2VELA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 88
structure length 238
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2velA00
4UFKA 2WJZA 4LU0A 2H3BA 3TE9A 3W1PA 4BWLA 1TJPA 3NA8A 1FCUA 3UNDA 3WJYA 5I3GA 1LORA 5HMSA 4ZQOA 3BLFA 1SUXA 3MO7A 1O5KA 2GQ9A 3TAKA 2FPTA 5D38A 5TBOA 1WYIA 5IBXA 5K4ZA 1QO2A 4QISA 5LSMA 4UR7A 1ZY9A 1XBVA 4MLJA 2VOMA 1HG3A 4RLIA 3G0UA 4BI7A 3C4UA 4H6KA 5F2GA 4O4WA 3UZJA 3EX3A 3W1LA 5G2HA 1O5XA 4LV9A 1GJPA 4QM1A 4NNBA 1X6UA 3A5VA 5G1TA 2DP3A 4MY8A 5G4EA 5AN7A 3S6DA 1UJPA 4UTKA 3N9RA 4K7YA 4O8RA 1L6WA 4O50A 3Q37A 2BLEA 3DGRA 1LLZA 4QSHA 5FF0A 4GJ1A 4AB4A 1QMLA 4TMCA 2YXGA 2FFCA 4OU1A 1P1XA 5DCEA 3W73A 1AK5A 4GUIA 1FCVA 3W70A 3TSMA 1VHCA 2NXGA 3GK0A 3O07A 4PL2A 4BF9A 4DBEA 3O06A 1YXCA 1LLWA 1MXSA 1OYCA 1H7WA 5ABTA 2RH9A 3Q58A 4MJMA 2E09A 4A2RA 1I2NA 1TTIA 2P0OA 3LHUA 4AEOA 3LXCA 4GUFA 4UNLA 1F05A 3B8DA 1H7XA 4RCXA 5E0KA 2C18A 2X16A 3L5AA 4NNAA 4KWWA 2WOQA 2Y6ZA 4FXSA 5LGXA 1ME7A 1A53A 3P84A 1TCDA 4O1CA 2QJIA 2WPBA 1OYBA 4JTUA 3W1MA 3W2JA 1T0OA 1VCVA 3MI6A 3CM4A 5LNWA 3STCA 4KFPA 1Q45A 3KHJA 1F2JA 1D3HA 3P62A 4O11A 1Q6RA 1N7KA 1A50A 1NVMA 3HPSA 4UFLA 1ZCOA 5HR7A 3UQNA 4UTJA 4RZ6A 4UFHA 1W3TA 1SW0A 1P0NA 4MOZA 4Z1CA 4MYAA 3OBKA 3NL2A 1KV5A 4OE7A 2TPSA 5AC6A 1OFOA 5DBUA 4ORMA 3DI1A 4I9AA 2QF7A 3HB9A 3M41A 3HG4A 3G1XA 2X1SA 6TIMA 1GEQA 5G2WA 2W6RA 2EAWA 3BLIA 1O95A 2CZFA 4JTTA 4FX7A 2QCEA 3RLVA 1XDLA 4WOZA 3F4NA 4BI6A 2O7SA 1YXDA 1RQHA 2NV2A 4Y90A 5KITA 3JS3A 3NQCA 1QFEA 2DORA 4FIQA 5G4WA 2JGYA 3S8HA 5I3IA 1OF6A 4GUJA 3TU9A 1VCGA 1IGSA 3B03A 4LS0A 1DJQA 1KTBA 2B4GA 2B7QA 2GJNA 3W7OA 2JK2A 3FFSA 4HNNA 1X8FA 4AAJA 3FS2A 1JRBA 2X30A 1VH7A 3LCGA 5KZDA 5FESA 4NT0A 3L5LA 5CPNA 4K6AA 2QKFA 1F76A 1ME9A 3MJYA 4IGHA 1V7YA 1DVJA 1A5SA 1KLZA 4O0ZA 3M47A 4FO4A 4NX5A 1TJRA 2A21A 1DL3A 4MZ8A 5D04C 3W2LA 4PFMA 2J24A 1G6CA 1QPQA 3W74A 1NSJA 4ZQPA 1CI1A 3GNNA 5C5YA 3BVJA 3W7GA 3NQ8A 2YFNA 3S9YA 3PBVA 1H5YA 3L21A 3I7RA 1SSGA 2OT1A 2Y7FA 3W3OA 3A23A 3QM3A 3B05A 2BSLA 4A21A 3GYEA 1VQTA 3G1SA 1C29A 2A6NA 4UNKA 2CLLA 5HWNA 1H1YA 3U6WA 1B57A 3T40A 5H91A 3KVLA 1S3HA 2ATSA 1J2WA 3R8RA 4PC8A 2A5HA 3HMJG 1LOQA 1FWNA 1NAL1 3HBLA 3KXQA 5T26A 4LS2A 2CLKA 1TTJA 3PAJA 4JGDA 3M0ZA 3SIZA 2WV8A 1VS1A 1HO4A 3GDMA 4IMFA 1I4NA 3G24A 1VC4A 1YTDA 3BLEA 4EOUA 3H55A 3GAKA 1M7PA 3LTPA 5HUOA 3TW6A 5AYZA 2V2HA 3L0NA 3S1XA 3NR0A 3PSVA 2ZZ5A 1SR9A 4I7WA 3O6CA 2GOUA 2I9EA 1ME8A 3VKJA 4WJEA 1QCWA 3C2EA 4Y9AA 3W7RA 2X1UA 3ABQA 3TSBA 3QQ0A 1PL9A 4UMCA 4AH7A 2H6RA 4UUIA 3MYOA 4O17A 4N6EA 1BWKA 3D0CA 2FLIA 2C6QA 3UWYA 4DELA 2A7NA 3C61A 1KM4A 4QNEA 2FB2A 4Z0SA 4LWWA 2ZA2A 3TDFA 3EWUA 1FX6A 2FQIA 2ZTJA 3VNDA 2PRHA 4A3UA 3GVGA 1AL7A 2VFDA 2GVJA 1ALDA 2DJXA 4PEKA 4R34A 4JDYA 3M5YA 4O1AA 4L4MA 5CG7A 1QPRA 2QCLA 1DORA 1Q6LA 1TV5A 4XWUA 2Q8LA 2VFEA 3BGJA 1T96A 1ICSA 1XL9A 2F7FA 1A5CA 4H4IA 1VLIA 3LHVA 4NJGA 4O0KA 1UUOA 3WK1A 2ABAA 4TIMA 4DPQA 3OVRA 1SW3A 1B4KA 4NVTA 2BX7A 3UWQA 1SW7A 4EWND 2VXNA 4A29A 2V2CA 3HGOA 2KZHA 3WK2A 2ZZ6A 3MI3A 1CW2A 4CQAA 1U83A 2QDGA 5IM51 3MUXA 1SO3A 1FWRA 3LHWA 1F73A 3QC3A 5BMWA 1FWSA 5F4SA 1GTEA 1MEHA 1H60A 2XN1A 1AG1O 1LBLA 3W87A 2VEIA 1JULA 3A21A 4XQ6A 4X3ZA 3IGSA 5EY5A 1LRQA 4Z1DA 4K8EA 4OV4A 1KV8A 1OYAA 3CEPA 3TJLA 5TQLA 1SU5A 3W1UA 3B4UA 4CQ8A 2CZDA 4NUWA 2EHHA 3FOKA 4O16A 3L65A 1Z48A 2VELA 2YX0A 4HSNA 1DQXA 5D03A 1AW1A 2A7PA 3FJLA 1TYGA 4QITA 3SGUA 3LV6A 3TJXA 1YTKA 2A2IA 4IPJA 3GXPA 3O63A 1PIIA 3P82A 1XBXA 2V0TA 3NM1A 2WKJA 3A5FA 4GC4A 4DO5A 3BW2A 3O6DA 3NPVA 4MUZA 1MSSA 2W0UA 3C2VA 2R94A 5DCBA 1J4EA 3LHYA 2WNZA 4FNTA 5AC8A 3QYQA 3NQ2A 3OVPA 5DN1A 5EA9A 5EYWA 5D02A 1PHQA 3FEMA 1FBAA 2BTMA 4QIUA 1EX5A 5F2IA 2HS8A 1VJIA 5GVJA 5DXYA 1TV8A 4JIPA 2ZBTA 1LBFA 1K3UA 2C13A 1KM1A 3W7KA 1JCXA 4Z1BA 2H8ZA 2J9ZA 3G1AA 4OQVA 1EP1A 4Z0JA 1DOSA 4DEFA 2EF9A 3AO0A 3QQ1A 1ZFJA 1B9BA 4LUJA 3M6YA 1NF7A 4K8HA 2RHGA 5CPLA 1P5BA 3TROA 2AAMA 4ONVA 1HUVA 1XI3A 3OEXA 1UUMA 3NXFA 1TRDA 4ZL1A 1LOSA 1WA3A 1JCMP 3UY7A 4OV9A 3BG9A 5D2XA 4DF1A 3EEGA 1IXNA 2I1OA 2Q8ZA 4MYXA 4YWIA 2NZLA 2YPIA 3QJAA 3W1TA 4AHQA 5AHFA 5DCDA 4MZYA 2ZRUA 3MMTA 1OJXA 1KFEA 2JGQA 2XN2A 3A22A 3GX9A 4PH6A 4IMEA 1MEIA 1FCQA 2FPYA 4FX8A 3S1VA 5HINA 3IVTA 1XCFA 3BARA 4LW7A 1PHWA 3HIJA 2WNNA 4K7VA 3Q94A 3EWWA 3R12A 3UY8A 4LRSA 4N4PA 2WQPA 2DZSA 1FWWA 4E0CA 4NJHA 3USBA 5DBTA 1DJNA 1YPIA 2E5CA 3L66A 1ONRA 4RK8A 3EWZA 3E02A 5KZEA 1GPWA 1W5MA 3LDVA 3I6RA 1TPDA 2QAPA 1M5WA 4XKYA 3C2FA 3LRLA 1LOLA 2AQWA 4BI5A 4W9TA 5L6UA 4MVAA 5CPOA 1K8XA 2E68A 3M16A 1EUNA 1SFJA 1LCOA 1TSIA 3W1QA 3ELFA 3FKRA 4GWEA 4ADSA 3PF3A 4MY9A 5D32A 4JTEA 4FIRA 3NPUA 4Q33A 1RQEA 4O54A 3CC1A 2QCDB 2VFHA 2QDHA 1R30A 2JKAA 1HO1A 1H62A 3TQKA 1JVNA 2BWGA 4LVFA 1B4EA 3DFSA 4JTJA 5G5IA 3W7MA 1YDVA 1I2RA 2ZZ3A 1VYSX 4JX5A 4ZQNA 4XBSA 3W86A 3WK0A 5FF7A 5FF4A 5KTLA 4LT9A 1UASA 4HIBA 4FF7A 4ORIA 2RDUA 4LVAA 4O53A 4WX2A 4AWSA 4N4QA 3H54A 4RXGA 3LM7A 1XBYA 4C1KA 1GVSA 1WBJA 3DFQA 1VRDA 3IIZA 1GG0A 3N2XA 4WY0A 4MLRA 2ZRZA 5AHMA 4O28A 4JEQA 3M5VA 3B04A 2ZRYA 2OCZA 4MKNA 1EA0A 4HNUA 3PUDA 3DFOA 1W31A 3SFKA 5C55A 4CNNA 2E1DA 1XC4A 3NQAA 4LTSA 3F4WA 1MZHA 1OFEA 1ZNNA 3W84A 3NM3A 3DHDA 3TKFA 4IXHA 4CCCA 1QOPA 3Q2DA 3W1NA 4IMDA 1C8VA 2P10A 3OG3A 3VFLA 2D73A 3CU2A 4JYDA 4O10A 3TXVA 1OFQA 3LHZA 2H3DA 3QW3A 1GYLA 2WNQA 3PY2A 3NYZA 3FA5A 4O12A 1R46A 3T7VA 1TQXA 4EF8A 1GVQA 3WJSA 3S1WA 1Q6OA 3GR8A 4JIQA 4A2SA 1H61A 3LBCA 1EEPA 3U2OA 1GVFA 4UXDA 2YZRA 3MP4A 4DO4A 4I7UA 5D37A 3LRMA 3RMJA 5AHNA 2CZ5A 3O16A 1ZAJA 4TO8A 2X1TA 2QUUA 1SZEA 4JDBA 1WQ5A 1BKSA 1TPC1 1G4SA 3W23A 1ZAHA 3TK7A 5D30A 2Z0IA 3TQ0A 3NG3A 3W1RA 4E2DA 1OFRA 3RFAA 3RNDA 2O7QA 1XBZA 3PR2A 1ICPA 2Q3OA 2HTMA 5G1YA 1TRIA 1P4CA 3GDKA 5CGQA 3PUEA 3W7CA 4JYFA 4P2VA 1KFLA 1VZWA 3H53A 3ZS4A 3CWNA 3M44A 1XFBA 2GQAA 2WSYA 4PTNA 3TQVA 4Y8FA 3QSTA 4M6VA 1FCBA 5CZSA 4XBKA 1SSDA 3E0IA 1KTCA 5HQEA 1F74A 3BW3A 3P8JA 4L4LA 4LC8A 3P67A 1WDWA 5EKYA 1WXJA 2ABBA 1J5TA 1OX5A 3L9CA 3HJZA 1KBJA 3IIPA 3EWXA 2G96A 1I2QA 3MHUA 1N8FA 4YL2A 4AWUA 2XN0A 4Z1AA 3M1ZA 3DAQA 3NL3A 2C15A 4UTTC 3TC7A 3PSWA 2FPVA 5FEWA 1PCKA 3N2MA 1JQXA 1QAPA 1HL2A 3EWBX 2C19A 2OX1A 2HS6A 3GKFA 5FI8A 4B5NA 1TIMA 3THAA 2EKCA 5LNRA 5AYXA 1LTDA 4G1KA 2C1HA 3QW4B 1OX4A 5AHIA 4ZQCA 3R5EA 3QH2A 3TH6A 4EVZA 4XUGA 1D9EA 3U8GA 5DLCA 3QSRA 5CSSA 3P60A 1VGAA 4LVBA 1TTQA 2EGZA 1L6SA 3BW4A 4Y96A 1GYNA 3FKKA 2Y63A 2NUYA 3L2IA 2QCNA 4R33A 4AWTA 2TYSA 5LNVA 1QNVA 1VYPX 1S5VA 3TX9A 3UXAA 4UFMA 1OX6A 1RV8A 3KRUA 3NEVA 2ATMA 2V5LA 3VCRA 3LCLA 3W72A 3N34A 3M9YA 3RK8A 2H8XA 4N9DA 1T8XA 4QQ3A 3VE7A 1RQBA 2PC4A 3P80A 1TPB1 4R53A 4ADUA 3CB8A 3NPWA 4DO6A 3P8IA 1QO5A 3STFA 5F1UA 2VEMA 4JXCA 3TUUA 3TAOA 5D2WA 2V82A 1LRTA 3KVKA 4UTHA 2NLIA 3KAOA 5AHLA 4AXKA 1M6JA 3HF3A 4UFJA 5HNRA 3S42A 1I8JA 3QF0A 5A5WA 1W5OA 3IIOA 4UTTA 3SI9A 5HR6A 4A22A 2NXHA 5HJLA 1TV7A 3W83A 4YCOA 1PS9A 2G97A 4LS1A 2C3ZA 5K4XA 1JUEA 3NZRA 4FNRA 3SZ8A 1GVOA 3LHTA 3T4CA 3NL5A 1AW5A 5FF2A 3HG5A 3BG3A 1X1OA 3W1AA 1AW2A 2V9DA 3LCIA 5AC7A 1HTIA 2YW3A 1K03A 2TMDA 4RJEA 4HSOA 4JYEA 4EF9A 3W7PA 2QCFA 2J88A 1PCWA 3TA6A 4ZQMA 3GR7A 4RR4A 1WX0A 4R7JA 2Y89A 1G7VA 1OFDA 1RPXA 4IXXA 4IX0A 2FJKA 3EB2A 3PULA 1KM3A 3LLDA 5U7SA 4UFIA 3T55A 2ZRWA 2R91A 3R2GA 4IOTA 1OK4A 3QFEA 1FXQA 1FDJA 2V8ZA 4X2RA 5H2ZA 3IV3A 4RX0A 4IX2A 2Z1BA 2OJPA 4LC6A 4OBTA 5EL1A 4IMCA 1N55A 1XXXA 3NQ6A 4JN6A 4X22A 1NEYA 2QJHA 2ZCGA 2YYUA 1IF2A 3BPWA 4MFEA 3M5ZA 4JS3A 1G4TA 3C2OA 5AOUA 1QR7A 1GQNA 1K8YA 1LYXA 1AL8A 4ICNA 3W9ZA 2GUUA 2OT0A 3DH7A 1L9WA 4E2BA 3M7WA 1FUYA 2JKPA 4NJJA 3CT7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4UFK A;  2V3G A;  2ZID A;  3MQT A;  4WKA A;  3TCS A;  4HU4 A;  2ZVI A;  3NA8 A;  3L2L A;  1QRQ A;  3WJY A;  4HA4 A;  2Q71 A;  5HMS A;  1F6Y A;  2HBX A;  3TN3 A;  2D22 A;  4QE4 A;  3MO7 A;  1B90 A;  2FPT A;  3RCN A;  5TBO A;  1WYI A;  3VOG A;  4UR7 A;  4MLJ A;  2VOM A;  4XAF A;  4AY8 A;  4KH2 A;  3TC3 A;  2EEX A;  2OQH A;  3PJT A;  4AFY A;  1REQ A;  4CNT A;  3QV7 A;  1XSI A;  3EX3 A;  4A05 A;  3PZG A;  4JNY A;  1O5X A;  2BMB A;  4QM1 A;  2GGI A;  3A5V A;  4AIE A;  2DP3 A;  2I9U A;  5A6J A;  1FWD C;  1UJP A;  4UTK A;  4O8R A;  4W7U A;  2ZUS A;  3GG7 A;  2BLE A;  4QSH A;  1O12 A;  3RLG A;  3JUG A;  4GJ1 A;  1DJG A;  3GVW A;  4EPE C;  2BXY A;  4OU1 A;  1AK5 A;  5CZK A;  3BTN A;  2IW0 A;  4K68 A;  1IZJ A;  1VHC A;  4IPN B;  3O07 A;  4BHY A;  4PL2 A;  3O06 A;  4A2R A;  3WY1 A;  3IAP A;  2I7G A;  4GI6 A;  3LHU A;  2J13 A;  1E55 A;  4UNL A;  3VGG A;  1GOQ A;  2DEP A;  1SFT A;  3TJ4 A;  2D2J A;  1KXV A;  2GFT A;  4AEF A;  1NAR A;  1W9B M;  2VCC A;  3T05 A;  3VXG A;  3R1Z A;  5REQ B;  1WNO A;  1ME7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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