2QJI | Genus

Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	271
structure length	271
Chain Sequence	ELFKDIKNLGKLVRLERIFNRESEKTVIVPMDHGVSNGPIKGLIDIRKTVNDVAEGGANAVLLHKGIVRHGHRGYGKDVGLIIHLSGGTAISPNPLKKVIVTTVEEAIRMGADAVSIHVNVGSDEDWEAYRDLGMIAETCEYWGMPLIAMMYPRGKHIQNERDPELVAHAARLGAELGADIVKTSYTGDIDSFRDVVKGCPAPVVVAGGPKTNTDEEFLQMIKDAMEAGAAGVAVGRNIFQHDDVVGITRAVCKIVHENADVEEALKEIRK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6753514761890576__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6753514761890576__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QJI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6753514761890576__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6753514761890576","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QJI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6753514761890576__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd7ece8c360daa5533ba0d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd7ece8c360daa5533ba0d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd7ece8c360daa5533ba0d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd7ece8c360daa5533ba0d/pdb.gz): 789 ms

reading 271 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

271 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:270});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanocaldococcus jannaschii
publication title	Structure of 2-amino-3,7-dideoxy-D-threo-hept-6-ulosonic acid synthase, a catalyst in the archaeal pathway for the biosynthesis of aromatic amino acids. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Putative aldolase MJ0400
total genus	91
structure length	271
sequence length	271
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 2.2.1.10: 2-amino-3,7-dideoxy-D-threo-hept-6-ulosonate synthase.
pdb deposition date	2007-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2qjiA00

4G1KA 5DXXA 1R30A 4DO5A 1TO3A 1I2PA 5AHNA 3QZEA 2GOUA 4GNJA 3NG3A 2R94A 1JRBA 1Z42A 1C9DA 3IIZA 2ZZ6A 1BTMA 2A6NA 3NQCA 2B7QA 2ABAA 4MYAA 3L5MA 4M7SA 4RX0A 3BVJA 1B4KA 4A3UA 3MP4A 4UIOA 4JTIA 1TJRA 3GZ3A 4FNRA 3RU6A 3PBYA 1S3HA 4O28A 4R7JA 5DCDA 1VLIA 2C19A 4O8RA 5IBXC 5AHIA 3MP3A 3W22A 4WJEA 4JTHA 4M5PA 4XWUA 1R2TA 3W1UA 3GNNA 5HR6A 2CW6A 5D2YA 1X6UA 3PUOA 2DZXA 3GYEA 3WFAA 3M1ZA 3C2FA 2NX1A 2C13A 3L0GA 2B4GA 1LTDA 3PWAA 4IMFA 5K4XA 4O54A 1MSSA 3EXTA 4LC8A 3TAOA 5D30A 3FJ6A 1GVOA 1F73A 4UTHA 1LOQA 5FEZA 4ZQMA 1AMKA 2H8ZA 2TMDA 1EWDA 5BOOA 4RXFA 1SZFA 3G1SA 4Z1CA 3S5YA 1P5BA 4M7TA 3DH7A 2NXGA 2JKAA 3UPWA 4UMBA 1XXXA 3NVTA 1F5ZA 3B06A 4UTWA 1KW1A 4PL1A 5G2WA 3Q2DA 3ABSA 4QITA 2GUUA 1QOQA 3C56A 2CLLA 3A21A 4N4QA 4RJEA 5LHEA 3SR7A 4AWTA 4FNSA 1X7FA 5HINA 3A5VA 3NQ2A 1IXNA 3NQ7A 4M19A 5DLCA 6TIMA 3TQKA 4GBUA 1NSJA 4AH7A 3MHUA 5C5YA 1GPWA 4RZ4A 1GVFA 3TV8A 4LY8A 4Q4KA 1SUXA 4K7YA 4UTIA 5H2ZA 2WSRA 5HWNA 4JD4A 3TJXA 4LTSA 4UFKA 3GAKA 3KXQA 3P7YA 2W6RA 1F2JA 2O7SA 4MFDA 3TE9A 5HNRA 1ZAHA 1B4EA 2VEKA 2NLIA 4FNPA 3P8JA 3QW4B 2JKEA 1KTNA 2ISWA 2VFFA 4RCXA 5CPNA 1FCVA 4PC8A 3G1YA 3W2NA 4P2VA 2A85A 3OHIA 4MZ1A 4TMBA 2W0UA 1W0MA 1P1XA 3TH6A 1H50A 3W7KA 3TDFA 3S6DA 1OK4A 2X1SA 2EKCA 4HNUA 4PEKA 5LNWA 1JCMP 4DBDA 2I1OA 3C61A 3KVLA 2GQ8A 1TIMA 5KZMA 3O6DA 5LNUA 4EOUA 2YFOA 1C8VA 4ADUA 4NXKA 5HR7A 5FF0A 1L6YA 1X1ZA 1QMLA 1O5XA 3W85A 3LB0A 3IGXA 4AF0A 3TU9A 3KVMA 2TPSA 3NPVA 3EWUA 1JUBA 1DKWA 2QCDB 1MEIA 3B0UX 3MHFA 5H91A 4JEQA 4ORIA 1JJKA 4RV8A 2FPVA 3U2OA 4A2RA 3LXBA 4Z0SA 2DJLA 4O4WA 4Q33A 3A5FA 4MZ8A 1HG3A 3W7NA 3M5YA 1SO6A 4GUJA 5AHEA 1WV2A 3USBA 3DI0A 3S42A 1OABA 5F2IA 1OYCA 4ML9A 3DHDA 4OGZA 3ELFA 4YMZA 2QCDA 2NZLA 3KFTA 4E2DA 1OF8A 3IIVA 1H51A 3UPBA 1I8JA 3B05A 1HL2A 5BW6A 2NWSA 2VFGA 4ORMA 4HT3A 3LRKA 2EHHA 1KLYA 4UMCA 1L6WA 3W76A 4NXSA 2AGKA 2Q8ZA 4HIBA 3G0SA 5DXYA 4S1FA 4POCA 2PE4A 4EF8A 1EB3A 2YCEA 3QF0A 1P0KA 3ABRA 5C6MA 4RXGA 1Y0EA 3NQMA 4L4LA 2E5BA 3OIXA 3MI3A 4E38A 1T99A 2WV8A 2AQWA 1MZHA 1LBFA 1LP6A 1VPXA 4XBKA 1RQHA 2GVJA 3O6CA 4CQAA 4IJBA 1KFCA 4TU1A 1AL7A 4NVTA 1SW7A 3L5LA 4QNEA 3W3OA 5CPMA 1OFBA 4O18A 3BG3A 4XKYB 4UUIA 5CG7A 3WJYA 3CHVA 1JVNA 2EAWA 3BV4A 2XN2A 1H7NA 5F4WA 5K9XA 3TJLA 4MLRA 1QCWA 5F1UA 4AWSA 5D2WA 1DORA 3CWNA 3W70A 2Y85A 1H7XA 2VC6A 4PFMA 4IUOA 5G2IA 2VEPA 3HG5A 3BW2A 4H6KA 4B5NA 4UFMA 1W8SA 1D9EA 3QSRA 1L2UA 3H55A 3GVGA 3W1AA 2ZCGA 4FX8A 4I7UA 2Q3RA 4IMGA 3BGJA 2B7NA 3LERA 2ZRXA 3PSVA 3W7DA 2VXNA 5J5DA 1GVSA 3ABOA 2RDTA 3S5OA 2OJPA 1LZOA 1G4TA 4LVFA 3HPSA 1BWKA 1KLZA 3G0UA 3V75A 1TREA 1TPWA 2YPIA 3FEMA 1SZEA 4CNNA 5E93A 3L0KA 4HPXA 3L5AA 3TCEA 4UTLA 4QJ1A 1Q3NA 3GX9A 3LCIA 1XBXA 3PBUA 3HF3A 5FF2A 3IVSA 4OE7A 3EB2A 3TQVA 3UWWA 5LHFA 3MBDA 3PBWA 3UWQA 2QJHA 3GB6A 3Q58A 5CZTA 3UXDA 1HTIA 2LLEA 3C0JA 1FWSA 3W7EA 5EBUA 3EKLA 1YDVA 1FDYA 2FLIA 2Y7EA 4FNUA 1H61A 1YXYA 4NU7A 2FQIA 1TPH1 5C54A 3N9SA 2ZZ3A 5D09A 3G1AA 3TFCA 2OCZA 5DBUA 5G2HA 3E12A 1WX0A 3TW6A 1PL9A 3P62A 1VHNA 3GDTA 4RR4A 1W56A 1W5OA 4MZYA 3TMQA 1LM1A 3L21A 1OG0A 1TPFA 2VFEA 3MWAA 1YDOA 1ZAJA 2GJLA 4DF1A 2X1TA 1DJNA 4H4IA 1B9BA 3TC6A 2H8XA 4BK9A 2VOMA 3HGSA 1YPIA 4FX7A 3NAVA 2V8ZA 2X16A 4Y6GA 1H1YA 4GUHA 4XTDA 1KV8A 3D0CA 3CPRA 3LTPA 3PUEA 1OFRA 1TYGA 2YYTA 4JY9A 4BI6A 1QOPA 1LDCA 5K4ZA 3S8HA 2GQAA 3DKJA 1GJPA 1H63A 5K7JA 1LOSA 3FJLA 1I2OA 1LRQA 4MUZA 1YTEA 1I2QA 1TTIA 1VZWA 2QCHA 3CWOX 5HULA 2QCEA 2GPTA 3O8AA 2FIQA 4Q32A 5TBOA 1OYAA 1ICSA 2OMAA 3GDRA 2ZRYA 2YYUA 5I3JA 4LOCA 3C4UA 1A5SA 2HSAA 2J9XA 4LU0A 2ZYFA 4MY9A 3TSBA 3E9AA 3W07A 4R34A 1LRTA 2UV8G 2NWRA 3M5VA 1OF6A 2G96A 4WZHA 3DFOA 3N9RA 1WDWA 3I7SA 1QPQA 2TRSA 3NL5A 5KSWA 1VCVA 3NQVA 3LCGA 3LCLA 3FKRA 3DU0A 1F05A 5IBXA 2OT1A 5DN1A 4M6QA 2V0TA 5CGQA 3TXZA 3TX9A 4EWND 4W9TA 1TTPA 4GRSA 3UXAA 5I3KA 3T40A 4YLWA 3U6WA 1HFBA 2E77A 2YX0A 1G7VA 2CLIA 3NQDA 1I4NA 2VEIA 1VYPX 3P60A 1SO3A 2EF9A 2H6RA 4GJ1A 4ADTA 1GYLA 1SW0A 3CEUA 4MYXA 4LUIA 4UTUA 2Y63A 1SZGA 3QMTA 4AHPA 3LBCA 3W84A 1JCNA 4H3DA 1WBJA 5F2GA 5U4NA 3LCFA 3AJXA 3CIWA 1NF0A 4DBEA 3G8EA 5G4WA 4JR5A 3TC7A 1KTBA 4MPQA 1ZFJA 1K3UA 3CM4A 3UZJA 1TJPA 4Y96A 1AK5A 2E5CA 1H7WA 3MJYA 1WXJA 1D3GA 2Y7FA 4BI5A 5G1YA 1TTQA 4ZQPA 1CX9A 5E0KA 2V2HA 1G6CA 1YLVA 4RK8A 3T4CA 3DENA 2A4AA 3OA3A 1RQEA 1GTHA 1TPDA 3DAQA 1KA9F 4DPQA 3O07A 3BO9A 3N73A 6ALDA 1KFLA 4CNOA 2Y6ZA 1SSDA 2RH9A 5BRBA 4KKXA 3VE9A 3GDKA 3SIZA 5LNVA 5HJLA 2E1DA 4A22A 3L67A 3G24A 3NGJA 3M6YA 2J9ZA 4LVAA 4CCCA 2ZZ5A 2Y7GA 1OX5A 2QJIA 4UFLA 2YFNA 2A2IA 1K7FA 1V5XA 1EWEA 2FPYA 1BKSA 3ABQA 4LRTA 5AC7A 2E6DA 1UCWA 4UNLA 1JCLA 3TIMA 4PL2A 2Q3OA 3QEZA 4FX6M 1W5PA 1FWNA 1D3HA 3C2OA 1XBZA 4O0ZA 2CLMA 3ZR4A 1TCDA 2OX1A 3TAKA 4MKNA 5A8GA 2JGQA 1M7OA 3RF9A 3E02A 5CKSA 5CSSA 1T8XA 3NM1A 2G97A 1XBYA 3ATZA 3HIJA 3QW3A 4S2CA 4JYFA 1Z41A 2TYSA 1VS1A 4IQLA 1R47A 4O1DA 3KVJA 2VENA 3QC3A 1G69A 3EKZA 1NF7A 5I3IA 1KBJA 2ZDRA 4LV9A 4JNMA 2ZTKA 4O14A 2VFHA 2NV1A 3SGUA 3LHYA 3C3NA 3LDVA 1KM6A 2P0OA 2PRMA 4UNKA 1J2WA 5AFDA 2DP3A 4LUJA 4MVAA 4LS2A 3TR2A 3UQNA 5LKYA 1TRDA 3S5NA 3NL2A 4WY0B 2RFGA 1Z44A 1QO2A 3W23A 3M41A 3LM7A 1TQJA 2ZA2A 1UASA 3JR2A 3KRZA 3QJAA 2ZZ1A 1G67A 1UUMA 1K03A 3IIPA 3MHGA 4E0CA 4XBSA 5FI8A 3G1DA 3OVRA 2RDUA 4FNTA 4N9EA 2W79A 3QPYA 2A21A 2DORA 3BG5A 3GXPA 4N9CA 3MMTA 2Y88A 4WY0A 3UY7A 2A7PA 1YTDA 1VRDA 3NQEA 3BLIA 1NAL1 3W7PA 4JTLA 1TB3A 2A0NA 1MEWA 3SSJA 5FF3A 1W5NA 3DXIA 5D04C 1Q6OA 4UTTC 5FESA 2PRHA 1DOSA 3RNDA 3N2XA 4JTJA 3DFSA 2Z6JA 3TSMA 4LS0A 2DZTA 2J6XA 3B0PA 3DFNA 4WD0A 4DF2A 1THFD 3LHWA 3MI6A 3SJ3A 4LC6A 3KX6A 3NR0A 3OG3A 3SY5A 1RVGA 4IX0A 3THAA 4AF0B 5KTLA 1KM5A 2GVGA 4LV4A 4BR1A 1KFJA 3BLEA 2F84A 3FS2A 2XN0A 1ZJIA 3MYOA 3LCHA 3IGUA 1VGAA 5EKYA 3W7CA 1GWJA 1M5WA 3O06A 1GTEA 3DHFA 5CZJA 1RPXA 4J9JA 3DFTA 2ZRUA 4OBTA 4O19A 4LS1A 3DKLA 2ATMA 3L65A 4BWLA 2Y62A 3HGJA 3GAYA 3S0CA 4XUGA 3G1FA 3KVKA 4OQVA 3LCWA 1FQ0A 4ZL1A 2YZRA 4WY0F 3O63A 3CIXA 2ISVA 5F2MA 1IXQA 3DZ1A 5DCEA 4WXYA 3PG8A 5C2XA 4CLMA 1KM4A 3EX4A 3LCXA 4N9BA 1MO0A 2NUXA 4UR7A 3N2MA 2QAFA 4OU1A 4JX4A 4ZVJA 1VC4A 3L2IA 4ZQOA 5CSRA 2QCCA 1PCKA 1LCOA 3W7LA 1SSGA 1VJIA 4FXSA 3OVQA 4O1CA 4OV9A 5EY5A 1EX5A 2CFFA 1FCQA 4AMAA 4A29A 5D32A 1JULA 3LBMA 3NQFA 3R12A 3R8RA 3QPZA 1L6SA 1LBMA 1QFEA 4HKPA 4JYEA 5AC8A 1IIGA 3A24A 2FB3A 4IPJA 1JCYA 3UD6A 4QAIA 4NX5A 1GYNA 1TPC1 1XDMA 3N3MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4M1R A;  4H8N A;  1XLH A;  3PR2 A;  4GI9 A;  4WCJ A;  4O50 A;  2QUT A;  4NNB A;  5G5I A;  1U1J A;  3UA3 A;  1OCN A;  3V0U A;  3EWW A;  3HG3 A;  2NVC A;  2IUZ A;  1Q6G A;  4GJI A;  4PUD A;  4JL2 A;  3W6Y A;  4RE3 A;  1W3T A;  2XIN A;  1H7P A;  3TSD A;  1CTN A;  1TE6 A;  3KE0 A;  2VO5 A;  4I9M A;  3K30 A;  4DXX A;  2E3Z A;  4MWA D;  1JIB A;  4AEF A;  3PK7 A;  1V7Y A;  1FWH C;  3NQ8 A;  4U33 A;  3C2Y A;  2W4X A;  1MXS A;  4HOZ A;  1ZBC A;  2P50 A;  4D71 A;  5LNR A;  5A6T C;  1J11 A;  1R2S A;  3WJW A;  2QUV A;  2QDE A;  5EPD A;  2AQV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2QJIA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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