2V8ZA

Crystal structure of yage, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from e. coli k12
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YAGE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 110
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2007-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v8zA00
4Q33A 3QW3A 4O53A 1LLZA 1FY6A 3O15A 1OFRA 3C2FA 2VELA 3TKFA 3HO8A 2X1UA 4EOUA 3G1FA 5K9DA 1UCWA 2CW6A 1OX4A 3U8GA 3DI1A 4PTNA 4NJJA 2TSYA 1F7BA 4XBSA 3K30A 3GVGA 1C29A 4NJGA 2B7QA 1TTIA 4JR5A 3RNDA 3BK0A 3B8DA 1V7YA 1WA3A 3ZWSA 3MYPA 1SFJA 4JDBA 2NUYA 4QIUA 1H62A 3G1VA 3N73A 1A5BA 2DJLA 3MI2A 1QNVA 4WQ6A 2DZXA 3EXTA 2RFGA 4K38A 1DKWA 4WUIA 3N2XA 3DFOA 2NUXA 4S2CA 3SZ8A 3TFXA 1I8JA 2FPYA 4K36A 1BWKA 3BLIA 4WZHA 2Z6JA 4U28A 4EF8A 2VENA 3W1XA 3G0UA 3PC0A 1TPB1 2QUUA 4RCXA 1O60A 1VHCA 4FIQA 2QR6A 3W7EA 1YXDA 3BG3A 1KBJA 4UCGA 1TSIA 4X3ZA 1WOAA 3LRLA 4O1AA 4N4PA 1C9DA 5DCDA 3QMRA 4HN4A 1A50A 1D3GA 2E09A 1KLYA 1WV2A 5F2IA 1XUUA 4NUWA 4LV4A 4DF1A 3AO0A 5G4EA 3KVLA 5HQEA 2DZWA 1L2UA 3TH6A 3QC3A 4O11A 4LUJA 2WQPA 4UMCA 4O12A 3G1DA 2HMCA 2V2CA 2G95A 2JK2A 4NZFA 4JN6A 2CU0A 2YDAA 1AK5A 5CSRA 1F05A 1WYIA 1QPOA 4OBTA 3M5XA 3ANYA 4O52A 4PH6A 3IVTA 4FX8A 5G1TA 2O7QA 2RDTA 2H6RA 3DFPA 3VNDA 1W5QA 4HSNA 3NQFA 4N9EA 3KVMA 3P80A 3PBWA 2VXNA 3TQKA 4Z08A 2TMDA 3I7QA 3HQ1A 5FF2A 5EMUA 4CQ9A 4A21A 3NDOA 2FIQA 4BWLA 4IMFA 3MBFA 2Q3RA 4AF0A 2YYTA 1OX5A 2FFCA 1W5MA 2CZDA 4RXFA 2H8XA 1V5XA 4E2DA 5EKYA 3ATYA 3JS3A 2ZZ1A 4UTLA 4X2RA 1RVGA 3VI2A 2FPVA 2WNZA 4IMCA 2X2GA 4RX0A 2B0MA 3S1XA 4LV9A 4Y8FA 1ONRA 5L9FA 4FX6M 1JVNA 4S1FA 3UQNA 2HSAA 3CHVA 4RJEA 3JR2A 2J24A 3KRSA 2QCFA 4A2RA 2ZZ4A 3S6DA 5LNVA 1JRBA 1TTQA 3L5LA 5FF4A 4H3DA 3W1NA 4FO4A 3B04A 4PA8A 3TK7A 2V82A 3M0ZA 3UD6A 4Y6GA 5DCEA 2ZA3A 2VFFA 3KOFA 1P4CA 1FCUA 3BGJA 3VKJA 3W73A 2A85A 1WBJA 2GVJA 1XFBA 1R30A 4KWWA 1FQ0A 1QR7A 3CLMA 3LCXA 1FCQA 3LXCA 1Z42A 4Q4KA 5LGXA 3BW2A 3W84A 4N2YA 1VYPX 5BMWA 1P0NA 4NJKA 4Z1BA 1KFEA 4MLJA 5KMYA 3MO7A 4YCPA 2QCEA 4KFPA 4O0KA 3GDRA 2J9ZA 2FQIA 5D2WA 1D3HA 1K02A 4M5PA 2YX0A 4FNSA 4JYEA 4BI7A 3W7DA 1NSJA 3TV8A 4JIPA 4O28A 3NO5A 2E5DA 4R53A 1YPIA 3N19B 3TAKA 1GVRA 1TRIA 4JTFA 1BTMA 4PCFA 4O1CA 2Z1BA 3P5YA 3CPRA 4JS3A 1VZWA 2H3BA 5D30A 2E5CA 4TMCA 3NQEA 1M5WA 1JQVA 3E02A 2X1RA 4UTMA 3LXBA 2XN2A 3RF9A 1TIMA 4AHQA 3MBDA 5FI8A 3W1TA 1KBIA 3BLEA 2F7FA 1OYCA 3W87A 2QAPA 4IOTA 4CNNA 5BOOA 1B9BA 1WX0A 2BTMA 3LXAA 5D37A 3LGEA 2YFNA 4O16A 2NX1A 4C1KA 3FEMA 4I7WA 4N4QA 4NXSA 1GWJA 3C2EA 5CPOA 4NXKA 4AHOA 3G0SA 1K8YA 5KZEA 3FOKA 3W2JA 1HUVA 3ABQA 2FJKA 2A0NA 3SJ3A 1ZAJA 2ZTJA 2ZFAA 5AHLA 3NQAA 1DVJA 1PCKA 3FIGA 1SW7A 1KM5A 4MZ1A 4CCCA 3L5MA 2PCQA 2A6NA 3M16A 4K37A 4LVGA 1I2NA 2XN0A 3I7RA 3A5VA 4MUZA 2WOQA 4JTSA 4IPIA 4LVBA 1H60A 1X6UA 5I3HA 1SW0A 1N7KA 4LS0A 2YYUA 2BXVA 5E0KA 4Z0SA 4NJHA 3BG5A 1ME8A 4OV9A 3PWAA 2RKXA 3NQ8A 4TR9A 3A5FA 1L6YA 3OVRA 1XBZA 4O1DA 1UASA 4OE7A 3QW4B 3TSBA 2DZTA 3L67A 3QF0A 4DBEA 1TMHA 4IJBA 4GUHA 3KHJA 5FEZA 4LUIA 4PEKA 4JXCA 3P84A 4AB4A 4QM1A 2J9XA 3P60A 4MYAA 1F6KA 1LBLA 2H3DA 4A3UA 1ZFJA 3LI1A 4U4MA 2WNNA 2RHGA 4LVDA 1OJXA 4O50A 3SECA 4JTKA 3KRZA 1XI3A 5K2ZA 1OHLA 1YDVA 3W1MA 2DZVA 1TPFA 4JIQA 1DQWA 3R5EA 2DZSA 3QSTA 3TU9A 1SZGA 1OFEA 4FXSA 4GJ1A 1IXPA 4B5NA 6ALDA 2A21A 3S1WA 4RLIA 5FESA 1H7WA 3TNOA 4N9DA 1P1XA 4GE8A 4YLWA 4ONVA 4WD0A 1YYAA 3NZ1A 3PUEA 4TMBA 3G1XA 3G18A 5HWJA 1K7EA 2XN1A 2CLMA 4O8RA 4FHAA 1SO3A 3NQGA 1G7UA 1ICSA 4MFDA 3E12A 1LBFA 1W56A 1TQJA 1X7FA 1GYNA 3G1SA 1F76A 2HTMA 1QMLA 4ZL1A 1W3TA 1Z48A 3GXPA 2EKCA 3M5ZA 4QISA 1SZEA 1B57A 4MY1A 3EB2A 3UZ5A 4KFOA 1VRDA 5LKYA 3MHGA 3PUOA 3LX9A 5D2VA 4LW7A 1QOQA 4ZQOA 1OABA 3N34A 5LHFA 1HO1A 5AN7A 4JTIA 3FKKA 3DFSA 4EIVA 1SQ7A 1JCYA 4K39A 3W1UA 3TQ0A 5F4WA 3LCGA 4ZQCA 3SI9A 5F2MA 1LOSA 2YCEA 1TPC1 5KZMA 2YGYA 3C0JA 1G7VA 2CLHA 4O15A 4N6FA 5D09A 2NX9A 1EWEA 2C15A 5LNSA 2C19A 2OZ0A 1OVDA 2ZRWA 1YXYA 3PF3A 3W2MA 3NL3A 3MWAA 3HG2A 4ADTA 2ZRZA 4NNAA 4PODA 2QJHA 3G24A 1RQBA 3KAOA 2VOMA 1A5SA 3QH2A 3GNDA 1FXPA 3QZEA 3LHUA 3KRUA 1G4PA 3LCLA 1UUOA 1A53A 3UWVA 4BK9A 1H1YA 1P0KA 1FX6A 3LBCA 3NVTA 4I9AA 3PSWA 4JICA 3EEGA 1THFD 2ZZ2A 4XKYB 5C55A 4H6KA 3THAA 1KM0A 2G97A 2ZRVA 3B0VC 4L4LA 3O05A 5KZDA 4UIOA 2XFWA 4C1LA 1P5BA 3ABSA 4UTTA 3O07A 1LP6A 1FDYA 5DCBA 2Y62A 3I65A 2UV8G 1TJPA 1XUZA 2GUUA 2YSWA 1OG0A 2NXGA 1SW3A 1JJKA 5K4ZA 4FB7A 1VCVA 1W5NA 2WNQA 3S5NA 3STCA 3O63A 1KM2A 3GYEA 3S0CA 2FB3A 1I2RA 4O1BA 1ICQA 3SSJA 2FB2A 2FDSA 5I3FA 3QQ0A 2ISVA 3GB6A 5EL1A 2VFHA 1KFBA 4UTKA 2QDGA 5KTLA 3LDVA 3LV6A 4NQ1A 2J27A 3QMSA 4JY9A 4O19A 1NFBA 1QAPA 3UWQA 3USBA 3DHFA 3M6YA 2CLIA 1DOSA 4FXRA 3B0PA 3QPZA 3G8EA 3GR8A 4HIBA 1OYAA 4QNEA 3SIZA 3OEXA 2VEPA 2RH9A 2AQWA 4O4WA 5A5WA 1JQXA 1QPQA 1EP2A 1FWWA 4XBKA 2X16A 4JDYA 4N02A 3DFNA 3SGZA 2E6DA 3GX9A 2QUVA 1Z44A 1AG1O 4HNTA 1FWRA 4HNVA 3HBLA 5I3JA 3QMTA 4AEOA 1T8XA 4NZJA 4X22A 3H53A 1XKYA 3NL5A 2IQTA 4LC6A 3NQCA 5G2WA 3P74A 3IIPA 4O0ZA 2ZDRA 3HGJA 1H7NA 5F1VA 4MPQA 3CIXA 3RLUA 3TC7A 1SSDA 1DL3A 4ORMA 1CW2A 4EWND 1EWDA 4GNJA 1WDWA 1B4EA 2PRMA 3W7OA 3T78A 2B7NA 1IIGA 3HPZA 3LHVA 1KFLA 1SO6A 2QCHA 2Q3OA 3PAJA 3F4WA 3S5ZA 3LOTA 4CCDA 3U6WA 3FS2A 3NEVA 4BWLC 3W88A 1XL9A 5D2XA 2E6AA 3RFAA 3NR0A 3EX4A 4ML9A 3EX6A 5D04C 3EWUA 5HMSA 3UPBA 1YTKA 3M1ZA 4WOQA 5H91A 3TSMA 2QEZA 4E2BA 1MZHA 4OQVA 3N14A 4JEQA 1VR6A 4KFNA 3GDTA 5HWMA 3UYCA 1KM6A 2Z0IA 1ICPA 1SPQA 4IMEA 3DU0A 4FEZA 6TIMA 3NNTA 3TXZA 1TJRA 3KX6A 3TR2A 5IBXC 3TJLA 1OFAA 3L0GA 4W9TA 3LB0A 1HG3A 5AC6A 3LLFA 4MY9A 3TSDA 3KVKA 1SZNA 4UTHA 1L6SA 4P2VA 2CLKA 5MHBA 3RMJA 3V1PA 1FWNA 2H8ZA 2JGYA 4HNUA 3IVSA 4UTUA 3I68A 1TPUA 2JKPA 1KLZA 4LRTA 1LTDA 3TCEA 1OK6A 3VE9A 3CC1A 1G4EA 3B06A 4LU0A 1VJIA 3N3MA 1VCFA 2QKFA 3W70A 1LOQA 4A22A 3GXTA 3L68A 4I7VA 3DXIA 3WJYA 5IBXA 3WJZA 1EP1A 5AB3A 2JBMA 1LCOA 2NV1A 3PULA 1EX5A 3R13A 1JCLA 2QJGA 5H2ZA 1G4SA 1JR1A 4ZQPA 4UTWA 4LWWA 4P61A 1W3NA 1TV7A 4N6EA 2WKJA 1NEYA 4GUFA 4MZ8A 3TROA 2NUWA 3GKFA 4DBDA 3MI3A 4HKPA 3STEA 1G69A 2E6YA 3NGJA 3W83A 3L21A 3DKJA 4IXXA 2A1YA 2C16A 1J4EA 2PE4A 3W7KA 3W7PA 1GQNA 2VFEA 3DGRA 2CLFA 2ZRUA 2YFOA 2FPTA 3W7HA 3DENA 1YXCA 2I1OA 1O95A 3C52A 3CEUA 2P10A 1QO5A 3NL2A 3IEBA 1N55A 4FNUA 5EBUA 3DBPA 4O10A 3E0IA 1S5WA 3OIXA 3HG4A 3EX1A 2Y88A 5AC7A 1Q3NA 1LM1A 1M6JA 1VQTA 5LNWA 5K4XA 1PHQA 3EWBX 3W71A 3W3OA 1LRQA 3A22A 2CZEA 3CIWA 1DORA 4PL1A 1GOXA 4LRSA 1EP3A 4LT9A 4FNRA 3HG3A 2C1HA 1TYGA 3EX3A 3LLDA 3TXVA 3CTLA 1OFPA 4YMZA 4IXHA 3R8RA 3C4UA 3V75A 1RR2A 1FUYA 4RZ6A 4AVFA 3LI0A 5I3IA 3T55A 3O6YX 1S5TA 3W1LA 4E38A 3NOEA 1OFDA 3CB8A 1GG1A 1KTCA 1U5JA 5TIMA 2AAMA 5IM51 1IXOA 3GDMA 3HJZA 4K6AA 3ABRA 4QAIA 1DBTA 3UNDA 1ZAIA 4UR8A 1ML1A 1FCBA 1B4KA 2W79A 4JTEA 3LTYA 4YWIA 3P8JA 2JGQA 2QJIA 3TQVA 4HSOA 1JCXA 1JCJA 1FBAA 3C56A 1MEIA 5CZJA 4QNWA 1FWSA 1AL8A 4DPPA 5KSWA 4JYFA 3L9CA 2A7RA 3SY5A 5L6UA 5KITA 2V30A 4DF0A 3BGGA 3AJXA 3ZS4A 5HWNA 3W7IA 1H51A 3ELFA 1AMKA 2ZBTA 3W2KA 2E6FA 1G4TA 3NG3A 4ADSA 1GPWA 1GVSA 2Y61A 1T0OA 4IX0A 3NA8A 4JTUA 2E77A 1OFOA 3LCIA 3MMTA 1H7PA 1VC4A 2Z6IA 3QQ1A 3LERA 1FWTA 1ALDA 2WSQA 3L2IA 4RXGA 1VYSX 5AC8A 3F03K 3DKLA 4IQLA 4M7TA 1O94A 1PVNA 1WAUA 1SSGA 4AWUA 4BF9A 3F1QA 3IV3A 5J5RA 3M44A 3T44A 1T99A 1JCNA 3G22A 3N9RA 5CZTA 4IPJA 3Q94A 2Y85A 3OVPA 5TBOA 3UXAA 5LHEA 4GUGA 1QPNA 3DHDA 2OJPA 3NM3A 3L66A 1BEUA 1OX6A 4MY8A 3RLVA 4CNPA 3WJWA 3PB0A 4FNTA 4XWUA 5C54A 4AH7A 1ZNNA 3HF3A 4BI5A 3E96A 3W1QA 3EKLA 3W76A 2G5WA 1CI1A 1HFBA 4NU7A 3B03A 3FLUA 2C14A 3L5AA 1U83A 2QCDB 2GQAA 3PY2A 4TO8A 4UTIA 3RK8A 3TW6A 3NQVA 2QDHA 5BMXA 3C2OA 5HINA 5D2TA 5AFDA 4Y90A 1ZHAA 2NX3A 3T40A 3LV5A 4J9JA 2B7PA 2WJZA 5AHEA 3IIZA 5DLCA 3PM6A 3UWUA 2ISSA 1GTEA 2AGKA 1GT8A 2FTPA 4AWTA 2V5BA 3P61A 5HJLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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