2RDWA

Crystal structure of human glycolate oxidase in complex with sulfate
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
RLICINDYEQHAKSVLPKSIYDYYRSGANDEETLADNIAAFSRWKLYPRMLRNVAETDLSTSVLGQRVSMPICVGATAMQRMAHVDGELATVRACQSLGTGMMLSSWATSSIEEVAEAGPEALRWLQLYIYKDREVTKKLVRQAEKMGYKAIFVTVDTPYLGNRLDDVRNRFKLPPQLRMKNFETSTLSFSPEENFGDDSGLAAYVAKAIDPSISWEDIKWLRRLTSLPIVAKGILRGDDAREAVKHGLNGILVSNHGARQLDGVPATIDVLPEIVEAVEGKVEVFLDGGVRKGTDVLKALALGAKAVFVGRPIVWGLAFQGEKGVQDVLEILKEEFRLAMALSGCQNVKVIDKTLVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
publication title Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hydroxyacid oxidase 1
total genus 133
structure length 359
sequence length 359
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 2007-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2rdwA00
1EP1A 3MHFA 1FWNA 3INPA 4O0KA 3HIJA 1GTHA 4NXKA 4JX5A 5G2HA 2DZPA 2JKPA 3CWOX 3W7LA 3S1XA 2CFFA 4IMFA 3W7IA 2ZZ7A 4UNLA 4WUIA 1D3HA 4JXCA 4UTUA 2OX1A 3OVQA 3NL3A 3M41A 4IMCA 1KW1A 4AXKA 1SU5A 3DHDA 1D3GA 2W0UA 4Z0SA 3QPZA 1JUEA 3ABRA 3N2MA 2Q3RA 4LVFA 4N6FA 4RXGA 5FEXA 2HMCA 4N4PA 1SZFA 2Y7EA 3UPBA 1W56A 1XL9A 2A7PA 3PAJA 4ZQOA 2CLIA 1AW5A 1P5BA 4K8EA 1L6SA 3UNDA 5K9XA 4WY0A 1ZFJA 2OT1A 1JRCA 4A3UA 3G8EA 4NJKA 2VXNA 5EL1A 3QMSA 3OEXA 2A5HA 3LX9A 1K3UA 3S5ZA 2YDAA 4AHOA 4IMDA 1ME9A 2E5DA 2Y61A 2NXHA 1PE1A 4NXSA 1JCNA 1BKSA 4BI5A 2ZFAA 3HBLA 3HGOA 1H60A 1RQBA 1O5KA 1G4PA 1G7UA 4UTLA 3DZ1A 1DQWA 3G1DA 1L2UA 2C6QA 1S3HA 3WK1A 4E0CA 2J9XA 2EAWA 4XTIA 3DI1A 4CCCA 1U83A 2AGKA 5H91A 1MSSA 5F2IA 5K4ZA 1X8FA 3O1NA 2BWGA 4S1FA 4XKYB 3C2VA 3BGJA 3UWZA 2R94A 1H51A 1U5JA 4MJZA 3HGJA 3W7DA 6TIMA 2E09A 2X2GA 3I7SA 5KSWA 3P74A 4FIQA 1I2PA 3SGZA 2GVGA 1M7OA 4R33A 1PVNA 2FIQA 3W87A 2V5LA 1NSJA 3FKRA 3TR2A 1SSGA 3PB0A 1FXQA 1TTPA 1O94A 2Q3OA 4TX9A 3LCFA 2C3ZA 5J5DA 3BW2A 3SR7A 2FPVA 3TE9A 1VRDA 2PE4A 3ABQA 1HO1A 3BV4A 2EPHA 2PRHA 1GYLA 1ZAIA 4LS1A 3OVRA 1OFOA 3TQ0A 4JGDA 3KOFA 1KFEA 3TA6A 4K36A 4O19A 2GQAA 2NXGA 4JTHA 1X1OA 2TSYA 4ZL1A 4O11A 1W3NA 4WOZA 1FBAA 1XFBA 5HR7A 3CEUA 3FS2A 1YTEA 1JCMP 4JTJA 1TPVA 3PSWA 3TNOA 1ZNNA 3FIGA 3MO7A 1O4UA 1D9EA 3RLUA 4KFNA 5AYXA 1JJKA 1FDZA 1FCBA 2FTPA 3W88A 5LHFA 2QCHA 4MZYA 4TMBA 1TV8A 3HPSA 1DKWA 2XN2A 1LRQA 1TSIA 3EKLA 4XBKA 4UTMA 3EB2A 4O0ZA 1OYCA 5C2XA 3A23A 1YTKA 4Q33A 1OK4A 3LRKA 2H8ZA 2O7SA 4NVTA 5D05A 1SO3A 3EX3A 5AB3A 1TPEA 3C56A 4UFJA 1S5VA 4JEQA 2XN1A 5LKYA 5LNUA 1YYAA 1HL2A 1W5QA 3O06A 4MOZA 1OF8A 1TTQA 1XM3A 3MJYA 3W74A 4OQVA 4ZQPA 1CW2A 3H54A 3MHUA 1HFBA 1FWSA 2ZZ6A 4E2DA 1JCXA 1FXPA 3W7KA 3W1QA 4DPPA 3UQNA 4H3DA 2ZA2A 2GJLA 3GDRA 3S6DA 1OX4B 5CZ0A 1GG0A 3T78A 3NL6A 4LUIA 1NF7A 3DKLA 3WJYA 3P8JA 3W1TA 3NQ6A 4RK8A 4BWLA 4JY8A 2A6NA 5AHFA 3LOTA 2QCCA 1WOBA 2VENA 5FEZA 1EPXA 1TCDA 3LTPA 3NM1A 5HR6A 5TQLA 5AC8A 2QEZA 2QJIA 3LXBA 4JS3A 3VE9A 5KZDA 4O13A 5G2WA 5G1YA 4GUJA 2EHHA 1QDSA 1OFEA 4GC4A 3HG4A 1K02A 2VEMA 4XQ6A 2A6LA 1FCVA 2VFEA 4IPIA 1TPUA 5E1QA 1XCFA 4UCGA 2F84A 2Y85A 4HSNA 4Y8FA 1HO4A 4K6AA 3MBFA 2FPYA 4KWVA 1IF2A 1K8XA 4UTWC 5I3JA 3M7WA 4CNOA 1QPNA 3GDTA 3HPZA 3I6RA 1TRDA 4O8RA 4PH6A 1F7BA 5FF4A 4HNUA 1AW1A 1MEHA 4ZQCA 5G4WA 1SZNA 5DBTA 5I3HA 3W2JA 4FB7A 1EB3A 1J4EA 3LCGA 3W6YA 8TIMA 3EX6A 4GUIA 2BXVA 2BZNA 1L6WA 3RK8A 3NL5A 3F1QA 1ALDA 3L65A 1P0KA 3WJXA 4UXDA 3G18A 4Z1DA 2V30A 5A5WA 1LCOA 3LI0A 2EGZA 1AW2A 4OV4A 3L66A 1KM6A 3P82A 4PCFA 3VCRA 3DFNA 3TC6A 1EP2A 2QUTA 3LHWA 1SFLA 3S42A 3TROA 3BG5A 3HG5A 2RH9A 5L9FA 3THQA 3M6YA 2C0AA 2ISWA 1Q45A 3LHZA 4B5NA 1KM3A 4DF0A 3S0CA 2FB3A 1XI3A 3VI2A 1GEQA 4N9DA 5CGQA 2ABAA 4PODA 2HS8A 3B04A 1ZHAA 4EF9A 3EXSA 3N9RA 5AYYA 3IIZA 3QW3A 3UWYA 1N55A 4O17A 4O16A 1PHQA 1MEIA 3W7CA 1LOQA 4UTIA 2FJKA 4JTSA 3WK2A 3S1WA 3PR2A 3OBKA 3O07A 3W7NA 3PVFA 4Z08A 3TQVA 2VEKA 1TRIA 1LOSA 3M5ZA 1FQ0A 4JIQA 4FNSA 2E6DA 1H7WA 4E38A 3R8RA 1K8YA 1P0NA 1YXYA 4JTIA 3LGEA 4UTTA 5E93A 1XXXA 4PFMA 3LBCA 2A21A 1A5AA 3LHUA 5K3VA 1RZMA 2A2IA 3P62A 1W37A 2QCLA 1FDJA 2C14A 4YWIA 5LNRA 5D2XA 3G1SA 1I2NA 2V2DA 2OCZA 1NFBA 1OFBA 3LCLA 2A0NA 3P5ZA 2FB2A 1J5TA 5G2IA 5C55A 5LNWA 3O15A 3TJLA 2GPTA 2ZZ3A 4HNNA 4C1LA 1AK5A 3GR7A 4JYDA 1TPH1 3FKKA 4IOTA 3TSMA 4JTFA 3TFXA 1A5BA 4O1CA 3STGA 2J88A 3ANYA 2CU0A 5DY2A 1QAPA 1SW3A 4NNBA 1VYRA 3FA5A 3PSVA 2FFCA 2QAFA 4Y96A 4BFAA 3UZ5A 5K9DA 4LVDA 1F6PA 2NZLA 4M6PA 2PRLA 1JQVA 2E6YA 2ZRXA 1NEYA 4WXZA 2YW4A 3F03K 4WJEA 3JR2A 1I4NA 2QCMA 2VFIA 3Q37A 5CSRA 4N6EA 3BO9A 3LTSA 4K39A 3G22A 1GVQA 2Q8ZA 5DCEA 5DCDA 4RX0A 3STCA 2C15A 3M47A 4GRSA 3CEPA 3STFA 1TO3A 3MP5A 1FY6A 1O5XA 4UC5A 4FNRA 1M7PA 3N19B 5FF7A 4EVZA 2YPIA 4TR9A 2HS6A 1QPOA 1G7VA 1ICPA 1P4CA 2LLEA 3WK0A 4NZFA 2DZUA 4X22A 1I2OA 3C4UA 3NQEA 4DBEA 4MFEA 2V5BA 2NX3A 1LM1A 1L6YA 3OA3A 3CU2A 3U8GA 4YCPA 4W9TA 1TMHA 2VFFA 3N34A 3KVKA 2YYUA 3R2GA 5AHLA 4DXVA 2QCNA 5D2VA 1KM1A 1R2RA 1DL3A 2Y62A 5BMWA 4IXHA 4WXYA 1VYSX 2ZTJA 1VYPX 5H2ZA 3DXIA 1LOLA 3A21A 3TC7A 3KVMA 4UNKA 1GTEA 1QNVA 2A7RA 3V75A 5AHMA 4M6VA 1EX5A 3L0KA 3W7GA 1KLZA 4NJIA 1KTCA 3JS3A 2H3BA 4JDBA 4O1DA 1G69A 4HIBA 3W7MA 2YYTA 3TAKA 1S5WA 4RZ5A 1JCLA 1K03A 1I2QA 3PG8A 3UWUA 2WO5A 1ICQA 3G0XA 2A4AA 1BWLA 3L5MA 4RCXA 2QCDA 5MHBA 3CLMA 3CHVA 2EF9A 4IPJA 4CQ8A 4YL2A 1X6UA 1VZWA 5K7JA 4LRTA 4BF9A 3W86A 1PIIA 4NJJA 3Q2DA 5T26A 3LTYA 3TKFA 1WXJA 2CLLA 2Y70A 3NVTA 3QF0A 3P81A 4O14A 2JKEA 4QSHA 2P1FA 4OT7A 1F73A 3GX9A 4IJBA 2A7NA 5HJLA 1G6CA 3EWZA 4JX4A 1SSDA 2P10A 2YR1A 2WOQA 3EXTA 1A5SA 3O16A 1I8JA 1B4EA 1JRBA 1NF0A 3S5YA 3HB9A 2E6AA 5D09A 5G1TA 3CIWA 1SFJA 3UY7A 3W2MA 4M5PA 4HNVA 3HMJG 3MI6A 2E77A 3OIXA 4RLIA 4AVFA 4PEKA 3P7YA 3R13A 3BARA 1XKYA 5D2YA 3O05A 3G1AA 5EA9A 3LDVA 3M16A 5DCBA 1LLZA 3GKFA 4A22A 3VE7A 4R34A 4XTDA 1Z48A 3QC3A 1R2SA 1TTJA 4HKPA 1CI1A 5HUPA 1WX0A 1EIXA 2O7QA 2ZYFA 3S1VA 3G1FA 1H7PA 4BR1A 1MEWA 1VPXA 3NQ2A 4GJ1A 2CLKA 3W76A 1QFEA 4LS0A 3LHYA 3ZS4A 2B7OA 2BX7A 1LORA 4XUGA 5DN1A 3TUUA 4QJ1A 5L6UA 5ABTA 4LY8A 1IIGA 4O28A 3UWWA 5I3KA 3TXZA 3GZ3A 2GQ9A 3LCWA 3UWVA 2RKXA 4HN4A 2QJGA 1QOPA 5FEWA 4UMBA 3BGGA 3W7RA 4PTNA 2DZSA 2ISVA 4CLMA 1KV5A 5CPMA 3WK3A 5BW6A 1VGAA 1PV8A 5HUOA 2ZA3A 3G1VA 3UWQA 3GLCA 3G0UA 4IX2A 3LM7A 2R8WA 5IM51 3KX6A 3HQ1A 4J9JA 1XUUA 2QCEA 4U4MA 3GDMA 4YCOA 3CT7A 2UV8G 5I3FA 3W7JA 4WOQA 2ZA1A 4CQ9A 2E5CA 1WA3A 2ZRWA 1KFLA 4GUGA 3BLFA 2GOUA 2J24A 4UFHA 4M7SA 3NQAA 1F2JA 2E5BA 4DO4A 1DBTA 2WQPA 5SWUA 4I7WA 1FWTA 2X1UA 2ZRUA 3LHVA 5F2LA 2OJPA 3U6WA 4OWGA 3P84A 4PA8A 5AYZA 3FYPA 4FNQA 3GNNA 3M5VA 4IQLA 3DU0A 1QMLA 1YPFA 2QAPA 4WZHA 4ZQNA 3IIPA 4X9SA 3NNTA 3G3DA 2E1DA 3TAOA 1TQXA 5E0KA 5U7SA 2RHGA 1LZOA 4NNAA 3MBDA 2Y7DA 1AMKA 1ME7A 3QJAA 3IVTA 2RDWA 2B7NA 3Q94A 4AAJA 3W85A 3C8FA 4IWWA 5FESA 1MO0A 3GXTA 5HINA 2OT0A 3FOKA 3AO0A 4A29A 4UUIA 3RU6A 5D30A 7TIMA 1A53A 2CLMA 3T4CA 4O1AA 4JX6A 3LXAA 1W5PA 3TXVA 5AOUA 3TDFA 1Y0EA 3P60A 3F4WA 3LI1A 2B0MA 5CSSA 3GXPA 4QITA 4OV9A 1OG0A 2ZZ2A 5D37A 2EKCA 4UR8A 3QQ1A 1W0MA 2OZ0A 1TTIA 5CG7A 3MYPA 3PBVA 1TPC1 5F2MA 3ABOA 4LWWA 3L67A 3C2FA 5HQEA 4AF0A 3UY8A 3W7OA 4MJMA 2ALDA 3M9YA 1B3OA 3SY5A 3R5EA 4QIUA 2VEPA 5BNKA 1OFPA 4FX7A 4AWSA 3B0VC 3HGSA 2CW6A 3PBUA 4X3ZA 3C2OA 4WY0B 1UCWA 3TU9A 3E12A 2Z6JA 3IRDA 3G1YA 3S5NA 2YFOA 3GKAA 1QPQA 3NG3A 4YMZA 1XUZA 4DO6A 2C19A 3MUXA 5D2TA 3W2LA 1RV8A 4AHPA 2HTMA 3MMTA 5D33A 1JCJA 4DF2A 3G8RA 1TPB1 1J2WA 1F76A 1YTDA 3M5XA 3NEVA 5HMSA 2NLIA 2R91A 4NZJA 2B4GA 3GR8A 2Y88A 3LCIA 4U28A 3MYOA 3ZFHA 1YXCA 4LNYA 3IIVA 1MZHA 3ZR4A 2VFDA 3GIYA 3STEA 3C2EA 4LC8A 2DU2A 3W7PA 3LXCA 1IXQA 4ZQRA 1KFKA 3PBWA 3OG3A 1T96A 3TSDA 1XDLA 1DHPA 4MLRA 5LGXA 3BK0A 2YXGA 1K7EA 2WSQA 3KAOA 4MIMA 1KV8A 4BWLC 4MLJA 1V5XA 5D02A 3R89A 2V82A 3DAQA 3E49A 3SI9A 4O4WA 1XBVA 1K8ZA 2QF7A 1KBJA 2NWRA 3Q58A 2TMDA 3L5AA 4FHAA 4LC6A 2F7FA 1W8SA 5U4NA 4Y9AA 4NJGA 1KFBA 1TPFA 3R12A 1HG3A 3O6DA 4NU7A 4UIOA 1TJPA 1VCVA 2CWNA 3BPWA 5DXYA 4LUJA 3FYOA 2VC6A 4HPJA 4RKAA 1DORA 5KTLA 5DY3A 2WSYA 4TO8A 3USBA 1F74A 2JBMA 1SR9A 3NPXA 5LHEA 3M1ZA 1GOXA 5FF0A 2V2CA 4DQWA 4FX8A 3C2RA 3NDOA 2J9YA 3QW4B 1PHWA 1UUOA 3CPRA 3W84A 4UFKA 5F4WA 4M6QA 3I7RA 3NQGA 1LP6A 1SQ7A 3GDLA 3W2UA 1C9DA 1FWRA 2IQTA 1XDMA 3NR0A 3FJ6A 1E51A 1EP3A 3NA8A 3W1RA 4JDYA 1H7NA 3QM3A 5D32A 4JICA 2E6FA 5AHEA 3UXAA 5AHIA 4XWUA 3BG3A 2VELA 3VFLA 1QO5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HVQ A;  5I5R A;  1FWN A;  3INP A;  5BXP A;  4Z17 A;  1UJQ A;  1OC7 A;  4K2S A;  3RO6 A;  1SMD A;  1EZ2 A;  4FOK A;  3WKZ A;  2ZZ7 A;  3GQY A;  5CZK A;  2OX1 A;  4XZB A;  3NL3 A;  1KW1 A;  3ANU A;  1V3J A;  3DHD A;  4ZO8 A;  2W0U A;  3QPZ A;  4QE5 A;  3ABR A;  4HQV A;  1UH3 A;  3AC0 A;  1EQC A;  1R38 A;  2HE5 A;  4DYJ A;  1XL9 A;  3BOL A;  3UJF A;  1AW5 A;  3VIK A;  3R0K A;  4K8E A;  4G1N A;  7CGT A;  4WY0 A;  1QBA A;  1KCZ A;  4B16 A;  3SJN A;  2FTY A;  1QXL A;  3WY1 A;  5I07 A;  3RU8 X;  2A5H A;  3THU A;  2OB3 A;  3S5Z A;  5B7Y A;  2YDA A;  1XYL A;  4DY1 A;  4AHO A;  4IMD A;  3WQ6 A;  3FAW A;  1UWT A;  3UZW A;  4CU8 A;  1RP9 A;  4BI5 A;  1BKS A;  2ZFA A;  4GIA A;  3HBL A;  1H60 A;  5REQ A;  4EPE C;  4CN6 A;  2C6Q A;  5GPR A;  3WK1 A;  1YKW A;  2J9X A;  2ZUN A;  2EAW A;  3PZV A;  3DI1 A;  4QSF A;  4XTI A;  3LUT A;  1MSS A;  2J8T A;  5F2I A;  2BOD X;  1X8F A;  2BWG A;  2F61 A;  1E1F A;  3PPG A;  4XKY B;  3C2V A;  5H6H A;  3SDO A;  1U5H A;  4HCL A;  3H2E A;  3ALF A;  1U5J A;  1GK8 A;  3W7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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