2UY2 | Genus

Total Genus 99

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	99
sequence length	288
structure length	287
Chain Sequence	ANTNIAVYWGQNSAGTQESLATYCESSDADIFLLSFLNQFPTLGLNFANACSDTFSDGLLHCTQIAEDIETCQSLGKKVLLSLGGASGSYLFSDDSQAETFAQTLWDTFGEGTGASERPFDSAVVDGFDFDIENNNEVGYSALATKLRTLFAEGTKQYYLSAAPQCPYPDASVGDLLENADIDFAFIQFYNNYCSVSGQFNWDTWLTYAQTVSPNKNIKLFLGLPGSASAAGSGYISDTSLLESTIADIASSSSFGGIALWDASQAFSNELGEPYVEILKNLLTSAS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7473989999420914__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7473989999420914__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2UY2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7473989999420914__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7473989999420914","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2UY2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7473989999420914__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd9e240dc239eb8ea40b82/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd9e240dc239eb8ea40b82/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd9e240dc239eb8ea40b82/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd9e240dc239eb8ea40b82/pdb.gz): 486 ms

reading 287 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

287 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:286});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Structure of Saccharomyces Cerevisiae Chitinase 1 and Screening-Based Discovery of Potent Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOCHITINASE
total genus	99
structure length	287
sequence length	288
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2007-04-02

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2uy2A00

4M81A 1UKPA 4Z2LA 2UY2A 4AXNA 4B16A 1AMYA 4F79A 1PZ3A 2X09A 3VIJA 1W3KA 1RPKA 4HMCA 3T0DA 1HP5A 2D0GA 3WF0A 1XSKA 3QGVA 3GNRA 2J8GA 2BS9A 3WNKA 2D0HA 5F7UA 1BF2A 1GOQA 1C7SA 3VIFA 3ZOAA 3IJ7A 5I6SA 2O9TA 2VCCA 2VR4A 1CGXA 3OG2A 1JI1A 4M82A 2OWXA 2V38A 2FH6A 2VR5A 1VJZA 3CUIA 1EQPA 1UR9A 2J7FA 1LWJA 3WEMA 5CJ5A 5DMYA 4BA0A 5E70A 3T2OA 1GJWA 4AZGA 3RCNA 3WUGA 4AISA 2W66A 1CXIA 4GIAA 4OJYA 1XSJA 2EO7A 3AZSA 3VD5A 5LA1A 2EJ1A 3N18A 1VENA 1HJVA 4Y7EA 3DYPA 4ZXOA 3WDPP 1E4IA 1XCWA 1FHLA 2O92A 3WNOA 5BYWA 3ARUA 4KWUA 4DUXA 4AWEA 1S46A 5D9NA 3LPGA 5BRPA 1E6RA 3LPFA 1GCYA 3CLWA 3ZJKA 5DF0A 2BNJA 3OLIA 3T2PA 2DSWA 2JEQA 4UFIA 4DUWA 1GJUA 3IK2A 2DH2A 3AS1A 1BGAA 4W89A 1QOXA 5JIWA 3ZJ8A 1J18A 4WKFA 1OBAA 1KXHA 2YA0A 3MMWA 3WENA 1G5AA 3AHXA 2XM1A 3CZEA 3ZT6A 3QHMA 1QI4A 2E3ZA 2VMFA 1E72M 1CLVA 4MADA 5I0DA 1AQHA 1GQJA 2XJ7A 3IJ9A 3M07A 1W3LA 4AZ5A 1LG2A 5AYIA 4CVUA 4JCLA 3DC0A 1G94A 1UQZA 4FK9A 5LA2A 2GJXA 1X1NA 3RO8A 4UZUA 4BQ5A 5C71A 4RL3A 1UQYA 4R27A 1GQKA 1E5NA 1UZ4A 2VCAA 2WVTA 4IM4A 2WVUA 1BHGA 2WB5A 4H41A 3ZJ7A 1ZL1A 5C8BB 3N9KA 1TG7A 3K46A 3EDJA 1UWQA 4ACZB 2PWHA 1LLOA 3AMDA 1J0YA 3FN9A 5A8NA 2OYKA 3BAJA 2WSPA 1NOFA 2VX5A 4E4PA 2XFYA 3AHYA 2BY1A 3GXFA 3RM9A 4IUGA 1W3HA 4R5EA 3ECQA 1JYXA 1H2JA 2XIBA 5E09A 3BAIA 3EMZA 3CTTA 2XFFA 2VC9A 4QDMA 4PEEA 3MMDA 1WZAA 2ZOXA 3WH8A 3KL0A 4QAWA 3AIVA 1M7XA 4JFUA 4BF7A 1QHOA 2X0YA 3MKKA 3WUFA 4OKDA 2XUCA 4PTVA 1FP9A 1BSIA 4UFKA 4MNJA 3O2LA 1GZJA 2GFTA 2BV9A 3MSGA 3TTSA 1CIUA 4TVUA 1CEOA 2G3MA 5D9MA 1UWUA 3WDIA 1BGGA 4UFLA 1UR8A 1K9EA 1UWSA 2CHOA 6TAAA 3FY1A 3GM8A 3VM5A 3LMYA 1NH6A 3DYMA 2WLYA 2ZWZA 5CZKA 1CYGA 4M56A 2W92A 1HJUA 4AZ6A 3VNZA 1Q6CA 1ISWA 2ZWYA 3W25A 2NT1A 1CDGA 3NSXA 1CNVA 2QMJA 1PJ9A 4TTUA 2AOSA 3AHVA 3HJEA 1HXJA 1BAGA 3APGA 2DT3A 3ZT5A 5BRQA 3WBEA 1PX8A 3GH5A 1UOKA 3CUJA 3RIKA 4LPCA 3F4VA 1MQPA 3L4TA 4HZ6A 1CGWA 1VEMA 4KGJA 2W63A 3N04A 1BYCA 1LQ0A 1G01A 1HJXA 2QHAA 3OLGA 4KRUA 1FH8A 2V5DA 2J79A 1RD6A 2G8ZA 1SR0A 4B9ZA 1BYDA 2IXVA 1XRVA 3THDA 1NQ6A 3JUGA 2NSXA 2IUZA 3BAXA 1C92A 1ECEA 1B3YA 3SUUA 1WPCA 5IFPA 4GKLA 3CBWA 4QLKA 2J74A 4PMUA 1FHDA 3EBVA 4P8VA 4QLLA 2XVKA 3PZ9A 1ZBCA 1AQMA 4WJXA 1JFXA 3PZVA 4XUYA 1ESWA 1KWKA 2WANA 1TFVA 1HL9A 4HZ7A 2PWFA 2AMGA 1JD9A 3RPMA 5HPCA 4U31A 1US3A 4MB4A 5A2CA 4WLCA 2YL6A 1K6AA 3WF4A 2WPGA 4DWSA 4W85A 1NWUA 2ZUVA 3TONA 1VF8A 4JL2A 1TVNA 2HVMA 2OWWA 4GI8A 1ZBVA 3MUZ1 1TA3B 4PCTA 2WC4A 3WQWA 2CERA 2E8ZA 1QNOA 5AY7A 4PTMA 4ATDA 5HXMA 3ZIZA 3AIEA 1W9UA 3DHUA 5IDIA 3SCRA 4J3VA 2ZE0A 4W7UA 2D3LA 2ZXBA 1G9HA 5BXTA 4FLSA 1TCMA 4UZSA 1OIMA 3T0AA 4PMVA 3WBAA 4QCFA 2DSZA 4OBSA 1VBUA 1X6LA 2YBUA 3OLDA 2ZUUA 1X6NA 2WBKA 1H11A 4PMXA 1C8YA 4D6HA 1E5JA 5CSUA 5FD0A 1H4PA 4MNMA 2XYLA 4PYSA 3SCUA 3ARPA 4XZBA 1V03A 5DT5A 2D0FA 1MW3A 2XSAA 2VZUA 2WMHA 1UA7A 4PTWA 5A8QA 3F5JA 3MUIA 4P7QA 2YA1A 1EDGA 2O9PA 2Y2WA 3AHTA 3TOPA 2GSJA 4H2CA 4HZ8A 4F8XA 2A3AA 1B0IA 1GUVA 2FH8A 2XPKA 3QOMA 3OLEA 4GZJA 4UQDA 2CCRA 1XC6A 1QHZA 1UD8A 4M1RA 3VNYA 3L2LA 2BY2A 4B15A 5GNZA 5BWFA 2VL4A 3S2CA 5IHSA 2W67A 1E0WA 3U7VA 1VFUA 3ZR5A 5BXRA 3MU7A 3D5HA 1V6XA 4MDOA 2ZXQA 1XD0A 2BY0A 2Y5EA 3OGSA 1ODUA 3QHOA 1V6UA 1JL8A 4MNKA 1DTUA 1JI2A 1MXDA 3WF2A 1IT0A 1HX0A 3WH7A 1E6NA 1TVPA 3K8LA 5IFTA 3SCTA 1C91A 3NDYA 3VMNA 4DWSC 1J0IA 1IZJA 3ARRA 2ZX7A 2WHJA 3AJ7A 2QPUA 4NSBA 1E9LA 2MANA 5A8PA 4OZOA 3O9NA 2ZX9A 3VD4A 1Q6DA 1ISZA 3BAKA 2DT2A 2DIJA 1WP6A 2WHLA 3WH9A 1EDQA 1B3XA 2CKRA 4PUEA 5I2UA 2VZSA 4CGTA 1XCXA 1JNEA 3VIIA 3VINA 1A3HA 4J3SA 1MFUA 4DUVA 3GDBA 1VRXA 5D4YA 5CQ1A 3WDRA 3W0KA 1YHTA 4AYSA 1Q4NX 1SYTA 3AI0A 3IJ8A 2WAGA 4CCEA 1J0JA 1FP8A 3GXMA 3WQVA 3AIUA 2YL5A 2ZUNA 1MW1A 1BPLB 1OM0A 2WW5A 4WIWA 4EE9A 2IXUA 1GVIA 1KGXA 3ALFA 4AZCB 1KXVA 1UD3A 1IZKA 3SUTA 4CU7A 3WIJA 3QR3A 4FLRA 1W9XA 1WZMA 3NIYA 4OOZA 3HN3A 1GOKA 1WKYA 2PI6A 1E1FA 1WE5A 3ARZA 2DSUA 3WL0A 2E9LA 3PHAA 1K9TA 4U3AA 4Z2KA 1EIBA 1CGYA 3NDZA 5M3WA 4LX4A 1DWAM 4J7RA 1NWTA 4IISA 1DHKA 3WDQA 1F4HA 1E55A 2ZICA 1QBAA 4C7GA 5FL1A 2RGMA 1YQ2A 3AMCA 5CPQA 2GVYA 4XZWA 3UETA 2ZUTA 4J28A 4BQ2A 2EPNA 2VURA 3PTQA 3AZTA 3VDCA 1WO2A 1UYQA 5GQBA 3ZT7A 2JIEA 4ZFMA 1RH9A 3BXWA 3VPLA 3UG3A 3OZPA 5ABEA 4N0RA 3SIMA 5ABFA 1EO7A 3L4VA 3UCQA 3CH9A 1NARA 1B3ZA 3I3DA 4H8UA 3SCPA 1JDDA 1LL7A 4X9YA 1JAEA 3WD3A 2A3HA 2E0PA 3WSUA 1UG6A 2VI0A 2D3NA 4MNLA 2JFEX 4GO8A 1CGVA 1NWRA 1QHPA 3L2MA 1V0NA 5HNNA 5BXSA 5I5RA 4F9JA 2VZTA 2J75A 4GINA 3EYPA 2C0HA 5E0FA 5CLTA 5I24A 2UWFA 4AD2A 1FFQA 4CD5A 3LPPA 3W53A 4BS0A 3CZKA 3PZOA 4CD7A 1JIBA 1GHRA 2FHCA 3PTMA 2ZX5A 4S3KA 4KH2A 3VILA 1ZU8A 1H41A 2CBVA 1W2PA 1A47A 3BC9A 1E6PA 1BG9A 2DT1A 7TAAA 4ZE4A 1TMQA 7A3HA 2X05A 3RJXA 3KE0A 1ISVA 5BCAA 1E56A 2ZUSA 3AS2A 3ZSSA 3WN6A 3W27A 1O6IA 3BH4A 5IHRA 1XHGA 4MTVA 3VDAA 4F9DA 2QF8A 4JIEA 5A6KA 2XG9A 3EMQA 4W8BA 1MYRA 4P7LA 4XX6A 4DM1A 1E4MM 4D6DA 1V08A 2V3GA 1LL6A 5LA0A 4YHEA 5CXPA 3ARYA 4A4AA 1WB0A 2YL8A 1XH2A 1E70M 4AZ7A 5A69A 4W88A 3MUAA 4JKLA 3CUGA 4PTXA 4WKHA 3EDKA 2CXGA 2YLLA 1FFRA 1JF5A 5HDRA 5CGMA 1H0IA 1MVYA 3VDBA 1UD2A 2WMKA 3AHZA 3NCOA 3TTOA 4Q22A 4D72A 3QOKA 1WDPA 2WVVB 1R7AA 5A8MA 4LQ1A 4AIOA 1J11A 1QI3A 1JZ4A 2J62A 4W93A 1UR0A 1KR0A 1VIWA 5I23A 4V27A 2DEPA 4C7FA 4H8HA 3I3BA 5GNYA 2D22A 5E0CA 1PIGA 2VOTA 3UEQA 3BMWA 2E40A 2OYMA 4UCFA 3VTRA 1JDCA 4XB3A 1UR2A 3WEOA 4RE2A 2JIWA 3WD1A 4W8LA 3VGHA 2X2YA 2PBGA 3SEPA 3CGTA 1R87A 4J3TA 3ZMRA 2WKLA 1E6XM 2WMJA 4PBGA 4PMRA 1NWSA 2YDQA 1UKTA 2ZX6A 1KGUA 1V0MA 2D2OA 2XTKA 1I1WA 2UY3A 1DWGM 4XV0A 3WF3A 4ACZA 4HOWA 4OOUA 4PMQA 1HT6A 5A6JA 2A3CA 4CD8A 5CGTA 2FDMA 1QVBA 5A95A 1JZ3A 5KZ6A 4D6IA 4NF7A 1O7AA 1V3JA 2CESA 3WNNA 3WQ8A 1JYWA 3VIGA 2J7GA 4W7VA 1V0KA 3BGAA 4A3HA 1EXPA 1OD0A 3D3AA 4HA4A 4KRTA 1UH4A 2E8YA 4KGLA 2D23A 1GORA 3DECA 1ITCA 1CGUA 3NSNA 3WQ5A 3BLKA 4TTGA 2YDRA 1R86A 1QNSA 4TXEA 1QI5A 3MANA 4JHZA 1GONA 4GPNA 1EHAA 2V3EA 1W1TA 4RE3A 1RP9A 3L4XA 3OB8A 5A8OA 2GJRA 1B2YA 3NYDA 1TR1A 4JFWA 1XV8A 3CUFA 4WK9A 3W29A 4HMEA 5A2AA 3U5YA 2EPLX 1MWOA 2YBTA 3RDKA 2WMGA 2OSWA 3ZQ9A 1LWHA 4K68A 4TVCA 3EMCA 3EDEA 4GZEA 2A3BA 1CBGA 1VBRA 4HTYA 3KL5A 2NW0A 2Y4SA 3VVGA 2W5FA 4LYPA 1XGZA 4B9YA 1B3VA 4BQ4A 2GK1B 3UG5A 1W32A 5E6YA 1B1YA 1V02E 1E73M 3U7BA 4UOZA 1W3JA 3MO4A 4CU8A 2VX7A 1UWRA 4PCSA 2JE8A 1Q6FA 3PZUA 1KCKA 2FGLA 3G6MA 5JBDA 3A4WA 1I75A 3OBAA 1E3XA 3T2QA 2WCAA 2VZVA 3F5KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2UY2A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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