2QKFA

Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
277
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Re-Establishing a Metal-Binding Scaffold with Full Activity in the Metal-Independent Kdo8P Synthase from Neisseria Meningitidis
rcsb
molecule keywords 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 81
structure length 251
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qkfA00
3QEZA 5D05A 3TV8A 1LOSA 5CPNA 2QDGA 3QMSA 3M0ZA 3MWAA 1H60A 2FPYA 4M5PA 3W23A 4BFAA 1XXXA 4NJHA 4RZ4A 2QCMA 1QO5A 3LTSA 1PVNA 3HPXA 3NYZA 5AC6A 1H1ZA 2GJLA 5AHLA 2OX1A 3KVKA 3DXIA 3PBUA 3CWOX 2Z2UA 1HL2A 3NQ6A 4HSNA 2NX1A 1G7VA 4XTIA 2Q3OA 3L0KA 4PA8A 3HMJG 2WNQA 4O1CA 4S2CA 3PAJA 4FIQA 4X22A 3B8DA 3NM1A 1XUUA 1EP2A 3P60A 4CQ9A 2C19A 1FDJA 2NUWA 4ONVA 3DI1A 2X2GA 3UWZA 3CC1A 2NWSA 3RU6A 2YFNA 3HG5A 1VCFA 1XI3A 4H6KA 4ADUA 2E6DA 2QJHA 3U8GA 1PHWA 3PBWA 2QUTA 1RZMA 2RDTA 1FBAA 1W5NA 2ZA1A 1KA9F 1JUKA 3LM7A 2H8XA 4N9CA 2Y89A 3DGRA 4BWLA 4JTEA 5KZEA 3RMJA 3R89A 3H55A 5EL1A 3L0GA 3HGRA 2O7QA 4U28A 4PCFA 3O6DA 1TQJA 4PL2A 5EPDA 1W5OA 4DBEA 4JIPA 5HNRA 1QFEA 2GVGA 1WA3A 4O28A 3LBCA 5HJLA 2AAMA 3B05A 4AAJA 1S5TA 4O8RA 1QDSA 1H50A 3FKKA 4M7TA 1DJNA 4ICNA 4CCEA 1ZFJA 3C4UA 2ZZ6A 3TCEA 3M6YA 2FJKA 1DL3A 1VC4A 3TKFA 2DZSA 4E0CA 3TK7A 2XFWA 3W87A 2Y70A 1UBSA 3FJLA 5H2ZA 1OHLA 4HT3A 1M7PA 1A5AA 4CCDA 3DBPA 4M19A 3DFTA 2GVLA 5T26A 3W2JA 1NVMA 1XCFA 2YPIA 3CWNA 2H90A 4MKNA 2X1RA 2W6RA 4ALDA 1NEYA 3IV3A 3NZRA 3UZ5A 5C55A 3R5EA 3DU0A 1WX0A 1CI1A 2CLKA 1QPNA 5C6MA 2HS8A 4D2JA 1PS9A 2P1FA 3UZJA 4POCA 1TMHA 2G96A 1DQXA 2XN2A 1BKSA 3TJLA 4H3DA 2C16A 3W2NA 4IOTA 1KFCA 3TSMA 1HFBA 4TU1A 2ISWA 3W22A 5HINA 1KM5A 3NL2A 4XQ6A 3GNDA 3LB0A 1IXNA 3PM6A 4BI5A 1PIIA 4IQLA 1KFKA 1KM4A 4RKAA 3DHDA 1VLIA 4LS0A 3UXDA 4AHOA 4UUIA 5HULA 2W79A 4RJEA 5AFDA 4JD4A 1JCLA 2VXNA 1TPWA 4UTWA 2AQWA 1OFPA 2EAWA 4QNWA 2TYSA 1P5BA 3P84A 3G1SA 1F6KA 4CNNA 1OVDA 1FX6A 3KRSA 3F03K 4IMDA 1H5YA 1TPVA 1JCXA 2V30A 3U2OA 2OCZA 2ZRXA 5E1QA 1EUNA 3TQ0A 3S5YA 5DY3A 1L6SA 3W1MA 1TV7A 3L66A 2J9XA 2NX3A 4UTHA 1LTDA 1XFBA 2QJIA 1K3UA 5LNWA 1YDNA 3MI3A 2E77A 3EXSA 4GUJA 3PY2A 5AB3A 4UFKA 3WK1A 4HNVA 2RDWA 3W2MA 5KINA 5IBXC 3EWXA 3AO0A 3V1PA 2PURA 1RQEA 4MUZA 3IEBA 3A21A 2X16A 2X1TA 3THQA 2QAPA 1FXQA 2NV1A 4RLIA 1KTBA 3PVFA 3LHUA 4CNOA 3IRDA 1JQVA 1YDOA 3E02A 3BO9A 3EWWA 2FPTA 1DBTA 2GUUA 2VFHA 3PS7A 3G0XA 1KBIA 2G97A 4RX0A 3IVTA 1KTCA 4UFLA 2YW3A 3W7PA 4MZYA 2RFGA 1AMKA 1KLZA 4AHQA 5DCEA 1IF2A 5G2IA 4O4WA 1F5ZA 3S0CA 1KFBA 3DHFA 3TROA 3QFEA 3NQGA 2A7NA 1O60A 4LOCA 4UR8A 5K9CA 4XZ9A 1FWRA 4TX9A 5KTLA 1OFDA 2XN1A 4ORMA 1WBHA 4Q33A 3WJXA 1QMLA 1OYAA 2CWNA 1XBYA 2JK2A 4DXVA 3W1PA 2V5LA 5LNUA 4QAIA 3GK0A 4YL2A 5FF3A 3ABOA 1W5PA 4NX5A 3GDMA 4QISA 3SZ8A 5C54A 3NL5A 1TIMA 1H62A 3P62A 4WOQA 1PCWA 1I2NA 3W75A 3S5ZA 2EF9A 3AJXA 3WK0A 3BG5A 1FWNA 1DVJA 5AHIA 4ZQCA 1JR1A 1SO3A 4DF0A 4BR1A 1TREA 1EP3A 1GG0A 1R2SA 3O6YX 1WAUA 4Y8FA 4BWLC 2BTMA 1ICQA 3N9RA 4M6PA 5I3KA 3PUEA 3TU9A 1F2JA 4OT7A 5F2GA 3IVUA 4UTIA 4IGHA 3QQ0A 2ZCGA 4IX0A 4JTUA 3UPBA 1BTMA 1XKYA 3DH7A 4CLMA 3IGSA 5G2WA 2ZRUA 5K4ZA 3ATYA 4OBTA 3VE9A 3T40A 2YW4A 3HO8A 1GVSA 5CZSA 1YXDA 1K7EA 1TB3A 3KHJA 3ZWSA 3PR2A 1GQNA 4S1FA 3QYQA 1Q6LA 1KTNA 3I7SA 3LHTA 1IXQA 5AYZA 4AWTA 1EEPA 4QITA 1GJPA 3TDFA 3W7QA 1D9EA 4M6QA 1FUYA 3BG9A 4ZQNA 2ABAA 1H7XA 2Y7EA 2CU0A 3DFPA 4TIMA 2RH9A 1MEHA 4O15A 1B3OA 1TPDA 4Q32A 5KITA 1EX5A 4C1LA 1NF0A 1R30A 2ISSA 2ZRVA 1AG1O 1SZGA 1S5VA 3QF0A 2WQPA 1VLWA 3NQFA 4EVZA 4GUIA 1K8YA 3TAKA 1H7WA 1SQ7A 1I45A 3FIGA 4JYDA 1T96A 3FFSA 3SW6A 4NT0A 1OG0A 5E93A 3D0CA 3BLFA 1ME9A 3S6DA 1QNVA 3C2OA 3OHIA 3EWZA 1JUBA 1XDMA 4GC4A 3T7VA 3VCRA 3W9ZA 3O6CA 3QSTA 2IQTA 2V5BA 3CTLA 4JDBA 1G6CA 4A22A 2JKPA 3LCXA 2R8WA 4Z0JA 1FCQA 3HJZA 1LM1A 1XL9A 4IXHA 1GVFA 3MYOA 5F4XA 2A4AA 1SO6A 4ZMGA 2WNNA 5HMSA 3MHFA 1VHCA 4GXMA 3QSRA 3P67A 3P8JA 3UY8A 4UTWC 4UMBA 1NF7A 1LDCA 1YXCA 1W8SA 3NDOA 3C8FA 3W7RA 1FXPA 4YWIA 1ZCOA 4MZ8A 3NL3A 3LERA 4GFSA 4ZQMA 3PBVA 2BSLA 5MHBA 4L4LA 2ZA3A 3G1XA 4FX6M 2ZQ0A 1M6JA 4DEFA 4WOZA 3W2UA 1O5KA 1G4TA 1LROA 1JULA 5A8GA 4Z1CA 5D04C 5AYYA 1YXYA 1KM0A 3VFLA 5HR7A 1RPXA 4MPQA 4DPPA 1W31A 1VR6A 4E2BA 3B04A 3JR2A 4B5NA 3BW2A 3GXNA 5EKYA 3E96A 4O19A 5D37A 2B7QA 3F4WA 5AOUA 5FF7A 2XN0A 1L9WA 3C61A 3ZFHA 2Y63A 4OQVA 5AN7A 1H7RA 4OV4A 3N2XA 3GR8A 1ZY9A 2NV2A 3L21A 4LRSA 1SW7A 1G4EA 3N14A 5D2XA 3FKRA 3NG3A 4NQ1A 3Q2DA 1OFQA 4N02A 3W2KA 5LGXA 3W1LA 2ZZ5A 4JTGA 4AWUA 2FIQA 2VFDA 3NQMA 4HNTA 3OBKA 1PCKA 2R91A 4LRTA 2H8ZA 3HOJA 3CB8A 2J27A 5D2WA 3W7CA 4I7WA 4N6FA 3MP3A 1AL8A 3ZS4A 3LRKA 4LY8A 1OF6A 2E5DA 5CZJA 2H3BA 1J5TA 5EBUA 3HQ1A 3A5FA 4FX8A 2VELA 3LLFA 1I8JA 5G4WA 1K7FA 1VJIA 1R46A 1WXJA 2YDAA 4GNJA 3DFSA 2VEKA 3O1NA 4OWGA 1JCMP 4HSOA 1KM3A 1H7OA 3EXTA 2OZ0A 3LXAA 5FESA 4KFOA 4HN4A 5IBXA 1S3HA 5K3VA 1Y0EA 4O12A 4N2YA 3S5NA 5KZDA 4P2VA 4MOZA 3NR0A 4Z1DA 1YLVA 2YX0A 3S1XA 2WSRA 2DZWA 4PODA 2DZTA 3MMTA 2CFFA 4RR4A 2QF7A 2VFFA 3EX3A 5ABTA 5LNRA 3G24A 5EY5A 3LDVA 4RCXA 3TFXA 2OMAA 3WFAA 3ATZA 3GR7A 2HS6A 4EIVA 2J6XA 2DJLA 5CZ0A 1N55A 4LT9A 1I2QA 5DY2A 4AHPA 3E9AA 3WJWA 3UQNA 1PV8A 2CZFA 1TCDA 4IPJA 3BW3A 4RZ5A 2TPSA 4QIUA 2ABBA 1TYGA 3B4UA 3EX6A 4UTJA 4JX5A 3USBA 5LKYA 1IXOA 2B7NA 4LW7A 1OABA 1I2PA 3GX9A 5K9DA 4WZHA 3CQ0A 1SSGA 1H61A 5DCBA 2DJXA 2UV8G 3W72A 4ADTA 3NQEA 4RXFA 4YLWA 1LLZA 5F4SA 5DXXA 3C2VA 3JRKA 4UTKA 5LZLA 4ML9A 3IIOA 3LBMA 5L6UA 1EA0A 1Z48A 4MLRA 1XM3A 1YTEA 2WV8A 5A5WA 2E5CA 1QR7A 3B0VC 3TE9A 3UNDA 4K38A 4RZ6A 2QUUA 4UNLA 1A5BA 2C14A 3GZ3A 4O1AA 3KRUA 4ZZ9A 4RK8A 4WD0A 3KRZA 3MI6A 3BARA 3HPSA 4MLJA 4UTLA 1XUZA 3GXPA 1RQHA 2WOQA 1SSDA 2E5BA 2ZYFA 3G1YA 2FLIA 4HKPA 3RLUA 4MYXA 1HUVA 3TQKA 2I1OA 1TO3A 3LCWA 1SO5A 5I3JA 3EB2A 3JS3A 3QW4B 2TSYA 1EP1A 4WJEA 3GYEA 3NQAA 4WY0A 4M7SA 1QPOA 3I6RA 3OVPA 1BWKA 2FB3A 3PSVA 4O1BA 2GVJA 3NPVA 1QCWA 4ZQRA 1G4SA 3O06A 3LCIA 3MO7A 5HWNA 1W3NA 2Y88A 4O1DA 1ZALA 1SFJA 1SFLA 5D32A 3GIYA 1GT8A 2FPVA 1W3IA 3S9YA 3QH2A 3IVSA 3SSJA 2QCHA 3TSDA 3C2RA 1C9DA 1GPWA 1OFBA 1KBJA 3P5YA 1W1ZA 3I7RA 3MBDA 2YSWA 4K36A 3H53A 2PC4A 1VQTA 1H1YA 3QPZA 2PRMA 1IXPA 4LVAA 3W3OA 1T0OA 3VE7A 2OT0A 3DKLA 1KW1A 3MI2A 1SUXA 1TPC1 1I2OA 3LI1A 1YTDA 3LCLA 3TMLA 2A6NA 4UCGA 3L5MA 4NX0A 1PHQA 3FOKA 4PTNA 2QCLA 3QZEA 3NQDA 4UXDA 1ADOA 4WX2A 1OFOA 2Y7GA 2WNZA 2FFCA 5CZTA 1K02A 4MYAA 2WSQA 1W5MA 3IGXA 2EKCA 3OVRA 4HNNA 4O10A 5D03A 2ZTKA 4JYFA 2AGKA 3W7EA 3TXZA 3A24A 5K4XA 5TBOA 1AL7A 4JR5A 1QAPA 5LSMA 3BG3A 3O07A 1BWLA 3SJ3A 4K39A 3MJYA 1VCGA 1G7UA 1NSJA 2V82A 3M16A 4LC8A 1D3HA 4S2BA 5CPOA 1XBXA 4UTUA 1THFD 1T99A 3KXQA 3OG3A 1X7FA 4N4PA 5K7JA 1VYSX 4UC5A 3C56A 8TIMA 1IGSA 2CZEA 3TUUA 2ZTJA 5BMWA 5KZMA 1QPQA 2ZRZA 3HIJA 4O50A 5G4EA 3W7IA 4FNPA 5FI8A 3L68A 3T44A 1XBVA 3BLEA 3OIXA 1TPH1 2Y85A 3FYOA 5EMUA 3M44A 1EUAA 4YXGA 2X30A 4X2RA 5L9FA 1E51A 3W07A 1GVOA 1JRCA 3SIZA 3NA8A 3PULA 5D38A 1I4NA 1OX5A 1VH7A 1KV8A 4OU1A 3C2EA 4R33A 1GEQA 3VKJA 5LNVA 3NQCA 4O52A 3SI9A 1H51A 4ZL1A 3S5OA 2QKFA 4N9EA 3BV4A 5CPLA 4UR7A 3MHUA 2YYUA 4ZQOA 1OK4A 3BLIA 3OA3A 4IUOA 3LXCA 2FTPA 2J9YA 3R12A 1F76A 4IX2A 5AC8A 5GVJA 2Q8LA 1K7XA 2C6QA 1F6PA 1RVGA 4EOUA 1ALDA 1W0MA 4N9DA 1TTJA 1VYRA 5LGZA 1O94A 4NUWA 5G1YA 1ICPA 2ZRWA 4JYEA 3FJ6A 3TR2A 2OT1A 3W83A 1W37A 3CEUA 3GAKA 3LHZA 2D73A 3LI0A 4TR9A 4GUHA 3R8RA 3W7JA 4AF0B 2B4GA 4QNEA 2F84A 4UMAA 4IPIA 4XTDA 3W88A 4AWSA 5EA9A 2P10A 4AEOA 5I3IA 3PUOA 4WQ6A 2Y7DA 1Q6OA 3IIVA 3SECA 1A5SA 2V81A 3F1QA 1OF8A 1VGAA 3W85A 2ZZ2A 2ZZ3A 3O16A 1VS1A 5FF2A 3M5XA 3EWYA 3PSWA 4O53A 4EF9A 1R2RA 4ORIA 3P61A 3VNDA 2Y7FA 3PBYA 4R53A 4K7VA 3DKJA 2WPBA 3EWBX 3STCA 4I9AA 3NPWA 5DLCA 3M7WA 1F73A 2E09A 1O95A 3N3MA 5BOOA 2DORA 1R2TA 3M41A 4FHAA 5G1TA 4LS1A 4LUJA 3A5VA 5AYXA 1TPFA 3G8EA 5J5RA 5I3GA 2RKXA 3UWYA 3S8HA 5DCDA 3W1QA 3EX4A 5LHEA 4Y6GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GOA A;  5D05 A;  5CPN A;  1W6T A;  2HE8 A;  3N29 A;  2WVV B;  4AFY A;  3M0Z A;  1S1R A;  3ITY A;  5IHS A;  3ZT6 A;  3L2L A;  4C6O A;  3L4X A;  3UT0 A;  4NJH A;  5HMF A;  3NCO A;  4RZ4 A;  3UJR A;  2QCM A;  2ZUM A;  1PVN A;  1UR3 M;  4V27 A;  2NSO A;  4GLE A;  2XZ7 A;  1HL2 A;  1G7V A;  4XTI A;  2Q3O A;  3RDK A;  4JNY A;  3M0Y A;  4ZBC A;  4WKF A;  2VMF A;  3HMJ G;  4MAD A;  1EFZ A;  1UZH A;  2ONE A;  3B3D A;  3WH7 A;  4GQG A;  5E0F A;  7REQ B;  3PAJ A;  4FIQ A;  3V5C A;  2YIH A;  1XUU A;  3P60 A;  1R9Y A;  2J75 A;  2C19 A;  2WJF A;  1E1C A;  3LEP A;  4ONV A;  4F0K A;  1GJW A;  3CC1 A;  3WNM A;  2NWS A;  6PTD A;  3HG5 A;  1TV3 A;  1VCF A;  2KAU C;  4H6K A;  4W5Z A;  2QUT A;  1FBA A;  3LM7 A;  5DFA A;  4R88 A;  1CXE A;  4DUX A;  2VVN A;  4BWL A;  3RMJ A;  1JD9 A;  2PZ0 A;  3L0G A;  2O7Q A;  2PUZ A;  1S2W A;  4PCF A;  3O6D A;  1HL8 A;  1TQJ A;  4HPG A;  4QE5 A;  4H9V A;  1WUF A;  3SUW A;  5EPD A;  4DBE A;  2R82 A;  1WA3 A;  4BCE A;  2JIE A;  2WC4 A;  1CWY A;  3H8A A;  1FRB A;  3LUT A;  3ITC A; 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