2QCCA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain of human ump synthase, apo form
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
256
structure length
247
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'- phosphate decarboxylase (OMPdecase)
total genus 94
structure length 247
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qccA00
1DJQA 3GDTA 1DKWA 3VFLA 3G8RA 2E77A 2QCGA 3LLFA 1YADA 4U28A 2JBMA 4O1BA 3LV6A 3G1FA 4UTMA 4AWSA 2PCQA 4O13A 3HMJG 2O7QA 3GNDA 3PC0A 1R2RA 2B7QA 3DFNA 3W74A 5EA9A 1HO4A 5U7SA 2B7OA 3HG3A 3DENA 5LGZA 1SZEA 1P0NA 1FWRA 3FJLA 4RX0A 4FXSA 1VC4A 3CU2A 3MUXA 4DXVA 4MZYA 5IBXC 4XTDA 5BW6A 3T7VA 3TA6A 3LBMA 3NQMA 5G1YA 1EUAA 2CWNA 1XM3A 1HTIA 2VKZG 2PURA 3LRLA 1XBVA 2H3BA 3P7YA 4Z1DA 1GG0A 3QMTA 3W1PA 3I6RA 5E93A 4JTJA 1JQVA 3ABQA 2A0NA 3UWZA 4MVAA 3NEVA 1KTCA 3Q94A 1D3HA 4ADUA 3LXCA 4O16A 4M5PA 1MO0A 4UTTC 4BI7A 3W87A 1L9WA 5FEXA 3W73A 3KRUA 4JD4A 3NO5A 3S1UA 3TKFA 2QCNA 1RV8A 1YXDA 3PSWA 2GQAA 1KM0A 2NWRA 3E96A 3NQ2A 3F03K 1ZFJA 3FFSA 3GKAA 4MY8A 4XKYB 3O1NA 2A7NA 1KLYA 2YCEA 2ISVA 3N2XA 2YZRA 2V0TA 4I7WA 4AB4A 5ABTA 3TX9A 4NQ1A 4UFMA 4GUIA 1W5QA 4IX0A 4NX0A 3W7QA 3M5VA 4O15A 4PL2A 3MO7A 3PG8A 4PH6A 3OHIA 4JGDA 3MMTA 2CZDA 2QUUA 3N19B 4M7TA 1OFEA 1FWSA 5FEWA 5F4WA 2CZEA 5CSSA 1SR9A 2ZZ7A 3SGUA 2GOUA 1ZCOA 4O8RA 4NX5A 4O12A 1F76A 1TPFA 4QITA 1LRQA 4FEZA 1VS1A 4LVBA 2LLEA 1TYGA 2XN2A 2Y88A 3TV8A 4EF8A 1JUBA 4POCA 2CZFA 5IM51 3C4UA 4TR9A 4QM1A 2ALDA 2AQWA 4NZFA 3STEA 1LCOA 3QMRA 3RLVA 3BV4A 2RDWA 1L6SA 3TXZA 3UQNA 3TW7A 5D32A 4JTFA 4R7JA 3N2MA 2E1DA 5HR7A 4WY0F 2CFFA 3HG4A 3LCLA 3U8GA 1H7XA 3SGZA 1XI3A 5BNKA 4HNNA 2A7RA 5D02A 1RVGA 3O6YX 4N6EA 2ZZ4A 4NJIA 4LVDA 1XL9A 2B7PA 4X3ZA 2E09A 2QAFA 3SR7A 1NAL1 5F1UA 3NQEA 3S42A 4GUJA 2VEKA 3SW6A 3LRMA 3TFXA 1FX6A 2DJLA 1KM2A 7TIMA 2G96A 2XN0A 1LYXA 2YYTA 3HBLA 3EWBX 2B4GA 4ZQPA 4MYAA 1QMLA 4JR5A 1TPDA 2H90A 2QCEA 3LHWA 1OYAA 4M7SA 1DBTA 3KXQA 5LNVA 1ZENA 5FF3A 2C16A 1J4EA 4GC4A 5E0KA 5KZEA 4FNRA 4PTNA 3IRDA 4ICNA 4O18A 3O6DA 1HG3A 3LOTA 2DP3A 3FLUA 2Y7FA 3LXAA 5FF7A 1OFPA 1AK5A 2ATMA 2ISWA 1L2UA 4K8HA 4YXGA 5CPNA 5EYWA 3PM6A 5HUOA 3DFQA 1QFEA 3MYPA 3S8HA 3HGOA 5SWUA 1H63A 3IVTA 4LU0A 1JQXA 5L6UA 2CLKA 4MJZA 3DBPA 1WX0A 5F2GA 1S5VA 1TRDA 1XBYA 2E6FA 1JULA 1NSJA 3S5NA 2Q8ZA 2C18A 1VCVA 3BW4A 5DXYA 3B4UA 5FF0A 3PBWA 5U4NA 1QCWA 2VEMA 1GVFA 1IXQA 2GJLA 2ZRVA 3BLFA 3M0ZA 5CZJA 1OFBA 1CX9A 2YFNA 2VFDA 1SQ7A 5AHLA 1FXQA 1ME7A 4MZ1A 3NQ6A 4ORIA 3RLUA 1H7NA 3QRHA 3EXTA 5KSWA 1BWKA 3G3DA 1YPIA 2AGKA 2JKEA 5LNUA 1YTDA 2I14A 5D33A 5G2WA 3KOFA 1JCYA 2CLEA 1LBLA 1S5TA 3Q2DA 1R46A 1WYIA 2Z1BA 4X2RA 3WK2A 4Z1AA 2EHHA 3SECA 1GQNA 1A53A 2ZZ5A 4QNWA 1F7BA 3L5AA 4OV9A 3FA5A 3TE9A 2CLHA 3PB2A 1K8YA 4MLJA 1M7OA 2I1OA 3PUDA 5HULA 2TSYA 2QDGA 4K39A 3TSDA 5FEZA 3IGUA 3QPZA 5BOOA 1Q6LA 3BGJA 3DH7A 4WUIA 1RQHA 1G4TA 3YPIA 3W2LA 4TMBA 3W1NA 1VH7A 3C3NA 4GFSA 4PEKA 3LGEA 2W6RA 3IVSA 2J9YA 4DF1A 3LXBA 3NL5A 2V82A 1XUUA 4X9SA 4DELA 4A22A 3NM3A 1GVSA 4HT3A 1F74A 3EXRA 5AOUA 1JRBA 5KZDA 3W72A 3VNDA 4Y96A 2PRHA 4GUGA 3SSJA 2NXGA 4LW7A 1KFLA 1RR2A 3LHVA 3NM1A 1QPQA 3LTYA 1QNVA 1W54A 1WOBA 4B5NA 3UXAA 4RXFA 5KZMA 2JK2A 1OFDA 3P5YA 2V9DA 3I68A 2Z0IA 1W5PA 1VZWA 4EVZA 3TNOA 2QCHA 4LT9A 4LVGA 3S5ZA 2B7NA 2D73A 1GVOA 5F1VA 3HOJA 3NQGA 3CLMA 5AYYA 1I2QA 2DZXA 4RZ6A 3W7PA 3VE9A 2CU0A 3W2NA 3EEGA 3MHFA 4UMCA 4O14A 4ZQMA 2GJNA 2BX7A 3S1XA 4PFMA 4W9TA 1DV7A 3TU9A 3WJXA 4JTLA 3TW6A 4JX6A 4O19A 4WZHA 1TRIA 2QAPA 1Z41A 1J5TA 3F4NA 3NPWA 1GTEA 4NT0A 5EL1A 1JJKA 3TQKA 3OVRA 2V2DA 1K02A 2HMCA 3M47A 3TK7A 3KFTA 2W79A 2A2IA 4JX5A 3GXTA 1LTDA 1OX5A 1NF7A 2YW3A 1TMHA 1TCDA 1W3NA 3GVGA 4XUGA 3DI0A 1WXJA 4QIUA 3ZR4A 2ZRZA 1T0OA 4YCOA 3B03A 2RKXA 3B06A 2X1SA 2J9XA 3BW2A 3LERA 4JTGA 4RR4A 4IXXA 2X1UA 3BO9A 4FNUA 5K2ZA 3CTLA 3RF9A 4NNAA 1DORA 3TAOA 1EEPA 3W1RA 5AC7A 5H91A 3M44A 3RMJA 5HQEA 2CLIA 1UBSA 2Y6ZA 2BXVA 4NZJA 3FKRA 3WJWA 1XBZA 4PODA 2OMAA 4O1DA 1ZAHA 4GWEA 4DO5A 3STGA 2A6NA 3PR2A 2DZWA 3NQCA 5G5IA 3G1HA 4K38A 2VEPA 1B3OA 2F84A 5D04C 3G24A 1IIHA 4GUHA 2ZA1A 4O53A 4E2DA 4O57A 2WJZA 2YPIA 3UXDA 3H53A 4JN6A 4O0ZA 3NPVA 4XKYA 4QQ3A 5CPMA 3TQVA 3IIOA 4BR1A 3SFKA 2G97A 3IV3A 1Q6QA 4A2SA 1GTHA 1IIGA 1EA0A 4I9AA 3O06A 3HB9A 2OCZA 3HIJA 4IMCA 2CLMA 4N2YA 4ZZ9A 1I8JA 3NL6A 4ZL1A 1OVDA 3RFAA 2E5CA 1XUZA 3LDVA 2HTMA 3G1YA 3WK0A 4WX2A 4R34A 3M43A 5LKYA 2CLFA 4Q32A 2VELA 3M16A 3N9SA 3TMQA 2G5WA 3GK0A 4JX4A 1QPRA 3BK0A 4IMFA 2AAMA 2GPTA 2WQPA 1ZNNA 4R53A 3GKFA 2Z2UA 4YL2A 1QDSA 1SZFA 3LI0A 4NNCA 1KFCA 4YWIA 3W7IA 5HWNA 3W2UA 3C2FA 3NR0A 2JKPA 1F5ZA 1KFJA 3TSBA 1GVRA 3W7RA 5EMUA 5D37A 4NVTA 1G67A 1JRCA 4Y6GA 2WNQA 1QPNA 4JICA 4UTIA 3N14A 4ZQRA 4N9EA 1GYNA 1GYLA 1H7WA 1BKSA 1UCWA 4ZQNA 3TSMA 3E0IA 4YCPA 3CWOX 1EP2A 1KM3A 1F6KA 1LBMA 3LCXA 2FJKA 2QCDB 1WV2A 4JDYA 4Y9AA 1QOPA 3CT7A 3W22A 3B04A 3UYCA 3W1TA 1KBIA 4BWLC 4XTIA 1G7UA 1I2OA 4FNQA 3W7MA 3GXNA 1GT8A 4WOZA 1YTKA 3M9YA 3G22A 2NUXA 3SZ8A 1DJNA 5D05A 3W83A 3EX1A 3G0XA 5HNRA 1VCFA 4A2RA 1YYAA 4MYXA 4Y8FA 4AHQA 4IX2A 2NX3A 1QO2A 4N4QA 2VEIA 1SPQA 1VJIA 1Y0EA 4XWUA 4TIMA 3I7QA 4DQWA 2RDUA 4DO4A 4H4IA 2Y63A 1FQ0A 3D0CA 4EOUA 5J5RA 4JTEA 1D9EA 2VFEA 3HGSA 1K03A 3NQDA 2Y7GA 1JUEA 3EWZA 1Q6OA 5DCEA 3WK1A 3M5ZA 3CB8A 1G4SA 3GX9A 2EPHA 3PS7A 2YGYA 3NQFA 4UC5A 1OF6A 2QJGA 2O7SA 4NXKA 3W23A 2CLOA 3ELFA 3P5ZA 1W5OA 1VR6A 2CZ5A 2WPBA 1WQ5A 5DBTA 1TSIA 1DHPA 1LORA 1R2TA 1H7PA 3DHDA 2QCCA 3QC3A 3L68A 2YX0A 3KX6A 4UTKA 3S5YA 4UTWC 1LRTA 3N34A 4FX7A 3TROA 1MZHA 4HNUA 4UIOA 3W07A 1K3UA 3NXFA 5FEPA 2H3DA 2TMDA 4HNVA 1P4CA 3BARA 3QM3A 3UWQA 2A6LA 3FJ6A 5D2XA 1K8XA 4S2BA 3P82A 2DU2A 1JR1A 4NJKA 3NL3A 5K4ZA 2X16A 4WOQA 1B9BA 2EF9A 5D09A 3LCFA 2J24A 2XN1A 2DZTA 3BW3A 1L6YA 4MKNA 4ADTA 4UUIA 4WXYA 2Y70A 1TPWA 1O5XA 1KTBA 1XDLA 5C6MA 1I2RA 1YXYA 5EBUA 5DY3A 1O5KA 2Y62A 1H61A 2P1FA 4TMCA 4CQ9A 3M1ZA 3IIPA 1ME8A 4IJBA 4LV4A 5FI8A 3MJYA 3NZ1A 3IGSA 5HR6A 2JKAA 3DU0A 2TRSA 1ZY9A 5CZ0A 1TPUA 2V2CA 2X1TA 1W0MA 1IXOA 4O1CA 1GEQA 1V5XA 3ATZA 3DZ1A 3DI1A 1JVNA 1QOQA 5K3VA 3C2OA 5F4SA 3C2EA 1H60A 4L4LA 1LDCA 1EPXA 5DBUA 3L0GA 1PCWA 4C1LA 3PBYA 1V7YA 3M5YA 3BLIA 2NXIA 3EB2A 5I3GA 1VHCA 1AW1A 5LNSA 3A24A 3LRKA 1IXPA 4JTTA 3O6CA 1AL8A 2QF7A 1TPC1 4NU7A 4IPJA 4FIRA 5DXXA 4M6PA 3QEZA 1TTPA 1EUNA 1IF2A 1OK6A 3KVJA 3DFPA 1LBFA 2XFWA 5K7JA 1K8ZA 2ZA2A 3C0JA 3QYQA 1L6WA 5TIMA 2GVLA 1LZOA 3C61A 1G4PA 3G1VA 4LUJA 1B4EA 3WFAA 3KVMA 4IMGA 3W7GA 2Y7EA 3K30A 4GNJA 4Q33A 2F7FA 3KVLA 3W7EA 1VLIA 3EWXA 4IOTA 1K7XA 1B4KA 3ANYA 5CKSA 4N9DA 3PWAA 3R12A 1X6UA 3HPSA 4QSHA 1HO1A 4LS2A 4EF9A 4AWTA 2ZRYA 1XFBA 4MFEA 1ME9A 3N3MA 1M6JA 1Z48A 2WO5A 1WA3A 2ZQ0A 2FLIA 5AHEA 4NJGA 1VRDA 1FCQA 1O94A 2DZUA 3L0KA 5J5DA 1LP6A 3MI3A 1RD5A 4S2CA 1HFBA 2RDTA 4FX6M 5F2LA 5DN1A 4A29A 4HIBA 4HHPA 4XBKA 4K6AA 2ZTJA 5KTLA 2QUTA 2H8XA 3E49A 3W75A 1YDVA 1FDZA 4UTLA 3LHZA 2DZVA 3DAQA 4UMBA 4AVFA 3LCGA 1N7KA 3NAVA 4N9CA 4P2VA 1A5CA 1R47A 1TREA 4PA8A 3OVQA 1TV5A 3UWVA 3IIVA 3P61A 4ONVA 4K7VA 2P10A 5CSRA 3GDKA 4HN4A 4ZQCA 4HNTA 4JTIA 4EIVA 1IGSA 1WOAA 1GZGA 1J2WA 3W1LA 3EWUA 3R13A 1NEYA 4MOZA 3W71A 1F05A 1OFOA 1EWEA 2BSLA 2BTMA 3UWYA 4DPQA 1ICQA 3B0PA 3DHFA 1FDJA 3KVKA 5BMXA 1RQBA 4MY1A 2E6AA 2NXHA 4DBDA 1TQXA 3NNTA 1P1XA 5LNWA 1BTMA 3S5OA 2WV8A 1XBXA 2OT1A 4HPXA 1EIXA 1G6CA 5AHIA 2X1RA 3T40A 5D2WA 4FNTA 1PHQA 2CW6A 4PCFA 4ZMGA 4QISA 3B05A 4EWND 1ALDA 3BPWA 2R14A 2EGZA 3KHJA 2NX9A 3FYPA 4KFPA 4RCXA 5CZTA 4Z08A 1I4NA 5L9FA 1I45A 4Z1BA 4FNSA 1JCMP 4MPQA 2C19A 4E2BA 1VGAA 1EP1A 1SO5A 3E12A 2QEZA 4HKPA 5LHFA 3TC6A 4KWVA 3G1XA 5AYXA 3L21A 5IBXA 3LV5A 2V2HA 1W8SA 1S5WA 5CGQA 2V8ZA 2ABAA 3UPBA 2EAWA 4UTUA 1TPEA 3A22A 1B57A 3TQ0A 5G2IA 1KW1A 5I3JA 2A85A 5G2HA 2W0UA 2R94A 3A21A 3GNNA 1NFBA 4DF0A 3G0SA 1TPB1 2WSQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1H7O A;  2RH9 A;  3TR2 A;  4CQ8 A;  3TXV A;  4C1K A;  3C2R A;  3W7H A;  1KM4 A;  1TTQ A;  4GJ1 A;  4MUZ A;  1RPX A;  4CQA A;  2Y85 A;  3PF3 A;  3QZE A;  3HF3 A;  3LX9 A;  2ZRX A;  3GR7 A;  2VFI A;  2VC6 A;  3G1A A;  3OEX A;  3W9Z A;  2PRM A;  3Q37 A;  3NZR A;  1K7F A;  3RU6 A;  4AXK A;  4AHO A;  3W2J A;  1SO3 A;  3L5L A;  3S6D A;  2ZZ3 A;  1JCL A;  3P80 A;  5D03 A;  4YMZ A;  2YFO A;  4FF7 A;  2YDA A;  3TCE A;  1G7V A;  3C52 A;  3CM4 A;  3EX6 A;  4NUW A;  2YXG A;  3EXS A;  3LBC A;  1I2P A;  3PAJ A;  1OJX A;  1H1Z A;  1OYB A;  3AO0 A;  4LOC A;  4QNE A;  4LV9 A;  4TX9 A;  4AWU A;  5LNR A;  1TJR A;  2I9E A;  4WY0 A;  3MI6 A;  2YYU A;  4OV4 A;  4PL1 A;  3HGJ A;  2WNN A;  4UTH A;  3UWU A;  2QR6 A;  5AYZ A;  4G1K A;  3USB A;  1JCN A;  2V5L A;  2TYS A;  3M7W A;  3QSR A;  3FIG A;  4LTS A;  5C55 A;  3W6Y A;  1PCK A;  4O0K A;  4MFD A;  3MP5 A;  5AHN A;  2Z6J A;  3W7O A;  4QJ1 A;  5LGX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DJQ A;  3GDT A;  2FHC A;  1WZK A;  1NIU A;  1FWI C;  1J10 A;  2QJJ A;  2Z2A A;  1G0C A;  2PCQ A;  2ZUV A;  1JZ5 A;  4F40 A;  3DFN A;  1S5N A;  3W74 A;  3O9N A;  4X0N A;  1J01 A;  5EA9 A;  3O7U A;  3DEN A;  4NIL A;  2CLP A;  4JN8 A;  2IMR A;  2QF8 A;  2BGQ A;  2D2J A;  4PYS A;  1KGW A;  4Y7E A;  1O5Q A;  5GNZ A;  3B8V A;  3AIQ A;  2VKZ G;  1XBV A;  4JPG A;  4HU0 A;  3ART A;  3W1P A;  4JTJ A;  3U9I A;  4MVA A;  3W37 A;  2BDQ A;  2HBX A;  4LUS B;  3LXC A;  4O16 A;  3SJN A;  3WNN A;  1XYF A;  4UTT C;  4B5U A;  5HMD A;  5FEX A;  3KRU A;  1J96 A;  2V38 A;  1UPM B;  4JKK A;  1QNO A;  3GKA A;  5CQ1 A;  4XKY B;  3O1N A;  3A4J A;  4R9O A;  1D8W A;  3BLK A;  1E0T A;  2VYO A;  2ISV A;  4CN1 A;  4B9Y A;  4HCL A;  2DSW A;  4BS0 A;  3H7U A;  4LYP A;  3FSU A;  4ROP A;  3W7Q A;  2PDL A;  3K4W A;  1JG9 A;  4JCL A;  4O15 A;  3MO7 A;  1B31 A;  2J4G A;  4JGD A;  4S3G A;  5DRC A;  4FSA A;  2QUU A;  1TR1 A;  1W3J A;  1YBQ A;  1OFE A;  2EXO A;  4QEE A;  1GOK A;  5AKQ A;  1FHU A;  4FI4 A;  3CPU A;  2HE8 A;  3I4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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