2OMA | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	250
structure length	249
Chain Sequence	ASKPQPIAAANWKCNGSESLLVPLIETLNAATFDHDVQCVVAPTFLHIPMTKARLTNPKFQIAAQNAITRSGAFTGEVSLQILKDYGISWVVLGHSERRLYYGETNEIVAEKVAQAAAGFHVIVCVGETNEEREAGRTAAVVLTQLAAVAQKLSKEAWSRVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEVHELLRRWVRSKLGTDIAAQLRILYGGSVTAKNARTLYQMRDINGFLVGGASLKPEFVEIIEATK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Perturbation of the Dimer Interface of Triosephosphate Isomerase and its Effect on Trypanosoma cruzi. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma cruzi
total genus	80
structure length	249
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-01-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2omaA00

2CZ5A 1EP3A 1NAL1 3CEUA 4LOCA 4MY9A 2E6FA 2RDWA 1LM1A 2WNNA 2DZTA 4ZQPA 2Z2UA 4MPQA 4DELA 1ZCOA 2G5WA 4NT0A 4H3DA 2EGZA 3ZS4A 4RLIA 3GXPA 4HPJA 1OJXA 3UWQA 4GXMA 3UPBA 2QCCA 3ZWSA 4HNVA 1VGAA 3FJLA 2EPHA 4KWVA 4XTIA 1KBJA 3GDTA 1KM5A 4BFAA 2NX3A 5CSSA 5G2IA 1C9DA 4IUOA 4MZ8A 3CIXA 5LGZA 4PODA 3R8RA 3MHFA 2LLEA 1H63A 1OFDA 3INPA 3L0NA 1W3IA 1W0MA 4Z0JA 4EVZA 2ZTJA 1K7FA 3G8EA 4JYFA 2FDSA 3NQGA 4JIPA 2Q8ZA 1PL9A 4LVAA 4MIMA 2Y7EA 3FYPA 1VQTA 2YGYA 2E1DA 3LI1A 5G2HA 1KFEA 1XL9A 2ZCGA 4M5PA 4CNOA 4UTWA 4O14A 2WSRA 3MUXA 1B4EA 1TTPA 3KVKA 3OVPA 2ISVA 5CPMA 2I14A 3EKZA 3CEPA 2BXVA 3U6WA 4JIQA 2DZVA 3M41A 4U4MA 1JCJA 1W54A 4FXSA 2C14A 5ABTA 3HPXA 4Z0SA 1SPQA 1KLYA 3W23A 5K3VA 3OBKA 4RZ4A 1J2WA 5MHBA 1ZAIA 3A21A 3BW3A 4J9JA 4LC6A 2Y89A 1W1ZA 3LOTA 1OX4B 1TPWA 3TFXA 3BW4A 2NV2A 2OX1A 1TPUA 3MBDA 1J4EA 5DBUA 4IMDA 4KFOA 2P10A 3NPXA 4XTDA 2YFNA 2E5DA 3O1NA 4O19A 1PE1A 1YDVA 4AWUA 1QNVA 1TRDA 5E93A 3LCFA 4NJGA 4UTIA 1O60A 3EXTA 5LHFA 4O0KA 1AG1O 3C3NA 1KM1A 4BI6A 3UWWA 3IVTA 1OX4A 1DHPA 1FCQA 3CWNA 3S1WA 3THAA 3UXAA 1XKYA 1VH7A 3BLIA 3PBWA 2Q3RA 5AOUA 1M6JA 5IBXA 3W6YA 3Q2DA 3WK2A 4Z1BA 5C55A 3W7NA 1WYIA 5BMWA 3STFA 2YSWA 4ONVA 5FI8A 5DCDA 3EWBX 3NL2A 2NXIA 3W3OA 4AHPA 2GQ8A 3LCLA 2OCZA 3GIYA 3TMLA 4DBDA 5CG7A 2TSYA 2NX1A 4UTLA 3NQ6A 1ME9A 1O4UA 4NX0A 4O1BA 1FWSA 3DXIA 3N2MA 3LLDA 3W7IA 1I4NA 3Q58A 4U28A 4NNAA 1AL8A 2GJNA 4UTTA 3W7GA 3T55A 4AWSA 5U4NA 1MZHA 4O17A 4QAIA 4R53A 2WV8A 3KX6A 2QCGA 5HWNA 4LVGA 1PHQA 1X7FA 4RK8A 5HUPA 3QYQA 3SGZA 1IXNA 1L6YA 1DQWA 3W7CA 4ADUA 3LTPA 4PTNA 1G4TA 3HQ1A 1KV8A 2ZRVA 1YXDA 4K7YA 3BK0A 3N9SA 3LHTA 2RHGA 2QUTA 3R89A 5D38A 3E9AA 3EX4A 3HJZA 1QAPA 2HS6A 3EXSA 1K8ZA 1R30A 3IGXA 5D37A 4AHOA 2FFCA 4ZQCA 1A5AA 5DCEA 2YX0A 5I3GA 5I3IA 2YYUA 1GWJA 1YXYA 4GWEA 3STCA 4GUIA 2DJXA 2Z0IA 3C2OA 3E02A 5F4WA 3G1YA 4XWUA 4OWGA 3T78A 3TA6A 4O4WA 1UUOA 4A2SA 4PFMA 1NSJA 1CW2A 2C1HA 1B3OA 1GOXA 3KOFA 5LHEA 5D02A 5DXYA 2Y63A 5CZSA 1ZJIA 3NL5A 2YPIA 1VR6A 4ORMA 4JGDA 3R5EA 1OYCA 1XBXA 1NVMA 1G7VA 4WZHA 5BRBA 4WJEA 2AGKA 4S2CA 3BLFA 3TFCA 1KM2A 1YPIA 4ZQNA 1X8FA 4M6VA 3EX1A 5AYXA 1BTMA 3DH7A 1TPB1 2NX9A 4O10A 2ZA1A 1D3GA 5I3KA 5KZMA 3MP5A 4MKNA 3E12A 5CSRA 2J24A 3HGSA 3P62A 1GPWA 5AHIA 4AH7A 2J27A 3ZWTA 4UCGA 3B0VC 1ZNNA 1T0OA 3QH2A 1Z44A 1VYSX 1QDSA 3I7SA 2ZZ5A 4L4LA 4Z08A 2VFFA 3HG5A 5G2WA 4BR1A 4CQ8A 4A29A 1KW1A 3EXRA 4ZVJA 2CZDA 4NVTA 4Y8FA 3IEBA 4MVAA 2F84A 2VFGA 4QSHA 2X1UA 3EWYA 4IMEA 3HO8A 2HSAA 4UIOA 5C6MA 4M7TA 4E2BA 2E68A 5D2WA 1WXJA 4CQAA 1SSGA 3M7WA 3PUOA 3STGA 2V2CA 5FEWA 3K30A 4Y6GA 2X1SA 1SW0A 1G69A 4JS3A 3W7JA 4IXHA 3OVQA 1WA3A 3QSTA 2NLIA 4GBUA 5G4WA 1Z48A 1FWRA 2A85A 4PA8A 1YLVA 4DF2A 3I6RA 3LX9A 5TQLA 4DBEA 5K2ZA 3W7QA 2Y61A 4MUZA 4NJHA 3W7OA 2Z6JA 4LU0A 2QR6A 4WX2A 1YTDA 4ADTA 5F4SA 3W74A 3C61A 3LTYA 4UMCA 3B8DA 4NNCA 3MYPA 2FPTA 4GC4A 5HWJA 2ISSA 4O50A 1OABA 4M6QA 1LBFA 2R14A 2B7QA 4ZQMA 3P67A 2DZXA 2CFFA 2H8ZA 1MO0A 2EHHA 2V5LA 3NL3A 4O0ZA 1P4CA 4FIQA 4HPXA 4LVBA 2J6XA 3N14A 1NF7A 3C2VA 3TC7A 3G1VA 4NZFA 1X1OA 1H7XA 2OT0A 3B04A 1LBLA 4JTTA 4FX6M 4POCA 3F4WA 3UY8A 2YFOA 3B03A 1MEHA 1LZOA 3RLVA 4JY9A 1HFBA 1OK4A 3W73A 2PRLA 5K4ZA 1OG0A 2NV1A 3CHVA 3N3MA 2ZA2A 1Z41A 1OFEA 1GVQA 1I2OA 2AAMA 3LDVA 1FXQA 1M5WA 2BLEA 4WOQA 3IGSA 4NJIA 2FIQA 4LV4A 3NPUA 3C2RA 3MMTA 2BZNA 1RQEA 3NZRA 1P5BA 2E5BA 5BMXA 1IXQA 3LCXA 3VCRA 1VCVA 4HHPA 4MFEA 2DZUA 3UPWA 1JCYA 2RKXA 2ZZ6A 3LHWA 3TQ0A 1SO5A 3QMSA 3NM1A 4OBTA 4WY0F 1S3HA 3ABQA 1UB3A 2BTMA 1FWWA 1ICQA 3N34A 2YW3A 3M5VA 1LOLA 4UC5A 1JVNA 5KMYA 1JCNA 4N4PA 2VFIA 1BKSA 3V75A 3WK1A 3W1QA 3W86A 4FNPA 1KM4A 2A1YA 2V2DA 5K9DA 3DFSA 5HMSA 2X1RA 3QPYA 3EX6A 4BI7A 2A7RA 3TXZA 5F1VA 5TIMA 3QC3A 2V82A 1DJNA 3HB9A 4FO4A 3P5YA 4WXYA 5FF3A 3C6CA 3UZJA 3SI9A 1LDCA 4GUJA 4K8EA 1HUVA 1SQ7A 3BVJA 1C8VA 3HF3A 1LLWA 3TJXA 3BV4A 1DQXA 4CCDA 1LROA 3T7VA 3L5LA 2QKFA 2CLHA 3KAOA 3TX9A 2ZZ7A 4UTMA 2C15A 4YWIA 3DFTA 3UZ5A 1K7XA 5F1UA 2A6NA 4UFLA 2QF7A 3FKKA 1T8XA 1WOBA 2CLFA 1IF2A 1TJRA 4FIRA 3UWVA 3NZ1A 4MZ1A 2J88A 3H54A 2TMDA 4CCEA 4NXKA 2X2GA 3SJ3A 1OHLA 1LYXA 3HG2A 3W83A 1SFJA 2VXNA 5AHLA 3W1UA 3E49A 3M43A 2FB3A 5AYYA 3G0SA 3V1PA 1XCFA 3QMTA 2QJGA 1O95A 2QUUA 3HPSA 3LRLA 3DAQA 1HTIA 3LXAA 2QUVA 4HSNA 1EP2A 2QCLA 3L67A 1DVJA 1TTIA 4Y96A 3W2LA 1ME7A 1QPOA 3ABRA 2X1TA 1VHCA 3LXBA 3GDRA 3PB0A 4UXDA 1DOSA 4A2RA 4QNWA 2RDTA 3VNDA 2VELA 4RZ6A 3C8FA 3PUDA 4Y9AA 2J9ZA 1IIGA 1IGSA 3TXVA 1QWGA 5EY5A 1H1YA 3NNTA 1KBIA 3L0GA 3IVSA 1VPXA 3W2JA 4DO6A 3L0KA 2GUUA 4O1DA 3USBA 1YXCA 2O7QA 4HSOA 2ATMA 1QCWA 3CLMA 3ZR4A 1B57A 3WJWA 3L5MA 1FWNA 1K3UA 3DFNA 3MYOA 1LP6A 2HMCA 1JUKA 2H6RA 1UUMA 3O05A 1EEPA 4FNQA 3GXNA 1FY6A 3CWOX 3L65A 1GQNA 2C18A 5C2XA 3HGJA 3B0UX 4N6FA 4S2BA 4DEFA 4DPQA 2ZYFA 1F6PA 2IQTA 3R12A 4AAJA 4QM1A 1EUAA 1W3NA 2JKAA 3TSMA 3RFAA 3LCWA 1X6UA 3L2IA 3AO0A 2XFWA 3W1NA 4K36A 1IXPA 3NEVA 5KTLA 5DELA 2Z6IA 3GDKA 3HOJA 4K37A 2PCQA 4JX6A 5EYWA 1R2TA 5CKSA 4Z1DA 1ZY9A 4N4QA 2ZZ1A 3M16A 3UXDA 1Q3NA 5CPLA 3CPRA 1W37A 1DKWA 5J5RA 2XN0A 1TB3A 1SZGA 2ZFAA 4Q4KA 2ZA3A 3FIGA 2PC4A 5KSWA 3IIZA 3NQFA 3PG9A 4CLMA 2V9DA 4IXXA 3A24A 4BWLA 3W7PA 3L21A 1N7KA 3P61A 3S6DA 3PSVA 5F2GA 1OF8A 3GK0A 3C0JA 3G3DA 3TDFA 1ICSA 4X2RA 2YZRA 1ZFJA 4UFIA 3UWZA 3UD6A 3C56A 3S1VA 1JCXA 1JUBA 3PBVA 2QCEA 2A21A 1I2RA 4O53A 3C52A 3PC0A 2NZLA 4A3UA 1EWEA 3GZ3A 3FJ6A 1Q6RA 3LGEA 4GRSA 1JQXA 3LV6A 1LTDA 1TQXA 2QDHA 3EWWA 3STEA 5DXXA 4HN4A 4P2VA 2Y7DA 4NU7A 5H2ZA 3LI0A 1U83A 2QCMA 1GG0A 4NNBA 1H51A 2QCDB 1A5BA 3NL6A 4DQWA 4XKYB 3DFOA 2QCFA 3GKFA 4JYDA 3GNDA 4MLJA 2QCHA 5D2XA 1JJKA 4O54A 3GR7A 1JRCA 1TCDA 1FUYA 2VEPA 3OEXA 3IIXA 3IVUA 1TV5A 5LNWA 4MJZA 3TE9A 4FXRA 1B9BA 2EKCA 3O6CA 3VKJA 3GAKA 3NM3A 4E38A 4JX4A 4FB7A 2QCDA 4XKYA 3CU2A 1FDZA 7TIMA 2G97A 4QQ3A 1W5MA 3PSWA 4GUFA 2A2IA 3LHUA 4YXGA 3AJXA 3ABOA 4TMBA 4UTHA 3W1XA 5FF2A 4FF7A 2ZRWA 2B0MA 2OMAA 3W7EA 3B06A 4KFNA 1WQ5A 1UJPA 4A21A 3DI1A 1VC4A 1L9WA 4TMCA 2V81A 3WFAA 3NQMA 2KZHA 4LTSA 3RK8A 1GVOA 2VEKA 4UTKA 4RZ5A 1SSDA 1EUNA 3A23A 2RDUA 4GFSA 5HUOA 1OFBA 1PIIA 1F73A 2C6QA 1YYAA 3S5NA 1GTEA 3RF9A 3TNOA 4D2JA 2GVLA 4NZJA 4RV8A 4AF0B 4LW7A 4NQ1A 4JTFA 1QR7A 1YDOA 5AC8A 5KITA 1O5KA 3I65A 2C16A 3N2XA 2B4GA 3TQKA 1LBMA 3YPIA 1P1XA 2ATSA 1FWTA 4LS0A 2WNQA 3WJZA 2CZEA 3LB0A 3BARA 5DN1A 2Y6ZA 4ICNA 3S1UA 5LNSA 4GUHA 4UFHA 1N55A 5BW6A 2ALDA 4IPJA 5D03A 4N9DA 4MY8A 1GTHA 4AF0A 3P5ZA 2G96A 2E6YA 4LC8A 1TO3A 3QEZA 2E6AA 1XBZA 1E51A 1ML1A 3F1QA 4QITA 1RR2A 1GYNA 3OG3A 3EWXA 3FYOA 3LBMA 4JD4A 4B5NA 2Y7FA 3CIWA 3G1AA 2XN1A 1VZWA 1PCWA 4XZ9A 3KRSA 1GVSA 3MW7A 1ZAJA 2Q8LA 4O1CA 4RKAA 4WXZA 3HBLA 2DZWA 1DJQA 1QOQA 1SU5A 1OYAA 4K38A 1SZFA 4UFJA 4NX5A 4IPIA 4PL1A 3W84A 2A4AA 3EKLA 3NQ2A 1TV7A 3O6DA 3W88A 5F2MA 3QW4B 1TV8A 1W3TA 5CZJA 3M47A 5HQEA 4O1AA 3NGJA 2I9EA 1KLZA 4G1KA 1V7YA 5FEPA 4E0CA 1I2NA 1FCBA 1LOSA 3DFQA 2VOMA 3TQVA 1L6WA 3OHIA 5FEZA 3IV3A 5D09A 3S9YA 3BG5A 4HIBA 3DU0A 4OHQA 3CQ0A 3LCGA 5LNUA 2ZRUA 1FDYA 1Q6LA 5FF7A 1K8YA 2V0TA 3MHUA 3TIMA 2GVGA 1UCWA 1GJPA 4AVFA 1ONRA 3MP4A 4PC8A 5T26A 5EL1A 2ZRZA 3PS7A 5DY3A 1SFLA 3W87A 1F2JA 5D33A 3R2GA 3W7HA 2R91A 3KVJA 1JQVA 4AXKA 1RQBA 1WX0A 1AW1A 2CLLA 4JDYA 1A53A 5F2LA 4EWND 1OX6A 3P8JA 3O8AA 4FNSA 1AW2A 4O15A 4RJEA 1AL7A 4KWWA 5F2IA 3GNNA 4LV9A 3SFKA 3DKLA 1BWKA 3MI6A 4M6PA 5LNVA 4X3ZA 1PS9A 1HG3A 4UNLA 4JTIA 3W7LA 1F7BA 5D2VA 1UBSA 1B4KA 4MZYA 1W31A 2A5HA 3W1MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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