2VELA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 238
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2velA00
3S1UA 3NAVA 3LTPA 2DZSA 4JDBA 4UUIA 1GT8A 2X1TA 4A3UA 2GJNA 4UFKA 3MHUA 4HIBA 4K8EA 1ZHAA 3W74A 4WQ6A 4FXSA 2FPYA 2E1DA 3TUUA 3NVTA 5G2HA 1B3OA 4P61A 3W2KA 1AK5A 4ALDA 3B0VC 4ADUA 5C5YA 5L9FA 3LRMA 3DXIA 2NX1A 2Q8LA 3NR0A 3OHIA 3CWNA 3IRDA 3T7VA 3W1MA 1V5XA 1E51A 1TQXA 2HS8A 1RPXA 1W1ZA 5AN7A 1R47A 3LI1A 2ISWA 1GG1A 3BLEA 1FCQA 3LOTA 1J4EA 5BMWA 1GVFA 4JNMA 3P8IA 1I45A 2JBMA 3EWBX 1ME9A 1PV8A 4GWEA 3WK3A 1D3GA 3HQ1A 1Z44A 1W3TA 3W22A 3LHZA 3N73A 2A6LA 2F84A 4N2YA 4YCOA 3C8FA 3KVLA 2B0MA 3GDMA 4DF2A 1H7XA 1I4NA 5D04C 5IBXC 1KM4A 2Y7DA 2Z2UA 3B05A 4ZQCA 4E0CA 1LLWA 1FY6A 1JCMP 2DZXA 2B4GA 1LRTA 1DKWA 2EKCA 1AW1A 4JTSA 3R2GA 3EXSA 4JTKA 1EWEA 3WJSA 1UASA 1SO5A 2ZRWA 1WYIA 2ZZ3A 3LCFA 2CZDA 3EX1A 2JKEA 5F2LA 4IMCA 2XN2A 4BI5A 2X1UA 2FB2A 5T26A 3M44A 2RDUA 3O6CA 1N7KA 3CTLA 4OHQA 1IXPA 3UWVA 3NQGA 5D2TA 3DHFA 3FS2A 4IWWA 3W7DA 4LWWA 2Q3RA 4ZMGA 3HIJA 3PBVA 2IQTA 3W7CA 1M7OA 4JTLA 3W7KA 1VC4A 3RNDA 2O7QA 1JR1A 5K7JA 4UFLA 3W7LA 2RDTA 3MBFA 5G2IA 2X1RA 3G0SA 1GWJA 5J5DA 1LTDA 3P81A 3AJXA 4O52A 1TCDA 3S5NA 1GZGA 1ZENA 4LT9A 1O5XA 3DH7A 4DELA 3C56A 1SUXA 1TIMA 2VFGA 4QSHA 1FCUA 4FNSA 4FB7A 1NF0A 1GG0A 3MYOA 2YCEA 2Y61A 3P62A 1IF2A 4JN6A 4ZVJA 5AHNA 4NJKA 4NUWA 3TX9A 1TV7A 1WX0A 5DLCA 4H3DA 4B5NA 3G1XA 3TK7A 3NO5A 3BARA 1OX5A 4IPIA 4O14A 1ZFJA 2Q3OA 4GUHA 2TYSA 2Z0IA 1WAUA 3QW3A 4M6QA 4ONVA 3W7QA 5K4ZA 3SY5A 1L9WA 2H90A 3UWZA 2B7PA 3GNNA 5D2WA 1WOBA 1NVMA 4POCA 1NEYA 3KRUA 4DBDA 3W1UA 2H8XA 5LHFA 1SZNA 5FF3A 5D2YA 3GAYA 3LBMA 1W37A 1C9DA 3GDTA 3K30A 3FEMA 3M5VA 3EXTA 2OX1A 4JYEA 4MIMA 3M43A 4ML9A 1T99A 3W3OA 2A4AA 4A2RA 2YW4A 3TJXA 4R7JA 4O10A 3W23A 3L68A 4OWGA 3LCLA 3U6WA 5DN1A 3UWQA 3ZS4A 4MY9A 2P1FA 1T96A 4LV4A 2ZZ2A 2YR1A 2FDSA 1SO4A 1H1ZA 1KBIA 1JRCA 3EKLA 3C2OA 3LCWA 1X6UA 4E2DA 1EEPA 2ZZ1A 3HGSA 3RK8A 1DJQA 3F03K 3STCA 1YXYA 4GJ1A 5D33A 4I9AA 4O57A 3S0CA 1Z42A 1S3HA 3TW6A 1G4EA 3EWUA 4AHQA 4IXHA 3HG4A 3QFEA 3PG9A 2VKZG 3QYQA 2JGQA 4O16A 4CCEA 4NJHA 3W2LA 3HOJA 4DPQA 5EY5A 2VFHA 3UWUA 3MI2A 1YPFA 1L6WA 3TMLA 2QJGA 1W56A 2ZFAA 4S2BA 5CPLA 3TA6A 4DPPA 5LNSA 3ZWTA 1JCXA 2BTMA 2PCQA 2ZCGA 1QOQA 1KM3A 1SW7A 3KXQA 3L5LA 2CU0A 4MYXA 2ZTJA 3Q2DA 4OT7A 4P2VA 4Q32A 1TPC1 3W2UA 1TTQA 1W5OA 2P10A 1OF8A 4GBUA 1I2NA 4MZ8A 5CZJA 7TIMA 4L4MA 3G3DA 2FIQA 5FEWA 2DP3A 1ICPA 3W2JA 4QAIA 2VFEA 5L6UA 4RX0A 2C14A 1OX4A 2QCCA 1PS9A 1JVNA 3PSVA 1T8XA 2YX0A 1K7FA 2BSLA 5CZTA 2QUUA 2PURA 4RXGA 4EIVA 4PTNA 3PULA 1LDCA 8TIMA 1UUMA 5E0KA 3PBUA 3E12A 5F1VA 5HJLA 4BI7A 3MP5A 4O28A 3GB6A 4JTHA 3W1NA 4LVAA 1P0NA 1XI3A 1HO4A 4HSNA 3TNOA 2OZ0A 1GVQA 1X1OA 3TCEA 4JTGA 4X9SA 3TQVA 5CSSA 2GVJA 2YYUA 5K9DA 2QDHA 2OCZA 4Y9AA 4WJEA 4LVFA 4AWUA 5SWUA 1AL8A 1H5YA 1TPVA 2ZRZA 1XBXA 3PWAA 3SFKA 4AB4A 1ZAHA 3S1VA 3QQ1A 5FF4A 3VCRA 3GX9A 4JTJA 3OEXA 3M1ZA 1FQ0A 4YL2A 2NUYA 2WNZA 3EXRA 4X3ZA 4NT0A 5KSWA 2WKJA 5DCEA 1H61A 1SQ7A 2V2CA 1VH7A 1U5JA 5IM51 3D0CA 1XL9A 1X8FA 4H4IA 3WJYA 4FNUA 3CT7A 3U8GA 2V2HA 1XXXA 2HSAA 3PF3A 2G95A 5J5RA 3WJXA 5BRBA 3NQFA 3P61A 2HMCA 3NL6A 3MW7A 5D03A 3PY2A 5U7SA 3L5MA 1VCGA 3NZRA 2GQAA 1TRIA 1GTHA 5C55A 2EGZA 3MHFA 3MYPA 1H7NA 3LX9A 1EWDA 4UTWA 3G1HA 2Y63A 1OJXA 3P60A 3C3NA 5D30A 4ZQRA 4O19A 1FWRA 2C13A 2J9ZA 3FFSA 2V5LA 4PL2A 4FO4A 3W7OA 1OX4B 1HTIA 1CW2A 1LBLA 4WY0A 3G1YA 3E49A 3USBA 4AF0A 3NDOA 4DEFA 1SW0A 4XZ9A 3CC1A 3IV3A 4YWIA 1A5AA 3NQAA 4HSOA 2J9XA 3N14A 3N9RA 4MY8A 2A0NA 3THAA 2FPTA 3TC7A 3GXTA 1LCOA 1YDVA 1YDOA 1HG3A 4S1FA 2E5BA 1JCYA 2C1HA 1Q45A 5H91A 3GR8A 4MKNA 3LV6A 4MYAA 4UFMA 2J9YA 1YTKA 1VCFA 3EEGA 4U28A 1EP1A 4Z1AA 4LS1A 1MXSA 2QCNA 5BMXA 1RZMA 4YMZA 3W88A 3IGSA 3M5XA 2QAFA 5DBTA 1H50A 3NM1A 5F4SA 4OV4A 1JQXA 1YDNA 2R14A 3LERA 1GVOA 4QM1A 4IXXA 4WY0F 4UXDA 1ZNNA 1OFRA 3BK0A 5CGQA 4AAJA 1LOSA 4IMEA 5BNKA 2QEZA 3GZ3A 3TDFA 1LYXA 1DL3A 3F1QA 3VE7A 2EAWA 4R33A 5D32A 2R8WA 1XFBA 2A7PA 1AL7A 4Q4KA 1FDYA 1ME7A 3W7MA 3L0NA 1AMKA 3B06A 1W5MA 1C29A 2QDGA 4K8HA 1EPXA 4IX0A 4BWLC 1YLVA 4K36A 3DKJA 1XBZA 1DOSA 1I2PA 3JS3A 4ORMA 1K03A 5AYXA 1D9EA 1G4PA 3NQVA 2Y88A 3BPWA 3H54A 4OV9A 1G6CA 3IVUA 3TROA 1H63A 2ZA1A 4IOTA 4JTTA 5DXYA 3TXVA 3S5ZA 1ICQA 1QWGA 3IIOA 4C1LA 3THQA 4N02A 3GKAA 3SI9A 3TIMA 3W84A 3TR2A 4XBKA 1IIHA 1WA3A 2EF9A 2ZRYA 1UBSA 1B57A 1ME8A 1A50A 3C2VA 3E9AA 1UUOA 5FEZA 3QH2A 4E2BA 1O95A 2V2DA 4MOZA 3MP3A 2Q8ZA 2NWSA 3M7WA 1PVNA 2C16A 2G5WA 3M0ZA 5DCDA 3TW7A 2X1SA 2ZA3A 3MI3A 4IMFA 4LRSA 1C8VA 2OMAA 5EMUA 4CLMA 3LM7A 3E02A 3JR2A 3M47A 4S2CA 3EX4A 1HFBA 5C2XA 1J5TA 4WD0A 2JK2A 3MI6A 5FF2A 3N34A 3G8RA 4JD4A 3EX2A 1Q3NA 5HQEA 1LRQA 2WV8A 4TU1A 4HPXA 4Z1CA 4K38A 3N19B 3QC3A 3RLVA 4ZL1A 2F7FA 1L6SA 3W1QA 4GFSA 2FQIA 3G18A 2ZBTA 1O60A 4UNLA 3CM4A 1QAPA 1OK6A 3W70A 4RZ6A 2NXIA 4XKYA 1RQHA 2E5DA 3BGGA 4GRSA 5FI8A 4JY9A 4A2SA 4NX5A 3IIVA 3S1WA 3O16A 3N9SA 4NXSA 2E77A 2CLLA 1QDSA 2PRHA 3TV8A 3KVJA 3WJZA 5FEXA 4DO6A 1LZOA 3FJ6A 4DQWA 4PA8A 1UJPA 3Q37A 1XKYA 3UYCA 3OG3A 2CZ5A 1H1YA 1QO5A 2YFNA 3NQ7A 3M5YA 3C0JA 4ADSA 1EX5A 4Y90A 3G1AA 2VOMA 4NZFA 4UNKA 2PRLA 4BF9A 3BVJA 1QPNA 5KINA 4ZQPA 4UTLA 4M19A 4MPQA 2YFOA 4DF1A 3HG3A 3L2IA 2YDAA 3DFQA 4U4MA 3DAQA 3EX6A 1LROA 2W0UA 1TJRA 2O7SA 3NPVA 1TMHA 5G1TA 4UTMA 5K9CA 4PEKA 2ABAA 1SSDA 1EIXA 2QF7A 3QEZA 1EP3A 4JX4A 3DHDA 2QCDB 3NL2A 2V0TA 3ABSA 2NV1A 1LLZA 1XBYA 2DZTA 3PM6A 5D09A 3L5AA 4JEQA 3W2NA 1K3UA 2GVLA 3LLDA 5U4NA 1QOPA 4WXZA 2C0AA 3W76A 5HR7A 3GAKA 4HT3A 4G1KA 1JUBA 3R8RA 1GYLA 2G96A 1K02A 4O13A 4N9CA 1H62A 2YPIA 3MJYA 4O1BA 1I8JA 5EBUA 2B7OA 2NV2A 2GOUA 3ELFA 3LGEA 5AHFA 5BOOA 3C2EA 2Y7EA 1JCJA 3NGJA 4O1DA 4X22A 2DZVA 3I6RA 1EP2A 5AHEA 5KTLA 1F73A 4DXVA 3NA8A 2ZZ7A 1OFQA 2V9DA 3CEPA 1FX6A 4JYDA 2A7NA 1SSGA 2QJHA 1R46A 3HF3A 4PC8A 1KM6A 1TRDA 1WQ5A 2VFIA 4XKYB 1ZJIA 2BXVA 1FWNA 3LHYA 1YYAA 1MSSA 4R53A 2X2GA 3G1FA 3NQ6A 4UTTC 3ZR4A 5AB3A 5AC6A 3LV5A 1TPH1 3DKLA 3W83A 1B9BA 1BWKA 3GR7A 3W1RA 3GXPA 1QR7A 4FXRA 1DHPA 3S42A 1Q6RA 3R5EA 2RHGA 2GJLA 3W7JA 1G67A 5FF7A 1ADOA 1HL2A 1KFCA 1WXJA 4RXFA 2GVGA 5TIMA 3T4CA 1HUVA 1LOLA 3HB9A 5HUOA 4NQ1A 1IGSA 3G22A 1OF6A 3O8AA 3NXFA 1KFJA 2ATSA 3VKJA 1T0OA 4H6KA 4Z0JA 3M6YA 2PRMA 3BW2A 3RLUA 4DBEA 2H3DA 4JIQA 4Z08A 1K8XA 1ZCOA 5LNWA 4LRTA 1ZAJA 2ATMA 5F2IA 1TSIA 4N9DA 1KFLA 1GOXA 2I1OA 1FBAA 2RKXA 1FDZA 3HGJA 5FESA 4KWVA 1GVRA 3KAOA 1OFDA 3W85A 2C19A 4JGDA 4XTDA 4JTUA 1YTDA 1PE1A 5GVJA 1DJNA 3I65A 3LRKA 1P5BA 3G1VA 4NJIA 3B4UA 5AC8A 5LHEA 4GUIA 4OGZA 2EPHA 1YXDA 3B0UX 4DO5A 2OT1A 4AEOA 2Z1BA 2CLHA 3S1XA 4N9BA 3NEVA 1XDLA 4UTHA 1R2SA 3KX6A 3O07A 1VHCA 3PG8A 3NL3A 1KTNA 1K8YA 2J27A 2BZNA 3ZFHA 1MO0A 3SSJA 2A6NA 4GUFA 2V82A 4JYFA 2NUXA 4ADTA 4YXGA 3NPUA 1KFEA 3PUEA 3MUXA 5D2XA 3C4UA 2A5HA 3LLFA 4EVZA 3P5ZA 1F6KA 3F4WA 5DXXA 4TR9A 2X16A 2E6YA 3LTSA 4NJGA 1GEQA 3NQEA 4MZYA 3TAOA 4JR5A 4O11A 3SZ8A 2ISVA 2E6AA 3TSBA 1MEHA 3R89A 1OFPA 3S5YA 3LI0A 3MHGA 5K9XA 2TRSA 3OA3A 1PHWA 4MUZA 2LLEA 4WZHA 5HWNA 2J6XA 3I68A 3QF0A 1FWWA 1OABA 1FXQA 4LC6A 5D05A 5A5WA 3EWWA 3INPA 3LBCA 3QMSA 3L65A 2UV8G 1XUZA 4GXMA 1PHQA 1H7WA 3HGOA 4KKXA 3KFTA 5F4WA 2BLEA 5EKYA 3NYZA 3MWAA 2VFDA 1KM5A 2HTMA 1ZY9A 3I7RA 4FHAA 4KFOA 2YYTA 2D73A 4R34A 1RQEA 5I3KA 3IGUA 2NWRA 4Q33A 2FB3A 5CPNA 4ZZ9A 3UQNA 1VQTA 4O1CA 1TPEA 4FNRA 3R13A 3KVMA 3N2XA 2ZDRA 3GVGA 5F2GA 1DV7A 4LS0A 1OFBA 4UTKA 4K7VA 1TV5A 3TH6A 5HNRA 3G1DA 5LNRA 2ZZ4A 3G1SA 4UR7A 4JIPA 2ZRVA 2E5CA 3C2FA 2B7QA 1NF7A 2Y6ZA 4BR1A 3PS7A 5HR6A 1EUNA 1PCKA 4TIMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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