2PRMA

The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 137
structure length 367
sequence length 367
ec nomenclature ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date 2007-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2prmA00
4FO4A 1XCFA 1YXCA 3LDVA 4N02A 4JN6A 1FCVA 4O54A 2Y61A 4NZFA 1EPXA 4FX6M 1CI1A 2YW3A 3H53A 1XDMA 4UR8A 1PHQA 2QCGA 2ZFAA 2GQ9A 4HIBA 3LERA 5J5DA 3W2UA 2E6YA 4TMBA 3NZ1A 4WX2A 1SZNA 1PIIA 3NL6A 3WJYA 5HUOA 1W5OA 3C2FA 5KZEA 1TPEA 4K37A 4LU0A 1I2PA 1OFOA 4ZVJA 4PFMA 3UZJA 2VFFA 2WOQA 3EWWA 1LLWA 3EB2A 1GG0A 1XBVA 4JYFA 5G2HA 2X1UA 3W75A 3NOEA 4GXMA 2A2IA 3TAOA 1DVJA 3G1FA 2RKXA 4RV8A 1ZCOA 2B0MA 2W79A 4N4QA 3SY5A 2PURA 3DU0A 2CLIA 3CU2A 1AG1O 3W73A 4UMAA 4XZ9A 5HR7A 3KFTA 5LSMA 3STFA 1IF2A 3E96A 3IIVA 3GNNA 3NQ8A 2A5HA 5D05A 3R12A 2NLIA 3I7SA 3C61A 1SZEA 2FPYA 3M47A 1K8XA 1FWNA 4GWEA 3GNDA 1FBAA 3QZEA 1QMLA 5LKYA 3M44A 3M5VA 3THQA 5TIMA 4CNPA 4N4PA 4LC6A 3NEVA 4UFJA 1S3HA 2X30A 4JIQA 1EIXA 3BW3A 1YDVA 1K7XA 2VFGA 3W3OA 3S5NA 3STCA 4WOQA 3QYQA 4WQ6A 3LTYA 2H3BA 3NQAA 4XBSA 1D3GA 3MI6A 2NWRA 2G95A 4Y9AA 4YL2A 2ZCGA 3KXQA 4QIUA 3ZR4A 4LWWA 1SQ7A 3BG5A 4PL2A 4MJZA 1OFQA 3W84A 2JGYA 5IBXC 1FWSA 1ZY9A 2W0UA 4LY8A 4YCOA 1KTNA 2ZRYA 4DQWA 4BWLA 1XFBA 3B0PA 2AAMA 2O7QA 1I2QA 2DORA 1JR1A 1F5ZA 2YYUA 3PBWA 4JS3A 4AB4A 3CT7A 3W7RA 3N19B 3W1QA 2CLMA 3NYZA 3IRDA 3L9CA 5DY2A 4IX2A 5BMWA 1MEHA 2ZZ1A 3UWUA 1L2UA 1QPRA 3OG3A 1K7FA 3LCGA 1GVSA 3MP4A 2X16A 5E93A 3L0GA 5KZMA 5F4WA 1JCYA 1A53A 3INPA 4Z1CA 1WYIA 3NM1A 2BTMA 1WV2A 1KTCA 3C52A 1GVFA 1JVNA 1TTIA 1U5JA 3IV3A 4UXDA 2NX9A 3NNTA 4ZQMA 1D3HA 3F4WA 4OV4A 4NQ1A 4NNBA 3KRUA 5C54A 3CC1A 1EEPA 2Y7DA 4N6FA 1U83A 1LRTA 4WZHA 4UTMA 1G7UA 1G67A 4H4IA 3DXIA 4O13A 4ADSA 4DBEA 6TIMA 3C2EA 5DLCA 1LZOA 3S5ZA 3TA6A 4EVZA 4M6VA 1GWJA 1IXQA 3L21A 3G0XA 4OU1A 4MZYA 1T8XA 3W76A 1PE1A 3UWYA 1G4TA 4MPQA 1ZNNA 3TH6A 1WBJA 4JEQA 4UUIA 5D03A 1KBIA 2DP3A 1HFBA 1J2WA 1B57A 1B4KA 4DBDA 2DZPA 4GBUA 3VFLA 2X1TA 4HHPA 1XKYA 3DI0A 5G5IA 3DGRA 3UXAA 3WJWA 2NXGA 2JKEA 5D32A 5LGZA 3TX9A 3IVSA 3NR0A 1SR9A 4IWWA 1R2TA 4AWUA 3RMJA 4MY9A 4ONVA 3QH2A 3UWWA 3GAKA 3DENA 4LUJA 1KFCA 5G1YA 3W1AA 1Q3NA 1H7XA 3H54A 3EX6A 4UNKA 4DO5A 1VCFA 2YZRA 1JRBA 4CNNA 3P74A 1OFBA 2P0OA 5AOUA 3TDFA 2QCMA 5K7JA 2A1YA 1IIGA 3LGEA 1EUNA 3PG8A 1XI3A 5AHFA 1OHLA 1FCQA 2NXHA 3C2RA 3P81A 3MMTA 5G4WA 5FEXA 3MBFA 3CEPA 4MJMA 1B4EA 2V9DA 3MO7A 4UFKA 5DY3A 4IX0A 3GAYA 1QR7A 2A7NA 4FHAA 1TPDA 3B4UA 3PSWA 4IMFA 4A29A 1MSSA 3W2KA 1GOXA 1ZFJA 1K02A 4AHOA 3GDLA 4MLRA 3W87A 2BLEA 1W0MA 4JX5A 4I9AA 3P7YA 4AMAA 3CIXA 3DFTA 2HMCA 1DHPA 4YWIA 3K30A 1C29A 3S0CA 3TUUA 4NXSA 3C56A 2PCQA 4HKPA 3GXTA 3P61A 3RF9A 3PB0A 5DBUA 3U8GA 3W07A 3L66A 3GXPA 3BLIA 2BZNA 1ICPA 1R47A 4DF1A 2YFNA 3LHVA 2P10A 4GRSA 1SSGA 3NPWA 3RK8A 3W7IA 1YPIA 2CW6A 4JICA 3ZWSA 2FLIA 3Q58A 1W5PA 3NDOA 2YW4A 2VENA 3IGSA 4LUIA 1TIMA 3G1SA 4JDYA 5ABTA 4IUOA 3TE9A 4A3UA 3TMLA 4JY9A 3QJAA 3B03A 4PEKA 4TMCA 3N9RA 3E0IA 1EP1A 1MO0A 4GUFA 2DZVA 2C14A 1XBXA 2B7NA 4P2VA 4XQ6A 3WJXA 1LBMA 5H2ZA 3A24A 4GUIA 1TQXA 1KM2A 1RV8A 2YXGA 2B7PA 3A5VA 4RXGA 2WV8A 1THFD 3G3MA 1QPNA 3M41A 1LTDA 4JTIA 4GE8A 5KSWA 1TPFA 1VPXA 2BXVA 4CQ8A 1P1XA 1GG1A 4AEOA 3U6WA 3IIPA 1G4EA 1K3UA 4IMDA 1EB3A 3KVJA 4J9JA 2A7PA 2Z1BA 2FJKA 1PV8A 4K7YA 1I45A 3O63A 1TJRA 3OHIA 1M5WA 1TPWA 4NU7A 3W2NA 2ZQ0A 4WD0A 1WOBA 3UNDA 2Y7EA 4FB7A 2ISWA 2J24A 3QSRA 2E1DA 2E68A 2C13A 5D30A 4Z1DA 4HSOA 3UWZA 2V2HA 1EA0A 1O94A 3NPVA 1LM1A 3LRLA 1QPQA 1ZHAA 4GC4A 4O52A 2VEIA 4CNOA 4O10A 3M16A 4FX7A 4O53A 3P8JA 4O1AA 5LHFA 3OVQA 1ME7A 1K03A 1KM3A 5CZSA 2Y62A 3E02A 2VFIA 5I3KA 4QJ1A 1X1ZA 3LCXA 4U28A 5K9XA 3IIZA 4G1KA 1F6PA 1Q6QA 2NUYA 4ZL1A 1DORA 1RQHA 2ZZ4A 2QCFA 4Q33A 1JCNA 5D2WA 1ONRA 3QW3A 3STGA 5G2IA 1L6YA 2ZRWA 1O5KA 5E0KA 4M6PA 4D2JA 3EWZA 3SFKA 4NT0A 5G2WA 4AH7A 1AMKA 1ML1A 3WK1A 5AFDA 3N9SA 3A9IA 5CSSA 4JTJA 2CLFA 4JTTA 3DKJA 3LHUA 4I7WA 1G6CA 4LC8A 3JR2A 4R33A 4ORMA 1KV8A 2UV8G 3RLVA 4LS2A 1QO5A 3AJXA 3JRKA 1SW3A 4O4WA 3O06A 1JRCA 1W3TA 2FPVA 3HG4A 3DKLA 5FF2A 1P4CA 4ICNA 3F4NA 4X22A 5LZLA 5EMUA 3Q2DA 3HPSA 2ZA2A 3M5ZA 1GYLA 3HF3A 4LVAA 1T99A 4UTLA 1W8SA 3V75A 2QAPA 1N8FA 4CCDA 1UASA 5D2VA 3TSBA 1W5NA 4AF0A 3MHGA 1SU5A 4XWUA 1Z48A 4QAIA 1Z42A 3NL2A 3QC3A 2GVJA 4NZJA 4NX0A 3TNOA 2ZTJA 1F7BA 3EWBX 3R89A 3TW7A 2Y7GA 4IXHA 3M43A 4GUHA 1KFKA 3GDMA 4FF7A 4FNUA 4N6EA 1FDZA 1MEWA 5AN7A 3NQVA 3O6CA 1PVNA 3QSTA 2C16A 4Z08A 5DCEA 3PSVA 1Z44A 3S9YA 2ATMA 1V7YA 2OX1A 3ATZA 4IPIA 2YCEA 5HWNA 3BG3A 1LYXA 2Z6IA 4FNQA 1EP3A 1N55A 1QCWA 5L9FA 3P67A 1X8FA 4TO8A 4DXVA 4R34A 5C6MA 1TRIA 3T78A 3EWXA 2VKZG 3DAQA 4X9SA 3LHTA 4WY0A 2TMDA 4LS0A 3PBUA 1F2JA 4O1DA 3L0KA 3N2XA 5AHNA 2QCDA 4QSHA 3IIOA 3P60A 3W71A 3GR8A 3LHYA 4ZQOA 2QDHA 2ZA1A 3LI1A 5BRBA 3IVUA 3HG5A 4Z0SA 1XUUA 3O6DA 3ZS4A 2G5WA 3I65A 2V2CA 4M5PA 3PBVA 4KWWA 2C19A 3IVTA 2V5BA 4LVFA 3LI0A 1LRQA 4LV9A 3LLFA 2ZRXA 3S5OA 3TIMA 4RZ4A 3O07A 5TQLA 5U4NA 3LHWA 5CZTA 3WK2A 4N9CA 1I8JA 1RR2A 1WOAA 4MVAA 2WNZA 3UD6A 3VKJA 1DKWA 5I3GA 1HG3A 5BW6A 4RLIA 3W70A 3W1UA 1H5YA 4O14A 4KKXA 3RU6A 3QMSA 1MXSA 1AK5A 4H6KA 3CB8A 2BX7A 3EWUA 1TQJA 1KTBA 2FIQA 4OT7A 4R7JA 2C1HA 2C0AA 2R94A 3BO9A 3YPIA 4A22A 2ABAA 2Y7FA 3NPXA 4FNPA 2F84A 1QDSA 1OF6A 3CPRA 1Q6LA 1V5XA 2QUTA 3SZ8A 1ICSA 3UYCA 1Q6OA 3V1PA 2I1OA 1YXYA 4X2RA 1OX4A 3EWYA 3W7EA 2GUUA 1XBYA 5GVJA 4CLMA 4K36A 3HIJA 7TIMA 2VELA 3P80A 4FNTA 1FWTA 3L5MA 2WNQA 1W3IA 4O4VA 2DZXA 1M7PA 5EKYA 1R2SA 1H51A 3IGUA 4JYDA 2P1FA 3LXBA 2ISSA 4BI5A 1OABA 1IXNA 3F1QA 4NNCA 2CWNA 1W5QA 1VRDA 3W1LA 5K9CA 1VLIA 2Y89A 4HT3A 4UTHA 4JX4A 3QPZA 4EIVA 1DV7A 4S2BA 1FWWA 2ZZ5A 1PHWA 4CQ9A 1G4SA 1UB3A 3O8AA 3VE7A 3EXRA 3BGJA 3EX1A 4PCFA 4YLWA 1YLVA 1YTEA 3NL3A 5BNKA 3BW2A 1K8YA 2EHHA 2QCEA 5DCBA 1VYRA 3W7CA 3IIXA 3TW6A 5LNVA 5D2TA 3PUOA 1XL9A 2CLHA 3BV4A 1RPXA 3HG3A 4HNUA 2FDSA 4MY8A 4XTDA 3P82A 5LNRA 1EWDA 4ADTA 2QUUA 3LRMA 1PL9A 4PODA 5CG7A 4O8RA 1GQNA 2TSYA 3S42A 1KM6A 1TRDA 2EGZA 1FCUA 3TV8A 3DFQA 1QWGA 4W9TA 1G7VA 1DQWA 2YSWA 3UPWA 3MWAA 2J27A 3THAA 3NAVA 3O16A 4JIPA 3RLUA 1VQTA 1OG0A 2FQIA 2QDGA 4ZQNA 2VFEA 4NVTA 1I2RA 3NQDA 4K6AA 5D2XA 1TPVA 3GXNA 3R2GA 3UPBA 3GVGA 3EX3A 2ZZ6A 5D04C 3LXCA 3NO5A 3RFAA 3W9ZA 3OBKA 3F03K 1S5TA 4O16A 4AHQA 5FF0A 8TIMA 2X1SA 3I6RA 1EP2A 3LCFA 4YXGA 1FCBA 2H6RA 3W7QA 2DJLA 3T7VA 2VFHA 5F4XA 2VEPA 2CZEA 2WSQA 2E5CA 1PCKA 4JD4A 4XTIA 3L5LA 3QPYA 1AW2A 2A0NA 2QCLA 1OK4A 3W2LA 4LT9A 3G18A 2E5BA 3EKLA 2QKFA 4ALDA 3R8RA 1FY6A 3M5XA 2WO5A 3SGUA 3CLMA 3CWNA 3FS2A 2A21A 4MIMA 2VOMA 1LBLA 3GKAA 3EXSA 5DN1A 1KBJA 3KVKA 2TRSA 5HUPA 1J5TA 1K7EA 3QW4B 1QPOA 4AHPA 2CLLA 5F2MA 4JTFA 3FA5A 4LV4A 3QRHA 2ZZ3A 1W3NA 1VCGA 1S5VA 4POCA 4A21A 3W1XA 1X1OA 5CZ0A 3BVJA 3W23A 5KTLA 4IOTA 1A5CA 4JGDA 3GDRA 4CQAA 5FEWA 2B7OA 3KHJA 3W1RA 1H1ZA 1JUKA 3FEMA 3GDKA 2GQ8A 4FNRA 2Q8LA 4LS1A 3O1NA 3TCEA 5KITA 4M7TA 1OYCA 2WPBA 1YADA 3A23A 5AYZA 3GB6A 2GVLA 3TFCA 3L2IA 3VNDA 3WJSA 5A5WA 1AW1A 1AL7A 2NV1A 5D37A 3W7GA 4BI7A 3SECA 2WSRA 2ZYFA 5I3JA 3ELFA 5AHIA 1DL3A 3N73A 2ZDRA 2ATSA 3NQ7A 4PA8A 3LBMA 4UCGA 3SI9A 1NEYA 3NQFA 4A2RA 1JULA 4MLJA 1ME9A 4ZQRA 2V5LA 3LBCA 2E77A 4N9DA 3WK3A 3NQ2A 5HNRA 1SPQA 3I7RA 5CGQA 2YFOA 3BG9A 3KAOA 1SO5A 3TXZA 1VCVA 1NFBA 3NL5A 1R46A 3LCLA 3PS7A 1NF7A 3PUDA 3PC0A 3M0ZA 4NJHA 1R30A 4IMCA 1KFEA 1GVRA 3T40A 2RDUA 1KW1A 5FF4A 1N7KA 3G1HA 4BR1A 3M9YA 3HMJG 1GVQA 4HNTA 1X7FA 1LCOA 3PBYA 1OYBA 2QEZA 5CPNA 1YYAA 2CU0A 2JBMA 3HGRA 5J5RA 3SW6A 1GTHA 3G8EA 5CPLA 1OJXA 4O57A 5C55A 3PY2A 3LOTA 3QFEA 4UIOA 1TO3A 3W72A 2GOUA 2A6NA 1TTQA 1LLZA 2HTMA 3NQGA 3B0VC 5F1VA 3RNDA 3TR2A 1R2RA 3C8FA 5CPOA 1UBSA 1KM4A 1A5AA 4B5NA 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 1ICQ A;  1O60 A;  3BLE A;  1OF8 A;  4KFP A;  3TJL A;  2JKP A;  3UWV A;  1MEI A;  3G0S A;  3ABQ A;  4HPJ A;  2E5D A;  4UFI A;  5D33 A;  5I3I A;  3HG2 A;  2FB3 A;  3MI2 A;  4MY1 A;  1TPC 1;  4NXK A;  4IJB A;  3U2O A;  4WXZ A;  1UJP A;  1LDC A;  2E6D A;  1RQB A;  4BWL C;  1TV7 A;  2JK2 A;  4JXC A;  1ZEN A;  4H3D A;  2QJI A;  1LRO A;  4M7S A;  1UCW A;  1VZW A;  1HO4 A;  5DXY A;  2Y63 A;  3L65 A;  3VCR A;  3P5Z A;  2WKJ A;  2ZZ7 A;  4AF0 B;  1CW2 A;  2EF9 A;  1XUZ A;  3L68 A;  1W56 A;  3IEB A;  1QO2 A;  4JY8 A;  2V2D A;  2Q3O A;  2B7Q A;  2IQT A;  4RCX A;  2NUW A;  2JKA A;  2RDW A;  3MUX A;  5EYW A;  1VJI A;  3EX4 A;  3A5F A;  5LNU A;  5A8G A;  4C1L A;  3W86 A;  5AYX A;  1ALD A;  4R53 A;  4OV9 A;  4AWS A;  3LB0 A;  5AHM A;  4K8H A;  1O95 A;  3BLF A;  4JNM A;  1XBZ A;  1Q45 A;  3KRZ A;  3TXV A;  5L6U A;  5HUL A;  3B8D A;  3HB9 A;  3MYO A;  3MP3 A;  3OEX A;  2QUV A;  3M1Z A;  3KOF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C3U A;  1XCF A;  1ZPT A;  4UB9 A;  3I3E A;  4TX6 A;  3H2N A;  4FX6 M;  1GON A;  2YW3 A;  2G4J A;  1E0V A;  3DGB A;  3VKD A;  4HIB A;  2QCG A;  4D6J A;  5J5D A;  3BJS A;  3CBW A;  2WXD M;  3GG8 A;  1JNE A;  4IZG A;  3BAY A;  3NL6 A;  1UKS A;  3ME3 A;  4JIE A;  2PP1 A;  2HV5 A;  3BOX A;  1Z69 A;  4ZVJ A;  3UZJ A;  2VFF A;  2WOQ A;  3H6O A;  3EB2 A;  3TN3 A;  1XBV A;  2W67 A;  1VEO A;  2X1U A;  4DJE D;  1ZL1 A;  3IJ6 A;  3WBY A;  3TAO A;  1DVJ A;  4JQA A;  1HXJ A;  3VIL A;  4F2U A;  1RA5 A;  3DU0 A;  5JU6 A;  1YE6 A;  3A64 A;  3QHM A;  3IIV A;  2A5H A;  3C61 A;  1DYS A;  2FPY A;  4J4K A;  4JTA A;  1W3K A;  3ARX A;  5LIY X;  3GND A;  5TD4 A;  1NOF A;  3M44 A;  4NIR A;  5T9B G;  2QQ6 A;  1XLC A;  4NI3 A;  4LC6 A;  1JYX A;  3NEV A;  1S3H A;  2X30 A;  5AEC A;  1EIX A;  3VK5 A;  1BYB A;  4KF1 A;  3RX3 A;  4GCX A;  3AQU A;  3VO0 A;  1Q4W A;  1XIG A;  1YDV A;  4WQ6 A;  3LTY A;  3N4A A;  5J04 A;  3NQA A;  3MI6 A;  2NWR A;  1E9Y B;  3TNB A;  2PAJ A;  7TAA A;  1IT0 A;  4MAV A;  2HVO A;  1GQJ A;  4DI9 A; 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