2OX1 | Genus

Total Genus 62

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	62
sequence length	196
structure length	196
Chain Sequence	MKLVATLSSPEELELAEKADVVELRIDLFDFSGARVDKEKILTCRRVSDGGKFEGDERERIEKMKRAFDSLNPDYVDLESDLPDSAFDFNCRIIESYHNFIRTPDYSELKGIVEGRRGDLVKIATMGKSKRDVETIVRILTNYDDVVAFLMGERFSFTRVLAAYLGSPFIYCYVGSPKAPGQISLDDAREIISRLG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5620588183191897__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5620588183191897__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OX1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5620588183191897__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5620588183191897","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OX1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5620588183191897__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd678fd84f7d86633eb49b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd678fd84f7d86633eb49b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd678fd84f7d86633eb49b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd678fd84f7d86633eb49b/pdb.gz): 175 ms

reading 196 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

196 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:195});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Archaeoglobus fulgidus
publication title	Structure and lability of archaeal dehydroquinase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
total genus	62
structure length	196
sequence length	196
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2007-02-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2ox1A00

1F6PA 1TPUA 4O1CA 5LGXA 5DCDA 4EF9A 1ZJIA 4N4PA 3P8JA 3OG3A 4UTKA 1O5XA 2W0UA 2ZZ7A 4HPJA 3B4UA 3BLIA 4KWWA 2A0NA 1RV8A 4QSHA 3NQFA 1I2QA 5DLCA 1YTEA 3KVKA 3C2EA 4R34A 3MP5A 1GOXA 3S6DA 1TPDA 3PM6A 3LTPA 3W23A 8TIMA 3W7HA 1IIGA 2BWGA 3UY7A 4UIOA 5F2LA 1H7OA 1X6UA 1ZCOA 4FXRA 3O06A 2OMAA 4OQVA 3GZ3A 3CM4A 4MLRA 4GXMA 4NQ1A 4MKNA 1H7RA 4GE8A 4DO6A 2A7NA 4WY0A 3BPWA 4ZQMA 2VXNA 3S5NA 2LLEA 2VFIA 4WX2A 3L0GA 1EIXA 3B04A 1GWJA 1A53A 5D2YA 3PB0A 2V5LA 2V9DA 3FOKA 5D30A 5F2IA 3TXZA 2C16A 3L0NA 2JKPA 3CHVA 5J5DA 3KVMA 1LLWA 4A21A 1A50A 1U83A 2CZFA 4M19A 4E2BA 1GVSA 1H7NA 4QM1A 2ZRZA 2GJNA 1XUZA 4MY1A 1GYNA 4CNOA 3LI0A 3CC1A 5G5IA 1TTPA 5F2GA 1OYCA 1SW3A 1XXXA 1OFBA 5AC8A 1AW5A 5CZJA 4LRTA 5FEXA 4O1BA 3O6YX 3LHTA 3E9AA 2YFOA 3LI1A 1L6YA 3DFQA 1KFCA 3BG3A 2ZRVA 2YGYA 2BXVA 1SO6A 1SZEA 3TCEA 1IGSA 2I1OA 1JRBA 2ZTJA 1S5TA 1WBJA 1H61A 4XBSA 1BWKA 3ZWTA 2RDUA 3S1XA 3DFOA 2NUWA 4AWSA 1H1ZA 3DAQA 4JTUA 4POCA 3O15A 5K4XA 4ICNA 1F76A 1QNVA 5F4WA 3EWWA 3LRLA 3LHWA 4HNNA 4CCDA 1YPIA 1G6CA 3W1AA 3DFTA 5IBXA 1NSJA 3UWZA 3P84A 1J4EA 2NWSA 3P67A 3NGJA 3W7NA 2GVJA 1F05A 1VGAA 2R8WA 3W2MA 4HPXA 2QAPA 5IM51 1ALDA 4CQ8A 5HR7A 3GNDA 3W7LA 1HG3A 3W7CA 2VKZG 5AYZA 4UTTA 3CQ0A 3TFXA 3STGA 1WDWA 2FQIA 2NUYA 1AK5A 3P5ZA 1JULA 1WX0A 1ZALA 3K30A 3TFCA 2YYUA 3F03K 1JCNA 3HQ1A 2R91A 3O6CA 1KM6A 3OBKA 4YLWA 3TJLA 1D3GA 2IQTA 4O4WA 1AW2A 4XZ9A 1AMKA 3NM3A 4ML9A 4EF8A 4IPIA 4IMEA 4P61A 1GVFA 1LP6A 2CLMA 3O1NA 4ZL1A 3NYZA 3NAVA 5AFDA 3NNTA 1DHPA 1MEIA 5K2ZA 4K8HA 4QJ1A 2V2CA 1FCBA 1H63A 2EF9A 2TPSA 1ICPA 4CCEA 2RDTA 3QQ1A 4K7VA 4PL2A 2ZRXA 1XBVA 2Y7DA 1VS1A 3DKJA 4EVZA 3WK1A 4A2SA 5AN7A 2CU0A 1IXQA 2O7SA 3W6YA 4DEFA 3T7VA 4HSOA 1OK6A 1LOSA 3OEXA 1SUXA 2HMCA 2P10A 2BSLA 3N19B 4LC6A 5GVJA 3IVUA 3IGSA 2Z1BA 1SSGA 5I3IA 4XQ6A 5KZDA 3HO8A 1U5JA 3LXCA 1LOQA 2B7NA 3G0XA 1IIHA 4D2JA 1NVMA 4LU0A 5U7SA 4ONVA 3W70A 5LNRA 2F84A 4XKYA 3Q58A 1QAPA 1XBXA 3L65A 3SSJA 1W1ZA 1R30A 4OWGA 3HGJA 3C56A 4JTFA 1GPWA 3KX6A 4YWIA 1TV8A 1TSIA 1SFLA 3THAA 5CZTA 1OVDA 3GB6A 1MSSA 2WJZA 1EB3A 1OX4A 4WXYA 5CZSA 5AHMA 3USBA 4I7VA 5FF4A 1XDLA 5MHBA 3L5AA 1TPWA 3TJXA 1TTJA 2H3DA 2C3ZA 4XBKA 1PV8A 3N73A 4FNTA 2WSQA 1PE1A 1DOSA 4JN6A 1AG1O 4KKXA 2QUTA 3IRDA 1QPOA 4LUIA 5DXXA 5TQLA 1TJPA 4DPQA 2ZA1A 1VR6A 2WNNA 1FXPA 1NF7A 4E38A 4AMAA 3MMTA 1T96A 1YXCA 2QJHA 1B57A 3DFSA 1NFBA 4L4MA 4MIMA 4O16A 3MI2A 5EYWA 4ADTA 3DH7A 3G24A 3WJSA 2A5HA 4GUGA 4AWTA 4BI6A 1W5NA 1JCXA 4ORMA 2ZTKA 1GG1A 1C9DA 3UXDA 3PVFA 2GVLA 1LTDA 3FJLA 4TIMA 1H5YA 4HNVA 1F5ZA 3W1LA 3FYPA 1WXJA 3NL6A 1YXDA 5LNSA 3QPYA 4RK8A 4X2RA 4QIUA 3TK7A 5EPDA 1GTEA 4WY0F 3W9ZA 3W86A 4M5PA 3GYEA 5A5WA 2I9EA 1VCFA 3TMLA 3PY2A 3WFAA 1FWNA 3BLFA 1EUAA 1GG0A 3W7KA 2AQWA 3L68A 4O1AA 3NQ7A 3EWZA 4NJJA 3W7OA 5DY3A 5LHFA 4JTGA 4O19A 3EWYA 2X1UA 1VH7A 3MWAA 3BG5A 3G3MA 4M7TA 5BRBA 1QPQA 2ZFAA 4E2DA 5D03A 3DFNA 4LV4A 4I7WA 5F2MA 1KBIA 2WSRA 3PULA 3QSRA 4MOZA 3DENA 2ISWA 2VFDA 4CNPA 1VHCA 4KWVA 1UUOA 5L6UA 1AL7A 3CTLA 3W73A 4AHQA 1W5PA 4JTLA 3TNOA 3P82A 2JGQA 2NXGA 1I2PA 1HL2A 1K3UA 4HN4A 4NX0A 2NX9A 2WOQA 3MUXA 2RKXA 4AXKA 3UPBA 5D2VA 4OHQA 1W56A 2HTMA 3CPRA 1XM3A 4RR4A 3OA3A 5CZ0A 2ISSA 5F1VA 2RFGA 3LXAA 3ZWSA 4JEQA 4ZMGA 4JTTA 4N9EA 2G97A 3GDKA 1UUMA 4N02A 3MHUA 1VHNA 1CX9A 3IIPA 5LZLA 2BX7A 2Q8ZA 1OFEA 5AHFA 3HG3A 4Z0SA 3EWBX 1SZGA 3ABQA 4JIPA 2CWNA 3GDRA 1M5WA 3GR8A 1ZAHA 3G1DA 3I7SA 3S9YA 1Q6OA 5TBOA 2V0TA 3TDFA 1R47A 1R2TA 4PA8A 3G18A 3LCFA 5ABTA 3M43A 4LC8A 1JCJA 1N8FA 2A7RA 1FWRA 3SW6A 1N7KA 1GQNA 5HJLA 3NQ6A 3P5YA 1KM2A 5D2XA 2ZZ4A 4UTHA 5I3GA 4O8RA 1OFPA 1YLVA 4NZJA 4LS0A 4UMBA 4ADSA 2NZLA 3W7MA 5DCBA 2B7QA 4MJZA 1ZAIA 1D9EA 1UASA 3NQCA 4NJHA 1QPRA 3EWUA 3P62A 2WKJA 1FDJA 2RHGA 4AF0B 4UTLA 2H90A 4LVBA 3G8RA 5G2IA 4GC4A 4NNCA 3LB0A 3UZJA 5AC6A 1H7XA 3S1UA 3QMSA 3L2IA 3GAKA 5BOOA 1E51A 2YZRA 3ATZA 3NPWA 1ML1A 2OZ0A 4MYXA 1KTNA 3NPUA 5HINA 1W0MA 5I3KA 3HG5A 4RJEA 2D73A 3W2KA 2DU2A 3M16A 4NNBA 4UFMA 1O4UA 4Z1DA 5KZMA 2DORA 4O50A 1OFOA 4AVFA 3PBUA 2VFFA 5D2WA 3UPWA 4HIBA 4JX5A 1I2OA 1DL3A 1TPFA 2QDHA 5HWJA 1TJRA 3ABRA 2OX1A 3E02A 3TC6A 3KFTA 4Q33A 1LYXA 4GUFA 4LV9A 2NXHA 1Z41A 4O15A 2CLHA 3ATYA 1OABA 1PHQA 3L5MA 5BMXA 3QSTA 4G1KA 2Y7EA 1PHWA 2NX1A 3R8RA 3FA5A 5D32A 5G2HA 3P60A 2WPBA 1F73A 3YPIA 1Z48A 3N2XA 4NJGA 3DXIA 4WXZA 1OX5A 3W1RA 2CLIA 1N55A 2FIQA 4IX2A 2X30A 1X7FA 5D2TA 4JX4A 1VCGA 4ADUA 2GQ8A 2QUUA 2V2HA 1LOLA 4DELA 3M7WA 5IBXC 4MY8A 2ATSA 4O10A 3W2LA 4O18A 3H55A 3N9SA 3PBYA 1ZFJA 3H54A 5E0KA 4BR1A 2GUUA 4TR9A 4EIVA 4JTEA 4UTWA 3NQ2A 5C54A 3EXTA 3W71A 1GVQA 4A2RA 3FKRA 4UTTC 3O16A 3O8AA 1ZENA 4NT0A 4X3ZA 4UFJA 4YL2A 4Q32A 4M6VA 1RD5A 1VRDA 1TCDA 5L9FA 2QDGA 1FXQA 3NQEA 1VYSX 4PL1A 4RCXA 2C15A 3KVJA 3C6CA 3PBVA 5TIMA 4N2YA 3BW2A 4JTKA 2DZXA 4PCFA 1XBYA 2ABBA 2ZCGA 3SGZA 3B0VC 2YPIA 2CLEA 2G96A 3W83A 5K9XA 3FS2A 5CG7A 4GJ1A 2VELA 3D0CA 3S1WA 1VLWA 3MW7A 1WQ5A 3L21A 4XTIA 4Y96A 2WO5A 1G67A 3W7DA 3HOJA 3TXVA 3W2JA 1L2UA 1WV2A 3PAJA 2QF7A 4W9TA 2A21A 3LLDA 3M5XA 4N9CA 5D09A 2CW6A 4JTSA 4RKAA 3TE9A 1LBFA 2E1DA 2VEPA 4JR5A 3LBCA 4DXVA 3W1NA 3N3MA 3QEZA 3S5OA 1ME7A 3PG9A 3T4CA 3KRSA 3UYCA 3LGEA 4K6AA 5I3HA 3W7QA 2QCDB 3P8IA 1OFQA 2ZRYA 1FX6A 1EWEA 2A6LA 3CB8A 1LM1A 4TX9A 3RNDA 2ATMA 4OV4A 2QEZA 4GNJA 1R2SA 1ME8A 3KRUA 2V5BA 1TPVA 2NXIA 1F74A 1KM4A 1JR1A 4PC8A 3IIXA 1GVOA 1YDVA 2E5DA 2VENA 3HG4A 2ZYFA 2E77A 3W07A 3C3NA 4R7JA 3C52A 3EKZA 1Q6RA 3A5VA 3TMQA 4UFLA 2H8XA 3EKLA 3TC7A 4LVFA 3W7JA 2FPTA 1GZGA 4JYDA 2Y7GA 3EX2A 5DELA 3G22A 3W2UA 3WJYA 4UNLA 1I45A 3UWQA 3NQDA 3TAKA 1MXSA 1G4EA 1QOPA 3H53A 3W7EA 1XCFA 3RMJA 5K9CA 3W7IA 2NWRA 2FDSA 1DKWA 3LCIA 3C0JA 1T8XA 5CSSA 2EGZA 2H8ZA 3QH2A 4Y9AA 1I4NA 1WOAA 1FWWA 3NQVA 4M6PA 1EP2A 5E1QA 5LHEA 2Y63A 1SR9A 4PTNA 2Z2UA 1DJQA 1K7FA 3UXAA 5KSWA 4GBUA 3WJXA 1KBJA 5AB3A 3Q37A 1TYGA 3I7QA 3ZFHA 5CPNA 1A5CA 2C14A 4OU1A 1LBMA 4MUZA 4QQ3A 3QW3A 1G4TA 4H6KA 1X1OA 4IQLA 3M0ZA 3LV6A 1KFEA 1GVRA 3GDMA 1K7XA 4JDBA 1MEWA 2J88A 1QWGA 3S5YA 3JRKA 2ZA2A 1SO3A 1ICQA 3KOFA 1XUUA 2QCCA 4Z08A 2A1YA 1JCYA 3DFPA 3G8EA 4HKPA 1H50A 1WYIA 3QM3A 4S2CA 3QW4B 5K9DA 1YTKA 4HNUA 5LKYA 3C8FA 4Z0JA 5AYXA 5FEPA 1F6KA 1O5KA 1QPNA 4GWEA 3MYOA 2E6AA 3MP3A 4B5NA 1KFKA 1TPC1 3MJYA 3DZ1A 3PUEA 3UNDA 1OFDA 1KV5A 4JX6A 5D33A 2B4GA 4N6FA 4TMCA 3W2NA 1IXPA 2CZ5A 3QMTA 4PEKA 4HNTA 2VFEA 3LCWA 5HNRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1REQ A;  1ZY9 A;  3IV3 A;  4I9M A;  1J79 A;  1OF8 A;  1KB3 A;  2P0O A;  3EA3 A;  4DXX A;  4Q6X A;  1QNS A;  2YXX A;  3HJZ A;  1MW3 A;  3SIZ A;  4HOZ A;  4IIH A;  3B9N A;  1PWM A;  5A6T C;  1BFN A;  4LPC A;  5BWF A;  1U1H A;  1DQU A;  4GIR A;  4PUK A;  2QQ6 A;  1JL8 A;  3A9B A;  1C8Y A;  4DJF A;  1ZGD A;  1VBR A;  2E5B A;  2PGW A;  4GUH A;  1G0C A;  3T0C A;  2ISV A;  1Q6Q A;  2QUL A;  3A24 A;  1FCU A;  2BNJ A;  4JDY A;  1J6P A;  4RE0 A;  1BKS A;  3LGG A;  3TLQ A;  2VZT A;  5FJJ A;  1M9H A;  3C2F A;  1SQ7 A;  5LNU A;  2OU4 A;  1JAK A;  4O57 A;  1KLZ A;  3N2M A;  3LNP A;  2DIK A;  1UBP C;  3TW9 A;  4XIM A;  4R7W A;  4M51 A;  1NWR A;  4IWW A;  3M0L A;  4IXX A;  3U6W A;  3VKJ A;  1ONW A;  4PB4 A;  3MB9 A;  2XN1 A;  2GDV A;  2PDW A;  5CPM A;  1QNP A;  3W38 A;  3RRA A;  5HPO A;  4DF0 A;  4IUO A;  3M0X A;  3UZY A;  3PAO A;  1M7O A;  3L7R A;  1Z42 A;  4UFI A;  1UH4 A;  3EEG A;  3CV2 A;  4IFK B;  2F7F A;  3JZE A;  4WOQ A;  2DT3 A;  3NZR A;  5G4H C;  1FWB C;  2XGB A;  2CCR A;  1J5T A;  1H49 A;  2PWE A;  1TRI A;  1JDC A;  2NX3 A;  3HPZ A;  5ABF A;  1EZW A;  3GXN A;  3AQU A;  3CTT A;  3WBX A;  4RV8 A;  3TIM A;  4YPJ A;  4LH8 A;  4ZSU A;  2PWH A;  3MVI A;  4LEF A;  5C6M A;  2ZRW A;  3N14 A;  1XYA A;  4KES A;  2A7P A;  3UZW A;  3NYD A;  4ZVJ A;  3CUF A;  1A80 A;  3F4V A;  4PBF A;  4W7V A;  4FZI A;  5C71 A;  1K6W A;  5MF5 A;  3TQV A;  3NO3 A;  4QIT A;  3GNR A;  4ATD A;  2GL5 A;  4WD0 A;  3TR9 A;  3QPZ A;  4B5U A;  4IXH A;  4O28 A;  1AZ1 A;  5D04 C;  3EX3 A;  1OCN A;  1RCO B;  2VM8 A;  1BXC A;  2FJU B;  2R6O A;  3GBE A;  3NL5 A;  2PCE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2OX1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations