2R8WA

The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (atu0899) from agrobacterium tumefaciens str. c58
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
DMATRFKGLSAFPITPADEAGRVDIEAFSALIARLDAAEVDSVGILGSTGIYMYLTREERRRAIEAAATILRGRRTLMAGIGALRTDEAVALAKDAEAAGADALLLAPVSYTPLTQEEAYHHFAAVAGATALPLAIYNNPTTTRFTFSDELLVRLAYIPNIRAIKMPLPADADYAGELARLRPKLSDDFAIGYSGDWGCTDATLAGGDTWYSVVAGLLPVPALQLMRAAQAGNAEEAKRLDATFQPLWALFKEFGSIRVIYAAANILSLTVSEPPRPILPLTSAERQRVEEALEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (Atu0899) from Agrobacterium tumefaciens str. C58.
rcsb
molecule keywords AGR_C_1641p
total genus 104
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2r8wA00
3YPIA 3W84A 3HPSA 4J9JA 3G1HA 3DHDA 3UZJA 4JTTA 1X8FA 3G1VA 2WO5A 4FO4A 1XBZA 4UC5A 2EF9A 3CWNA 1TPVA 4M6VA 4UR8A 3MWAA 4X2RA 5EBUA 3FEMA 3HQ1A 3M1ZA 4RJEA 1XBVA 5KITA 3W7GA 3MO7A 3E02A 3OHIA 1KFLA 2DJLA 1DJQA 1IXNA 4NJHA 1G4SA 2RFGA 3G8RA 3DFSA 1TPB1 1TPEA 3QEZA 2NX1A 2CLIA 4CQ9A 1OK4A 1W5PA 2HS6A 4I9AA 3E96A 5LKYA 1SZFA 2QCDB 1LBFA 1KFBA 3C2OA 2C13A 3UWQA 1Q6RA 4O4WA 5LGXA 1UJPA 2CLLA 3UPWA 4H4IA 3HMJG 3O1NA 3L9CA 3IEBA 1ICSA 4UMBA 1P0KA 4UR7A 4O16A 1IXOA 1G67A 3BW3A 3L65A 3P81A 2QCLA 2ZZ3A 3CIWA 5DBTA 1G4TA 3DENA 4A3UA 1PL9A 3UXDA 1HFBA 2CLHA 5AC8A 4MYAA 4OHQA 5FI8A 1IGSA 4IXHA 2X1UA 5H2ZA 3UXAA 3BPWA 3H54A 4UFJA 2CZDA 4DF1A 3IVUA 3NQ7A 4NJIA 1NAL1 3P5ZA 3U8GA 2GQ9A 1FQ0A 4UMAA 2NWRA 3O6YX 4CLMA 3NL6A 3FA5A 4MLRA 4GNJA 3EX3A 5D2YA 3P7YA 2V30A 3W71A 3C2VA 2WNZA 5AYXA 3W7IA 3DU0A 3HGJA 2DP3A 1Q45A 2VEIA 2AQWA 4DBDA 1OFAA 5C2XA 3P60A 3LCLA 1IXPA 2YGYA 2YFNA 2CLKA 4R33A 1WAUA 3IIZA 2ZDRA 4MY8A 3OA3A 1JRCA 1KTBA 2NLIA 3GK0A 3QW3A 3PUOA 5G4EA 3GXTA 2Q8LA 4UTWC 3THQA 1JQVA 3L0NA 4AB4A 2VFFA 1O94A 4R34A 1NFBA 1N8FA 3M16A 4FX8A 1Z44A 3W1RA 3GDKA 1LDCA 5EA9A 4O1AA 2WKJA 5CZJA 3UWVA 2YXGA 3ABQA 3E12A 1GTHA 3CHVA 2ZTJA 1VCFA 3EWWA 1I4NA 5AN7A 2X16A 4YWIA 4JTLA 4GFSA 5A8GA 4PC8A 4O11A 2C1HA 4N6EA 2A6NA 3W9ZA 4IGHA 4N02A 1THFD 1OX4A 2CZ5A 3HBLA 5KZDA 2QCNA 2ZTKA 1NF7A 3STGA 3GAYA 2NXIA 3W7PA 3NO5A 5D04C 5G1YA 4ZQMA 1F7BA 3W76A 2R91A 5DELA 5I3IA 3G24A 3VCRA 3LCHA 4OGZA 3LCGA 3B0UX 1QPNA 3W70A 4UIOA 3DFTA 3STFA 4FX7A 2E6FA 4XWUA 4FX6M 4GUFA 4UFLA 1Q6LA 3EWUA 1NSJA 5AFDA 3PUDA 3S1XA 2V5BA 4LY8A 1W5OA 3B05A 4PCFA 3NQ6A 2Z6IA 4WQ6A 5U7SA 5AYYA 2YR1A 4CCCA 1O95A 3W7JA 1TPC1 2HS8A 4JTJA 2C15A 3LBCA 1GVQA 1OFOA 3A5FA 1WYIA 4OV4A 3KVKA 2Y7FA 3LTPA 1H7WA 4XZ9A 3F4NA 4PEKA 2HSAA 4FEZA 4EIVA 1FUYA 4UTTA 1F74A 3GDMA 3GIYA 2ZBTA 2ABBA 5AHLA 2Y7GA 3A22A 3I7RA 1Q6OA 4M5PA 2CLOA 3W7RA 1F5ZA 3QJAA 1LTDA 1C9DA 4NNCA 1O4UA 1ONRA 3DI0A 4MPQA 4K36A 2A2IA 1H1YA 4A2RA 4HPJA 4O0ZA 2VEKA 4DPPA 3IGSA 2R8WA 1OJXA 2P10A 3N34A 3G0XA 5A5WA 2W6RA 4O1DA 3TE9A 3RNDA 2H8ZA 1RD5A 1DVJA 1PVNA 2NXGA 3QM3A 3NG3A 1HUVA 3LI1A 2BLEA 1SU5A 1YDOA 2YSWA 2ISSA 4UFIA 5D38A 2IQTA 2EPHA 2WNQA 3HOJA 4MY1A 4BI6A 4P2VA 2JGQA 3S42A 4YXGA 3TFXA 5F4XA 4HKPA 3ZWTA 1HO4A 1VYPX 4N2YA 4DF0A 3U6WA 2Y88A 3TCEA 3LXBA 4UTUA 1JR1A 3O07A 5IBXA 1FXQA 1GQNA 1TIMA 2VELA 3W07A 4DO6A 2J6XA 1MEIA 3MI3A 3O16A 3ABSA 4ZQOA 2QKFA 1A5AA 2YW3A 4NJGA 5EKYA 8TIMA 4JIQA 4IWWA 3MP5A 1EWEA 1OFBA 4Y8FA 3D0CA 5I3FA 3A24A 2QUUA 2A0NA 3WFAA 3DAQA 5CPNA 4PFMA 4AHOA 3SGUA 3IRDA 4O0KA 3O8AA 2TYSA 5F4WA 3W7OA 2Y6ZA 3UPBA 4TO8A 1FY6A 3N2MA 2XN2A 5CZSA 5FF0A 3KHJA 1K02A 5IM51 1OFPA 3Q2DA 4S2BA 4X22A 2DZTA 4QNEA 4WX2A 3M47A 5HMSA 4K7YA 5I3KA 4ONVA 3QPZA 1LLZA 3QC3A 4CNOA 3LM7A 4FXRA 4NT0A 1X1OA 1UUOA 3W1XA 1J4EA 3KVMA 1YADA 1IIHA 4QISA 4GUJA 2TMDA 2Y62A 1WX0A 1Z42A 3PM6A 4ORIA 5E0KA 4KFPA 4XKYA 3KVJA 1QOQA 1TMHA 3DFPA 3IIVA 3W7EA 1EEPA 1GWJA 3LHVA 3EX2A 1SFJA 3R8RA 4JTEA 2FLIA 1MEHA 4MLJA 2HTMA 1UB3A 2FPVA 3W7LA 1BEUA 2JBMA 3C3NA 2GVLA 3E9AA 4LUIA 4KWVA 2Z0IA 2E09A 4M7TA 3IGUA 2WJZA 3NL3A 1E51A 1OF6A 3EWXA 3S5YA 2WSRA 1MSSA 4RZ4A 3TK7A 4HNUA 4NU7A 3AO0A 3LCFA 4A21A 1LYXA 3QQ0A 3P61A 2Z1BA 1TSIA 5EY5A 2ZZ7A 4LW7A 3RLUA 3TFCA 2VKZG 4JGDA 4MYXA 1K3UA 2E5BA 2H8XA 1VRDA 4JTHA 3LLDA 1OX6A 1EA0A 3BW4A 4HNTA 4O53A 3B8DA 3GDRA 2CU0A 5LNVA 2QDGA 3W87A 4JD4A 1F2JA 1LBMA 3MUXA 3PBYA 1WQ5A 4AF0B 1LRNA 3M44A 2J9ZA 3BG5A 4Q4KA 3W2NA 3W1LA 1LRQA 5G2IA 4AAJA 4UTHA 3GDTA 1VS1A 1HTIA 1TPWA 4R7JA 1XXXA 2A7PA 3UNDA 4IMFA 4QM1A 4E2DA 1H7NA 3GZ3A 4AWSA 3TR2A 3FFSA 5DLCA 3CIXA 1QDSA 3P84A 1ZFJA 3FJLA 2FIQA 3G0UA 4PH6A 3L0KA 4OE7A 2TPSA 2EHHA 5DY2A 5AOUA 3LDVA 1SFLA 5GVJA 4HN4A 3T7VA 1PIIA 1OABA 2CFFA 4L4LA 5KTLA 3W7NA 1FDJA 1Z48A 3NQAA 3CU2A 3TV8A 5F4SA 1OYAA 3O05A 1L2UA 3L5LA 4MVAA 1QAPA 5U4NA 4UNLA 2ZRVA 2G95A 4LS2A 3M43A 5AHMA 1TTJA 1I2OA 3UD6A 1A5BA 3EX1A 3P80A 3GNDA 2G5WA 4W9TA 4HSNA 5HUPA 4BWLA 3EXRA 1M5WA 2VFEA 1LOQA 3JRKA 2VEPA 3CLMA 3NZ1A 1FWSA 4O10A 3LHZA 2ABAA 3M5ZA 2DORA 3UY7A 2H3DA 4QQ3A 5D2WA 3G1XA 3EX6A 3P8JA 2GOUA 1BWKA 4DBEA 2B7QA 1VQTA 3NXFA 5LNWA 3ATZA 3LERA 5T26A 3GNNA 4IPJA 3HG3A 2DJXA 3P8IA 4OQVA 4N9EA 3HG2A 1VPXA 3GVGA 1AMKA 1SZGA 4Y96A 3DGRA 3W7MA 2F84A 3N2XA 1C29A 3NQDA 2VFDA 1R2RA 5F2LA 3S8HA 4Z08A 2DZVA 1YXCA 3BG9A 3B06A 1VCGA 4GXMA 3ABOA 2EKCA 3C2RA 3DFNA 1SO4A 1OVDA 1EX5A 4XQ6A 1ADOA 3UWUA 1GVSA 2QJGA 1KM2A 4EF9A 1QCWA 3WK1A 3B0VC 5DCDA 3DKJA 4L4MA 3W7HA 1KV8A 2E5DA 2I1OA 5CGQA 3P62A 1CI1A 3PBUA 5HWMA 2ZZ1A 4IQLA 3UWYA 3OVQA 4Z1BA 4X9SA 4QNWA 1IXQA 5FEZA 4PODA 1ZAHA 3A21A 3N19B 3TQVA 4KKXA 1T0OA 1H7RA 4LVDA 5K9XA 4FB7A 3W86A 1FWWA 2P1FA 2FJKA 2Y89A 2QJIA 3I65A 1P1XA 2PRLA 3G1YA 3GLCA 5MHBA 4ZMGA 5H91A 3ZFHA 3WJSA 5E93A 3HPXA 3LHWA 3G1AA 3WJWA 1FWNA 1TCDA 4PL1A 1SW7A 3PF3A 4WXYA 1YPFA 3WK3A 2XN0A 4Q33A 4NJKA 4ZQNA 3NAVA 5AHFA 2CLMA 3QMTA 1LLWA 3QQ1A 5FESA 5AHIA 4ALDA 2FQIA 2QF7A 3G0SA 3NPXA 4UTLA 4LV9A 4WY0F 3HO8A 1A5SA 2XN1A 1VZWA 4JX5A 2V81A 3L68A 3TXVA 3S0CA 4AXKA 1J5TA 3O6CA 3PS7A 3TIMA 4MIMA 1X7FA 4WOZA 3BLFA 3NYZA 1KFEA 3STEA 4Z0SA 4AWUA 4KWWA 1VYSX 5LHEA 4TIMA 2JKEA 2GQ8A 3PULA 4GWEA 1F05A 1WXJA 4EVZA 2NXHA 2ZRWA 1ME7A 3NEVA 4NUWA 1I45A 3TDFA 2OMAA 2QDHA 4RLIA 2Z6JA 3W1AA 3IV3A 3BARA 1G69A 5ABTA 4E2BA 2J9XA 2C3ZA 1LOSA 3LI0A 1LOLA 4AMAA 1ZALA 2YZRA 5CPMA 2V0TA 4O15A 2VENA 3IIPA 1WOBA 4MZ8A 1XC4A 3JS3A 2B0MA 2WPBA 3MI6A 1W54A 3DXIA 3E0IA 4ADTA 2RDWA 4LVAA 2BZNA 3M5XA 1F6PA 2KZHA 4JEQA 3LGEA 2WQPA 3TA6A 3QSRA 1OF8A 4I7VA 2JKPA 4JTUA 2Z2UA 5F2MA 3W88A 3VFLA 3WJXA 4A29A 4OBTA 3TXZA 1TQJA 3A5VA 4LRSA 2OT1A 3P82A 1W8SA 2C19A 3I7SA 1EWDA 4IPIA 4LVGA 5C55A 2PE4A 3NGJA 1TB3A 1QNVA 3HGOA 2NX9A 1YTDA 4NXSA 3GKFA 1WOAA 1QPOA 4O57A 1OFRA 4RCXA 3B0PA 1RR2A 5D09A 5LHFA 4U4MA 5DN1A 4LOCA 1WV2A 3R13A 5D2TA 2B7OA 3C52A 6ALDA 1I2QA 3C2FA 4K8HA 3LV5A 5HQEA 5K9CA 1A53A 2H3BA 3TNOA 1F76A 5BW6A 4ADUA 2GJNA 5HULA 1JUBA 4NZJA 2TSYA 2V5LA 3ABRA 1YXYA 5J5RA 1SSDA 3R2GA 1EUAA 4QIUA 1XBYA 4UTKA 3M5YA 1FBAA 4UTIA 3SY5A 3PBWA 3EKLA 1W3TA 2FTPA 1RQHA 5D37A 1S5WA 1KLZA 4WY0B 1K7XA 1R47A 1G7VA 3BGJA 3EX4A 1QR7A 3RFAA 2A85A 2QAFA 3TW7A 1TJPA 3EXSA 3FKKA 1MZHA 2FPYA 5DCEA 4GE8A 2QAPA 4E0CA 2VOMA 4O12A 1KM6A 3T44A 1OHLA 1FCQA 3BLIA 2W0UA 5FF3A 2C0AA 3HG4A 1AL8A 1JCMP 1JUEA 1TV7A 1LRTA 1XM3A 1HG3A 1H50A 1ZAIA 1WBJA 1PS9A 1W3IA 4DPQA 3P74A 1TTIA 2PC4A 4ORMA 1FDZA 2ALDA 2QEZA 3BLEA 3FYPA 3G3MA 2QCDA 1KBIA 1J2WA 3O63A 1FCUA 3QFEA 5CKSA 5G5IA 3PVFA 3TQ0A 2NUWA 3TW6A 1OYCA 3G1FA 2A1YA 3FJ6A 4I7WA 1M7PA 3RF9A 5TQLA 4IMGA 5D30A 4AHPA 2YFOA 4LVFA 1DQWA 2NUYA 1QPQA 1ZHAA 3K30A 4RZ5A 1JCXA 4O17A 1XL9A 3EKZA 1I2RA 2B7NA 3TJXA 5AHEA 3LHUA 4HNNA 3TC7A 3M7WA 2YYUA 4AEOA 3TMLA 3W1NA 1FX6A 4QJ1A 4YCPA 3W75A 3BW2A 3ATYA 3FKRA 4H6KA 4LUJA 4UTTC 1F6KA 4WOQA 4XBSA 4CCEA 2Y61A 1H1ZA 3EWYA 3SW6A 2NV1A 1GYNA 4DEFA 5HJLA 4JY9A 2V2HA 5C5YA 5KMYA 3G3DA 2OT0A 4WD0A 4UFHA 4A2SA 3TH6A 3UYCA 3N73A 5CG7A 3BGGA 5I3HA 1QPRA 2ZYFA 2FB2A 1V5XA 1RVGA 3DKLA 3CM4A 1VYRA 4A22A 4JTFA 4U28A 2YPIA 4QAIA 4N4PA 4DQWA 4GUIA 4FNQA 5LZLA 2ZA3A 1JULA 1O5XA 1GG0A 1WDWA 1W0MA 3S9YA 3LXCA 3N9RA 3F4WA 5LNRA 1UBSA 2GPTA 2J88A 1OG0A 3CEPA 5DBUA 4IJBA 1VH7A 2B7PA 4Z1AA 2ZRZA 2ZA2A 3R12A 5D32A 5EPDA 2CWNA 4JTKA 3PAJA 3O6DA 2VEMA 5F2GA 5K7JA 3FYOA 1RPXA 4BI5A 3SJ3A 1CW2A 3C8FA 3W73A 1ZNNA 3O06A 2JGYA 5IBXC 3STCA 5BMXA 4K37A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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