2OWCA

Structure of a covalent intermediate in thermus thermophilus amylomaltase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
499
structure length
498
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 178
structure length 498
sequence length 499
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2007-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2owcA00
1E4LA 3VIFA 2YIHA 3ZOAA 1E6XM 2OLHA 2BY2A 5IXEA 1LF1A 3CUIA 1H09A 4AEFA 1OT1A 4LX4A 2GJPA 4KMQA 2WKGA 3BC9A 4UQCA 1J10A 4ATDA 5JBDA 2DT3A 2QLYA 1UR8A 4ML4A 5C8BB 3GBEA 1Q6GA 3GNPA 2WSKA 3MUZ1 1MW3A 1UD5A 4DWSC 5GQBA 4PMRA 1DWFM 3QOKA 2WVUA 2WZHA 3WEZA 4CVUA 2J25A 4YPJA 1V3KA 2WVSA 3VIMA 2CBVA 2QPSA 3DECA 2FGLA 2CCRA 3ARVA 1NWUA 2BFGA 2VRKA 4UFMA 2J75A 4PMZA 1UKQA 1RD6A 2A3BA 4D6JA 1W1VA 2VZTA 4AD1A 1OGSA 2CHOA 3VIIA 4HP5A 2YDRA 1WDQA 2ZUWA 4P8VA 1BTCA 3AIVA 3S2CA 1CXKA 1ECEA 4UQDA 5BWFA 2CITA 2DT1A 1VIWA 4FK9A 3RILA 1QI2A 2EO7A 1FOBA 2ZX8A 1NWRA 3WY1A 4Y7EA 1R87A 2XVKA 5HPCA 3AYRA 3N1AA 3WUGA 5F7UA 1WDSA 5I6SA 4Z2JA 2DEPA 2JIEA 1NOWA 4E4PA 4LYPA 2OWCA 1XV8A 4OBSA 1U2YA 2DSZA 1CIUA 4MNJA 4AZGA 5AYIA 2NSXA 1GUVA 5CGTA 3GDBA 5M17A 2XSBA 2Y8VA 1QNQA 4WF7A 2O9TA 3AMLA 1GCYA 4D6HA 4PCSA 4NF7A 3PTQA 3SUSA 2WM0A 4HPHA 4L4OA 5M5DA 4QFUA 3VGFA 4AD4A 3UCQA 2VNCA 7TAAA 1W3JA 3WNOA 3HMCA 5BROA 1ITXA 1PBGA 1W9PA 3RPMA 1PPIA 2NT1A 3BMVA 4GKLA 3VM5A 3WDQA 3U5UA 4HA3A 1QI3A 1JNEA 4CD8A 3GNOA 2WNWA 3ARUA 1UKPA 1VEMA 4XZWA 1UKTA 3L4XA 1JIBA 1TE1A 1LL6A 2VX4A 4PTVA 2ZOXA 3LPPA 2OSYA 4E2OA 2VL4A 1EHAA 1WZAA 2DIJA 4XB3A 2WC3A 1GQJA 4HPGA 3ARTA 5BXTA 1U33A 4YN5A 4B16A 4CCDA 5HDRA 1V3HA 2D0GA 3NIYA 3SUVA 4AZHA 2DDXA 3DYOA 3OLGA 1E6ZA 2D3NA 2ZX7A 3VTRA 2WMKA 4EANA 3RCNA 2VX6A 1XCXA 2D24A 5CJ5A 1JL8A 2NT0A 3D5HA 4FLQA 1ODZA 4CN1A 2WVVA 2CETA 2Z1KA 3WDRA 4AWEA 3G6MA 4F66A 1M7XA 3ARYA 3OIHA 5HBFA 1GQIA 4JKMA 1DWJM 5E0FA 1TVPA 4CU6A 1HKKA 1QHPA 2Y8KA 5D9MA 5KEZA 3SCSA 2BY3A 4ATLA 3RIKA 3MV11 1HVXA 1EDTA 1KQYA 3BLPX 4P7QA 4HOXA 1EQCA 4U3AA 4BQ3A 3LPOA 3MUAA 4UZSA 5CLTA 2A3HA 1V3MA 4CCEA 3CHDA 3SUTA 4JFSA 3WEMA 4J3TA 3K8LA 4CU7A 2WMJA 4PSPA 5D8ZA 3E1F1 4JCLA 4U33A 3ZR6A 3AJ7A 4BCEA 1KR0A 2FH8A 1TA3A 1XYZA 3WMBA 1KB3A 4AYSA 4UTFA 4J27A 3RO8A 4UOJA 5JUVA 1JD9A 2D2OA 3L4YA 3CHEA 3CBWA 3TTOA 4BZYA 3W29A 4ACYA 3AS2A 2J62A 1HL8A 2GJRA 3D3AA 4AIUA 1UWQA 1F4HA 1E4IA 5GNXA 1CXHA 1JZ6A 2W5FA 1VBUA 3II1A 1XD0A 2E9MA 1UH4A 2QHAA 1E72M 4R27A 2J7BA 3ZJ7A 2J7CA 4IISA 1V3LA 3AYSA 1WE5A 3K4AA 2EQDA 3MKKA 2PI6A 5A8MA 3CUFA 4PMQA 4AC1X 1J01A 3I3EA 3OZPA 5JBEA 3ARPA 1X6NA 3A4XA 4MB1A 2XFYA 5FD0A 3IAQA 4QLKA 2OYKA 4D72A 1GNXA 3HJEA 3SCUA 3ZM8A 3KE0A 1B1YA 5A6KA 4DM2A 1Q6EA 3SUWA 7A3HA 4WJXA 3LPGA 1WP6A 2VRQA 4GZIA 2X09A 1PZ2A 1ITCA 3GXDA 3OLDA 1VJSA 2E4TA 3VMNA 1QHOA 4FLRA 1K9DA 2VTFA 3K4DA 5HXMA 2TAAA 2WMGA 1D3CA 5CLWA 4RL3A 4AZCB 5JIPA 1E4NA 1JDCA 1TG7A 2XSAA 4UZUA 1G5AA 5A2BA 4HOZA 1FHLA 4JZ5A 7CGTA 3NJ3A 2GJXA 3AMKA 1V0LA 1UWSA 2BVTA 3VX0A 2BHYA 5CPQA 2BY0A 3SURA 6TAAA 5A94A 2J78A 4QLJA 3PZQA 3SCPA 1BYDA 4UFIA 2YLAA 4Q7NA 3WH7A 4FMVA 4U5IA 1ISYA 3WSUA 3ARRA 4H04A 1KXTA 3NSNA 3OGSA 4KGLA 4NRSA 6CGTA 3GM8A 3BAWA 4J3WA 3VIKA 1XC6A 3EBVA 1V08A 4TUFA 2Y5EA 1IZKA 1UR0A 1V6VA 3FAWA 3MMWA 4BQ5A 1BG9A 4GQQA 2EEXA 3U5YA 4C7FA 1UWRA 3ZJ8A 2MANA 1M53A 2XG9A 2IUZA 3K8MA 5BRPA 2XM2A 1E1EA 4B3KA 5EB8A 3ZJKA 2HISA 1CECA 1WNOA 6A3HA 3VVGA 4PMOA 3VDHA 3T08A 3AI0A 1CGVA 3AROA 4H8HA 2YOCA 4EKJA 1E5NA 2PC8A 3B9DA 4W87A 3WQ8A 2OYMA 3AS1A 4UQBA 1HIZA 4PMXA 2XHYA 1K9TA 1M03A 3UESA 1W2VA 1E3XA 1HT6A 4WKAA 2UY5A 1L8NA 3BLKA 3WL0A 5A95A 3VIPA 5FCZA 1LLOA 3MSDA 4CUCA 4J3SA 3SUUA 3AIBA 4PTMA 4NSBA 2Y2WA 3AICA 4PMUA 3CUHA 1JYWA 3M46A 2O9OA 4AZ6A 5LA2A 2J7EA 4JHZA 1QNOA 2VMFA 3AXIA 3CO4A 4UOQA 3SCTA 1QI0A 2ZUVA 3J7HA 3ZMRA 5LYRA 3WNLA 3T2QA 1IT0A 1EO5A 4D6FA 4XUYA 2CBUA 3SCRA 1JZ8A 1CWYA 3PTMA 2WLYA 1C8XA 3GXMA 4OUEA 5M03A 1UZ1A 1CXFA 4KRTA 4J7RA 1Q6CA 3FAXA 4DM1A 1EXPA 1P6WA 2Q8XA 3EDKA 1JZ2A 1QI4A 3VDBA 1JDDA 1GQLA 2DIEA 2XFFA 2VT0A 1EIBA 1W1TA 3WDJA 2V38A 4PMDA 1IV8A 4IPNB 2WMIB 3RM9A 1CPUA 5EBAA 2YJQA 4HMCA 3VOCA 1E9LA 3CHFA 3MSGA 2GSJA 1FH9A 2VCAA 3DHUA 3W37A 2WBGA 2XWDA 1TZ7A 4CN6A 2VJXA 4ZXOA 2GDUA 4W93A 1ODUA 4J28A 5HOSA 1H4PA 2XTKA 3T0DA 4J3XA 3UETA 2XM1A 3CPUA 3RDKA 2EBNA 2DH2A 2DPEA 3WUBA 1GONA 2E3ZA 2WHLA 2QF8A 4U5KA 1AMYA 5IHSA 1ZBVA 2VX5A 1JG9A 5DFAA 3VD4A 4GPNA 1WZMA 4D6CA 1IZJA 1V3IA 2YA0A 2WVTA 1UWIA 3PZOA 3WMSA 3I3BA 3VIHA 3QOMA 2FH6A 1C92A 1DTUA 3N18A 3W82A 4AY1A 1PIFA 3WH9A 2D0FA 3F4VA 4CKQA 4OOUA 2VR4A 5ECUA 1VENA 2VURA 1PX4A 2V5DA 4V2XA 3WUEA 4S3JA 1UWTA 3VIJA 5A6BA 2V3DA 3ZO9A 1HJSA 2FHBA 1NOFA 4TVCA 2JE8A 1YHTA 2XYLA 3RM8A 1OCQA 1GOWA 3UEQA 1XSIA 2D3LA 5A8PA 3FHAA 1RP8A 4BF7A 3L4UA 4URIA 1CGUA 3M6DA 1V0MA 2VO5A 5A1AA 4Z2IA 1W9VA 1MXDA 1JZ3A 1B0IA 1ISXA 5A6BD 1E1FA 2VX7A 5CSUA 1GOIA 5I79A 3WF0A 4CVWA 4NRRA 4JFUA 1H1NA 4D6EA 5ABEA 3ZSTA 4F79A 3PZUA 4H2CA 4OBRA 2WHJA 3ECQA 3N13A 5CPTA 3CZGA 4OOZA 1J0KA 1UR2A 3ARWA 1K6AA 2WSPA 3WNNA 1RH9A 2YA1A 4M8UA 1LL4A 1EO7A 4EE9A 1FP8A 4OIFA 2EPKX 4W89A 4JCMA 2ZIDA 1XD1A 2JF6A 4MJ4A 3WQ4A 3OBAA 3AXXA 1VRXA 1XH1A 2BHUA 4PUDA 4TX6A 4WIWA 4QCEA 3EDJA 4UQEA 1WDRA 3WFLA 1ISZA 4QAWA 4W8AA 4JFVA 2BHZA 4PMVA 2BVYA 3PZ9A 2WHKA 1EHNA 1XSJA 4AW7A 2FHCA 3WQ5A 3BAJA 3VKKA 4DWSA 3MUIA 4CGTA 1OWQA 2ESCA 8CGTA 3ARQA 3T2OA 4IPLA 4UFJA 4HA1A 2QPUA 2WKLA 4PTWA 3VX1A 1G94A 5CGMA 3G6LA 4DWSD 4ZENA 2WAGA 1DP0A 2EJ1A 4MNKA 2G3IA 1GPFA 3AFBA 3ALGA 1JXJA 3AHTA 4JFTA 4JAWA 1LJYA 3ZT6A 3WD1A 1OD8A 1CLVA 2UY2A 4BQ2A 3TONA 3WF1A 1WZLA 4X0VA 1KGUA 2WB5A 1GOQA 2WVVB 2ZWYA 1MW1A 3UG4A 3RM4A 2Y4SA 3CMGA 3BAKA 2CERA 4TVDA 3BAXA 3VMPA 5EFFA 1V03A 3WN6A 4N0RA 2PF0A 2VQTA 1E73M 3NSXA 1QW8A 5IFPA 4QP0A 4W86A 1EQPA 3VDAA 4HMEA 1BVZA 1HF6A 5D9NA 5E70A 1UG6A 3BSGA 3O6AA 2W67A 2QMKA 3CZEA 3AHZA 1FH8A 4W7WA 4CN4A 4AMCA 5DO8A 3EMCA 1E5JA 3NDYA 1OGBA 2E8ZA 1QBBA 3EDEA 3WQWA 1BG4A 3AHYA 4V27A 4F9DA 1CTNA 1UA3A 4AD0A 5D4YA 2W66A 9CGTA 5ABGA 3BCDA 3HN3A 2V3EA 3WH6A 4UR9A 2PWDA 1NH6A 1US3A 1ISVA 1VFMA 3PZMA 3BSHA 1NWTA 4LPCA 1JZ7A 1GJWA 3EMZA 1TA3B 2ZXQA 1X1NA 2C8NA 1LL7A 4W5ZA 2PWFA 3WF4A 1J0IA 1M01A 4FLOA 1UKOA 2ZWZA 4PBGA 2VZSA 2W92A 1A47A 3NUKA 3IK2A 4IM4A 4RE2A 4HU0A 1JYXA 2ZX6A 3TA9A 1HVQA 1DEDA 3TTYA 3VU2A 4B9ZA 4XZBA 5BXPA 2G41A 2CHNA 3WD0A 1NARA 4H41A 2CPUA 2BS9A 1B31A 4PRWA 1QNPA 3WKZA 2CBIA 1CXIA 3FN9A 4JKLA 3VGGA 4MPKA 1JDAA 3WBEA 4X0NA 1JD7A 1SMAA 2WCGA 3W6MA 5A3HA 3AIUA 2XVGA 3VD5A 3N12A 3PZTA 2IXVA 2XIBA 4CCCA 2YBUA 2YL6A 1HKJA 1OT2A 4D1JA 1UZ4A 1E6PA 1E70M 4ACZA 1TUXA 4BS0A 1H0IA 1LWHA 1WB0A 1JF5A 5A2AA 3FW6A 1OGGA 1HJWA 4QDMA 1YQ2A 3THCA 4U31A 3L4VA 1MYRA 4AZ5A 5AC5A 3WF3A 3VINA 1PAMA 1V6YA 2CKRA 4XX6A 4JFWA 4WLCA 3M7SA 1E0XA 4CU8A 5GPRA 4LQ1A 3U7VA 4AZ7A 2X0HA 5ABHA 1RP9A 3T0AA 3WFZA 2F2HA 5A8OA 4TOQA 1SR0A 3W27A 1W91A 1QNSA 1XYFA 4PN2A 4U2YA 3ZIZA 3M07A 1BYCA 2GJXB 2X0YA 5JBFA 5M3WA 3A3HA 2DSWA 3UG3A 4ZE4A 1E40A 1BLIA 1H0GA 2BVDA 1HL9A 3VUPA 4AD3A 1VB9A 1NQ6A 1JAEA 1CDGA 1EDQA 4AD2A 3GYCA 2WC4A 2VR5A 1FH7A 1EA9C 3WEOA 5BXSA 2AOSA 1KR1A 2OYLA 1FP9A 2WMHA 1W3HA 5IFTA 1J12A 1UR1A 1BHGA 3RJYA 2J7HA 1J18A 2RGMA 2WZEA 3PTKA 2EPLX 4FF5A 3TOPA 2NW0A 2YBTA 4PMYA 4PMNA 1BVNP 3QHMA 1AQHA 5I77A 3CH9A 4W8LA 3FHQA 1V3JA 3VNZA 1DWAM 4M80A 4ZEPA 4UFLA 1UH3A 3W38A 3AHXA 3AIEA 1E43A 3JUGA 1C93A 2VCBA 1C91A 1W1YA 1C3FA 3SCOA 1CENA 2C0HA 4P8UA 1OB0A 5DF0A 1VBRA 1BGGA 2G3MA 4CD4A 1OIFA 3CZKA 3QGVA 4QLLA 3VNYA 2EPNA 3T09A 3ZT7A 1KFWA 1HJQA 1WAWA 3KWXA 3BCFA 2PWHA 2UWFA 1OSEA 5BRQA 4C7GA 2G3NA 4JHOA 2YL8A 2EPOA 4MAZA 2J74A 4B9YA 2XVPA 2OWXA 1GOMA 3WQ6A 4GZJA 1G9HA 5D9PA 4U3CA 4HMDA 2WYSA 4F9JA 1BYBA 4TXEA 3L4ZA 1UOKA 2VZOA 3U57A 1CLXA 1FFQA 3AMGA 3IJ7A 1J0HA 1HXJA 4OKDA 4JL2A 1KCKA 2CIPA 1UQZA 2CYGA 3RJXA 4F8XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E4L A;  3VIF A;  2YIH A;  3ZOA A;  1E6X M;  2OLH A;  2BY2 A;  5IXE A;  1LF1 A;  3CUI A;  1H09 A;  4AEF A;  1OT1 A;  4LX4 A;  2GJP A;  4KMQ A;  2WKG A;  3BC9 A;  4UQC A;  1J10 A;  4ATD A;  5JBD A;  2DT3 A;  2QLY A;  1UR8 A;  4ML4 A;  5C8B B;  3GBE A;  1Q6G A;  3GNP A;  2WSK A;  3MUZ 1;  1MW3 A;  1UD5 A;  4DWS C;  5GQB A;  4PMR A;  1DWF M;  3QOK A;  2WVU A;  2WZH A;  3WEZ A;  4CVU A;  2J25 A;  4YPJ A;  1V3K A;  2WVS A;  3VIM A;  2CBV A;  2QPS A;  3DEC A;  2FGL A;  2CCR A;  3ARV A;  1NWU A;  2BFG A;  2VRK A;  4UFM A;  2J75 A;  4PMZ A;  1UKQ A;  1RD6 A;  2A3B A;  4D6J A;  1W1V A;  2VZT A;  4AD1 A;  1OGS A;  2CHO A;  3VII A;  4HP5 A;  2YDR A;  1WDQ A;  2ZUW A;  4P8V A;  1BTC A;  3AIV A;  3S2C A;  1CXK A;  1ECE A;  4UQD A;  5BWF A;  2CIT A;  2DT1 A;  1VIW A;  4FK9 A;  3RIL A;  1QI2 A;  2EO7 A;  1FOB A;  2ZX8 A;  1NWR A;  3WY1 A;  4Y7E A;  1R87 A;  2XVK A;  5HPC A;  3AYR A;  3N1A A;  3WUG A;  5F7U A;  1WDS A;  5I6S A;  4Z2J A;  2DEP A;  2JIE A;  1NOW A;  4E4P A;  4LYP A;  2OWC A;  1XV8 A;  4OBS A;  1U2Y A;  2DSZ A;  1CIU A;  4MNJ A;  4AZG A;  5AYI A;  2NSX A;  1GUV A;  5CGT A;  3GDB A;  5M17 A;  2XSB A;  2Y8V A;  1QNQ A;  4WF7 A;  2O9T A;  3AML A;  1GCY A;  4D6H A;  4PCS A;  4NF7 A;  3PTQ A;  3SUS A;  2WM0 A;  4HPH A;  4L4O A;  5M5D A;  4QFU A;  3VGF A;  4AD4 A;  3UCQ A;  2VNC A;  7TAA A;  1W3J A;  3WNO A;  3HMC A;  5BRO A;  1ITX A;  1PBG A;  1W9P A;  3RPM A;  1PPI A;  2NT1 A;  3BMV A;  4GKL A;  3VM5 A;  3WDQ A;  3U5U A;  4HA3 A;  1QI3 A;  1JNE A;  4CD8 A;  3GNO A;  2WNW A;  3ARU A;  1UKP A;  1VEM A;  4XZW A;  1UKT A;  3L4X A;  1JIB A;  1TE1 A;  1LL6 A;  2VX4 A;  4PTV A;  2ZOX A;  3LPP A;  2OSY A;  4E2O A;  2VL4 A;  1EHA A;  1WZA A;  2DIJ A;  4XB3 A;  2WC3 A;  1GQJ A;  4HPG A;  3ART A;  5BXT A;  1U33 A;  4YN5 A;  4B16 A;  4CCD A;  5HDR A;  1V3H A;  2D0G A;  3NIY A;  3SUV A;  4AZH A;  2DDX A;  3DYO A;  3OLG A;  1E6Z A;  2D3N A;  2ZX7 A;  3VTR A;  2WMK A;  4EAN A;  3RCN A;  2VX6 A;  1XCX A;  2D24 A;  5CJ5 A;  1JL8 A;  2NT0 A;  3D5H A;  4FLQ A;  1ODZ A;  4CN1 A;  2WVV A;  2CET A;  2Z1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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