2Q8ZA

Crystal structure of plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase complexed with 6-amino-ump
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Activity Relationships of C6-Uridine Derivatives Targeting Plasmodia Orotidine Monophosphate Decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine-monophosphate-decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 123
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2q8zA00
2NV2A 4XQ6A 3KFTA 4RR4A 5EYWA 1TPVA 3C56A 1S5WA 2E77A 3S6DA 3P5ZA 3OVQA 3LCIA 4UNLA 4MFDA 1DHPA 3LERA 3SY5A 3M1ZA 2Y89A 1LTDA 4MVAA 3T7VA 3PSVA 3WJZA 1TPDA 2VFFA 2C3ZA 3LHVA 3LV5A 2ISSA 4MY8A 4NUWA 5TIMA 5C54A 4FHAA 4OHQA 3KVMA 2TSYA 5HWJA 2ZZ7A 2OCZA 2C6QA 2VENA 2CLHA 3W7EA 1SZEA 4O1DA 3BW3A 4DXVA 4DF1A 3F4NA 5KITA 1TV7A 1EIXA 5F1UA 1A5AA 3P8IA 3TFCA 4O13A 4WUIA 1KM5A 1DVJA 3UD6A 2ZZ4A 4RXFA 1SO6A 3MW7A 3KRUA 5BNKA 3LRMA 2X1SA 4Y6GA 4ONVA 1OVDA 3EB2A 3EXRA 1YPFA 4UFMA 5FEPA 2Y70A 2ZTJA 3CPRA 4GJ1A 4M5PA 3EX1A 3M5VA 3CIWA 4ALDA 1GTEA 1R30A 2O7SA 4L4LA 1QFEA 5BMWA 4UR8A 3E02A 1SFLA 2A7RA 2J27A 3ABQA 1R47A 2V9DA 3DKLA 3G1AA 1IXNA 2J24A 3DFPA 3T55A 2C13A 3W83A 1H5YA 3W1PA 1GG0A 2V8ZA 3N73A 3NGJA 5J5RA 3S8HA 2O7QA 4NJJA 3QMRA 3QPZA 1OFQA 1O5XA 3HPSA 2QCDA 2QCDB 3SI9A 1G67A 2OT1A 4A2SA 3JS3A 3P67A 4OE7A 1TTJA 2FFCA 1DBTA 3U2OA 2GQ8A 4ADTA 3BG3A 2Z0IA 1TREA 1ME8A 2R91A 3M43A 1DKWA 2JBMA 3TNOA 3THAA 1JR1A 5IM51 5FEZA 4BR1A 1HL2A 2GJNA 3S5ZA 2ZTKA 3JRKA 3UPWA 2EF9A 4JICA 1SO3A 5EPDA 3NQMA 4W9TA 3MHGA 1UB3A 1TRDA 1KA9F 3BV4A 1BEUA 1TIMA 1AMKA 2NXIA 4LOCA 1IIHA 6ALDA 4UTMA 4S2BA 4A22A 1RZMA 4DO6A 4AAJA 2C15A 1FCBA 1LBFA 4JIPA 3TDFA 1X6UA 3TW7A 3VE7A 2G5WA 3W1TA 1G4TA 1I2OA 3E49A 1VCVA 1MZHA 3TSBA 3HJZA 3IIXA 1M6JA 2H8ZA 3A21A 1WBJA 3M47A 1G6CA 2ZCGA 1EP3A 4HNTA 1WBHA 2A85A 5K4ZA 1W3IA 3G1XA 3MMTA 1LBLA 3NQFA 4NJHA 4UTWA 3MBDA 4JIQA 3DFNA 3W07A 5A8GA 4YXGA 3TCEA 4Y9AA 5D02A 1XUUA 1E51A 4DBEA 1IGSA 3W75A 2Z6JA 5HWMA 3RLUA 3GKAA 2A1YA 1I4NA 3BW4A 3CT7A 1ZY9A 4N6EA 3LCHA 4H6KA 1GOXA 4PODA 1QPOA 5K2ZA 4KWWA 4UTTA 3U6WA 1XM3A 1QMLA 2WNQA 2I9EA 3B04A 3LHYA 4GUHA 1ALDA 5BRBA 4MY1A 5G1TA 5DY3A 3DBPA 4JTSA 3H53A 3G3DA 4GUGA 1OK6A 2Z1BA 1LP6A 2DJXA 4N4PA 3W7KA 3ANYA 3QM3A 4RLIA 1VLWA 4HN4A 3W70A 5C2XA 2RDWA 3CEPA 3GKFA 4FXSA 3QJAA 4LRSA 3LDVA 1A5CA 1YYAA 2DU2A 3QZEA 4JTEA 7TIMA 1SQ7A 5TQLA 3W7MA 1VLIA 5G2HA 1LCOA 1NEYA 4JTFA 5F4WA 1OF6A 2YYUA 1L6WA 5CSRA 2EPHA 2NZLA 3W7QA 4XTDA 1OX5A 1GZGA 3DXIA 5K9DA 1KM2A 3GK0A 3TMLA 1UCWA 1K03A 3FOKA 3W86A 4BI6A 3GDMA 5D2TA 4ADSA 1JCJA 1K7EA 3A22A 4ML9A 3TC6A 4N2YA 1TSIA 2X16A 1S5TA 1TV5A 4LUIA 4PA8A 4GXMA 3W7JA 1GTHA 5DCEA 4OBTA 3HG2A 3CM4A 2TPSA 5CZSA 1KFKA 3LI0A 2ATMA 1TJPA 3THQA 2CLIA 4BWLA 4K36A 1XFBA 3A9IA 4AVFA 3L21A 1AG1O 4TR9A 1A53A 3HG4A 4O14A 5U7SA 4NVTA 2B7PA 4I7WA 2DJLA 4JXCA 4UMCA 4UUIA 4QJ1A 1QPNA 1KV8A 1TMHA 4WY0B 4AWSA 3GDKA 4BF9A 2Y88A 3B0PA 3M5YA 2A6NA 4GUJA 3NL5A 4O15A 1VYPX 2C19A 3B8DA 3QF0A 2CZFA 3NPUA 4RKAA 1WX0A 3MHFA 3O1NA 4JY8A 2OT0A 5KZEA 2DZUA 4QNWA 3HF3A 2P10A 3GR7A 2C0AA 1NVMA 4UR7A 5HR7A 1T99A 2JK2A 2H3DA 4AWUA 3Q37A 1L6YA 4RX0A 5F2MA 4E2DA 1TPH1 3W2KA 1GT8A 1TYGA 4JEQA 4EVZA 3BGJA 4CNPA 3W9ZA 2JKEA 3I65A 3LXBA 3PB0A 2AQWA 3O8AA 1OABA 1Q3NA 3TW6A 4MPQA 3MHUA 1P4CA 1W5MA 4Z1AA 3KRZA 5DCBA 1W5PA 3I6RA 1UBSA 4IOTA 2A4AA 2YGYA 3S5OA 3W2UA 2RKXA 2EAWA 3L0GA 3SZ8A 1XUZA 3NPWA 1XI3A 3ABRA 1LOQA 2CLMA 3KX6A 4O8RA 1TPEA 1YLVA 3HGRA 4IMCA 2DZVA 4FNUA 3VFLA 1XKYA 5BMXA 3L68A 3IVUA 1LLWA 2YZRA 4LC8A 3B0VC 1GVSA 1H61A 2RHGA 4QQ3A 3RF9A 2FB3A 1OYCA 5C6MA 1VCFA 3C0JA 2Y7EA 1SU5A 4NNCA 5CKSA 4WD0A 3W1LA 2WKJA 4H4IA 2BWGA 3PBUA 2FB2A 3MP3A 4Z1DA 4UNKA 4MKNA 1FCQA 3WJXA 1FX6A 3GLCA 4C1LA 5F4XA 4X2RA 3G0SA 5F2GA 1A5BA 3QH2A 3PS7A 1KFJA 5LNVA 5E1QA 1MSSA 4DO5A 3TSMA 1DORA 4ZMGA 2C18A 3RNDA 1O5KA 4QITA 1P0NA 2QCLA 4D2JA 4HSOA 1SO4A 1YADA 1YDOA 1FWWA 3P7YA 1FDZA 2ZA3A 3M16A 2E6DA 3LB0A 2B0MA 5HNRA 4PL2A 4HSNA 4IJBA 2JKAA 5I3FA 3NQ8A 4FIQA 4A21A 2HTMA 3OIXA 1H7WA 4DQWA 4RZ6A 5K9CA 5DBUA 1FBAA 2JGYA 4LVAA 3PUDA 4P2VA 2QCEA 3N3MA 1WAUA 4IXXA 1V5XA 3KVKA 3P8JA 4UFJA 3N19B 4JYDA 2EKCA 3W2LA 1O4UA 5D2XA 1I2NA 5D09A 4QISA 3R13A 2CU0A 3LHZA 1FXPA 1G69A 4XBSA 1F76A 3PBWA 1L9WA 2H3BA 2OZ0A 4MJZA 3HMJG 3MP5A 1SR9A 2TYSA 3QFEA 1T96A 1HO1A 1LDCA 3DU0A 2A21A 3I7RA 5F2LA 1FUYA 2Q3RA 1KFEA 1LRQA 4ZVJA 1JCNA 3LM7A 3GYEA 1WOAA 4LNYA 5CGQA 5D2VA 3CHVA 3PF3A 4CCEA 1D9EA 4GUIA 4KFOA 1F6PA 1I45A 3BG5A 3L2IA 1KFCA 3LCGA 3EX6A 1GG1A 3OVPA 1H7OA 2OX1A 3FEMA 3NZRA 4NJGA 3UY7A 3UWZA 1OG0A 4MOZA 1XL9A 4QSHA 2X30A 1QO5A 1R2TA 3G8RA 1W1ZA 3G1YA 4IMFA 1TRIA 1TTQA 3R5EA 2GUUA 3MWAA 1GEQA 3N2MA 3STGA 4RK8A 1GWJA 3VI2A 1H51A 3QSTA 5SWUA 1GVRA 3FYOA 3Q58A 3PG9A 3DFTA 3S5NA 3QPYA 3O15A 1F73A 4R33A 1KM3A 3BG9A 4AF0A 3OG3A 4AF0B 2Q8ZA 4ZQOA 3W87A 3DAQA 2QCNA 2WSYA 2NWRA 4E0CA 3OHIA 1F7BA 4AWTA 3SGZA 1XBZA 2W79A 4MIMA 3L5MA 4S2CA 4JTTA 4FB7A 3EWUA 5FF2A 1DV7A 5D32A 4HHPA 4JTLA 2NUYA 1IXOA 3EEGA 4Z0SA 3ZS4A 1AK5A 3I7SA 3NYZA 4Z1BA 3NEVA 3KHJA 1FWTA 4DPQA 2YX0A 2GPTA 1LRNA 1VPXA 3ZFHA 3O16A 5K4XA 5K7JA 3LXCA 3QC3A 1D3GA 1KV5A 3DFOA 5BOOA 3NNTA 3WFAA 1P1XA 2VEIA 1DQXA 2A6LA 5KZMA 1JUKA 3MBFA 1PS9A 2VC6A 2VEPA 5BW6A 2FTPA 4DF2A 1H7XA 3B06A 3DI0A 4WJEA 1B3OA 1A5SA 4I7UA 3O05A 3TROA 2R94A 2PC4A 3LXAA 3QYQA 2DP3A 2V82A 3CIXA 1OX6A 2GQAA 1TV8A 3QW4B 3R12A 4FIRA 1ZENA 1LOLA 1OFRA 2RDTA 1J4EA 3AJXA 1S3HA 5I3IA 1OFAA 1RQBA 4UCGA 3W76A 3ELFA 3LTYA 3P60A 5FEWA 3BVJA 3W1MA 1MO0A 1TO3A 4IMEA 3NPVA 3HBLA 3FLUA 3M9YA 3T78A 3UYCA 3P81A 2VEMA 4ZQPA 4OV9A 2XN2A 3QEZA 3UWQA 1EPXA 5E0KA 3SSJA 2FIQA 2VEKA 3C61A 2B7QA 4UFIA 3GXTA 1SFJA 4R53A 3W7IA 1G4EA 5FEXA 3CC1A 5AB3A 3GR8A 3KRSA 4EWND 3C2EA 3U8GA 4MUZA 4DELA 4HNVA 3OBKA 2GQ9A 3W88A 3GZ3A 3RK8A 3C4UA 2ZFAA 3E96A 4IXHA 3C2OA 2FQIA 4TIMA 4NX5A 2C14A 4DEFA 4WZHA 4N9BA 3BPWA 2WNZA 5A5WA 4A3UA 3PR2A 5AYYA 3VE9A 2YYTA 3TIMA 3H55A 4K8EA 1VS1A 4O4WA 1TTPA 3W23A 4E2BA 2J9YA 1UUMA 3HGSA 3W6YA 1SPQA 4K38A 4O53A 1LZOA 1EP2A 1P0KA 4ZQMA 2ZRUA 2A5HA 1A50A 5D33A 1H63A 5F4SA 3W22A 3HPXA 3GXPA 4JTGA 4RV8A 3ZWTA 2V2DA 3HOJA 4LS1A 3UWYA 2A2IA 1KLZA 2YCEA 3DENA 2NX3A 1I8JA 4N9CA 5HUPA 2Y7DA 4FEZA 3HO8A 1RV8A 5FF3A 4AEOA 3B03A 4O1CA 4LU0A 4HKPA 3RMJA 1TPC1 5EY5A 5AHEA 4JTHA 4O54A 1PHWA 1JQXA 1QO2A 4BFAA 2Q3OA 1HUVA 3TUUA 1M5WA 4BI5A 1JQVA 1PHQA 3LGEA 4LVBA 3STCA 3EKZA 3LRKA 2KZHA 3M6YA 2DZSA 4UXDA 3W73A 5CPOA 1ZFJA 1G7UA 3O6CA 3NA8A 2RH9A 3S0CA 3UZ5A 1Q6RA 3IVTA 3NQ2A 1K3UA 3K30A 1MXSA 1YXYA 3QQ1A 3NQ7A 2QDGA 5HMSA 3PY2A 1R2SA 3EWZA 1WDWA 1Q6QA 2I14A 2Y61A 4U28A 4HT3A 2ZRVA 3W2JA 1LLZA 5LKYA 3BW2A 3BARA 1H7PA 3V1PA 1KFLA 2D73A 4Q32A 5HINA 1KM6A 2XFWA 4DO4A 3F03K 5LNRA 2GVGA 3GVGA 4FNQA 4LWWA 4O0ZA 4X9SA 2QCGA 4NJKA 4ORIA 1NSJA 4JGDA 3INPA 4HPXA 2QUVA 3M0ZA 3W2MA 3LHTA 4M6QA 4YCPA 2BZNA 2NUWA 4UMAA 3G0UA 2PRMA 4POCA 1XC4A 1SUXA 3W2NA 1SSDA 3MYPA 5H91A 2HS8A 2W0UA 4UFKA 4JY9A 1OYAA 5HJLA 4O11A 3W84A 3O63A 3C8FA 4N9DA 4ZQRA 3PB2A 3NXFA 2QJGA 2YW4A 2E5BA 1TPUA 4WXYA 3CEUA 5LHEA 1JRBA 3PUEA 3TU9A 5AN7A 3TJLA 1K7XA 4O10A 4O52A 3MJYA 2TRSA 1FQ0A 2PRLA 4M6VA 4BK9A 5AHIA 1YTKA 4WY0A 3TFXA 1U5JA 1EUAA 1X7FA 1VCGA 4R34A 3NVTA 5FI8A 1JCLA 4LVFA 2Y6ZA 1ZAJA 3HB9A 5CPMA 4Z0JA 3TE9A 1RR2A 3STEA 3LHUA 1YTEA 4JYEA 5AYZA 3MUXA 2WSRA 3LLFA 3W7HA 2P0OA 3TH6A 4GUFA 3LCWA 5EKYA 3RFAA 3UXDA 4NXKA 3PUOA 3M41A 1SW3A 3E12A 4NU7A 1FDJA 1W31A 2DZXA 4Q4KA 4RZ5A 6TIMA 5KSWA 3C6CA 1F74A 4LV9A 2ZA2A 1DOSA 2CW6A 1EUNA 1WQ5A 2FPVA 1LM1A 3GDLA 2BX7A 1QPQA 3HQ1A 3E0IA 3V75A 2ZRZA 3LRLA 3LCFA 1DL3A 1K8YA 4LVDA 3GNDA 3OEXA 1AW5A 4JR5A 5EMUA 5AHFA 1ONRA 4LRTA 5F1VA 1P5BA 2ZZ6A 5G2WA 4PFMA 1ZAHA 1QPRA 4X22A 5K9XA 1JUEA 5AHLA 3NM3A 2B4GA 1MEHA 3A23A 3NQ6A 4RCXA 1PE1A 2V81A 3S42A 2X1RA 2V5LA 2QEZA 1Z42A 1ZALA 3LOTA 2CZ5A 5KZDA 2BLEA 1SW0A 1AL7A 3Q94A 2GOUA 4AH7A 3NL6A 3P61A 3KXQA 1O60A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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