2O9TA

Beta-glucosidase b from bacillus polymyxa complexed with glucose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9tA00
3RJYA 3SCVA 1OB0A 3OIHA 1CBGA 3AI0A 4PMYA 1CENA 4AD1A 1FH9A 4W89A 4WK9A 3AFBA 1RP8A 5A3HA 1B3YA 2WW5A 1JNEA 1MQQA 1D3CA 2DPEA 1W3HA 1C91A 3MUAA 1PPIA 3WBEA 1KXQA 4YN5A 5HNNA 1TVPA 1H2JA 2VMFA 4CCCA 1OM0A 4PMNA 3J7HA 3PTQA 1JIBA 2DT3A 5AC5A 2D23A 2ZX7A 2WVVB 3DYOA 2BS9A 5FL1A 5C8BB 3VNZA 1EDGA 2ESCA 1MYRA 3K4DA 4P8VA 1W1YA 2EPOA 1UUQA 1M04A 2O9RA 1E4MM 3N9KA 1K9FA 2DSVA 3TTYA 2JEPA 4UFHA 2Z1KA 2E0PA 3RM9A 5BRQA 1XSIA 1W3KA 5FD0A 4Z2LA 3SUSA 2VZOA 4H8HA 3AIBA 3AISA 3OGRA 5JBEA 1VAHA 3MANA 3ARZA 4PMZA 1ODUA 1FP8A 2WCGA 5GNXA 1KXVA 1GJWA 2ZXQA 5E0FA 1QW8A 4GINA 5I3DA 3IAQA 2V3FA 4Q22A 1QI0A 4H41A 4TTUA 1MW0A 4TX6A 4HPGA 3WUBA 1MXDA 4AIUA 3GBEA 3KEHA 3E1F1 3WQ4A 1TVNA 1OSEA 3QHOA 3QHNA 2W61A 3G6MA 1M53A 3ZQ9A 1UH4A 4PBGA 2O9PA 2W62A 2TAAA 4Q7NA 4FLQA 3ZT5A 1NQ6A 4M81A 2CBIA 3BAXA 4V27A 2PBOA 4JIEA 2J77A 4AZ5A 3PZVA 1HJQA 4M80A 2E8YA 4J3SA 3FAWA 4W84A 2DEPA 2NSXA 2CHOA 4U33A 1E5NA 2CBJA 2QLYA 2WZIA 2J74A 1PAMA 3ARPA 4EK7A 5M5DA 1M7XA 2XUCA 1UWSA 3W25A 2VT0A 3MUIA 3RCNA 3MV01 4KGJA 1GW1A 1DHKA 1TFVA 1UD2A 1JF6A 3LPFA 1TA3B 1F4AA 3N04A 3CZLA 2VR4A 2VX6A 3VTRA 4QP0A 4MJ4A 4MAVA 1LWHA 2EPNA 3AYRA 4M29A 5A94A 3ZIZA 1UR2A 5A6BA 2QF8A 4LPCA 1E55A 4JFUA 5CZKA 2JE8A 3K1DA 1EDTA 2E9BA 3GXFA 4B3LA 1CGTA 1GZJA 1HKIA 4NF7A 2D0HA 4D6CA 2VVNA 1MWOA 4HPHA 4B15A 4AXNA 4OJYA 1JAEA 1GORA 5ABFB 1E73M 1X1NA 1V3LA 4AD0A 1GQLA 1VIWA 3T0BA 3M07A 4EE9A 3AMCA 1LL7A 4D72A 1UZ1A 5E6YA 4U2YA 3CBWA 1UD8A 3S6TA 3WQ6A 3HJEA 1NWRA 3IK2A 3ZJ6A 4P7OA 1C8XA 3U57A 4DM2A 3AHVA 3A4XA 4F66A 2ZUUA 1ISVA 3EMZA 4P8UA 4P7LA 1TMQA 1HJSA 2XVNA 2W67A 2ZE0A 1KBKA 4V2XA 4Z2JA 1TG7A 4R27A 1CYGA 1GVYA 2BHYA 5A6LA 3M6DA 3PTMA 4A3HA 3CUGA 1HN1A 5I77A 3IJ8A 1J10A 3FHQA 1O7AA 2XPKA 3OZOA 1QBAA 5A6MA 5FCZA 1E3XA 2X05A 1J0HA 1I1WA 3SURA 1MW3A 4OKDA 3ZMRA 2V3GA 1CXIA 3U5UA 1QOXA 4JHZA 5A6KA 5HPCA 2J79A 1R85A 1GQKA 1CXFA 2JIWA 4U5KA 5DFAA 5CG0A 3WFZA 2FH8A 2CBUA 3I3DA 3N1AA 1B90A 4JFSA 1OIMA 3WBAA 1UG6A 2ZOXA 2G3JA 3AICA 4H04A 5A6JA 1V3HA 1DWGM 1JYXA 1UWIA 4CCDA 1GJUA 1W91A 4QAWA 5E0CA 2V3EA 2J78A 3L2MA 4W8BA 3W29A 5HBFA 3AHTA 4HZ7A 4E8CA 5EFFA 1QNOA 3GXMA 1B30A 4UTFA 3VDBA 1GPFA 4B9YA 3SUTA 3EYPA 1HXJA 1WDSA 3VDAA 4ZFMA 4HOXA 4MTVA 3WUGA 1H41A 4JKLA 4MB5A 2NT1A 3VIHA 2CETA 4DUXA 4UQCA 4PTWA 3T0AA 1E6XM 1OGGA 3TP4A 3RILA 3W53A 4AD2A 4JCMA 1NWSA 4WIWA 3ARQA 2JIEA 1JF5A 3L4YA 3W37A 4UCFA 4N42A 4FLRA 1UH2A 4F79A 3U5YA 3A4AA 4ACZA 1VEOA 1J0KA 3ARVA 1HP5A 4W85A 4PUDA 4CN4A 3GDBA 1AVAA 2YIHA 4E2OA 2HISA 1W2VA 3NUKA 1H0IA 1PX4A 4AZCB 3GTNA 5GNYA 1XCWA 2V5CA 1LL6A 3KL3A 3W27A 4LXFA 2XHYA 1US3A 2WMFA 5EBAA 1KXTA 3G6LA 3BSHA 4YHGA 3AZSA 2DT2A 1QHOA 2GVYA 5DT7A 5EB8A 4UQDA 3N15A 5I23A 1VB9A 2WMHA 4URIA 1E1FA 1UKOA 4GQQA 1HT6A 2G3MA 4NSBA 3II1A 3AIRA 4BF7A 1WZLA 1LWJA 4F9DA 5I24A 2VRQA 1M03A 1KFWA 3SCPA 1WZAA 2WMJA 5IXEA 2ZUMA 2YJQA 3GH5A 3ZJKA 4DWSB 5HDRA 4EAMA 1IT0A 3QR3A 3WQWA 3BLPX 3TOPA 2CCRA 5JBFA 2AMGA 3FHAA 1V0NA 4AZBA 3AIQA 4ATWA 5BCAA 4PMDA 1W9VA 2WWDA 4QCFA 4W93A 4U2ZA 2GJXA 1CWYA 1V03A 4W88A 5IHRA 1QNPA 1EOMA 2FHBA 4U3CA 2OLHA 1R8LA 2BVYA 3CHDA 3POHA 1TZ7A 2J25A 3UR7A 1CNVA 2QPSA 3WKZA 4J3TA 4C7FA 4HA3A 1OIFA 3BSGA 1UWQA 3IJ7A 2WBGA 5HXMA 2DSZA 1RD6A 2WXDM 4WJXA 2NT0A 1UD3A 4FMVA 5FOOA 3AMLA 1KGUA 2YA0A 3EDDA 1XD0A 3SUVA 3WD1A 1HKJA 1UKTA 1GCYA 4UQEA 1OGSA 5KEZA 1VEMA 1HL8A 1QHPA 5M3WA 3AMGA 2WMIA 1NWUA 4FLSA 4XB3A 2OWWA 1W9UA 1ZBVA 1B3XA 2VR5A 2WCSA 3CGTA 3WN6A 2ZXDA 3VIOA 2J4GA 2GDUA 2JALA 4PTXA 1XH0A 2UY3A 3WNOA 5I2UA 4MB1A 5A6AA 5M17A 1G94A 4AW7A 2EBNA 3L2LA 4P7RA 1UZ4A 3UG3A 3B9DA 2EQDA 3WEZA 3QHMA 4UFLA 2GFTA 1HIZA 2J7GA 5LYRA 3CH9A 4CU7A 5DT5A 3NDZA 1W1PA 4UFKA 4E8DA 3NSMA 3ZR5A 2XFYA 1OGBA 4RE2A 2ZUTA 4YHEA 3DC0A 3CZKA 4CN1A 3RO8A 3SCSA 2WVSA 2WBKA 3UG4A 1JDCA 2ZWZA 1B3ZA 4GIAA 1OCQA 1UR9A 4KGLA 4J27A 3MUZ1 1QI3A 3BAYA 4PYSA 4LX4A 1UQZA 4MNLA 2YOCA 4Z2IA 2QHAA 2FHCA 3HU7A 1HL9A 4TXEA 2PB1A 1DTUA 2BHUA 1JG9A 2DSUA 4OBRA 4PMUA 1RH9A 4ZE4A 4P8WA 4CKQA 2CXGA 4CU6A 3I3BA 1LG2A 1PZ3A 1V6YA 3ZO9A 4WKAA 3GM8A 3VM7A 1J12A 2NW0A 2J62A 1K9DA 5M03A 3AQUA 2YLAA 1E4IA 5I78A 3VGFA 1HNYA 3OGSA 5A8MA 4M1RA 1XRVA 1C90A 2D3NA 3VIJA 2WC4A 4JCLA 5BXSA 1XSJA 2E9MA 1UKQA 1V3MA 2DQXA 1GONA 1EO7A 2VCBA 2X8RA 1NOFA 2XIIA 3CUFA 2VCAA 3SUUA 1PX3A 3KZSA 4LQ1A 4Z2GA 1QI2A 4GO8A 4V28A 1LL4A 3OLGA 1NP0A 1AQ0A 2YA1A 4QCEA 2XYLA 4UZSA 1B3WA 3PZTA 1UOKA 3AMKA 4MAZA 3OZPA 1KB3A 2WANA 4MB3A 5ABGA 2WNWA 2PWHA 2V5DA 4JL2A 4HU0A 3W81A 1TE1A 3OLIA 5CPQA 5AYBA 5D9OA 4FLOA 4W8AA 3VOCA 3CMGA 5DO8A 4LYQA 4GKLA 3UETA 2BXYA 4PEEA 4AWEA 3BGAA 1LLOA 1E9LA 4H8VA 3SCUA 1U30A 4PSRA 2QMKA 3WDQA 1FH7A 2WC7A 2F8QA 2CBVA 8CGTA 1V0KA 5C71A 3JUGA 1QBBA 3AXHA 3WIJA 2WSPA 1EQPA 2GUYA 1CPUA 3LPOA 2PI6A 1E40A 1QPKA 4CVWA 1PBGA 3AS2A 3GNOA 3OA5A 5IDIA 1H49A 3UEQA 4AMCA 3BAJA 1UKPA 1R86A 2WPGA 2E9LA 3VINA 3I3EA 1H09A 3S2CA 5BXPA 1QVBA 3CZ8A 1EXPA 3UCQA 3DECA 4AISA 3W28A 1DWJM 3NYDA 2JEQA 2C0HA 2V38A 3WMBA 3THCA 2FGZA 4QFUA 4UZUA 3MMDA 3BMVA 3WD4A 3PTKA 1W1VA 1B1YA 3RPMA 1XC6A 5A2BA 1H1NA 1G9HA 2JFEX 1JZ4A 3CUJA 1GQJA 4KWUA 2W63A 2VOTA 3N12A 1C8YA 3L4ZA 4UFMA 4D6FA 2D22A 3BMWA 4CCEA 3AZRA 1H3GA 3HMCA 2YDSA 3ALFA 1OD8A 1QNQA 4UFJA 3U7VA 1EH9A 4TVCA 3UERA 4AD3A 2YL9A 3QGVA 4A4AA 2EPMX 3PZGA 4GZJA 3VD5A 1JXJA 4WKHA 3SIMA 1HJVA 1JXKA 2XFFA 2YDRA 2CERA 3NCOA 3WD2A 2FH6A 4ATDA 5I6SA 4HOWA 4JZ5A 1HF6A 2WKGA 2X0HA 2EJ1A 4MPKA 1EO5A 4H8UA 1JZ6A 1JYVA 2VUYA 3AIWA 5HPOA 1H11A 3ZOAA 4AYSA 1Q6FA 3ZR6A 3SCOA 3NSNA 3CIVA 1D7FA 3ZT7A 4DWSD 2VX4A 1JYNA 4D6JA 3BCDA 1VJZA 4MNKA 3WNKA 1MQPA 3GH4A 1E6RA 2ZX5A 3PZQA 1RP9A 1E3ZA 3PZUA 4W86A 5CPTA 1NARA 4BCEA 4U31A 3WSUA 5EFDA 2VQUA 1A3HA 2X2YA 1JGIA 2ZX6A 1E1EA 4RL3A 3OLEA 5D9PA 1IZJA 3KL5A 3VDCA 1E43A 3DHPA 1U33A 4CVUA 2JF7A 2C7FA 1E0XA 4KRTA 2VURA 2WZEA 1ZJBA 1HVXA 1WP6A 3MUY1 1DP0A 4CD4A 1JD9A 3KWXA 2O92A 1FFQA 2Y5EA 4D71A 8A3HA 3RM8A 1P6WA 2FGLA 1KGXA 4ZENA 4GZIA 1JNDA 3RDKA 4J3VA 1CDGA 2ZUSA 2PWFA 1W9BM 3WEOA 1UYQA 1VBRA 9CGTA 1Q6DA 1LQ0A 4D6DA 6TAAA 3WF0A 2XSBA 4H2CA 1BG4A 1M01A 4BQ5A 1X6NA 3AIEA 2OYKA 4IPNB 2ZX8A 4PN2A 3FY1A 3CHFA 1WDPA 3PZ9A 4IISA 4CU8A 2PWDA 4M56A 3AMDA 1EQCA 4HZ8A 1CIUA 2QV4A 4TVDA 1JFHA 1ITXA 1L0PA 3EBVA 1VFFA 3M7SA 2XJ7A 4UQAA 2BY1A 2CIPA 5TD4A 2UY2A 1CGYA 1XGZA 1ZL1A 2CYGA 3A6OA 1BPLB 3CTTA 1XCXA 2AAAA 1VFUA 4CGTA 2CKSA 2PC8A 6A3HA 2VZTA 2WCAA 2PWGA 4L4OA 5A8OA 4E4PA 4PUEA 4XZWA 4N0RA 4HZ6A 3ARUA 1JZ3A 1QNSA 2XVPA 4ACZB 2J47A 1NM9A 4PRWA 3LPPA 2C8NA 1BQCA 5FIPA 4UQBA 3VM5A 4LGXA 1GOKA 2BFGA 1WZKA 3ZT6A 3EDFA 1WB0A 1JL8A 1KWKA 1VFMA 2CITA 3A3HA 3PZNA 3M46A 3VGGA 1JDAA 4F9JA 1J01A 3VVGA 3VD9A 2X1IA 1VRXA 3WMCA 3CO4A 4GI8A 1CGWA 1BYBA 7TAAA 3AHZA 3CZEA 3WH5A 1GHSA 1LF1A 3WL1A 1QI5A 2W5FA 1FFRA 1ZBCA 2DT1A 4AZHA 3WMSA 2VNCA 3VD7A 4XUYA 4AEEA 1UR8A 3B9AA 2EXOA 4X0VA 1V0MA 1ZJAA 3A4WA 4P7QA 1C7TA 3ECQA 4WSKA 3SCQA 3PZOA 3ARTA 4PCTA 2GJXB 1E6NA 2F61A 3T0DA 5E70A 2G41A 2WWCA 5D9MA 4ZXLA 1MXGA 4WF7A 1IZKA 2D0FA 3CZGA 4XZBA 2XFRA 3DHUA 1W3JA 3GZAA 4J7RA 2Y8VA 3VD3A 1CECA 3U7BA 7CGTA 1PIFA 2WMKA 3WENA 2UY4A 3IJ9A 1SR0A 2O9OA 5A8QA 4GI9A 1ZS2A 3VILA 5D4YA 3MV11 1XYFA 1EOKA 1UWUA 2DSKA 2QMJA 1UH3A 3TTQA 1ZB5A 4AZCA 5BXTA 2WVTA 1E0WA 3AS1A 4GXPA 4LYRA 3ZSSA 1D2KA 2XGBA 1OT2A 3QOKA 1W9PA 3AYSA 1JDDA 4HOZA 3BAKA 3WFLA 1KGWA 1JI2A 2WHMA 1DWFM 4MDPA 2VZSA 1V3IA 5IHSA 3N17A 4X9YA 3AHXA 1VFOA 3NIYA 1BAGA 3MMWA 4TTGA 1YQ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RJY A;  3SCV A;  1OB0 A;  3OIH A;  1CBG A;  3AI0 A;  4PMY A;  1CEN A;  4AD1 A;  1FH9 A;  4W89 A;  4WK9 A;  3AFB A;  1RP8 A;  5A3H A;  1B3Y A;  2WW5 A;  1JNE A;  1MQQ A;  1D3C A;  2DPE A;  1W3H A;  1C91 A;  3MUA A;  1PPI A;  3WBE A;  1KXQ A;  4YN5 A;  5HNN A;  1TVP A;  1H2J A;  2VMF A;  4CCC A;  1OM0 A;  4PMN A;  3J7H A;  3PTQ A;  1JIB A;  2DT3 A;  5AC5 A;  2D23 A;  2ZX7 A;  2WVV B;  3DYO A;  2BS9 A;  5FL1 A;  5C8B B;  3VNZ A;  1EDG A;  2ESC A;  1MYR A;  3K4D A;  4P8V A;  1W1Y A;  2EPO A;  1UUQ A;  1M04 A;  2O9R A;  1E4M M;  3N9K A;  1K9F A;  2DSV A;  3TTY A;  2JEP A;  4UFH A;  2Z1K A;  2E0P A;  3RM9 A;  5BRQ A;  1XSI A;  1W3K A;  5FD0 A;  4Z2L A;  3SUS A;  2VZO A;  4H8H A;  3AIB A;  3AIS A;  3OGR A;  5JBE A;  1VAH A;  3MAN A;  3ARZ A;  4PMZ A;  1ODU A;  1FP8 A;  2WCG A;  5GNX A;  1KXV A;  1GJW A;  2ZXQ A;  5E0F A;  1QW8 A;  4GIN A;  5I3D A;  3IAQ A;  2V3F A;  4Q22 A;  1QI0 A;  4H41 A;  4TTU A;  1MW0 A;  4TX6 A;  4HPG A;  3WUB A;  1MXD A;  4AIU A;  3GBE A;  3KEH A;  3E1F 1;  3WQ4 A;  1TVN A;  1OSE A;  3QHO A;  3QHN A;  2W61 A;  3G6M A;  1M53 A;  3ZQ9 A;  1UH4 A;  4PBG A;  2O9P A;  2W62 A;  2TAA A;  4Q7N A;  4FLQ A;  3ZT5 A;  1NQ6 A;  4M81 A;  2CBI A;  3BAX A;  4V27 A;  2PBO A;  4JIE A;  2J77 A;  4AZ5 A;  3PZV A;  1HJQ A;  4M80 A;  2E8Y A;  4J3S A;  3FAW A;  4W84 A;  2DEP A;  2NSX A;  2CHO A;  4U33 A;  1E5N A;  2CBJ A;  2QLY A;  2WZI A;  2J74 A;  1PAM A;  3ARP A;  4EK7 A;  5M5D A;  1M7X A;  2XUC A;  1UWS A;  3W25 A;  2VT0 A;  3MUI A;  3RCN A;  3MV0 1;  4KGJ A;  1GW1 A;  1DHK A;  1TFV A;  1UD2 A;  1JF6 A;  3LPF A;  1TA3 B;  1F4A A;  3N04 A;  3CZL A;  2VR4 A;  2VX6 A;  3VTR A;  4QP0 A;  4MJ4 A;  4MAV A;  1LWH A;  2EPN A;  3AYR A;  4M29 A;  5A94 A;  3ZIZ A;  1UR2 A;  5A6B A;  2QF8 A;  4LPC A;  1E55 A;  4JFU A;  5CZK A;  2JE8 A;  3K1D A;  1EDT A;  2E9B A;  3GXF A;  4B3L A;  1CGT A;  1GZJ A;  1HKI A;  4NF7 A;  2D0H A;  4D6C A;  2VVN A;  1MWO A;  4HPH A;  4B15 A;  4AXN A;  4OJY A;  1JAE A;  1GOR A;  5ABF B;  1E73 M;  1X1N A;  1V3L A;  4AD0 A;  1GQL A;  1VIW A;  3T0B A;  3M07 A;  4EE9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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