2QKFA

Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
277
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Re-Establishing a Metal-Binding Scaffold with Full Activity in the Metal-Independent Kdo8P Synthase from Neisseria Meningitidis
rcsb
molecule keywords 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 81
structure length 251
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qkfA00
2XFWA 4HPXA 2Z2UA 3EWBX 4BWLC 5BMXA 4Y90A 3W7GA 2VEKA 3SR7A 1A5CA 1KFCA 5DCBA 3M43A 2J9XA 3Q37A 4UNKA 3P5YA 1F6KA 1OX4B 2E5CA 3A24A 1G69A 3W3OA 3NL2A 1QPNA 1OX4A 3SIZA 4POCA 3GDLA 2QJGA 5G2HA 1QCWA 4GUIA 3SGUA 5IBXC 4OT7A 1H7OA 1KM0A 1KM5A 4GXMA 4ZQPA 2C1HA 2ZZ5A 4MJMA 3CT7A 4YXGA 3LERA 4MLRA 3NA8A 3IIZA 4N9EA 1R46A 4RX0A 3I7QA 4RKAA 2E09A 2E77A 1SUXA 1O60A 3UWZA 3NNTA 3W22A 1FWRA 1EA0A 4LC6A 2E6AA 1JCMP 3KAOA 4UTTA 4UFIA 1ZJIA 2H6RA 1WQ5A 3IGSA 4JY8A 3P61A 2J9YA 4Y6GA 3S9YA 3LV6A 2A7RA 4O1CA 3P74A 4IXHA 2CZFA 1ML1A 3STEA 2E1DA 1XUZA 3PUEA 1H7NA 1K7XA 4LVAA 1FQ0A 1LOQA 1WA3A 3N9SA 5EA9A 1FY6A 3DFPA 3L5MA 3LHTA 1CI1A 3W7RA 5HQEA 5TIMA 5CZSA 3S5YA 2X2GA 1GYLA 4ZQNA 1MEIA 3NG3A 2R14A 3Q94A 4PFMA 1VYSX 4LW7A 1BKSA 4ML9A 1H7RA 3HB9A 4JD4A 3DI0A 1YXYA 3W1PA 2DZPA 2ZRWA 2CLFA 5D32A 5G5IA 5LHFA 1P0KA 5EBUA 3BK0A 3HF3A 2ZTKA 3IEBA 1VLIA 1XBVA 4UXDA 3CM4A 3KOFA 2ZZ3A 4EIVA 1FXQA 5T26A 1N55A 2J6XA 1S5WA 4JTUA 1G67A 1A5BA 1OFEA 3TXZA 7TIMA 3FOKA 4GNJA 4IJBA 2DZSA 2GJNA 3NQ7A 3ZR4A 1VR6A 3MI2A 4YWIA 5G2IA 1MSSA 4LWWA 5LGZA 1ICQA 2V0TA 3B04A 4MLJA 1W56A 3PG8A 4RXFA 4CNNA 3W2JA 1WBHA 3QH2A 3LCLA 3NO5A 1GT8A 2A0NA 4DXVA 5K4XA 1LYXA 2FFCA 2Y7FA 1L2UA 3O1NA 1TPEA 1KFEA 2H90A 3BW2A 1OFAA 1H61A 4XBSA 4GC4A 3GR7A 4Z1AA 4WX2A 4MY8A 4ZQOA 1SW7A 5HWMA 1UASA 2DJLA 2FIQA 1F5ZA 1OFRA 3C2EA 1NSJA 1ICSA 3R5EA 2ALDA 3N2XA 2RDWA 1ZENA 1VC4A 3BG3A 4IQLA 4UTUA 1LCOA 1LZOA 3B0VC 2XN1A 1TPDA 1GVSA 1IIGA 1Z42A 1H5YA 4OWGA 2PC4A 1Q45A 3DFQA 3HPSA 4HHPA 3PWAA 3THQA 4LY8A 1QFEA 4JXCA 2NWSA 3RMJA 1GQNA 1YXCA 3STGA 3W73A 3ABSA 4TO8A 1M6JA 4I7WA 3CEPA 4PA8A 2ZRZA 3CQ0A 1W5PA 1TREA 3LRMA 3LI1A 2R91A 4OV4A 3GR8A 1TJRA 1YDVA 3HG5A 5K9CA 1UUOA 5AHFA 1J4EA 2EGZA 1THFD 1R2TA 3WK2A 5KSWA 4AWUA 1LBFA 1T96A 4O18A 2NXIA 1D9EA 2WNZA 5F4WA 2UV8G 3R8RA 4O13A 3E49A 3TW7A 3EX4A 2QCLA 4DEFA 3C6CA 3BW3A 1GG0A 5IM51 3TXVA 4N4QA 3LCIA 4Z1BA 4UTWA 4IPJA 4W9TA 4M19A 1IXQA 2TYSA 1W5MA 3LCFA 3QZEA 3TNOA 1VLWA 2ZA1A 2CU0A 1OF6A 3LCGA 3UQNA 2Y6ZA 3M41A 2ISVA 4CQ8A 4E2DA 5D30A 1ZFJA 4NXKA 1I2NA 2Q3RA 3UXAA 3G1VA 1KTCA 1HUVA 3M0ZA 2TRSA 3MYOA 2ABBA 1DVJA 2YSWA 4IPIA 1VCGA 1TPB1 3W7DA 3NM3A 4K39A 1NFBA 2W6RA 1K8XA 1W5OA 2NX9A 2HSAA 1JQVA 1FX6A 1ZHAA 1EX5A 1OFPA 2R94A 2X1RA 4CQ9A 3R89A 2WSRA 3L66A 1OX5A 3N14A 1G4SA 3G0UA 1OYBA 3UXDA 3FKRA 4FNSA 3VNDA 3M7WA 4ALDA 1MEWA 3N2MA 3NQGA 3EX2A 3FJLA 4UR8A 1IF2A 1RR2A 4IUOA 2A85A 1LOLA 2FPYA 4QITA 5TBOA 3TQVA 4EWND 2OX1A 3QF0A 4LV4A 1JCNA 4DF2A 4O19A 5DXYA 1FWTA 5E93A 1RD5A 1GTEA 1SZNA 4JTEA 1G4PA 1OK4A 2QCDA 4FNRA 2ZBTA 3FFSA 4WOQA 1DHPA 3H54A 3S1WA 1ZAHA 3GLCA 4JX5A 4AF0B 4PTNA 5BW6A 3IVUA 1QAPA 3BARA 3LTYA 4JX6A 3FKKA 3NL5A 3EKLA 1XUUA 4UFLA 3PBWA 5AYXA 3W7JA 3EWWA 1OFBA 5BNKA 3E0IA 3RLVA 5DBTA 1SU5A 4CCEA 4UFHA 1H7PA 1I45A 3O6DA 4MFEA 1VHCA 2Y7DA 4M7TA 3GXPA 3NVTA 4I7UA 4Y8FA 3TJLA 4Y96A 5AYYA 2IQTA 1KLYA 1W1ZA 4UFMA 2PURA 3BG9A 2Z0IA 4JY9A 4KFOA 2BX7A 2YGYA 2PRHA 1JVNA 1T99A 5F4XA 3W70A 1BTMA 3NQ6A 4S2BA 2FB3A 1OFDA 3NOEA 3LHWA 3S5ZA 3OVRA 5AHNA 3NQ2A 3CPRA 3SECA 4RCXA 4EOUA 3UWQA 1IXOA 4KKXA 2DZTA 4XTIA 4P61A 3LHVA 4ZVJA 1EIXA 2EPHA 2JKEA 4BI5A 3RLUA 1LOSA 3G1AA 1KW1A 2ATMA 4K38A 3G1FA 1QOQA 5D04C 4LU0A 5I3FA 1Q6QA 3P82A 2VENA 2TSYA 5HJLA 3W9ZA 3UWUA 1KM3A 4BI6A 1P1XA 3NQ8A 3UYCA 4H3DA 4LUJA 3QM3A 2X1SA 2QJHA 5F2IA 5F2MA 3TAOA 3I7RA 1B4KA 3LXCA 1EEPA 1JRCA 2QUUA 4JGDA 4AXKA 4NJKA 3NAVA 1KBJA 4FX7A 4ONVA 4QJ1A 3TA6A 5HNRA 4NXSA 1WAUA 1DQWA 2FPVA 3GAYA 3PBYA 2EHHA 1KBIA 4PC8A 1PCKA 4CNOA 3WJXA 3NQMA 5KZMA 2H3BA 4QNWA 5I3GA 3UY8A 1KM1A 1GTHA 3GXNA 3PSWA 2E6FA 4OV9A 4U28A 3QFEA 3L2IA 5K7JA 4AWSA 1KA9F 3E02A 1K03A 3A21A 4FF7A 2WOQA 4MUZA 3G0SA 1PE1A 2TPSA 2QF7A 5F1VA 3EKZA 1TPWA 3LTPA 3NPXA 5CPLA 4RXGA 3EWXA 1WXJA 3W83A 3TUUA 5AB3A 3CWNA 4KWWA 3TJXA 3B0UX 1RQHA 3H55A 5EYWA 3TKFA 5I3KA 3TFXA 4C1KA 3THAA 1SSGA 2ZYFA 2WNNA 3FYOA 3C52A 3LM7A 4LVFA 4O8RA 3MBDA 1FDZA 4IOTA 3INPA 3S0CA 2ZRUA 3HMJG 1BWLA 2Y89A 2OT1A 5FEPA 2H8ZA 3O8AA 3W7LA 1XBXA 4JTKA 3TSMA 1S5TA 3UD6A 4NQ1A 2ATSA 2J9ZA 1I4NA 4AAJA 2NZLA 3TC6A 4HKPA 3NXFA 1EP2A 3HPZA 3E96A 3KVJA 2YYTA 1OYAA 4CCCA 1YTKA 3LCWA 5FF7A 5BMWA 4JTTA 1TPVA 2FDSA 5ABTA 4IXXA 3ZFHA 3DI1A 3P60A 1ONRA 1JQXA 1LTDA 1JRBA 4PODA 5D37A 2GPTA 1LLZA 3DZ1A 1Z44A 5J5DA 2V9DA 5HR7A 1QPOA 1U5JA 3DKJA 3TMQA 2GQ8A 1F74A 1EUAA 4IMDA 3PB2A 4ADSA 3LBCA 1Q6RA 1W31A 4E0CA 4AHPA 4QQ3A 3TSBA 1DQXA 2V5LA 1UBSA 3G24A 1KFBA 3I68A 3OIXA 4R34A 3EX6A 4UTHA 4MFDA 2NWRA 2EAWA 1GJPA 1WYIA 2JKAA 4ZQCA 3QPZA 1TV8A 4UFJA 3W7HA 3N9RA 2Y70A 4U4MA 1YXDA 1H1YA 3LCHA 1OFQA 2I14A 3NQEA 2YX0A 5G4WA 3A23A 4Q4KA 3T44A 3IIXA 3L9CA 3P80A 1KTNA 4O16A 1IIHA 1LP6A 1ME8A 2C14A 3VCRA 1TPUA 4BF9A 5G1TA 3W1QA 4HIBA 5DBUA 4JTHA 2D73A 3TDFA 5CSRA 4GUJA 1GEQA 3G1YA 3W23A 3G1XA 1AMKA 1AW1A 1D3HA 4QSHA 3Q58A 3SW6A 3DXIA 2CZEA 3S1XA 3O63A 1VCFA 2FB2A 3B0PA 3O15A 4RJEA 3NPVA 1AG1O 1W5NA 3NEVA 4XKYB 1PL9A 5BOOA 1KM4A 2C19A 3ATZA 4IMCA 1KFJA 4N9DA 1DV7A 4OHQA 2X1UA 1Y0EA 5KTLA 1LORA 2WO5A 4NU7A 2O7QA 3T78A 4JTLA 3L67A 4UR7A 4JS3A 3M5YA 4HN4A 1DKWA 1EP3A 4IMFA 4EF9A 1QNVA 1TYGA 1W54A 4JR5A 1TPH1 3SJ3A 2RDTA 3WK1A 4LT9A 1YADA 3CEUA 3PVFA 3T4CA 4K37A 1Z41A 3NZRA 3BLIA 2JK2A 4UTWC 1JCYA 3N34A 1FWNA 4JTGA 3W85A 1SPQA 1NF0A 3A22A 3EX3A 1JUEA 4UTIA 1A5AA 2PRMA 2DJXA 3L0KA 3CB8A 3ATYA 2B0MA 5CPMA 1WBJA 3LXBA 5HUOA 2P0OA 3PF3A 3W88A 3GYEA 3S1VA 1FCQA 3MHGA 4I9AA 4JDYA 2J88A 2YW3A 2YPIA 1WDWA 2G5WA 3OVQA 5D05A 1K8ZA 1NAL1 3BGJA 4DF1A 3A9IA 3T7VA 5HUPA 1QO5A 2VFEA 4JYDA 3STCA 5K2ZA 3L5LA 3B4UA 3LV5A 3DENA 3NQFA 4M6QA 3G1DA 1A50A 4S2CA 4TMBA 4Z1CA 3G1HA 3G0XA 4FB7A 1ZAIA 1QPQA 3MP4A 2NUYA 4TU1A 3L65A 3WFAA 1M7OA 4GJ1A 2OCZA 3G3MA 4NJGA 3ZWTA 2QR6A 1HG3A 3W7OA 4FNTA 3OHIA 3DFSA 3NDOA 1R2SA 5CPNA 3JRKA 3L0GA 1V5XA 2V5BA 4YCPA 2V30A 3W2NA 2Y63A 1DJQA 4WOZA 2FPTA 3G8EA 4X9SA 4TX9A 3W87A 3GNNA 4OQVA 3RF9A 1F2JA 2V81A 2CLIA 3EXSA 3S1UA 3P81A 3I65A 1C9DA 1GWJA 4HNNA 1PHWA 3CWOX 3M1ZA 5FEXA 3WK3A 1WOAA 1L6YA 4EVZA 1TJPA 2CZ5A 4WY0F 5KINA 3OVPA 3W1AA 4N9CA 3NQVA 4BFAA 5C6MA 3RNDA 1C29A 2DZUA 1K7FA 2ZZ6A 3BVJA 3LTSA 3HGJA 4A21A 4XBKA 3M47A 5AC7A 2VFHA 2A6LA 1WV2A 3OBKA 4DO5A 1JUBA 3TH6A 3C4UA 2CW6A 1W37A 4ORIA 4AMAA 1KLZA 2G97A 3SZ8A 4X2RA 1W5QA 3W71A 1H62A 1FWSA 2OZ0A 1W8SA 5DY3A 4PL1A 1H7WA 4IX2A 3GVGA 3KVLA 1AL8A 3M44A 5KZDA 1X7FA 2GVLA 3GDTA 1BEUA 1SQ7A 2NX1A 2J27A 4M5PA 5AHIA 5SWUA 3CIXA 3LI0A 1PHQA 5F1UA 3MWAA 3JS3A 4RV8A 3K30A 3WJYA 3V1PA 3UPWA 1VQTA 3NR0A 2B7QA 1W3IA 3TW6A 3O07A 2BSLA 5CPOA 1JULA 4LS2A 4DO4A 3UWYA 3FYPA 4DELA 3G22A 3U6WA 3IRDA 1TTPA 1G7UA 3TQKA 1X1OA 5AN7A 5AHEA 3W74A 1YLVA 3CTLA 2RH9A 3QMSA 3L5AA 1GPWA 1PV8A 1O5XA 2YR1A 3FIGA 3UPBA 5C5YA 1GZGA 3P5ZA 1A5SA 1RQEA 3C3NA 2EKCA 3DHDA 2ZFAA 1K02A 3KXQA 3DGRA 4KFNA 3IVSA 4XWUA 3QMTA 3DKLA 4LS0A 3F4WA 4MJZA 1G7VA 4H6KA 3FJ6A 1QO2A 4G1KA 2QCHA 2ZRXA 4NX5A 4WXZA 4NNCA 4LUIA 2JBMA 3BV4A 5MHBA 1TO3A 2RKXA 3MJYA 2B7OA 3V75A 1FCBA 4UMAA 5LHEA 3LHZA 3OG3A 4NJJA 3GZ3A 1SZEA 3M16A 2NV1A 4LRSA 4UIOA 2H3DA 1X6UA 2G96A 1RZMA 3RFAA 4UTLA 3UZ5A 4RZ4A 4UMCA 4ADTA 4QNEA 3KRSA 3E9AA 4AF0A 4RLIA 4M6PA 3W72A 2FQIA 2JKPA 2OT0A 2JGYA 1VJIA 2NV2A 1UCWA 2ZDRA 1QMLA 3GKFA 3HO8A 3DH7A 4R53A 2V82A 3UZJA 4KFPA 3HG2A 1TPC1 1H50A 4JTFA 1HL2A 4TIMA 5FF3A 2ZZ7A 1CX9A 1SR9A 1ZALA 3QSTA 1AW2A 3RK8A 4Q33A 4B5NA 1H63A 1HO1A 4NZFA 1DJNA 1XCFA 2H8XA 1XBYA 1LRNA 2QAPA 2P1FA 5DLCA 5C55A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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