2OJP | Genus

Total Genus 103

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	292
structure length	290
Chain Sequence	MFTGSIVAIVTPMDEKGNVRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQYGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINERLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6620620945302904__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6620620945302904__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OJP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6620620945302904__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6620620945302904","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OJP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6620620945302904__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd61ba36bf49039b9db425/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd61ba36bf49039b9db425/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd61ba36bf49039b9db425/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd61ba36bf49039b9db425/pdb.gz): 758 ms

reading 290 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

290 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:289});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Evolution of quaternary structure in a homotetrameric enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	103
structure length	290
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2007-01-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2ojpA00

3UYCA 3LLFA 5C2XA 1R46A 2V82A 1O60A 1TPUA 4XTDA 1HO1A 3LCIA 5I3JA 4UCGA 4K7VA 5DBUA 2X30A 1PVNA 4JYFA 1ME9A 3NZRA 4A3UA 1IIGA 3O63A 1B3OA 1VH7A 1GJPA 5AC6A 1VPXA 2GQ9A 2P1FA 3UWYA 3TMQA 1VS1A 4UFLA 2Y62A 3EX2A 4JEQA 4GE8A 5EA9A 1FWRA 3UZ5A 5AC7A 2FB3A 4R53A 3BW3A 1YXYA 3N34A 2FPVA 2WKJA 2CLKA 2Y88A 3RK8A 2Y70A 4U28A 2CFFA 3NQVA 3DXIA 1W0MA 3H55A 2J9XA 4GUJA 3DFTA 4IMGA 2X2GA 1KM6A 4XWUA 4UTLA 3LHWA 3KFTA 1LTDA 2O7QA 3LHUA 4P2VA 2QCMA 4Q4KA 4ZQOA 5A8GA 4OT7A 3FYPA 4LV4A 2V2DA 3NEVA 1S5VA 1GVQA 1H5YA 1SU5A 1YDNA 4MFDA 2DZTA 4PTNA 1D9EA 1S5WA 4NVTA 2JKAA 3LHTA 3NQ7A 1JCLA 4S2BA 2VEMA 4A2RA 3FEMA 1NFBA 4PH6A 1P0KA 3DH7A 2X1RA 3MHGA 2NUWA 1NEYA 2NXHA 1PS9A 1TYGA 1EPXA 3B05A 4MZ8A 2V2CA 1G4TA 3GXPA 4FF7A 3O16A 2JGQA 3NQ8A 3BPWA 1VC4A 2XFWA 4ZQCA 4UTUA 1FDZA 2R8WA 2RFGA 5D37A 5EY5A 2J6XA 3BVJA 4OQVA 5DCEA 4LVFA 5K4ZA 3NO5A 3VKJA 1UB3A 1EUNA 1UCWA 5HJLA 1FQ0A 1FCQA 4OE7A 3TAOA 5J5RA 3WK1A 4OBTA 5HMSA 2GOUA 3HF3A 3MBDA 4JTIA 1W3IA 2TRSA 4BI5A 1FDYA 4NJGA 3W1QA 3EWWA 1B4EA 2Z0IA 2FJKA 4ORIA 3TROA 4UFMA 2AGKA 3W1NA 4N9BA 4AF0A 1PE1A 1JULA 1K7XA 1XM3A 2QDGA 4QIUA 3HMJG 4FNPA 4O15A 4M7TA 4P61A 2YXGA 1Z41A 4NUWA 4AHOA 4I9AA 3LX9A 5D05A 4MKNA 2NV1A 1SW3A 1OX5A 1ICQA 3IGXA 4DQWA 1ZY9A 1SZEA 1CI1A 3GIYA 5A5WA 2B7PA 3CWOX 4QAIA 1YDVA 5AHMA 1H50A 5G1YA 1DHPA 3QZEA 4XUGA 3NPXA 4ORMA 3SGZA 4IMCA 3PM6A 2YFNA 3QC3A 4UTJA 2X1SA 1AW5A 1XUZA 3W83A 3SECA 5HR7A 4N6EA 3OBKA 3G1DA 3LXCA 4DPPA 4N4QA 5KZDA 4O1CA 1QOQA 5FEXA 3L0NA 1O95A 3A22A 3EKZA 2A85A 2C16A 3B8DA 1FWTA 1XXXA 2C1HA 4O28A 4AVFA 2LLEA 2YYTA 1R30A 1VLIA 1LLWA 5HUOA 5CPMA 3NDOA 4RLIA 5AFDA 1EWDA 4Z1DA 4MZYA 1U83A 1H7WA 5G5IA 3OA3A 1W5NA 4CQAA 1GYLA 5K9DA 1AL8A 1TB3A 3W2MA 3ATZA 2ZA3A 2WV8A 1T8XA 3O8AA 2OT0A 3G0SA 4U4MA 3ABRA 2A2IA 3WJSA 3HPXA 1AW1A 2QCDB 1KBJA 1P0NA 4MPQA 3TR2A 1SSGA 5CZTA 4HIBA 1JQVA 2YW3A 4YXGA 3BG9A 5FEPA 3EXSA 3W7QA 2VXNA 1EX5A 2JBMA 3LTPA 1I2OA 3FFSA 1KLZA 1FCVA 1SUXA 2FQIA 4JNMA 5BRBA 4UFIA 5CPNA 4Y90A 3RF9A 1F05A 3GDLA 3DI0A 1F2JA 1HG3A 4ICNA 4HNUA 2YR1A 4FX6M 4Y8FA 1TJPA 1B57A 3QSRA 1NF0A 3RMJA 3L5MA 3HG4A 3WJYA 4E2BA 1ZJIA 3LI1A 1IXNA 3DFQA 4O0ZA 1LZOA 1UUOA 3ZWSA 3LCGA 1TPC1 4RR4A 1RPXA 4KKXA 5EPDA 2TPSA 3R12A 3PS7A 1LROA 3DENA 4BI7A 3QSTA 3AJXA 3QMTA 1GQNA 4RCXA 4TR9A 4R7JA 1KFKA 3G8EA 5BNKA 2ZYFA 2DJXA 3UWUA 1W31A 5BOOA 1XBVA 3T7VA 4RKAA 2V9DA 2ZZ6A 2E1DA 2HMCA 3NM1A 3TNOA 3P74A 2FFCA 1YPFA 3S5ZA 5E0KA 3L21A 2Y89A 1Q6OA 2GJLA 3OVPA 4HT3A 1G4SA 1UBSA 3HG5A 1M7PA 3N3MA 4H6KA 4RZ5A 4DO5A 4A2SA 3W1TA 1Q6RA 3PBVA 1W56A 3N19B 4UTTA 3L66A 1K02A 3G1YA 5FF4A 2VELA 4NXKA 3W7JA 1W5OA 2B7NA 3NPUA 2DZVA 2ZFAA 2YDAA 4TX9A 2I14A 3EKLA 5AB3A 1BKSA 4IWWA 1SO5A 5AN7A 2AAMA 2DU2A 3BV4A 1G4PA 2V5LA 1OJXA 5HUPA 5KITA 1ML1A 3TC6A 3W1MA 3NAVA 3W1UA 1SO3A 3TJLA 4JIPA 3W7LA 3E49A 4QQ3A 3GAKA 3DI1A 4JY8A 3W86A 1R2TA 2B7OA 2Z6JA 1JUEA 3N73A 3MP3A 3BGJA 3M6YA 2H6RA 1XUUA 3O1NA 1DVJA 2ZBTA 1LYXA 4TU1A 3TXZA 3OG3A 1BTMA 3TX9A 1JQXA 4O16A 1W5MA 3UY7A 5AHNA 4XBSA 3C61A 4JTSA 3BLFA 3CC1A 3BARA 1TPVA 2QCCA 2BXVA 2D73A 4RZ4A 1H1YA 1HFBA 2OJPA 1YTEA 4PEKA 1H1ZA 1YPIA 3QEZA 4ZQPA 3BK0A 5C6MA 3TC7A 3R8RA 3PUDA 3B0PA 3VE7A 1ZAJA 3LTSA 4K38A 4Q32A 3L5LA 4O52A 1A5CA 3PR2A 1P5BA 1QO2A 1X8FA 3C52A 2A1YA 4UIOA 3UWWA 1GZGA 3NL6A 3GK0A 2ZTKA 1OFOA 1W54A 3W2KA 3P62A 2BLEA 2GPTA 4GUGA 2QCDA 4PODA 3EX1A 3TW6A 2DZSA 1Q3NA 3QW4B 3FOKA 1XKYA 1W5QA 1IXOA 2NX1A 3HPSA 3LCXA 3N9RA 1OFDA 1JCYA 1WX0A 3NVTA 1AW2A 1CX9A 4JIQA 4O1BA 2QJHA 5F2MA 3CWNA 4HSNA 4RXGA 2YFOA 1H63A 1J4EA 1MEWA 1VZWA 2E6DA 1F5ZA 1VYSX 3P82A 5KSWA 2C15A 1VQTA 2YZRA 1SW7A 1H51A 3W85A 2NLIA 1L9WA 3QW3A 4UFJA 3W6YA 5BMWA 1KBIA 2XN0A 1KFJA 3O05A 4NX5A 3VCRA 3QRHA 2ZZ5A 1XDMA 3CIXA 2WQPA 1C29A 1L6SA 4FNUA 2Y63A 2X1UA 3I7SA 3RFAA 3G18A 3LRMA 1RR2A 2HSAA 1DQXA 3I6RA 4MYXA 4C1KA 4DPQA 3R2GA 1O5KA 4K8HA 3A5VA 1NVMA 4BFAA 2BX7A 1I2PA 1WBHA 2ATSA 1THFD 4HHPA 1FXQA 4NJHA 3G0UA 4UR8A 3W7MA 4ZQNA 3H53A 4NNBA 2ISWA 2Y7FA 1TRIA 4CLMA 3DU0A 1DV7A 3NGJA 1XCFA 4DELA 4FB7A 5K2ZA 2F84A 1KFCA 2G95A 5DXXA 2PRHA 3GR8A 2IQTA 1PIIA 4CNNA 1FDJA 2ZRVA 3ATYA 1ZNNA 1ONRA 2OT1A 3GYEA 3P61A 1TCDA 4LUJA 3S5YA 2XN2A 1WQ5A 4NXSA 3LI0A 1TV5A 1O5XA 3Q94A 3SI9A 4RJEA 4JR5A 2WSRA 2Y7EA 2YYUA 2E09A 3WJZA 2QCGA 4IMDA 3W7CA 5DN1A 5LNSA 3IVUA 2GJNA 3YPIA 3KRZA 4RZ6A 1GVSA 4GWEA 3M7WA 3E96A 4LWWA 1GTHA 5C55A 1QDSA 3BW2A 5D2TA 3ANYA 1RQHA 4IXXA 2GVGA 3QQ0A 1E51A 1OFBA 3CEUA 2C18A 4LC6A 1TIMA 4I7VA 3G24A 3M47A 3LB0A 4A22A 4DF1A 4ZMGA 3L0GA 4JTKA 1AK5A 2GQ8A 1SPQA 2VEKA 1FWNA 5D09A 4WOZA 2H3DA 3S5NA 2ZTJA 3BO9A 4MLJA 2ZCGA 4YL2A 5DY3A 1I2NA 4MJMA 3UNDA 4NNCA 4CNPA 1YDOA 2VENA 4AB4A 3O6CA 1HO4A 2VFFA 5TQLA 4TMCA 2ZZ4A 5CG7A 3C4UA 4PL2A 3TDFA 5HWNA 1JVNA 2DORA 1OYCA 2P0OA 3WK0A 3G1HA 4UNKA 1MXSA 3M16A 4FIRA 5F2LA 3OHIA 1JUKA 3ZS4A 1H61A 2CZEA 4DBEA 2NXGA 5F1UA 4NQ1A 5F4XA 3LCLA 4O57A 5KTLA 4IMEA 1WBJA 4CQ8A 1F73A 1OFAA 3NG3A 3GDMA 1F74A 1DJNA 5FEWA 5DCDA 3MP4A 3W1LA 4CQ9A 1QR7A 3CHVA 5EKYA 1RD5A 1YLVA 2Y7DA 3W88A 3QPYA 4AHQA 1TMHA 3MI6A 1GG1A 4UTMA 1FWWA 2VFEA 3QYQA 3QF0A 4UFHA 1S5TA 4YLWA 3TU9A 3KXQA 1KFEA 4ZQRA 2FPYA 4D2JA 4IQLA 4HNTA 3LCHA 1ALDA 3KVLA 4JX5A 5AOUA 2J88A 4EVZA 4O18A 3EWZA 3MYOA 1OK6A 1QFEA 3S1XA 4YCOA 4WX2A 4GUFA 3R89A 1GOXA 3TIMA 1GT8A 3KAOA 2OX1A 1F6PA 3P84A 3PBYA 3FKKA 4LVAA 3LCWA 1IIHA 4O53A 3T55A 3QMSA 4GFSA 1QNVA 4WOQA 3MJYA 4MOZA 3S9YA 5LNRA 3B0UX 1QMLA 3OEXA 5KMYA 5KZEA 1LM1A 4JTFA 2FTPA 3QM3A 1K03A 4PCFA 5ABTA 1KTBA 4I7WA 5CZSA 3L0KA 3KX6A 2ZRWA 1WOAA 3HOJA 1QPQA 3NQGA 2WSQA 3SW6A 3PAJA 2ZA2A 4AAJA 4MFEA 4YWIA 4FNSA 3W23A 2G5WA 1A5AA 2G96A 4UTTC 4O8RA 4O13A 2NUYA 3FA5A 1I4NA 3MWAA 2EPHA 1KV5A 2G97A 2ALDA 5F1VA 2VOMA 4QISA 5E1QA 2CLOA 1OX6A 3LHZA 3DFOA 2QUTA 3S8HA 3U6WA 4XTIA 3SR7A 2H3BA 3F03K 1IGSA 1WOBA 3M0ZA 4N9EA 4IPJA 1KLYA 1OK4A 4I7UA 5LNVA 1SQ7A 1AG1O 3WJXA 2WSYA 4NZJA 1TTPA 3KHJA 3SGUA 1DL3A 4RX0A 3S1VA 1GVOA 5EYWA 1KTCA 3DAQA 3C56A 4LRSA 4RXFA 5AHIA 1H7RA 3OVQA 1EA0A 1JCNA 4UTWA 3UWVA 2ZQ0A 1JCJA 4GUIA 1LBFA 4M5PA 3TMLA 2YSWA 2QF7A 3DZ1A 4A29A 3IIOA 1U5JA 3PG8A 3RLUA 3I7QA 2NV2A 3U8GA 3R5EA 2YW4A 4WUIA 1ICSA 1N8FA 1AMKA 1SFLA 3IVSA 4KFPA 4JD4A 4UR7A 3UWQA 2KZHA 4ALDA 3C3NA 1KFLA 1X1OA 3C2RA 4K6AA 3IIPA 2F7FA 5CKSA 5FF2A 3QMRA 1VLWA 3H54A 4GJ1A 1BWKA 3B04A 3PVFA 3BGGA 2QKFA 3QPZA 5AHLA 3PBUA 5EL1A 2VKZG 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UZD A;  2FHC A;  3HBL A;  1RXO B;  4Y9A A;  2Z2A A;  2CIT A;  1NDW A;  2CLE A;  5LKY A;  5J5D A;  4MMW A;  2FIQ A;  4XAY A;  3OVG A;  5AYY A;  1EP3 A;  2Z4G A;  2A3C A;  4Z08 A;  5DX7 A;  1HT6 A;  1XBX A;  1PZ3 A;  1VFU A;  5BWF A;  1SJD A;  5HIN A;  3T0C A;  3QBU A;  2JKE A;  1KM1 A;  4GQ0 A;  1R0M A;  2PWE A;  4CGT A;  3FHQ A;  4K3Z A;  1UR2 A;  2QEZ A;  4O11 A;  1J2W A;  1P0D A;  3I65 A;  4NZ5 A;  2YA2 A;  4UNI A;  3AS2 A;  2WHM A;  1NH6 A;  3EWC A;  2W62 A;  3ELF A;  3VDH A;  2J8T A;  1XGD A;  5TBO A;  1VEM A;  4HOZ A;  1K77 A;  4CEX C;  4FOJ A;  1UKO A;  1RVK A;  2WHK A;  3GVG A;  5GNX A;  1BGA A;  4Q33 A;  1F6K A;  4O12 A;  2X0H A;  4QJ5 B;  4U10 A;  1O5R A;  4B92 A;  3R7M A;  3EKG A;  4HPH A;  2G4F A;  3LA4 A;  3K8L A;  4O14 A;  3FX4 A;  3H6O A;  4XAG A;  2E6A A;  1JPH A;  3SSZ A;  2J7C A;  5LNU A;  1S2T A;  4HZ7 A;  3A21 A;  3V0T A;  2V5C A;  5TIM A;  2Q3R A;  3WF3 A;  4OHQ A;  1EYE A;  1Q7Z A;  5CAH A;  1XG3 A;  2QUN A;  4LXF A;  2NW0 A;  5E93 A;  4N6F A;  3VC5 A;  3IIV A;  1IT7 A;  1UZ4 A;  3VD9 A;  1VJI A;  1ZRQ A;  2ZRY A;  3OTR A;  1OWQ A;  3BE7 A;  1DWA M;  3K30 A;  3Q67 A;  4HNL A;  3ARU A;  1CEN A;  4L65 A;  1QAT A;  1CEC A;  1OVD A;  2R91 A;  1NTH A;  2GL5 A;  3KHD A;  1MXG A;  1UD5 A;  5LIU X;  4J9J A;  4IJC A;  4QG9 A;  4E2D A;  2GGJ A;  5FD0 A;  1VF8 A;  4M24 A;  4ROP A;  6XIA A;  2DSW A;  1CWY A;  1AH3 A;  3N4F A;  3QZA A;  1GWJ A;  1TV3 A;  4X63 A;  2A21 A;  3U4F A;  2CYG A;  4ACY A;  5IXE A;  3G1V A;  4XD3 A;  4CNS A;  1UD8 A;  3JZE A;  1Q66 A;  3OIH A;  4L64 A;  2FMN A;  2C1G A;  4PUE A;  4PB3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2OJPA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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