2VEI | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	238
structure length	238
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	90
structure length	238
sequence length	238
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2veiA00

3LCLA 3G22A 5TIMA 3HG3A 3TSMA 4NJGA 4YCOA 1TSIA 3DGRA 2QDHA 4GBUA 4Q4KA 4OU1A 4H4IA 4UCGA 5LGXA 2XN2A 1TTJA 4X3ZA 5K9DA 1VC4A 3LHYA 4M5PA 1KFEA 4ADSA 4WUIA 1YYAA 2C16A 4EWND 5HUPA 2BXVA 1TPB1 4O18A 2ZRUA 1BWKA 2ZZ3A 4YWIA 5FEWA 5HINA 3RLVA 3MWAA 3B0UX 2B7QA 2E68A 1ZAIA 4N2YA 3N9RA 4DXVA 3RMJA 2ABAA 2YFOA 3KVKA 3QMRA 1EIXA 4MY8A 1ME7A 2EF9A 4R34A 1F2JA 5FEXA 4LWWA 3JRKA 1MEIA 1XXXA 1ZHAA 2QCFA 3GDTA 4PCFA 1OHLA 5EBUA 3ELFA 5D2TA 4O16A 1K3UA 1VR6A 4NUWA 2A7PA 4HSNA 3CQ0A 1Z42A 4JYEA 1QWGA 3I7RA 2ZFAA 2FTPA 2I1OA 4PA8A 3W1QA 2PE4A 1VYSX 5J5RA 3STCA 3RNDA 1OFOA 4IMEA 4OV9A 1FCQA 2BSLA 4Y9AA 3O05A 1I2PA 5KSWA 1B57A 4ZZ9A 5HWNA 5LNUA 4UNLA 1VJIA 3LI0A 1B3OA 2YCEA 4Y96A 1O94A 1SO4A 1KTCA 3P81A 3GB6A 2ZZ4A 3H53A 3GVGA 4AWUA 5KINA 5LNVA 2ZBTA 4GC4A 1PHWA 1FWTA 1B4KA 3PB0A 2RHGA 4I9AA 4I7WA 4JDYA 3PY2A 3E0IA 4HNTA 2Q8LA 1W8SA 4S2CA 3SFKA 3DU0A 4MY9A 3UY7A 4WOQA 1OJXA 3W1AA 2ZRZA 4FB7A 1JUKA 2A85A 1EP1A 2CZ5A 4LUJA 1EUNA 2VEIA 3PWAA 2AQWA 4LT9A 3W70A 4O53A 1TREA 5G2IA 1B9BA 3LOTA 3NPVA 4JTKA 1K02A 2FPVA 2DZVA 4N9CA 1A5SA 2QCCA 1P0NA 5L9FA 1JCJA 1LYXA 5GVJA 4ZQCA 1JVNA 2E6FA 1UJPA 2FDSA 3P60A 1MSSA 1R46A 3C52A 2JKAA 3L5LA 1ZNNA 3DI0A 3GAKA 3EWYA 4KFOA 3HGJA 4R53A 2Y6ZA 3STFA 3TQ0A 2WNNA 4MYXA 4HNNA 5AC7A 1BWLA 1YXCA 1DQWA 3LBCA 4RK8A 2VEMA 1SO6A 1KFJA 3HG4A 4HIBA 4CNOA 3C3NA 5BW6A 3IIXA 1KLYA 2VOMA 1NF7A 1L6SA 3GR8A 3UWQA 3M44A 2BX7A 3BLEA 5HWJA 2CU0A 3P61A 1OG0A 4RLIA 3R8RA 4CNPA 4N6EA 4X22A 1UASA 1W5MA 3BW3A 4TO8A 1Y0EA 1G7VA 3INPA 1B4EA 1WDWA 3LV5A 3DFSA 4K36A 5TQLA 3L5MA 2Y7DA 5CPOA 1XDMA 2PC4A 1GTEA 3M6YA 5F4SA 1J5TA 3HG5A 4N4PA 4QAIA 1TCDA 2JGQA 5LHEA 1LTDA 2VEKA 5CPLA 1XI3A 3TIMA 3NQ6A 5ABTA 4MPQA 4DPQA 5U7SA 3L21A 4QSHA 2NV1A 2YXGA 2OT1A 3LHUA 4JICA 4O50A 4XUGA 3G18A 1Q6RA 2ALDA 2ZYFA 3LV6A 1H61A 4JTUA 2BTMA 1TIMA 3ABQA 3PM6A 1ZY9A 4DF1A 1G69A 3O15A 3NZ1A 4HPXA 3NQCA 3NVTA 4B5NA 5D33A 5DBUA 3W2KA 1Q6QA 1A5BA 1ICQA 3WK3A 4GUFA 3P7YA 3OEXA 2NUXA 5AB3A 3ATZA 1XBYA 3W7CA 1H1ZA 2VKZG 2VFEA 4E38A 3GDRA 3CEPA 5D04C 3NGJA 5H2ZA 1SQ7A 5KZDA 3L0KA 2NWSA 2OCZA 2ZRYA 3EKZA 4W9TA 3E02A 3Q94A 1ZAJA 3TW7A 1GVSA 3GDKA 5AYYA 1K8ZA 1F6PA 1KFKA 4BI5A 1LRTA 4GRSA 5DELA 3UXAA 3W73A 3CWOX 4A2SA 1F5ZA 3TH6A 2A5HA 4R7JA 4UNKA 5LNWA 4IMFA 1R2SA 3OVRA 1W5PA 1QR7A 1TV7A 3LHZA 2DZUA 1KFCA 3KOFA 3N3MA 3NM1A 4QNEA 2C19A 1VHCA 3W88A 3F4WA 4IMGA 1FWRA 1P4CA 2X1SA 2QCDB 4FXSA 2EAWA 1S5WA 1Q3NA 1I4NA 3M5YA 3CHVA 1L6YA 5FEPA 2QJIA 1BEUA 3N73A 3E12A 2FPYA 3G0UA 3QSRA 2J27A 1YPFA 2TMDA 3IV3A 1S5TA 2CZFA 2V9DA 3LRKA 1YLVA 4DBDA 5AYXA 1M7OA 3MI6A 5K4ZA 2NUYA 3QPZA 3TU9A 5FI8A 1KFBA 1WYIA 2ZA1A 3HOJA 3RFAA 2X16A 1W37A 1GVQA 4MOZA 1F74A 1QCWA 3NL3A 3VCRA 3SGZA 3DAQA 1FUYA 4GXMA 3H54A 2OZ0A 3B0PA 4LS1A 1OYBA 2E5BA 4QNWA 4CNNA 4PL2A 4PFMA 1VPXA 5BOOA 1KM1A 3L68A 3DFOA 4DBEA 3W72A 3TFCA 5EMUA 2J9ZA 3CEUA 3LGEA 3CC1A 2PRHA 3QQ0A 4AWSA 5FF3A 2V2DA 2C14A 2J6XA 5FF2A 2E09A 4Z0SA 2JKPA 3KVLA 3U6WA 1EX5A 5F2LA 1OVDA 1DHPA 1U83A 4LVFA 2EKCA 1JQXA 2QCHA 1NFBA 4IOTA 3OHIA 2NXGA 4N6FA 5D32A 3ZWSA 4A29A 3M5ZA 5EYWA 4MLRA 5E93A 5HR7A 1HL2A 5T26A 1GWJA 1XBZA 4JTSA 5G5IA 2Z6JA 2GJLA 5G1YA 3NO5A 2QCLA 3LTSA 1EB3A 4Z1AA 5D09A 1WQ5A 4C1KA 1N8FA 4E2BA 1T8XA 3PULA 1AW5A 1KV8A 3O1NA 1JCNA 1KM6A 3P8IA 1FXQA 4HPJA 2E6AA 4K37A 4A3UA 3LBMA 2QCGA 3QMSA 4TIMA 3ZS4A 3B05A 3T7VA 2KZHA 4IX2A 5BNKA 3W1MA 1EPXA 2GVGA 4M7TA 3YPIA 1EA0A 3S6DA 1TPWA 3UWUA 2QEZA 4M6VA 3TW6A 2EHHA 4NXSA 2H90A 2RDWA 1AL7A 2WJZA 5D05A 1TJRA 1XBVA 1ME9A 1H1YA 3HGRA 5F4WA 2VC6A 3S5OA 3FYPA 1MO0A 3W1TA 4NJHA 1OFQA 4X2RA 4RJEA 3GXPA 3P82A 3NQ7A 3TJLA 2TSYA 3CPRA 2YGYA 4E2DA 4KKXA 3LHVA 5CZ0A 1VS1A 3E49A 1TPFA 4HSOA 3U8GA 2Y7EA 3N14A 3GZ3A 4OQVA 4Z1BA 2DORA 3H55A 5AHEA 3W9ZA 5TBOA 2CFFA 3QW4B 1OFBA 5LGZA 3QZEA 2YFNA 4MYAA 4JTGA 4RKAA 5F2MA 4AF0B 4JR5A 2DZSA 3QMTA 4JN6A 1A5AA 5AN7A 5FF7A 3BG3A 3IIZA 3NPXA 3PG9A 5EA9A 1C9DA 3A5FA 3TJXA 3G1DA 2W0UA 1WBHA 1H63A 3LLFA 4S2BA 4Z1CA 2PCQA 3DENA 2E5CA 4FX7A 4WZHA 2GJNA 1R47A 4LRTA 3GR7A 3D0CA 3W7GA 3BG9A 3A5VA 3MO7A 4JYFA 3IEBA 1T96A 1JR1A 2EGZA 3PSWA 5BMXA 5I3JA 1TMHA 5I3HA 3M1ZA 3MW7A 3SJ3A 4N9DA 2WO5A 1HO1A 5AHLA 3QM3A 4UR8A 1I2NA 3WJZA 2JBMA 3L66A 4JY9A 3KXQA 4BK9A 3FKKA 1JUBA 1JJKA 5I3GA 1ZCOA 1GQNA 2X1UA 3UQNA 3NM3A 3O07A 3HJZA 4N9BA 1SW0A 3DFTA 2R91A 1TPUA 4XZ9A 3WJYA 2GVLA 4UR7A 3BGJA 1HTIA 1XC4A 4NJKA 4EF8A 4KFNA 3SSJA 4K6AA 3BLIA 3P62A 2Y88A 5DXXA 4DF2A 1S5VA 1RD5A 4O1DA 3G1FA 3KRZA 4FEZA 2WV8A 2V2CA 1TQJA 3PBWA 3WFAA 1H7NA 1V5XA 4UFLA 4K7VA 2J88A 5D30A 2FLIA 1X1ZA 2QUTA 3EX3A 4ZQOA 5IM51 1T99A 1WAUA 2G95A 4HKPA 2ZRXA 1IXQA 3W75A 2ABBA 1G7UA 2QKFA 2C18A 3I7SA 4UUIA 4O4VA 3QYQA 4XKYA 3TC6A 4M6QA 1P1XA 3N2XA 3BPWA 3TAOA 1X7FA 1W0MA 3HGOA 3EB2A 3C6CA 3W7LA 5LNSA 4Y6GA 5HQEA 4LC8A 1SO3A 2WNZA 3I65A 3CB8A 3KHJA 1DL3A 2TPSA 1VZWA 3V1PA 3W2JA 3C2VA 2ZDRA 5DLCA 3FJ6A 4IGHA 4O15A 1W5OA 3G1XA 3UXDA 3Q58A 4XQ6A 3TSBA 2J9YA 4JX5A 4K39A 2C6QA 3G8EA 3NQEA 2ISVA 2RDTA 1D9EA 1SUXA 4LRSA 3VE7A 3R12A 5G1TA 3DI1A 1FY6A 2CW6A 1X8FA 5C2XA 3FFSA 4KWWA 2CLEA 2V82A 4L4LA 4OV4A 3I7QA 4GFSA 4NJIA 1SZEA 2NZLA 1OX4B 2NXIA 3W84A 5EPDA 3GKAA 3CIWA 1G4EA 2Q8ZA 4U4MA 3NNTA 4PEKA 3EWBX 2BZNA 3W85A 2QDGA 3WJSA 4DQWA 1PV8A 1TRIA 4FIRA 1I2QA 4YLWA 6ALDA 2CZDA 3DFPA 1XUUA 3GNDA 2Y63A 1AW1A 4C1LA 4MIMA 4AF0A 2IQTA 3OIXA 2Z2UA 5G4EA 2C3ZA 3T4CA 1DORA 3STEA 3W6YA 2Q3RA 3MJYA 5C54A 3O6CA 4FNSA 3NQFA 4GNJA 4LOCA 3IIVA 1SU5A 1OF6A 1H5YA 4IMDA 4RX0A 4BI7A 4UTLA 4XTDA 2H8XA 4IPIA 2V30A 3UWYA 3TXZA 3SY5A 1FXPA 2B7NA 4PODA 3UPBA 3B04A 5CSRA 1OF8A 3GXTA 3PBYA 3ZWTA 4GJ1A 1XUZA 1BKSA 2BLEA 1SPQA 2DZPA 3PSVA 4AVFA 5FEZA 5LSMA 4LW7A 4LV4A 4QISA 3W7DA 2V5BA 4ZQMA 1SW3A 3VFLA 1U5JA 4K8HA 4UMAA 1MXSA 3CLMA 4E0CA 1JCMP 1H62A 2YZRA 3L0GA 2V81A 4IUOA 1OYAA 3C0JA 3NQ2A 4MKNA 5CZSA 4JTLA 4O17A 1GVOA 2J9XA 3A23A 4RCXA 1RZMA 3G3MA 2XFWA 4M7SA 3FLUA 2NV2A 3QF0A 4OWGA 3KX6A 3FEMA 4A22A 4ML9A 2Y70A 2VENA 1NF0A 1MEWA 3JS3A 4YL2A 4O4WA 4ZQPA 4LVAA 3TX9A 1LOLA 3TXVA 2B0MA 2O7QA 2VXNA 1SZNA 4EOUA 2H8ZA 3NR0A 4MFDA 4CQ9A 1LLWA 4RXFA 1TV8A 2Z0IA 4UFIA 3W2NA 2VFHA 3MP5A 4QQ3A 3S42A 1SSGA 4A2RA 1RQBA 3PBVA 3C2EA 1TPVA 2FB3A 4U28A 3EWWA 4UMBA 1YTKA 3BW4A 3UD6A 5E1QA 1LORA 4Q32A 4QIUA 1EUAA 1GOXA 5I3IA 1C8VA 1J4EA 2ZRWA 4H3DA 3T78A 1PE1A 3LHTA 1I8JA 2FFCA 2WSQA 4X9SA 1N7KA 3P74A 4AB4A 3NQMA 1WOAA 2R14A 1SZFA 1FCUA 2HS6A 2QR6A 4EVZA 2VFDA 3QSTA 4HT3A 1W31A 1UBSA 3PR2A 2WSRA 1VCVA 4JTEA 1VRDA 4HNUA 2H6RA 3Q2DA 1YDVA 3B06A 1LROA 3O6YX 3EWXA 4FX8A 2ZCGA 1CX9A 1A50A 3M0ZA 5A5WA 3W7PA 1IXNA 2H3DA 1LBMA 2F84A 4PC8A 4UXDA 4J9JA 3S5NA 1DJQA 3PUOA 4JNMA 2E1DA 4JXCA 4TMBA 5D38A 3PC0A 3NL6A 1GEQA 2CLOA 3AO0A 2F7FA 3KRSA 4DELA 2QAPA 3C56A 3FA5A 4UTJA 4IPJA 2FIQA 2PRLA 1CI1A 1JRBA 1RR2A 1JQVA 2GQ9A 3P5ZA 4UTKA 3W1PA 4TU1A 5F1UA 3HF3A 2V8ZA 4NQ1A 1T0OA 2C15A 3O8AA 4UFJA 4UTIA 3GYEA 1WA3A 1KM5A 2E6YA 3UZJA 4ADTA 3IIOA 1OX4A 4CLMA 4NX0A 5FESA 3VI2A 2Z1BA 4GUIA 1VYRA 2W79A 6TIMA 1MZHA 1CW2A 4LU0A 5C6MA 1RVGA 1QOQA 1BTMA 4PL1A 3DZ1A 4JS3A 4GUGA 3MYPA 3FJLA 2CLFA 3S1XA 3O63A 3W7QA 1Z48A 1FWNA 4JTHA 3TC7A 4D2JA 4CQ8A 3LTPA 1G6CA 1P0KA 1SFJA 5DCEA 1EEPA 1W1ZA 3THQA 1K7FA 5F2IA 3U2OA 4ZQNA 3MP3A 3DFQA 3DH7A 3HO8A 4EIVA 3MBDA 5AC6A 3GDLA 2Q3OA 1SW7A 1VQTA 4DO6A 2X1TA 2A6NA 3DKLA 1KFLA 4QJ1A 4RZ6A 4MUZA 2I14A 3UWWA 5I3FA 2DU2A 2FJKA 4FIQA 3BG5A 1OFRA 4Y8FA 3A22A 4MFEA 3TROA 1F73A 1PVNA 2A7RA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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