2PCQ | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	283
structure length	283
Chain Sequence	MILPPIPTPFDREGRLDEEAFRELAQALEPLVDGLLVYGSNGEGVHLTPEERARGLRALRPRKPFLVGLMEETLPQAEGALLEAKAAGAMALLATPPRYYHGSLGAGLLRYYEALAEKMPLFLYHVPQNTKVDLPLEAVEALAPHPNVLGIKDSSGDLSRIAFYQARLQEFRVYTGHAPTFLGALALGAEGGILAAANLAPRAYRALLDHFREGRLAEAQELQKKLFPLGDLLAKGGVPLLKQALRHLGLPAGYPRPPYPAESPLWERFLPVLEGLKEEGWVL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of putative dihydrodipicolinate synthase (TTHA0737) from Thermus Thermophilus HB8 rcsb
molecule keywords	Putative dihydrodipicolinate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Thermus thermophilus
total genus	101
structure length	283
sequence length	283
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2007-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2pcqA00

4M19A 4WZHA 1V7YA 3CU2A 2C6QA 3W22A 1FQ0A 4LV4A 2ZQ0A 2Y85A 1G7UA 4P61A 2O7SA 2F84A 4R33A 3TSBA 5LHFA 2CWNA 3G1SA 1A53A 1ME7A 4LRSA 4O50A 4MZ8A 5I3HA 3M5XA 4BI5A 1DOSA 3L68A 4WXZA 1WYIA 1WV2A 3M9YA 2G96A 4HNNA 4AWUA 1TSIA 2V2CA 4RZ4A 2QJHA 4MKNA 1W37A 1XUZA 4O1AA 3E0IA 1K7FA 1TRIA 1C8VA 1G7VA 1SPQA 3QYQA 3M7WA 2VENA 3E49A 5HWNA 3LCWA 3W7LA 5KZDA 4ZZ9A 4NX5A 3B4UA 4DF1A 5TBOA 1VH7A 3WJZA 1FWTA 4JGDA 3KHJA 1LROA 5GVJA 2P0OA 2FFCA 2QCLA 2Z6IA 3W71A 3TDFA 1L2UA 3A5VA 3BW2A 5KSWA 2VC6A 4WY0A 4TU1A 3G0SA 1EP2A 4XZ9A 3LTPA 1WBHA 2YYTA 1X7FA 3IVSA 4Y8FA 2VFHA 3MBDA 2ZZ5A 2PC4A 4UTWC 3PY2A 5K2ZA 3LHVA 1KV5A 4Z0JA 4N6FA 4N4PA 3T40A 1YLVA 1LCOA 1N7KA 1G69A 4JX5A 4UC5A 2ZFAA 3P8IA 2G95A 2OMAA 1LBLA 3L21A 2QCHA 2UV8G 3M41A 3TR2A 2A7PA 5DELA 3BG9A 4GUIA 2FJKA 3C56A 3B0PA 5D2WA 5I3GA 2EHHA 3E96A 3S5YA 2W0UA 2B7NA 4MJMA 1KM2A 1PCKA 3VKJA 1IIGA 4R53A 3KOFA 3NQGA 4M6QA 4UNKA 3QFEA 1H7PA 3TAKA 1Z44A 1H62A 5F2MA 2NUWA 4UTJA 1H1YA 3P5ZA 2Q8LA 5I3JA 5F1UA 2CZDA 4JX6A 3NL5A 2R14A 1JCJA 4O52A 1EWEA 1KFLA 4JR5A 1FCVA 3GKAA 4FXSA 4MZYA 3BG5A 3GR7A 3HG2A 4RK8A 3INPA 4JY9A 5K3VA 3PBWA 3MI3A 1K7EA 3O63A 3GXPA 3NO5A 4IXHA 3LRMA 4ZQCA 3V1PA 4FNRA 5AC8A 3W3OA 3VNDA 4PTNA 2Y7FA 4C1LA 1RZMA 2EPHA 1WDWA 4FHAA 1W5OA 4O4VA 3RNDA 2NWSA 3S1XA 2V30A 1I2OA 2Y63A 4NNCA 4Y9AA 1AMKA 3STGA 1FX6A 1Q45A 1VZWA 2E77A 2CFFA 4IMEA 4IMFA 2C13A 1L6WA 1KM0A 3HJZA 2YXGA 2H3BA 3A24A 3LV5A 3UNDA 4JD4A 3RK8A 2CLEA 1O60A 3MMTA 3PSWA 4O4WA 2GVLA 4MYXA 3TSMA 5G5IA 4LS0A 4FO4A 3VE9A 1PS9A 3DI1A 4MY1A 5HR6A 2ZTJA 3TJXA 3TNOA 1QO5A 2R8WA 4E38A 3CWNA 3EB2A 5D38A 5CZSA 2E5BA 4K7YA 2FPYA 3PBYA 3TU9A 2OZ0A 3PB2A 5HINA 5DBTA 5G4WA 4QAIA 3NOEA 3N73A 5KZMA 2I9EA 4M7TA 4CNPA 2JBMA 3EXTA 3QJAA 1I2RA 3WK2A 4AF0A 3SGUA 3W7HA 4ZQNA 1RD5A 4NXSA 2YZRA 4S2BA 5D37A 4IMDA 5C6MA 4O54A 4UR7A 1B57A 3CEUA 3W9ZA 1NF7A 5CZJA 2KZHA 2J24A 1TCDA 2GPTA 4ADUA 3PVFA 2C0AA 3OIXA 5F4SA 1YDNA 2Q3RA 3GKFA 4A3UA 3W7IA 2Y70A 3KX6A 4I7UA 4I7WA 1H61A 2IQTA 4NUWA 3PG9A 5FEWA 6ALDA 5FF0A 1O95A 3TCEA 5LSMA 1XXXA 1QDSA 4YWIA 3UWUA 3W2NA 2QDGA 1GT8A 2JKEA 1HO1A 4LS2A 5EA9A 4JTJA 3W1MA 3U6WA 2ZRZA 1GVSA 3WJSA 3G3DA 4UFLA 3L5AA 1QOQA 4WOQA 3ABSA 3S5ZA 4MYAA 1W5PA 3FKRA 4Y6GA 3F4WA 1QOPA 5F2IA 4I7VA 3W84A 3SECA 1TYGA 5BW6A 1SFJA 2J27A 4Z08A 4O1BA 1QAPA 3DFNA 3W74A 4PA8A 2PRLA 1XDLA 1L6SA 2QR6A 3U2OA 1UUMA 3THQA 3WK3A 2ZZ2A 2NXIA 5KITA 3HPSA 2E5DA 3NAVA 3LRKA 5DY3A 3OHIA 4NZFA 2QUTA 4ZQPA 1FDZA 3NNTA 2F7FA 1X6UA 4LUJA 1SU5A 2V0TA 5DCBA 3G22A 1SR9A 1JRBA 4IPJA 3A22A 3LCLA 1W54A 3Q2DA 4UNLA 3QW3A 4ZMGA 4O14A 3DFQA 4B5NA 4GFSA 4TO8A 1DJNA 1DV7A 4JIPA 1EA0A 1IIHA 3W2JA 1ZAIA 3O6CA 1H60A 3Q58A 3O6DA 2QJIA 3TK7A 3LI0A 3W1RA 4H4IA 3TQKA 5CPLA 3SI9A 2JGYA 2ZZ4A 5I3IA 4GE8A 4ZL1A 5DN1A 1OX4A 3W87A 5HQEA 1NF0A 4IQLA 4PEKA 1W8SA 3GR8A 1OX5A 5F4WA 2H8XA 2QF7A 3PUDA 3LCIA 3W73A 4GUGA 2R94A 1OFQA 2WQPA 2YFNA 2ZZ3A 3W7EA 1I2QA 1OG0A 3LXCA 2VEMA 2A21A 1VHNA 3G0UA 5C55A 1VC4A 5CGQA 1JCXA 1M6JA 2GOUA 4QNEA 5AHFA 3LERA 3THAA 5IM51 4FNPA 3L5MA 2V5BA 1LBFA 3FA5A 3LHYA 3BGJA 1H7XA 3NPXA 1F6PA 2OCZA 4XQ6A 1AW2A 3EEGA 4O0ZA 4ZQOA 3W1NA 1HL2A 3IRDA 3L2IA 3B03A 3TJLA 2V5LA 1Q3NA 4CCDA 3W1AA 1J4EA 2A7NA 3GDKA 3EWZA 4JTFA 4Y96A 3ZWTA 1WQ5A 1WA3A 3B0UX 4NQ1A 1MEWA 3CC1A 3VE7A 3M44A 1EPXA 1QPOA 1T99A 1GTHA 5HUOA 4AMAA 1AL7A 1TTIA 3B0VC 3CIWA 2D73A 1OVDA 4LWWA 5FEZA 4O16A 3M1ZA 4I9AA 4IWWA 1ZCOA 1QWGA 4CQ8A 5SWUA 5FESA 1P1XA 4WQ6A 3HGRA 1XBXA 3ABOA 1H7OA 4HN4A 2CU0A 2CLMA 2ZA2A 3RLVA 1DQXA 3TC7A 3L65A 1X1OA 1XFBA 3L9CA 4K6AA 3TAOA 4FIRA 3SZ8A 4O57A 1FXPA 1H50A 1YPFA 1VS1A 3STFA 2NWRA 4NNAA 1WX0A 4ZQMA 1ICSA 1G67A 1LOQA 4LVBA 1KW1A 2E6AA 1LDCA 2ZA3A 2BXVA 1LORA 3PM6A 1R46A 3NL3A 5AC7A 3LRLA 4HPXA 1N8FA 5FF2A 1YXYA 1DKWA 5IBXC 2FPTA 3P80A 3P82A 1O5XA 1IXOA 1H7RA 3TXVA 1O94A 4IOTA 4TIMA 2X2GA 3NQ7A 4HKPA 5H2ZA 2DP3A 1LP6A 3SGZA 4Z1CA 3ABQA 4WY0F 1KM4A 3NZRA 5CSSA 1WOAA 3UD6A 3C3NA 4MLJA 4AEOA 3PUOA 1KM1A 3NQFA 1LOSA 3N14A 1DBTA 1RQHA 3EX3A 1F76A 4LVGA 4YCPA 3NYZA 4EWND 1LZOA 3SY5A 4Q33A 2FB3A 3R12A 4W9TA 3OVQA 3TUUA 3QMRA 4AAJA 1PHQA 2FDSA 2TSYA 2HMCA 2C14A 1V5XA 1DORA 2OJPA 2OX1A 5E0KA 5D32A 3W88A 3FJLA 5FF7A 3GDRA 3HMJG 1NVMA 5D33A 3QZEA 3FYPA 4LVDA 4FIQA 3QMTA 3QSRA 3T4CA 2YW4A 3M5ZA 4XUGA 4Z1BA 1R30A 2X30A 4EF8A 2Z0IA 5EMUA 3RU6A 3DU0A 1SO6A 3FEMA 4AWSA 4LT9A 2NX3A 2ZDRA 3L0KA 2HTMA 5AYYA 4ONVA 1SO4A 1NFBA 1XKYA 1JJKA 4KFPA 4AHQA 3KRZA 1OF6A 1P4CA 4JDYA 3P60A 4UTUA 3QW4B 5IBXA 1M5WA 4QISA 4K37A 2YDAA 3KAOA 3A9IA 1K03A 4JYFA 1HG3A 3C2RA 4UFJA 4Y90A 4RCXA 4J9JA 4O0KA 3NL2A 1BEUA 1JCYA 8TIMA 4XKYB 1PL9A 3IEBA 3LBCA 1LOLA 2AGKA 1KFCA 4UTTA 1KA9F 1XUUA 3WK0A 2E09A 1JULA 2TRSA 3LXBA 3S1UA 4HSNA 3QPYA 3UWYA 2B0MA 3O1NA 1Z42A 4EF9A 3MJYA 4LS1A 3KVLA 4YL2A 3DKLA 1JVNA 2RDUA 3LGEA 3G18A 1P0KA 5D2VA 1BWLA 3B06A 5LNRA 3TFCA 5EBUA 2CZFA 3JR2A 1Y0EA 2CLKA 1Z41A 3C2EA 5CKSA 1O5KA 2V2HA 4IGHA 2WSQA 4A22A 1VQTA 1S3HA 2DZSA 5AHMA 1RR2A 3LXAA 2B7PA 4GJ1A 3GNDA 1YTKA 3DH7A 1TO3A 3M6YA 3LCHA 1TPUA 7TIMA 3HG3A 3LLDA 1SQ7A 4NNBA 4Q4KA 2TMDA 4OBTA 3SJ3A 2NLIA 2WOQA 4S2CA 4DQWA 4LTSA 1AG1O 3PC0A 5K4XA 3O07A 5F4XA 3W1PA 3HG4A 4JTIA 3PS7A 3N19B 5MHBA 1ME8A 1HFBA 2C1HA 3CLMA 3W7KA 1UASA 2ZYFA 1T0OA 1KM6A 4DEFA 1KLZA 4FXRA 2B7OA 2WKJA 2BTMA 2J9XA 1XL9A 3UYCA 1AK5A 4JYEA 2V8ZA 1H63A 1KFJA 1FUYA 3LI1A 3IGXA 1EP3A 1OFPA 4JTEA 3TW7A 4JNMA 5DCEA 2H8ZA 1JQXA 4EVZA 2RH9A 4IX2A 4L4LA 2OT1A 3EWBX 2EKCA 2Y7DA 2J6XA 1GWJA 4WY0B 3S0CA 3C4UA 1LRNA 2GVJA 4GXMA 4JTTA 4EOUA 2B4GA 2NXGA 3A21A 4QNWA 1ZFJA 3G1VA 2WJZA 3HQ1A 3MHGA 2C3ZA 1XBYA 3DENA 4KFOA 2P1FA 2YSWA 5CPOA 1UBSA 3U8GA 1BKSA 1JUBA 1UCWA 4TMBA 3G1AA 3WFAA 5BRBA 5G1TA 3TE9A 1IXNA 3S6DA 3QQ1A 1KTBA 3BW4A 2CLHA 3JS3A 2YYUA 2BWGA 4FX7A 1TTJA 1FCUA 4UIOA 1IXQA 3M5VA 3L0GA 5T26A 4FB7A 1TJRA 4O18A 1D9EA 2CZ5A 1OYBA 5CZTA 3UWZA 2GQ9A 2P10A 3EKLA 5FEXA 2V2DA 3EWYA 1OABA 4FF7A 4UUIA 3LHWA 4N9BA 2CLIA 1MZHA 1TPEA 3HBLA 2JKAA 1AW1A 5HJLA 3M5YA 4HSOA 2Y6ZA 3ANYA 5CG7A 1W0MA 3FJ6A 5D2TA 1PV8A 1QNVA 4E0CA 3O16A 3M47A 3P5YA 3LM7A 2BZNA 4O53A 4H3DA 5HULA 1H7NA 2RDTA 1O4UA 1GQNA 1W1ZA 4LVFA 3M43A 5KZEA 3QMSA 2X1RA 4U28A 1SZNA 2AQWA 3P62A 4O15A 4NXKA 4NJJA 2QCDA 3GNNA 3W7DA 2E6DA 3Q37A 1Z48A 4XWUA 3GIYA 3PB0A 3W1UA 1ZALA 3NPVA 4AH7A 4FNSA 4U4MA 2PRHA 1TRDA 2ZTKA 3MHFA 2WNQA 3GB6A 4GWEA 2E6FA 4UR8A 3ZS4A 4IX0A 5AYZA 4MY9A 4RZ5A 1GTEA 3HB9A 4PCFA 4MIMA 3MHUA 1VCVA 3W85A 3KFTA 4UFKA 4PL2A 4TMCA 4AB4A 3W7MA 1SSDA 3W7JA 3ATZA 4LNYA 3B05A 2A0NA 4EIVA 2J9ZA 3IIXA 3W83A 1RVGA 2WNNA 3M16A 2Y61A 2CLLA 4AHOA 1YXDA 3W1TA 4AF0B 1Q6OA 3W7CA 4C1KA 3SR7A 1EP1A 3FIGA 1SFLA 3PWAA 4BR1A 1XI3A 2VEKA 2YR1A 5AB3A 3SIZA 4HNUA 3I68A 1PVNA 4O17A 3BGGA 3W23A 1FCBA 3O06A 4RR4A 3C0JA 3FYOA 1S5VA 2A1YA 3EWUA 3FOKA 1RQEA 3W75A 2I14A 4A2RA 1FWNA 4OT7A 4NU7A 1LRTA 5DXXA 2QCEA 5HR7A 4O10A 4O11A 1QCWA 1W3TA 1N55A 4N4QA 3H55A 3S1WA 3W07A 5K9CA 3CWOX 2YFOA 5EPDA 4DO6A 5J5RA 5LKYA 2GQAA 1CW2A 5KINA 3NZ1A 4K39A 3O05A 1A5SA 3NQCA 4OWGA 1KBIA 5BMWA 3TMQA 1T96A 3CPRA 3UWQA 2ZRVA 2C15A 4M5PA 3NQMA 4ML9A 2XN0A 2VFEA 3W86A 4FNQA 1OHLA 2NXHA 5LHEA 4MVAA 2ATSA 4HNTA 2TYSA 3QEZA 3TQVA 5HMSA 1VYSX 1F2JA 4QM1A 2DJLA 5D2YA 2X16A 4O28A 2GJNA 3GDMA 1BTMA 4ADSA 4MUZA 1C9DA 3G0XA 1JQVA 2X1TA 1VGAA 2Z6JA 3IIOA 4GBUA 1S5TA 1W5QA 1QPNA 3CEPA 2ATMA 4NX0A 3WJYA 4CNNA 3W7GA 5E93A 2QCCA 1VYPX 3LHZA 1E51A 3GVGA 1TV5A 3TC6A 4JICA 1XBZA 2OT0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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