2PRMA

The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 137
structure length 367
sequence length 367
ec nomenclature ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date 2007-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2prmA00
1W37A 4P2VA 1L6WA 1W0MA 3P5ZA 2QJHA 3BW2A 5I3FA 3W7MA 4HIBA 1UBSA 1I2OA 1TYGA 4IMEA 2EAWA 1AW5A 1KBJA 2E68A 2ZRYA 1K8YA 4O1AA 1GTEA 5AB3A 1UUMA 5BW6A 3HGRA 3NL6A 2G5WA 2QCMA 3C2RA 2VFHA 2VXNA 3P60A 4XTDA 4JICA 3LBCA 3M7WA 4IWWA 1OFRA 3BK0A 4MJMA 2Z2UA 3LTPA 3BV4A 4LVGA 3M5YA 3RU6A 5D2YA 3R89A 3HO8A 1GYNA 3W23A 1SO4A 1PV8A 5EBUA 3SGZA 1N8FA 5CG7A 1F76A 1LDCA 2HS6A 1H60A 1YXCA 1THFD 4JX5A 2CLFA 3TKFA 1AL7A 4MYXA 1KFLA 3OBKA 4FNPA 3TXVA 1H63A 3B4UA 3DHFA 1GEQA 2R14A 3N9RA 1YXYA 3MWAA 3O6DA 1LBMA 4ZQMA 4W9TA 4FX8A 3G1AA 5F4SA 5HR7A 3ABOA 5D2VA 3W2UA 1RD5A 1WXJA 4ZQPA 1A5CA 1NSJA 5C54A 4AEOA 4ZZ9A 1RR2A 1XC4A 1D3GA 1U83A 5CZ0A 3B03A 4RV8A 4UFLA 1XBYA 3B05A 1TO3A 3LCIA 4UFIA 2E5DA 5K2ZA 1LZOA 1UJPA 2CLKA 3EWYA 3QF0A 1BTMA 5C55A 3MBDA 4M7SA 1VLIA 1VHCA 5C2XA 2VEPA 5CPOA 3PM6A 4N2YA 1KTNA 1TPEA 3U8GA 4K37A 3W7CA 2DJXA 4HT3A 1MZHA 3KOFA 2CLIA 1KFEA 4H3DA 1X1ZA 5K4ZA 2GJLA 5G2WA 5DBUA 3PB2A 4RCXA 1KM4A 5AYXA 3T78A 2ZTJA 1TPC1 3G1DA 3H55A 3GVGA 4O57A 3JRKA 5A8GA 2YFNA 4GNJA 2RKXA 3QQ1A 4IX0A 1WOBA 1JCNA 2GVJA 1W5PA 3LV5A 3OVPA 3GDTA 4K39A 4YCPA 1H7OA 4C1LA 3TSBA 3LLFA 4DF0A 4Q33A 1K7FA 4M6PA 2O7SA 1ZHAA 1TTPA 3EEGA 4WZHA 3GXNA 1A5AA 4KWVA 2GVGA 4S1FA 3R12A 1OF6A 2E6AA 1XXXA 1KTBA 4NNAA 1ZALA 1K8XA 1OK6A 5FF3A 1BKSA 5HR6A 3QMTA 2YGYA 2WKJA 3W22A 2Y62A 3WJWA 3KVLA 5L6UA 1L6SA 4WQ6A 1VCGA 4K38A 5CPLA 2VFDA 1F5ZA 3HQ1A 1T8XA 4CCCA 4O16A 1XCFA 3WK2A 3L65A 5HQEA 4CNOA 2W79A 3B8DA 1DQXA 3NNTA 2A5HA 1A50A 3DAQA 4H6KA 4AVFA 2NUYA 1R2RA 3E9AA 3Q94A 4DQWA 4NJKA 1VJIA 1W5OA 3MHGA 3LHYA 4WD0A 3Q37A 2WV8A 4PEKA 1S5TA 4K7VA 4EOUA 8TIMA 3EWBX 4C1KA 4UFJA 2FPTA 4TO8A 3CWOX 1WX0A 2AGKA 1GVSA 3WJYA 3D0CA 4O1DA 1KM0A 1OFPA 1KFKA 3LXBA 1UASA 1Q6OA 2OZ0A 3TDFA 3L2IA 2J9YA 3G0XA 1VC4A 3W7JA 3W1QA 1GVOA 3A23A 1EB3A 3P84A 4GJ1A 1NVMA 4OBTA 1TPB1 4XZ9A 2JK2A 1EWEA 1TV8A 1TIMA 2ZRVA 3LI0A 3K30A 3PUOA 4RZ5A 3GB6A 3UWUA 1EIXA 3C52A 4O28A 3IVUA 3W9ZA 2QCCA 3W72A 3LCGA 1YTDA 2Y70A 1G4TA 1WDWA 4UUIA 5K3VA 1Q6LA 3SZ8A 2V2CA 4D2JA 1X1OA 1TPH1 3TIMA 2CLOA 5D37A 2R94A 3N2MA 1I2QA 4RLIA 3DKJA 2XN0A 1GPWA 1PS9A 1NF0A 1QCWA 3LB0A 4HSOA 2B7NA 4QAIA 1AW1A 4YMZA 5F1UA 1KFJA 3NXFA 1GWJA 3G1VA 1YDNA 4JTFA 4Y9AA 5F2LA 1NFBA 4JYFA 3IV3A 4JYDA 3W1MA 3M5XA 1LCOA 1EPXA 2FB3A 3NA8A 3GDLA 2H8ZA 3EX2A 1R47A 3LHZA 5DN1A 2C6QA 3TAOA 2CU0A 5DELA 4DF1A 4HNNA 1GYLA 4UXDA 4AH7A 2ZQ0A 3I7RA 1DHPA 2B4GA 1IIHA 3G3MA 4UTJA 3TFCA 1XBVA 2ABAA 3CM4A 3LRMA 3DI0A 2QJIA 2R8WA 1R30A 3GAKA 1FDZA 1LRTA 3HGOA 4L4MA 1XBXA 3TROA 4NNCA 5DBTA 1K03A 4OWGA 2X1SA 4JY9A 4ZL1A 4JTJA 5FF0A 4ADTA 5BOOA 3W1AA 3SECA 5G4WA 2B7OA 3L0GA 1TPWA 4LVBA 4JTKA 4XTIA 1IXQA 2WJZA 3I7SA 2FJKA 2YPIA 4JR5A 1NF7A 2A2IA 1RQEA 1TTIA 2J6XA 2RFGA 4HN4A 1S5WA 1SZEA 2EHHA 4HHPA 4NNBA 3OIXA 3DU0A 1YADA 1OF8A 4IJBA 4BWLC 5I3JA 3NQDA 3TK7A 3P67A 3HBLA 1YYAA 1Q45A 1TJRA 1QNVA 4FNUA 3IGSA 3PBVA 1ZCOA 3TSDA 1P5BA 5LSMA 4O17A 5TIMA 3UNDA 1S5VA 1Q6RA 3LBMA 3LDVA 4LC8A 4RZ4A 4JX6A 1LTDA 4P61A 3QW3A 3SFKA 1K7EA 4JXCA 1W5QA 2E77A 3NL2A 2YR1A 1JUKA 2B7PA 4K8HA 1QO5A 1YDVA 2D73A 2TYSA 3VE9A 3RFAA 2ZZ7A 2OMAA 1SFJA 4LS2A 1K7XA 1BWLA 5AHLA 1W1ZA 1VLWA 3P82A 1W3NA 3NGJA 2X16A 1Z48A 1JQVA 4A2RA 1YPFA 4L4LA 3C3NA 3CEUA 3N19B 1EX5A 4CNNA 1EUNA 2H6RA 4XBSA 3IIPA 3MI6A 1H7NA 2CWNA 4O0KA 1P1XA 3MI3A 3DI1A 3FA5A 3BG3A 1FWNA 3G1XA 4MZ8A 2PURA 4ORMA 4HNVA 3S1XA 1IXOA 3LOTA 4U28A 3GK0A 5T26A 1KLYA 1EP1A 5LGZA 3UWWA 4FXRA 3A5FA 4Y8FA 3NQEA 5SWUA 3PY2A 1VS1A 2WSQA 3T4CA 1WQ5A 1SO5A 4KFPA 4ZQCA 2CZ5A 3W1RA 2WO5A 3EX3A 4U4MA 3GDRA 4CQ9A 1GG0A 5D2TA 4AWSA 1CX9A 4CNPA 3W7KA 4BF9A 3W1XA 1DOSA 3LXCA 1X8FA 3W70A 1I4NA 4TMCA 3S1UA 4LW7A 3CU2A 2ZFAA 1UCWA 4RKAA 4NZJA 1FDYA 3W6YA 2CLLA 3NL3A 4QIUA 4BFAA 1GVRA 2NWSA 3ZWSA 1TQJA 3NO5A 1LRQA 1OJXA 1IIGA 3N73A 4LT9A 3W1LA 4AWTA 1ALDA 5J5RA 1ME9A 3O1NA 4ZQOA 1TV5A 2C13A 1QAPA 4M6QA 6ALDA 3UY7A 3BGGA 3S9YA 1WYIA 5F2GA 2C3ZA 4X22A 2TRSA 4QNEA 1A53A 1SSDA 1VCFA 2WNZA 4AMAA 2P1FA 5CPNA 3M5VA 5G2IA 2LLEA 3BLFA 1A5SA 4POCA 4RR4A 3VCRA 4FNSA 4QSHA 2VFGA 4WXZA 2NXGA 2J27A 3L66A 3CHVA 3FEMA 4IUOA 3QW4B 2C1HA 3UQNA 3HPXA 4A21A 2X30A 3M47A 1L9WA 4GUHA 4UTIA 2C18A 3MO7A 2CZEA 1K3UA 3BVJA 2B0MA 3MMTA 4JTHA 5KZDA 3DH7A 2FQIA 3TV8A 5HMSA 2E5CA 2PCQA 1FCVA 2ZZ5A 5D04C 1AL8A 1BWKA 3LTYA 5DXYA 3HG5A 4UR7A 5D30A 2NX3A 1PL9A 1OVDA 1ZJIA 4TMBA 2ZA1A 3C0JA 5AN7A 2ZRXA 3MI2A 3DKLA 1Q3NA 4LTSA 4OV4A 3ZWTA 1F05A 3LTSA 5AHIA 2F84A 2HMCA 1LBFA 1LRNA 3GR7A 3VI2A 2WNQA 4N9CA 3HG3A 3RF9A 5AHFA 5AC6A 5KMYA 5DCEA 4BK9A 3PBYA 2PRLA 5MHBA 3O05A 3GDKA 4NX0A 3S5YA 4LRSA 4MPQA 3NL5A 4JGDA 1QOQA 1IXNA 3W7IA 3EX4A 2W6RA 5AHMA 1FWSA 3C2EA 1MSSA 3NPUA 4HPJA 2A6LA 5G1YA 1FBAA 2ZZ2A 3ATZA 4QM1A 1WBHA 4FHAA 3G8RA 4TU1A 2E6YA 4YLWA 1TPVA 1H51A 1GZGA 3GIYA 2A7NA 3NPVA 4AAJA 2VEIA 5LHFA 4RXFA 4WY0F 2Q3OA 2EF9A 3N34A 1JCLA 1T99A 4S2CA 2ZRUA 3HPSA 4A22A 3R2GA 1H1ZA 5LNUA 2GJNA 3S1WA 1VYPX 1VHNA 3PUDA 1R2TA 1B4EA 1KM6A 3S0CA 2Y63A 5LHEA 4AWUA 4IXHA 3T40A 3PBWA 1ZAHA 3IGUA 4NQ1A 3W73A 1W8SA 4DELA 1OX4A 1PCWA 1F6KA 2DU2A 3R8RA 2QUTA 1JCYA 5TQLA 3B06A 3LI1A 4JTIA 2FB2A 1M5WA 1XI3A 3E0IA 3BLIA 4DO5A 3VFLA 4DPPA 4RZ6A 2QR6A 5HINA 2VFEA 3W71A 5L9FA 4FO4A 3SW6A 4LWWA 1OX5A 5BMXA 1FWRA 3NQGA 4NZFA 1ZAIA 5G1TA 4O11A 3W07A 1ICQA 1FQ0A 5HWMA 2PRMA 3PBUA 3C4UA 4TR9A 1TPDA 3WK0A 2Q8ZA 4CCEA 4WY0A 2FDSA 3EXRA 5I3HA 1Y0EA 5HWNA 5D09A 3KVKA 2X1UA 1X7FA 3UWYA 3EB2A 1XBZA 1KV8A 1SZGA 1W56A 2NXIA 3NYZA 4PTNA 4AB4A 2H90A 4GWEA 4R34A 2BSLA 3DGRA 3W1UA 4B5NA 1ADOA 3P8IA 4IPJA 5HWJA 3W87A 4G1KA 4DO6A 1IF2A 3NDOA 2GOUA 2V82A 5IBXC 2R91A 1YPIA 4BI5A 4PL2A 3P62A 4Z08A 1KW1A 1O5KA 4BI7A 3FKKA 2NWRA 4JIPA 2NUXA 4GUJA 2OCZA 3H53A 2G96A 3TW7A 1S3HA 2Y7FA 1W31A 4DF2A 3SIZA 2ZBTA 1OFEA 1YXDA 3NM1A 1SW7A 5DCDA 4M19A 2NLIA 4UFMA 3GNNA 5DLCA 3UY8A 1TV7A 3TA6A 3G1FA 1VPXA 1YTEA 4MZYA 3BLEA 3CEPA 2BWGA 3IGXA 3GZ3A 4MY9A 3ZR4A 3W84A 2Y85A 3TSMA 4PC8A 2YYUA 4LS1A 3GXTA 3W7LA 1C29A 3ANYA 3F03K 1FCQA 2VKZG 3TCEA 2OT0A 4O53A 3HIJA 5KITA 4ZVJA 1ZFJA 4LNYA 4TX9A 3TAKA 2FTPA 1LOLA 4J9JA 4QITA 1H62A 3HGJA 4NXSA 3ZS4A 3IVSA 4O12A 4R7JA 4UTKA 2A21A 3C8FA 3KRSA 2Y61A 1GJPA 2A7RA 1F74A 2H3DA 3LCFA 3T44A 2WSYA 2RDWA 1YTKA 3SI9A 1G69A 3LRKA 2DJLA 3H54A 3C6CA 1OFDA 4DEFA 4JTEA 1F6PA 3JS3A 4N6EA 4EF9A 4UTTA 4ZMGA 1JRBA 2CZDA 1EEPA 3QJAA 1K8ZA 1GT8A 2ISSA 4UMAA 4UTTC 2ZZ3A 3U2OA 3L67A 4I9AA 3HG4A 3S8HA 4FIRA 1ME8A 1OX6A 1HO4A 3A9IA 2YYTA 3E49A 4N4PA 4Y90A 1LOQA 4FF7A 3DFSA 3R13A 2H3BA 4EWND 3HPZA 3QPYA 4JDBA 3CC1A 5K9DA 4UCGA 5FF2A 5FESA 1D9EA 4O13A 3L5AA 2C19A 2HTMA 4NUWA 4O15A 1G6CA 3O07A 3STCA 3TMLA 4K7YA 4MZ1A 4OGZA 2TPSA 4FNTA 3GDMA 4M6VA 5H91A 1OYAA 3DFOA 1HUVA 5HUPA 1F7BA 3M9YA 3G8EA 2YX0A 4GUFA 3PG9A 5AC7A 3S6DA 2NV1A 3F4WA 4JYEA 3TQKA 1XDMA 1ZNNA 1LLZA 1HL2A 5LNWA 3W7OA 1P0KA 2Y7DA 5A5WA 3HGSA 1JUEA 3WFAA 3MHUA 1B9BA 5AFDA 4OV9A 2DZTA 1T0OA 1SU5A 1F2JA 4O52A 3MJYA 3YPIA 3UXDA 4MLRA 3LERA 3QYQA 3ABRA 5EYWA 4N6FA 4XKYB 3O6CA 5FEXA 3SGUA 1HTIA 2NX9A 1ZENA 1TSIA 1YDOA 1I45A 3GLCA 2I1OA 3L0NA 3O63A 4LOCA 3CLMA 3LHTA 2OX1A 5EL1A 1SO3A 2E6FA 5HNRA 4R33A 1TTQA 1QFEA 3SR7A 3EX6A 2J24A 1H5YA 3QFEA 2DP3A 4NX5A 3KFTA 1SO6A 2Y7GA 1KM2A 3GX9A 3TUUA 4BWLA 1UB3A 4GXMA 2Y6ZA 3W7EA 3P61A 3IIZA 3UYCA 2IQTA 1XKYA 2ZA3A 5F4XA 1OHLA 3PB0A 3B0UX 5BMWA 1DORA 2ZRWA 3I65A 1G7VA 1H7WA 1H7PA 2FFCA 2XFWA 2YDAA 1RV8A 4MFDA 3WK1A 3OVRA 3W1PA 1OABA 1WV2A 1DVJA 2GQ8A 4GE8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PMN A;  3EA1 A;  3P5Z A;  2QJH A;  3SRD A;  4H9U A;  5FAC A;  1TYG A;  2CKS A;  2I16 A;  2E68 A;  2L5H A;  3NL6 A;  1FH9 A;  3OPS A;  5LIX X;  4IWW A;  3BK0 A;  3BV4 A;  3M5Y A;  3CH9 A;  5D2Y A;  1RP9 A;  3HO8 A;  5A69 A;  1SO4 A;  1PV8 A;  5EBU A;  3WDI A;  2XVN A;  2P53 A;  1LDC A;  3WMS A;  1GKP A;  1KQZ A;  1THF D;  2CLF A;  4IPN B;  4Q8P A;  3OBK A;  2VD9 A;  5HNN A;  1BRL A;  3OYZ A;  4AC7 C;  5CC3 A;  3DHF A;  4DYK A;  4H8N A;  3MWA A;  5DRI A;  4XD3 A;  3M0K A;  3PZO A;  1LBM A;  2XIN A;  2D23 A;  3B9D A;  4UTF A;  3S2N A;  5F4S A;  2Z24 A;  5D2V A;  3L23 A;  5M1T A;  5C54 A;  4AEO A;  4ZZ9 A;  3UGV A;  2XTK A;  1D3G A;  2VEF A;  3WLH A;  5CZ0 A;  4RV8 A;  4QEE A;  4A35 A;  1GW1 A;  2PB1 A;  3M0M A;  3TYZ A;  2CES A;  4HSH A;  5K2Z A;  1UJP A;  1CGT A;  1TWD A;  2ZKM X;  2D1Z A;  5C55 A;  3MBD A;  1VLI A;  2KX9 A;  4N2Y A;  1AQM A;  4F0K A;  1TPE A;  4QCE A;  3ARY A;  3LM3 A;  4C1N B;  1OIM A;  1KM4 A;  5GNY A;  1V51 A;  4B5V A;  3M64 A;  3T78 A;  3PZI A;  1XRV A;  3H55 A;  2IPG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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