2QCHA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain of human ump synthase bound to 5-iodo-ump
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qchA00
4Y9AA 5AC6A 3HG5A 2C14A 2WSQA 4DO5A 1S5VA 2NXHA 4NJKA 1VR6A 2DU2A 4R7JA 4AF0B 4OWGA 4D2JA 3E12A 2FPYA 4FNUA 1SPQA 5E93A 4EWND 3P5ZA 4PODA 1D3GA 3LRMA 3PBWA 4UFKA 4GXMA 3HF3A 1XI3A 1M6JA 3QPYA 2OX1A 3KVJA 1CX9A 4S2CA 3TC6A 1Q45A 1UUOA 1WV2A 5K4XA 1D9EA 1TSIA 3TW7A 3L2IA 5AC7A 1QPQA 4N02A 1LOQA 1KM2A 2VKZG 3G8RA 3S42A 4OHQA 1C29A 3N2XA 3MMTA 1JRCA 3IIXA 3MBDA 2GUUA 3HO8A 5KSWA 4BK9A 3IIVA 1M5WA 1VS1A 1BKSA 1OYCA 1GYNA 3W1UA 1YTDA 3PM6A 3D0CA 3N2MA 5EPDA 3A5FA 4AF0A 5DXXA 3PB0A 2Z0IA 2ZZ5A 2CLMA 1I8JA 1EWDA 3F4WA 1B4EA 3MJYA 1Q6OA 4YMZA 5LNSA 2WSRA 4UTKA 5EA9A 5IM51 3S5ZA 4LOCA 3IGXA 2VENA 2NX9A 1LLZA 3EWYA 1SUXA 4JD4A 1U5JA 3IIZA 4GUHA 4XWUA 1AW2A 3Q58A 2J9ZA 1H1YA 1QCWA 3LDVA 2E6AA 4L4LA 5F4XA 4DO6A 1JR1A 4OV9A 3EX4A 2QUVA 3A5VA 4XKYB 1SQ7A 1O4UA 4FNTA 2Z6JA 2V2CA 1ZNNA 3GXPA 2CZ5A 3TJLA 3C0JA 3CB8A 3V1PA 3MHFA 1FXPA 1L6YA 3CIXA 1Q6RA 3LCGA 3HJZA 4ZVJA 3LXAA 6ALDA 3LGEA 5EMUA 5J5DA 4M5PA 1GPWA 1Z48A 3TE9A 3GNNA 5F4SA 1KM0A 4LWWA 3BLIA 4Z1DA 3DFTA 2ISWA 3KVKA 3ZFHA 1DVJA 3W7KA 1LRTA 4GUFA 1JQXA 2EKCA 2VOMA 4FXRA 1R47A 2NZLA 2FB3A 4O18A 1XKYA 2JKAA 5CGQA 1GEQA 1P0NA 2X16A 3UNDA 4M7SA 2C15A 3FYOA 4JTFA 4WOZA 1I2PA 1KV8A 4Y6GA 5AYXA 3T7VA 3DU0A 3M9YA 4JDBA 5DLCA 2WV8A 1K02A 1QFEA 3LBMA 1KV5A 3OVRA 1N7KA 4JTIA 4NZFA 1PCWA 3NEVA 5I3JA 3TMLA 2BSLA 4RZ6A 1QOQA 5D05A 4XKYA 5AHEA 5LNVA 1VLIA 4E2BA 2EF9A 1XFBA 2DZXA 4NXKA 2CLIA 5FEPA 3QYQA 3UPWA 2PRLA 1PIIA 5K4ZA 4O52A 4JN6A 1GT8A 3S0CA 2H3DA 1F5ZA 2KZHA 3DH7A 3LM7A 4H6KA 1HFBA 3FJ6A 3UWZA 3L5LA 3L0NA 3PY2A 4NXSA 3LCIA 4YL2A 1JQVA 3ABRA 4LVBA 3PBUA 2RH9A 4GJ1A 2VFGA 3A9IA 4GFSA 1WOAA 3MI6A 3G3MA 1WOBA 1H7RA 3NM3A 4DPQA 3O6YX 2BLEA 4WXYA 1PHWA 4LW7A 3MHUA 4BR1A 1H7NA 4UTJA 1A5SA 5KMYA 1W5QA 4O13A 3EKLA 3DZ1A 3PBVA 1VYSX 2ZDRA 5DN1A 3P81A 5TBOA 5F2GA 3KOFA 3HPXA 3IIOA 1H7XA 1M7PA 4AHPA 1EPXA 1GYLA 1LZOA 3GKAA 1VJIA 4POCA 3LHYA 2EGZA 5FI8A 4CQAA 1F05A 3QF0A 5D38A 4DBEA 1U83A 1OHLA 1TJRA 1S3HA 2QKFA 1FCQA 3GXNA 2Z1BA 1YTEA 4FXSA 3LHUA 1A5BA 1SO6A 1H62A 3SSJA 4BI6A 1FUYA 3MP5A 3OIXA 4ZQMA 4N6FA 4K38A 3C2EA 4O50A 1IF2A 3KRSA 2IQTA 3O16A 4RR4A 3TJXA 1OX5A 1FQ0A 1FWWA 5T26A 1OFOA 2UV8G 4WQ6A 5I3IA 2TMDA 3W7GA 3R8RA 1LDCA 4CNOA 1YADA 3WK2A 3BG5A 1AG1O 4RX0A 1IXPA 1SZGA 4K37A 4PL2A 1YDOA 3L5MA 3W23A 2ZTJA 3VFLA 1ICQA 4CCCA 1DV7A 3AJXA 3W85A 1G69A 2ZA2A 4JYDA 5HMSA 4HNTA 3BVJA 4P61A 4O0ZA 5BOOA 3C3NA 3BPWA 1SR9A 4NT0A 2YFNA 3EXTA 1Z41A 3S8HA 4O16A 2VEPA 3HB9A 3HBLA 4FNPA 4HPJA 1VYRA 3HQ1A 2FIQA 4CLMA 1RQHA 4O4WA 4K8EA 5LGZA 3N9RA 3W7CA 1LP6A 2WPBA 3P82A 1OF8A 1FWTA 3LB0A 5D33A 2NV1A 2V30A 3BW3A 4O54A 2XN1A 1DHPA 1XXXA 2XN2A 1OYBA 5L6UA 3LOTA 3TU9A 2PRHA 3B0UX 4JTHA 2ZRUA 5D03A 4RK8A 3W7JA 5LHEA 5CPNA 2Q8ZA 4NX5A 4O53A 3A21A 1F74A 1VQTA 3GIYA 5I3KA 1TREA 1TTIA 3DI1A 4UTWA 4OQVA 4M6VA 1XUUA 4FHAA 1OFQA 2R8WA 1G7VA 2H8ZA 3MI3A 3W1AA 3RU6A 1VCGA 5FEXA 3QSRA 2J24A 2NXIA 1IGSA 4MLJA 4B5NA 3QQ1A 1PVNA 1OX6A 4ADSA 1G67A 1GTEA 4I7VA 3UXDA 3GKFA 3W2MA 2J88A 1CW2A 4Z08A 2RDUA 1EP2A 2HS6A 2ZRVA 4HT3A 4QSHA 1VLWA 4AXKA 4WJEA 2QDGA 4HSNA 1W3TA 3PAJA 3O05A 2JGYA 2NV2A 1P0KA 2YCEA 2ZFAA 3G1YA 2VELA 4LV4A 2VFEA 1X8FA 2C19A 4IXHA 4OT7A 4A2RA 1TV8A 5HJLA 1WBHA 4JY9A 1GZGA 1QMLA 4MJZA 3FS2A 4JYEA 4WZHA 3B4UA 1A50A 2NWSA 1UBSA 3O8AA 1X1ZA 3GB6A 3HPSA 3H54A 5E0KA 5EKYA 2J9YA 3P8JA 1TPFA 3KRZA 4K7VA 2ZA1A 4LUIA 1K8ZA 3M43A 4ZQRA 1ONRA 3GVGA 3QFEA 3W2UA 3M6YA 3WFAA 2J27A 2X1SA 3P60A 4IMFA 4DELA 1PL9A 5F2LA 3I7SA 4WD0A 3JS3A 2B7OA 4AWTA 1H1ZA 1YLVA 3BLFA 3M0ZA 2WOQA 3NZ1A 4GNJA 2WNZA 1RQBA 3L67A 1TJPA 3HG2A 1WAUA 2OT1A 1VCVA 1ZJIA 5KZEA 3G1SA 5FF7A 1EUNA 3TFXA 3DXIA 3NYZA 2ATMA 3TA6A 5AC8A 4U4MA 2LLEA 4N4QA 3TSMA 1AL8A 4LC6A 3T44A 2QCEA 3TCEA 4A21A 3NL3A 2V2DA 3W7DA 1KM6A 3OA3A 3S1XA 1KTBA 3DGRA 4NJIA 4JX5A 2ZZ6A 3PULA 3P80A 3FA5A 4IGHA 4I7WA 2Y89A 3EXRA 3EB2A 3FLUA 3WJYA 3IEBA 3K30A 1MO0A 1VRDA 5CPLA 2A21A 1QWGA 1ZCOA 3P84A 2E68A 4KKXA 3T4CA 2OT0A 2NLIA 3TAKA 4OGZA 1JUBA 2ZRXA 3TXVA 3P5YA 1LBFA 2X1UA 1KFEA 3HMJG 3W07A 3G0SA 2QCLA 3C61A 4GUGA 5D2WA 2YGYA 3IIPA 2ZZ2A 4N9EA 5FF4A 5K2ZA 4GC4A 2ZBTA 5FEWA 4O28A 4JNMA 5KINA 3FFSA 3PSVA 3OBKA 3W7NA 2AQWA 1W37A 4CQ8A 1O94A 3I7RA 3PR2A 3TC7A 3TSBA 1XUZA 3THQA 4LT9A 3ZWSA 6TIMA 4BWLC 1T96A 3ZS4A 4YXGA 2A6NA 3VE9A 2ISSA 3DFNA 5FEZA 2ATSA 4WY0B 4QISA 4OU1A 1TQXA 1THFD 3PG9A 2FJKA 3UXAA 4S2BA 1L6SA 1OJXA 2ZZ3A 1GVQA 1SW0A 1SFLA 4KFPA 4O17A 3HGJA 3DFSA 4M6PA 1YDNA 4DPPA 5BW6A 4X9SA 4O11A 1WX0A 3L66A 4MJMA 2C6QA 5D2YA 3UZ5A 3TNOA 5DCDA 2EPHA 1J2WA 2CLFA 3LRLA 4MFDA 3KXQA 3TUUA 1SW3A 5DBTA 1Q3NA 2QCHA 1ZY9A 1K7XA 1X6UA 3F03K 2DP3A 1NF0A 1EUAA 4LTSA 3OVPA 1MXSA 1PS9A 5G4WA 1MEHA 3C2OA 3G0XA 3M16A 3TH6A 1XL9A 3NL5A 2HS8A 1TV7A 4N9CA 1OFEA 4TU1A 1JUEA 3N9SA 4L4MA 4WY0A 1O60A 3OG3A 3SECA 3RNDA 3I6RA 5F2IA 2JGQA 4N6EA 3EKZA 2B7QA 4QITA 5HUPA 1HO4A 4Q4KA 1W0MA 3BLEA 1WYIA 4I7UA 2Z6IA 3PB2A 1I45A 3LTSA 2CFFA 3S1WA 4FF7A 4O12A 2FDSA 1ZFJA 1H50A 3GZ3A 3CLMA 2WO5A 3MBFA 3T40A 2F84A 3SR7A 2QDHA 3M5YA 1TTQA 5HULA 4Z0SA 3TV8A 3G1VA 3JR2A 4PCFA 3W76A 3W7EA 3YPIA 3BG9A 4XZ9A 1G4SA 1TCDA 5BMXA 1EX5A 4TMBA 2ZRZA 3NQ2A 1SSDA 3NM1A 2W0UA 4AAJA 5H2ZA 4MY1A 1W3NA 4UTTA 5AFDA 2GVLA 1MSSA 1GVSA 2E6YA 1B3OA 3CU2A 3M1ZA 4HNUA 4Q32A 2TRSA 1EWEA 3QZEA 1GOXA 3TKFA 2V81A 3M5VA 1LM1A 4I9AA 4QNEA 1ZAJA 2ZZ1A 3CQ0A 4Y90A 1I2NA 5C6MA 1LCOA 3FEMA 3UQNA 1F6PA 3BGJA 3W70A 3RLUA 4Z1BA 3L5AA 2V8ZA 2WKJA 3W86A 5HWMA 3BW2A 2ISVA 3TR2A 3IVSA 3LTPA 1SO4A 5LSMA 5H91A 2QAPA 3I7QA 4ADTA 3IRDA 4MYXA 1YXDA 1GG1A 3FKKA 4LRSA 2QJHA 3HGSA 4XTDA 4RXGA 4JICA 3B04A 4O57A 1LOSA 3S1UA 2NUYA 3MUXA 3C6CA 3O6DA 1KTNA 2B7PA 4XUGA 4DF2A 3NQVA 3W7IA 3S5NA 3MW7A 4RKAA 3O07A 4EOUA 5A5WA 3TIMA 3LRKA 3DAQA 4LS0A 1IXOA 3CEUA 2A7PA 1LORA 3L68A 5AOUA 2E77A 3QW3A 3EWBX 1DOSA 3MP4A 1VZWA 3W88A 1WBJA 1DL3A 5EY5A 4Z0JA 3BO9A 1KFJA 1FCVA 3HOJA 2QCGA 2XN0A 1I2RA 4K36A 1OX4A 4NNAA 1PV8A 2GPTA 1TPDA 4WY0F 5IBXA 4OBTA 3LCWA 4AVFA 4FO4A 2X1RA 3M5ZA 1SZEA 3NL6A 3C52A 3P61A 1A5AA 1H7OA 2DZPA 1SSGA 4MZYA 3QPZA 4O1BA 1W31A 3B03A 3UPBA 3STEA 1IXNA 2DZVA 1IIHA 4HPXA 1VGAA 3HG3A 3U6WA 3WK0A 5DBUA 3LHTA 1GG0A 4N2YA 4UIOA 5CKSA 3THAA 2NUWA 3KVMA 4OE7A 1UUMA 1I2OA 2NWRA 1F76A 4UTUA 3LHVA 3L9CA 4P2VA 2C18A 2CWNA 5DY2A 5CZTA 2WQPA 4NZJA 1FWRA 3AO0A 2YDAA 1NFBA 2WNNA 1XC4A 4ZZ9A 3S1VA 2B4GA 1H63A 4NJGA 2VEMA 5LHFA 3GLCA 4IPJA 1TRIA 3EWUA 3LCHA 4E2DA 5D32A 3NOEA 1W54A 3VNDA 4GRSA 5MHBA 3W6YA 1FWNA 3RK8A 3ANYA 3CEPA 3DHDA 5F1UA 4EF9A 4ML9A 2QR6A 2CZEA 3GR7A 3G18A 1MZHA 2RDTA 7TIMA 2GJLA 1G4PA 4FB7A 1EIXA 3C2VA 1FBAA 3BK0A 5GVJA 1AW5A 2PRMA 4MOZA 5U7SA 3KAOA 1LRNA 1F7BA 1TPEA 2A7NA 2FPTA 4GE8A 2Y63A 3M5XA 3W1LA 1KTCA 1RQEA 2P1FA 3L0GA 3W2LA 3W83A 3PUEA 3LHZA 4G1KA 3EXSA 3W3OA 3W7RA 4CNPA 4FX7A 3E96A 2E5CA 2BWGA 2Y7DA 2VFHA 4HN4A 3DFOA 4XQ6A 1Q6LA 2A5HA 2JBMA 2TYSA 2V5BA 2YX0A 4IQLA 1XDMA 2Z2UA 3QC3A 2EAWA 2X1TA 4HNNA 4E38A 2XFWA 4NJHA 1SZNA 2Y7GA 2ZZ7A 3IGSA 3W74A 1NF7A 4WUIA 2OMAA 4ZQPA 3U8GA 1T0OA 5C2XA 4MYAA 3T78A 5AHFA 2H6RA 1O5KA 1TO3A 3PC0A 3QRHA 4Z1CA 5CSSA 4M19A 4MY8A 4UFHA 1J5TA 2E1DA 1LLWA 3LXBA 1EB3A 3MO7A 5DY3A 2FPVA 2Y70A 1AMKA 3W7PA 4LU0A 4PH6A 1SO3A 2I9EA 3WK3A 1RZMA 1KFLA 2DZSA 4MZ8A 5HWNA 3IVUA 4CCEA 1QO2A 2HTMA 5F2MA 3QH2A 5U4NA 4A29A 4BFAA 5FF0A 2YYUA 5AN7A 1DORA 4RCXA 1I4NA 1F73A 2CLHA 1W3IA 2A0NA 2YW4A 3O06A 4MUZA 2A4AA 1CI1A 1TTPA 2G96A 3G3DA 5C55A 4UTMA 4BI5A 1YPFA 3DBPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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