2QKFA

Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
277
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
publication title Re-Establishing a Metal-Binding Scaffold with Full Activity in the Metal-Independent Kdo8P Synthase from Neisseria Meningitidis
rcsb
molecule keywords 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase
total genus 81
structure length 251
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qkfA00
3QPZA 3E49A 3GAKA 2Y7DA 1UUOA 3M5ZA 3EB2A 3LCLA 1A5SA 3MYOA 5FEXA 2EKCA 3C2RA 3L66A 2QCDA 4GRSA 1G4SA 2NV2A 4FIRA 3W2UA 2TSYA 4CQAA 2EF9A 3NPWA 2NX9A 3I7QA 4N4PA 3W1TA 3P84A 3NPVA 2RHGA 1OABA 3IGXA 1C9DA 1EB3A 3G1AA 3UZ5A 3DXIA 3FJ6A 2A1YA 2QKFA 2ALDA 3G24A 4LY8A 4FHAA 4KKXA 5KTLA 2C19A 3P80A 3B0VC 3DFPA 1OF6A 3NQ6A 3L0KA 4UTMA 1JCXA 5HULA 1W54A 4UMBA 3FIGA 4EOUA 3TQKA 4AVFA 1DHPA 4BI6A 4NJJA 3Q94A 3P7YA 2HSAA 3TMQA 3EKZA 3BLFA 5DCEA 1TPFA 2D73A 2VFDA 4GWEA 2NXHA 1TPH1 3KVMA 4NJGA 2NUXA 1VR6A 2LLEA 3QSTA 3SY5A 2NV1A 4O19A 2JK2A 4B5NA 5K7JA 2YFNA 4IUOA 4UTLA 5HMSA 4LTSA 3W7JA 1W37A 3TNOA 4AWSA 3EXRA 1ZFJA 3LHWA 1AW2A 4HPXA 4Y96A 2E5DA 3B05A 1XUZA 2GQ9A 4FNQA 1H7OA 3NQGA 3RK8A 2EPHA 2BTMA 3PUEA 4DF1A 3DENA 1SW0A 2FB3A 4UIOA 3IIXA 1OVDA 1F76A 2A2IA 1W5QA 1GG0A 2QJHA 2ZRXA 3UWWA 2I1OA 4AHQA 1EUAA 3G1HA 2CZEA 1HTIA 5FF4A 1GYNA 2QCCA 3KFTA 3L0GA 3OBKA 1M6JA 3GAYA 2JGYA 3THQA 4JGDA 1OK4A 4LV4A 1YDOA 3PBVA 1LCOA 3BV4A 4OV9A 2PURA 3O07A 4HIBA 3GLCA 5AYXA 3W70A 3WJSA 5C55A 2O7QA 4YCPA 3LTSA 3P5ZA 3H55A 4QSHA 1EP3A 3C0JA 3IIZA 1RD5A 5C54A 2H3DA 3QFEA 3MBDA 4MJMA 3MI2A 3E02A 4GUIA 4DXVA 3HBLA 3DHFA 3SSJA 4CCCA 1YTEA 4JTTA 3LXBA 1H7WA 4O53A 5AC7A 4K6AA 3KVJA 3N9SA 4K39A 1P1XA 1TRDA 3QMSA 3DAQA 3L21A 4N02A 1W8SA 2C3ZA 4LT9A 4RXGA 1AG1O 5K2ZA 3C52A 5EPDA 3O15A 3W7MA 4NX5A 1G7UA 4JTEA 3LRMA 2Y7EA 4LV9A 3FFSA 5LNWA 3L68A 4JTKA 3R2GA 5D03A 1I2OA 1OFBA 1DKWA 3NQVA 3BG9A 2VOMA 1L9WA 5D2TA 2QCEA 5LGXA 4S2BA 3VFLA 1OHLA 3LOTA 3FKRA 5AHIA 1PE1A 4O11A 4I7VA 4OBTA 3UY8A 1KBIA 1S3HA 4UMCA 4ZZ9A 4HNUA 3L5MA 3N9RA 3DBPA 4GE8A 4TX9A 5DCDA 1K7FA 1OFRA 4KWVA 4MLRA 4E38A 1GYLA 1BTMA 1WX0A 2V9DA 4UNLA 3W72A 3P8JA 1RQBA 1ICPA 4IX2A 1Z44A 3MI6A 2QUVA 3I68A 5HR7A 2VEIA 1EPXA 4XKYA 2JBMA 4N6EA 4LC6A 3TUUA 1K7XA 3A5VA 1LRQA 2F84A 2J9ZA 1DQWA 1TMHA 3KX6A 3G0SA 4HHPA 3HQ1A 3ABRA 3EWBX 4KFOA 4AHPA 3NM1A 3W7RA 2YCEA 3W23A 4O17A 3GR7A 4MZ1A 4NZJA 3LTYA 4LU0A 2ZA1A 1ZNNA 2WOQA 1TPC1 1DV7A 1O95A 1RR2A 1VJIA 1KV5A 4FX6M 2VEKA 4PL2A 2E6FA 1FWNA 2Y62A 1F7BA 1H60A 1EWDA 5CZSA 2NX3A 3GXNA 4IPIA 4A3UA 5D04C 1GOXA 4N9DA 1KTNA 3SZ8A 3H54A 3SFKA 1W5OA 2J6XA 3R8RA 6ALDA 2HMCA 1TTJA 1H51A 4O16A 1TRIA 1OFPA 4N4QA 1ZENA 1G4PA 3G1SA 3ABOA 4MFEA 2WNZA 2ZRWA 4X2RA 4ZMGA 3CEPA 1OYAA 3QEZA 3W7HA 3OVPA 4Y90A 6TIMA 2CLIA 5BNKA 4M7TA 2R94A 4E0CA 5I3IA 3GXPA 3C2OA 4WY0A 5LGZA 2WSQA 3WJZA 4IGHA 2CZFA 4AWTA 1AK5A 1RQEA 4JS3A 3T40A 4R33A 3R89A 5I3JA 2W79A 3PSWA 2ZDRA 2FB2A 2GOUA 3LGEA 3KXQA 3WK0A 1WXJA 5J5RA 2Y88A 1DVJA 3W22A 1O5XA 4OT7A 1RV8A 5BMXA 2YYTA 2RKXA 3CWNA 3S1UA 4LVBA 3C4UA 3GKAA 2RDWA 4Q4KA 1EP1A 3GYEA 1QR7A 3P82A 3LV6A 3EX6A 1V7YA 2X30A 2CW6A 1CW2A 2E5BA 3GK0A 3I7RA 2R91A 5HWMA 3E12A 4P61A 1QFEA 1D3GA 4CCDA 4O0KA 3LCGA 3SR7A 3OVRA 4OHQA 5DBUA 3W1MA 1DJNA 3QSRA 1TCDA 2FLIA 3HO8A 3NL6A 5KZEA 4DEFA 3P60A 3TA6A 1QDSA 2GQ8A 3M16A 2IQTA 4UTTC 3S5ZA 5U4NA 2Y7FA 2ZZ1A 3HGJA 5HINA 1ICSA 4JX6A 1N7KA 4IOTA 1YXCA 1G4TA 5K9CA 2ZTJA 4WXYA 4JDBA 3RFAA 1J4EA 1B3OA 3BGGA 4AH7A 3DKJA 3TSDA 3UWUA 2RFGA 3NQFA 1X8FA 1QPRA 4GUGA 4O0ZA 1OX6A 1ZJIA 4AEOA 4WJEA 3WK2A 3MW7A 1VCVA 2CLKA 2CLLA 2QCMA 2XN1A 4EVZA 3M41A 4GBUA 4Z0SA 4GUHA 1TPUA 3U2OA 2ABBA 5G2WA 3MHFA 1N8FA 3LCIA 1ICQA 4OGZA 1SO5A 3HG2A 4HT3A 5EY5A 2DZSA 4BI7A 4LW7A 3PB2A 1G4EA 1BEUA 3L2IA 3UXAA 2ZYFA 3G0XA 4FNTA 5LKYA 1LRTA 4HKPA 4UTIA 3M5VA 2VC6A 4UCGA 1CI1A 5D2WA 4XTIA 2G96A 4CCEA 1WYIA 1THFD 1ALDA 4E2BA 5T26A 4X9SA 3PSVA 3TMLA 3IGSA 2TMDA 4RKAA 5D30A 4AMAA 1DBTA 2C13A 3GNNA 4LOCA 4QNEA 5CKSA 4WOQA 3DFNA 1QCWA 3RNDA 3NQ8A 4JTJA 3U6WA 3KOFA 1FWWA 1KFJA 5TIMA 1FDJA 3TX9A 3O6YX 4BR1A 4FX7A 1FWRA 4IWWA 1ME9A 3K30A 3W86A 3TQVA 1FWSA 4AHOA 4XBSA 1YLVA 3EXTA 1NF0A 5KMYA 2X1UA 4R7JA 2VELA 5CPNA 1ZAIA 5G5IA 3W73A 3OEXA 1UASA 5FEZA 4O18A 3DZ1A 1OFDA 4MFDA 3TDFA 2E6DA 3W7IA 2B7QA 1SZEA 1JUKA 2NXGA 4LC8A 3P81A 1YDNA 2G97A 4NXKA 3M5YA 5K4XA 4UNKA 3NM3A 4MY1A 3DU0A 1LOQA 4O52A 1GG1A 2FFCA 3PAJA 5AHLA 4MIMA 2QR6A 3V1PA 3T44A 3IV3A 4WZHA 4NNBA 4U4MA 5LNUA 5FI8A 2WKJA 1J2WA 1LLWA 3R12A 3CU2A 4DELA 1Q6OA 5F4XA 3S9YA 3N2XA 1FDZA 2Y61A 2WJZA 4O8RA 3B8DA 3GR8A 2WNNA 4XTDA 3S5NA 2X1SA 2Y7GA 1MEIA 1FQ0A 2P0OA 2Y70A 3NA8A 2X16A 5G4WA 3B4UA 4I7WA 1F2JA 3EX4A 3LHTA 4U28A 3SGZA 1JUEA 2QJGA 1H1YA 2OZ0A 2A0NA 1J5TA 3MYPA 3PULA 1LRNA 1SQ7A 1KLYA 2G5WA 5FESA 1W3IA 2H90A 4PCFA 2ISSA 1TJRA 4EWND 4IXXA 3IGUA 2ZTKA 4ZQRA 5AYYA 5HR6A 4HNNA 5LHFA 2XN0A 1GVQA 1NSJA 3FS2A 1A5BA 3ATYA 1FCBA 1UUMA 4Z1CA 2DZPA 2QUUA 4A2RA 5KZDA 4R34A 3DKLA 2ZZ6A 2YZRA 2ZQ0A 1WOBA 2FIQA 1WBJA 4Q33A 5FEWA 2DZWA 5K3VA 4L4LA 5AHNA 3SECA 3N34A 3DGRA 1F05A 1MSSA 3OA3A 4JD4A 5D2VA 1D3HA 1Z42A 5CSRA 2NWSA 4CNOA 2YFOA 2FPYA 3ZWSA 1TV5A 4JTFA 3TW7A 3W87A 3LV5A 3T7VA 3ANYA 3W6YA 4ADUA 1OFEA 1H7XA 1P0KA 2GPTA 4JY8A 3VCRA 1MXSA 3V75A 2E6YA 4RCXA 4QAIA 5F1VA 4HSOA 5BRBA 4WUIA 1SFJA 4BF9A 1TB3A 4NJKA 1WQ5A 3QM3A 5D2XA 1S5TA 2C16A 5D33A 4M6VA 3QPYA 1SW3A 3EWWA 1K8YA 2CLHA 3G3DA 5AC6A 3EWZA 2Z1BA 4JTLA 1LLZA 1VLIA 2DP3A 2Z6JA 3QYQA 3W1XA 1JQVA 3MP4A 3NQEA 5F2MA 4OE7A 3STCA 3VI2A 1R47A 2Y85A 4QM1A 3TJXA 3QQ0A 1KM3A 4CLMA 4WQ6A 4NNCA 4LVDA 4WY0F 1K02A 5I3FA 1T8XA 3IVSA 4OQVA 3STGA 1SW7A 3O6DA 4JX4A 1UJPA 1F6PA 2C6QA 3MBFA 3EXSA 3HG4A 1L6YA 4I9AA 4M6PA 4JR5A 1L6SA 4EIVA 1GPWA 5HWNA 1YDVA 1ZAHA 3IIOA 3TC7A 4J9JA 3IVTA 3PF3A 3TXVA 4JDYA 1AMKA 3LHZA 1ZALA 4JIQA 3W84A 1KFCA 1SO3A 3GDMA 3BW4A 2GUUA 5E93A 2W6RA 3M44A 3CT7A 1X6UA 3O16A 3NQDA 3LX9A 3M5XA 1BWKA 4IJBA 3EX1A 1F74A 1YYAA 5DELA 4Y9AA 2A21A 1K8ZA 3I6RA 3EWYA 2QEZA 4AXKA 1VCGA 1O94A 3W7GA 4DO6A 1LOLA 1EP2A 3KRUA 1W3NA 3NNTA 3QF0A 4MOZA 1VH7A 2E68A 2VXNA 3LRKA 2ZRVA 2VKZG 1O5KA 3Q37A 3IIVA 2AAMA 4M6QA 5DCBA 4OV4A 1TV7A 3PUOA 1RPXA 4AAJA 4GXMA 1R30A 4K37A 3USBA 2OMAA 3PM6A 5AFDA 5DY3A 7TIMA 2BZNA 3W7PA 1ME7A 3W1QA 3GVGA 1Q6RA 2Q3RA 1BWLA 4FNUA 2DJXA 4KFNA 4NJIA 3ATZA 3GB6A 1NF7A 4RJEA 4DBEA 4CQ9A 2H3BA 5AHMA 4QJ1A 2J9YA 3F03K 3AJXA 2E5CA 3SW6A 4JTHA 1T96A 1SO4A 3M0ZA 1OFOA 1MEHA 1K03A 1VCFA 5FF7A 1VLWA 2O7SA 2J88A 1EUNA 1R46A 2B7NA 3YPIA 4MKNA 3L5LA 4HSNA 3UYCA 5F2GA 3PS7A 2V2DA 2ZRZA 1SFLA 3NQAA 2DZXA 3EKLA 3EWUA 1SSDA 1SUXA 2CLOA 3TFCA 5K9XA 4ORMA 4X22A 5IBXC 2B4GA 4FF7A 1G67A 1JCYA 1YPIA 4Y8FA 2V82A 3UWZA 3STEA 2DORA 2NX1A 1XCFA 4UR7A 4JN6A 3FKKA 2H6RA 4NT0A 1ME8A 1PCKA 4HN4A 4UFKA 3PUDA 3W74A 2JKPA 4OWGA 4O28A 4QNWA 3LHVA 1XXXA 3PBYA 3W1RA 4UFLA 3UWVA 3SI9A 4LS0A 1SPQA 2R14A 2A5HA 1WA3A 4IMDA 1SO6A 4JIPA 1B4EA 1UCWA 3TC6A 3ZFHA 4AB4A 2Z0IA 1A5AA 2NUYA 3I65A 4UFIA 4XWUA 3MWAA 4ZQOA 3CHVA 3GNDA 5CPOA 4QITA 5G4EA 3DFQA 4DPQA 1KFEA 1OX4B 2BSLA 3UPWA 3W2MA 3F1QA 1LP6A 1ZCOA 3C6CA 1DQXA 2FQIA 1UBSA 3O05A 3PC0A 2FTPA 4DBDA 3OIXA 1JRBA 3HG3A 1M7PA 3HPSA 3WJWA 2ZZ3A 1H63A 2V30A 3IVUA 1TPB1 2YW3A 1S5VA 1P5BA 3F4NA 1WV2A 1M7OA 1O60A 3PBWA 4EF8A 1X1OA 3GDRA 2ZA2A 3M43A 4YXGA 1PCWA 5AHFA 4IMGA 4FXRA 5AN7A 2HTMA 1W5NA 2E6AA 1DORA 3L9CA 1KV8A 3N73A 3O06A 3N2MA 1JCLA 1SZGA 5U7SA 1F73A 3IRDA 5FEPA 2QDHA 2ISWA 4UXDA 3A5FA 4PTNA 3BGJA 3A9IA 2R8WA 3LBMA 2C1HA 4N9EA 2I9EA 2C18A 4YWIA 5A5WA 4NVTA 3NYZA 4YMZA 1TPWA 3QW3A 4RK8A 4MUZA 4IMEA 3L67A 3CM4A 4UTTA 1R2RA 1LYXA 2P1FA 2A7PA 1JUBA 1Z41A 1EIXA 4RXFA 4NUWA 3G22A 3Q2DA 3S0CA 3ABSA 3HMJG 3LCXA 3O6CA 4JICA 4Z0JA 1VQTA 4QISA 1WBHA 2TPSA 1XI3A 2RH9A 5H2ZA 3DH7A 3CQ0A 4ML9A 3TCEA 2C14A 4NU7A 1VYSX 2A7NA 1I45A 3TAKA 8TIMA 3G8EA 3PR2A 3VKJA 4FXSA 4LNYA 1H5YA 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 4CNP A;  1LRO A;  3C3N A;  1YTK A;  2G95 A;  2JKA A;  3B06 A;  3PY2 A;  1OFA A;  4UTW A;  3UXD A;  3P67 A;  3VND A;  1QPN A;  2V0T A;  4DPP A;  4RZ4 A;  5L6U A;  3KHJ A;  1RZM A;  3BW2 A;  3T55 A;  3ELF A;  4BWL A;  4O50 A;  4BK9 A;  3ZWT A;  1NAL 1;  2YXG A;  3TSB A;  3S1W A;  4FNP A;  2A6N A;  1KFK A;  1IF2 A;  3GIY A;  1L2U A;  2BXV A;  1W5M A;  2QAP A;  4LRS A;  1AL8 A;  3NQ7 A;  2BX7 A;  3MI3 A;  1HUV A;  3PBU A;  3C56 A;  1ZHA A;  3S6D A;  1PL9 A;  3DFO A;  1TPE A;  2Y63 A;  5DXX A;  2A7R A;  2VFF A;  2CLE A;  1QML A;  2J27 A;  1P0N A;  3PG8 A;  4TMB A;  3RF9 A;  1PVN A;  3HGO A;  4DO5 A;  3L65 A;  4UTH A;  1KM4 A;  1FCU A;  2H8X A;  2VEP A;  4CNN A;  3E96 A;  4FNR A;  3L5A A;  4BI5 A;  1R2T A;  4ADS A;  1QPO A;  5SWU A;  3QH2 A;  4KFP A;  3KRS A;  5D38 A;  3BW3 A;  5CPL A;  1Z48 A;  3TU9 A;  2ATM A;  2B7O A;  4PFM A;  3G8R A;  1GVO A;  1C8V A;  4R53 A;  2Y89 A;  4XQ6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E8Z A;  3GAK A;  1NP0 A;  3ZLF A;  3FCP A;  5FEX A;  1P48 A;  2QCD A;  4GRS A;  2TSY A;  2ALR A;  3QY7 A;  3FND A;  1V6W A;  1BTC A;  1E9L A;  3NPW A;  2NX9 A;  5HAO A;  3NPV A;  4KT2 A;  2G3M A;  3R94 A;  3LSB A;  1ZLP A;  1EB3 A;  1UOK A;  1Q6E A;  1TZZ A;  1UP2 A;  2ISD A;  4M1R A;  4HA1 A;  3WLK X;  1D7F A;  2C19 A;  3R25 A;  4EAN A;  4RNF A;  4MHB A;  1PSC A;  2WHJ A;  3NQ6 A;  3VOC A;  4UTM A;  1RBL A;  5A8Q A;  4C6O A;  5HUL A;  1W54 A;  2VR5 A;  3FIG A;  2XGI A;  4EOU A;  3LA4 A;  4XSM A;  3I4K A;  3IJ6 A;  2CHN A;  4BI6 A;  3P7Y A;  2HSA A;  4JKM A;  3TMQ A;  3BLF A;  4IFK A;  5DCE A;  2VFD A;  4MKV A;  3KVM A;  4IHC A;  4MKS A;  3QST A;  4XZM X;  4O19 A;  4B5N A;  3WF0 A;  1CXF A;  1PWL A;  4KER A;  3W7J A;  4LTS A;  1KR1 A;  4B5U A;  4MB1 A;  1RCQ A;  4AWS A;  1A49 A;  1VP5 A;  2XZ7 A;  1QBA A;  1ZFJ A;  4RNH A;  1DPM A;  3LHW A;  4Y96 A;  2E5D A;  4LEF A;  5GJP A;  4H04 A;  1H7O A;  1DHK A;  3MSR A;  4F2B A;  4JTQ A;  1BAG A;  2P50 A;  4DF1 A;  2FB3 A;  1OVD A;  2A3A A;  3TZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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