2V5LA

Structures of the open and closed state of trypanosomal triosephosphate isomerase: as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Open and Closed State of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase: As Observed in a New Crystal Form: Implications for the Reaction Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 93
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v5lA00
4CQ9A 4O54A 4ADUA 4E2DA 3RK8A 4Y90A 1ONRA 4NX0A 1YTEA 5C54A 3W2JA 3TDFA 1H1YA 1QPQA 2LLEA 5HWNA 1VHCA 2Q8LA 3N9RA 5EA9A 1OFEA 5LNSA 1DOSA 3G1SA 2C16A 5DLCA 2O7QA 4BFAA 1XL9A 2A4AA 1G67A 3GKAA 3DFPA 1D9EA 1DHPA 3PBWA 5IBXA 4C1KA 3P60A 3G1YA 3M0ZA 1TQXA 2XN0A 3W7OA 4O53A 1AG1O 1RR2A 4RX0A 4TU1A 4AHPA 1GQNA 1WX0A 1B4EA 1Z42A 1VC4A 1IXNA 2E6FA 1HTIA 4K6AA 2A21A 1R30A 4IXXA 1FX6A 4YLWA 3IGXA 2OT0A 3JR2A 4FX7A 3SECA 2ZRWA 3F03K 2GPTA 1Q6RA 3UXAA 1KLYA 4PA8A 3UWZA 3M43A 4JGDA 4N02A 4MYAA 4R53A 3W7DA 4Z0SA 2DJLA 3DFQA 4NT0A 3L67A 2C18A 2YFNA 2NWRA 1UBSA 3OVPA 4JIQA 5AHNA 2CLOA 1HO1A 2V2HA 1NSJA 3W73A 1PHWA 5AC7A 2JBMA 3BG9A 3HBLA 3RLVA 3NQ8A 4NXSA 3PM6A 2B7PA 3U8GA 2YFOA 2WJZA 3NQ6A 5I3GA 3L66A 4DF2A 4GRSA 3PUEA 3C3NA 1OX4B 3P7YA 2VFDA 1XUZA 3CIWA 2ZRXA 4PH6A 1RZMA 3FKKA 1PVNA 4O19A 2R14A 5HULA 4XUGA 1OFBA 2A7RA 4MJMA 1TPVA 4ML9A 1Q6OA 1OX4A 1M7PA 1WOBA 1ICQA 2A2IA 3ATYA 3W9ZA 4Z0JA 3W1PA 4I7UA 1MEIA 1K7XA 3ZR4A 4FNTA 5IM51 1J5TA 3L65A 4CNPA 3PG9A 1WOAA 3S1VA 1KBJA 1ZY9A 3L0KA 3ABRA 1QWGA 1CX9A 3LM7A 5BNKA 4IGHA 1OFRA 3MUXA 2F7FA 4JY9A 1KTBA 3IGSA 1W5NA 2Y88A 2ZDRA 3BV4A 5LNVA 3LLDA 4MFDA 3THQA 5HWMA 2QJHA 5LHFA 4AWTA 1Q6LA 1SFJA 2JGQA 2CU0A 5DXXA 1Y0EA 5L6UA 4XBKA 4QSHA 3MMTA 1TRDA 5U4NA 2BTMA 4P2VA 1K8XA 5CZSA 3O63A 3NOEA 1W8SA 2ZA3A 4RJEA 3DFOA 3PBVA 4ZL1A 4X9SA 3W7GA 2W6RA 3G1DA 3GB6A 3GXNA 4HKPA 4Y6GA 4E38A 1H7WA 1K8ZA 5G5IA 3NGJA 5LHEA 2VENA 5DCBA 4AEOA 4A2RA 1TJPA 1XXXA 1RV8A 2PRHA 3P5ZA 4LC8A 1DKWA 3W1TA 3R8RA 2IQTA 1JCMP 2QCDB 4FNRA 3Q37A 4RZ6A 1BWKA 2DZVA 3UD6A 4X22A 5FEWA 3WJWA 3QSRA 4N6EA 1KM4A 1HFBA 1TO3A 5TBOA 1T8XA 4QQ3A 2WPBA 3MYOA 1M7OA 1GZGA 1EP3A 3R5EA 3GDTA 2QJGA 4IMGA 3STCA 2QCDA 4N9EA 1W54A 3EWBX 4ZQNA 3IVUA 3LRKA 1VCVA 2ISWA 3EX4A 1H5YA 1AL7A 2C3ZA 3G1VA 4JR5A 2EPHA 4A21A 1LOQA 2WQPA 3KRZA 1VHNA 1R2TA 5D32A 1LYXA 3KHJA 4Y96A 1BWLA 3R12A 3QZEA 1KW1A 3P61A 2ALDA 3L5MA 1JQVA 3BK0A 5CSRA 5HMSA 3W7IA 2V82A 2QCLA 1H51A 2J88A 3O6CA 2A0NA 4IOTA 2VEMA 2EAWA 4UTWA 2OJPA 3MYPA 4AH7A 1TREA 3NL2A 2ATMA 3RU6A 4FX8A 3HF3A 4YWIA 1TPWA 2JK2A 3B06A 4JEQA 2ABAA 5D2VA 3GR7A 4JN6A 4MKNA 5K9DA 5I3JA 3QMTA 3LOTA 3OEXA 5I3KA 3IGUA 4OU1A 1LRNA 1N55A 4LVDA 2ZTKA 1RQHA 2E6AA 4JTGA 1F76A 2NLIA 5AHIA 1LM1A 3M5YA 4JTTA 3V75A 4LRTA 5LSMA 3NQMA 1I8JA 1SZEA 2DJXA 1TB3A 4JYEA 4JTIA 3QC3A 2UV8G 1EEPA 1P4CA 1KBIA 5KZMA 3L0NA 5AC8A 3QEZA 4UC5A 3SR7A 4CNOA 1W5OA 4M5PA 2ISSA 1XBXA 1XCFA 4BI7A 4O50A 1H63A 3W6YA 5KSWA 1UJPA 4GJ1A 2WKJA 4XBSA 1SZFA 1L2UA 4MLRA 2YR1A 5IBXC 3GK0A 3QJAA 3C2FA 1OFQA 4S1FA 5K9CA 4FIQA 3QQ0A 3LCLA 3LI0A 4QIUA 3UNDA 1GT8A 3K30A 4BR1A 1RPXA 3PF3A 5F1UA 1TRIA 1MXSA 3PVFA 5DY2A 5BMXA 1LP6A 3CM4A 3WJZA 2BWGA 4YCPA 2FQIA 3LCHA 1QPRA 2J6XA 3S5OA 3CC1A 1ME9A 4TO8A 2BLEA 1LOLA 3B0PA 4HNNA 1F73A 2WSRA 4L4MA 3I7RA 4FX6M 5AHMA 2WNNA 5CPMA 4OV4A 3S1XA 2BX7A 4ZQPA 3EKZA 4JTSA 3LCWA 1LBFA 4MY1A 2JKPA 1MEHA 3UWUA 2V8ZA 1TQJA 3QFEA 3IVTA 1OK4A 3ZS4A 1EA0A 3VCRA 5AB3A 5FI8A 1ZFJA 4ZZ9A 3WK0A 3LLFA 4N4QA 3W1LA 5F2MA 4QNWA 4JX6A 3BVJA 4UTHA 3NQCA 2TMDA 5MHBA 3ZFHA 2GQ8A 3TIMA 3DFSA 3NZRA 3UWWA 2E5BA 4WOZA 3EWWA 3EX6A 3C0JA 4IMFA 5F1VA 1DORA 1DBTA 1MZHA 3NL3A 3W3OA 1YXCA 2QCCA 3GNNA 4A22A 1Q45A 4BI6A 2NXGA 4XTIA 3LCGA 1T0OA 3EWZA 3QH2A 3E02A 3BLFA 3IIVA 5E1QA 4LUJA 1JCJA 1F2JA 1FCVA 3S0CA 3MWAA 4O18A 1TTQA 2YXGA 5K4ZA 2Y85A 4X3ZA 1YDNA 4WY0F 2C6QA 4FXRA 3DKJA 2G5WA 3P74A 3OIXA 1Z41A 4WX2A 1EX5A 3BARA 3HG4A 1N7KA 2QDHA 5HWJA 3H54A 2C1HA 3PC0A 1WV2A 3LB0A 1GWJA 5CZTA 1UASA 1PE1A 2E6YA 4LWWA 1I2OA 1P0NA 5FF7A 4QNEA 3KVKA 3NAVA 5CGQA 4PODA 1I2RA 3CQ0A 1H7RA 4POCA 6TIMA 4DEFA 1WBJA 1D3HA 4S2BA 2NUYA 3W7RA 3SFKA 3WJSA 1I2PA 4JXCA 3P5YA 1SFLA 2J24A 1X8FA 4IQLA 2OMAA 1XI3A 2X1UA 1PS9A 2J9YA 3TQVA 2V30A 4MY8A 1OYBA 1H7NA 3MJYA 5LNUA 3TW7A 1W3NA 2VOMA 1AW2A 1W0MA 1W3IA 3W70A 4M7SA 3S42A 3KVJA 3E49A 4M6VA 1EWEA 1GVFA 2AAMA 3VE7A 3CT7A 3UWQA 4UTIA 4O1AA 3E96A 3DHDA 1S3HA 2ZFAA 1KM6A 4GUHA 3O6DA 3ZWTA 4JTLA 3LDVA 1QDSA 3S8HA 3HG2A 4OBTA 5LZLA 4LVFA 4NJJA 4Q32A 3AO0A 4HNVA 1WYIA 3CWOX 2ISVA 3KFTA 2GJNA 2ZRUA 4O10A 3NYZA 2GJLA 1W5QA 2DZSA 3C4UA 3RF9A 3E12A 3CEPA 4J9JA 5F2LA 4GC4A 4CLMA 1JCYA 1TPEA 1SO6A 3UZ5A 4U28A 1Z48A 4N2YA 4LUIA 4O1DA 3W2UA 1GOXA 3P84A 3MHGA 1TJRA 1FXQA 1FWWA 4G1KA 4UTWC 2TSYA 4DQWA 4TMBA 1SQ7A 4ALDA 4B5NA 1O95A 3GZ3A 1XUUA 1KM5A 3N9SA 2C13A 4UFKA 3KVMA 4UFJA 1X6UA 1R46A 3T7VA 2DZWA 4M6QA 4FNQA 5HINA 4UTMA 3VKJA 3W7QA 2QF7A 3P81A 1L6WA 1Q6QA 1QO2A 4JTUA 4NZFA 3LTSA 2NX1A 3E9AA 1TPC1 4M19A 1VYSX 1G4TA 1F74A 3F4WA 5CZ0A 4HNTA 3AJXA 2V5LA 5EKYA 4K39A 2ZZ7A 1I2QA 3FS2A 2VEKA 4DO5A 5AYYA 3S6DA 4PL1A 2QAPA 1EUNA 3LCXA 1P5BA 4M7TA 5HUPA 3DHFA 1YTKA 2R91A 5EBUA 4Z1CA 5LNWA 4CNNA 3TV8A 4RZ5A 4JX5A 5H2ZA 3FYPA 4R34A 5FEXA 3W23A 3EWYA 1VLWA 5HQEA 2XN2A 1VZWA 2QAFA 1T99A 3OBKA 4FF7A 3P8JA 1OABA 2FFCA 2H90A 3M6YA 2Y7GA 5ABTA 3C61A 3PG8A 3TAKA 4I7VA 3GR8A 2YZRA 2I9EA 1ZNNA 4Q4KA 1ALDA 1AW5A 2AQWA 1H50A 4JDBA 3S5YA 3LHUA 2ZZ4A 1JULA 4NZJA 1PV8A 4N9BA 4IMCA 3W07A 1FWRA 1SPQA 2VFGA 3N14A 4FHAA 3A5FA 3KXQA 4JTEA 5G2WA 5D03A 4HN4A 3MI2A 4YMZA 4AMAA 4UR7A 1B9BA 3A24A 1LRQA 3IV3A 1YXDA 3L0GA 3GVGA 3DGRA 2OX1A 1CW2A 3MP3A 4DBEA 3P62A 1XBVA 1ZAJA 3LXCA 2GVJA 1HL2A 1FY6A 5DN1A 1S5WA 2NUWA 4NNAA 3KOFA 1B3OA 1A5SA 3CWNA 4K8HA 2Z0IA 4GUGA 1S5TA 4WD0A 4CCDA 3SGZA 3DAQA 3FIGA 4O52A 3PB2A 1FWNA 1V7YA 2B7NA 4Q33A 3NG3A 4HSNA 3BG5A 3LTYA 3OVQA 3M47A 4RKAA 3S5NA 1P1XA 3BPWA 5D2WA 3W7KA 1G7VA 3NQEA 4RCXA 3MHUA 3B0VC 3A9IA 2Y61A 3GAKA 4PFMA 1OYCA 2HTMA 1GG0A 5C55A 3M41A 2ABBA 3IIOA 2A85A 4YXGA 2XN1A 4K37A 3DZ1A 5HUOA 2VEIA 5DCDA 3CIXA 4UFIA 2FB3A 3I6RA 3CLMA 4LS0A 5AC6A 4IWWA 5EMUA 3PS7A 4IX0A 3SJ3A 2I14A 3Q2DA 3W22A 4UNLA 1X1OA 2FTPA 3NL5A 3L21A 3QRHA 3VNDA 3PULA 2ZRVA 2YPIA 5DBTA 1O94A 3STGA 1FCUA 1MEWA 4IMEA 4DBDA 1FCBA 4JTKA 1JCXA 4P61A 3QW4B 3TCEA 2RH9A 3P80A 5F2IA 1I45A 4AHQA 1YYAA 3WFAA 4AHOA 3W7CA 1LROA 4XKYB 3UWYA 5D09A 3UY8A 2QJIA 4AWSA 4FEZA 1M5WA 2BZNA 3L5AA 4Z1DA 4KFOA 3DFNA 3L5LA 5I3IA 4N9DA 3W1XA 4GXMA 2VEPA 3NL6A 4KKXA 1JR1A 2DZUA 5EPDA 4XKYA 1GVSA 4O12A 1FXPA 1C9DA 1SW7A 3EXSA 1KFKA 4ZMGA 3NQVA 3QSTA 1RVGA 2JKEA 3W83A 3ABOA 2CZFA 3MP4A 1LLWA 3NPVA 3G24A 5G1TA 3TQKA 3DXIA 4AVFA 3ELFA 2YCEA 3L9CA 5D38A 5AYZA 1LBMA 4DPPA 1YDVA 4ZQOA 1KM0A 3JS3A 1VH7A 3PUOA 3QM3A 3MO7A 2X1SA 3Q58A 2CLFA 1GTHA 1OFPA 2E68A 1XKYA 1K8YA 1UUOA 2R94A 2ZZ2A 3LHTA 3W87A 4AF0A 2Q3OA 2YYTA 3O1NA 3TU9A 3OVRA 1FQ0A 4ORIA 1H62A 2FPVA 3GNDA 3B05A 1GYNA 1DJQA 2NWSA 4OV9A 3SZ8A 3PWAA 3LI1A 3NM1A 3CB8A 1O60A 1BKSA 2D73A 1S5VA 3C2RA 3LERA 2WSYA 3OG3A 2Z6JA 3MBDA 3KVLA 2OZ0A 3EX1A 3NDOA 4RV8A 1QOPA 2RDUA 3O07A 4IPJA 1H61A 5F4XA 1SO4A 2HMCA 3KRUA 1TV5A 3NR0A 2NX9A 1A5CA 3G0XA 4QAIA 1EIXA 3N3MA 3LX9A 5A8GA 5HJLA 2Y63A 1SW3A 3HQ1A 4IUOA 4NJKA 2PCQA 1QFEA 3G18A 1VRDA 4DELA 5DXYA 1IF2A 2QCNA 1K03A 1ML1A 2Y70A 4GBUA 1TPFA 3YPIA 5LGZA 1KFJA 3RFAA 5D37A 4E0CA 1LOSA 1ZHAA 4JD4A 1ADOA 3HPSA 1T96A 4O0KA 2YX0A 4XQ6A 2X2GA 3BGJA 3R2GA 1YDOA 3MP5A 2VC6A 3EKLA 2FDSA 1NVMA 1XFBA 2QCEA 1THFD 1FUYA 4XWUA 4AWUA 1SUXA 1ZENA 5CPLA 3HMJG 1AW1A 4LVAA 5K9XA 1OYAA 5KZEA 2ZA2A 1KFCA 1G4EA 1OK6A 1W5MA 6ALDA 4N6FA 3GYEA 4MIMA 5CSSA 3UPWA 3W75A 1FWSA 4K8EA 3FEMA 4UTKA 3RNDA 3EX2A 3HG3A 4U4MA 1JVNA 1IIHA 1YTDA 2A5HA 4TMCA 3FA5A 2G97A 3LRLA 4JDYA 4K7VA 2V5BA 1ICSA 1N8FA 1D3GA 3EWUA 1EP1A 1G4PA 5J5DA 3O8AA 3STEA 2I1OA 4H4IA 1PIIA 3W7LA 4UUIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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