2OWXA

Thermus thermophilus amylomaltase at ph 5.6
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
499
structure length
498
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 174
structure length 498
sequence length 499
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2007-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2owxA00
4W88A 1UWQA 1E6QM 3BAIA 3QHOA 3BC9A 3WL1A 2W66A 2CERA 1EDGA 1GOOA 2ZUMA 4FK9A 4HA3A 1J0JA 1CPUA 4B9ZA 2ZIDA 2DH2A 1W2VA 3AIUA 5D9PA 2E40A 2DSWA 4TXEA 4TTUA 1MYRA 5TD4A 1UD5A 2WVTA 3WNPA 3L4XA 1ZS2A 5I79A 2BY2A 4JHZA 2PC8A 3F5LA 5E70A 3VD4A 5ABFB 3CTTA 4W8AA 2G3NA 4PSRA 1H49A 4MNKA 5M5DA 1Q6CA 1LJYA 1E0VA 3CGTA 1IT0A 3AS3A 2HVMA 1XCXA 2WHMA 4HA4A 3N13A 1ISXA 1BPLB 4UQCA 4GIAA 1IZKA 1PPIA 1HL8A 1VBUA 2A3AA 1JD7A 2V3GA 4S3JA 5HDRA 2J62A 2W4XA 4P7QA 5JBDA 3PZNA 3HMCA 4ATWA 2D0HA 3ALFA 1J12A 3PTMA 1OINA 2J4GA 1B90A 3AROA 3VM7A 1GOKA 3VMPA 4H7VA 1GOMA 1UKSA 2J77A 4PCTA 2FGZA 7TAAA 3EDDA 3DYPA 2X2YA 3AXXA 2VI0A 2C0HA 1F4AA 4Y7EA 5F7UA 4M1RA 4AIUA 3WELA 2WK2A 1BHGA 4U33A 4QLJA 8CGTA 1XH1A 4PSPA 2FDMA 4MB3A 2C8NA 2VC9A 3SCUA 3ZIZA 5CGTA 2FH6A 2WHJA 1ECEA 2BS9A 1MQPA 4UQEA 2X09A 3W53A 2E8ZA 2Y8KA 1PBGA 1V0NA 4UFMA 1VAHA 1QNOA 5HBFA 4PN2A 1CIUA 1E3ZA 3OGSA 3QOMA 1VFUA 4H41A 1XSIA 2EO7A 1G01A 5E0FA 5E9AA 4QAWA 2BHYA 1V02A 1Q4NX 5I2UA 3GNRA 1E4NA 1XCWA 1BTCA 3RPMA 3DHUA 4ML4A 4W93A 4MPKA 3WD4A 1WAWA 3WBEA 3VMNA 2QLYA 1E4IA 5FL0A 4HZ8A 4GI8A 4PTMA 1E5JA 3CLWA 5D9OA 1WO2A 3ZSSA 4P7LA 2D23A 2DH3A 3W26A 4AEFA 3W37A 2CYGA 2E9LA 3IANA 4AZ6A 1C90A 1UR0A 3VM5A 5A8OA 3VIKA 5A2CA 1V0KA 1DTUA 1J10A 4CN4A 4J7RA 3WMCA 4LGXA 5JBEA 3RMEA 4BQ2A 1EDQA 1K9FA 3BXWA 4GZIA 4OKDA 1H0GA 4JL2A 3VUPA 1E1EA 3AIQA 3QHNA 1H5VA 3VILA 2FHBA 4HOWA 2WM0A 1V3HA 1J18A 1OSEA 2CPUA 1DWFM 5M17A 4D6IA 4F66A 1LG2A 1G1YA 3ZO9A 3VPLA 3AFBA 2JALA 3ARUA 4H04A 3VIIA 3LMYA 1CDGA 2VTFA 1HJQA 2WVUA 4LQ1A 3RM9A 3A4WA 1KBKA 3A6OA 4KRUA 3L4WA 2YIHA 2XGBA 1CGXA 2XIBA 1MFVA 3NYDA 4YHEA 3EDFA 3PZUA 4M8UA 5I77A 1EOKA 1JG9A 3WFZA 1CGTA 4AZCA 4HU0A 4W8BA 2GUYA 3OLGA 2ZXQA 2VURA 4XZBA 2OYMA 4U3AA 4MNJA 1GORA 2YBUA 1N82A 3F5JA 1ISVA 2WXDM 1W9VA 3TTQA 3WDIA 3D3AA 1HKKA 2CBIA 4HMDA 1V6XA 4F9DA 5DO8A 1HP5A 1XSKA 1RD6A 4PTXA 4UNIA 5HPOA 5AY7A 2VX4A 3WQVA 1CTNA 3AICA 1GOIA 2VZSA 2WSKA 2VQUA 4K68A 4AIOA 1BG9A 2XSAA 1V3IA 5HXMA 3MUAA 1ZB5A 3N12A 5HNNA 1AVAA 1JI1A 1UA7A 1V0MA 2WSPA 4X0VA 2EJ1A 1W9UA 4D6JA 1HVQA 4H8VA 3WUBA 3GZAA 4RE4A 2UY2A 3NSNA 3UR7A 5GNXA 3RJXA 1UD2A 3L4UA 4PRWA 1HL9A 4XUYA 2C7FA 4UFIA 4AD0A 1NOFA 4RE2A 5IDIA 1CLVA 1Z32X 2D0GA 1VEMA 2YJQA 4D1JA 5AYIA 2E9MA 2V5CA 3BH4A 2J25A 1DP0A 2BY0A 2F2HA 3N1AA 3IAPA 1FHLA 1JZ7A 1QNPA 4PCSA 1M04A 3I3BA 1HT6A 3MSGA 2YKKA 1DEDA 4NZCA 1FH9A 1HJSA 1GOQA 3GDBA 3LPPA 3UESA 3CZ8A 4D71A 1IZJA 2ZE0A 3T0AA 4JFWA 2ZUVA 4PTVA 3K8LA 3AHXA 3VKKA 1H0IA 1CXFA 1W3KA 1KGWA 2G3MA 1K9EA 1RH9A 4CCCA 1B30A 4AMCA 2DIEA 1E3XA 4W5UA 5C8BB 1EOMA 3UCQA 3T0DA 4PMYA 2O9OA 1V6UA 1GPFA 3EYPA 1HKMA 2G4FA 3AYRA 4PEEA 4B3KA 1ZBCA 3VD7A 3VGBA 3A4AA 4ACZA 4AD3A 3B9DA 3RM8A 2J7BA 4TOQA 3UR8A 1B3VA 3MV01 4P8WA 1SFSA 5E09A 3G6MA 3KL0A 3ZOAA 5GNYA 2W63A 1NWUA 4W89A 2VVSA 4MB5A 2ZUSA 2OWCA 5FD0A 2DT3A 2OWXA 2XVGA 4PUEA 1QPKA 4KGJA 1I75A 4MB1A 3EDEA 2WPGA 4AZGA 2QHAA 1AQ0A 2NT0A 1MW0A 5BYWA 1R7OA 1JNDA 1E1FA 1W3HA 3CZKA 1HJUA 4UOZA 3W29A 2ZX6A 4C7GA 1V3KA 3ALGA 3IK2A 4IM4A 4UFLA 4MADA 1B31A 2J75A 3VGHA 1E0WA 5JBFA 2A3HA 3RO8A 2CESA 2YL6A 1TA3A 5A6BA 1JDAA 1WDRA 1QI2A 5CJ5A 2VZUA 4XX6A 4P8VA 1J11A 2ZUNA 4D6GA 4S3KA 3VIPA 1VBRA 3MU7A 4PMNA 3VMOA 5FCZA 2O9PA 4MTVA 4UOQA 2QV4A 1H2JA 2VX6A 3SCWA 2GFTA 2WMJA 2WCGA 2GJXB 4AZHA 1LWHA 1RP8A 3G6LA 2Z1SA 1OGGA 1DWHM 1V02E 1GVYA 4BS0A 3TTOA 4KMQA 1G5AA 5I23A 1GQJA 4KWUA 3UERA 5BROA 5M3WA 1DHKA 4WK9A 3AISA 3WDQA 3AHYA 1WDQA 4OOZA 2WLZA 3WQ8A 1GW1A 2J78A 1OT2A 3TP4A 2JE8A 4Q22A 1OIFA 1MXDA 1BSIA 2ZWYA 4M81A 2PBOA 1V6YA 3DECA 1EO5A 3VNZA 3MMDA 1UD4A 2GK1B 1KBBA 4OOUA 1NP2A 3F5KA 3RIKA 3T2QA 4GQQA 4CCEA 2J7CA 4YPJA 1V3LA 2CNCA 2PWHA 1E6ZA 3AZSA 1HKJA 1QVBA 3WKZA 3WQ6A 1W3JA 3ZJ7A 2DIJA 1VIWA 1UQYA 4B3LA 2JIEA 2E8YA 1W32A 4GZJA 2CBJA 3AMDA 4W7UA 1AQHA 3ZT7A 1JZ6A 2J74A 1J0YA 5CPSA 3CHCA 1C93A 2XVLA 2J7DA 1GQKA 1ISZA 1B3WA 1UR9A 4ZFMA 2GDVA 2Y4SA 3CZJA 4DWSA 4UQBA 1JL8A 2JFEX 3W6LA 2PBGA 5A8PA 4QFUA 1QNRA 3CUFA 1KFWA 3GH5A 2VUYA 3B8SA 3AYSA 3MANA 5D4YA 3AHZA 4W85A 1EH9A 4M24A 3BAYA 1MWOA 2YDSA 1PX8A 4WKFA 1TMQA 2VX7A 6TAAA 4AWEA 5IFTA 3U5YA 3FAXA 4V28A 1SR0A 2WLYA 2WVVA 4CN6A 4XV0A 2TAAA 7A3HA 4N42A 3SIMA 5LA0A 3VGDA 2VVNA 3SCSA 1LF1A 1AMYA 2EPNA 4YN5A 1VEOA 1BYBA 5BRPA 3ZJKA 1JAKA 1OM0A 3DYOA 2FH8A 1PAMA 4U5IA 1CXEA 1V3MA 4W87A 3FY1A 4FLRA 2XVPA 3SURA 3FAWA 5EFFA 3VIMA 4B9YA 3APGA 4J3XA 1G9HA 5KEZA 3UG5A 4E8CA 2VR5A 6A3HA 4CKQA 1BG4A 2D1ZA 1EQCA 1US3A 3RILA 4Z2JA 4CUCA 2W91A 2GJPA 4XB3A 2B31A 5A8NA 1TVNA 3ZT6A 1UKQA 1J0KA 4UQAA 2ESCA 3ZR6A 1UQZA 3NDZA 4WLCA 5A6LA 4CD8A 2VMFA 1B0IA 1MW1A 1DWAM 3CH9A 4RE3A 4HP5A 1W1PA 1BYAA 1CECA 2WZIA 2XWDA 1C7TA 1UWSA 3KL5A 4QCEA 4HPHA 5I5RA 3POHA 1PX3A 4ATLA 3BAWA 2WKLA 5A6MA 1UOKA 3OG2A 5HPCA 4PMZA 4U5KA 3DYMA 3S6TA 3VOCA 1ISYA 1Q6GA 2CITA 4JHOA 1E56A 3CIVA 1XD1A 2V5DA 1JZ5A 1RP9A 4WJXA 5A94A 5GQBA 1EA9C 2XHYA 1QW9A 2IXUA 1OWQA 3EDJA 1PEZA 1G0CA 5A8QA 2WMIB 4JFSA 2JF7A 5ABEA 4JAWA 1H4PA 1NWRA 2DGAA 2J8GA 4GQRA 2XG9A 4PTWA 4LXFA 1W9XA 1NARA 1V03A 1JAEA 1NWSA 1C92A 1FH7A 3WEZA 4R27A 1LL7A 3WF1A 2QF8A 1QOXA 1W3LA 4AEEA 4JL1A 1WE5A 1FA2A 2VO5A 2VX5A 3BCFA 4WSJA 3W6MA 1MW3A 3VDCA 1UWRA 2WKGA 4FLSA 1LG1A 1CXIA 3NSMA 5A8MA 1GZJA 2J7EA 5IHRA 1JZ4A 1KCLA 3GM8A 1XRVA 1JFXA 4CD4A 1SYTA 1CLXA 1U33A 1WB0A 4PMVA 1KB3A 2W5FA 1V0LA 3AMCA 4AZIA 1B9ZA 3CUGA 3CO4A 5FL1A 2XIIA 1X1NA 3ZM8A 2GDUA 2A3CA 1HXJA 1JXJA 5C71A 4GKLA 4NI3A 3AIVA 3O6AA 4EKJA 4D6FA 5CGMA 3OZPA 2OWWA 4R5EA 5BWFA 2CIPA 1QBBA 3OA5A 3VIFA 3WNOA 1ITXA 3K8KA 2VOTA 1JYWA 4HZ7A 1UWIA 1GHSA 1GJWA 2DSKA 3WFLA 4ZE4A 3WD2A 1TFVA 3SCVA 3WMSA 3AIBA 4NF7A 5CZKA 3WH7A 1UKOA 3SUSA 1WKYA 3DHPA 3WDHA 4HMEA 1JZ8A 4GXPA 1QI4A 2EQDA 4URIA 1Q6DA 5CXPA 5EB8A 5E6ZA 2CHOA 3OLIA 4LYRA 2YL9A 2VZOA 2ZUUA 2ZWZA 2YA0A 1W2PA 1J9YA 5BXRA 5ABFA 3WUGA 5DFAA 2WHKA 3OB8A 5A6BD 4IUGA 3OBAA 2X05A 1KWKA 2AAAA 4ZENA 4V27A 4AZ7A 1Q6FA 2WBGA 3AHTA 1JI2A 2XUCA 4QP0A 1VJZA 1RPKA 1ISWA 2PF0A 3AIRA 9CGTA 1J01A 1JZ3A 3MUY1 3TTYA 1GJUA 5BXSA 4J3WA 4GINA 3GXMA 4W86A 3OIHA 3SCQA 3T2PA 2XFRA 1WZKA 3MV11 1CGYA 4D72A 1BFNA 2X0YA 2JF6A 1UKTA 1UWTA 1JF5A 3L4VA 3KWXA 4OZOA 5E0CA 2A3BA 4UZUA 4BZYA 3ARXA 1YQ2A 2OYKA 1X6LA 4BQ5A 3WNNA 3GTNA 3AIEA 2FHCA 4M82A 3RDKA 1TUXA 2VCAA 2BV9A 2XM1A 3BCDA 3PZMA 4HOZA 3WL0A 1LQ0A 3SCOA 3UETA 4UQDA 2BY3A 4DM2A 1C91A 3GXDA 2VQTA 3CBWA 2VR4A 4X9YA 2GVYA 3CUIA 2VRKA 2J7FA 3SUVA 4BQ3A 3GH4A 3WDJA 3CZGA 1WZAA 5AYBA 3JUGA 2YDRA 1M03A 1XC6A 1G94A 1L0PA 3ARTA 2J79A 3N15A 2VT0A 2YLLA 5D8ZA 1NP0A 4DUVA 1UZ4A 3UG3A 1W9DM 2D2OA 2O92A 2JEQA 4HZ6A 1VJSA 2G3JA 4JFVA 1ZJAA 5A6AA 4HPGA 4A3HA 3L4ZA 1NOUA 3T2OA 4H8UA 6CGTA 1E72M 5DEZA 2UY3A 5BXTA 1VB9A 1CENA 1TG7A 1V3JA 1PJ9A 1BLIA 1K9TA 3CZEA 3PZIA 3WSUA 2OSXA 2QMJA 2GSJA 4M56A 4Q7NA 1XYFA 4AD2A 4CN1A 4WKAA 4HOXA 2ZXAA 3WF3A 3BLKA 1PZ3A 3ARQA 2YBTA 1WCGA 4PMOA 4AZ5A 3ZJ8A 2DT0A 3M46A 2CETA 3VX1A 3SUWA 1QW8A 2VNCA 1HNYA 3ARSA 4IISA 2WZHA 3W27A 2ZX8A 3L4YA 2PWDA 1EHNA 1BAGA 5LYRA 1WDSA 2RGMA 1FOBA 1BYDA 3K1DA 1XD0A 3E1F1 1E6XM 1GNXA 4HTYA 4V2XA 3EMZA 4CU7A 2CKSA 4PBGA 4DWSC 1UHVA 4L4PA 3AQUA 3UG4A 2ZUTA 1MQQA 3VGFA 1UR2A 2PWEA 4GPNA 3TA9A 4PMRA 1QI3A 1V6VA 5ECUA 1IV8A 3WH6A 3II1A 2Y8VA 2XVKA 1BGGA 1YHTA 4MJ2A 3N18A 1PX4A 2XSBA 2WCSA 1E43A 3BLPX 3ARPA 4EK7A 2WC7A 3WEOA 1NWTA 5D9NA 4DUWA 3O9NA 3SCNA 3KL3A 4Z2HA 4Z2KA 3VU2A 3WDRA 4W84A 2XVNA 2D3LA 2V3FA 1ITCA 1GUVA 4MNMA 1UH3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W88 A;  1UWQ A;  1E6Q M;  3BAI A;  3QHO A;  3BC9 A;  3WL1 A;  2W66 A;  2CER A;  1EDG A;  1GOO A;  2ZUM A;  4FK9 A;  4HA3 A;  1J0J A;  1CPU A;  4B9Z A;  2ZID A;  2DH2 A;  1W2V A;  3AIU A;  5D9P A;  2E40 A;  2DSW A;  4TXE A;  4TTU A;  1MYR A;  5TD4 A;  1UD5 A;  2WVT A;  3WNP A;  3L4X A;  1ZS2 A;  5I79 A;  2BY2 A;  4JHZ A;  2PC8 A;  3F5L A;  5E70 A;  3VD4 A;  5ABF B;  3CTT A;  4W8A A;  2G3N A;  4PSR A;  1H49 A;  4MNK A;  5M5D A;  1Q6C A;  1LJY A;  1E0V A;  3CGT A;  1IT0 A;  3AS3 A;  2HVM A;  1XCX A;  2WHM A;  4HA4 A;  3N13 A;  1ISX A;  1BPL B;  4UQC A;  4GIA A;  1IZK A;  1PPI A;  1HL8 A;  1VBU A;  2A3A A;  1JD7 A;  2V3G A;  4S3J A;  5HDR A;  2J62 A;  2W4X A;  4P7Q A;  5JBD A;  3PZN A;  3HMC A;  4ATW A;  2D0H A;  3ALF A;  1J12 A;  3PTM A;  1OIN A;  2J4G A;  1B90 A;  3ARO A;  3VM7 A;  1GOK A;  3VMP A;  4H7V A;  1GOM A;  1UKS A;  2J77 A;  4PCT A;  2FGZ A;  7TAA A;  3EDD A;  3DYP A;  2X2Y A;  3AXX A;  2VI0 A;  2C0H A;  1F4A A;  4Y7E A;  5F7U A;  4M1R A;  4AIU A;  3WEL A;  2WK2 A;  1BHG A;  4U33 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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