2VEK | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	238
structure length	237
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0249499047781483__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0249499047781483__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VEK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0249499047781483__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0249499047781483","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VEK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0249499047781483__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfda7c583e9c10edc9e5a24/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfda7c583e9c10edc9e5a24/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfda7c583e9c10edc9e5a24/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfda7c583e9c10edc9e5a24/pdb.gz): 287 ms

reading 237 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

237 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:236});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	88
structure length	237
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vekA00

3TXZA 1LRTA 3IIOA 1QPOA 4BWLC 4O13A 1YPFA 1G7VA 2X16A 1GVQA 3P81A 1EUNA 3NPWA 3PUOA 5DBUA 2DZVA 4LV9A 4PA8A 3MUXA 4GUFA 1LOSA 2VELA 4K8HA 5KZMA 2H3BA 1QO5A 2F84A 4O10A 4DBEA 3SJ3A 2B7NA 3PSWA 4TMBA 3TQKA 3G22A 3W7NA 1O5XA 2NUXA 5GVJA 1JCNA 3NQEA 2FIQA 1K7EA 2WQPA 2WSYA 2Y7EA 2Y7DA 4HKPA 4MFDA 1XBXA 2Y88A 2CZ5A 3NQVA 4ZQNA 1G6CA 3GDKA 1W0MA 1TPUA 1TJPA 4NZFA 4N02A 3HMJG 4HPJA 4J9JA 1F74A 1P0KA 2ZTJA 1JCLA 1SSDA 2XFWA 3QPZA 2VKZG 2AAMA 3KRZA 4R34A 2CLFA 3QYQA 3W1XA 4FB7A 5C55A 2FJKA 4E2DA 4XUGA 4UNLA 2J9ZA 2HMCA 1W8SA 4WX2A 1VCFA 1FDZA 3W7RA 1F2JA 2ZZ1A 3YPIA 3P7YA 5F2IA 1QNVA 5KZDA 3S5YA 1RVGA 4MZ8A 3BGGA 2GQ8A 4N9EA 3M0ZA 4GUHA 5AHIA 1ZAJA 3PC0A 5K4ZA 2ZZ5A 3LRLA 4JTTA 1EWEA 3N3MA 3E02A 1H62A 4HNUA 1FXQA 4KFNA 1X6UA 1LLWA 3L68A 4A29A 2D73A 5AOUA 4LS2A 1VPXA 5EA9A 3B0VC 1MSSA 1Q6LA 3O16A 2E5DA 3ANYA 4AXKA 3NQGA 2ABAA 1GVFA 3P82A 5BMWA 4WUIA 5FF7A 4RK8A 1LBMA 5C2XA 4FNPA 4MLJA 3FFSA 4MZ1A 1OJXA 2WKJA 3F1QA 4Y90A 1FY6A 2JBMA 3DHFA 5AB3A 1A50A 1UUOA 3W7OA 3U6WA 4O54A 2FLIA 1ADOA 4G1KA 1KFJA 3W71A 3OHIA 1EX5A 3QEZA 4TO8A 1SZNA 1PL9A 3OVPA 1KFBA 4JXCA 2X1TA 4ML9A 4DQWA 1OFRA 4MUZA 3CM4A 2QAPA 2PCQA 1XM3A 1AW5A 3QM3A 1D3GA 3KAOA 4U28A 3OBKA 1KLZA 1ZNNA 5IBXC 3FLUA 3GB6A 3PY2A 1LBLA 3M5ZA 3MJYA 4RXGA 3M7WA 4LVBA 1I4NA 4HSOA 1Q6QA 4EIVA 3LXAA 4O50A 4DEFA 3Q94A 4BFAA 1D9EA 4NZJA 4UFMA 1LROA 3HB9A 4MY8A 2WNZA 1ZHAA 3LHTA 1B4KA 3INPA 5CPLA 3G1XA 3NL2A 4FX6M 5L6UA 3DFTA 2E6AA 2NX1A 3SZ8A 5FEWA 3NPUA 1FWWA 2TPSA 3SECA 3CLMA 3L5AA 4LVDA 5D2XA 2CLMA 4A2SA 4DPPA 4CNPA 4LY8A 4PEKA 4Z1DA 4IPJA 3GYEA 1NVMA 2YFNA 2C0AA 3TC7A 4B5NA 3EXTA 3C3NA 5F4WA 4FO4A 3MHGA 1HO1A 1VR6A 3NR0A 1A5CA 1HO4A 2ISSA 1SUXA 1L2UA 1K8ZA 2LLEA 1DBTA 1H7RA 2ZBTA 1ZFJA 3UWVA 1OG0A 2Y70A 4AHPA 3LI1A 5CG7A 2I9EA 3PBYA 1OFAA 3B06A 1A5BA 1R30A 3GXPA 5AC7A 1B3OA 3NQ6A 1KM2A 3S5OA 3QRHA 2A5HA 2Y63A 2WPBA 3W2KA 4EF8A 4QQ3A 1W5MA 1TPH1 1LYXA 3WJYA 2R91A 1YTDA 2DZUA 5E1QA 4WJEA 4JTUA 5E93A 3W1LA 3PG9A 4O1DA 2NUWA 2KZHA 3Q37A 5D02A 2QJHA 4MVAA 4QIUA 3M16A 3PVFA 3N19B 1L6WA 3P8JA 4EWND 2TMDA 3B0UX 1IXNA 1G67A 1SFJA 1DL3A 1VZWA 4O16A 3T55A 1KM4A 3L21A 2CFFA 2E77A 5D09A 2FB3A 4FNRA 1HL2A 1LTDA 3T44A 3VFLA 2YR1A 3MP5A 2J9YA 2PRMA 5G2IA 2CLEA 2P0OA 2TSYA 1XCFA 2JGYA 1TV7A 2X1UA 3PB2A 5D2WA 1RD5A 1CW2A 3GAYA 2E6YA 2YW4A 3LB0A 4ZQOA 4AMAA 4RZ6A 5FI8A 5DN1A 4JD4A 1DQXA 4JEQA 5FF0A 3MYOA 3O6YX 3PUEA 5CKSA 4IX0A 1G4SA 3PF3A 5SWUA 2X30A 2VXNA 1H5YA 4N9BA 4TR9A 5IM51 5F2LA 3BLIA 2NV2A 1JJKA 1FDYA 3DKJA 2Q3RA 2RDWA 5TBOA 1RZMA 5F2MA 1F5ZA 2PURA 5CSRA 1KBIA 5HINA 3NQ8A 4ADTA 5F2GA 3UXDA 3DH7A 5U7SA 2O7QA 2QEZA 2VEKA 3IVUA 4K37A 4ICNA 4JTIA 3TJXA 1JVNA 1TV8A 1YLVA 3NM1A 1OFQA 2ALDA 5HWMA 1VYSX 3UXAA 3EWBX 3HF3A 1GTHA 2Z1BA 3SW6A 4DO6A 1H7XA 4WY0F 2A4AA 2YPIA 2A6NA 1MXSA 1SQ7A 2V30A 1SW3A 3GLCA 3L0NA 3C52A 3AJXA 1A5SA 2GQAA 2BSLA 3UPWA 4H4IA 2V2HA 4N6FA 3G0SA 3NQAA 4KWVA 3EWYA 1BKSA 1DJQA 3IV3A 4FIQA 3QZEA 4X3ZA 3W2NA 1GZGA 4O53A 3FJLA 1GJPA 1AL7A 1I2OA 3PM6A 2JKPA 3PAJA 4E2BA 1SSGA 4D2JA 2ZA3A 2VEMA 4JTGA 4N4QA 1YTEA 3NDOA 1JR1A 1XFBA 2DU2A 2E6FA 3CTLA 4AAJA 1JULA 2GVGA 4LVGA 4N2YA 2C15A 3W72A 4AWUA 1JUEA 1M5WA 1EPXA 3DFOA 3W86A 1W3IA 1G4EA 2Z2UA 1GWJA 4O8RA 3LOTA 5D37A 3RF9A 1GVSA 2DZTA 3QPYA 3TW6A 3MO7A 4TIMA 1X8FA 3USBA 5EPDA 1UASA 3DENA 5EMUA 3W7QA 4IOTA 4AWTA 2ZRWA 1ZAHA 3TFCA 2GPTA 1U5JA 2DZPA 2QCNA 3LXBA 4Y96A 3C0JA 1FWRA 5DY3A 3ABOA 5J5DA 4WZHA 1FX6A 1H1YA 3OG3A 5D32A 1UUMA 3LLFA 2C6QA 5L9FA 1DKWA 3FKKA 4OV9A 2EAWA 3HO8A 5KITA 4GFSA 3RLVA 3TX9A 3OEXA 1S5VA 4RV8A 1IXOA 1S5TA 4GC4A 1AW2A 1X7FA 3DI0A 2WJZA 5D04C 4YXGA 1GVRA 5BRBA 4O52A 3M5XA 2TYSA 1TV5A 4WOQA 1PIIA 3W1MA 3W7GA 4UTKA 5D33A 1WOAA 2X1RA 2YSWA 2WOQA 3A5FA 4JTKA 2QCMA 1QAPA 1K7FA 1SZEA 5KSWA 2ZDRA 1F7BA 4UMAA 5D05A 3QMRA 3UQNA 2QCCA 3PR2A 2ZZ7A 4XTIA 1JCJA 2A0NA 2V8ZA 3V75A 1OFPA 4AB4A 2RHGA 3IEBA 3LTYA 3Q2DA 5BOOA 4NX0A 1FDJA 4A2RA 2NLIA 2GOUA 3N9SA 3DXIA 1IXQA 5K7JA 3W2LA 1YADA 3TFXA 1TTJA 4JY9A 2NX3A 3R8RA 3LGEA 2V2CA 3O6CA 1YXDA 5LNSA 1PV8A 3UZJA 1YPIA 2WSQA 2NXHA 1YTKA 1QWGA 2HS8A 4LS1A 4UTWA 3NPVA 3THAA 5I3JA 3B04A 4JIQA 5HWNA 4UXDA 1JCMP 4A22A 2NXIA 2QCLA 2CZFA 3HGJA 4RR4A 4JY8A 3LRKA 2VOMA 2NZLA 1KA9F 3W7KA 1KV5A 4MOZA 3W7DA 3EXSA 1BTMA 3W9ZA 3PUDA 4FNUA 1I8JA 5LHFA 1N7KA 4UCGA 2A7PA 3W7IA 5TIMA 4N9DA 4DO5A 4BI6A 2DZSA 3NQDA 2HTMA 2JGQA 2CU0A 3EKLA 3EWWA 1PHWA 3F4WA 4OWGA 4M19A 1WBHA 1T8XA 3UNDA 1K8XA 2J27A 4ADSA 2NWRA 2XN0A 1Q3NA 3QJAA 3KFTA 1Q6RA 1FWSA 3MI2A 1OFEA 4DPQA 4JIPA 3CB8A 4GUGA 2DJLA 4M5PA 4QNEA 1Q45A 5EBUA 5HJLA 3W1PA 1CX9A 3DKLA 2Z0IA 3QMSA 5AHNA 3TNOA 1QOPA 3DFSA 1FWTA 1F6PA 4NQ1A 3SGZA 1X1ZA 4JR5A 3T7VA 1OX4B 1W1ZA 2I14A 5MHBA 3P5ZA 1KLYA 2CZEA 3O05A 1YDOA 4LV4A 1L6SA 3ZFHA 5AN7A 2OMAA 5CZSA 2YDAA 5DLCA 1OVDA 1Y0EA 1OF8A 1XI3A 2FB2A 1HTIA 1TJRA 3TSMA 1UCWA 1TPVA 5D2VA 1I2PA 3H55A 2H6RA 4WXZA 3PBUA 3DI1A 1EEPA 3T78A 4Z0SA 1R47A 1P0NA 4XKYB 3HJZA 3KXQA 1L9WA 1PVNA 3S9YA 3SIZA 1OABA 4AHQA 2NUYA 5CPNA 1RQHA 3A21A 3PULA 4JTJA 4OHQA 5EKYA 4OV4A 2YFOA 4JYFA 5BNKA 2YGYA 2OX1A 4CNOA 2P1FA 5F4XA 1YXCA 4UIOA 3KVLA 3V1PA 2OJPA 3NNTA 3W1NA 1SU5A 1JUBA 1IF2A 1XXXA 1YDNA 1TRIA 3BLEA 3P62A 1TYGA 1U83A 3HG4A 4JDBA 1UJPA 4NT0A 4UFKA 3MI6A 1X1OA 2ZA1A 1SPQA 3FIGA 2EHHA 2E09A 4NXSA 4OQVA 3CT7A 3IRDA 2QDHA 1JQVA 5K9XA 2ZZ2A 1KM0A 3W1QA 2ZZ4A 3ZWTA 3WK0A 4A3UA 4IUOA 2H90A 1LDCA 4AVFA 3MYPA 3NAVA 5F4SA 4UFJA 4PH6A 3G1SA 3PB0A 5LSMA 3E0IA 5H91A 5AC8A 2FPVA 3TIMA 1V7YA 2A21A 2YYTA 1TO3A 4TU1A 2E5CA 3UWYA 4RLIA 2CW6A 1SFLA 1W37A 5AYXA 1D3HA 3E9AA 2ZFAA 3DFPA 5HULA 3OIXA 3FA5A 3B8DA 4QISA 2VFEA 4UTLA 2RKXA 4NNCA 4O12A 3A22A 3M47A 4DF1A 1I2QA 1XC4A 2BWGA 3STCA 2BLEA 3U8GA 3O06A 1PCWA 3LHUA 4JTEA 4HNTA 5LKYA 3LBMA 1TPEA 1JRCA 3MBDA 4AWSA 1O5KA 3P80A 4L4MA 4O11A 4ZQMA 3EWUA 3KHJA 3GXNA 1VCVA 4HT3A 4Y6GA 4GE8A 1VQTA 3KX6A 3VKJA 4MLRA 3L67A 3M1ZA 4UTTC 4UC5A 1H7WA 4JTLA 7TIMA 2J24A 3THQA 4NU7A 2H3DA 3BLFA 3FS2A 3WJXA 2GVJA 1WA3A 2V5LA 1ZALA 3TA6A 3KOFA 3W7LA 1JQXA 4LNYA 3FOKA 4M7TA 2JKAA 1C8VA 3B4UA 1P5BA 4OT7A 2C13A 3G3MA 2G95A 3P74A 3C56A 3LI0A 1FCQA 4LU0A 1FBAA 4R33A 3ABRA 1OX5A 5LNRA 3M5YA 2B0MA 4O57A 3KRSA 2ZRZA 2H8XA 1BWKA 3CQ0A 3IIZA 1LRNA 1TPC1 2Q8LA 2ZZ3A 3C2FA 3G1HA 3QSRA 4PC8A 5D2TA 1R46A 3S8HA 4XTDA 1VYRA 3CC1A 1ME8A 4LW7A 3QF0A 1TTIA 1EP3A 4BI5A 3KVKA 1O94A 3C6CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4L7Z A;  1YNY A;  5C5Y A;  4MPQ A;  4Z2I A;  3WQP A;  2DSV A;  5EY5 A;  4F0H A;  1L6Y A;  5LNW A;  4QS6 A;  1XBZ A;  1QI0 A;  1XDJ A;  4AY7 A;  4MWA D;  3T2O A;  1W5Q A;  3E49 A;  4Z17 A;  1CB2 A;  5HNU A;  3B97 A;  4ZL1 A;  2HCV A;  3TUU A;  2BOE X;  3VIJ A;  3GH4 A;  2BS9 A;  3GNN A;  2DP3 A;  3V0S A;  1QK0 A;  3B8U A;  1TTP A;  5GJN A;  1CGV A;  1P0D A;  4B16 A;  3ES7 A;  4ZB2 A;  4UCF A;  1XRF A;  4JGD A;  1K8Y A;  4KET A;  5DRC A;  4DBW A;  4GY1 A;  3E0L A;  1XRT A;  3C86 A;  3IAP A;  4A6G A;  4PMV A;  1XGZ A;  2XIM A;  1QDS A;  4ICC X;  4UTT A;  1RBL A;  2YXO A;  1V8E A;  4GH3 A;  3NZQ A;  4RDW A;  3RMJ A;  4H7C A;  2VFH A;  1EJW C;  2YX0 A;  4C7G A;  2PWH A;  2XM1 A;  3HZ3 A;  3NJ3 A;  1LLZ A;  4GGH A;  3PSV A;  5HUO A;  2VUY A;  5TQL A;  2QVN A;  3VNK A;  4D8A A;  3KL3 A;  3SFK A;  1W3H A;  3EWC A;  2VX4 A;  2BXV A;  2PCE A;  3RND A;  3L2I A;  1E70 M;  4GYF A;  2GJL A;  2OU4 A;  5DY2 A;  2XG9 A;  2POZ A;  3TZN A;  3H2N A;  1CXL A;  2QUL A;  1V6U A;  1H7N A;  4EOU A;  1VLI A;  1R85 A;  1IHI A;  1V02 A;  1OK4 A;  3N2M A;  4NJH A;  3C2R A;  1O5R A;  2PGW A;  4YYC A;  3Q67 A;  4L6D A;  1VD6 A;  2VFD A;  3GDR A;  4HU8 A;  4NKC A;  4NNB A;  2F61 A;  4RE0 A;  4GJJ A;  3IIV A;  2DVX A;  3PJW A;  1JXJ A;  1GEQ A;  2E6D A;  4N6E A;  4PCP A;  3N13 A;  1SO3 A;  3W81 A;  3UG3 A;  1LP6 A;  2BOD X;  2WNQ A;  3R5E A;  2WVS A;  3NL6 A;  4QRO A;  1R3T A;  1SO4 A;  5HDR A;  4INF A;  1V77 A;  3NO3 A;  1N8I A;  1M68 A;  5XIM A;  1EA9 C;  3CH9 A;  2ACR A;  1GZJ A;  4WKH A;  4TQT A;  3M41 A;  2W6R A;  5E9X A;  1G1Y A;  4ZBC A;  4LTS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VEKA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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