2V8ZA

Crystal structure of yage, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from e. coli k12
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YAGE
total genus 110
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2007-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v8zA00
3LCIA 4IX0A 1TMHA 5FESA 3IIVA 1YTKA 1G67A 1TYGA 3NNTA 4NZFA 4N4PA 4GWEA 3GNNA 2A0NA 3JRKA 4LS0A 2ZCGA 2ZZ7A 2A7PA 4BI6A 2C16A 3F4WA 2ZQ0A 2V2HA 1WX0A 3TH6A 4AEOA 2FFCA 2V2CA 1PL9A 3HF3A 3B04A 1TPFA 3R5EA 4UR8A 2E6FA 1P0KA 1PHQA 3M6YA 4MJMA 4NNCA 1LBMA 3TFXA 2KZHA 3G1HA 4JTEA 5G1YA 1W37A 3SJ3A 4MUZA 3EWWA 3N73A 3G1XA 4LRTA 3TSMA 3B05A 1CI1A 1OFAA 4HPJA 2YFNA 4GE8A 2W0UA 4KFPA 4DEFA 1TREA 1FXPA 1ME9A 4ICNA 1JR1A 4GFSA 8TIMA 3NQAA 4IMCA 4NQ1A 3GDLA 2Q8ZA 3A5VA 3PBWA 2ZZ3A 3KVJA 4HSNA 3R8RA 4FIQA 3FFSA 4UFIA 1RPXA 3HJZA 1X7FA 3U2OA 4LS2A 2ZRVA 2QEZA 5FEXA 4PTNA 3S6DA 4ZZ9A 4NJIA 3KRUA 3MP3A 1KFBA 1UUMA 3SI9A 2BZNA 3QQ0A 1VR6A 4PA8A 2QCHA 2H8XA 5G2IA 5U4NA 3LOTA 2JKPA 5D05A 2CLKA 3P80A 2X1TA 4XKYA 4ZQNA 2RFGA 3E9AA 3NR0A 5AYXA 3N14A 4FXRA 3TX9A 1G7UA 3LXCA 5U7SA 3H53A 3AO0A 3KVKA 4IOTA 3OHIA 4I7UA 1X1OA 3TUUA 1HUVA 3A24A 4HNVA 3BG9A 1Z44A 2ISSA 5EA9A 5F2LA 5F4XA 5LZLA 5F4WA 1ZNNA 2PRLA 1W5PA 2GVGA 3VFLA 1R46A 2FPVA 3GYEA 1DV7A 1F5ZA 3QW4B 1FY6A 3EX2A 4M6PA 4JYFA 3NPVA 2PC4A 2OX1A 4YMZA 1MO0A 3KXQA 5D2XA 1B3OA 5T26A 1PIIA 3TR2A 2WPBA 3L5LA 2J9ZA 1GJPA 3M5XA 2VFFA 3H55A 3UWZA 3L68A 5AHIA 3GIYA 3P67A 2VELA 3MYPA 1OFDA 1KV5A 1DKWA 1MEWA 2E1DA 2Y89A 2YDAA 4IX2A 3DZ1A 3M1ZA 1ZALA 3ABQA 1W5NA 4JXCA 2W79A 2X1RA 1TPH1 1DORA 3W2LA 2Y63A 3QFEA 1MZHA 3TJXA 2X16A 2R8WA 3QF0A 3PULA 3LCFA 4UMCA 1VQTA 3TW7A 4JX4A 1HL2A 2I9EA 3G18A 4UMAA 3UQNA 3UPBA 1RZMA 3FKKA 1QPNA 4ADTA 2G5WA 4LU0A 3CT7A 1KV8A 3TQ0A 4H6KA 1KM6A 2VFIA 3O63A 2DZVA 3PUDA 1GG0A 4FO4A 3DAQA 2FLIA 1Z42A 1SU5A 2YFOA 4PEKA 1P4CA 4TX9A 1TV5A 2C19A 3EKLA 1ML1A 3IGSA 1NAL1 4WUIA 4CNNA 4FX8A 5D33A 4JX6A 3GB6A 2BWGA 3NM3A 3KVLA 3O6YX 4UIOA 5HWNA 4FNPA 1WBHA 3QMTA 3NL3A 3P60A 5D38A 3W1TA 1ZCOA 3W76A 2FB2A 3IGXA 4FX7A 1YADA 5F2MA 3W1QA 1QR7A 3STEA 3O6DA 2WNQA 4WOQA 1W56A 1TPVA 1O4UA 5F2IA 3C56A 1P5BA 2A2IA 5DY3A 5MHBA 3CIXA 4MLRA 1GTHA 1HO4A 2FIQA 3FIGA 2NWSA 4RZ5A 3FOKA 3TMLA 4BI7A 1H7NA 5HINA 4IXXA 1OFBA 3W73A 3HGSA 3G24A 3UZ5A 5K9XA 2DZWA 2YGYA 3EX1A 4G1KA 3P7YA 5CSSA 4MZ1A 2JGYA 4WXYA 1ME8A 3QPZA 1R2TA 5CPNA 2B7NA 1OF8A 2H3BA 4RCXA 3Q58A 5DCEA 3GDTA 3TKFA 4JEQA 3W7RA 1GYLA 3CIWA 3G1VA 3NGJA 3STFA 4QJ1A 3LRKA 5D03A 3G1DA 4RJEA 4NJGA 4OGZA 2ZA2A 4LY8A 4AF0B 2E6DA 4O1AA 2QJHA 3V75A 2OCZA 5CSRA 5K4ZA 4O4WA 3HBLA 1K8YA 5H91A 5CZJA 3NYZA 1TV7A 3NQCA 3NPXA 3MW7A 4GUIA 5C5YA 5EBUA 2E6AA 4JNMA 2VKZG 4JTLA 3QC3A 3G1FA 3HPSA 5SWUA 3E02A 2DZTA 1OFRA 5AYYA 2C0AA 3PVFA 4UXDA 4RV8A 5FF7A 2GVLA 1TCDA 3LHYA 2V5LA 1AW5A 3B0VC 4WJEA 2NLIA 2NUWA 3ZS4A 1G7VA 4JR5A 4H3DA 5E1QA 5KMYA 3GX9A 3PBUA 3KX6A 3GR8A 3OVPA 2YPIA 1SW3A 3E12A 5I3HA 6TIMA 1SZEA 1TV8A 2ATMA 1IGSA 1LCOA 1VGAA 3O05A 1SSDA 3GKFA 3EWXA 3L2IA 1NEYA 1XI3A 5HR6A 4ORIA 2H6RA 3DFNA 3PF3A 3CM4A 1ZAJA 3G3MA 4YL2A 2EPHA 2VENA 3M44A 3TXZA 1FDZA 3MJYA 3C4UA 1GT8A 1YLVA 2A21A 1FWRA 1FQ0A 2HMCA 1N7KA 4XZ9A 2NXHA 2YYTA 3DKJA 5DN1A 3NQMA 1VLIA 2YCEA 3EXTA 1T8XA 5K4XA 2Y62A 4ZMGA 2OZ0A 2IQTA 2AQWA 4WOZA 1OX6A 1X6UA 3L67A 3W7GA 2B7PA 4ZL1A 1EIXA 4P61A 3TQVA 2BXVA 4PODA 1YPIA 4KWVA 3W85A 2WNNA 3LBCA 3I68A 3UPWA 3CEUA 3C0JA 4O13A 3L0NA 1O60A 5A8GA 4CCDA 4LTSA 4BF9A 2Y7GA 4KFOA 2ZFAA 2VEKA 1W1ZA 2QUVA 2NWRA 1WAUA 3GVGA 1Q6QA 1JUKA 1GVFA 3HG3A 3UWUA 1ALDA 3IIXA 3PAJA 1ZY9A 2JBMA 5IBXA 3UD6A 1LOLA 3FKRA 3INPA 4O1DA 3SGUA 3STGA 1EPXA 2FDSA 1F6KA 2HS8A 3T55A 1IXNA 1PE1A 2V82A 2ZRWA 4IJBA 1H7RA 5KZDA 2E68A 3MHFA 2ZA3A 3NL6A 1F2JA 3S0CA 4NJKA 1ADOA 1S3HA 3B0PA 4NXSA 1VRDA 2QCDB 1UASA 3E49A 3LX9A 3DBPA 1BKSA 4OE7A 3GNDA 1BWKA 2C18A 1HO1A 2ZDRA 3TW6A 3W7LA 4QAIA 3LV6A 5A5WA 3GXNA 4UFLA 5HMSA 5KINA 1EP3A 3B8DA 5LNWA 1MEIA 4AHPA 1QFEA 4XTIA 3W1PA 1QCWA 4UFMA 1SO6A 3W2NA 3W1LA 3RK8A 3JS3A 3A5FA 4CQ9A 2OMAA 4R33A 3W1RA 4E0CA 4K6AA 3N2XA 4MZYA 1R2SA 4Z1DA 3W3OA 4LNYA 1I45A 1K7FA 2YW3A 5D30A 2A85A 2PCQA 3C61A 4O1BA 3S42A 1I8JA 3IIZA 1QWGA 5KZMA 4I9AA 5D2VA 3N19B 1S5TA 4FXSA 1R47A 3M7WA 1TPDA 1RD5A 1TPC1 2NXIA 3TAOA 3ELFA 5CPLA 1TTPA 1XFBA 3NZ1A 4Z1CA 4OQVA 1AW1A 1AW2A 1T96A 4QNWA 5I3KA 3I65A 3W1XA 4I7VA 5L9FA 1SR9A 4TR9A 4WY0A 1EB3A 5TQLA 4UCGA 3W1AA 1DJNA 4UTUA 5AHMA 1VYRA 2E77A 5AHLA 1Q45A 2CZEA 4NX0A 5BOOA 3P8IA 1F6PA 2WSYA 4FNRA 3VNDA 5I3GA 3LCHA 1RR2A 4XKYB 2TYSA 3Q37A 4U28A 3ZWSA 2QCNA 3QRHA 4O8RA 2AAMA 2C14A 3HB9A 3STCA 4UTJA 1M6JA 3L65A 3NDOA 4AHQA 3NAVA 1WOBA 2J24A 4JS3A 1KM3A 1LP6A 1VZWA 3P82A 1XBZA 1RV8A 4DBDA 3GZ3A 4GUHA 1TO3A 4X3ZA 3PSVA 5HWMA 4K8EA 4WZHA 1M7OA 1LZOA 2DU2A 3DI0A 4JTGA 3W7MA 1PCKA 1FWTA 4AWSA 1SZFA 3WK0A 1QPRA 1NFBA 1VCGA 2YYUA 3QSTA 3PUEA 5BRBA 4JIPA 4CLMA 5ABTA 3CEPA 3MHGA 4CQAA 1HG3A 1A5SA 4M19A 5HUOA 3W74A 1KBJA 1UBSA 3W7EA 5BW6A 1KTCA 1JCXA 1KLYA 4OV9A 3BG5A 1XCFA 5FF0A 4Q4KA 3M5VA 4GJ1A 3SGZA 1TRIA 3W7QA 1YTDA 3VE9A 1BEUA 1LROA 1IIGA 3GLCA 4NJJA 3F03K 1I4NA 1C29A 1VHCA 1VCFA 4ONVA 1OYCA 3IIPA 2Y70A 4MIMA 4PCFA 1H63A 4N9CA 4FNSA 1E51A 5F1VA 2GQ9A 3NXFA 3ZR4A 1OG0A 2E5DA 1EA0A 2QCLA 1JUEA 3LDVA 2X30A 1SSGA 2ZYFA 4EIVA 5DXYA 4A3UA 1H60A 3KVMA 3R89A 3UXDA 3W7JA 3O8AA 2GUUA 4QISA 3NQGA 3HQ1A 3PBVA 4UTIA 3U6WA 3LTYA 1KM2A 3RNDA 5DCBA 4Y6GA 3HGJA 4E38A 4XUGA 1S5WA 3HOJA 3W1MA 1OFPA 1VHNA 4DO5A 2DZSA 2Y6ZA 4O15A 3KOFA 4MYXA 1PCWA 3G1YA 3W72A 2JK2A 2NUXA 1SZGA 3O1NA 1SQ7A 5AB3A 4IXHA 3LERA 2HTMA 3L0GA 2NX9A 3PR2A 4GC4A 3BPWA 4M6VA 5K3VA 3NQ7A 3KRZA 3HPXA 3P84A 5LHEA 2Z6IA 2PURA 4RXGA 1GVSA 5G4EA 1PHWA 1KFCA 4CQ8A 2GJNA 1TPB1 1H1ZA 5D09A 1XDLA 4MFDA 1SO4A 3G8RA 3O06A 4N9EA 3W86A 2A5HA 3NQDA 5LNUA 3M5YA 2DZPA 4NT0A 2QDGA 5GVJA 5DELA 3WK3A 1W8SA 3OA3A 1DQXA 4N2YA 5K9CA 1VS1A 3R2GA 3LRLA 4IMDA 4PFMA 1TTJA 3G0SA 1QO2A 1SW7A 3EX3A 3NQFA 4HPXA 1FCVA 2UV8G 1NF7A 1GPWA 1FCQA 2FTPA 2XN2A 4FX6M 4HSOA 1K8XA 1LLZA 2RH9A 2NX1A 4MFEA 1LRNA 1PVNA 3L21A 3NL5A 4JTFA 5KSWA 3TIMA 3CQ0A 1LYXA 4MY9A 1W3NA 2O7QA 4XTDA 3IVSA 2VFHA 5BMXA 1DOSA 1GVQA 1TPEA 3CPRA 3MWAA 1JRBA 5BMWA 2QCCA 4Y96A 3MO7A 3QEZA 3E96A 3LLDA 1TRDA 3W7PA 4AMAA 3W87A 2QUUA 1G4PA 2BTMA 4K7VA 3T44A 1EUNA 1V5XA 1G6CA 4JTIA 4DO4A 4MY1A 2O7SA 1H50A 1LBFA 3NA8A 3P8JA 1RQHA 2NV2A 3CC1A 1Q6OA 1FWSA 5IM51 2QCEA 3WJZA 1WA3A 3I7QA 2CLEA 3I6RA 2VFDA 1W31A 4UNLA 2LLEA 3TC7A 5EY5A 4M6QA 2WV8A 3TE9A 2VXNA 1O5XA 1OFOA 4JTKA 4EOUA 1KM4A 4DF0A 1IXQA 3FA5A 4K39A 4NXKA 3FLUA 3VCRA 3PB0A 2Z2UA 4R53A 2OJPA 3OVQA 3FYOA 4PH6A 5IBXC 4LVFA 1W3IA 5CPOA 1P0NA 1TJRA 1I2PA 4IMGA 4M7SA 4Z1BA 3TV8A 3UWWA 3GAKA 1DJQA 5AC8A 2QJGA 3BW4A 4MYAA 1AL8A 2V81A 2ZRXA 1ME7A 3GAYA 4ZQMA 2OT1A 3W2MA 3PG8A 1WDWA 1WOAA 4Z0SA 4O16A 3I7RA 1W0MA 1ONRA 3LCXA 4O17A 1XC4A 1SO5A 3LGEA 3TSDA 3LI0A 3NQ6A 3UY8A 1ICQA 2DZUA 4CCEA 4MOZA 1KM5A 2GOUA 3CB8A 5J5DA 4YCPA 5HWJA 1I2RA 3DFOA 5CZSA 4A2RA 1IIHA 1JUBA 3ATYA 1TIMA 2VEPA 3BV4A 1KLZA 5D2YA 3EB2A 1KA9F 1HTIA 4Q32A 3RLUA 4O0KA 3LBMA 3F4NA 3B03A 3LCGA 1VYPX 3HPZA 4N9DA 4LC6A 2ZZ2A 4TMBA 4E2BA 3W1UA 4RR4A 1QDSA 3M0ZA 3CLMA 4GNJA 1QAPA 1XDMA 3M41A 3VE7A 3TQKA 2B0MA 3MI3A 5K9DA 3W2JA 3DU0A 2QAFA 3C6CA 2QCGA 1WXJA 4HT3A 4O54A 2BSLA 1ZAIA 3Q94A 5EPDA 1S5VA 2PE4A 3LLFA 3N2MA 3RF9A 1UCWA 3QM3A 4O4VA 1OK6A 2BLEA 4GUJA 3IGUA 4JDYA 1FDJA 1H1YA 2YXGA 3GK0A 3H54A 4WD0A 3W22A 4MY8A 1TPWA 1W5MA 3LTPA 4GRSA 4WXZA 1THFD 4JY9A 3U8GA 4UR7A 4JTTA 1RQBA 4S2CA 3C8FA 4JYDA 4ORMA 3MYOA 3TJLA 4WY0F 4DO6A 1JCLA 4ML9A 4N9BA 3SR7A 2EKCA 4O18A 3GR7A 3GKAA 3ZFHA 4NUWA 3R12A 3SZ8A 4LWWA 2OT0A 1EEPA 5I3IA 3OBKA 2A7RA 1VCVA 3WJWA 4NX5A 2J9XA 3WFAA 3LCWA 2X2GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IX0 A;  1NDY A;  2H9A B;  2VQU A;  1TYG A;  3NNT A;  4B15 A;  4GWE A;  1DJI A;  5GJN A;  1FH8 A;  2A0N A;  3S83 A;  1V3J A;  4DWD A;  4DVO A;  3ZT6 A;  3P14 A;  2A7P A;  1P7T A;  2C16 A;  1FWC C;  1GPF A;  2NQ9 A;  1XC6 A;  2ZID A;  4Y9O A;  6TAA A;  3BCD A;  4UR8 A;  2VCA A;  3M6Y A;  1A5U A;  4HU3 A;  5G1Y A;  1W37 A;  4MUZ A;  4IIE A;  2UWF A;  3G1X A;  4LRT A;  3BSG A;  4D1J A;  2VC9 A;  4PUM A;  1CI1 A;  2YFN A;  1A80 A;  2ZUS A;  1TRE A;  5JVL A;  1ME9 A;  1Z3N A;  1O7A A;  2Q71 A;  3T9P A;  2ONE A;  4CNS A;  3GDL A;  3CUX A;  3PBW A;  4CNT A;  4UCF A;  3WUF A;  3DC0 A;  3IK2 A;  3TW9 A;  4I9T A;  3WEM A;  4LS2 A;  3RIL A;  2WHL A;  2FZ9 A;  1V6Y A;  2VGG A;  3KRU A;  3MP3 A;  1E4M M;  3GXD A;  3URQ A;  5G2I A;  3LOT A;  1XIJ A;  1S3T C;  3E9A A;  5AYX A;  1NFP A;  1G7U A;  5U7S A;  7PTD A;  3MU7 A;  3OHI A;  4WGX A;  3TUU A;  3LY0 A;  1OSE A;  4HNV A;  1UR1 A;  3BG9 A;  1AH3 A;  1JXK A;  5EA9 A;  2HVM A;  4AYS A;  4DXX A;  1Q6G A;  5LZL A;  1ZNN A;  4U33 A;  4LAZ A;  1R46 A;  3POC A; 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