2OWC | Genus

Total Genus 178

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	178
sequence length	499
structure length	498
Chain Sequence	MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__507712986903395__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__507712986903395__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OWC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__507712986903395__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"507712986903395","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OWC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__507712986903395__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0284bb04621af6c1d12d16/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0284bb04621af6c1d12d16/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0284bb04621af6c1d12d16/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0284bb04621af6c1d12d16/pdb.gz): 574 ms

reading 498 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

498 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:497});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Thermus thermophilus
publication title	Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-alpha-glucanotransferase
total genus	178
structure length	498
sequence length	499
ec nomenclature	ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date	2007-02-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02446	Glyco_hydro_77	4-alpha-glucanotransferase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2owcA00

1XH1A 1G9HA 4Z2KA 1MFUA 3BCDA 4OKDA 1NOFA 5A6AA 1JZ4A 4HA4A 1JF5A 1WDPA 3PZ9A 1ZU8A 4V27A 1GQLA 1K9FA 5D8ZA 1PBGA 4DM2A 1PZ3A 2ZUUA 2DT0A 3MMWA 3WUEA 3UG4A 1XSKA 2WSPA 4RL3A 1W3HA 2XWEA 1JD7A 1BHGA 1GOKA 1H09A 3IAQA 1C8YA 4MAZA 4AZGA 2W66A 4MAVA 3VDCA 5LA2A 3GTNA 3VGHA 4CN4A 1GPFA 2V3DA 2WHJA 3GBEA 2JF7A 1ISYA 1K9EA 1QNSA 1JAKA 2EO7A 4HOWA 4PMYA 2BFGA 5IFTA 5BXPA 2WCSA 3W4RA 2JALA 1KXHA 4C7GA 3BLPX 3AZRA 5D4YA 5CG0A 1B9ZA 2O9PA 4CCDA 1ZBKA 1NOWA 3CGTA 4W84A 2DSUA 1UA7A 5DO8A 3A4AA 4NRRA 1AQHA 2XGIA 3QOMA 1XSJA 3QGVA 3DYOA 1JAEA 2WK2A 2DT1A 1DWAM 1QNPA 1E40A 4H2CA 3AMLA 4UFLA 2BVTA 5ABFB 2QMJA 4JL1A 4UZSA 1UD4A 2BV9A 8A3HA 3VD5A 5F7UA 3O9NA 1CGXA 2J77A 1E0WA 2FHBA 4CN1A 2X2YA 3AIRA 3BCFA 1GCYA 4HPHA 1LL4A 3N12A 1JNEA 1NM9A 2G3NA 3KZSA 5CLTA 1VBUA 2PI6A 4WIWA 2D24A 5JUVA 2JF6A 4P8VA 5KEZA 1W3JA 1K9DA 1G0CA 3GNPA 2JFEX 1QI3A 2J78A 3VM5A 1J18A 2VURA 1LG2A 1XH2A 1CNVA 7A3HA 4J27A 2YDQA 3GXIA 3OGVA 1JYWA 2GJRA 1J12A 2GJPA 2DDXA 3AMCA 2XVPA 1E4LA 3ARXA 4UQBA 1B1YA 5I6SA 5CPSA 1ISVA 4P7QA 4UTFA 2JEQA 1XSIA 3GXMA 1E72M 1ISWA 1XH0A 2QMKA 3WELA 3AS1A 5I24A 4JHOA 5GNXA 1I1WA 2OYMA 4W89A 3AHZA 1UA3A 4F8XA 1W2VA 4Z2JA 4PCSA 4HZ6A 3UESA 2JIWA 4CD8A 4M82A 5AYIA 1QI5A 1V02A 4JL2A 4B9YA 1NWSA 2D2OA 4GZEA 3K46A 4GQQA 1FP9A 2WBGA 4XUYA 3VX0A 2DSKA 1J10A 3LPFA 1J01A 3T0BA 3CBWA 5EFDA 4R27A 4UNIA 3D3AA 1L0PA 4UOQA 2ZX7A 2VZSA 3QHMA 4P7NA 3W38A 4FLSA 4DWSC 3MSDA 1CLVA 1YHTA 3UETA 3ZJ7A 1H0IA 3L4WA 4TUFA 3MUAA 1C91A 1HP5A 3MS8A 4C7DA 2VCBA 1UUQA 2XYLA 5FL0A 1E6NA 1J9YA 4PBGA 4KH2A 1ZB5A 4UFHA 3AQUA 4J3TA 4GXPA 1M7XA 5LA1A 2DT2A 1XHGA 1G1YA 2OWXA 3SCTA 3WUGA 4GO9A 2EXOA 2AMGA 1TG7A 2Z1KA 3ARSA 2Q8XA 5AC4A 4UR9A 1Q6FA 4JHZA 5I2UA 3PZNA 1DP0A 1E6PA 2PB1A 1OSEA 3T09A 5A6MA 2OSXA 5JIPA 4LQ1A 5DEZA 2WVSA 2GK1B 5D9PA 3FY1A 3SUWA 2DH2A 1E4MM 2J7HA 2W4XA 2X1IA 3EYPA 2YKKA 3SUSA 1XYFA 2XSBA 2JIEA 1B3ZA 2WXDM 3OG2A 1DEDA 1PAMA 1ESWA 4E8DA 1QHOA 1ISXA 2J47A 1CLXA 1H11A 4HPGA 1B3VA 5E0FA 1NWTA 1GHRA 4D71A 2ZUTA 3EMQA 2PWHA 3W24A 3WD3A 4B15A 2RGLA 2V3FA 4PN2A 5IXEA 3TONA 1V3JA 2E8ZA 2CHNA 3JUGA 2ZUSA 1EQCA 1OT1A 3GZAA 3M46A 3PBGA 4M8UA 3RCNA 4CCEA 3ZSSA 4BQ4A 4UFJA 4ZXOA 3PZVA 2Y24A 2BHYA 1KCLA 4FF5A 3EMCA 1EOKA 3CH9A 4JFWA 5A94A 1B0IA 1VB9A 1JF6A 1UOKA 2HVMA 2B31A 1XC6A 5FD0A 3VD7A 4D6DA 3ZJKA 5HBFA 1E5JA 2BY1A 2QLYA 4D6CA 5A8OA 1HF6A 3RPMA 1BLIA 1S46A 2VCCA 4Q7NA 3MSGA 2Y2WA 1LLOA 1EO5A 1KGWA 3PZOA 1GORA 3MANA 1UR9A 3EDDA 1PJ9A 3ZT5A 5LA0A 1KXVA 4MB5A 4L4OA 1E73M 2VX6A 2YA1A 5ABFA 1CGWA 3WQ6A 1CENA 5M3WA 5GQBA 4JCMA 2YLAA 4TX8A 5JBFA 1PPIA 2ZUNA 5E0CA 1US3A 1OWQA 3CUIA 1DWFM 3W6MA 1BVZA 1XRVA 4AYSA 1E6SM 1OGGA 5I5RA 2G3IA 5CXPA 2XPKA 4JKKA 1Q6DA 3K8LA 1V0LA 1CXKA 3WFZA 4AIEA 2EJ1A 1SYTA 1JXJA 3KE0A 4BZYA 1KGXA 4AIOA 1W91A 3ARYA 3RMEA 3VDHA 1VFMA 1VENA 3WDIA 5GNYA 4GI8A 3GXDA 3TP4A 4AMCA 2IXUA 3EDKA 4ZFMA 3L4ZA 1UWSA 3CZ8A 3WBEA 3AIEA 3UR7A 1WCGA 1BYDA 2X0YA 3WDQA 2XM1A 4XZBA 4H41A 1KBKA 1BYBA 2BHUA 4D6FA 1GOIA 2VVSA 5FCZA 3WBAA 3PZGA 2O9OA 1EDTA 1LL6A 1KCKA 1JD9A 2WHKA 2YL6A 3L4VA 4H8HA 3WMSA 1KWKA 4DUVA 1G94A 1XV8A 1LG1A 2G3MA 2V38A 3WD1A 2WKGA 3S6TA 1R7AA 1ISZA 2CBJA 5BXSA 3N15A 5ABGA 3QOKA 3VINA 4TVDA 4CN6A 4Z2LA 4AZBA 2W61A 2VZUA 2D3NA 2WW5A 5C71A 2TAAA 2VUYA 4PUEA 1HP4A 1VFUA 1QHZA 1OM0A 2PBOA 4MNKA 4U2YA 1W9DM 1BF2A 3QR3A 2DQXA 2J79A 3B9DA 1E4IA 3DHPA 4W93A 2ZXDA 3PZQA 3IAPA 4DUXA 4TXEA 3W81A 3PZMA 3M6DA 1B30A 2OYKA 2WMIB 3WQWA 3KWXA 1Y7VA 1FFQA 1W3KA 3CZLA 2VZOA 2UY5A 2W62A 2WB5A 5FKYA 5BROA 3AYRA 2VNCA 4M80A 4AD4A 1RP9A 1W9VA 3N9KA 3KL3A 1ECEA 1ZS2A 5A2AA 3T2OA 3AFBA 1KXTA 4WJXA 4PSPA 2VX5A 2NW0A 4H04A 1E1EA 3AICA 2ESCA 3ZSTA 4GZJA 1BYCA 2BY3A 4P7OA 5FOOA 2UY4A 1UKSA 3AS0A 2GK1A 8CGTA 1RD6A 4GKLA 1CGUA 1SFSA 1BFNA 3F5JA 1E0VA 1JYNA 5CPTA 2J25A 2PWGA 3WEOA 3VIMA 3PTKA 4PTVA 4DWSD 4V28A 1OGBA 3A4WA 3CZKA 2OWWA 4PYSA 1CECA 1M03A 5E6YA 1UKQA 1B31A 5A8MA 3AHYA 4F9DA 2C0HA 3PZUA 5BWFA 2BY0A 2EPMX 3MKKA 1LWJA 3VDBA 1U30A 3ZR6A 4Z2IA 1XD0A 1E15A 4MADA 3RIKA 2W92A 2W67A 1HL8A 2ZUVA 3CZGA 1BG4A 2IXVA 1MW3A 3IK2A 4IPLA 1CXIA 4EKJA 1B3XA 3PZTA 1C8XA 3CMGA 1UR1A 3CO4A 4PMZA 1VEPA 1TVNA 4U33A 2W91A 5E09A 2A3EA 2PF0A 3ZOAA 1CZ1A 4ML4A 1E3ZA 1EOMA 4FLQA 4XB3A 4ZXLA 4ZE4A 1V3MA 4B3KA 3GH5A 1NP0A 5GPRA 2FH8A 1TFVA 1DWHM 3SCNA 2XWDA 1UWUA 7TAAA 3T2QA 2XIBA 1FHDA 3WH5A 3SCSA 4FLOA 4AW7A 4EK7A 1E4NA 4YPJA 3AHTA 1B3WA 1Q4NX 1PIFA 3O6AA 1GOOA 2FDMA 3OGSA 4ATWA 1QI0A 3OA5A 3WN6A 2CEQA 1RP8A 1JFHA 5I23A 2J74A 3WF4A 4RE4A 3N17A 4HOXA 3OLGA 5LYRA 3ZM8A 4IPNB 4MTVA 3WKZA 2QV4A 1CGVA 3FHAA 2VC9A 1M01A 2XTKA 3AZTA 3EDJA 2GVYA 1R8LA 1TVPA 1C92A 3VIJA 1H49A 4CUCA 1HKIA 1VEMA 3AMKA 5HPOA 1I1XA 4YHGA 5AC5A 1ZJBA 5BCAA 1V02E 2CESA 3B8SA 1EIBA 4HMDA 2BVYA 4AZIA 2G8ZA 4UOJA 1JYXA 4GO8A 3WNLA 1D7FA 3AROA 1JI1A 2UWFA 4V2XA 3K4DA 2PWFA 2GJXB 2PWDA 3AS3A 4YHEA 3UERA 4HMCA 4GZIA 1OD0A 4U2ZA 3WEMA 4FMVA 4ZENA 3U7VA 4W5UA 3AZSA 1OIMA 2QPSA 2E0PA 2CBIA 1NWRA 4UZUA 3RJXA 2FGZA 3VDAA 2YBTA 1HIZA 2DT3A 3W0KA 4PMNA 4LYPA 4BF7A 3DECA 3SCOA 1QBBA 4W8AA 3CZEA 1JXKA 4RE2A 4WKHA 2C7FA 4D6IA 2BHZA 2DSWA 4PMRA 3J7HA 3W26A 2DH3A 1UZ4A 3N18A 1JZ8A 1BAGA 4LGXA 2Y8VA 1NP2A 2X0HA 3SCWA 2F2HA 2WAGA 1W2PA 1P6WA 5GNZA 1UKOA 3AOFA 1ZL1A 4DUWA 1PX8A 2XUCA 4UFIA 4JKLA 1EXPA 1ODZA 2WMIA 4PMXA 1HKJA 2E9LA 3TTQA 5D9MA 3O2LA 3KL0A 2Z1SA 3AIUA 1JYVA 3AHXA 1FH9A 1ZBWA 2DSVA 3IJ7A 3DYPA 4HA1A 4MDOA 1M04A 1QNOA 2D1ZA 4F79A 2D20A 4PEEA 2WMGA 2V3GA 1HJWA 1BQCA 4AD2A 3MMDA 1K9TA 2G3JA 4J3WA 3G6LA 3L4UA 4W7UA 3BGAA 2WVVB 2D3LA 2OYLA 4B9ZA 4KRUA 4W85A 4ATLA 1WNOA 1QPKA 3HN3A 2E9MA 1LJYA 4CU7A 2PWEA 4CD5A 1GVYA 3B9EA 3WNMA 1UKTA 4DM1A 2J75A 1OCQA 4AWEA 1O7AA 1MW0A 2WANA 1PX3A 5CPQA 5BYWA 4L4PA 4KMQA 1E43A 1E56A 4MDPA 4CVUA 1UYQA 3RDKA 3AI0A 1BYAA 3UR8A 4JFVA 4MPKA 4ATDA 1AVAA 4WLCA 3ZT7A 1KQZA 2VX4A 4AZ7A 4CD4A 2A3HA 3NSMA 2VVNA 2NSXA 4GIAA 4J7RA 2D22A 4PUDA 1LL7A 1XGZA 3CZJA 4ZE5A 1CPUA 1QW9A 2CCRA 2ZX9A 1UR2A 5FIPA 4FLRA 2VCAA 3W53A 4JIEA 3TTOA 3WH9A 3VTRA 2J8FA 5JBDA 4FK9A 1J0KA 2EPLX 5A8PA 3A6OA 2GUYA 1GZJA 1UWTA 4NI3A 3VD3A 4AD3A 1OD8A 1V0MA 2VRJA 2XVKA 4P8UA 5BXRA 3UEQA 4HZ7A 5A6JA 2VRQA 4CGTA 2WVUA 3VOCA 1A3HA 2EEXA 5JIWA 5EB8A 4BA0A 4UCFA 3WQ5A 3WQVA 3SCUA 2YL5A 3RM4A 1Q6GA 5ABHA 2E8YA 1KR0A 1E6XM 2FHCA 2G4FA 4WSJA 4AD5A 3VMNA 1V3IA 2A3AA 2EQDA 2CETA 4D1IA 2G41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2OWCA

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Chain Sequence

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