2RH9 | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	268
structure length	254
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__389577414838432__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__389577414838432__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2RH9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__389577414838432__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"389577414838432","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2RH9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__389577414838432__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd94cc59a281dbe41123a9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd94cc59a281dbe41123a9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd94cc59a281dbe41123a9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd94cc59a281dbe41123a9/pdb.gz): 1818 ms

reading 254 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

254 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:253});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Tryptophan synthase complexed with IGP, internal aldimine, pH 9.0. rcsb
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
total genus	95
structure length	254
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2007-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2rh9A00

3K30A 3EWXA 3EX2A 3FJ6A 3QC3A 1PVNA 4JTEA 3PBVA 4A2SA 3LTSA 4MLRA 1YTKA 1TSIA 4CCCA 3LOTA 3LHWA 2RH9A 3C3NA 3O6CA 4UTJA 2Y61A 3A24A 3TK7A 1IIHA 1F7BA 4N2YA 2TPSA 2DZSA 4UMAA 1TCDA 3EWUA 5K4XA 1KM5A 3FJLA 3WJWA 3L0KA 1FDJA 3FEMA 1OF6A 3CQ0A 1XFBA 5C5YA 1TPWA 4E0CA 5DBUA 1H7RA 2W0UA 3SJ3A 4S2CA 3V1PA 5EMUA 3S9YA 1RQBA 3LHVA 2ZYFA 3BW3A 4H3DA 2YR1A 3LCFA 3C8FA 2G96A 4O19A 3HG3A 1F2JA 4O50A 3LCIA 2FPTA 4JD4A 4BI7A 1LBMA 1TPVA 1MO0A 1SUXA 3S1UA 1H1ZA 4MKNA 2DZTA 3IVSA 1XDMA 2AGKA 4DELA 2GJLA 3STGA 5K4ZA 4LVFA 1DV7A 2C16A 4YCOA 1GVFA 1YXCA 3G3DA 2YFNA 1KM6A 4UR8A 2FTPA 3QMTA 4RZ4A 4O16A 1R47A 4FX6M 1KV5A 1LZOA 1K8ZA 1OFBA 2FPVA 3W85A 1WOAA 2C14A 5GVJA 3LHZA 3MBDA 4LOCA 3W7MA 3FFSA 3UYCA 4POCA 1SSGA 5K9CA 3NVTA 5A5WA 1LRQA 4FHAA 3KRZA 2NZLA 2V5LA 4LVBA 4CNNA 4RV8A 3KHJA 4DPQA 4W9TA 1KM0A 2H3DA 4ML9A 4FEZA 3UWQA 5I3GA 2A2IA 1V7YA 5C55A 2Y63A 1DHPA 2A1YA 1BKSA 1XXXA 2FPYA 2QCLA 4CCEA 2NXIA 1OF8A 2ZCGA 3N9RA 3NQFA 4JN6A 5L9FA 4FNSA 3W76A 3ZS4A 3IV3A 3LCLA 2RKXA 3OHIA 3LXBA 1W3NA 2NV1A 3VNDA 3QPYA 5F4WA 5LHFA 1OFPA 3W1RA 4LTSA 1VYPX 4HPXA 2EAWA 4LS2A 3BGGA 5HWMA 5D02A 3P8JA 2H8ZA 1L6WA 3GKFA 5D2TA 3PSVA 2YYTA 4CQ9A 1A53A 2NUWA 3CB8A 3W84A 3UXDA 3TDFA 4HSOA 5J5DA 3TC7A 1GVOA 1G4TA 3W1XA 3M44A 1CX9A 3R2GA 2ZRVA 1H7OA 4ZQMA 4GC4A 3CTLA 2DJLA 4ICNA 4UXDA 3NQ8A 1DQXA 4MVAA 2WNNA 2H8XA 5FF0A 5AFDA 1ZCOA 2Y6ZA 1F74A 4O28A 4WY0B 3PUEA 1TRDA 5D32A 3WK0A 4PA8A 1XL9A 1TPUA 2V8ZA 3L0NA 1BWLA 3C2FA 5D2WA 3G8EA 1PE1A 3SGZA 1YPIA 4K36A 1KFEA 3TSMA 3USBA 4HKPA 4Y96A 3M5ZA 3WK3A 3C6CA 1LTDA 1H62A 4O14A 2BZNA 3E49A 3GDMA 3ZR4A 1SW0A 4JX6A 2QCCA 1F6PA 3PF3A 4K7YA 1SZEA 4S1FA 3GX9A 4JYEA 2YSWA 2GQ9A 1LRTA 4MZYA 2LLEA 5CZTA 4Z0SA 3LRMA 2BTMA 1AK5A 1YYAA 1LCOA 1S5WA 4O0ZA 2ZZ7A 2QAPA 3CWNA 2WPBA 1AW2A 1H7XA 1B4KA 4Z1BA 2Y7GA 4IX2A 1LP6A 3MI6A 3LLDA 3NDOA 1KM3A 1I2RA 5EPDA 3F03K 3G3MA 4C1KA 3W72A 4O12A 4GFSA 4BI5A 3N19B 3SR7A 3BLFA 1W31A 2BXVA 1SR9A 3KOFA 2E5DA 3N73A 1Q6RA 1SZGA 4PTNA 2R8WA 4GBUA 4X9SA 5K9XA 4D2JA 1QPRA 4IQLA 3S42A 4NT0A 4UTWA 3S8HA 1A5BA 2H3BA 3R89A 5FF3A 2ZZ2A 1ZHAA 5LHEA 3NPXA 3QQ1A 4MPQA 1I2PA 4Q32A 3GXTA 2B0MA 4WZHA 3LXCA 2CZDA 4O11A 5TBOA 2GVGA 4LC8A 4I7VA 6TIMA 3GDLA 3P84A 2G5WA 3WJYA 1O95A 3L9CA 3NQ2A 5EKYA 1GVRA 3R13A 1EIXA 4WJEA 5TIMA 3W7NA 1YTDA 1LOQA 2ZRYA 1XBZA 5G4WA 4O1BA 1FUYA 3TXVA 3NQEA 4IX0A 3G1DA 5AHNA 4CNOA 3O06A 4KWVA 3FS2A 2ATMA 3T7VA 2QCFA 2CLKA 1HG3A 3G1AA 1NAL1 5CSRA 1VJIA 1OJXA 3B0PA 1GTHA 4AHPA 1QOPA 4Q33A 2VKZG 1SPQA 5U7SA 4BWLC 3ELFA 3FA5A 3DZ1A 3GB6A 3DI0A 3PM6A 1N55A 4ONVA 1W5PA 1DJQA 1ADOA 1IF2A 4O54A 3TKFA 3C0JA 4NQ1A 5G4EA 1KFCA 3TUUA 2VEPA 3W1TA 3TA6A 1JUKA 3UPWA 3GAKA 1QPNA 1XI3A 1OX4B 4JTUA 2J9XA 1XCFA 3DFQA 1T0OA 2ZRWA 3W7QA 1XKYA 4Z1DA 1AW5A 4AXKA 1ME9A 4AAJA 1L6YA 1RD5A 5MHBA 2I14A 1HFBA 1YPFA 2V2DA 3P5YA 4AB4A 4IMEA 1TPC1 4O1AA 1FCBA 3GDKA 4O57A 3GR7A 1YTEA 4NNCA 2OX1A 3ABOA 4QSHA 4RR4A 4LRTA 1SFJA 1ZNNA 2YFOA 4OBTA 4WOZA 5CPMA 4LNYA 5CSSA 2CFFA 1XBVA 4I7UA 3DFPA 4J9JA 2X30A 4HN4A 1NFBA 4N6FA 1P5BA 4HHPA 1AMKA 3C61A 1K7EA 4RZ5A 3DHDA 1GTEA 3W87A 2OJPA 5L6UA 3NPWA 1FY6A 3GIYA 3B06A 3LI0A 3P61A 5AC8A 3G18A 2FQIA 1QMLA 2P0OA 5F2GA 1KBJA 3SZ8A 3SW6A 2J24A 3VE9A 3ZFHA 4UTLA 2WKJA 5AOUA 1TV7A 3NM1A 2ABAA 3W7KA 1SQ7A 2A5HA 4IJBA 1W56A 3LB0A 4OU1A 3KVLA 5BW6A 1TPB1 3MI2A 1U83A 3W2UA 3G22A 1HL2A 3Q58A 3O8AA 1YDOA 3U6WA 2X1SA 5I3JA 2DP3A 1B57A 3NQVA 3PAJA 3GR8A 1FCUA 2B7QA 5I3IA 1H1YA 5AC6A 5CGQA 3TX9A 1DORA 5D2XA 3TR2A 3DFSA 3RK8A 1QFEA 3W7CA 3IGSA 1UB3A 3TSBA 2C19A 1PCWA 5LNUA 1OYAA 5F2IA 3TCEA 2ISSA 1W54A 5AN7A 1VC4A 2B7PA 4H4IA 3MHGA 3W1UA 1KA9F 5KZEA 1KTNA 5I3FA 3I6RA 3T40A 3PBUA 5AC7A 3VKJA 1OHLA 1KW1A 4UC5A 3I7SA 2YX0A 1ZALA 4LC6A 1YDVA 3GAYA 5FEWA 1VCVA 2X1UA 1TQJA 3O63A 2CLIA 5D04C 5IBXC 3KXQA 3LGEA 4XZ9A 1OYCA 5I3HA 4IMDA 2NV2A 3TFXA 4TO8A 3I7QA 2ABBA 3MI3A 3G1FA 2C13A 4UUIA 4O8RA 2YDAA 2E68A 1GVSA 1TYGA 1HUVA 1VPXA 5F4SA 1UBSA 4RKAA 1NVMA 2J27A 2FIQA 3M9YA 1SO6A 3QSTA 3NA8A 3W7GA 2I1OA 5AHEA 3CU2A 1VYSX 3IIPA 2AAMA 4PH6A 3KRUA 2ZRXA 4LUJA 2Y7DA 4MFDA 2VFDA 3INPA 2ZA1A 3NOEA 4A21A 3R8RA 3M43A 1SO3A 3W7DA 3L5LA 3GNNA 3UY7A 4YWIA 4LU0A 3A5VA 4Z08A 1C29A 3M16A 1ZFJA 3QJAA 5KTLA 1LROA 3MW7A 4MLJA 1UCWA 3IIVA 4NJHA 3IIZA 3PC0A 5HNRA 2D73A 1I4NA 1JCXA 3OVPA 5DXXA 5CPLA 3IIXA 3M5XA 1RV8A 4ZVJA 1HO4A 4OE7A 4O52A 2PRLA 2DZUA 4R53A 1A5AA 3TV8A 3G1VA 5FF4A 4WD0A 1QDSA 3RU6A 4NJJA 1TV8A 5CPNA 3G8RA 4NU7A 4NXSA 3DH7A 4JY9A 4RXGA 1EA0A 2CZFA 3ATYA 2PC4A 3P67A 1GYLA 3TQVA 1OYBA 3ABRA 3BW2A 4MY1A 1TTPA 2CZEA 3E02A 2XFWA 3C4UA 4O1CA 4AEOA 1I2NA 1QO2A 2RDUA 1TPH1 3PR2A 5TQLA 2JGYA 2PCQA 5FF2A 1FX6A 4E2BA 3C2VA 3G1XA 3UD6A 1VR6A 3QRHA 2E5CA 4XQ6A 1JQVA 1KV8A 3W7RA 3A21A 2Z6IA 3WK1A 3UWUA 3OIXA 4QJ1A 4AVFA 4WUIA 4IWWA 3OG3A 2CLHA 1TV5A 3DI1A 2PRMA 4PCFA 2A7RA 3LDVA 2ISWA 3M6YA 3NQMA 5D38A 5G2HA 1DVJA 5LKYA 5D03A 1SZFA 1TTIA 2FJKA 3OA3A 3BLEA 1VHNA 1ZAHA 3EX3A 2H6RA 3B4UA 3NL2A 1VRDA 1YDNA 3QQ0A 4LVDA 2GVLA 3VFLA 1M5WA 2V9DA 4XBKA 1JRBA 1FQ0A 1QCWA 1CI1A 3TIMA 3NQCA 2CLOA 2V0TA 2A7PA 3KAOA 1XUUA 3L66A 4LV4A 1Z42A 4WOQA 3S0CA 2ZRUA 4YCPA 1R30A 3RNDA 2PRHA 3EWYA 4E38A 2VEIA 3CM4A 2ATSA 1FWNA 4NXKA 4M7TA 3E9AA 1G7UA 3RF9A 1H50A 2R14A 3UWWA 3S1XA 2FLIA 5F1UA 2WQPA 2Y62A 1MEHA 4A2RA 4HNVA 1PIIA 1W3IA 1QO5A 3BG3A 4KKXA 2XN0A 3RLVA 3O16A 4X2RA 2ZZ4A 3RLUA 1EB3A 3EWWA 2QCDA 3PWAA 4N9CA 3TSDA 1ZY9A 4K8HA 5C2XA 1W5OA 4KFPA 3TFCA 4MJMA 3IGUA 3KRSA 4U28A 4R34A 4UFJA 1QPQA 2Z2UA 1FCVA 3SIZA 1Z41A 2BX7A 3P82A 4GNJA 5AHIA 3W1LA 3EXSA 3W7IA 1J4EA 2HTMA 2Z1BA 2HS6A 3VCRA 3PS7A 3M0ZA 2QJHA 2JK2A 2C18A 2PE4A 1OX4A 2A6NA 3MWAA 2NWRA 3PBWA 4MUZA 3H55A 2DJXA 4HT3A 4LUIA 3DU0A 4Y90A 2NXGA 1K7XA 5DLCA 5SWUA 3TMLA 5DY2A 2B4GA 1VCFA 1KM4A 1M7PA 5DN1A 1K03A 4QM1A 4O17A 3JRKA 1SU5A 3B0VC 2NUYA 2C6QA 2EHHA 5D2YA 1I45A 2J9YA 2YYUA 3QMRA 5HUOA 1MXSA 5HUPA 1K02A 2VFHA 4P61A 2EPHA 1RPXA 3CT7A 3TQ0A 2FB2A 1X6UA 4A22A 3W3OA 3PUOA 3STFA 4O4VA 3TH6A 3TW7A 1JUBA 4R7JA 4O15A 2ZZ6A 3NQDA 5KMYA 4NNBA 4RCXA 2TRSA 4E2DA 2GVJA 1THFD 4AWSA 4H6KA 2XN2A 1NF7A 1AL7A 3L68A 1TREA 1X1ZA 4QAIA 4NX0A 1I8JA 2C1HA 1WOBA 1XM3A 3TC6A 3DGRA 2BWGA 4M19A 2TSYA 3WJXA 2FB3A 1ME8A 1L9WA 1UUOA 3EWBX 1VGAA 4LRSA 3OVQA 2QAFA 4AWUA 4YLWA 3MMTA 3DKJA 3M5VA 1SW3A 3E96A 1P0NA 4JNMA 4LV9A 4ALDA 4GXMA 3W71A 2RDWA 3W6YA 1TJRA 2NUXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2GJX A;  1T8X A;  3ZQ9 A;  4ORM A;  2ZUS A;  4LY8 A;  3BPW A;  4ENL A;  4D6F A;  4MY8 A;  5A69 A;  3NAV A;  2Z25 A;  3G0S A;  3VIH A;  4Q4O A;  4NZF A;  1IEI A;  4ZXO A;  1Q6O A;  4CQC A;  4U33 A;  1UKP A;  3OEX A;  4PL2 A;  4QX4 A;  1JCM P;  1HW6 A;  3NYZ A;  2EJA A;  2V2H A;  5K3V A;  1FDZ A;  4JYD A;  3PTM A;  5M2F X;  3BVJ A;  5J5R A;  3KDO A;  4I9J A;  3CAV A;  3VI2 A;  5A1A A;  1RD6 A;  5HMS A;  1MXD A;  3OQ8 A;  3NXF A;  1XID A;  3I3B A;  1TG7 A;  1VFM A;  1OK6 A;  4PBF A;  3RJX A;  4ATD A;  3EOO A;  3WDR A;  3W2L A;  4ERA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2RH9A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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