2V2DA

The a178l mutation in the c-terminal hinge of the flexible loop-6 of triosephosphate isomerase (tim) induces a more closed conformation of this hinge region in dimeric and monomeric tim
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVLTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Studies Show that the A178L Mutation in the C-Terminal Hinge of the Catalytic Loop-6 of Triosephosphate Isomerase (Tim) Induces a Closed- Like Conformation in Dimeric and Monomeric Tim.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE GLYCOSOMAL
total genus 87
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v2dA00
3THAA 2EHHA 5HR6A 4XQ6A 1KFJA 1WBHA 3W1PA 4OE7A 3O63A 4MKNA 1SW0A 4NX0A 2X1RA 1BEUA 3I65A 1LCOA 3W1MA 2J24A 3V75A 4AHPA 2WKJA 1RVGA 1YDOA 3S42A 2B7QA 4JNMA 4JX4A 3M0ZA 1C9DA 4NJKA 4RZ4A 3BG3A 1FX6A 4WY0A 1A5AA 3AJXA 3MWAA 4S1FA 4CQ8A 3NQAA 5DBUA 1IXNA 3MO7A 2VFGA 4O0KA 4ONVA 4QSHA 2CZ5A 4WJEA 4O0ZA 3TJLA 1JRCA 1QFEA 3GIYA 3GVGA 4Y90A 1Z42A 1GVSA 1WAUA 5IM51 3KX6A 1O5KA 2D73A 4GFSA 2E68A 2PE4A 1H7RA 4ZQCA 3OBKA 4PA8A 5AYYA 1ZAIA 3L5MA 1M7OA 2RH9A 4BI6A 1KV5A 2V5LA 3DFNA 5E93A 2HS8A 4WXYA 2PRLA 4AWTA 3UY7A 4UTUA 1GJPA 2H3DA 3TC7A 3LHTA 4NT0A 5L9FA 3PUDA 3E9AA 3EXRA 2CLLA 2ZA3A 1LROA 1DJNA 4KKXA 4OWGA 3CHVA 5D2TA 4FXRA 2Y7GA 4P61A 1J4EA 2CLKA 4A3UA 3GXTA 1TTPA 5AC6A 1ZALA 1GG0A 2A4AA 4DPQA 2DZXA 1FUYA 4DO6A 4BK9A 3NQFA 5EBUA 1RV8A 1W1ZA 5CZJA 3JRKA 2PRMA 1GYLA 3G1VA 2Y62A 3EX2A 3ABRA 1LOQA 3QJAA 2YFOA 2A1YA 1YPFA 3MJYA 1TQXA 5E1QA 2R14A 5HWJA 1VYPX 3DZ1A 1RPXA 1FY6A 4ML9A 3T7VA 2QCMA 3LDVA 1UB3A 1ICSA 3LERA 1W3NA 4UIOA 5D2YA 2R91A 4HKPA 1G7UA 4XKYA 3M16A 2DJXA 1I2RA 1JCYA 2QDHA 4YWIA 1OX4A 3A22A 2R8WA 2FIQA 2VOMA 3O1NA 3O07A 1L6SA 3NL2A 3W1TA 3BVJA 1G4EA 2ZZ5A 3BGGA 1TO3A 2C13A 1YXYA 5HMSA 1TJPA 3NXFA 3W7HA 3EKZA 4LTSA 2E5DA 1H7OA 3MW7A 1VCVA 3W76A 4FB7A 1SR9A 3GNNA 4NX5A 4GUHA 3W7JA 3EEGA 3PAJA 4GBUA 1JR1A 1KM0A 2HSAA 4KFOA 2F84A 1IXPA 3W2JA 2FLIA 3CWNA 2A6NA 4KWWA 2NXHA 4YCPA 3W7MA 3GX9A 4E38A 3W7IA 4ZMGA 3KVLA 4IPIA 1H51A 4H3DA 3OHIA 3GKAA 2ZZ3A 4K39A 5AHNA 2PRHA 4M6PA 1C8VA 1XBZA 5HUPA 5CPMA 5I3GA 1EP1A 3I68A 1TPUA 3B06A 1NVMA 1OFRA 3NYZA 2QCDA 5D2XA 3C2FA 1PHWA 3TW7A 3B0UX 3L21A 1OYCA 2W79A 4IUOA 4RV8A 3H54A 1ZENA 3I6RA 5HR7A 4LRTA 1PIIA 5FF2A 4LC6A 5G4EA 4ORMA 2C0AA 1R2RA 2XN2A 3QC3A 1WV2A 1Y0EA 1B9BA 2ZDRA 3LXAA 3H53A 3UWZA 4LS0A 3E12A 4Y96A 5F4WA 3UWVA 1ZCOA 4NXSA 1A5CA 3JR2A 3FA5A 2G96A 3W7LA 3W7EA 4UTWC 5EKYA 4TIMA 4O1DA 3MP3A 1BWKA 1F74A 2A5HA 1RQHA 3NQDA 4AXKA 2A7PA 3UWWA 4L4LA 4Y6GA 1X8FA 4Q4KA 1JCNA 4XWUA 3TV8A 3NQ8A 1JCJA 1M5WA 4IX2A 3M1ZA 3O6CA 4A29A 3NR0A 5KINA 5D03A 1WBJA 5U7SA 3WJZA 1L6YA 1H1YA 4WY0F 1TV7A 4E2DA 4CQAA 1RD5A 1ZFJA 1ML1A 3M5ZA 3O16A 3A24A 1HO1A 4FNUA 4QITA 2FPTA 3ZWTA 1I2PA 2E6AA 1CI1A 2DZSA 4QNWA 2IQTA 2VFFA 4UMBA 3W84A 5KMYA 4IJBA 2VFDA 3L67A 1U83A 4AWSA 2GPTA 2ZBTA 3P67A 5AHEA 3W1QA 3OVQA 2VENA 4JX6A 4PTNA 3R89A 5HJLA 5G1YA 1GTHA 1MO0A 4XTDA 1K7XA 5DY3A 1R46A 3BGJA 2NXGA 1GVOA 3WJYA 4O18A 3DBPA 4NU7A 2EAWA 1ZY9A 3G18A 1JVNA 5FI8A 2Z0IA 3B0PA 4LVBA 3W86A 3IGXA 6TIMA 1KTCA 3DKJA 1H7NA 1TB3A 4U28A 3W22A 3YPIA 4BI7A 3TC6A 4L4MA 1O95A 1SW7A 1T96A 4LRSA 4JTIA 4QISA 5FEZA 2E5CA 3VI2A 3G1HA 4M6QA 1I2QA 4UTWA 3MP5A 1W5MA 4LV9A 3LXBA 4BI5A 2B7NA 4AF0B 5GVJA 2EF9A 3GK0A 4IMEA 1FCUA 2H8ZA 3W87A 4AVFA 3FFSA 1BWLA 1K8ZA 3W75A 4TX9A 3LX9A 1YXCA 1KFEA 2GUUA 2YW4A 3BV4A 1FDZA 3P80A 1SFJA 2J6XA 4WX2A 2DZVA 1FXQA 4UNKA 2JKAA 3BW3A 1TCDA 2J88A 3QQ0A 4ADTA 4JYFA 3W9ZA 3TK7A 1OG0A 3QZEA 2JKPA 4N4PA 3FYPA 2RHGA 3EXTA 5D04C 5KZEA 1EP3A 4X2RA 4HNVA 4DQWA 5K7JA 3F4NA 1W3IA 1O94A 1GOXA 3EX1A 4JY8A 5K3VA 1G7VA 2H6RA 3RNDA 2C6QA 5F2MA 1ADOA 3S1WA 3G1AA 2E6FA 4UMAA 3UY8A 4DO4A 4JY9A 2A21A 1SZNA 2XFWA 4TO8A 3LHWA 4I7UA 5LGZA 1VS1A 3GR7A 5LGXA 1QDSA 3HB9A 4J9JA 1TPFA 4Z1CA 1GTEA 3TMLA 3O15A 4RR4A 4R33A 4NZJA 4O4VA 2Z2UA 3KOFA 1YPIA 3W2LA 3PY2A 1QNVA 2FB2A 4CNPA 1JUEA 3PF3A 1TPWA 4ZQOA 3C2RA 1XCFA 2I1OA 1M6JA 3NL5A 1AL8A 3FEMA 3G0SA 4AEOA 3NAVA 3C61A 1V7YA 4A22A 3VKJA 3W7PA 2A85A 3QW3A 4UNLA 2ZRYA 4PEKA 5CPOA 4YCOA 4FNPA 3MI6A 4HNTA 3GZ3A 1K02A 1KW1A 2F7FA 4C1KA 1EP2A 1SZEA 4JDYA 3KVMA 4G1KA 1W5NA 3HG2A 1QO2A 3UWUA 3ATZA 4CCCA 4WUIA 3NA8A 1DJQA 4MZYA 4HPXA 4K36A 4MYXA 4DF2A 5FEWA 3Q2DA 1NF0A 5U4NA 2QJIA 2QKFA 4KFNA 2EKCA 5D2VA 3CEUA 1Z41A 3VCRA 2GVJA 4XZ9A 5DBTA 3WK0A 1IIGA 1H5YA 2ZRZA 1W5OA 3DKLA 1UUOA 4JTHA 1LRNA 1LZOA 1HO4A 1OF6A 5KTLA 1L6WA 4O8RA 1BKSA 4QQ3A 4MUZA 5FEXA 3ELFA 5LNVA 3FJ6A 1IGSA 3O8AA 3PBVA 1G6CA 4ZL1A 2NV1A 1KTBA 2YR1A 1QOQA 1XUZA 1SO6A 4AWUA 4KFPA 2E09A 2YZRA 4NNAA 3LV5A 1DQWA 1OFEA 1I45A 4JDBA 3P5ZA 1I2NA 3ANYA 2NLIA 1KFKA 1PL9A 3L0KA 4DF0A 2PC4A 5F2GA 5T26A 1VC4A 3G1XA 1LBMA 2CWNA 1U5JA 2X2GA 4ADSA 1JCMP 5I3KA 2PCQA 1ZAJA 3T44A 1ZAHA 3BPWA 1DQXA 1GQNA 2WPBA 2YSWA 3W7NA 3GR8A 3HG3A 2I14A 2B4GA 1X1OA 3UD6A 3L2IA 4FXSA 5F1VA 1EUAA 3D0CA 3SSJA 4BWLC 4Y8FA 1TREA 5CPNA 4LW7A 4FX7A 2X1SA 3IIOA 1DOSA 2VXNA 4Q32A 3VNDA 5C54A 4NXKA 3U8GA 1SU5A 1XI3A 1K8YA 3GDLA 1KTNA 3HGJA 3NVTA 2DZWA 4ADUA 3T78A 3EXSA 3R5EA 4EF9A 5F1UA 4NNBA 2C14A 3NM3A 2V30A 4X9SA 1QR7A 2X30A 3EWYA 2DZPA 3QMSA 4NQ1A 3W88A 1QWGA 3SGZA 3N9RA 2HTMA 2X1TA 3G24A 3W6YA 3P74A 1GEQA 5D38A 3PUOA 2Q8LA 1QPNA 1AL7A 4OGZA 1OF8A 2OCZA 2Y88A 3DH7A 3L66A 5K9XA 1TPC1 3L65A 1K03A 1OFBA 4MIMA 3NG3A 5G5IA 1EIXA 3NPUA 5CSRA 2GJNA 4LY8A 1IXQA 1VQTA 1Q45A 4MY1A 3HJZA 3LI0A 4TR9A 3F4WA 3UNDA 1FWSA 1EPXA 5G2WA 3QW4B 3TU9A 5D02A 3PSWA 2QR6A 3SZ8A 2J27A 1KM2A 2TPSA 3L9CA 4LWWA 1CW2A 3OVPA 3P5YA 4I7WA 2OJPA 4K8EA 1R47A 1LOSA 3TH6A 1IIHA 3BW4A 5LNRA 1VH7A 1A5BA 1Q6LA 1GVRA 3DFOA 1TRIA 3EB2A 4UTJA 2QUUA 4HT3A 2BXVA 4I7VA 4IMDA 4RX0A 3W7CA 2GQ8A 2B7PA 4B5NA 4IX0A 5AB3A 3HF3A 2WNQA 3GDTA 1XBYA 3TROA 4CNNA 3M6YA 5CZSA 3LCLA 4IMGA 1KM5A 4JYDA 2WV8A 2PURA 3O05A 1R2TA 3PWAA 4BWLA 5LNSA 3N2XA 2R94A 3NZ1A 3M41A 1RZMA 2NUYA 1F05A 1O5XA 3IRDA 2ZZ7A 4PODA 1R30A 3MYPA 1GT8A 3B03A 3B4UA 3NPWA 4JGDA 1JQVA 5FESA 1PS9A 2BZNA 1VJIA 2G95A 1F6PA 4O1AA 5CG7A 3E96A 2ZRUA 1GWJA 1SUXA 1KFLA 1VRDA 5EL1A 1MZHA 1Q3NA 3W7QA 4FNQA 3UZJA 5KITA 4FNTA 1NAL1 4JTKA 4Z08A 2V8ZA 4MY9A 1VR6A 3LTPA 2ZFAA 3FKRA 2WNZA 5AYZA 3HGOA 3S5OA 1XBVA 1PE1A 3BK0A 4HIBA 2V82A 4Z0SA 4JICA 1A53A 2TSYA 4M7SA 1UBSA 3BLIA 3W07A 2QAPA 4O11A 3OIXA 1OYBA 4WD0A 1SPQA 1EWEA 4ZZ9A 2ZZ6A 1LRQA 1N7KA 4Z1AA 3UPWA 1K8XA 3CWOX 4CQ9A 1ZJIA 3EX6A 3HMJG 1XUUA 3S1UA 3IEBA 2P0OA 4Y9AA 3TXZA 2RDTA 4UR8A 4TMBA 4JIQA 3LCGA 4CCDA 3KVKA 5DCDA 3TQ0A 1B57A 1FBAA 4YL2A 2B7OA 1TYGA 2QCLA 4O17A 3L5LA 1G69A 3TSDA 1H7PA 1TMHA 4MYAA 5F2IA 2OMAA 5D37A 1LLZA 3LCHA 2NX3A 3NO5A 1YTDA 4OQVA 1IXOA 3G8RA 4JYEA 5EYWA 2ZQ0A 5LNWA 3C2EA 5G4WA 3C3NA 5A5WA 2CLIA 1H60A 4K7VA 5HNRA 3C0JA 4IXXA 5D09A 4ZVJA 1VGAA 3W1RA 5LNUA 3W2NA 1UUMA 1JCXA 4K6AA 2NWRA 4FF7A 3RLUA 3TKFA 2WQPA 2GQ9A 1ME9A 1VCFA 4QIUA 2ZRXA 3SECA 3I7SA 4N4QA 3GYEA 4GUJA 4MOZA 5BOOA 1XKYA 4IMCA 2ZRVA 2WNNA 4DELA 2Q3RA 1EA0A 1S3HA 1KFBA 1ICPA 1XC4A 4LNYA 1RQBA 3MI3A 1HTIA 3LBCA 2B0MA 4JTFA 3PG8A 2E1DA 4GUGA 3A21A 4MJMA 1UJPA 2J9ZA 2A6LA 4AAJA 1FCQA 4MFEA 3W7KA 1NF7A 1F73A 1TTIA 3P7YA 3C56A 4M6VA 4LVFA 4O50A 3M9YA 4NVTA 4JIPA 3N14A 1G4SA 1AG1O 4DEFA 1DKWA 1AW5A 1KM3A 4UTMA 1PVNA 5AN7A 4FHAA 2CZFA 4IOTA 3U2OA 2WJZA 1F76A 4WOQA 5H2ZA 1K7FA 3DFSA 3FOKA 4HN4A 1VLWA 2C1HA 3TJXA 1MEHA 3LHZA 3KRZA 3NL3A 1OFPA 5FF3A 4W9TA 3PBUA 4IQLA 2ZZ2A 2BTMA 3TUUA 4GRSA 1LM1A 1T99A 4UMCA 5AHIA 3LGEA 4LV4A 4P2VA 3TSMA 2Q8ZA 3ABOA 5AHMA 2E6DA 5BRBA 3L5AA 5FF0A 1DBTA 3LHYA 2FJKA 3MMTA 3LCWA 3QSTA 1MEWA 2WSRA 3A5FA 2Z6IA 4H6KA 3W71A 4RZ6A 3EX3A 4XBKA 4M7TA 3UQNA 3PULA 2XN1A 4AMAA 3G22A 1SFLA 2FDSA 1TIMA 2VFEA 3LXCA 2Z6JA 3N9SA 3TAKA 3MI2A 3W83A 2EPHA 3E0IA 1OABA 3DFPA 4E0CA 3W23A 3PB0A 2Z1BA 4O10A 1KM1A 4JEQA 1WOAA 3N2MA 4NJIA 3INPA 3HPXA 3IIZA 3CIWA 3TQVA 1HFBA 3N19B 1KLYA 5HINA 1VLIA 3WK2A 1G4TA 3UZ5A 3S9YA 4N2YA 1O4UA 3WFAA 3NPXA 3GLCA 4JD4A 1ONRA 1LYXA 2FTPA 1CX9A 1M7PA 2CZDA 3QPZA 3MBFA 5D05A 4QM1A 1TTQA 4MFDA 2ZZ1A 2TMDA 4OHQA 1YTEA 3S5YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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