2R8WA

The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (atu0899) from agrobacterium tumefaciens str. c58
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
DMATRFKGLSAFPITPADEAGRVDIEAFSALIARLDAAEVDSVGILGSTGIYMYLTREERRRAIEAAATILRGRRTLMAGIGALRTDEAVALAKDAEAAGADALLLAPVSYTPLTQEEAYHHFAAVAGATALPLAIYNNPTTTRFTFSDELLVRLAYIPNIRAIKMPLPADADYAGELARLRPKLSDDFAIGYSGDWGCTDATLAGGDTWYSVVAGLLPVPALQLMRAAQAGNAEEAKRLDATFQPLWALFKEFGSIRVIYAAANILSLTVSEPPRPILPLTSAERQRVEEALEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (Atu0899) from Agrobacterium tumefaciens str. C58.
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
molecule keywords AGR_C_1641p
total genus 104
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2r8wA00
2ABBA 1YDVA 3U8GA 1P1XA 1HO4A 3FFSA 3GVGA 4KKXA 4Z0JA 4BK9A 2PRLA 5DCDA 5BNKA 2FB3A 1VPXA 1TPFA 3LCIA 1JQVA 3N3MA 1DL3A 1IIGA 4EIVA 4MUZA 4N4QA 2WSRA 1KFEA 4O4WA 3QMRA 5I3KA 4BI7A 3LCWA 2FPYA 2E6YA 3P81A 4BWLA 2DZWA 3LHWA 1F74A 1QO2A 1OX6A 1YDNA 3GDKA 3G0SA 4AMAA 1WXJA 3HB9A 4CCEA 3OVQA 3PF3A 3M5XA 4QSHA 4JTGA 3DFTA 3ABRA 1R2RA 4ZQOA 1QMLA 3W87A 3LRLA 1UASA 4NJHA 1L2UA 4WX2A 2TRSA 2C14A 3NGJA 2YR1A 1M7PA 4JTHA 2GVLA 4FF7A 1FCQA 4FXRA 3KX6A 4O0ZA 3E96A 1F6KA 4MLJA 2QCCA 2B0MA 2Y88A 3W9ZA 4I7WA 5CPLA 5GVJA 5AC8A 3E0IA 4IOTA 2A7NA 2VEPA 1YLVA 3C61A 2BZNA 4CNNA 4P61A 2FPTA 3LV6A 2NUXA 1CW2A 4S2CA 5CZTA 2A6LA 2OJPA 3W3OA 5AYYA 5BOOA 4MOZA 3RMJA 3BLFA 1H62A 5C2XA 5F1UA 3NL6A 5TBOA 3T4CA 2E6FA 3CPRA 3QW3A 4O1DA 2C16A 1W5QA 4UTIA 4POCA 3TNOA 4Y6GA 1Q6LA 4LUJA 3GAKA 2BWGA 3EWUA 2DJLA 4S1FA 3BG3A 1JCYA 3OBKA 3G22A 3G1VA 3TROA 3OA3A 4ADTA 3GDTA 2NX3A 1AG1O 1ONRA 4BI6A 2J9XA 3LHUA 4KFNA 1AW1A 5DBTA 1RD5A 1GQNA 3LLFA 4O57A 4KWWA 3W73A 2CLOA 4TX9A 5HR6A 1TTJA 2CLLA 1A5CA 3DFOA 4RV8A 3MYOA 2Y70A 3AO0A 2B4GA 3G1AA 3O63A 2ZRWA 1YADA 5DLCA 2OX1A 3GKAA 1W5MA 3G0UA 1W1ZA 3R13A 3Q37A 4PFMA 3RK8A 4UTUA 3IV3A 2QCHA 1IGSA 3UWYA 1OABA 1XBVA 3W7JA 4WY0B 5MHBA 3PS7A 4C1KA 2QDHA 2A4AA 4O8RA 1PCWA 4AWTA 5KINA 3HG4A 2DZPA 3TMQA 1ADOA 1LM1A 3CWOX 3QMTA 2YPIA 2CZDA 3LCXA 3NM3A 4BR1A 1KBIA 2J27A 3PAJA 1YTEA 3W86A 3W07A 2GJNA 3WK1A 4TR9A 4YCOA 2NX1A 3BLIA 4JTLA 2A6NA 4H3DA 3S5YA 4JX6A 2RH9A 1WAUA 1ICPA 1SW7A 4JD4A 1OFPA 1WYIA 3LHTA 4GJ1A 2O7SA 2Y7GA 3ANYA 2QUUA 3WK3A 2RDWA 3W7EA 1LROA 3EEGA 1VYSX 4ORMA 5AB3A 3QQ0A 2H8XA 3GDMA 4UIOA 4EF8A 2VOMA 4MJMA 3QM3A 2WOQA 3IIVA 5K4XA 4JY8A 1SW0A 3HGJA 3ZFHA 1QAPA 5EA9A 3NQGA 4ZZ9A 2I14A 3NQCA 4GUIA 1SR9A 5DY2A 4OBTA 5AN7A 3SGUA 1OK4A 5HQEA 3W72A 4UTLA 1B4KA 5LZLA 3DGRA 4N4PA 1K8ZA 1OYCA 3T40A 3GXPA 3NPUA 2ABAA 1FWNA 2Q8ZA 3GIYA 4A22A 4LV4A 4K37A 2Y61A 3MP3A 4ZVJA 3RLUA 2V9DA 2NXIA 3E12A 1IXPA 4DPQA 1QPQA 2ATSA 2DZSA 4IX2A 3WJXA 3NVTA 2Y7DA 1LRNA 3NR0A 4DQWA 1Z42A 2A7PA 1ZAHA 5F2MA 3W70A 5BMXA 4RZ4A 4HNTA 1EEPA 3TU9A 4NUWA 4WOQA 3L65A 5LNRA 3S8HA 2V8ZA 2QCNA 1H1ZA 3P7YA 5HWNA 3GR8A 4LY8A 4O15A 3QF0A 3L5LA 4CQAA 4FNTA 3W88A 3EXRA 3LCLA 1K8YA 1A50A 3THQA 3TIMA 4R33A 4DXVA 3TDFA 1A53A 1DORA 2VELA 2OMAA 2DORA 5KTLA 4HNNA 1XUUA 4IPJA 2H8ZA 3HBLA 5LNWA 1ME7A 3LTYA 3HG3A 1LBFA 3IIOA 1QPNA 1Q45A 4GRSA 2JKAA 4Y9AA 3PC0A 2GJLA 3P67A 1KM5A 3FOKA 2C1HA 4GE8A 3TC7A 1VS1A 3UZJA 2EGZA 4NZFA 3UWZA 1JUEA 4MFDA 3GDLA 1WOAA 5CGQA 4N9DA 1DVJA 2RKXA 1V7YA 3KFTA 3BGJA 5AC7A 1JCNA 5LNSA 3UY7A 1GG0A 3L0NA 3GNNA 3I65A 4ONVA 1TPC1 3GDRA 3HQ1A 3M16A 3W7RA 4AH7A 3WJWA 1JRCA 3A5FA 2G95A 3BVJA 2NV2A 4UMCA 4W9TA 2QJHA 3LGEA 3TJXA 5HWJA 4OQVA 3STEA 3V75A 3N34A 3PULA 2CZEA 2YYTA 5FEPA 1FWTA 3IGUA 1XBXA 4Q4KA 4DELA 5LGZA 3G1HA 4EF9A 3TCEA 2C18A 1VRDA 1XM3A 3QFEA 1LCOA 1LYXA 3TJLA 4JNMA 1K7XA 1VLIA 3R89A 5SWUA 1XBYA 1T8XA 4JTTA 1R2SA 4N02A 2ZYFA 3NA8A 3IVUA 1W5NA 5AFDA 3R2GA 1SSDA 1R30A 1ME8A 4TMBA 4FNRA 1TSIA 5FEXA 5D09A 4ZL1A 1TJRA 4LVDA 4UNKA 4D2JA 1LP6A 4HHPA 4ZQMA 4K8EA 1OJXA 2JBMA 5DCEA 2WNQA 1TB3A 3BGGA 4OV4A 1PCKA 5F4XA 4MPQA 2P10A 1JULA 1H7WA 4NJGA 3L21A 5G4EA 3NQ2A 3UZ5A 4MKNA 1EPXA 2E5DA 1EIXA 2X1SA 3TSDA 1MXSA 1PL9A 1GTHA 4FO4A 3OG3A 4LOCA 4O13A 3MBDA 2BTMA 4PCFA 4BF9A 3EX1A 2ZFAA 3HG5A 3NL5A 3UWUA 3GAYA 1VLWA 3S9YA 4H4IA 3IIPA 1PS9A 1K7EA 2CLEA 3L0GA 1ALDA 1S3HA 1OF6A 4O12A 5L6UA 2QCGA 4AEOA 5J5DA 2TSYA 3PUDA 2WPBA 1U83A 4BFAA 5IM51 3MP5A 4FIQA 2CFFA 3TXZA 5T26A 1QOPA 5KMYA 1X7FA 3NO5A 3OHIA 5G1TA 2G96A 4IUOA 1GJPA 3O6DA 1I2PA 2W0UA 1TQJA 1Z44A 4RLIA 1F7BA 2RDUA 1QO5A 3ABQA 4MY8A 3ELFA 1OX4B 5L9FA 4YXGA 1W8SA 5D30A 4HKPA 3B05A 5K9XA 3M1ZA 4NXKA 4E0CA 5EPDA 1X1ZA 1EA0A 5I3HA 1C9DA 4DF0A 4M7SA 3M44A 1NAL1 3NQVA 2JGQA 4LV9A 4GWEA 2CLFA 2QCDB 3LI0A 4LU0A 5CPOA 2H90A 3FEMA 4RZ6A 1YPFA 1ZENA 4JDBA 4OWGA 2I9EA 4R7JA 1DJNA 5FF0A 3USBA 2W79A 2EF9A 1QDSA 1TTIA 3MUXA 1TPEA 2ZZ1A 4JS3A 4TIMA 2YZRA 1SO4A 1BEUA 2EAWA 1UB3A 2E77A 2PURA 2Z1BA 3QEZA 2FTPA 3GX9A 3B03A 3S5ZA 2B7QA 4O18A 1A5AA 3KRZA 3TFXA 3EWYA 1W0MA 1QNVA 3P74A 3QYQA 3THAA 4MFEA 1SQ7A 1TV7A 3AJXA 2JKPA 2H6RA 2CW6A 3W85A 4JDYA 4QNWA 2NZLA 4NX0A 1O94A 4JXCA 4ML9A 2FJKA 4Z1BA 4AF0A 3LCFA 1I4NA 4XKYB 4O1AA 3A21A 3ZWSA 3PM6A 4RJEA 3LXCA 2ZA3A 4YMZA 5HUPA 2Y6ZA 2PRHA 4A29A 3DHDA 1VC4A 5AHLA 3LTPA 5KZDA 1FDYA 3EKZA 3VFLA 3LCHA 2WJZA 4DO5A 1PE1A 4YCPA 2CLHA 1ZAJA 2P0OA 5D05A 1H51A 3HOJA 1LRQA 2VXNA 1GYLA 1G69A 2R8WA 1F73A 1W37A 3NQAA 3SSJA 5I3GA 1KFBA 3VE7A 1QPRA 7TIMA 3W1AA 4UFMA 4M19A 1KFKA 1IXNA 4ORIA 3UXAA 1Q3NA 1VYRA 4WUIA 4N9CA 2X1TA 4K7YA 3QZEA 5FI8A 5EYWA 3IEBA 2YFNA 5AHNA 4MZ8A 4FNPA 2Y62A 5D04C 2W6RA 3MYPA 4N6FA 2VFHA 4YL2A 3LX9A 2YFOA 1TREA 2NUWA 1AL8A 5BRBA 1ZCOA 4ZQPA 3M41A 5I3FA 1RQEA 1RV8A 2AAMA 4PL2A 1W5OA 1A5BA 1XKYA 1XBZA 2ZZ2A 3GXNA 3SJ3A 1LZOA 3BPWA 1DKWA 5AYXA 1JCJA 5DBUA 5I3JA 4UFIA 5FF3A 2X1UA 4UTTA 1FDJA 4E2DA 3L5MA 1DJQA 1RPXA 3O8AA 5FF7A 1UBSA 3MW7A 1PV8A 2Y89A 3C2EA 1VZWA 1W54A 5FEWA 1TPWA 4DPPA 2YYUA 4LS1A 3BW4A 4WQ6A 3C6CA 3QJAA 4JEQA 4PH6A 3TK7A 4FNQA 6ALDA 3KXQA 4FX6M 5IBXC 2UV8G 4UTKA 1Q6QA 5LSMA 3PY2A 1F2JA 3P62A 2R94A 2NWSA 3S1UA 3W22A 3N9RA 4LVFA 3P5ZA 2YX0A 4O17A 3O06A 2CU0A 3W2LA 3QMSA 4UC5A 4LW7A 2TPSA 5D33A 1UUOA 1IXQA 2VKZG 1EWEA 4M5PA 1GVSA 1ICSA 3LRKA 1OK6A 1QOQA 1WBHA 3PUOA 1UJPA 1SZFA 1S5WA 5F2IA 2BX7A 1L6SA 2WV8A 1VCGA 5LHEA 4NNCA 3H55A 2FLIA 4A21A 2VFDA 2A85A 1PIIA 3S1WA 3W7LA 3W1QA 3Q2DA 4N2YA 2X2GA 3C2OA 1FXPA 1P4CA 1T96A 1KM1A 4IX0A 3W2UA 4K38A 2Q3RA 4TU1A 2HS6A 5DCBA 2ZA1A 2FIQA 4MYAA 3D0CA 4Z08A 3N73A 3W84A 3O15A 2ISVA 1TPH1 1RQHA 3NXFA 3W7DA 1KV8A 2XN0A 3QSRA 4NZJA 3O16A 1XL9A 4UCGA 3TX9A 1W5PA 2QCLA 4JX5A 2Y63A 4RCXA 3ZWTA 4WY0F 5F4SA 3STGA 4QJ1A 1HO1A 5CG7A 3LI1A 1I45A 1SZGA 3KRSA 3UD6A 1NFBA 2QCFA 1H63A 3M5YA 2YDAA 3TH6A 5CZSA 2CLIA 4MYXA 3JR2A 2YSWA 4MJZA 2NLIA 5F1VA 1NF0A 1I2OA 3RFAA 1XXXA 2ZA2A 3PVFA 1OYAA 4MLRA 3PG9A 3HPSA 1FCUA 1TTQA 3CT7A 3NOEA 2V2HA 3LBCA 3Q94A 2YGYA 2CWNA 3I7QA 3DXIA 4JTJA 3LV5A 1TYGA 3EX2A 3L66A 4QNEA 4I9AA 1TPVA 1C29A 4AHOA 3LDVA 5G4WA 3MMTA 3TC6A 1VR6A 3CQ0A 1HUVA 2J9ZA 4CLMA 1DBTA 2V82A 1LTDA 2ZRXA 3S0CA 4UFHA 5KZMA 1XDLA 3LXAA 3NPVA 3W1UA 2J24A 2RDTA 1QWGA 4ZQNA 3W1PA 3HPZA 3PB0A 3CM4A 4GFSA 3B06A 3TAOA 4OE7A 1H7PA 2CZFA 3BW2A 1VQTA 5C6MA 4LRTA 3E49A 3LLDA 4FHAA 5C54A 3MP4A 5KSWA 1BWLA 3HIJA 1H1YA 4J9JA 4HPJA 4ICNA 5D2VA 4EVZA 2QCEA 2C15A 3UNDA 3ZR4A 4IMGA 4CNPA 3G1YA 1I2NA 4LT9A 3UWQA 1OFAA 3NQMA 5K7JA 3DFPA 4RZ5A 3TMLA 3GKFA 1TO3A 5HMSA 2WO5A 1Z48A 3QQ1A 3OVPA 3UWWA 3E9AA 4HN4A 4NJKA 3W7MA 1B3OA 3NM1A 2GOUA 1JJKA 2JK2A 2B7PA 3F03K 4Z0SA 3PBWA 4LVBA 3FJ6A 4IMDA 3EKLA 1H7NA 2X1RA 4GNJA 2ZTJA 1JQXA 1JRBA 1RR2A 5K3VA 5E93A 2I1OA 2E68A 2XN2A 4Z1CA 1MZHA 4K39A 2C0AA 4NNAA 4UNLA 1W3NA 4JTKA 4JYFA 3ZS4A 3BG5A 2ZCGA 4R53A 1YPIA 3NG3A 4O53A 1O4UA 3CLMA 4JGDA 5HR7A 3LB0A 4OHQA 1OFEA 5U7SA 4O0KA 4XWUA 4UMAA 3I7RA 1E51A 3FYPA 1D3GA 4JTUA 1K03A 3LM7A 4I7UA 5D37A 3ABOA 1W3IA 5CPNA 1YXCA 3ABSA 3W83A 4B5NA 3CC1A 3VKJA 3HMJG 1QR7A 3C2FA 4E38A 5LNUA 4IXXA 3A22A 3G3MA 1C8VA 1G67A 4RKAA 5LNVA 5AHMA 5DY3A 5FESA 4YLWA 3FKKA 3TSBA 2QUTA 1IXOA 1GTEA 4LTSA 5HNRA 2CZ5A 4JYDA 5K9CA 2GQAA 3HGRA 2C3ZA 1LOSA 1N55A 2E6DA 4H6KA 5H2ZA 1K3UA 4LS2A 1TV8A 2X16A 3W6YA 4GUGA 4A3UA 1GVOA 2ZBTA 3KRUA 2AQWA 3R5EA 3CEPA 3W1NA 3C56A 4Z1AA 4NX5A 3G8EA 1KM4A 5HINA 4XBKA 3Q58A 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 1ZFJ A;  3MI2 A;  2GVG A;  1L6W A;  4JTE A;  3W1L A;  4KWV A;  4IMF A;  5U4N A;  1VCF A;  3G8R A;  4X22 A;  2DZU A;  1O5X A;  4K6A A;  1F05 A;  4I7V A;  2F7F A;  3P60 A;  2E6A A;  3UQN A;  3DFN A;  3T78 A;  1OF8 A;  1GT8 A;  3W1R A;  3R12 A;  2ZRZ A;  1VHN A;  5CZJ A;  1SFJ A;  3B04 A;  3NQ6 A;  3WJY A;  3M6Y A;  3ATY A;  2C13 A;  4RXG A;  3CB8 A;  1Q6O A;  1LLW A;  2V81 A;  5H91 A;  2YW3 A;  2PCQ A;  4L4L A;  5A8G A;  3S5O A;  4OGZ A;  1EWD A;  3NEV A;  3NQ8 A;  1VGA A;  1WX0 A;  1OFR A;  3NAV A;  3W7Q A;  5BMW A;  4WJE A;  4O50 A;  1AK5 A;  1L6Y A;  1TV5 A;  1EP2 A;  2C6Q A;  3L67 A;  3CEU A;  1KW1 A;  2A7R A;  1KFJ A;  3NDO A;  3KVK A;  2JGY A;  4O54 A;  4X2R A;  4UTW C;  4X9S A;  3BO9 A;  5LKY A;  4U4M A;  3A23 A;  3I6R A;  3MI3 A;  3OIX A;  3UYC A;  3L68 A;  2ZZ3 A;  1SZE A;  1LOL A;  3LHY A;  5FEZ A;  3O05 A;  4QIU A;  4UTH A;  4K36 A;  3QPZ A;  1H60 A;  3W7H A;  2QAP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U8G A;  2A3C A;  1HO4 A;  4KKX A;  3KWS A;  2DUZ A;  4BK9 A;  2PRL A;  4K2S A;  5DCD A;  5BNK A;  2FB3 A;  3T6C A;  1CLX A;  3LCI A;  3E0F A;  1MMF A;  3WDP P;  4N4Q A;  2WSR A;  3V1H A;  2VGG A;  4H9Z A;  3HM7 A;  3UWE A;  4JFV A;  1E56 A;  1YX1 A;  2OTD A;  1X6N A;  4NY2 A;  3AZR A;  1RJQ A;  4BWL A;  2DZW A;  4UBP C;  1JDE A;  1S2A A;  1WPC A;  1OX6 A;  1TZ9 A;  3OOD A;  3MQT A;  3OVQ A;  4QCF A;  3PF3 A;  4JTG A;  3DFT A;  1R2R A;  1V6X A;  4ZQO A;  3VOH A;  1QML A;  3BE7 A;  4NJH A;  1SVD A;  2IKH A;  1CCW B;  2YR1 A;  1J01 A;  4FF7 A;  1FCQ A;  2D24 A;  1JF6 A;  1D7K A;  3TYZ A;  2WC3 A;  3WML A;  1F6K A;  3VIF A;  3W9Z A;  4I7W A;  4DJE C;  3C61 A;  1AJ0 A;  2BZN A;  2ZX5 A;  2FPT A;  3KRB A;  2OJP A;  4P5U A;  5BOO A;  3BLF A;  3MCM A;  1PAM A;  5F1U A;  3T4C A;  1IR1 A;  4LUT A;  4UTI A;  4POC A;  3TNO A;  4Y6G A;  3KDN A;  2DGA A;  4LUJ A;  3BUR A;  2DJL A;  4S1F A;  3BG3 A;  1PEZ A;  3G22 A;  1W6T A;  3UJF A;  1AG1 O;  3WQ4 A;  3XIM A;  2HBX A;  3OIH A;  4KFN A;  3LLF A;  4O57 A; 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