2R8WA

The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (atu0899) from agrobacterium tumefaciens str. c58
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
DMATRFKGLSAFPITPADEAGRVDIEAFSALIARLDAAEVDSVGILGSTGIYMYLTREERRRAIEAAATILRGRRTLMAGIGALRTDEAVALAKDAEAAGADALLLAPVSYTPLTQEEAYHHFAAVAGATALPLAIYNNPTTTRFTFSDELLVRLAYIPNIRAIKMPLPADADYAGELARLRPKLSDDFAIGYSGDWGCTDATLAGGDTWYSVVAGLLPVPALQLMRAAQAGNAEEAKRLDATFQPLWALFKEFGSIRVIYAAANILSLTVSEPPRPILPLTSAERQRVEEALEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (Atu0899) from Agrobacterium tumefaciens str. C58.
rcsb
molecule keywords AGR_C_1641p
total genus 104
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2r8wA00
1IIHA 1JVNA 4O1AA 3WK3A 1FXQA 3QW3A 3LCLA 1KM6A 1PCWA 4O18A 2Y88A 2ZDRA 4QITA 2V2CA 1CW2A 1OX4B 3V75A 2QJHA 3DZ1A 3O16A 2ZRVA 4DF1A 5EL1A 2QUVA 4AMAA 1GZGA 3LXBA 4EIVA 4DELA 5LNRA 2XN2A 3QPZA 1OFDA 1G4SA 4FO4A 4LVBA 3NM3A 3P5YA 3NPVA 2GVGA 1LZOA 1AL7A 4JICA 2YXGA 1AW2A 1QPQA 2Z1BA 3HQ1A 3W7MA 5HWMA 2WPBA 4OBTA 4JD4A 4Y9AA 1TPDA 3B8DA 3PB0A 3UWQA 4GBUA 5KINA 3IIXA 3EWYA 2AGKA 1XL9A 4Y6GA 3DI1A 3Q37A 3LM7A 3MYOA 2QCLA 3CTLA 5I3FA 1DJNA 2WNQA 1OJXA 4FNQA 1QWGA 1LOLA 3QSRA 4JTHA 1H50A 2Y63A 2V0TA 4BI6A 1XBYA 4AWTA 2DU2A 4BR1A 3ELFA 4NVTA 2CLOA 3GAYA 3HIJA 4IMEA 4FNPA 3NL5A 1PL9A 3LCHA 3W70A 4IOTA 5D32A 3W86A 4MKNA 1OVDA 3P8JA 3G22A 1MXSA 2QCDB 3DU0A 4PL2A 2GPTA 5D33A 5C55A 3OEXA 2QEZA 2NWRA 2VXNA 2NV2A 3TROA 1GPWA 3G1VA 5LNSA 1WV2A 3GKAA 2E6FA 2YDAA 2EAWA 5DCBA 4UTWA 1F76A 3ABRA 3DAQA 5D03A 3O06A 1L6WA 4JX5A 1C9DA 3W74A 4DO5A 2X1UA 4HNUA 3NYZA 4NU7A 1A5CA 3FFSA 5TIMA 3G1DA 1FDYA 3T44A 4FIQA 4IGHA 1SQ7A 1V7YA 2VEIA 5E0KA 3EWZA 3H53A 3T55A 1EWEA 1GJPA 1TPC1 3S8HA 3QYQA 3O05A 5F2LA 2A6LA 4CCCA 4JIPA 1SZNA 3O07A 3B0VC 5AHIA 2V8ZA 3U6WA 4O8RA 2VOMA 4O15A 3NPWA 4CCDA 3MUXA 5BMWA 4I9AA 2Q3RA 5HULA 5K7JA 3L67A 3HPSA 3M5XA 2B7QA 3UPBA 3CIWA 3EKLA 3IIZA 3EXTA 1R46A 3T40A 5HWJA 4IJBA 5C5YA 3GR8A 4IPJA 3FS2A 3G24A 4UMBA 3CLMA 3PM6A 4N9CA 4C1KA 3AO0A 2E6YA 3PUEA 1KM5A 1Q6OA 3W7OA 4AXKA 3P8IA 2ZA3A 4NNCA 3ZR4A 3BLFA 3NM1A 2H8ZA 1ZAJA 4IX2A 2DZVA 1P0KA 3W1UA 4E2BA 2C3ZA 1YDVA 3TAOA 2BWGA 1H60A 1RD5A 4L4LA 4AHPA 4O28A 1OFEA 5CPOA 3LLFA 3USBA 3UWVA 5F2GA 3W76A 4PH6A 5DN1A 4PFMA 1YDOA 4LRSA 1TRIA 2FPYA 4JTTA 3HO8A 1KV5A 3O15A 4UFKA 3DHDA 3PUOA 5L9FA 1W54A 1PHQA 3HBLA 3M6YA 2CW6A 4Q4KA 1VLIA 2CLHA 4XKYA 1GVSA 1G4TA 4D2JA 2YZRA 1ALDA 3W2KA 1FDZA 1U83A 2VFFA 3OA3A 4QAIA 3EWUA 2J9ZA 1LTDA 4LC6A 3IVSA 1G4PA 5T26A 3GKFA 4E0CA 3DENA 4NQ1A 3TW6A 5K9DA 1OFOA 1QOPA 4TMCA 4FIRA 1HG3A 5K9CA 4LTSA 1NF0A 3LCWA 3HPZA 4AWSA 3IIPA 5KZMA 5EKYA 4MY9A 4UMCA 2G95A 1W0MA 5F4WA 1TJRA 2OT1A 4IMDA 4RV8A 1XBVA 1A53A 3S5ZA 3NQDA 1ME9A 4IX0A 1H7PA 1VLWA 3GAKA 3LTYA 1H63A 3RLVA 4JY8A 3VE9A 5AHMA 1TIMA 3W2MA 5FEXA 2YX0A 1B3OA 1SU5A 3ZWTA 2QCFA 1ONRA 2OT0A 4OHQA 3I6RA 2H6RA 2X30A 2ZZ5A 3TIMA 3JRKA 4KFNA 4NXSA 1TTQA 2CLKA 5FF2A 5A8GA 1F7BA 3W85A 3SY5A 3THAA 3UZ5A 4W9TA 3OVRA 1GVFA 2A21A 3BK0A 4AF0A 4FNSA 4O4WA 1SO3A 2FQIA 4JIQA 4WXYA 5FEWA 3KVMA 1XI3A 1W3TA 1WBHA 2ZZ6A 4BWLC 3P61A 3W7LA 1OHLA 1H1YA 5A5WA 3P5ZA 3P74A 3CT7A 4O50A 3C2FA 3STCA 4DO6A 2GQ9A 2CZ5A 1RPXA 4HNVA 1ICQA 1IXNA 2R8WA 2CLEA 3EB2A 1JQXA 5LNVA 3LDVA 2TYSA 2RDUA 2C1HA 3G0UA 1H61A 2KZHA 3LCFA 4GUIA 3N3MA 4JNMA 2CZFA 4GXMA 1JCMP 1AMKA 3P82A 2YYUA 1ICPA 3R5EA 2UV8G 4JS3A 4RXFA 4UIOA 5D2VA 1N7KA 1G7UA 1XCFA 6TIMA 4HIBA 4AHQA 4UTKA 1GQNA 4MZ1A 1VYSX 3UWWA 2CU0A 3NQ8A 1PVNA 4K37A 3W84A 5C6MA 3W7CA 4O1DA 4ORIA 4JTSA 3CC1A 1DQWA 1WX0A 2Y7GA 4Z0JA 4NNBA 1SPQA 1OFAA 1G7VA 3OG3A 3E96A 2I14A 1G67A 1QR7A 1KW1A 2DZWA 3LHTA 4AHOA 4Y90A 3GB6A 2DZUA 1OYAA 3W1QA 1PCKA 2ZYFA 4UTJA 4WOZA 5LGZA 3NPXA 3B4UA 4O10A 1F74A 3MBFA 2WO5A 2OMAA 1SO6A 3VE7A 1YADA 3W2JA 4JYDA 1YPIA 2B7PA 1SSDA 3NQMA 3KVLA 3C3NA 1O5XA 1KFBA 3C4UA 3QSTA 5K2ZA 4WZHA 5AC6A 2A6NA 1WBJA 4JTGA 2QJIA 3PBWA 1KFKA 4JTEA 1TPUA 3FKRA 1GVRA 2A7PA 3SFKA 2NX9A 4A3UA 4TU1A 3TV8A 3I68A 1SO5A 4MYXA 2ZZ3A 2ZA2A 2G5WA 1UUMA 3S5OA 1YTKA 4WY0A 3L5MA 3EWWA 4ZQCA 2RFGA 2HMCA 1TO3A 2H90A 3CIXA 1W3NA 1EEPA 5BNKA 3CQ0A 1B57A 5BOOA 2VELA 3GDLA 3TR2A 1H7NA 1TSIA 1CI1A 1EIXA 2YYTA 1LBMA 2J27A 2X2GA 3QC3A 4JXCA 2ATMA 2BLEA 3EX1A 3W75A 2NZLA 1H7WA 1P5BA 4M6VA 1K03A 3W1PA 4EF8A 1XBZA 4EVZA 4DO4A 4LVGA 3OVPA 5CSRA 1HO1A 2FJKA 3LI1A 1ZY9A 3QQ0A 4WX2A 3AJXA 3IIOA 6ALDA 3Q94A 3QW4B 2VEMA 4ZQPA 4FF7A 2O7SA 1UB3A 3SIZA 2J9XA 1JCNA 4O54A 4O4VA 1OX4A 4O14A 3R89A 1KLYA 3QFEA 1J2WA 1JCLA 5CZTA 3MP4A 3CB8A 5LSMA 1WOBA 1RQBA 3N19B 3W6YA 3WJWA 4N4PA 3KRUA 4ZQMA 3M43A 1JUEA 3GXNA 3KRZA 4AB4A 2WV8A 1FCQA 1A50A 1TPWA 4OWGA 2ALDA 2VC6A 4O1BA 1FWTA 3SR7A 4I7WA 1GYNA 4FNTA 4YWIA 1SFLA 3FYOA 4CQAA 5BW6A 1O4UA 3TK7A 3TJLA 2H3BA 2HTMA 3FIGA 4UXDA 4PODA 4O52A 3IEBA 2VFDA 3GZ3A 4M6PA 4GWEA 4ZQOA 2Y62A 4X3ZA 4TO8A 1FWWA 1KTCA 2C0AA 3LGEA 3IVUA 3HF3A 4N4QA 3DH7A 5FF3A 1Q6RA 1QOQA 2Z6JA 3IV3A 1C29A 2Q8LA 4FXSA 4ZQRA 3W7DA 1A5AA 3STGA 2Q3OA 3TX9A 2GUUA 1YTDA 2RKXA 3EEGA 1R47A 2A0NA 3W2UA 1MEHA 1R2SA 3QQ1A 2F84A 2QF7A 3W88A 1M7PA 3S5YA 5F1UA 1LORA 3IGUA 1W37A 3OBKA 4UUIA 3P80A 4MJZA 5F2IA 5DELA 3W1XA 3VCRA 3NQGA 4POCA 4UFMA 3TFCA 4IUOA 4RZ4A 3W72A 4K8EA 4LU0A 3ABOA 4DBEA 1GOXA 2HS8A 4P61A 1R2RA 2PRLA 4JEQA 3G1AA 2HSAA 3G3MA 5KTLA 1N55A 3H54A 3E49A 1ZFJA 4RLIA 2NV1A 2VKZG 4BK9A 3TSMA 1KBJA 2DZSA 1KTNA 3DHFA 5K4ZA 2FPTA 5CGQA 1EUNA 5IBXC 3QH2A 2FPVA 5AHLA 3EXRA 4IXHA 3L9CA 4LRTA 1GG1A 3ABQA 1P4CA 3LV5A 2R14A 3T4CA 1YXYA 4ORMA 5HR7A 1KM2A 3LTSA 4LWWA 5FESA 4KWWA 4TR9A 3HMJG 2E68A 3SECA 1DBTA 3GXPA 3NPUA 4LVDA 3N34A 4RZ5A 3TCEA 1KFJA 1EA0A 2DZTA 1GTHA 5G2HA 3UD6A 5DBUA 2VFEA 5BRBA 3UNDA 5KZEA 3TQVA 2BZNA 1FDJA 2CLMA 4OU1A 4LV4A 5G1TA 3B04A 5D2TA 3NGJA 5FEPA 4QJ1A 2WSRA 3DFQA 1OF6A 3PVFA 2WNNA 2PCQA 3PBVA 2XN1A 1WA3A 1WXJA 4S2CA 3UXAA 1J4EA 1KM1A 1F2JA 3G1SA 3LHYA 4A29A 2HS6A 5DLCA 2E5DA 4O1CA 1W3IA 4OV9A 1OFRA 2YCEA 5DCEA 4S1FA 2FB2A 2QKFA 3PAJA 3NG3A 4UFLA 2GVJA 2VEPA 3N9RA 2ZZ2A 2ABAA 1QDSA 3W9ZA 1QFEA 1TRDA 2ATSA 2LLEA 4UTLA 1W5NA 2VFGA 3S1VA 1LRQA 1GT8A 1SO4A 5FF0A 4UTUA 2TMDA 3M16A 5EMUA 3MP5A 1UBSA 2QDHA 3DXIA 3LRLA 3BGGA 3QRHA 5FI8A 1X7FA 2Y7EA 2CWNA 4B5NA 3LHZA 4LV9A 2DJXA 3BV4A 4K36A 3WJZA 1FX6A 1LRTA 4NJJA 3VKJA 3NL2A 4LS2A 3MJYA 4BWLA 4O11A 4Q32A 5H91A 1MEWA 1K8XA 1AL8A 5CSSA 3B0PA 3HGRA 5LGXA 4GUFA 1NEYA 4MOZA 5AHNA 3P60A 3DFTA 3W1AA 4JN6A 1NVMA 2WJZA 3P67A 3W7QA 2Z6IA 3FKKA 1WYIA 2X1SA 3FJLA 5FF4A 2YFNA 3NEVA 2Y61A 2QUTA 3C2OA 1S5TA 3U2OA 2FLIA 2ZRYA 3O6YX 4L4MA 4BI7A 1YXCA 3IRDA 4HN4A 5U7SA 1PE1A 4IMFA 4JYFA 3WK1A 3LTPA 4HKPA 1ZNNA 4YCOA 1W5QA 2E5BA 5G4WA 4ZQNA 1D9EA 1Q45A 3GNDA 5AYYA 5HINA 1TPVA 3MBDA 1W31A 5DCDA 1B4KA 4Z0SA 4U4MA 3U8GA 1XUUA 1XM3A 3TMQA 4I7VA 1VYPX 3G8RA 5F2MA 4XTDA 3W7EA 3OIXA 3LV6A 1EP2A 2E77A 1SW7A 1JULA 1LRNA 4EWND 3M44A 3S1XA 1QPRA 1VC4A 1WDWA 1ZJIA 3ZS4A 4NZJA 2V2HA 5AHFA 1H7OA 5HQEA 1H7RA 1I2OA 2PC4A 4P2VA 4S2BA 2JBMA 1FUYA 4KKXA 3CWNA 5AOUA 4ZMGA 3BVJA 2J6XA 3S6DA 1DHPA 2B0MA 2QCCA 3IGXA 2CZEA 3HOJA 4UTHA 1EP1A 3KOFA 3LX9A 1K3UA 3CEPA 1WQ5A 4DXVA 4AH7A 4AEOA 3KAOA 5AB3A 3MI6A 3JR2A 5F4XA 2Z2UA 5D30A 1TB3A 4ADTA 3CEUA 4LOCA 2NUXA 4FEZA 2ZBTA 3L2IA 3DFNA 3TMLA 2A7RA 3B05A 2OCZA 3TSBA 1DORA 4CQ8A 4MJMA 1FWRA 4H6KA 3A22A 4Z1CA 3SGZA 1VGAA 1FY6A 2X1TA 3W7PA 1TQXA 5CZSA 4IWWA 4UFIA 4WOQA 3LXAA 5AFDA 2Y89A 4RK8A 3ABSA 3LCGA 4ZZ9A 2OX1A 1TTPA 4FX7A 2B4GA 4MFEA 7TIMA 1KM4A 2RDTA 4MPQA 2NWSA 5D2XA 3THQA 4K39A 3B03A 3CPRA 2ZZ4A 3TKFA 3PF3A 2V82A 4IMCA 2E6AA 1IGSA 2ZTKA 1LOQA 5D37A 3E02A 4OT7A 1Z41A 5DXXA 1VQTA 1KM3A 3IIVA 3N2XA 3W1LA 1TV7A 1X6UA 1KV8A 4UR7A 2Y85A 3TW7A 4JY9A 3GDTA 3BLIA 1HFBA 3G0XA 3NNTA 1B4EA 4NX5A 2JGQA 3BG9A 3STFA 5CPNA 1GVOA 1SZFA 1N8FA 1ZCOA 2YR1A 5G1YA 1LDCA 4O19A 4QSHA 5DBTA 4KFOA 4O13A 1MO0A 2A1YA 3N9SA 4JDBA 1SZGA 3O63A 2B7NA 4XKYB 4IXXA 5I3GA 5HUOA 1BWKA 4XBSA 1H51A 1QO5A 3PG9A 4FHAA 4UNLA 3SSJA 2B7OA 3LERA 4C1LA 5D04C 3L5LA 2R94A 5L6UA 1F6PA 1KTBA 1E51A 4JTFA 2QR6A 3QZEA 4AWUA 1S5WA 4RKAA 1JQVA 4Z08A 3OVQA 4XTIA 2GQAA 1W5PA 1DOSA 1UCWA 1TPB1 1B9BA 4M6QA 4MLJA 5HWNA 2V2DA 5CPLA 3QEZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WDR A;  1IIH A;  4TV6 A;  3GVW A;  4O18 A;  2VWT A;  1LT8 A;  1K9F A;  1RA0 A;  1V3K A;  2DVX A;  2V2C A;  1CW2 A;  3O16 A;  4LBR A;  2QUV A;  2UY5 A;  2IQD A;  8XIA A;  1G4S A;  3O2L A;  3MSR A;  3NM3 A;  3P5Y A;  4Q3M A;  2PWE A;  1QPQ A;  2WPB A;  4OBT A;  2EG7 A;  1CXH A;  2F2H A;  3EWY A;  2PAJ A;  1OGS A;  3DI1 A;  1T8Q A;  5EU9 A;  3CTL A;  1DJN A;  4FNQ A;  3VGE A;  4BEQ A;  4MJ2 A;  4GNV A;  4J2M A;  1U22 A;  4WDT A;  4AWT A;  2DU2 A;  1IR2 A;  3NUK A;  4FNP A;  4CD6 A;  3NL5 A;  4AW7 A;  4IOT A;  3H4W A;  2YA1 A;  4CN4 A;  4ZGY A;  3ME3 A;  1OVD A;  1MXS A;  2VC9 A;  4HOZ A;  3IPW A;  2VQT A;  4PL2 A;  1GHS A;  2GPT A;  3RRX A;  1EH9 A;  5C55 A;  2BG5 A;  3RM8 A;  2OO0 A;  2QEZ A;  3GG1 A;  4WKH A;  3IJ8 A;  2E6F A;  3MAN A;  1UWI A;  4GI4 A;  3K8K A;  1PKN A;  3QHM A;  4F48 A;  1L6W A;  3QQW A;  4JX5 A;  1C9D A;  1A4M A;  5TIM A;  3G1D A;  3OLI A;  1IT7 A;  1XIC A;  2B81 A;  6ENL A;  1ZSX A;  3T44 A;  3QLL A;  4IGH A;  4UOJ A;  3E0V A;  5C9X A;  3LEP A;  1W17 A;  1TPC 1;  3ZQ9 A; 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