2RGMA

Rice bglu1 beta-glucosidase, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 192
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title Structural Insights into Rice BGlu1 beta-Glucosidase Oligosaccharide Hydrolysis and Transglycosylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 192
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2rgmA00
4OIFA 1HVXA 3CUHA 4D6DA 1TVPA 1YHTA 1GQIA 3BAKA 4UQDA 2J7DA 4C7DA 1LWHA 1VFOA 1SFSA 5A2AA 3VD9A 5D9PA 1CGUA 1KFWA 1I1WA 2F2HA 3WNOA 3I3EA 4GPNA 1NARA 1V08A 1FH7A 1G5AA 1HT6A 5A2CA 1RH9A 4W5ZA 2BXYA 3D3AA 4Z2LA 3ARYA 5CGMA 1E4IA 2WWDA 1JZ5A 4J3UA 3MKKA 2D0HA 1OD8A 4AD2A 3EMZA 1QHPA 3VIMA 2ZX8A 3VX1A 1J9YA 3AZSA 4IM4A 1GJUA 1G01A 1H4PA 1BPLB 2WKGA 4DWSD 2DSWA 4M24A 1B30A 1EDQA 1Q6GA 2IXVA 3NUKA 3PZVA 3RM4A 1J10A 4R5EA 4TVUA 5A6SA 3ARRA 1OT2A 4QDMA 3W25A 2XUCA 3MMUA 1BGGA 2J79A 3U7VA 2Z1SA 2ZUSA 2GK1B 3T08A 1FHDA 2CEQA 3DYPA 2WHMA 3SCPA 4RE3A 1GOKA 4JKKA 3LPFA 2AOSA 2XIBA 2CHNA 2E9BA 1MXDA 2YL9A 5DEZA 3WDIA 4PMVA 2D20A 3THCA 1MQQA 1V3MA 2CYGA 4OOZA 5BYWA 1UKTA 5HXMA 1BYCA 5CLTA 3WF0A 5A8NA 4AIUA 1VEOA 3WF2A 2VZSA 1VBRA 3VVGA 3JUGA 3K8MA 4GXPA 1D7FA 1KWKA 3A4WA 3WUBA 4J7RA 4PCSA 4W7VA 1YQ2A 4Q22A 1S46A 1GNXA 3UETA 1FH8A 3WENA 2BV9A 3VDHA 3MUZ1 1G0CA 4PN2A 2EPKX 3CIVA 2YDSA 4B9YA 1SMDA 5A69A 4DUWA 1WP6A 4EANA 1BYAA 1VFUA 2PWHA 1E3XA 4R27A 3RJXA 2EQDA 4TXEA 3ARWA 1H3GA 1V6VA 3SCQA 5CXPA 4Z2JA 1G1YA 1ZJAA 3AIVA 1CGVA 3VIFA 4V28A 4D6HA 2WHJA 5FD0A 2RGMA 3AYRA 1TG7A 2OYKA 4CKQA 3AS3A 4UQAA 3ZOAA 2FDMA 2YBUA 4AC1X 4Z2KA 3PZIA 1JNEA 1XSJA 4EK7A 3CZEA 1W9PA 1LJYA 4W86A 1XSKA 4AISA 2VZTA 1H5VA 3IAPA 3MUAA 3WMSA 2WBKA 1TA3A 2F8QA 5ECUA 3LPPA 3UG5A 2GDVA 1K9EA 4UZUA 1C3FA 4AMCA 1JYWA 3DYOA 2V5CA 5CQ1A 1BHGA 1ZBWA 1R87A 2W4XA 1ISVA 2WAGA 4PTVA 2D22A 4U31A 4TOQA 3GDBA 1WZAA 1IZJA 3AMCA 3K8KA 5CPQA 2WVSA 3KE0A 3ZM8A 2DDXA 5CSUA 3PTKA 2J7BA 3M46A 3APGA 3CO4A 4F8XA 5GQBA 3CZJA 2WPGA 1E4NA 1CTNA 1C93A 1OB0A 1UH3A 1J01A 1DWHM 5DT5A 2Y8KA 4TTUA 4LXFA 1XV8A 4FK9A 4W7WA 3A4XA 5GNYA 2A3BA 4CD8A 5D9OA 3ARTA 1R7OA 2QHAA 1X6NA 4W8AA 4LYPA 5BXSA 2XYLA 4QAWA 1R85A 1UD5A 1V03A 3SCNA 3GNOA 3WDQA 5CJ5A 2WMJA 2X2YA 3NJ3A 3VGBA 4KGLA 1ZBKA 2IXUA 2JEQA 5ABEA 1DHKA 3VIOA 1OIFA 3AISA 4CGTA 1WZMA 1CXKA 5IFTA 5E0CA 1UR0A 2VOTA 3MMWA 5HBFA 4MAVA 3ARQA 3W4RA 4AZCA 4PMDA 2BS9A 3WFZA 3N17A 3WF1A 1UZ4A 2UY2A 3VM5A 1KQYA 1ODZA 4B16A 1KCLA 1BFNA 2WSPA 3BCDA 3ZR5A 1WPCA 5EFFA 3A3HA 2A3AA 3OGVA 2WB5A 5CSYA 1UHVA 1L0PA 4PMOA 3BCFA 4LPCA 2VZUA 2VX6A 2XJ7A 1B3XA 2VR4A 1OCQA 4IPLA 2JE8A 2PI6A 4S3JA 4U3AA 1V6UA 1HNYA 2YBTA 4URIA 3AXXA 1TVNA 1WO2A 3A4AA 1A3HA 2V3DA 3WDHA 3VMPA 4GZEA 4UQBA 1IV8A 2VURA 3EDEA 3GZAA 1CGWA 3ARVA 4HU8A 1JYXA 4W8BA 4PMZA 2G41A 5I0DA 4HA1A 4OBRA 1W9BM 1GZJA 4NRSA 2J47A 1V6WA 2J7EA 5A6BD 1U30A 4ACZA 3AHZA 2YLLA 1FP9A 3FXYA 4UTFA 5F7UA 3L4ZA 1TFVA 3WH7A 1FH9A 3W53A 2CNCA 3WUFA 3RPMA 3ZO9A 5A95A 3AHTA 3EDJA 4H8UA 3FY1A 5FIPA 3T2QA 2O9OA 1UWTA 2A3CA 2ZX7A 1HKKA 1B90A 1GOWA 4J28A 4PUEA 4F9DA 3WNLA 1M04A 4QP0A 2CHOA 2EPLX 4U5IA 4BQ2A 3BMWA 2CETA 3S6TA 4J3VA 2E9MA 3WDRA 2DEPA 2PC8A 3WBAA 1UUQA 2YA2A 2E0PA 3NSNA 1V3JA 1LG2A 4AW7A 1US2A 4D1IA 3GBDA 3AMKA 5A8MA 5AY7A 3WN6A 1NP2A 4ZE4A 3AI0A 4HA3A 2YJQA 3ZJ6A 2J25A 4UFLA 1D3CA 1TZ7A 4PUDA 2CBJA 1R7AA 3U57A 1CXHA 1JNDA 1J12A 1E15A 2WMIA 4Z2HA 3NCOA 1E6SM 1EHAA 3AS2A 2CERA 4JFTA 5E6YA 4M81A 4DM2A 5I3DA 4D6JA 1Q4NX 3GXMA 4H41A 1UWIA 3K46A 3L4TA 4YPJA 3BSHA 4KRUA 4RL3A 1TA3B 3VIIA 3FAWA 3WNPA 5IFPA 1BLIA 4CVWA 1J0IA 4P7RA 2OSWA 4QCEA 3THDA 1E6QM 1KR1A 3EDKA 3AMGA 1V0KA 1K9FA 2AMGA 1XH2A 3D5HA 1NP0A 4E2OA 2VCCA 4GZIA 1UWQA 1E9LA 3T0BA 1GQLA 1KXHA 3UEQA 4UQCA 4XZBA 5M03A 2QMKA 5IXEA 3EMCA 1K9TA 1KGWA 3WFLA 1ITCA 2CBVA 4ZEPA 4MNJA 5LYRA 2VC9A 3F5LA 1Q6CA 3M7SA 2WYSA 1UQZA 3CHDA 1EO7A 5AC4A 1B3YA 4GINA 4HTYA 1E55A 1SYTA 4MJ2A 3PZQA 3AFBA 4WKAA 3N04A 3WF4A 3CH9A 5HNNA 1CXEA 3ZT7A 1B3VA 4M80A 1CECA 5GPRA 2GJPA 1BYBA 4L4PA 5HPOA 1H2JA 1C91A 1RP9A 3AYSA 2QMJA 3RCNA 1GHSA 1PX3A 3ZT5A 3SURA 1MWOA 2E8YA 1EHNA 1KWGA 1NQ6A 4W88A 4ZFMA 3BGAA 4CU8A 4AZCB 1CEOA 2W67A 3TTYA 3ZT6A 1J0YA 3GXDA 4HA4A 3AZTA 2XTKA 2PWDA 2W61A 2FGZA 2QV4A 2BY3A 2WANA 1UG6A 4MB4A 3BAYA 3AHYA 1JXJA 4IUGA 3OLEA 1EDGA 5A6JA 1XCWA 2XGBA 1TMQA 2DSUA 4UQ9A 2JEPA 3E1F1 2PBOA 2V5DA 3AJ7A 1G9HA 1EQPA 3VMNA 1NWUA 1PJ9A 3AIEA 4D72A 3PZMA 1WE5A 3WQVA 2OWXA 3LPOA 3WMCA 2CBUA 2CXGA 3WQ8A 3VM7A 4E4PA 4EKJA 5JIPA 3GNPA 3IANA 4MB5A 4Z2IA 5CPTA 2QF8A 1FFQA 4FLQA 1UWSA 2XPKA 2DH3A 2ZX6A 2NT0A 3WNNA 4H04A 5HDRA 4TTGA 3UG4A 1W3KA 2YL6A 2YL8A 4ACZB 3WL1A 2WBGA 2B31A 4MNMA 5E70A 1MFUA 3QGVA 1J18A 2NW0A 2UY3A 2ZXAA 4H2CA 1E0XA 1ISZA 4J3TA 2BVYA 1XC6A 1WKYA 3VOCA 3WUGA 2GJXA 2WKLA 3UG3A 1JI2A 4AEEA 4BQ5A 1LWJA 3EMQA 3F5JA 2FHCA 4HMEA 5FKYA 4MTVA 2WSKA 4Q7NA 4PMRA 4GI8A 4MJ4A 1E6RA 1VENA 5E09A 3L4XA 3IAQA 4D6FA 5I2UA 1QNRA 4PMUA 1I1XA 2VRKA 5IHSA 4OZOA 1HP5A 2BXZA 1E6NA 1UR1A 1MXGA 3CBWA 4V27A 1CLXA 3VD5A 3WIJA 1GCYA 4H8HA 3W24A 1W9DM 3SEPA 3VIGA 4GI9A 1W32A 5A8QA 3TTSA 1GORA 1R8LA 5EMYA 3IJ8A 1W9XA 4OJYA 3POHA 2WMHA 4LQ1A 1LLOA 3PTQA 3SUWA 3B9DA 3VGFA 2WMIB 4PTXA 3ARPA 3MS8A 3PZNA 4CUCA 2VZOA 3VTRA 4UFMA 1DWFM 4GQRA 3PBGA 1HKIA 3POCA 3O6AA 1MW2A 3SUVA 1OIMA 1AQHA 1MQRA 5AYBA 1JZ8A 2XVNA 1WCGA 2BFGA 1UYQA 4OKDA 1JZ4A 4P7QA 5GNZA 1C90A 1FA2A 1H41A 4JHOA 4AZ5A 4BF7A 2O9RA 2FHBA 2Y4SA 3EBVA 3F5KA 4QLJA 1W3HA 1GONA 1UKQA 2JF7A 3U7BA 1ZB5A 2VCAA 4WSJA 3DHUA 1JZ7A 5D9MA 1OM0A 1PX4A 2F61A 3OZOA 1E0WA 2VZVA 2ZIDA 4H7VA 1DWAM 4AZ6A 2XFRA 5DO8A 1ZBVA 1EDTA 3QHOA 2OSXA 1W1PA 4OOUA 1JDCA 4YN5A 5A94A 4WLCA 1HP4A 4QLLA 4X0NA 1QNOA 2OWWA 1G94A 1B1YA 2EEXA 3RDKA 4J3SA 4CD7A 3SCOA 2JF6A 1UD8A 4FMVA 3CUJA 2YDQA 4M8UA 1JD7A 3WH9A 1JZ3A 2D2OA 1JI1A 3WH5A 1VFFA 2DT1A 2WHKA 3PHAA 1TUXA 5DFAA 3PZTA 4PBGA 4KMQA 5BXTA 3VDBA 1R86A 3VU2A 2JALA 5CGTA 3HMCA 1M01A 2A3HA 1QI2A 1AVAA 3B9AA 4C7FA 1BG9A 4EE9A 2J77A 4M29A 2XG9A 3W27A 1GUVA 1UOKA 5JBFA 5CZKA 1C8YA 2DGAA 1HJSA 2YDRA 3L2LA 4HPHA 1MW1A 2XWEA 3SCVA 2EXOA 4PMXA 3AHXA 4U33A 4AWEA 1KCKA 3VILA 2WNWA 2CKRA 2WCSA 3CZKA 2ZX5A 3ARZA 1BVZA 1ZS2A 2Y2WA 1HX0A 3WBEA 4UFKA 2XIIA 1F4HA 2J7HA 1W3LA 3GH4A 4ATLA 1SMAA 4BZYA 3TTOA 4A4AA 3FAXA 3W6LA 4K68A 4ATWA 1JYVA 1PZ2A 4IPNB 3MANA 2CKSA 2IUZA 4CD5A 3ZJ7A 4CD4A 1DTUA 1MW0A 1J0KA 3U5UA 3FW6A 1IT0A 3OA5A 1HN1A 1B0IA 1X1NA 2YIHA 1V6XA 1EO5A 4XX6A 5JBDA 2VNCA 4UOQA 2J78A 3K1DA 3DC0A 1V02A 1ISXA 3PZUA 3TOPA 4PSPA 4YHGA 4J3XA 3VO0A 3A47A 3QHNA 2GJXB 4MDPA 2W62A 3UR7A 4WKHA 1VFMA 2V38A 4W89A 5DF0A 1ISWA 3GNRA 4KRTA 5FL1A 3WQWA 4B3LA 1ESWA 2E9LA 1EGZA 2E40A 2DIJA 1CXLA 1GOQA 2UY4A 1Q6EA 3UESA 4E8CA 3TP4A 1WNOA 3LPGA 3QOKA 4ZXOA 4AIEA 3W82A 1OGBA 1QBBA 1B3WA 1WDQA 3CTTA 2ZUVA 5E0FA 4P7LA 4PYSA 2YA1A 2VX7A 5DT7A 2W66A 3O2LA 4P7OA 4P8WA 4DWSA 4MPKA 4ML4A 3CGTA 1JL8A 1KBKA 2WLZA 4CU7A 5HOSA 3BSGA 1JFHA 4DM1A 3RMEA 1B31A 1W9VA 5D9NA 5M5DA 4MAZA 1E6ZA 3W26A 5I78A 1OT1A 3W29A 2WMGA 4DWSC 2HISA 1VJZA 2Z1KA 3ZIZA 2VVNA 1PIGA 2BNJA 1TR1A 4PMQA 1E6PA 4PTMA 1BQCA 4FLRA 2CIPA 1ITXA 4CN6A 2VJXA 1SR0A 3GM8A 2O92A 1J0HA 4UFJA 2WC4A 2X0YA 2J8GA 4UFHA 1H0IA 4WIWA 1HJWA 4RE4A 2X0HA 3BAIA 4MADA 3VKKA 1MW3A 3FN9A 1P6WA 3CZLA 1E0VA 2FH8A 1CZ1A 2XWDA 3SCTA 1QOXA 4AXNA 5AYIA 1NM9A 3ECQA 3W38A 2VT0A 3W6MA 3CUFA 4GO9A 3AHVA 5ABGA 2UY5A 5IDIA 4AYSA 3AROA 3CUGA 1I75A 3AS0A 3WMBA 3FNDA 5FOOA 4JCLA 2E8ZA 1W1YA 3L4UA 4A3HA 3GXIA 3WDJA 3T0DA 1VIWA 3OLGA 4D1JA 2X8RA 3UERA 3MO4A 1CGTA 1UR2A 2HVMA 3WY1A 2VRQA 1W1VA 1GPFA 1QHZA 4HMCA 3ARUA 1UR4A 1GOIA 6CGTA 4MDOA 2GVYA 3WSUA 1H49A 1M03A 4NSBA 3PTMA 3BAJA 2G8ZA 4PEEA 2FGLA 3NIYA 3OZPA 5JIWA 1V6YA 3AXIA 1UH4A 3SCWA 3HN3A 2O9PA 1XYZA 2PF0A 4MNKA 1GOOA 3BAWA 4AD3A 1XCXA 3WD4A 2BHZA 4NRRA 1OGSA 1XYFA 5BXPA 2O9TA 4UR9A 1US3A 3I3DA 3G6LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OIF A;  1HVX A;  3CUH A;  4D6D A;  1TVP A;  1YHT A;  1GQI A;  3BAK A;  4UQD A;  2J7D A;  4C7D A;  1LWH A;  1VFO A;  1SFS A;  5A2A A;  3VD9 A;  5D9P A;  1CGU A;  1KFW A;  1I1W A;  2F2H A;  3WNO A;  3I3E A;  4GPN A;  1NAR A;  1V08 A;  1FH7 A;  1G5A A;  1HT6 A;  5A2C A;  1RH9 A;  4W5Z A;  2BXY A;  3D3A A;  4Z2L A;  3ARY A;  5CGM A;  1E4I A;  2WWD A;  1JZ5 A;  4J3U A;  3MKK A;  2D0H A;  1OD8 A;  4AD2 A;  3EMZ A;  1QHP A;  3VIM A;  2ZX8 A;  3VX1 A;  1J9Y A;  3AZS A;  4IM4 A;  1GJU A;  1G01 A;  1H4P A;  1BPL B;  2WKG A;  4DWS D;  2DSW A;  4M24 A;  1B30 A;  1EDQ A;  1Q6G A;  2IXV A;  3NUK A;  3PZV A;  3RM4 A;  1J10 A;  4R5E A;  4TVU A;  5A6S A;  3ARR A;  1OT2 A;  4QDM A;  3W25 A;  2XUC A;  3MMU A;  1BGG A;  2J79 A;  3U7V A;  2Z1S A;  2ZUS A;  2GK1 B;  3T08 A;  1FHD A;  2CEQ A;  3DYP A;  2WHM A;  3SCP A;  4RE3 A;  1GOK A;  4JKK A;  3LPF A;  2AOS A;  2XIB A;  2CHN A;  2E9B A;  1MXD A;  2YL9 A;  5DEZ A;  3WDI A;  4PMV A;  2D20 A;  3THC A;  1MQQ A;  1V3M A;  2CYG A;  4OOZ A;  5BYW A;  1UKT A;  5HXM A; 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 1HL9 A;  1ZJB A;  2GJR A;  2QLY A;  4H8V A;  2YL5 A;  1PZ3 A;  3ZR6 A;  3WEL A;  4C7G A;  4WJX A;  4HZ6 A;  2OSY A;  2J8F A;  4PSR A;  1O7A A;  1E3Z A;  3WH6 A;  3I3B A;  1AQ0 A;  4CCD A;  3OLD A;  2BY1 A;  2A3E A;  3WUE A;  2ZWY A;  4N0R A;  5BCA A;  1LL6 A;  1RPK A;  3MV1 1;  3VIJ A;  2WVU A;  3SUU A;  4HOX A;  2QPU A;  3BLK A;  3HJE A;  2VVS A;  4FLO A;  9CGT A;  1UKO A;  3II1 A;  3WNK A;  1XGZ A;  3VD4 A;  1U33 A;  1PPI A;  5A6K A;  5BRP A;  3AS1 A;  1B2Y A;  1GQJ A;  4D6C A;  3AMD A;  3IJ7 A;  2DT3 A;  1W9U A;  3RJY A;  2DPE A;  3HU7 A;  3MUI A;  4P7N A;  1EOM A;  3KL3 A;  5GNX A;  4DUV A;  3AIR A;  1GOM A;  4GKL A;  3AIQ A;  4D71 A;  1UQY A;  2GSJ A;  2ZXD A;  1V0L A;  4GO8 A;  2YLA A;  3ZST A;  1GQK A;  1OD0 A;  1B9Z A;  1DED A;  4S3K A;  4Y7E A;  1XRV A;  3DHP A;  3WH8 A;  1JZ6 A;  1AQM A;  3VX0 A;  3UCQ A;  2ZXQ A;  5M17 A;  3VNY A;  5M3W A;  3GTN A;  1H1N A;  1CPU A;  2WC7 A;  4TVD A;  1EXP A;  1UD6 A;  1QI4 A;  2V3E A;  4CVU A;  3VDA A;  6TAA A;  1UD2 A;  1VF8 A;  5KEZ A;  3AIW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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