2QCCA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain of human ump synthase, apo form
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
256
structure length
247
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'- phosphate decarboxylase (OMPdecase)
total genus 94
structure length 247
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qccA00
4PEKA 4ADSA 2WSYA 4IX2A 3W1MA 1F5ZA 3WJXA 4O1CA 1GVOA 2QCNA 4O15A 3INPA 3S1WA 4O52A 1A53A 1VPXA 2QCHA 3WJWA 2ZZ2A 4OBTA 2WOQA 1BEUA 3CIXA 4K37A 3FFSA 4IMDA 3NQDA 3TR2A 3EKLA 4A21A 1TTIA 2B4GA 1RD5A 3W7PA 1ME7A 5G4WA 2NUXA 4PODA 3M6YA 3MUXA 4LC6A 3G1DA 2VOMA 2H6RA 3FKRA 1SZGA 2J24A 2VFIA 1PVNA 2CLMA 1JUKA 3HG5A 2EKCA 1FDZA 5L6UA 3ABSA 5CZSA 1FDYA 1KV8A 1LM1A 1OVDA 2NWRA 3LXAA 4ORIA 3FKKA 1QDSA 2NLIA 3QW3A 4S2BA 3KFTA 2P1FA 4GUFA 3UWZA 2OMAA 2RKXA 4O50A 5FEXA 3LCHA 3N19B 2Y85A 3OVQA 1KW1A 3E96A 1H61A 2F84A 3WK1A 3KAOA 3BLEA 3P80A 4IXHA 2ZYFA 3MWAA 1EP2A 1OF8A 2DZPA 1F6KA 4KKXA 4MVAA 3EKZA 3G3MA 4MLJA 1KM1A 3NQGA 2ZZ6A 2WO5A 1SFLA 2QJGA 3JR2A 5HMSA 1EP3A 3MP3A 4JX4A 4UTWC 4LVDA 1L2UA 4M7TA 2TYSA 3PSVA 4FX7A 5IBXA 3TQVA 5D05A 3TROA 3G1AA 1S5TA 1N8FA 3PG9A 1I2QA 3BLFA 4DO6A 3OEXA 5K2ZA 1FCVA 5AHFA 1KV5A 2A2IA 4AWUA 2VFDA 1KM4A 1T0OA 1XI3A 2WKJA 4XBKA 1L9WA 3GXTA 2AQWA 3DENA 1H7PA 5KMYA 1F7BA 1LRNA 3TSMA 1X1ZA 3EXRA 2E5DA 3GXPA 2QAFA 3DFPA 3EX6A 3G18A 1H60A 1GTHA 5LHFA 3L68A 3BG5A 1H50A 4MFEA 2W0UA 3S5ZA 1DQWA 4ALDA 3KXQA 4S2CA 1BWLA 1QMLA 4O1DA 5AYXA 2BLEA 1QOPA 4QIUA 1X8FA 4MPQA 2PRLA 5FF0A 3SR7A 4HNNA 2RFGA 4KWVA 2GQAA 4JYFA 3OVRA 3F4NA 4R7JA 4JGDA 3RNDA 4JTSA 1GT8A 4Z08A 4NUWA 5HUOA 4CNPA 1M6JA 2ZBTA 1QPRA 2YR1A 3LV6A 5DY2A 1LLZA 3G1FA 3M5YA 4P61A 3GLCA 4E38A 2FFCA 3QZEA 1WOAA 3ZWTA 1R2TA 4LV4A 4RLIA 3EB2A 3G1VA 3PBVA 1U5JA 3IIVA 3LHUA 1LP6A 1ML1A 1YTDA 2A1YA 3QFEA 5DELA 3S0CA 5HR6A 3LI0A 4IJBA 1ALDA 2OT0A 3L0KA 4BWLC 2DP3A 2QKFA 3LV5A 5FEZA 2Y7FA 1W54A 4OWGA 2DU2A 2YPIA 3IEBA 3STFA 5EPDA 1JQVA 3HQ1A 2DJXA 1OF6A 3O07A 3C8FA 4X9SA 4DF1A 1IXOA 2VXNA 3LHYA 5F2MA 2QR6A 4PL1A 1RQBA 1H1ZA 3R8RA 1PL9A 5CPLA 1LOLA 4UFIA 1MEIA 3B04A 3ABRA 1X1OA 2H90A 3PVFA 4MZ8A 4MLRA 4NZFA 4IGHA 1W3IA 4UTMA 3A24A 1LRTA 4ZQRA 1DQXA 2ZRXA 3W7JA 1OFOA 3IIXA 3HGJA 1H51A 4UFKA 5CKSA 4Z1AA 2PRMA 2FTPA 4AB4A 3QMSA 4M5PA 4ZZ9A 2VC6A 1QO2A 3W88A 3M5XA 4A2SA 3DKLA 2Q8ZA 3W75A 3C61A 2H8XA 2J9YA 5DLCA 4Z1CA 3DI0A 4GNJA 3G22A 1SZFA 3W86A 4ICNA 3NR0A 4DF0A 1Z42A 4HIBA 5G1YA 3WK2A 4AAJA 1GG0A 4K6AA 4K38A 2BX7A 5BNKA 1YXCA 2YXGA 4AF0B 3SSJA 4PC8A 3DGRA 1AMKA 3GX9A 4CNOA 5BRBA 4NJIA 2FJKA 4I9AA 2OCZA 3NA8A 4OT7A 2VELA 5DN1A 1G4TA 2Z6IA 1KTNA 2VFGA 2V2HA 2Y70A 3TV8A 2ABBA 4JIQA 3NO5A 3NQ6A 4NU7A 4Y90A 1G4SA 3UZJA 2WV8A 2YSWA 3ABQA 3NM3A 2Q8LA 5HJLA 3BW3A 3W71A 4UTWA 1KM6A 4PA8A 1VYRA 3FEMA 1YTKA 1ZNNA 1O5KA 2C13A 2ZRUA 3TCEA 1M5WA 4DPQA 4OV4A 3THQA 3C52A 3W6YA 1JCYA 2Q3OA 5AC6A 2Y6ZA 1I2RA 4ZMGA 2ZFAA 3IIZA 4QM1A 1B4EA 5F1VA 4UMCA 2I1OA 3W1LA 4RZ5A 4TMBA 3UWVA 3M7WA 4RCXA 3U2OA 2FQIA 3PS7A 2QCDA 1I8JA 1JUEA 3W2JA 2NX3A 2YGYA 3EX3A 3PY2A 5D38A 1G4EA 4LVAA 1KM5A 1ZENA 4Y8FA 1K02A 2IQTA 3NQCA 2WPBA 4N9CA 1FWTA 2X1RA 3EWBX 3DXIA 4LRSA 3CPRA 4GRSA 3UD6A 5G4EA 1TJPA 2CFFA 1CW2A 3CWOX 4K39A 5I3HA 4JNMA 4DQWA 1A50A 1EUAA 2X1SA 3O16A 4IWWA 1JCJA 1IGSA 1VCFA 3W22A 3LCFA 1SSGA 1EA0A 1HL2A 2A7PA 3BG9A 2DORA 3RU6A 2OZ0A 3DFTA 3NQ2A 2NXHA 3NQMA 4R53A 1AW1A 4WJEA 4AMAA 1GWJA 4Z1BA 1P5BA 3QPZA 2VFFA 4XWUA 1XFBA 4BI6A 4BWLA 4FF7A 2J9ZA 4AHQA 4UFHA 4N4PA 1F05A 3LLDA 3UPBA 3GVGA 3GAKA 4BI5A 3HO8A 1B9BA 1GVRA 4FNRA 4O1BA 2O7SA 5K4XA 3VE7A 1SFJA 3TXZA 1EX5A 3TXVA 4XTDA 5FEWA 5AHMA 4QNWA 3A9IA 2YW3A 3PWAA 3W1QA 1NFBA 1TQXA 3M5ZA 4UMAA 3KX6A 3GDRA 1A5SA 4O8RA 5LNWA 1VJIA 2NUWA 1K8ZA 2Y89A 4AH7A 3EXSA 3UWYA 3W7MA 3V1PA 1SO5A 1ADOA 3L66A 1FDJA 3LCXA 1V5XA 3S42A 4FHAA 3W7LA 1GTEA 3W1AA 1WOBA 3TC7A 3A21A 1DORA 1WAUA 1IXPA 3E9AA 3TK7A 3THAA 3C56A 1TCDA 2A7NA 1W3NA 3OBKA 3L0GA 1SO6A 5D2WA 3MHGA 5C5YA 3P5YA 4JY8A 1TPH1 1LCOA 2FIQA 1OFEA 3P5ZA 2OJPA 5AB3A 1VS1A 3CU2A 3TC6A 1GOXA 3BARA 3T4CA 2YYTA 2J88A 2YYUA 3ABOA 1GG1A 3MW7A 2YW4A 1OX6A 4POCA 1YTEA 1TTPA 3EWWA 4XKYA 1G6CA 1KFBA 1Z44A 4UMBA 5K9XA 2QUVA 2TMDA 1MO0A 4K7VA 5CPNA 3TSDA 3IIPA 3KVMA 4JS3A 3C2VA 3C2RA 2E77A 1H7NA 3W2MA 1ME9A 3I7RA 4MZ1A 5K9DA 3DAQA 4JY9A 4ZQPA 3TJLA 2WNZA 5HR7A 5J5RA 1HO4A 5AYYA 4MYAA 1XKYA 2GJNA 2PE4A 3NEVA 3T40A 1XM3A 3LHZA 1SW0A 4FNQA 1AL7A 1BKSA 4NX5A 5E93A 1OABA 1TIMA 3NZRA 2ZA1A 3QM3A 5GVJA 3NVTA 2B7PA 1JVNA 1UASA 5AC7A 2QCLA 3TAKA 2QCCA 1TRIA 2B7OA 4N02A 3M16A 2X1UA 4O17A 3BV4A 3EX2A 4JYDA 3S9YA 3I6RA 3UY8A 2ZA2A 1ZALA 4O28A 1KLZA 5FF2A 3QQ1A 3S5OA 4NQ1A 1GYNA 1TSIA 2ZZ3A 4UTJA 2GJLA 2V9DA 3FOKA 5LNUA 1VRDA 1ZAIA 4LS0A 5EL1A 3EWZA 3LCGA 3JS3A 4IPJA 2CZEA 1P1XA 4K8HA 1SW3A 4NJGA 5HULA 3P67A 4N9EA 1EWDA 2RDUA 5F4WA 5I3GA 3NL6A 4BFAA 1O95A 3HMJG 1T8XA 2XN1A 4PFMA 3H55A 1VHNA 3T44A 5I3JA 2V30A 5DY3A 3UPWA 2JKAA 3MYOA 3TAOA 5K7JA 4TO8A 3W85A 1VYPX 1OG0A 1XBXA 4CCCA 3P8IA 3QH2A 1O5XA 3FJ6A 4LRTA 1W37A 1ICPA 3UZ5A 4HNUA 1FXPA 1L6YA 3O1NA 4I7UA 5D32A 4PCFA 1PHWA 3DU0A 1OX4A 1QPOA 4UTIA 3QRHA 4O14A 3TNOA 3TFCA 2ISWA 2VEMA 3S6DA 2Z1BA 4JR5A 5CPOA 4IX0A 3BGJA 3SFKA 1F74A 1KM0A 1PE1A 3CEUA 1X7FA 2BSLA 1TV7A 1KLYA 1B57A 2NZLA 3QMRA 3W70A 1KTCA 3GIYA 1LOQA 1O94A 3P62A 4NJKA 3M1ZA 1J4EA 2WNQA 1D9EA 2XFWA 1YXYA 3WK3A 1ICSA 3UWWA 2HTMA 3B8DA 2CZFA 2C15A 3M47A 4WOQA 4JYEA 4DO5A 5DCDA 4JTFA 5J5DA 4WX2A 1R46A 3W1XA 4FIRA 3N9RA 3P74A 2RHGA 3GB6A 1N55A 1F73A 2YCEA 1WBHA 4RV8A 3TUUA 3NL5A 3NZ1A 2A5HA 1M7PA 3I65A 3HOJA 1TO3A 2HMCA 1FXQA 1AW2A 1UUMA 4KWWA 4AVFA 2HS6A 1SZEA 4ORMA 2Y88A 3QMTA 1LZOA 2ZTKA 4MY8A 3QEZA 2C19A 1RR2A 3FYPA 3AJXA 3BVJA 4WXZA 4TR9A 4IUOA 1TV5A 3DFSA 1JJKA 4LNYA 1S5WA 2NV1A 2QCDB 3L5LA 3SGUA 1YPIA 1E51A 1L6WA 1VLWA 5LKYA 3G1HA 3LRLA 4DBDA 4RXFA 4GBUA 1ONRA 3TH6A 1KFLA 4O11A 4Q4KA 4CQ9A 3V75A 2DZVA 3W83A 4TU1A 2GOUA 2HSAA 5HUPA 5AC8A 3O8AA 4LY8A 5AFDA 2Y7GA 2A21A 3W73A 1EPXA 4K7YA 2R94A 2ZTJA 1OYAA 3L0NA 3LOTA 5CG7A 4XBSA 5D04C 4Z0JA 5HINA 3W74A 1SUXA 1XDMA 1JRCA 3G1SA 4EVZA 5BOOA 2NX9A 3DFNA 1FBAA 2CLFA 2CLEA 5C55A 1ZFJA 2C1HA 3YPIA 4FNTA 1F76A 1QAPA 3GZ3A 4YXGA 1LTDA 4JTTA 3PUDA 4JEQA 4OHQA 3R13A 5I3KA 2C18A 3P61A 4WOZA 1CX9A 4YWIA 3G0XA 2EAWA 3GDMA 1FY6A 3Q58A 4X2RA 1GJPA 2QCEA 1HUVA 3W3OA 1AL8A 1KA9F 3RF9A 3NQAA 1M7OA 4FEZA 3GDLA 4ZQCA 2WSRA 3NAVA 1R2RA 4Z0SA 3UXDA 5C6MA 1G4PA 1KBIA 2VEIA 4KFNA 2V0TA 3RLUA 4GWEA 5G1TA 3O6CA 2F7FA 3SECA 3EEGA 3TE9A 3USBA 2ISVA 3FA5A 1SW7A 5DCBA 3GR7A 3NQEA 4GUIA 3IGXA 3TIMA 5F1UA 2CWNA 3T7VA 1LBFA 2Z6JA 1WX0A 3BGGA 4WUIA 2J27A 1TPDA 4FXRA 1K03A 2E68A 1W3TA 2G5WA 3ATZA 1TREA 1FWRA 1QFEA 3NPXA 1AK5A 4LW7A 1OYBA 5BMXA 2H3DA 4UXDA 3L5AA 5TBOA 3G0UA 4BI7A 3D0CA 4GXMA 4XKYB 3LTPA 3FYOA 2KZHA 3U8GA 3ZS4A 4AXKA 1JCXA 3LCLA 4JIPA 4LVFA 4A3UA 3W1TA 5C54A 1A5AA 3O15A 1UUOA 1TB3A 3OHIA 2Z0IA 1NEYA 1DBTA 1BWKA 5HWJA 1HO1A 2R14A 4IXXA 3DFQA 2OT1A 5AHEA 4P2VA 3TSBA 2GUUA 4JTLA 1H63A 1IF2A 3UWUA 3SIZA 3G3DA 3W7KA 1Q6RA 3HG3A 3TU9A 3W7OA 2ZZ5A 3VKJA 2E5CA 1GZGA 4OU1A 1W0MA 1JCMP 1C29A 4NJJA 5CSSA 4MYXA 5D03A 4H4IA 3WFAA 4TMCA 3GKFA 2ZZ4A 3GDKA 1QR7A 1BTMA 2DJLA 3B0PA 1RPXA 3IVSA 3PG8A 3W84A 3KRSA 3PSWA 4UNLA 3VFLA 1R2SA 2VENA 3W1NA 1YPFA 3DBPA 4WD0A 4JDYA 1JQXA 1JULA 4K36A 3UYCA 2AAMA 1TYGA 3C2FA 4UR8A 4MJZA 4QITA 5EMUA 3DZ1A 1PIIA 1I2OA 1Q3NA 3C2OA 1VHCA 3W23A 2A6NA 4O4WA 3HG4A 4LS2A 3P82A 3KRZA 4LC8A 1IIHA 3LXBA 2A0NA 1Q45A 4NNBA 1DOSA 4BF9A 5HNRA 5KINA 3A22A 3N3MA 4O4VA 2E6FA 1B4KA 3GNNA 3UXAA 5D2XA 5H2ZA 1W56A 2DZSA 3HF3A 5DCEA 2E6DA 1LBMA 4CNNA 1TPFA 3W7HA 3QYQA 4NXKA 1GYLA 4PH6A 3R89A 2ZZ1A 5D2TA 4J9JA 1XUUA 3UY7A 3W7IA 3EWUA 4B5NA 3IGUA 1PS9A 3CWNA 3K30A 1NVMA 4YL2A 3MI3A 2ZRVA 4JTKA 3TQ0A 3LHWA 1HFBA 5F4XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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