2Q3OA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of 12-oxo-phytodienoate reductase isoform 3
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
380
structure length
365
Chain Sequence
SNETLFSSYKMGRFDLSHRVVLAPMTRCRALNGVPNAALAEYYAQRTTPGGFLISEGTMVSPGSAGFPHVPGIYSDEQVEAWKQVVEAVHAKGGFIFCQLWHVGRASHAVYQPNGGSPISSTNKPISENRWRVLLPDGSHVKYPKPRALEASEIPRVVEDYCLSALNAIRAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDQYGGSIANRCRFLKQVVEGVVSAIGASKVGVRVSPAIDHLDATDSDPLSLGLAVVGMLNKLQGVNGSKLAYLHVTQPREEEAKLMKSLRMAYNGTFMSSGGFNKELGMQAVQQGDADLVSYGRLFIANPDLVSRFKIDGELNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLAP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 3
molecule tags Oxidoreductase
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 117
structure length 365
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2007-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2q3oA00
1XKYA 3PM6A 4WXZA 2ATMA 2NV2A 3LHZA 4Q4KA 4JTHA 1AW2A 3EWBX 1FDZA 3RLVA 2YW3A 4UFKA 4K37A 1N55A 2P1FA 3NEVA 3NO5A 3L0NA 2GOUA 2G97A 4MY8A 4H4IA 1R2TA 1PL9A 4FIQA 3TQ0A 3FKRA 2VFIA 5HINA 1JQXA 4B5NA 5J5RA 1FCBA 3HIJA 3M5YA 3RK8A 2E1DA 1GVQA 4RK8A 3UWWA 3IGUA 2YYUA 4QAIA 4EOUA 4RLIA 3E12A 3T44A 1BWLA 1QPQA 4J9JA 5DXYA 2I14A 3KVKA 3W7GA 4AF0A 1TV7A 4FNQA 3I7SA 2EF9A 2A21A 5C5YA 3NZ1A 3P74A 1N8FA 2FPTA 3PBWA 1W3IA 2Q3RA 4ZQMA 1WYIA 1NF0A 3EWYA 5E1QA 4C1LA 1KV8A 2RDUA 2C18A 2RDWA 1KM0A 4TMBA 5F2LA 4IXXA 5AC8A 2G95A 1VLIA 1ALDA 1WA3A 4O0KA 4XZ9A 3VKJA 4R53A 1AL8A 3OBKA 3C56A 2CZ5A 4BFAA 4O50A 4JD4A 2Z1BA 1DV7A 4Z0SA 4P61A 3DBPA 3N2XA 1RQBA 1XL9A 3LOTA 4M6VA 4X3ZA 4RXGA 4TU1A 4UCGA 3LCIA 3STCA 3DENA 1EP3A 1HL2A 3TW6A 5F4XA 1I8JA 3TC6A 5FEPA 3FA5A 2AQWA 3KVMA 2VELA 2FTPA 4DQWA 2VC6A 1OFQA 3BW2A 1WOBA 2J6XA 5D38A 2A6NA 1OJXA 2Z6IA 5LNVA 1DVJA 4Z0JA 2H90A 2FB3A 4ZQRA 4UFIA 2EAWA 1PS9A 3CU2A 3MI2A 2GQ8A 4PA8A 2PURA 3M16A 3O1NA 4FX7A 1JR1A 1PVNA 1FWTA 2VEMA 3FOKA 5CZ0A 2FPVA 3UY8A 1OF6A 1H1ZA 1FCQA 3KRZA 4JTEA 4X9SA 3ABSA 2NZLA 3TFCA 1LM1A 4JGDA 4DPPA 2ZRUA 3STEA 4U4MA 2RFGA 5DXXA 4O12A 3O07A 3M6YA 4IX2A 3CT7A 6TIMA 3ZWTA 3OA3A 3QW4B 3RLUA 1UUOA 4P2VA 5H91A 1SW3A 4HNNA 3DZ1A 1JCXA 2ATSA 5BMWA 1ZAJA 1F6PA 1Y0EA 1SZNA 3W7DA 4Y6GA 2A85A 1TCDA 1JJKA 3VE7A 3AJXA 3A5VA 4YWIA 4DO4A 4CCCA 1WV2A 3SGZA 4IMFA 3Q58A 1TPH1 5IBXA 2CLLA 4JYDA 3W74A 4NT0A 3LGEA 3W2UA 3GDKA 4IXHA 1KV5A 1EPXA 4N9EA 3L2IA 2GPTA 2JGQA 3VE9A 4Z1DA 2G96A 3IVUA 2Y7EA 1QO2A 3P7YA 1WBHA 1G4EA 3C8FA 1W1ZA 2QJGA 5DCEA 3LV6A 2QF7A 2WNZA 4WOQA 3G3DA 1JRCA 1YYAA 3FJ6A 4X22A 3NQGA 2ZRWA 1AW1A 3Q2DA 1S5VA 4RZ5A 4JYEA 2FB2A 4XUGA 3MMTA 4UTHA 1FDYA 2PRHA 4O19A 1B4KA 2H8XA 2FIQA 2EKCA 1I2PA 2CU0A 3CWOX 3R5EA 1PHWA 4YLWA 4LY8A 2CW6A 1T96A 3LDVA 3EX3A 1WDWA 2CFFA 4HT3A 3EXSA 4PEKA 4DBEA 1H5YA 4I9AA 3PULA 2V9DA 4FNPA 2Z6JA 1XBXA 3LRMA 3RU6A 4WZHA 3HG5A 3LRKA 3VNDA 3W7IA 3WK1A 1Q6QA 3P80A 2Y62A 3MJYA 1QR7A 4RR4A 5DBUA 3KRSA 2JKAA 3ATZA 1JCMP 3FYOA 3JR2A 3L68A 4CCDA 3NYZA 1FXQA 1VH7A 3NPXA 1ML1A 1DOSA 3GIYA 5MHBA 4N4QA 2VEKA 1LOLA 2TSYA 5CKSA 3UWQA 1LBFA 2VXNA 1VS1A 4OE7A 4ZQOA 1UCWA 1TPB1 2Q3OA 3W76A 4JTTA 4HNTA 3FS2A 3LCWA 3QSRA 1ZNNA 1D9EA 3N9SA 4CLMA 2GQAA 1DJNA 1GVSA 1H50A 4L4MA 1MO0A 1HO1A 1G4PA 1WXJA 3FYPA 3V1PA 2E6AA 1B4EA 4TR9A 4MZ1A 1TB3A 2HTMA 1DKWA 2V0TA 1W0MA 3G1DA 4AEOA 3W2LA 5LHEA 1A53A 1JCLA 3FEMA 1I4NA 3W7CA 1KM4A 4K8HA 1PE1A 4R7JA 3M41A 4JEQA 2WPBA 3W1AA 1A5SA 5FI8A 3TV8A 3NQDA 3G1HA 3O6YX 2NX1A 3C2EA 3GNNA 2H3DA 3R13A 1J2WA 4GXMA 3W83A 1K7EA 3BLIA 2ZA3A 3SECA 4M5PA 2P10A 5HWNA 1VHCA 4X2RA 1KFEA 4AHQA 3OIXA 4UTTA 1SQ7A 3P8IA 1ZENA 3MO7A 2YXGA 1GTHA 3PS7A 4M6QA 3W1MA 3WJWA 4JTLA 3P81A 3TUUA 4Q32A 4WY0F 4BR1A 5FEZA 2NUYA 3IIZA 5AHIA 5F1UA 3NQ2A 1A5AA 4GE8A 1TTIA 3P60A 4LTSA 1K7FA 2CLIA 1SUXA 3LCHA 4CQ9A 3W3OA 3W7HA 1LRQA 3G22A 3LXBA 3MHGA 1QPNA 3F4NA 3W2MA 4RCXA 2NXIA 3QQ1A 3LXCA 1IXPA 2J9ZA 2QJHA 3QZEA 3N19B 1FWRA 3RFAA 3TR2A 2WNQA 3EX6A 4ZQNA 4R33A 2VKZG 5G2HA 3ABQA 1LOQA 4Z1BA 3OVPA 4GUGA 1YXYA 3A21A 1KTCA 3PC0A 3G3MA 3WJSA 3TNOA 4NJIA 1X6UA 1FXPA 4M6PA 2VFDA 3R2GA 3NL6A 5LZLA 3B0UX 3KRUA 4FNRA 1Q45A 3PB0A 2Q8LA 2ZZ1A 2VFHA 3HO8A 2QDHA 4RV8A 4ZZ9A 3GB6A 3CEUA 4K39A 1KM6A 4XQ6A 1AK5A 3DI0A 1JCJA 3PBYA 5D2YA 3NQAA 2J88A 2WJZA 4MLRA 5EMUA 2DU2A 3VFLA 2ZQ0A 4UUIA 3W7JA 3L67A 3PBVA 3S5YA 3A23A 1QDSA 4AAJA 4JDBA 4GNJA 1FWWA 1VYPX 1KM2A 1LBMA 5AHNA 3TX9A 3G8EA 3KAOA 3T55A 2PC4A 2NXHA 5CZSA 1LZOA 4GUJA 1I2RA 5LHFA 3NL3A 1GYLA 2FLIA 1DL3A 5D02A 1IXNA 1TREA 2QCNA 1KFJA 3MYPA 2W79A 3I65A 2W0UA 4IMGA 2CWNA 3TFXA 3N3MA 4H6KA 2ZRVA 3G18A 4MY1A 4UTWC 5F4WA 2QR6A 1YLVA 1RD5A 3N34A 2GVLA 1KM3A 1W8SA 2GVJA 1OFOA 2H6RA 3VCRA 1VRDA 4N4PA 4HNUA 1DBTA 1X8FA 2DZWA 1L6YA 4DO6A 4OU1A 3B4UA 3SGUA 1QWGA 3TA6A 3PSVA 1OK4A 5K9XA 5U4NA 1B3OA 2B4GA 1LP6A 5D32A 3O8AA 4BK9A 3BW3A 3GXTA 1A5CA 2CLEA 3PAJA 1NFBA 1LLZA 3PB2A 4GFSA 3CEPA 3IV3A 5HMSA 2CLMA 1P5BA 3M1ZA 1TYGA 4NX0A 4UC5A 2DZSA 1SO3A 5HJLA 5CZTA 3C2FA 3G0XA 4O52A 1KLYA 1KFKA 3C4UA 3HGRA 1VQTA 2C16A 1VGAA 3NZRA 3HQ1A 1F76A 4IMEA 1OHLA 3W1LA 2QKFA 3B04A 1JCYA 4UR7A 4OQVA 4RXFA 4E0CA 5KTLA 1WBJA 3W73A 2E6DA 1M5WA 4KKXA 2YX0A 4NQ1A 4Z08A 5G2IA 1X1ZA 4JTSA 1RZMA 4CNOA 1QAPA 1LLWA 3B03A 1FDJA 1H7OA 5D2XA 1TJPA 1ICSA 4LVBA 1Z42A 1RR2A 4JNMA 3DAQA 1TPEA 1VCVA 2XN0A 5AHLA 1KFLA 1OG0A 3S5OA 3NL2A 3HGSA 5HR6A 1M6JA 1OX5A 1XBZA 1S5TA 3TDFA 3TAOA 4UTIA 4AXKA 3GYEA 5HUOA 3EWWA 4EF9A 2C13A 3HBLA 3N73A 2YCEA 3EKZA 3C2VA 5FF3A 2E09A 1LROA 1VHNA 3W7PA 4FXRA 2QJIA 2WKJA 1RPXA 4XWUA 5BRBA 2Y7FA 5D05A 1J5TA 2OX1A 4GBUA 4ALDA 2VOMA 3M43A 1K03A 1D3HA 1V7YA 1VC4A 4RZ4A 1PCKA 3GR8A 4NZJA 4MZ8A 2DZVA 2ZA1A 2V81A 3GDLA 2HSAA 3IRDA 1F6KA 1TTJA 3DFSA 3E9AA 4XBKA 5K3VA 3HGJA 4HHPA 1EX5A 3ABRA 4GWEA 4JY9A 4AH7A 3U8GA 3WJZA 3HF3A 3W1QA 3I7QA 3E02A 3DFTA 4KFNA 5AHMA 4UTLA 3UQNA 3W85A 2J27A 4EVZA 4JX5A 2R8WA 4Y8FA 3HPZA 3USBA 4O16A 3GLCA 3QF0A 1IIGA 3CC1A 2CZFA 1OFPA 4O10A 2XN2A 1NAL1 1ICPA 3YPIA 2G5WA 3W88A 2QCFA 5I3KA 3U6WA 7TIMA 1H1YA 4WUIA 3QJAA 1C29A 2V8ZA 5HUPA 3THQA 2ISWA 4UFMA 5EA9A 5I3FA 2CLKA 5CGQA 2A6LA 2YPIA 5EKYA 2IQTA 5EBUA 5CPLA 3W7NA 4O0ZA 1GJPA 3P8JA 4O1DA 1OF8A 1DQXA 5FF7A 5I3GA 3GVGA 2YGYA 3PG8A 3NDOA 4I7VA 3OHIA 4HPJA 2DP3A 2GJNA 1KW1A 3DHFA 2HMCA 3CTLA 3BPWA 2FPYA 5D04C 1YXDA 5LNRA 1ADOA 3G8RA 1IGSA 1G6CA 3GZ3A 1GZGA 1YXCA 3LCFA 1XDLA 3NQEA 3W1PA 4DPQA 1ICQA 5LGXA 3DFOA 3HG4A 1H7XA 3UWYA 1FWNA 3BG5A 2C1HA 2H8ZA 5FESA 5LKYA 3W7QA 3UWVA 4ZQPA 1R46A 4LUIA 2DZPA 3OEXA 1F2JA 3G1SA 2Y61A 1JCNA 3QW3A 3S6DA 3BVJA 3CHVA 1T99A 1ZALA 3I68A 2VENA 4K7YA 1WX0A 2CLOA 4A3UA 3M5ZA 4JXCA 2ZCGA 1TQXA 2QCEA 2ZRZA 4PC8A 3T40A 3NL5A 4MYAA 4NJHA 3D0CA 1RQEA 3I7RA 1O5KA 3A24A 2J9YA 3EX2A 4BI6A 1OVDA 3V75A 3ZR4A 4AF0B 8TIMA 3BO9A 3DGRA 3L21A 4O17A 3A22A 3E49A 1G7UA 2QCCA 3B0VC 1W5MA 2TYSA 4LUJA 1OYAA 1Q6LA 1TRDA 1UB3A 2B7NA 4UFJA 3TXZA 2H3BA 3NQ6A 4GUIA 5KZDA 3P5YA 3W2KA 3B05A 4WX2A 3UWZA 2B7OA 3UZ5A 1O60A 3LV5A 4LS0A 5AC6A 1SFJA 5E93A 2WSQA 2J9XA 3HG3A 2BWGA 1YDOA 3GXNA 4AHOA 4GRSA 4IX0A 5BOOA 5DY2A 3EXRA 3W07A 1OFAA 1K3UA 1P4CA 5H2ZA 4CCEA 4ZVJA 1X7FA 1NF7A 4JX6A 3QFEA 1SPQA 2A7RA 5DBTA 3W70A 1VLWA 3T7VA 1HFBA 4WOZA 1LBLA 2QAPA 4PFMA 5DCDA 4EIVA 4XKYA 1XDMA 2ZRYA 3DHDA 2BSLA 4ML9A 3M5XA 3TSBA 3W84A 3QYQA 3IEBA 6ALDA 4H3DA 4QIUA 1SZFA 1OFEA 4LV9A 3EXTA 2WSRA 4A29A 3BG3A 4OT7A 1DJQA 5KMYA 2OJPA 3PG9A 4UMAA 5EYWA 3VI2A 4O15A 3Q94A 3SI9A 1V5XA 3S0CA 1X1OA 4CQAA 3W7EA 3ZFHA 3W87A 3G1XA 3NPUA 3GK0A 1PHQA 3O05A 2AGKA 1JULA 5F2MA 4MY9A 3B06A 4AWSA 2YSWA 3A9IA 3A5FA 3TQKA 4O1AA 5C55A 1SFLA 4O1CA 4DF1A 3EB2A 1LOSA 4K36A 2X30A 4O18A 3PUEA 4BWLC 1XI3A 2QDGA 4A2RA 1C9DA 1F05A 2PE4A 3FKKA 1YDVA 1Z44A 5KZEA 4UXDA 5U7SA 3LXAA 1VCFA 4KFPA 3STFA 5I3JA 4PODA 3DH7A 3RMJA 3H54A 3HPXA 4KWVA 1H60A 4Z1AA 4IPIA 3SIZA 3TU9A 4O54A 2C15A 1O95A 1O5XA 1G7VA 3F1QA 3P82A 1JVNA 1ZCOA 1KM1A 3OVRA 2V2HA 3GR7A 4UNLA 4HIBA 3TMLA 5KSWA 2PCQA 2ZZ7A 4GUHA 3DU0A 3ABOA 1OFBA 1CW2A 2NWRA 4UTJA 5AYXA 1MEIA 3BK0A 3G0SA 3TMQA 1R2SA 2BX7A 1FX6A 3W7MA 4N9BA 5CPMA 3FFSA 2P0OA 3PR2A 4NX5A 3GKFA 4ZL1A 5G1YA 5BMXA 1W37A 2BTMA 2NX3A 2DZTA 3IIOA 3BV4A 1XUUA 1GQNA 1SU5A 1AMKA 4LC8A 4DELA 1JUKA 4NJJA 2YFOA 4S2CA 1WOAA 4FNSA 3MP4A 4ADUA 3BGJA 1DQWA 3P84A 1P0NA 3LTSA 4NJKA 5DCBA 3TKFA 1SSDA 5AOUA 3ATYA 1JUEA 1UUMA 4O57A 3CQ0A 2X1UA 3QMRA 1JRBA 3LLDA 1HG3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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