2VEI | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	238
structure length	238
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	90
structure length	238
sequence length	238
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2veiA00

1OYBA 2BWGA 1FCQA 2GQ8A 3L0KA 3CU2A 4AWUA 1FWWA 1F6PA 3JR2A 4Q32A 3H55A 3PC0A 2V2HA 1ONRA 5HULA 4A2SA 4NT0A 1G7UA 3S1VA 2V81A 3BW4A 4IUOA 2B0MA 2EF9A 4PCFA 4MPQA 4UR8A 5HWJA 2NXGA 1N8FA 1SU5A 4GJ1A 2PE4A 1KFJA 1K8ZA 2F7FA 3FKKA 1LYXA 2PRLA 2FPVA 1Z48A 2Q3OA 1TREA 3BLEA 4JYDA 5LNUA 3S8HA 5LZLA 5LHFA 1H1ZA 3LV6A 3LHUA 3ANYA 4ZZ9A 3M16A 1JCNA 4LS1A 3NVTA 2QCNA 1YXCA 2JKPA 5CGQA 3STFA 1N55A 4TMCA 4FNUA 5E1QA 3IVTA 2VENA 1THFD 2B7NA 4GBUA 4UUIA 5T26A 4FXRA 3WK1A 3W7KA 4TU1A 4LW7A 3UPWA 3EWZA 1R2RA 4GUGA 5AHLA 5AHNA 4IGHA 5GVJA 4LV4A 3FKRA 5AN7A 2NUWA 2CZEA 3M5ZA 3G3MA 1GTHA 1OFQA 4MUZA 7TIMA 3LXBA 1SW0A 3TA6A 4HT3A 3W7QA 3TJLA 3WJWA 2YZRA 2NUXA 5EYWA 2EKCA 1TYGA 3P80A 2VFFA 1LM1A 2ZZ5A 1Y0EA 4JX5A 1ZY9A 3NYZA 5H2ZA 4Z0JA 4MZ1A 1EEPA 2BTMA 1FQ0A 3UY7A 3DBPA 3R2GA 1TTIA 1L6SA 3B8DA 4LVDA 3W7JA 1FBAA 4UMAA 1RQEA 2J9XA 5EMUA 4QISA 1NSJA 3G22A 1P0KA 3NM1A 3W2MA 1KBJA 3W1LA 4TO8A 3M41A 1M7PA 3TXVA 1KA9F 3OA3A 3R13A 3GKAA 3LCWA 3R12A 4CNPA 1HUVA 3NOEA 3M5VA 3FIGA 1B4KA 3TQ0A 2E6YA 2QCHA 3GKFA 1H61A 3I7RA 4NZJA 5U4NA 1XC4A 4HKPA 1OK6A 2CFFA 5H91A 5G1YA 2OT1A 3QPYA 2E6DA 1G4TA 3M44A 5LGXA 4MFDA 4O28A 3CWOX 4O0ZA 5CZ0A 3UQNA 3KOFA 3O06A 4AF0A 1GVQA 2G95A 3NQCA 1FWRA 3PBVA 4UMCA 2ZA2A 2VFIA 3MBFA 3EXSA 3K30A 3DU0A 4PA8A 1TPDA 4NNBA 2Z6IA 3EX3A 1EX5A 4JTEA 4JGDA 5LNSA 1KM1A 4Z1BA 2G96A 1WA3A 1SO6A 2W0UA 4XBSA 4MZ8A 2E09A 3IVUA 1KM2A 2FB3A 2DZVA 1R2TA 1JQVA 3O05A 2ZRUA 4BI6A 1MO0A 2YW4A 3EEGA 4EF8A 3NQ7A 3L0GA 2ZA3A 4LU0A 1DQXA 3ABOA 2HMCA 1XI3A 3FJLA 2R8WA 5AC7A 4UTKA 3H53A 2Y7FA 2VKZG 2G5WA 1RPXA 4OQVA 2NZLA 3P82A 4ZVJA 3PY2A 5HUOA 2QF7A 1GG0A 2Q3RA 1WOBA 3DFPA 3GDRA 2WNZA 2C16A 2ZZ4A 4Z08A 4O0KA 3C4UA 3S1XA 3TMLA 5K4XA 1X6UA 5CSSA 2QJHA 2DZUA 3CIWA 4WX2A 4UNKA 5TBOA 1M5WA 3TJXA 4AHPA 5IBXC 1F6KA 4O11A 4JTLA 2B4GA 4JEQA 3TE9A 2OT0A 4L4LA 1GVRA 3PBUA 4UFKA 3BG3A 4MJZA 4IMDA 3SGUA 4O18A 5HQEA 3CC1A 5TIMA 5BRBA 3LHWA 1G6CA 3GDLA 4MLRA 5FEXA 4EF9A 5AOUA 3NAVA 3LI0A 4NZFA 2H3BA 3PBYA 2FTPA 1YXYA 3M47A 2QKFA 5TQLA 1YLVA 1A5CA 2YDAA 1KFCA 1OJXA 3FLUA 2NV2A 1JQXA 3UWWA 1ICPA 4QJ1A 2ISVA 1VR6A 1K7EA 2ZA1A 3TXZA 4IX0A 3GB6A 1I45A 1CW2A 1KFKA 3HGSA 4PC8A 3T7VA 2C6QA 3NQAA 1R30A 2VEPA 4EWND 1QNVA 3G1VA 3EB2A 2H8XA 1RVGA 1OFEA 3BPWA 3NGJA 2ZFAA 5AHEA 3W9ZA 5FF2A 1H7XA 2V2DA 1I2QA 4MYAA 3ZWSA 4POCA 1XCFA 2I9EA 4K7YA 4JY9A 2A7RA 3T55A 3KRUA 3T40A 3PG8A 5BOOA 3CTLA 1YADA 4UTIA 2P1FA 2JK2A 1LBFA 2A1YA 3HG5A 4MIMA 1FWNA 3PB0A 1MEWA 2I14A 3ABSA 3KVKA 3GR8A 4BF9A 3LHZA 5FI8A 2AGKA 3W2JA 3V1PA 3B06A 2E6FA 3PM6A 3H54A 4O52A 4UFHA 1V7YA 5FF7A 3NZ1A 4CCCA 4AF0B 2DZWA 1C29A 1QPOA 3WJYA 1I2NA 4JIPA 5AHFA 4HNVA 4O15A 1G67A 3LM7A 3PWAA 3LCFA 1MEIA 1OX4A 4LVAA 4IOTA 1XBZA 2YFNA 2P10A 3S5YA 1NF7A 3E49A 3RU6A 1P1XA 3TW7A 3W7MA 2E68A 3UWVA 2ZZ6A 3NNTA 4FHAA 1VQTA 5D09A 4KFPA 2NUYA 1MEHA 3BG9A 3G1SA 2CLFA 2WNQA 1WAUA 4CQ9A 1LCOA 1DHPA 4AHQA 3L2IA 2RFGA 2W6RA 4WZHA 3BGJA 2C0AA 3TU9A 1F05A 4AH7A 3YPIA 4CNOA 4GFSA 5EA9A 3MHFA 4E38A 3PAJA 4UMBA 1HO1A 5EY5A 1LRNA 3GIYA 3P5ZA 1YPIA 4DPQA 2J9ZA 1TPFA 2ZRWA 2Y7DA 2J27A 4ALDA 1PHQA 2JBMA 3I65A 1ZNNA 3ATZA 3RMJA 3QRHA 3LTSA 1QOPA 5G4EA 1H62A 4JR5A 3NO5A 1GYLA 4UTJA 3TSMA 1H7RA 3VFLA 1I2OA 1W1ZA 3QQ0A 2Z0IA 4O1DA 3WK3A 5G2HA 3A9IA 2GVGA 2DJLA 3KVJA 3IIVA 4CQAA 4N6FA 3IIXA 3GNDA 1S5WA 3F4WA 4IX2A 1VCFA 4WOQA 1BEUA 1LLWA 5L6UA 4CCDA 3MWAA 2YPIA 2QEZA 1T96A 3LLFA 3RK8A 5CSRA 1A5BA 2OCZA 3LTYA 4JN6A 5KINA 3MJYA 3EWWA 3P74A 3B03A 3NQDA 3NQ2A 3UPBA 1GOXA 3W07A 1B57A 2NWRA 3UZJA 3ZS4A 1FDYA 4LC8A 3W7OA 4N2YA 3MO7A 2NLIA 4I7UA 3FEMA 4M19A 3HJZA 4A22A 3QC3A 3UXAA 2TYSA 3G0XA 1KBIA 1D3HA 4CQ8A 2C14A 5AHIA 2RHGA 4LUIA 2C13A 3WK0A 2DU2A 1VLIA 1I2PA 2CLIA 1OYCA 3ATYA 3IIPA 3O6DA 4UTWC 3DFNA 1HTIA 1ZENA 4IMCA 3UYCA 3W87A 4CNNA 5KZEA 3PUEA 3C2VA 4LVFA 3LBCA 4S1FA 3GX9A 5CZSA 3W88A 3W7RA 3IRDA 3N9SA 2Y7EA 1KM4A 3EX2A 4UFMA 3U2OA 1AMKA 4WD0A 2PCQA 2ATSA 2QDGA 4O1BA 2YCEA 3QW3A 1H7NA 2ISWA 4JTFA 1L6YA 4HSNA 3M7WA 4JTHA 2V8ZA 5F4WA 2YW3A 4HHPA 4LV9A 3DFOA 1W8SA 2V5LA 1WYIA 1LROA 3RLUA 3NL5A 4PEKA 4A2RA 3E0IA 4JS3A 3Q58A 4TIMA 3G0UA 4GXMA 5DXYA 1OX4B 1TTQA 3S9YA 3SZ8A 4NU7A 1H60A 3MI6A 3S5ZA 4LOCA 2WJZA 5HMSA 3TKFA 1N7KA 1K8YA 4A21A 4ADTA 1TPH1 3LHTA 3UY8A 3W7DA 3BLIA 2EPHA 2WSYA 2LLEA 4XZ9A 1TSIA 1B9BA 1UB3A 2Y70A 1FDZA 4FNQA 1L2UA 1F76A 3EWUA 4O16A 1LORA 3NZRA 3NL6A 2ISSA 5C6MA 4I7VA 4UC5A 2PRHA 2CLMA 3LB0A 1F5ZA 1QOQA 1TPWA 1NAL1 3LCIA 1TPC1 4Y90A 3USBA 2VEKA 2ABAA 3KRZA 4O12A 4JTJA 4EVZA 6TIMA 2VFEA 3DFSA 2QUVA 1W56A 3IIZA 3QYQA 4FF7A 1LTDA 3W2UA 2HTMA 2QCGA 4YMZA 5AYZA 4K36A 3THQA 4E2BA 3VE7A 1SO3A 3LCXA 2EHHA 4FXSA 3S0CA 1SSDA 4MY8A 1A50A 2HS6A 1EUAA 1KV5A 1YDOA 4MY1A 1XM3A 4DO5A 2BX7A 2UV8G 1OFPA 3MYOA 4N9BA 1XBXA 4GUJA 4ZL1A 1BWKA 2TSYA 3R8RA 3BGGA 5K3VA 4AB4A 4XBKA 3HO8A 3FS2A 2A7PA 2ABBA 4JTGA 4AXKA 1H7OA 4FX8A 3A23A 1GQNA 2DZXA 5KZDA 3VI2A 3NEVA 1KFEA 1NVMA 5EKYA 1P4CA 1W5NA 1O5XA 2Q8ZA 4BI5A 1DKWA 5CZJA 1IXNA 2J9YA 1YTDA 3DFQA 1P5BA 3OVPA 3A21A 1FCVA 3P5YA 3W73A 1C9DA 3MBDA 4WQ6A 1O60A 1WDWA 3HQ1A 2WOQA 5D2YA 1R46A 4OWGA 2ZZ7A 1W5OA 4X9SA 2X1TA 2V30A 5K9DA 4U4MA 4LT9A 3B0VC 2DJXA 1ADOA 4CLMA 3O15A 4M5PA 4OV4A 4IXXA 3CM4A 1GTEA 5BMWA 3HG3A 4FEZA 5G4WA 3P8JA 5D30A 1HG3A 3N9RA 5G1TA 3PF3A 1T0OA 3Q37A 4DF0A 4JTUA 1XBYA 3DENA 2R94A 5LSMA 4A29A 4QNWA 4R33A 3VCRA 2H6RA 8TIMA 5DN1A 2QJGA 1KTBA 2BXVA 1VPXA 2QR6A 5D33A 4O54A 1SZGA 2X1SA 4OHQA 4UFJA 4D2JA 4DO6A 5DBTA 1H63A 3EWYA 4NXSA 1BWLA 4JTKA 4OGZA 4P61A 1H7PA 3W2NA 2EGZA 3N19B 4UTMA 1UJPA 1LOQA 1EP2A 3QJAA 3OIXA 1LDCA 2G97A 5D2WA 1J5TA 2YYTA 1DJQA 3LHVA 5D04C 5KMYA 1B3OA 4HPXA 2GUUA 3RLVA 4WJEA 1SR9A 3SJ3A 1ICSA 1S5VA 3OVQA 2QCEA 3W7EA 2GOUA 5E93A 1A5AA 3C3NA 1LZOA 2X1RA 3C56A 3G3DA 4AHOA 1SO5A 2HSAA 2Z6JA 4ML9A 2C3ZA 3FA5A 3V75A 3N3MA 3P60A 2CLKA 1XUZA 3P81A 5D05A 2VEMA 4M6QA 1LOLA 3W7PA 1JJKA 2DZPA 5C5YA 3KX6A 4OBTA 3W86A 3G1DA 3TCEA 2YFOA 4Z1CA 3MYPA 1FDJA 1MXSA 1VRDA 3W6YA 3STEA 2W79A 1LBLA 3EXRA 1W3TA 3W7GA 3C2FA 2FPYA 1IXQA 4KWVA 3P61A 1OF6A 4OV9A 1EUNA 4E2DA 5D2XA 3MHGA 1TPB1 2ZTJA 4IQLA 5F2GA 3MP5A 2AAMA 3LERA 5CPMA 1KLYA 4XKYA 1LLZA 3W74A 4ZQNA 1KFBA 1QAPA 1WX0A 2H90A 2TRSA 4JICA 2X1UA 3L65A 5F1VA 5DCEA 2QJIA 2A5HA 1OX6A 1TTPA 1DBTA 1W31A 2AQWA 3MI2A 1EWDA 2WNNA 1Q6RA 4QM1A 3B0PA 3HOJA 4RXFA 3OG3A 4UTWA 3NXFA 1U83A 1EWEA 3EKLA 4O19A 1MZHA 5CG7A 3S5OA 1H1YA 3SFKA 4ORIA 4ZQMA 2E5CA 4OU1A 2V2CA 3QMRA 1P0NA 2PURA 3F03K 4QNEA 2VFHA 4TMBA 3STCA 3A5VA 4LWWA 1L9WA 4N6EA 1XXXA 3PSVA 3FOKA 3I7QA 3TC7A 5BMXA 1AW2A 1SW7A 5D03A 3LLDA 2WQPA 2A7NA 4NJGA 1JRBA 1G4SA 4R7JA 1O5KA 1KW1A 3KVLA 3TX9A 5K4ZA 1PS9A 4A3UA 1JCJA 2C15A 4S2BA 1G69A 1O94A 2Y63A 3EWXA 3QW4B 1XDLA 1H51A 2ZRXA 1Q45A 4HNNA 1FX6A 1SQ7A 1VCGA 5EBUA 1W5MA 2O7QA 3TIMA 4UIOA 2X16A 5C54A 3N2MA 3IV3A 3M9YA 3UZ5A 3W76A 2GQAA 5FF4A 4MJMA 2R14A 3O6CA 3BG5A 3LCLA 2RDWA 3FJ6A 4N02A 1Q6QA 3DKJA 1G7VA 2BZNA 4K38A 2RDTA 1TRIA 1YDVA 4GNJA 2DP3A 1UCWA 5D2TA 2ATMA 2X2GA 2A6NA 3TFXA 2Y88A 3IGXA 4GUIA 3N73A 2BSLA 1KM5A 3LBMA 1WQ5A 1LRTA 2WSQA 4RR4A 3LX9A 3W23A 4QAIA 3IGSA 4LVGA 4MZYA 1SSGA 2FIQA 3C2OA 1G4EA 4RKAA 4RLIA 5K2ZA 1I2RA 5HWNA 5MHBA 4GRSA 1QPNA 2KZHA 4LRSA 1S5TA 4JTSA 4RZ5A 1SUXA 4UTTC 1Q6OA 1AW1A 1HL2A 1FXPA 4QIUA 3W1PA 1VC4A 3GDTA 5HWMA 5D2VA 2Y89A 2V5BA 3D0CA 3W7NA 2NX9A 5LHEA 4BWLA 4Y8FA 1TO3A 1AK5A 4LTSA 2ZDRA 4MVAA 5LNRA 1OX5A 2VFGA 4O53A 4WY0A 2ALDA 4K37A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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