2V2DA

The a178l mutation in the c-terminal hinge of the flexible loop-6 of triosephosphate isomerase (tim) induces a more closed conformation of this hinge region in dimeric and monomeric tim
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVLTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Structural Studies Show that the A178L Mutation in the C-Terminal Hinge of the Catalytic Loop-6 of Triosephosphate Isomerase (Tim) Induces a Closed- Like Conformation in Dimeric and Monomeric Tim.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE GLYCOSOMAL
total genus 87
structure length 241
sequence length 241
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v2dA00
2A21A 3EKLA 2QCGA 3L66A 8TIMA 3LI0A 2Z6IA 3W2NA 1NSJA 1PE1A 2QCHA 1WXJA 3C0JA 2QCFA 3IIOA 3GKFA 1TTIA 1LLZA 3QQ1A 1MEIA 1LCOA 2A7PA 1O95A 4UMAA 2FFCA 5AFDA 3TE9A 1LOLA 5CPLA 3S5ZA 2QUTA 1YPIA 3BO9A 5DXXA 1DORA 3HPSA 1TTPA 4NZJA 3PUEA 1R46A 3S1WA 1QCWA 4HSNA 3TJXA 3KRSA 1XBVA 4N9DA 2DZSA 3UQNA 4L4LA 4FNTA 4QNEA 2QCNA 3DI1A 1JRBA 3B06A 1D9EA 1XL9A 3NQ6A 1BKSA 4NVTA 5FF0A 4CNPA 2FLIA 1TCDA 3G8EA 3UZJA 4HPXA 3JR2A 3TFCA 3NQDA 2Y62A 1IXQA 1TPUA 5G4WA 1GJPA 1F7BA 1JCLA 2EHHA 1L2UA 2H90A 2CZ5A 2ISSA 4KWVA 1K3UA 1IIHA 2C13A 1KTCA 3HG5A 4IXHA 5BNKA 4JY8A 2ISVA 3EX6A 1FXQA 4M5PA 2V81A 4O0ZA 1C9DA 1ME9A 3N9SA 4KFPA 1XDMA 3CQ0A 4FX7A 4MY8A 1OX4B 2E6DA 2J24A 3DU0A 3NL5A 4IOTA 3NM3A 2VFEA 5HUOA 5CPOA 2CLIA 4HKPA 3G1YA 2FQIA 4HNNA 2QCEA 3TROA 3UNDA 1GG0A 3HBLA 1QFEA 3S5YA 1FDZA 2ZRZA 4JEQA 4MYAA 2JGYA 4ALDA 5D03A 2ZZ5A 2Y61A 3O15A 2YX0A 5F2MA 4JN6A 1JQXA 1GVSA 3W1LA 4ADSA 3MHGA 5F2IA 2YFOA 4XWUA 1OYBA 7TIMA 1VRDA 2NX9A 1TREA 4GUHA 2CZDA 5D38A 5C5YA 2CZEA 1KV5A 2F7FA 1LM1A 1QOQA 2VC6A 4MFDA 3Q2DA 1XUZA 2V0TA 1O5XA 1TPB1 3IGUA 2Z6JA 1FQ0A 2A1YA 1NAL1 3C2EA 3LB0A 1RD5A 3DFOA 3F03K 3FLUA 1PV8A 1HTIA 5AN7A 1FUYA 3W3OA 1XCFA 1W5NA 3U8GA 4QISA 3SSJA 1XM3A 1JULA 3HPXA 3LCIA 1VCVA 2UV8G 3BGJA 1Z41A 2RDWA 1WBHA 2C19A 4UMBA 4AWSA 3I7RA 4OV9A 3VKJA 1LRNA 4Y9AA 3RLVA 3DFNA 4O0KA 1YYAA 1HG3A 4UTWC 1VHCA 3S5OA 1H7NA 3NYZA 3IVSA 2E6FA 3IIVA 4XKYA 1YXDA 3HB9A 1W0MA 3QH2A 4IQLA 1G69A 4H4IA 1AW2A 3GDMA 2ZZ7A 3TU9A 1SZFA 1VR6A 3R8RA 1GYNA 2ZA2A 2VELA 4OGZA 2GJNA 3B05A 2H3BA 3LHZA 4LTSA 1EP2A 3SR7A 4FNUA 3SGUA 2QEZA 2OT0A 3F4WA 3MO7A 4X22A 3BW2A 2P0OA 2Y6ZA 2DORA 1I8JA 4A2RA 2NX1A 1FDJA 3LRKA 3QPZA 5AHEA 2A6NA 1KM5A 1X7FA 5HNRA 2A6LA 1H7XA 4HNUA 1NF7A 2PCQA 3LRLA 4MY1A 3OEXA 4JTIA 3CPRA 4YL2A 2OX1A 3UZ5A 2C0AA 5CSSA 1TPWA 3W76A 2Y70A 1A5SA 4AWUA 3UPWA 2WOQA 3B04A 1TB3A 2GQAA 1ZENA 1VLIA 1L6SA 3LHYA 1GG1A 4AHQA 2V2CA 2ZYFA 5TBOA 1SO6A 2HTMA 2J9XA 4MZ8A 5KMYA 4LRTA 1ZY9A 3IRDA 4N6EA 2WJZA 2GJLA 3A5FA 2I14A 3C52A 5CZJA 3G1VA 3MYPA 1I45A 3A22A 1W5MA 3RFAA 1QPNA 3U6WA 2DZWA 1HUVA 3TSBA 3CWOX 1C29A 3UWQA 2E09A 1JR1A 4Y6GA 5CZ0A 1KBIA 3B4UA 3DI0A 1XXXA 3EEGA 4KKXA 4XBKA 1XKYA 2TMDA 1N8FA 4K8HA 3BVJA 3WJYA 4GJ1A 4GE8A 3QRHA 1VPXA 3THAA 1DHPA 2TSYA 3S1VA 2NXIA 2NV2A 1FDYA 5TQLA 3MP4A 3P60A 4PA8A 3WK1A 2ZRVA 4RZ5A 3B0PA 4K38A 2OCZA 1OFPA 4PH6A 2LLEA 3EX3A 1H7RA 5LNSA 3W1RA 4PTNA 4X3ZA 1TRDA 3LCWA 2GPTA 1R2RA 3TSDA 2V2HA 1UUMA 3CTLA 3GAYA 2RFGA 1CW2A 3W7DA 5D2WA 2ZCGA 3MMTA 3QM3A 3TA6A 3HO8A 4JNMA 3UWZA 1H1ZA 2ATSA 1OJXA 3VI2A 3VNDA 1XDLA 1WBJA 2J9ZA 4GUIA 3LCXA 1LROA 2VKZG 4NX0A 3P5YA 4GC4A 4QSHA 2NUXA 2YCEA 4NUWA 4DF1A 1KM4A 3NL6A 1I2NA 3WK3A 3BLIA 4UCGA 4DPQA 1YLVA 1T96A 4R34A 1M5WA 4JDBA 3KAOA 4AF0B 5K4XA 5DCDA 3F4NA 4LVFA 3PULA 4UXDA 3IIXA 3QEZA 3P80A 1I4NA 3W2JA 1SQ7A 3IIPA 3PBUA 3G24A 5AHNA 1KM2A 4CCCA 1ZFJA 3FFSA 1VYRA 3GAKA 3WJZA 2B0MA 5IBXC 5G2WA 3W7CA 1FCUA 4NJHA 3NL3A 1LTDA 2RDTA 4UUIA 1FBAA 3NAVA 1L9WA 3ZFHA 3CIWA 3UWYA 3W6YA 3R89A 3AO0A 4M7SA 4LVBA 1G7VA 3G22A 4NNBA 1FWTA 3P62A 3W74A 1KM3A 1W3NA 1LORA 2YFNA 2WKJA 4TMCA 1FWWA 2FPTA 1P0NA 1AG1O 2WQPA 2QUVA 3ZR4A 1QO5A 1XFBA 1H7PA 5D2XA 3WK2A 4Q4KA 3P61A 4DF2A 1LRQA 2VENA 3ABQA 4JTGA 5EPDA 4GNJA 3RU6A 1T99A 5HR7A 1H5YA 2VEKA 2YPIA 2XN1A 1MEHA 5KTLA 3GB6A 3O6CA 4L4MA 1KTNA 5BRBA 1OF6A 2NX3A 3BLFA 3QF0A 1EP1A 3M5YA 4UTJA 1VYPX 1BEUA 3DGRA 3O05A 4FB7A 5LHEA 4XUGA 3TX9A 2G95A 2WSYA 4N02A 3EXSA 3N73A 3L5AA 5HWJA 2GVGA 2CLHA 4TR9A 3GDKA 2YYUA 3LERA 3W1TA 4OT7A 1DQXA 1TPEA 3NGJA 4Z1BA 4LT9A 3FA5A 2TPSA 5D30A 4MZ1A 1BWKA 2V2DA 1Q6LA 3G1HA 3EWXA 3B8DA 4MIMA 1ALDA 4FNRA 1J2WA 2Y7DA 4RX0A 2I1OA 2PRHA 1QR7A 4N9BA 4DELA 1IF2A 4UFIA 3BW3A 4XBSA 4GWEA 2PRMA 4K39A 1OYCA 3DKLA 1H7OA 2OZ0A 1R47A 1UB3A 5H91A 1C8VA 2A7RA 1QO2A 3G8RA 4D2JA 2EGZA 2V82A 2E5BA 2NUYA 4GRSA 3M6YA 2VEMA 2YR1A 1W3IA 4NU7A 4ORMA 3MYOA 2QJIA 3GXNA 1B4KA 4RZ6A 5I3GA 1RQEA 2NV1A 3H53A 4ZL1A 2R8WA 1VLWA 5HMSA 3DHFA 5FI8A 2E77A 1TQJA 5E1QA 3I68A 4B5NA 1FWNA 2V5BA 4CCDA 2X1SA 1QOPA 3M5XA 3EB2A 2AQWA 1HFBA 1KM1A 3P8IA 5H2ZA 1H50A 1F6KA 4MFEA 3NQEA 2Y88A 4UNLA 3E9AA 3ATZA 4NXSA 3G0SA 5ABTA 3NG3A 3NDOA 1WV2A 1LBLA 1LBMA 1RQBA 1F74A 1NF0A 1SW7A 2C1HA 1EEPA 4PCFA 3TXVA 4JTHA 3LX9A 1TQXA 2EF9A 5LNUA 1OK6A 3W1NA 1TMHA 3N34A 4JYEA 4PEKA 5AC6A 1ZCOA 1EUNA 3PG8A 5AYXA 5I3JA 4ADTA 1LDCA 1TIMA 4BI6A 3LBMA 3R12A 4Z1CA 3W1PA 3M5VA 4DEFA 3GIYA 4I7VA 1JCXA 1K02A 1TPH1 1ZAIA 2J9YA 4Z1AA 4Z08A 3L0GA 4XTDA 5CPNA 5EMUA 3CM4A 4M7TA 2ZRYA 2CLLA 2ABBA 3STGA 4A29A 5BMWA 2X30A 2BLEA 2J27A 1H61A 1EPXA 3GDLA 3CWNA 4GUJA 3LOTA 5K2ZA 2CW6A 5KZDA 1EA0A 2VFFA 2X2GA 1G4PA 3L68A 2XN2A 4MVAA 4MZYA 3KOFA 4FXSA 1H51A 1OFOA 1SUXA 4O52A 1KM6A 1QPOA 4M6PA 4LC6A 5G2IA 2C18A 4IPIA 3DKJA 5LZLA 3S1XA 1LRTA 1SW0A 4EVZA 1TO3A 2B4GA 2QF7A 3LTYA 4S1FA 1GVQA 5C54A 4A21A 2DZVA 2QR6A 4M19A 5L6UA 3I65A 3IV3A 4LUIA 2DP3A 1OX6A 3KVLA 4PL1A 4UFJA 3W7HA 5D04C 5CKSA 4ZZ9A 1JRCA 3TIMA 4NZFA 4ADUA 3MI3A 3C2OA 2A4AA 3Q58A 1QPRA 4LS0A 4NJKA 4O1DA 4ZQRA 2WPBA 1W5QA 1DJNA 1U83A 2FDSA 3UXDA 1KFJA 1MSSA 1TSIA 2Q8ZA 3W7MA 4LNYA 1R30A 4RLIA 3VE9A 2G97A 1TPDA 2QCDA 1G6CA 3WJXA 2ISWA 4IJBA 1H1YA 3GZ3A 4QQ3A 3NM1A 5D09A 2HSAA 3BLEA 4HT3A 2GQ8A 2CLKA 5A8GA 3E96A 2GUUA 5F1VA 4A22A 3NNTA 3W7KA 4DPPA 5KINA 1OFQA 2WO5A 4QITA 3MP5A 1L6WA 1SFLA 5D05A 3IEBA 4JTEA 1X1ZA 1O94A 5TIMA 4O1CA 3QQ0A 4LVDA 4AB4A 2Y63A 1SSGA 3NVTA 3W1XA 1TTJA 4O11A 4FXRA 3GVGA 4O1AA 4O19A 1OYAA 1WX0A 2QJGA 1B4EA 1A5BA 5LNWA 2DZUA 4XKYB 3PSVA 2RHGA 4MLJA 5CZTA 3SZ8A 2TYSA 4PFMA 3W1QA 1YTEA 2R91A 3G1XA 4YCOA 1L6YA 1PIIA 3KX6A 3LTPA 2PE4A 1KA9F 3KHJA 3S5NA 3C2FA 1RQHA 1AL8A 3PS7A 5AOUA 4BK9A 1R2SA 2QDGA 3QFEA 3CT7A 1XBXA 5D2YA 1PHWA 3ATYA 3G0UA 3R5EA 4WUIA 3KXQA 3W84A 3O07A 1JUKA 2FJKA 2Z1BA 3W9ZA 3TAOA 1OFBA 3ZWSA 2QJHA 3W72A 3MP3A 1VQTA 3STEA 4JICA 5K9CA 3RF9A 3IGXA 4LWWA 3P82A 2E6YA 3B0VC 3M41A 1LOQA 4K7VA 1ZALA 2W0UA 3CLMA 3HGJA 5K3VA 3HPZA 1O60A 3LCHA 1H60A 1A5AA 5AYYA 3GNDA 3W83A 4RK8A 3O6DA 4GFSA 3LV5A 3C2VA 1TRIA 1B9BA 3L5MA 3DH7A 4NXKA 1JCYA 3L65A 4YLWA 4HNVA 5DBUA 3H55A 4QJ1A 2YYTA 3W88A 4E0CA 5C2XA 1ME7A 3M9YA 4UTTC 1IXPA 4O4VA 3STCA 1AK5A 1VGAA 1VCGA 1F73A 3EX2A 3HG4A 1CX9A 3C3NA 4ZQPA 1GYLA 1KFEA 1TV5A 1KFBA 4BI7A 4MLRA 4OHQA 2A5HA 2NZLA 3P5ZA 3QMRA 5CZSA 3M16A 1W5PA 4HN4A 4EF8A 2RDUA 3DENA 1KM0A 1GTHA 5K9XA 1ME8A 3W2LA 4JX6A 5LKYA 3FOKA 1OFDA 1KV8A 4JTTA 2Q3OA 4LVGA 3W2MA 2VEPA 2FB3A 3GDTA 3M43A 3OVPA 3UXAA 3SFKA 1GVOA 4PC8A 1SW3A 1F6PA 2YXGA 4RKAA 4JY9A 5DY3A 5IM51 4LV9A 1ZHAA 4FX6M 5DLCA 3W7PA 3D0CA 5EA9A 4LW7A 4J9JA 3M5ZA 3C2RA 1VJIA 4RXGA 4XZ9A 4IGHA 4MYXA 5G5IA 3MJYA 1QAPA 3GR7A 5F4SA 1YTDA 4FIRA 2ZTJA 2J6XA 4UTWA 2HS6A 1Y0EA 4BR1A 3S9YA 4IX2A 4MOZA 4TIMA 3PG9A 3JRKA 1G7UA 4JTFA 3QSTA 1EUAA 1SZNA 4WY0B 4DBDA 3TFXA 1HO1A 2QAFA 1IGSA 3U2OA 5BOOA 4R7JA 1Z48A 4RR4A 1U5JA 2ZZ6A 3MI2A 1JCNA 3S42A 3W87A 1K8XA 4CQAA 3B03A 3EWBX 4FF7A 3NPVA 4GUFA 2AGKA 3TSMA 1ICSA 5FESA 4Q32A 1V7YA 3LM7A 4GXMA 3P84A 3O6YX 3P7YA 4LY8A 2ABAA 2YGYA 2VFHA 2X1RA 3MWAA 3P8JA 4IX0A 4JD4A 3N3MA 3PAJA 4LOCA 1WA3A 3G1FA 5G4EA 1PCWA 3LHUA 5I3FA 3L0NA 1PHQA 1DOSA 5F4WA 1A53A 1K8ZA 1LOSA 1UUOA 4MY9A 1RV8A 3A5VA 3AJXA 4N9CA 3QC3A 3CU2A 5LHFA 2TRSA 3E0IA 2ZDRA 4WY0A 1TV8A 4POCA 5DY2A 1FWSA 2D73A 3Q94A 5F4XA 3NQGA 2PC4A 1WYIA 3PUDA 3GLCA 1EIXA 3HGRA 4MPQA 1TYGA 2H8XA 3SECA 3EWWA 1DBTA 3PY2A 4CQ9A 2V30A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2J7E A;  2Q01 A;  2QCG A;  1JI1 A;  3NUK A;  4LGX A;  8TIM A;  2BNJ A;  1OC6 A;  2IPG A;  2Z4G A;  3IAN A;  2Z6I A;  3LPP A;  3VIH A;  2X7V A;  1JYV A;  1PE1 A;  2P53 A;  3BAW A;  2QCF A;  3GKF A;  4NZ4 A;  3GWQ A;  1TZ7 A;  1MEI A;  2ACR A;  2A7P A;  1O95 A;  3AMG A;  2X09 A;  5AFD A;  1LOL A;  4BF5 A;  4B3Z A;  1TTP A;  3QGV A;  3A13 A;  4HSN A;  3IJQ A;  3KRS A;  1XBV A;  3UQN A;  4L4L A;  3WUF A;  1KKO A;  3EPM A;  1E56 A;  4FR6 A;  2VP8 A;  4BQ4 A;  3DI1 A;  5I78 A;  1XL9 A;  2SFP A;  1E15 A;  3NQ6 A;  4IL2 A;  4NVT A;  5FF0 A;  3OA5 A;  4S38 A;  3UJR A;  3GD6 A;  4NAE B;  3WEN A;  4QBX A;  3UZJ A;  4AZ5 A;  2QZR A;  3BC9 A;  2VMF A;  1IXQ A;  1XDJ A;  4REQ A;  1GJP A;  3WD3 A;  2EHH A;  2CZ5 A;  1XLM A;  3N25 A;  4KWV A;  4D1I A;  5BNK A;  3EX6 A;  3SJN A;  4O0Z A;  3CAQ A;  4LH8 A;  4C5Y A;  3CQ0 A;  1XLC A;  4FX7 A;  3UFY A;  2DQX A;  2OYL A;  4V2X A;  2J24 A;  1VFF A;  4MGG A;  2VFE A;  2CLI A;  4J2M A;  1A5U A;  3W27 A;  3AQU A;  3BAN A;  1XIM A;  1D8W A;  3I3D A;  2ZZ5 A;  1UBP C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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