2PUR | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	292
structure length	291
Chain Sequence	MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGSTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3978059910823286__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3978059910823286__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2PUR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3978059910823286__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3978059910823286","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2PUR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3978059910823286__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Specificity versus catalytic potency: The role of threonine 44 in Escherichia coli dihydrodipicolinate synthase mediated catalysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	110
structure length	291
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2007-05-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2purA00

3GKAA 3GZ3A 3TMLA 5H2ZA 1GYLA 2X2GA 4MOZA 3VE7A 4LWWA 2ZZ5A 3UY7A 4KFOA 1EB3A 1ZNNA 3W7IA 1GJPA 5GVJA 3HPXA 4AAJA 2GOUA 3DXIA 4IWWA 1KM0A 1HO1A 3Q58A 4ONVA 5DCEA 3W22A 2TMDA 3PM6A 4R33A 3FA5A 3Q94A 1TO3A 3S6DA 3DFSA 2FPYA 3E96A 4LRTA 2ZA2A 1KV8A 4M6VA 3W72A 1WOBA 4FEZA 4AHOA 1SZNA 3BW3A 1P5BA 3T78A 1EA0A 3P7YA 3TSMA 2H6RA 4N9BA 3NZ1A 1PV8A 4W9TA 3LRKA 1TPEA 2ISSA 4FX6M 5E93A 2F84A 3G22A 1EEPA 3S1UA 4JYDA 2CLHA 1G4EA 1GVSA 2C15A 1I2PA 1Z44A 1PIIA 4BI7A 2E6AA 2A2IA 1W3NA 3PULA 1UBSA 2C3ZA 5I3JA 1PL9A 1J5TA 5LNVA 2DU2A 3GB6A 3QQ0A 1F6KA 1OX6A 2EPHA 5D38A 4JTEA 3DAQA 4QISA 2BXVA 1QNVA 3G0SA 4QNEA 2ZZ4A 4LW7A 1DKWA 1M6JA 1ICPA 4AF0B 5D32A 4HHPA 5K2ZA 3KVLA 3OVQA 4FNPA 4I7UA 4IMDA 2P1FA 2Q3RA 4N6EA 1JUKA 3N9RA 3TXZA 3BVJA 1LORA 1S3HA 3LHWA 4Q33A 2P10A 3NNTA 3N73A 2ZA3A 2QUVA 3GXPA 5G2WA 1CI1A 1VR6A 4GXMA 4NNCA 2Q8LA 1KTCA 2AAMA 1OYAA 1DBTA 1T0OA 2A21A 1PHQA 4PC8A 2J9XA 3FKRA 1ME7A 3MW7A 3W1AA 3VI2A 2NX3A 5K9CA 4Z0SA 3CT7A 4OBTA 3P5ZA 3P8JA 1FY6A 2NXHA 4JTIA 3CB8A 1WAUA 1SQ7A 1FBAA 1KM5A 3S0CA 1SPQA 1ADOA 3TAKA 4MJZA 5D33A 3D0CA 4TMBA 1XI3A 5HULA 3BPWA 4ZVJA 3QH2A 2ZTKA 3NPUA 2YXGA 4O0KA 5LHEA 3C8FA 1RPXA 2Y63A 1TV5A 1Q45A 2FPVA 4WJEA 1D9EA 1R46A 3W6YA 4UR8A 3C61A 1IIHA 3UXAA 5DCDA 1S5TA 2C14A 5LNRA 3UYCA 3LBMA 1H5YA 3TKFA 4WY0A 4AHPA 3NQVA 3CWNA 4GJ1A 3SGUA 3FLUA 5TIMA 3G1AA 4N02A 1EX5A 5FF0A 3FS2A 1DORA 3SGZA 3KRUA 2J88A 1DHPA 1SZFA 5C5YA 3TV8A 2DZXA 1VS1A 2A6NA 4O11A 3TW7A 3FOKA 4LVFA 4O50A 5U7SA 3B05A 3TH6A 3C0JA 1FDZA 4DPQA 4UC5A 5ABTA 2PURA 3R13A 5HUOA 2PCQA 4MUZA 5KSWA 3LX9A 2ATSA 1Z42A 1FXPA 3S9YA 3O07A 4RKAA 1QPNA 3TJLA 5KMYA 1Z41A 4JX6A 2QF7A 1V7YA 1OF6A 1TTQA 2Y7DA 4AVFA 2B0MA 4LNYA 3WJYA 3W7HA 3W1NA 4Y6GA 3QMSA 1TJRA 1DQWA 2ZBTA 2Z2UA 3M5VA 1YXCA 2VEIA 4IQLA 2W0UA 5EKYA 2YYUA 1P0KA 3KX6A 1TPH1 4JIPA 4M19A 1A5CA 3TSBA 5D04C 3AO0A 1X7FA 5AFDA 4O0ZA 4FNRA 1B57A 3W87A 5F4XA 4NJGA 2WNNA 3W07A 2J6XA 1G69A 1YYAA 4K7VA 3E0IA 2RDTA 1G67A 4O14A 5F2GA 4WQ6A 3HGRA 2O7QA 2ABBA 1FDJA 3BLEA 3S1VA 4IX0A 4ORMA 4LVAA 2GQ9A 2ZZ3A 1P0NA 4CCDA 2NXIA 1SO3A 3M6YA 3GK0A 2FDSA 4Z1BA 1LM1A 4WOZA 3C6CA 3SY5A 2V30A 3UWWA 3DZ1A 5HR6A 3EWBX 3LXAA 3P84A 1AW2A 5D2TA 1H7RA 4O54A 2QJGA 4IUOA 4DO4A 1W31A 1JQVA 1LTDA 3HMJG 4DF2A 2DORA 5CGQA 3GDTA 3S5NA 2HS6A 3TQVA 1VZWA 4RCXA 3GNNA 3NL6A 1D3GA 3PBUA 2BWGA 5BOOA 3DKJA 4S1FA 2CWNA 1BKSA 3QZEA 4GC4A 2H3BA 3LRLA 1VGAA 5AHLA 3W2NA 4CNPA 1JJKA 2J9YA 2I1OA 2NLIA 3RLUA 3W7JA 1MO0A 2PRHA 5CSSA 4UIOA 4PFMA 4LTSA 3W1RA 1X1OA 1K8ZA 2Y7EA 4O52A 1W5MA 3LRMA 3GDRA 4MY1A 3W9ZA 4QM1A 4YLWA 1TPFA 5D2WA 4AB4A 5HWMA 1EWEA 1I45A 1A5BA 2RDUA 1U83A 3KHJA 5K9DA 2A85A 1XDMA 1QPQA 3TDFA 5F2LA 1H7OA 4ADUA 4U28A 3NXFA 1JCXA 1G4TA 4MPQA 1GPWA 1KM4A 3GXNA 4D2JA 3DKLA 1GQNA 3NQEA 1TJPA 3KXQA 3ZS4A 2V82A 5F1VA 3A9IA 4K37A 4BI6A 3DU0A 3W7GA 4LT9A 4O28A 4O4WA 1NF7A 4CQAA 5EY5A 2NUXA 2JBMA 3GAKA 3W73A 3PWAA 3NPXA 1RZMA 3L0GA 4WX2A 3EWWA 2WSRA 4Y96A 1QMLA 1FWSA 2B7PA 3EX6A 4O53A 1J4EA 1VLIA 2DJXA 1B4KA 5C2XA 3L68A 3GVGA 3I7QA 5D2YA 3N2XA 3TA6A 1A53A 2NUWA 4AMAA 2NXGA 2QEZA 4RXFA 3WK1A 1LP6A 3NDOA 3W7RA 4I7VA 3KRZA 5I3GA 4TX9A 4EWND 3W7OA 2X30A 4UTIA 5FF2A 1DVJA 1IGSA 3JS3A 4FNQA 1ICQA 3DI0A 3ZR4A 3NM1A 3A24A 3W2JA 5K4XA 4RZ6A 1CW2A 1ZALA 2W79A 3NAVA 1ZAIA 4MZYA 4RR4A 2RDWA 2NX1A 4TIMA 1O5KA 2YCEA 1I4NA 1UJPA 3I7RA 3IVTA 1PS9A 4MY8A 1JUBA 1YTDA 4O19A 3UWYA 3CPRA 3ELFA 2JGQA 1KTBA 4HNVA 1JVNA 4PCFA 2QCDA 1C8VA 1XUUA 3DBPA 3L9CA 4LC8A 4XUGA 1PCKA 4ZQRA 3ATYA 5KZMA 1KFBA 3PF3A 1TREA 3NPVA 3PVFA 3PSWA 3ABRA 4HSOA 5FF4A 1H7XA 1JCNA 6TIMA 3G0UA 1UCWA 2AGKA 2BX7A 2QDHA 4DF0A 3LHZA 1SZGA 1OFOA 1NF0A 3CU2A 5G2IA 1YDOA 5CPLA 3IRDA 5TBOA 3IGXA 1QOQA 4JYFA 4XBSA 4UTTC 5D2XA 3G1VA 4OGZA 4K38A 3JR2A 3WK2A 4FX7A 5AHMA 2UV8G 1RD5A 1HO4A 1XBZA 4OWGA 1TPVA 3DI1A 3KOFA 1RV8A 2CZEA 3G1SA 2GVGA 4LUJA 3SJ3A 5HWJA 5J5DA 3C4UA 1O4UA 2ZRVA 5AHIA 2A5HA 2VEMA 5D05A 1WYIA 3RFAA 2NWRA 1S5WA 4O10A 3TNOA 5MHBA 4A21A 4M5PA 5EMUA 3Q37A 1SO6A 4TU1A 1OHLA 3AJXA 3SI9A 1C9DA 4Z1AA 3QYQA 4N9DA 1VH7A 1O95A 3PB2A 3NZRA 1THFD 3F4WA 3R89A 4RK8A 3DENA 1UUMA 4A22A 2V2DA 3LCHA 1I2OA 1FCQA 1GTHA 2WPBA 3C2VA 3R5EA 1YPFA 2ZDRA 4KWWA 3EKZA 1R47A 3LGEA 4RZ5A 3GXTA 1TCDA 2CZ5A 1A5SA 4CNOA 3S1XA 3L66A 1SZEA 4BK9A 1UASA 4JIQA 3U8GA 5LGZA 1B9BA 1OABA 4NJHA 4OV9A 1F6PA 1W5PA 4NJJA 3UNDA 4GUIA 2YSWA 5F4WA 3TK7A 4M6PA 3SR7A 3P82A 2A0NA 3W7CA 2B7QA 3HB9A 1TIMA 3NM3A 1LLZA 4TR9A 2ZZ2A 3GNDA 3SECA 2VFIA 4QNWA 3MP4A 3NQDA 4AWSA 3NEVA 1LRTA 3NO5A 3NVTA 2FJKA 3QQ1A 1GVOA 2QDGA 1BEUA 1SSDA 2V0TA 4AWTA 1IXNA 1M7PA 4BI5A 2C13A 4EIVA 3PBVA 1FWNA 3PS7A 3NQ7A 1EP1A 1Q6OA 3HG2A 1N8FA 4FXSA 1JCMP 4IXHA 3A5FA 3G3MA 1VJIA 1ZY9A 3G0XA 4AWUA 4K8EA 1TQXA 3IGUA 3EEGA 4PTNA 5CZ0A 1TQJA 1QFEA 4JN6A 4BWLC 4NT0A 4BR1A 5TQLA 1QAPA 1KFLA 1H51A 4YL2A 3S5ZA 5CPNA 2G97A 3M16A 3OG3A 1ZFJA 4HNNA 5G1TA 1PVNA 2WOQA 4JS3A 4JXCA 4A29A 4N4PA 4WXZA 3U6WA 2R8WA 3C52A 3LV6A 5LNWA 4LY8A 4YWIA 3P80A 3RLVA 4IPJA 4LV4A 2NZLA 1TRIA 4MFEA 1KM1A 1W5OA 1LDCA 2C0AA 4JYEA 4JX4A 3FYPA 4WY0F 1VPXA 3LHYA 4GNJA 3PC0A 1W37A 3F03K 5A5WA 4A3UA 5FEWA 4GUGA 2DZSA 5I3KA 1OYBA 4XTDA 3FJ6A 3N3MA 1H1YA 2QUTA 1GZGA 4K39A 2X1RA 3TFXA 3CHVA 5DELA 3QW3A 1AL8A 3MWAA 4OQVA 2NWSA 2Y89A 3LHVA 3STFA 5K4ZA 1OF8A 1NVMA 1W5QA 2DZWA 2QCEA 4JX5A 4O17A 3DHDA 3MHUA 4MLRA 1QWGA 1BTMA 1I8JA 4GUHA 1BWKA 1YDNA 1UUOA 1F2JA 2YGYA 4MYAA 3QSRA 1G7VA 4CLMA 4JEQA 3PG8A 3DFPA 1XL9A 2R14A 4M6QA 5L9FA 5HJLA 5FEPA 2OT0A 2WSYA 3DGRA 4J9JA 4FXRA 3O06A 4UFIA 2NUYA 2W6RA 3OBKA 3HO8A 4FNUA 5AYYA 1YTKA 2ATMA 1AW5A 3CQ0A 8TIMA 2WQPA 1L6YA 1R2TA 3M9YA 2E6DA 2VFFA 3BG9A 3P67A 3LCIA 4UTJA 5CZSA 3HGJA 1I2RA 4HIBA 2E1DA 1OVDA 3ZWSA 4H6KA 1TPDA 5DN1A 5HWNA 3NQ6A 3QJAA 4R34A 3QMRA 2VFDA 1FDYA 4H3DA 3PUOA 4ZL1A 4HPJA 2FIQA 2WKJA 4MY9A 3VCRA 2HMCA 4PEKA 3IIXA 3FJLA 2CLOA 1DQXA 3DFNA 4RV8A 5HNRA 1ZAHA 2GQ8A 2A6LA 4H4IA 4LS0A 1H63A 4GUJA 1NFBA 2ZRWA 3W74A 4UTWA 4A2SA 2EHHA 1OK6A 4ADTA 1MZHA 5KITA 4YXGA 3TJXA 1LOLA 1AG1O 2Y7FA 5CG7A 1ME8A 3TQ0A 1QOPA 2Z0IA 3TSDA 1DOSA 2C16A 2XN1A 3HF3A 3BO9A 3TR2A 2YZRA 4JGDA 1TMHA 5FF7A 4FIQA 3LXBA 4LS1A 1PHWA 5BW6A 2EGZA 3IIZA 1OFBA 4IMGA 5DBTA 2HSAA 2R94A 3WK0A 3GDMA 1IF2A 3IVSA 4AF0A 4JICA 2E5CA 1KTNA 2J24A 5AC6A 1K7EA 3SSJA 3HPZA 5I3IA 5DLCA 2PRLA 4GFSA 1TTJA 3W1PA 2ZRYA 4UTUA 1EP3A 4NZFA 4JTKA 3O63A 4JD4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 8XIM A;  1I2Q A;  4EXA A;  2IKJ A;  3SRD A;  4L56 A;  2R91 A;  3HGS A;  1GEQ A;  3LBC A;  2VC9 A;  2YZ5 A;  3AXM A;  3LER A;  4GKT A;  4XX6 A;  3CEU A;  2ZZ1 A;  2VZU A;  5A6L A;  2QCD B;  4AZH A;  5KET A;  4DNM A;  4NY2 A;  2ZXD A;  4M29 A;  4XK2 A;  1JDF A;  3RRX A;  3OVR A;  1QUM A;  1S5V A;  4PH6 A;  3TVA A;  4J3X A;  4V28 A;  2ZRZ A;  4JTL A;  4KFN A;  7REQ A;  2WV8 A;  2P3E A;  3DDM A;  4F0R A;  2WMF A;  3RCN A;  2J47 A;  4JCL A;  4KWO A;  3M5X A;  4XZW A;  2VI0 A;  2JKA A;  4R53 A;  3KOY A;  1A49 A;  4GD0 A;  4FHA A;  1R3Y A;  4UOJ A;  2VX7 A;  3BE7 A;  1QW7 A;  1TWZ A;  4JL2 A;  3VD4 A;  1ONR A;  2OWC A;  1J93 A;  5IFP A;  1Q6E A;  1XFC A;  4X22 A;  4AXN A;  1DYS A;  3P5Y A;  3IAR A;  3BZJ A;  3CTT A;  4S38 A;  1W2P A;  3C56 A;  4XZ9 A;  1XDJ A;  1PPI A;  3C86 A;  2PGF A;  3WJW A;  1V6T A;  1N55 A;  1UKS A;  1E3Z A;  3LCG A;  1TR1 A;  1XP3 A;  2FB3 A;  5LNU A;  1Q6Q A;  3W2K A;  2VZV A;  1FRB A;  5GNZ A;  2ZID A;  2YW4 A;  1WV2 A;  4DYE A;  4KGJ A;  3KL5 A;  3W2U A;  2EJA A;  4AG0 A; 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 2NT0 A;  3WQ8 A;  4ZQO A;  4AEO A;  4C1L A;  4DJE C;  5FJI A;  1TJ1 A;  1YW1 A;  2CLL A;  3S1G A;  4O1F A;  2Z6I A;  1ZTV A;  4GQQ A;  3G8E A;  3KW3 A;  1LG1 A;  3BLI A;  2YXO A;  4J3V A;  1R8L A;  3NEH A;  2ZA1 A;  3UZZ A;  3CHE A;  3CH9 A;  3O2L A;  1HL8 A;  2VQT A;  4JIH A;  3M43 A;  3L2I A;  3EXR A;  4A3H A;  3MQT A;  1GW1 A;  5CPO A;  1ME9 A;  4ZO6 A;  4QDW A;  3H24 A;  3TWB A;  3OA3 A;  2FZ9 A;  2CLF A;  3IVU A;  1WX0 A;  3PTK A;  3G2G A;  5M03 A;  4H9Z A;  5EYW A;  3MMD A;  5I78 A;  3WK3 A;  3PSV A;  3GTF A;  1PDZ A;  3W2L A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2PURA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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