2V9D | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	298
structure length	298
Chain Sequence	ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__512875022385542__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__512875022385542__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2V9D/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__512875022385542__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"512875022385542","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2V9D/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__512875022385542__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfda4c70dc239eb8ea40d92/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfda4c70dc239eb8ea40d92/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfda4c70dc239eb8ea40d92/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfda4c70dc239eb8ea40d92/pdb.gz): 265 ms

reading 298 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

298 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:297});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12. pubmed doi rcsb
molecule keywords	YAGE
total genus	108
structure length	298
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date	2007-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2v9dA00

2ZZ3A 3P81A 3PR2A 4HNTA 4OE7A 1AW5A 3CIXA 3TDFA 2V5BA 3FOKA 3GR7A 3HG3A 3QF0A 4EIVA 3QMRA 1OVDA 1LTDA 1Q45A 3CC1A 4MJMA 4ZZ9A 3W7PA 4RKAA 3F1QA 4UTTA 3V1PA 4I7WA 3O6YX 1XKYA 4AF0A 3EWWA 5TBOA 4HT3A 4RK8A 2O7QA 3STGA 1SPQA 1XBXA 1J2WA 3IEBA 3O6DA 4CLMA 3QFEA 3TC7A 4TIMA 3NQ6A 3M5VA 2ZRXA 5HNRA 3O16A 3DXIA 1TB3A 3T78A 4NT0A 4R53A 1AW2A 5EA9A 2QJIA 2EF9A 4IUOA 4OHQA 1VRDA 4HPJA 3WJZA 1I2NA 3NM1A 1OFDA 4N6EA 1HL2A 1ZAJA 1QOPA 3G1XA 5I3GA 3S8HA 5TIMA 1SZEA 2DZSA 3M1ZA 1TQJA 5MHBA 3BVJA 4HPXA 1GYLA 3NQVA 2FPTA 4DO6A 3N19B 3TXZA 1AG1O 1SU5A 2B7PA 4Y96A 5FF2A 5D33A 5D37A 3SZ8A 3LLFA 3EKZA 4N9CA 3VCRA 2ZZ4A 3SECA 1NSJA 1VLIA 4GBUA 1TPWA 1TQXA 2V82A 1Q6QA 4NNAA 1K7FA 3M7WA 3BO9A 4TR9A 2G96A 3P61A 3FEMA 1F73A 1FWRA 1PV8A 4BF9A 5SWUA 3GIYA 4PH6A 4CCCA 3HF3A 3SFKA 4X9SA 5FF4A 1LROA 4LT9A 3CU2A 4AB4A 3W7QA 1BWKA 1QWGA 4DBEA 4L4LA 1QOQA 2C0AA 4ADSA 3JRKA 3MHFA 4MY9A 4K7YA 1OK4A 4R33A 4NQ1A 1KTCA 3M6YA 5KZMA 1GVOA 5LGZA 4RXFA 1RZMA 1J5TA 3LDVA 4JXCA 1F7BA 3GDLA 3MYOA 2C16A 3LRLA 5AHLA 1M7OA 1VJIA 2A6NA 3A9IA 1D3HA 1X6UA 2QUUA 2HS8A 1W8SA 3C2OA 5L9FA 4BR1A 4UTKA 4JTFA 1MEWA 1A5AA 4O54A 1PHWA 3C6CA 4DELA 1KM5A 2F84A 3TJLA 3BGJA 5IM51 2H3BA 2JKAA 2NZLA 2PRHA 4K8EA 4FXSA 4A3UA 4O57A 4EWND 1L2UA 4UTWA 3E0IA 4ZQNA 5K9XA 3SI9A 1V7YA 2J9XA 3CEPA 3KVMA 1MEHA 1TJRA 2H3DA 3LGEA 3GXNA 3LHWA 1TRDA 3S0CA 2OT0A 3NR0A 5HR7A 5IBXA 2Z6JA 1ZAIA 1X1OA 3QH2A 3LXBA 3HOJA 4QSHA 1I2RA 2CU0A 3NNTA 3W7HA 1DKWA 2C1HA 1O5XA 1N7KA 3MW7A 3UWYA 4JTUA 3NPUA 4O8RA 1H51A 5EYWA 1S5VA 3RMJA 1PE1A 4N9EA 5TQLA 3QM3A 5K7JA 2H8XA 4FHAA 1PL9A 3W76A 1E51A 2OCZA 3CLMA 3ANYA 3T7VA 3C2FA 3VFLA 3L68A 2Y62A 3HGOA 2DZUA 1F6KA 2EGZA 2RKXA 1P1XA 2CLMA 3QW4B 2ZYFA 3P62A 4A22A 1MSSA 3T40A 2Y7FA 3NQMA 4NUWA 4AHOA 3SGZA 3BW3A 2FLIA 5A5WA 3S42A 3W1QA 1I4NA 4AMAA 1UUMA 4MYAA 4ZQCA 2QCMA 4JTGA 5F1UA 1WOBA 5EKYA 1QPOA 5I3KA 3C52A 4GJ1A 1PCKA 4EOUA 4OGZA 3ABQA 3E96A 5AYZA 3L0GA 1TV5A 4XBSA 1WDWA 4XKYB 1Z44A 1X7FA 2GVJA 2R8WA 3M9YA 1TO3A 2PURA 1QDSA 5CG7A 5CSSA 1SUXA 3FA5A 3KRSA 3PS7A 4O0ZA 5G1TA 3QRHA 1OX4A 1R2SA 1Q3NA 1EX5A 1EPXA 3S6DA 2RH9A 4FX8A 4D2JA 3IIXA 1KM6A 3UXAA 3KVJA 4O10A 3NL3A 3TQVA 4UFHA 1QO2A 3BW2A 2QCDB 3H53A 1G7VA 3CEUA 1M7PA 3W70A 4Y9AA 1GZGA 2HMCA 3VKJA 1LBFA 3M44A 3FIGA 4JYDA 3W6YA 4B5NA 3G1AA 2WSYA 1L6SA 4A2RA 4MLRA 4MOZA 5H2ZA 1TTPA 2V2HA 2V5LA 5EPDA 4M19A 1TV8A 4LV9A 1BWLA 3M43A 3NL5A 5T26A 3LRKA 5CPMA 1P0KA 3PBVA 3EWZA 4AXKA 3INPA 4NZJA 3NPVA 4ADTA 5DCDA 3BG3A 4H3DA 3MHGA 1KM3A 2YX0A 3TQKA 3ABOA 1AL8A 1XC4A 4O13A 4CNNA 4UMBA 3UWWA 3ZS4A 4RLIA 1XUUA 4BK9A 2NXHA 1XDMA 4HHPA 1SR9A 4Q4KA 4IMFA 2YYTA 2WSQA 1IIHA 1WX0A 3I6RA 3TNOA 1JCLA 1TPC1 3LV5A 1OHLA 3UQNA 1VS1A 1TPH1 3B06A 3HIJA 3FJLA 3DI1A 3W7KA 1ICPA 1DQWA 2QJGA 4WZHA 1SFLA 1LDCA 2A7RA 3RK8A 3DGRA 3P60A 4QITA 2E68A 4LWWA 3UXDA 5FI8A 1ME9A 5G1YA 4TMBA 3FYOA 2F7FA 4X2RA 5HWMA 2QCCA 1ZNNA 2YYUA 5D2WA 3Q2DA 5F2LA 3IIZA 5DELA 3LXAA 4GUFA 3PF3A 4Q33A 4LVDA 1TREA 4DF1A 2Z2UA 4N4PA 5LKYA 5K4ZA 5KITA 3TKFA 3GAYA 4EF9A 2R94A 3OVRA 4MUZA 5BMXA 1OYCA 1OYAA 3N2MA 3QQ1A 3C2EA 2Z6IA 5AC6A 3GKAA 4LTSA 1VQTA 3MI3A 1H7WA 3UY7A 1I8JA 2V81A 3MYPA 2YFOA 3PUOA 4O53A 1EB3A 4XBKA 3UWZA 4JTHA 3HB9A 2ZZ1A 5CZTA 1LORA 2Y6ZA 2Y89A 4FNPA 4TO8A 5CZJA 3UD6A 4N9DA 3UPBA 3QSTA 2G95A 2WSRA 3W7LA 3M5YA 1QFEA 3QPZA 4UTJA 5D05A 3TW6A 4LVBA 1H1ZA 4ZMGA 3Q37A 2A7NA 4UUIA 3GZ3A 3ELFA 4CQAA 3STCA 2J9ZA 2Y88A 1EWEA 1J4EA 2RHGA 1JCMP 2NV1A 4DO5A 5LSMA 3O1NA 1UASA 3W7MA 1WOAA 4HSOA 1VC4A 2YR1A 4MLJA 2QUVA 2ZBTA 1LRQA 1VZWA 3R2GA 2I1OA 5H91A 2VOMA 4MFDA 1GWJA 2ZA3A 4O1AA 3PAJA 5LNVA 4IPIA 2GOUA 1RR2A 4AWTA 3C0JA 2DZVA 5HJLA 1XCFA 1EUAA 4IWWA 1XFBA 5DBUA 5J5DA 1CX9A 3LBMA 1I2OA 4PL2A 3GK0A 2H6RA 3IIVA 5HULA 2J6XA 1TTIA 3P67A 3MHUA 4POCA 3SIZA 1JRBA 4DQWA 2I9EA 4GC4A 4HKPA 1CI1A 1JCXA 3BPWA 3A24A 3PVFA 1U5JA 5G5IA 1LOLA 3DH7A 5AHEA 3P80A 4PL1A 3EEGA 1VHCA 1YPIA 5FF7A 1ICSA 3GR8A 1GQNA 3DFPA 2WO5A 1XBZA 4R34A 1JCYA 4PFMA 2V2CA 4NNCA 2JBMA 1SO4A 4FNQA 4UIOA 4CNOA 4QQ3A 2WQPA 4K36A 2WNQA 3STEA 2CZDA 2A1YA 4TX9A 8TIMA 3L9CA 2DZTA 3TXVA 3HPZA 4O15A 4TU1A 3A23A 5AN7A 3EXTA 2Z0IA 4XTIA 2P1FA 3HPSA 1N55A 4MY1A 3JR2A 1FDZA 4AHQA 2NXGA 3LOTA 4DO4A 3DHFA 4O14A 3TSBA 3O06A 1RV8A 1JUBA 1XUZA 1UUOA 1F05A 4AHPA 3NXFA 1IXNA 4O12A 3M5XA 1W0MA 1A5SA 5AHMA 3RU6A 4O28A 3G1FA 3P5ZA 4GWEA 3QZEA 4XUGA 3DKLA 3UNDA 1KTNA 2V8ZA 5HR6A 3W3OA 1YLVA 3BGGA 1KFJA 3DKJA 1F6PA 4S2CA 1IXQA 3L0KA 3M47A 4M5PA 1OFEA 2LLEA 1JVNA 4FF7A 3T55A 1G4TA 1JRCA 3O8AA 2HTMA 4LRSA 3S1VA 2GJLA 3PULA 3TMQA 3W73A 1S5WA 2CLEA 1WBJA 2ABBA 3DFNA 4NX0A 3TJXA 1U83A 3KOFA 1OJXA 4JIPA 1MXSA 2AQWA 2WKJA 1OX6A 4QM1A 3BLFA 4ORMA 4OU1A 2CLKA 5DXYA 1RPXA 4Z08A 4FIRA 3TROA 2XN0A 4EF8A 1H62A 5G2IA 3QJAA 2BTMA 1TIMA 5FESA 1KM0A 2X1UA 3P7YA 1GVSA 4JTKA 2ZCGA 4UR8A 1SZFA 4KWWA 2YGYA 4ORIA 3TMLA 5FEZA 3F4WA 3H54A 1YDVA 3W83A 1SSDA 4LW7A 3NZRA 4MY8A 1Z41A 3LLDA 1LZOA 3NQDA 5KINA 3HO8A 4O17A 4ZQPA 3I65A 3R13A 3L21A 5KZDA 4LNYA 1NF7A 4O52A 2OMAA 1Z48A 2A4AA 2PRLA 2NX1A 1CW2A 5L6UA 5GVJA 3I7SA 4H6KA 1OG0A 3V75A 3IVUA 4UNKA 3IVTA 3HGJA 1AW1A 2ALDA 1GTHA 3P8JA 5LNWA 5CZSA 2GPTA 2ATSA 3W22A 3EX2A 4RZ4A 3NEVA 2ZDRA 3NQFA 5D09A 3NQGA 3ZWTA 3C3NA 1PS9A 4LUJA 1TMHA 1FY6A 4IMDA 3NQ7A 4MYXA 3GDMA 4DPQA 2ISWA 3E49A 4MPQA 3IIOA 2RFGA 1D9EA 3OVPA 4X22A 5K9DA 2R14A 4RV8A 1VLWA 1H60A 1ZCOA 1ZY9A 3ABSA 3QEZA 2Z1BA 4K39A 3B04A 3LRMA 3LHYA 3WK2A 3Q58A 3S1WA 4ML9A 1VYSX 4UTTC 1EP2A 3W2KA 4YL2A 1K02A 1I2PA 2RDWA 2C14A 5EBUA 2WOQA 3W1XA 1GPWA 5D04C 4GNJA 4JS3A 3KVKA 3AJXA 4E0CA 3KVLA 3YPIA 3PUEA 4MVAA 2PE4A 2VEKA 2QCDA 3O07A 1KTBA 1FCUA 2GQ8A 2WNNA 1Q6OA 4WUIA 4HN4A 2ZZ5A 4PC8A 1LBLA 3TW7A 1L9WA 3UZJA 4L4MA 1MZHA 2V9DA 1GVFA 1IGSA 3TV8A 3NA8A 3LTYA 4PODA 1A5BA 1ML1A 2TYSA 3S9YA 2FIQA 4WY0B 2ZTJA 5BOOA 1DHPA 3U2OA 4PTNA 2NX3A 2E6AA 3TA6A 4WXZA 1XBYA 4YXGA 2A21A 1T0OA 3W1AA 3PY2A 1I45A 2ZRUA 4A21A 1XL9A 1W56A 4FIQA 3GXTA 3PWAA 3W1MA 4A2SA 3DBPA 3W7NA 2XN1A 1RD5A 3G0UA 1EIXA 3W86A 4Z0JA 2BLEA 1QR7A 1W1ZA 2W6RA 3DENA 2I14A 1DOSA 4UFIA 3GX9A 1MO0A 3LCIA 1NVMA 1P0NA 4YWIA 1AL7A 1KLZA 1BKSA 4MZ1A 5FF0A 4M6QA 1OFRA 1WAUA 4S1FA 4AF0B 4O1DA 3E9AA 3DU0A 1IIGA 4CNPA 3T4CA 1FCVA 1VYRA 1IXPA 2E5CA 1LLWA 3KXQA 4JN6A 3LB0A 3QPYA 3DFQA 3UPWA 3MWAA 3S5ZA 2DJXA 1G67A 3W2NA 2DZPA 4UTWC 2QUTA 3NGJA 2FJKA 2Q8LA 2G97A 4ALDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2V9DA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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