1HJUA 2DT2A 3WFLA 3ZJ7A 4B3LA 1XSIA 1XH1A 1QHOA 4CCDA 1W2VA 1JI2A 1C93A 2V38A 1VRXA 2X05A 1H2JA 1BGGA 1V3JA 3OA5A 3BAWA 1MW0A 3DYOA 1KBBA 1UQYA 4TX6A 4UFHA 4U31A 1VBUA 3TTYA 3U7BA 1MFVA 4W8BA 3CHDA 1OIMA 2ZX6A 4GI6A 1H5VA 1PX4A 3VIMA 4AZBA 1NM9A 1HP4A 4QFUA 2GDUA 3AIUA 3O6AA 3VILA 2WHLA 4BQ2A 1VEMA 2BHYA 5M03A 1BLIA 2YA2A 2XGIA 2WZIA 3EDEA 1GONA 3JUGA 1DWGM 3N11A 4PRWA 1G9HA 5A95A 3WDRA 3WD3A 4M8UA 1K9EA 5BCAA 3VDBA 1RPKA 3VIKA 5A6BD 4JL1A 1I1WA 1PX3A 5A6BA 1V08A 2WAGA 5A8NA 1ITCA 2A3EA 2BV9A 2J78A 4N42A 1C8QA 1WE5A 2AAAA 5LYRA 2ZXAA 1V3IA 3ZT6A 5CZKA 1US2A 1OGBA 3K4AA 4P7NA 4NF7A 1J0JA 2WSPA 4UFLA 1U33A 1V0NA 1GOMA 2YJQA 4HP5A 3VMPA 1JZ7A 2J4GA 2E8ZA 4B15A 1MQPA 4FLQA 3ARXA 4J3VA 1CENA 3CPUA 1O6IA 4NRRA 4GO8A 2EPMX 1QHPA 2XFFA 4U2YA 4CD5A 2XVLA 3U7VA 1B1YA 4PTVA 1R7AA 1DWJM 1V0LA 4EK7A 4WKAA 1ODUA 1W1YA 1WO2A 4S3KA 3PZOA 4HOXA 1KBKA 4KGJA 2J62A 3SCWA 4W88A 1B3YA 4M56A 2ZUWA 3T2OA 1B0IA 3MV01 4JIEA 3CUHA 4E4PA 4TTGA 2D24A 4ACZA 4URIA 1GJUA 2VNCA 4AZ7A 1V3KA 3APGA 1E3XA 5DEZA 2JEQA 4HOWA 2WVTA 1CGTA 1XV8A 4RE3A 3MSDA 1BVZA 1J0IA 3ZR6A 3ZO9A 3E1F1 2VOTA 9CGTA 5HDRA 4AZCB 4GI9A 1B9ZA 4PUDA 3PZ9A 1VBRA 5CGMA 4P8VA 4Q7NA 3GH4A 3SUUA 1UD2A 3WMCA 2FGLA 3AICA 3BCFA 3WL1A 6CGTA 1AMYA 1V0KA 1JZ8A 4CCCA 1VFFA 4HZ6A 4WIWA 1E4IA 3IAQA 1J0KA 1V3LA 1KXHA 3AHTA 1ZBWA 5GNYA 1XH0A 3RJYA 2GJRA 4YHGA 1JIBA 2ZICA 3FAWA 2JEPA 3GYCA 5DFAA 4IISA 3QHOA 1E70M 1SR0A 3OLDA 1LL6A 3CZEA 1HN1A 1JFXA 2PWDA 4AD2A 3ARPA 4E8DA 2GDVA 4X0VA 2CESA 3WNMA 4IPLA 1QI5A 3WENA 1CGVA 1CGUA 3N12A 3AIWA 3VIOA 3VU2A 2DIJA 5EB8A 1VB9A 4KRTA 4YN5A 2V3DA 5E0FA 3WNNA 4MB4A 5JUVA 1XSJA 5C71A 3L4XA 1KFWA 3VMNA 1QBBA 1WKYA 3AIQA 1JYXA 4PMXA 1V6YA 1E72M 1ISZA 3SCRA 3RPMA 2X8RA 1UD4A 3NDZA 3OLIA 4UQ9A 3WMSA 2OWXA 2JALA 2GVYA 2ZE0A 3AS2A 3EDDA 2QPSA 5C8BB 1MW2A 3SCUA 1GVIA 4Z2LA 2VMFA 3U57A 2A3AA 2RGMA 4H8UA 1UH2A 4ATLA 1E4MM 1UA3A 2OSYA 3ZQ9A 5A6AA 2WHMA 1ZB5A 1W9PA 3UEQA 4F8XA 1JZ3A 1XCWA 4V2XA 1E6RA 1BYBA 4OZOA 3TTQA 2V5DA 1W3LA 2D0FA 2W5FA 3IK2A 4UZSA 1OWQA 1HKIA 4KWUA 5A2AA 1W9DM 4CD4A 1BG9A 2B31A 3ARRA 1GOQA 2QMJA 1P6WA 4GI8A 3AOFA 2NSXA 1JL8A 1L0PA 3CLWA 2QHAA 1HP5A 4BF7A 2W91A 1R87A 2Z1SA 2VX6A 5BROA 1V3HA 2J47A 4IPNB 1S46A 4HZ7A 4TVCA 5E0CA 1E0WA 1V0MA 3CMGA 3A47A 4M29A 1A47A 2WLYA 3NDYA 3W24A 1D7FA 2WZHA 1WP6A 3CMJA 5LA1A 5JIPA 1UA7A 4XV0A 4HOZA 1E1FA 1EOKA 2VURA 3UESA 4P8UA 5A8QA 1BGAA 2D3NA 4D1IA 2XM2A 5D9PA 1IZJA 4DWSD 4DWSA 3ARSA 4P7RA 5AY7A 4H41A 3AHXA 2X2YA 3B8SA 2YIHA 4PMVA 4CN1A 2ZXBA 1ZU8A 2XPKA 2CKSA 2D3LA 2JE8A 3QHNA 2XIBA 2OYLA 3VGEA 4ATDA 2VZOA 3AJ7A 2DH2A 2J75A 1PX8A 1MYRA 2Y8KA 1CXFA 3WEZA 2VX4A 4UFKA 4D6EA 5CJ5A 4L4PA 2WMGA 3AISA 1CEOA 1DWAM 2ZUSA 2VJXA 4HZ8A 1BQCA 4EAMA 4LGXA 4YHEA 2QMKA 3MUIA 4PTXA 1ECEA 1HJVA 3W0KA 5BYWA 4JKMA 1CGYA 2V3FA 4J3TA 1JDAA 5I78A 2ZXDA 1E3ZA 2WMKA 5CPSA 1HF6A 5HPCA 4LYRA 1EIBA 3WUGA 1MXDA 2JIWA 4AIUA 1LLOA 3VDCA 5KEZA 2EQDA 4BQ4A 4BA0A 1CXHA 3AMCA 3CZKA 1VJSA 3DHUA 1LF1A 5A94A 4W85A 1OT1A 2EPOA 4W8AA 4K68A 3WF1A 5LA0A 2VZTA 2CBJA 2WBGA 1CLXA 4JKKA 4CU7A 1FFRA 2VTFA 4PCSA 1JI1A 1GVYA 2G4FA 1UZ4A 4CVUA 2FHBA 5FKYA 2W4XA 2DDXA 3G6LA 2WMFA 3WDPP 1HVQA 1A3HA 1AQ0A 5CQ1A 3G6MA 2CHNA 4F66A 1FH9A 3WQ6A 1XSKA 2C0HA 2E9BA 3OZOA 4FF5A 1UKTA 2PWHA 3BC9A 2YDQA 3N1AA 3WH9A 3S2CA 1KXVA 3W82A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MJ2 A;  2EPN A;  2YBT A;  3VO0 A;  2E0P A;  4UQA A;  2QPU A;  3D3A A;  3MAN A;  2ZUU A;  3UET A;  3B9A A;  4JCM A;  1KWG A;  4S3J A;  4ACZ B;  5D9O A;  1OCQ A;  3MMU A;  5HNN A;  2PWE A;  2ZX5 A;  1H0G A;  3UR7 A;  2BY2 A;  4CD6 A;  1JYW A;  1KCK A;  1UWS A;  1V6U A;  2MAN A;  4BCE A;  2OSX A;  4N0R A;  2BVT A;  1GOW A;  3AS3 A;  4HTY A;  1HJQ A;  3AHZ A;  1MQR A;  3GXI A;  3WH8 A;  1E6S M;  3CUI A;  3A4W A;  1AVA A;  4WLC A;  4U33 A;  3CH9 A;  1JZ6 A;  4JHO A;  1UD8 A;  3BLK A;  2G8Z A;  1KGW A;  3CGT A;  3MSG A;  3LPP A;  4W87 A;  5LA2 A;  3CUG A;  1B30 A;  1BFN A;  4LX4 A;  4E2O A;  2IXV A;  3I3E A;  4KMQ A;  4CD7 A;  4DWS C;  1CWY A;  4R5E A;  3LPO A;  3ZM8 A;  2WWC A;  1LWJ A;  1X1N A;  1ZS2 A;  3M6D A;  4J3X A;  4HU0 A;  3RM8 A;  4PMZ A;  1BPL B;  2WZE A;  4CU6 A;  1TA3 B;  1PPI A;  1H49 A;  4GZE A;  1NH6 A;  1GUV A;  2AOS A;  4KRU A;  2XFR A;  1E6N A;  1H4P A;  1B2Y A;  2WW5 A;  3A3H A;  4OBS A;  4OUE A;  4MDO A;  3LPG A;  1UOK A;  4J28 A;  1LG1 A;  2VX5 A;  3GNP A;  2GK1 A;  4OBR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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