2PRMA

The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
Total Genus 137
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (35-49)AH11 (357-362)AH2 (52-65)EMPTYS1 (81-83)TIV2 (82-85)S2 (86-88)TI'2 (324-327)3H1 (77-79)S5 (134-137)3H2 (138-140)TIV9 (147-150)AH10 (339-348)S7 (178-182)TVIII1 (88-91)S3 (92-94)AH4 (154-163)TIV3 (95-98)TIV7 (122-125)AH5 (165-174)AH3 (104-111)TIV5 (97-100)S4 (115-121)TIV6 (113-116)TI2 (185-188)TIV8 (130-133)S6 (142-145)TII1 (218-221)S9 (251-255)AH6 (191-202)TVIII2 (188-191)AH7 (227-243)TVIII3 (206-209)3H3 (203-205)3H4 (221-225)S8 (208-212)TIV10 (212-215)3H5 (246-248)TI6 (297-300)AH8 (262-275)S10 (279-282)AH9 (310-324)TI5 (295-298)S11 (303-306)S13 (352-355)S12 (330-333)TIV11 (333-336)TVIII4 (350-353)TI3 (215-218)TI4 (257-260)TII2 (290-293)AH12 (364-381)3H6 (307-309)TIV1 (30-33)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
publication title The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
total genus 137
structure length 367
sequence length 367
ec nomenclature ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date 2007-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2prmA00
3W1MA 3G1SA 3OVPA 3L0GA 3LX9A 1S5WA 3MI6A 4Y9AA 3LI1A 5LGZA 1QR7A 1WOAA 4ONVA 3S0CA 1EA0A 3W7RA 3LLFA 3DFOA 1MXSA 5FF7A 4RZ5A 2RHGA 1W3TA 3NZ1A 4FIRA 2ZA1A 3QM3A 4R33A 4GJ1A 3FLUA 2TPSA 4Z1BA 3SFKA 2ZRZA 3NQ8A 4UTWA 3IRDA 1GQNA 1GZGA 3JR2A 4MLRA 2FB2A 3TH6A 3P62A 5IBXA 3IIOA 3GKAA 1M7OA 3MBFA 4WJEA 4NT0A 1VJIA 1TPH1 4LT9A 3PG8A 1TB3A 4JX4A 2F7FA 2E5DA 3MJYA 3QSTA 5AYYA 4NQ1A 1TMHA 2PC4A 5KINA 4JGDA 5AC7A 4A2SA 3DFTA 3NQMA 3P82A 2Q8ZA 5DCDA 1J5TA 2YR1A 2J24A 4K38A 4R53A 4N4PA 4AHPA 4WX2A 1TPDA 2QCCA 2QDGA 4LRSA 1HL2A 3LRMA 3QC3A 4Y6GA 1W5PA 2W0UA 1KBJA 2Y70A 1MO0A 3GYEA 2E09A 4MY1A 1RV8A 5D2VA 2V0TA 4KFPA 5I3FA 1HTIA 1YLVA 5AHLA 2FPYA 3PVFA 3QF0A 3NAVA 1VZWA 3W7QA 4JD4A 5CGQA 5D2WA 4YL2A 1PHWA 1SO3A 1KFCA 4AWSA 3I7RA 1EP1A 1FDJA 2ZQ0A 3IEBA 4JIQA 4FX6M 4Q4KA 3I68A 1DKWA 1DORA 4FNTA 4GXMA 4O19A 1TTJA 4O10A 3P81A 2V5LA 3PWAA 4FHAA 1F5ZA 4NXSA 3W74A 4O54A 4MZYA 4I9AA 4QITA 4IUOA 4KFOA 2ZZ7A 3PF3A 5HINA 4QAIA 1EPXA 1QMLA 3FEMA 2OCZA 3W7DA 3NGJA 5EY5A 1WX0A 1H63A 3A5VA 3R8RA 1GOXA 2VEMA 3O63A 3P8IA 4AWUA 1F2JA 3BO9A 1P5BA 3NQGA 5CPLA 1R46A 4HPXA 4TO8A 2QUVA 5TQLA 3ELFA 2VFGA 3STFA 1R2TA 5DELA 4AWTA 3ABQA 4CCDA 4NNCA 4JTEA 1GTEA 5CPOA 2GQ9A 3TX9A 4ZL1A 2DZPA 1JCXA 4HIBA 3W85A 1PCKA 5CKSA 3GX9A 5F4SA 3DI1A 3ANYA 4UTKA 3EX1A 3LCIA 3P74A 2BTMA 1XDLA 4QNEA 3O6YX 4JEQA 3F4NA 4DEFA 3SGZA 1G7UA 1PIIA 1O5KA 2VFEA 3KOFA 1J4EA 1LROA 2GJLA 1VCVA 1OFQA 1SSGA 3DHFA 1FXPA 2ATSA 3BLFA 5C54A 1DBTA 2ZZ1A 2X1RA 4M6PA 3S9YA 1ML1A 2E6FA 3C8FA 1KTBA 4A2RA 4LVAA 1GT8A 4IGHA 4N4QA 3TAKA 3W1PA 3STCA 3SY5A 3HF3A 3O16A 3V1PA 2B7NA 1UB3A 2CLHA 3W22A 1Z48A 1H50A 3QH2A 1TCDA 3QEZA 3LHYA 4X9SA 3UWZA 3UQNA 3G0XA 3TFXA 2ISWA 2R94A 1VLIA 4XQ6A 3TKFA 4DELA 4GBUA 1A5AA 1LRTA 1DQWA 2Z0IA 1VPXA 3L0KA 4BI6A 3M16A 3WK1A 1XBXA 2A7NA 2FDSA 2ZZ4A 3TUUA 4JX6A 4AMAA 1SPQA 1VGAA 3LCXA 3KFTA 3DKLA 3CHVA 3CIWA 3PUEA 1VS1A 3FKKA 2E68A 1JCLA 2V2DA 2CWNA 2QCGA 2XN2A 3MUXA 3W1LA 3WK3A 1W54A 1HUVA 4FF7A 1CW2A 2VFDA 1OF8A 3GVGA 3SR7A 3IIZA 3HMJG 2YYTA 4NUWA 5BW6A 4N9EA 3MHUA 1ICSA 2TYSA 5AC8A 3PBYA 1O94A 3W2UA 1ZCOA 1LP6A 3LBCA 4GUGA 1PHQA 3KVMA 4GNJA 1TQJA 3ABOA 3NYZA 4OT7A 3QJAA 3BGJA 1TO3A 3T44A 1UUMA 2CLIA 2GVGA 2HSAA 4LC8A 2ATMA 4UR7A 3BGGA 1I2PA 5G4WA 4PCFA 1GVSA 5D02A 3SZ8A 2CZEA 4UCGA 2X2GA 3C4UA 2WJZA 4OQVA 1F6KA 4UFMA 1DL3A 1RQEA 1TIMA 3M5YA 4L4MA 3MHGA 1PL9A 5EMUA 2RFGA 1W8SA 2QR6A 3F4WA 4U4MA 3HGRA 3L21A 3W7KA 4C1LA 3UYCA 3CLMA 3UXAA 1DHPA 4MUZA 4IMEA 2NXIA 3FA5A 5AOUA 4LUIA 4GWEA 2FB3A 3P5ZA 3W7CA 3C52A 5LNSA 3EXSA 3F03K 1GPWA 2E5BA 1BKSA 1MEIA 1QPRA 1KA9F 2OMAA 3NQVA 3DI0A 4XUGA 1Q45A 1A53A 1LBMA 4ML9A 4JDYA 1IIGA 2CZFA 5AHNA 1YXCA 1SW0A 2Y7EA 1DJNA 1EX5A 1OK4A 2CLOA 3FFSA 3IGSA 3G1HA 1KV8A 5F4XA 1D3GA 2VEIA 3NQDA 3C0JA 3DFNA 3R89A 1OFBA 4Z1AA 1I2QA 5C5YA 2LLEA 2W6RA 3TDFA 5D30A 3W83A 3TSMA 3MYPA 2WPBA 2G97A 5FF2A 1AL8A 1B57A 2Y7FA 1ZFJA 2Z2UA 3M6YA 4HKPA 4XZ9A 3SIZA 4HNVA 4JIPA 4R34A 1OG0A 2ZRVA 3TC7A 3W7LA 4DXVA 5L9FA 4M19A 4OGZA 3RMJA 4LUJA 3UPBA 2HS8A 3M0ZA 3TQVA 4Z08A 5K9DA 3G1VA 1F74A 2WQPA 3MI2A 3GR7A 3UWVA 3MMTA 4LU0A 5G2HA 3IVSA 1H62A 3MHFA 1JCMP 4UUIA 2I1OA 5DBUA 4JX5A 3UWUA 2G95A 4O1BA 3DXIA 3A5FA 4LV4A 4C1KA 1OHLA 1SZEA 4AF0A 3ZR4A 3KHJA 3LHWA 2VKZG 3LI0A 4NVTA 4JTHA 3BG3A 2E1DA 4O0ZA 3NEVA 3B4UA 2WSRA 3PG9A 3VFLA 4UTWC 1ZY9A 1JCJA 3NVTA 2YXGA 3W72A 3QZEA 5IBXC 4LC6A 3FOKA 1KBIA 3S5YA 3FIGA 4MY9A 5LKYA 2NUXA 3INPA 3CEUA 1PCWA 4O28A 3L0NA 3UPWA 3IIVA 5U4NA 3G24A 3GDRA 3P84A 3W6YA 4BWLA 1G4EA 3LV5A 1SZGA 4UTUA 2H90A 2KZHA 3FS2A 4PL1A 2H8XA 3S42A 3TK7A 2C18A 2V81A 5D05A 3EWZA 2ZYFA 2QCDA 1W5MA 1ZAHA 3NA8A 4WY0B 1JUEA 2NZLA 4ZQCA 5EBUA 1ICPA 3OA3A 2NWSA 2DJLA 1X6UA 2YGYA 4IOTA 1K8YA 3O8AA 3O6DA 1TSIA 3H54A 2QDHA 4MZ1A 2WNNA 4BFAA 4E2DA 3NQCA 3PB2A 3OEXA 3G0UA 3HO8A 1SW3A 5G5IA 3UD6A 3W88A 3NXFA 1QCWA 4CNNA 1RR2A 5F2MA 3UZ5A 3WJWA 1GG0A 1IXOA 3DH7A 4X3ZA 3NPXA 3W3OA 4ZQPA 4CNPA 3GR8A 1MSSA 5HJLA 3G1AA 1VQTA 2BXVA 4WXZA 5K7JA 1N8FA 1DJQA 2JGYA 4JYDA 1JR1A 1VR6A 3CWNA 3R5EA 5K9CA 3A22A 2WKJA 4XTIA 3LHVA 3LCGA 5DN1A 3W73A 3HPSA 1FBAA 4N9CA 1H1ZA 3KVJA 1H7RA 4NJKA 3U6WA 4N9DA 4JTFA 1QOQA 1WOBA 1R2RA 3TQ0A 5TIMA 2ZZ6A 2QJGA 1OFRA 1XL9A 5G2WA 4E2BA 3NOEA 5J5DA 5EYWA 2GVJA 3LLDA 3G1FA 2QCDB 1T99A 1KM1A 3PR2A 1VRDA 4LS1A 2R8WA 3G8EA 1TREA 5EPDA 4E0CA 2FJKA 1XBYA 2J6XA 4Q33A 1YXDA 2VELA 2ABBA 3M44A 3DZ1A 2P0OA 3MP3A 4O8RA 1RQHA 4K8HA 2QCMA 4FXRA 5CZJA 2D73A 1BEUA 5CPNA 4WOZA 5C55A 3GKFA 1TRIA 4O18A 3UWQA 3W7HA 3TROA 1KM2A 5HWJA 1TYGA 2B7OA 1SO6A 4JTJA 3DFPA 5CZSA 5G1TA 2GQ8A 3EKLA 5K9XA 2EPHA 1C29A 4RZ6A 1JCYA 1A50A 5D37A 5AC6A 4DF2A 2B0MA 1L6YA 4LTSA 4WUIA 3TW6A 1ZENA 3EXRA 1OF6A 1YDOA 3L68A 1EWDA 1Y0EA 4FNUA 4YWIA 3MI3A 4JICA 1O4UA 1RPXA 4X2RA 3NO5A 4LVFA 2J9XA 4DF0A 3IVUA 3TW7A 4ADUA 4GFSA 4NXKA 1H7NA 5HR6A 1WBJA 1OVDA 3BLIA 2J27A 3PULA 4K6AA 3KAOA 1OYBA 5TBOA 2EF9A 5DY2A 3W7JA 4MYAA 5LGXA 4GUIA 3UNDA 5KZEA 1HG3A 3EWUA 4CQAA 1BTMA 1AW1A 3USBA 1IXQA 2P1FA 1L6WA 2DORA 5A8GA 3P5YA 4FX7A 5FEPA 3W2KA 3NM1A 4LY8A 1W3IA 1WYIA 4N9BA 4UXDA 5EA9A 3T55A 1Q6LA 1L9WA 5BMXA 1H7OA 2H3DA 4MZ8A 4UTLA 3IVTA 1FWSA 2PRMA 2HMCA 3KX6A 2ZBTA 3C2EA 3IGUA 4AH7A 3ATYA 4M7SA 4XKYB 2E5CA 3LCHA 3B0UX 1IF2A 1I4NA 4I7VA 4HSOA 4DBEA 3EXTA 3E02A 1H7PA 3NQFA 4O52A 1XKYA 1NAL1 3R13A 1GJPA 3VCRA 3L65A 5BRBA 1Z44A 3Q58A 3NQAA 4O17A 4MIMA 3C2FA 1S3HA 2VC6A 3DENA 5MHBA 3G1YA 3SGUA 1S5TA 2ZRUA 3TSDA 2QCLA 1SO4A 3OG3A 4IMCA 1ALDA 4YMZA 1SW7A 1IIHA 1ZHAA 3C2RA 4MY8A 2ZFAA 1O95A 2QF7A 3NL3A 4H6KA 3M5ZA 5IM51 1EUNA 2Y62A 3NQEA 1K02A 1ZALA 3BLEA 4JY8A 4JDBA 4IMDA 4RXFA 3E49A 3C2OA 1OYAA 2A2IA 1IGSA 4PL2A 3L67A 3TXVA 1PVNA 2CLFA 4Q32A 4R7JA 4W9TA 4ALDA 1H5YA 3HJZA 4Z0JA 3OBKA 1RVGA 4DPPA 5LNWA 1TRDA 5D09A 2A85A 4JTIA 4FNRA 4H4IA 2DZTA 3GDTA 1EIXA 3W1AA 2B7QA 3OIXA 1HO1A 2OZ0A 4EF9A 4FIQA 4HPJA 3NNTA 2DZVA 2EKCA 3THQA 5J5RA 3H55A 3OHIA 2NX1A 2X30A 2Y88A 4IMFA 3MP5A 1B4EA 1TPVA 3QMTA 4NJIA 3GZ3A 1D9EA 3N9SA 3QW3A 5HNRA 3THAA 1HO4A 2TSYA 1QPOA 3GXPA 3EB2A 3F1QA 1Q6QA 1F6PA 4MOZA 1NSJA 5FF3A 2NV2A 5BMWA 3M7WA 4HNTA 1OYCA 4UFLA 1XBZA 3GAYA 4BI7A 3EX6A 4LVDA 4ICNA 2Y7GA 3LHTA 1V5XA 4RXGA 3DU0A 3RK8A 4MPQA 3NQ7A 1I2OA 1FX6A 1YTEA 4GE8A 3S1WA 3S5OA 1ONRA 5F2IA 4JNMA 2W79A 3W1RA 4OWGA 5AB3A 2HS6A 1PS9A 3KVLA 4UNKA 5HUPA 1NF7A 2GJNA 1EP2A 3RFAA 3VI2A 1H7XA 2GQAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L2U A;  1LRQ A;  4O1D A;  1RZM A;  1F05 A;  3PUO A;  3C6C A;  1W31 A;  4KWV A;  1MZH A;  3PAJ A;  2P10 A;  1C9D A;  1VHC A;  3G18 A;  1U5J A;  3I7S A;  3WJS A;  2XFW A;  4YXG A;  1YTK A;  5F4W A;  1ZJI A;  5D32 A;  3VE9 A;  4UFI A;  2QCN A;  1TPE A;  1H7W A;  3TMQ A;  5KIT A;  1FCV A;  3PSW A;  1YAD A;  4M6V A;  1TJR A;  2NLI A;  3FJL A;  1OFE A;  5CG7 A;  2JBM A;  1TPF A;  4BF9 A;  3KRZ A;  3E0I A;  1W1Z A;  3A24 A;  2ZZ2 A;  3W84 A;  1TPU A;  1M6J A;  1AW5 A;  1LLZ A;  2RDT A;  1LLW A;  3N3M A;  1U83 A;  3W9Z A;  1G4S A;  2WOQ A;  2VFI A;  4O14 A;  4JTK A;  4HNN A;  3QQ1 A;  4O0K A;  3S5N A;  2Q8L A;  3ABS A;  1WXJ A;  3W2N A;  3M5X A;  1FWW A;  2C15 A;  1BWK A;  1Q6O A;  1K7F A;  3HG5 A;  1QDS A;  3BV4 A;  3L9C A;  1UBS A;  5CSR A;  2NX9 A;  1OFO A;  4BK9 A;  3UWW A;  4NNA A;  3MO7 A;  1OFA A;  1QO2 A;  4AF0 B;  1BWL A;  5L6U A;  2BWG A;  1LM1 A;  3OVQ A;  4AEO A;  3M41 A;  2Z6J A;  4B5N A;  2QKF A;  2Q3O A;  4QIU A;  1N7K A;  4I7U A;  1X8F A;  3TR2 A;  1YPF A;  4NNB A;  4XWU A;  3LV6 A;  3EWX A;  4ORI A;  1K8X A;  4IPJ A;  3GAK A;  2E6D A;  2QJH A;  3W71 A;  3PBV A;  8TIM A;  1I45 A;  3UY8 A;  1EUA A;  1YXY A;  1J2W A;  3CEP A;  4RR4 A;  5F2L A;  4Z0S A;  3QQ0 A;  2CLE A;  4DO5 A;  4FNS A;  2C19 A;  4IX0 A;  1TPC 1;  3P7Y A;  4JR5 A;  4UFK A;  2QEZ A;  3N14 A;  3EWY A;  1UCW A;  4MLJ A;  3CB8 A;  3IGX A;  4ZZ9 A;  4JTG A;  3WK2 A;  2G96 A;  4FNQ A;  4QQ3 A;  3WK0 A;  5I3G A;  2A1Y A;  3TSB A;  4PEK A;  4BR1 A;  1L6S A;  4A22 A;  5EKY A;  4K7V A;  1SFJ A;  3R12 A;  4YCP A;  3G1D A;  4NJG A;  1D3H A;  4KFN A;  3ZS4 A;  3CPR A;  1CX9 A;  4UR8 A;  3LXC A;  4NX0 A;  1LBF A;  3UZJ A;  3SI9 A;  3GB6 A;  2A6N A;  1G69 A;  5LSM A;  4CQ8 A;  2FFC A;  5C2X A;  3LM7 A;  3L5L A;  3DKJ A;  3O06 A;  1KW1 A;  1LOL A;  1TV8 A;  2I9E A;  5I3K A;  3BG5 A;  1ZAI A;  2QCH A;  2O7S A;  4WQ6 A;  3W7N A;  1N55 A;  1T0O A;  5FES A;  5E1Q A;  2G5W A;  2V2H A;  1EWE A;  5D33 A;  3NDO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1GOX A;  4CNT A;  3MT1 A;  1F2J A;  3NQG A;  3V1H A;  4HPX A;  3WG6 A;  1QUM A;  2AAA A;  1C8Y A;  3AIC A;  2BXY A;  4UOQ A;  1W1V A;  4OJY A;  3ABQ A;  2GQ9 A;  1WDR A;  1UWU A;  1O1Z A;  3AZS A;  2EG8 A;  2VX4 A;  3M0M A;  1R5Y A;  3GX9 A;  3GW3 A;  3ANY A;  4UTK A;  3EX1 A;  4M80 A;  4LAK A;  2PSN A;  2ZUN A;  4QNE A;  4JEQ A;  1G7U A;  4PEE A;  2WB5 A;  1Q2S A;  1UKT A;  2VFE A;  3KOF A;  4H00 A;  3W38 A;  1SSG A;  3VOI A;  5C54 A;  3GTH A;  1DBT A;  3N25 A;  2X1R A;  3AZR A;  2WAG A;  2E6F A;  5IFP A;  1GT8 A;  4IGH A;  4N4Q A;  3TAK A;  3W1P A;  2PDJ A;  1HT6 A;  3V1P A;  3LSB A;  4TXE A;  2B7N A;  2G3F A;  3ITG A;  3QEZ A;  3S6O A;  4X9S A;  3T9P A;  3GW0 A;  3G0X A;  3TFX A;  2R94 A;  1VLI A;  2G50 A;  4I8Y A;  2J13 A;  3ARY A;  3M0V A;  1DIE A;  5BXT A;  3WBE A;  2A7N A;  3MMD A;  3U9I A;  5FAG A;  2F38 A;  1SPQ A;  1VGA A;  3DKL A;  4F0M A;  3OIH A;  3FKK A;  1UWT A;  2EG7 A;  2Z26 A;  1JCL A;  2V2D A;  1DWI M;  4M56 A;  4PUN A;  1BF2 A;  2QCG A;  2XN2 A;  3W1L A;  4EP8 C;  1HUV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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