2VEMA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 86
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vemA00
2C3ZA 2QEZA 1QPQA 4O18A 3NAVA 4BI5A 1X6UA 3A23A 3UPWA 1ZENA 2RH9A 3W23A 1JR1A 3MHGA 4Z0SA 4JICA 1YXYA 4JTGA 4HNUA 5BMXA 2TYSA 3EWZA 6TIMA 3NQ6A 3N73A 2XN2A 1TPEA 1LOSA 1XI3A 3W2LA 1GVFA 2YX0A 1KLYA 3NYZA 3ZS4A 1YYAA 2FTPA 1KBIA 1SO6A 1L9WA 1TPWA 5AYXA 2VFHA 1DV7A 1QPNA 2DZWA 2OCZA 4L4MA 4MZYA 5K7JA 2ZDRA 2CLOA 2CLIA 3GXTA 1UBSA 1Q6LA 2JKAA 2QCLA 2HSAA 2Y7DA 1W3TA 1FDJA 3MI3A 1GT8A 3W7NA 1W5MA 1XBYA 4UFJA 1KV5A 3STCA 4NXKA 4UMAA 5KZEA 4O19A 1WX0A 4AXKA 2HTMA 4M6VA 3PBUA 3NGJA 3G1YA 5MHBA 5F4XA 5C5YA 4UNLA 1SZGA 4FIQA 5F2LA 3TX9A 3TJXA 3SIZA 5C54A 1FY6A 3TK7A 1TQXA 4MFEA 5KINA 4R34A 3UPBA 5FEPA 1P0NA 3WJSA 1ALDA 1VH7A 4LTSA 5F1UA 1GVRA 4Z1AA 2CLHA 3M7WA 1QAPA 3UYCA 3NM3A 3IIVA 5DXYA 2V2CA 2WQPA 4YL2A 5AC8A 3IV3A 3HGJA 3OIXA 2E68A 3NEVA 5I3IA 5HR6A 5D2TA 3M43A 4JIQA 1SUXA 1VYSX 4DELA 4MZ8A 1SW0A 2Y85A 2VFEA 3HG5A 3E0IA 3THAA 5LHFA 5KITA 3EX3A 3NO5A 2CLKA 3LHYA 2CW6A 3MMTA 4Y8FA 5D03A 3PSVA 2Y7EA 3BW3A 2ABBA 1GOXA 3WFAA 1W5OA 5F4SA 4N6EA 5LNWA 1TV7A 3QYQA 5LKYA 5T26A 4CLMA 3KVMA 2QAPA 4X2RA 4O4VA 2FPYA 1FDZA 4AH7A 4JTUA 1TTJA 3MP3A 1O5XA 3LOTA 5CZJA 1G7UA 4JTSA 1IGSA 4P61A 1ZHAA 2V8ZA 3L0GA 4R33A 1ZAHA 3OBKA 1K8ZA 1OFAA 1ICQA 1LROA 3ZWSA 1JQVA 3HG4A 3MBDA 4EOUA 1OFEA 3GDLA 4FNTA 3HGOA 4DO5A 3G3MA 2QCEA 1XKYA 3EWYA 4EIVA 1KTCA 1H1YA 2ZRZA 2Z6JA 4IPIA 1VHNA 4PA8A 3A9IA 3NNTA 4GNJA 3MI2A 3STGA 1W8SA 3P5ZA 4O16A 4JYFA 4ZVJA 4N6FA 2QUTA 2J27A 4LVFA 3FIGA 5HWJA 2RKXA 4N2YA 3LBCA 1ICSA 1JCLA 1RPXA 4CQ8A 3O05A 4QQ3A 3WJXA 3S8HA 4K37A 1SQ7A 3W1AA 2OX1A 3IVTA 3CT7A 3KAOA 5HUOA 1LTDA 1JRBA 4BF9A 1OJXA 1W5QA 3W1XA 5EBUA 3C0JA 1H7PA 1M5WA 4UTHA 2C15A 4GUHA 1GJPA 1EP2A 3RLUA 3F4NA 4UXDA 3W7LA 3SR7A 3UWZA 1UASA 3F03K 5HR7A 4MIMA 3O07A 1WOBA 3JR2A 2ISWA 3CQ0A 3CLMA 2F7FA 3DENA 5BOOA 3CWNA 3PVFA 4LT9A 1YTKA 3MWAA 4XUGA 1W3IA 3LV5A 4IMEA 1WYIA 3EX1A 5D2WA 4HNTA 1JVNA 5LNRA 5FI8A 1KFCA 1V7YA 3QPYA 1H7WA 1KFBA 2ZZ1A 4O11A 3N14A 2ALDA 4MLRA 1K02A 3S9YA 1SO5A 3LTYA 3TA6A 5BRBA 2ZZ3A 4KFPA 2GVJA 2FFCA 1B4KA 1FWWA 3NVTA 3QRHA 2XN0A 3UNDA 1GZGA 4M19A 4O0KA 4RZ4A 2NV1A 2WKJA 2RFGA 4BI6A 1EEPA 1ZFJA 1YXCA 2WV8A 3E96A 1EP3A 3W1QA 5FEXA 2O7QA 1G7VA 4H4IA 2V5LA 3FYOA 4HSOA 2G96A 4FHAA 5HNRA 5HULA 2VFDA 4WXZA 2Y7FA 4TMCA 2R94A 2QDGA 1QO5A 2EAWA 2QCFA 3GR8A 1XXXA 1EWDA 1Q45A 4K8HA 1C29A 3OVRA 5G1YA 2O7SA 1TO3A 4HNNA 3W88A 2CLMA 3W2KA 4O53A 3L21A 1LM1A 4M7SA 3MYOA 3LB0A 3F4WA 3LCGA 3IGSA 1SFJA 2PC4A 3P60A 5DELA 4ONVA 3DKJA 4JXCA 4XBKA 4NNAA 4ZQOA 4CNNA 1FWNA 4LS0A 2W6RA 5G2IA 3NR0A 5KZDA 3GDKA 1VCVA 5EMUA 5HMSA 3IIOA 4GBUA 1W56A 2H8XA 1UUMA 3EX4A 4TU1A 3W9ZA 1VJIA 4R7JA 3T55A 4UTWC 2TPSA 1IXPA 3TR2A 2DP3A 1TPC1 1KBJA 3TIMA 2WSQA 1DKWA 1VHCA 4Z08A 3N9RA 1F2JA 5D2XA 4LUIA 4JDYA 1Q3NA 4IOTA 3FKKA 2ISSA 4IMGA 1NEYA 3SW6A 4PC8A 3C2FA 1LOQA 2YW3A 3GNDA 3P67A 4O1CA 5LHEA 3IIPA 3DXIA 3G24A 2FDSA 1RR2A 2C0AA 4UNKA 4IXXA 3LI1A 3UWQA 2RHGA 4K36A 1VS1A 2FB3A 3G3DA 2VENA 3CEUA 3GXNA 4AWTA 3KX6A 3W2UA 3MUXA 2Y88A 4N4QA 1W0MA 3P74A 4MUZA 1LRQA 3OVQA 1G67A 4YWIA 3P5YA 3WK0A 5U4NA 4KWWA 3A21A 3R2GA 1DOSA 3IVUA 4GUIA 3NQVA 2C6QA 2V30A 4OV4A 3LHTA 1BWLA 1LLZA 4OV9A 4NX0A 4XWUA 2GJNA 2X1SA 3FJLA 2NZLA 1TV5A 1D9EA 3A22A 3T78A 1F7BA 3MP5A 4NJKA 2G5WA 3G1XA 3O06A 4O15A 1XM3A 4ORIA 1B9BA 3QZEA 4O0ZA 4Z1BA 2ZRXA 2C18A 1F74A 1RVGA 3MO7A 1LOLA 4L4LA 3ATYA 2A7RA 2X1RA 1PIIA 3EWWA 1KFEA 1R2RA 3OEXA 1OYCA 3TNOA 4HPXA 2G97A 1KFJA 4LU0A 2HMCA 1O60A 1M7OA 1FXPA 4MY8A 4LC8A 2V9DA 3C56A 2QUVA 5EL1A 4OQVA 1W5NA 2GPTA 1DORA 3USBA 3VI2A 5I3KA 1L2UA 2B7OA 2QCMA 3M9YA 3E9AA 3SZ8A 4IGHA 3LTSA 1LORA 2QCHA 4M6PA 4FXSA 1RV8A 1X1OA 4TMBA 3HBLA 3B0VC 1ADOA 4NZJA 5LNVA 3G8EA 3UD6A 2GJLA 1G6CA 2ZRWA 1OFOA 3W1NA 3TW7A 1QOPA 3AO0A 1ZAJA 2BLEA 5CSSA 1L6WA 3E12A 3QF0A 3N9SA 5CPNA 4LV4A 3ZWTA 2VEKA 5LZLA 3NQEA 5CZTA 4RZ5A 5BW6A 3HGSA 4ZQRA 4CCDA 4Y96A 4JY8A 2ZRYA 3NPUA 4UMCA 3NDOA 3S1VA 4FX7A 3UY7A 3NQFA 4N4PA 4WY0A 1TTPA 4LS1A 2QCCA 1NSJA 5D2YA 4HT3A 1IIGA 2GUUA 4JR5A 1NF0A 2I14A 3CTLA 2ZCGA 2G95A 3VE9A 2ZA1A 3YPIA 2KZHA 4A29A 1EWEA 4GXMA 3A5FA 4NX5A 2EPHA 3BPWA 3CC1A 3G1AA 3LTPA 4O13A 3WK3A 3LDVA 3B8DA 5IBXC 4YCPA 1J2WA 3STFA 4EVZA 2QJHA 3LCXA 4N02A 1EB3A 5DY3A 1I4NA 3MHUA 3OVPA 3C52A 3CPRA 4AF0A 1FUYA 2AQWA 5J5RA 1VCGA 1YPFA 2YFOA 1FWRA 4WOQA 3TU9A 3C8FA 1OK6A 5K9DA 1J5TA 1QMLA 4JX4A 3GKAA 1ML1A 3LHUA 1TTIA 3B06A 5SWUA 3G0XA 3DFOA 5CPMA 3HPXA 3DAQA 3CM4A 3P8JA 3W84A 3MJYA 4MYXA 1YTDA 1X1ZA 3PG8A 2Y62A 3EXSA 1AL7A 3KHJA 4PL1A 1P1XA 2FLIA 5FF7A 1Q6QA 3U2OA 4QSHA 3QMSA 5GVJA 3Q58A 4UMBA 1L6SA 2QUUA 2CZ5A 2EHHA 4DF0A 5AC7A 3LBMA 5FF0A 1JUKA 2DJLA 4KKXA 1PCWA 1R2TA 3VFLA 5H2ZA 2GOUA 4JGDA 3T44A 3W73A 4LOCA 3EWUA 4OU1A 5K4ZA 1ME9A 1EUAA 2R14A 3BW2A 1KV8A 2RDTA 3GKFA 3WJWA 3I65A 4QJ1A 4JTTA 3KXQA 5CGQA 4UR7A 2Y7GA 5KTLA 1TRDA 5DXXA 1A5BA 1QNVA 3IGUA 1JCNA 3NQAA 1DQWA 4N9CA 3M5YA 3G1SA 3P7YA 3W2JA 2A7NA 3RF9A 1W54A 2GVGA 3GDMA 3ABRA 1VYPX 2Y70A 5H91A 4FNUA 1HUVA 4LRTA 1SPQA 3GR7A 4Z1CA 1GEQA 5G4EA 5LSMA 2ZZ7A 3L2IA 1BWKA 5D02A 4DBDA 4WQ6A 2CZFA 4Z0JA 1H63A 3C2VA 4HSNA 1SZNA 3O6CA 4HHPA 4P2VA 4Y9AA 4ADSA 1H60A 1K7XA 1OVDA 2Y61A 3PM6A 3PR2A 3VE7A 3HMJG 4UTWA 4JN6A 1DHPA 2JK2A 1H7NA 2TRSA 2Q3OA 2QCDA 4NJIA 4O52A 5F2MA 3LLDA 3W86A 1S5WA 1XBXA 1VYRA 2ZYFA 4NVTA 2ZBTA 3EB2A 1THFD 5FEWA 4QITA 3FLUA 4NQ1A 3F1QA 2B4GA 3H53A 4IWWA 2CZDA 3N3MA 4DF1A 1GPWA 1CX9A 4LS2A 4FNRA 4IX0A 3QPZA 4WUIA 3RK8A 1YLVA 4GUJA 2YDAA 1YTEA 3Q94A 3DFPA 4GJ1A 5KZMA 5F1VA 3TQKA 2FB2A 3GDTA 5LNUA 3GXPA 2WJZA 1F6KA 2CLEA 5K9CA 1K03A 4FX8A 3W7RA 1A5AA 1TJPA 4RV8A 1AG1O 2ZRUA 4I9AA 1S5TA 3BVJA 3W2MA 3TDFA 1KM0A 1I2RA 4O57A 4FNPA 4O4WA 3FKRA 3IIXA 4YLWA 3NPXA 4XTDA 3TSMA 3STEA 3O15A 3PG9A 3BARA 4UTKA 3W75A 1KA9F 3GDRA 3UWVA 4ALDA 1KM2A 2A7PA 2E6YA 2YSWA 4LC6A 2QCNA 3GAYA 3T40A 3FEMA 4UTUA 3KFTA 2RDUA 2YPIA 3NQDA 3JS3A 4JEQA 1Z41A 3MYPA 3HGRA 2UV8G 1A50A 1FX6A 2LLEA 3W85A 3G1DA 1KM4A 1F5ZA 2VEIA 1N55A 1PV8A 2QJIA 3W3OA 1GVOA 1BTMA 3LXAA 3DFSA 3O1NA 5HJLA 2R8WA 4UFHA 1QOQA 2WSRA 1QFEA 3R13A 3S1WA 1W37A 4NT0A 4JX6A 3S5NA 2BSLA 2A21A 4TIMA 3DBPA 1G4EA 3L0NA 3DHDA 4UUIA 1W5PA 3ZR4A 5AFDA 4CCEA 1AK5A 1LBFA 4WOZA 1X7FA 3ABSA 2XN1A 3P80A 2DZXA 2BX7A 2YGYA 2ZZ4A 3QQ1A 2HS6A 1YADA 4JDBA 1YPIA 5HWNA 4QAIA 1K7FA 1KW1A 4BWLA 1KLZA 2C13A 3W22A 3O63A 4HPJA 1OK4A 4UFLA 2J9ZA 4QISA 4O17A 4ZL1A 1JUBA 2A2IA 1VC4A 3CEPA 2VFFA 4S2CA 1C9DA 3FFSA 3GX9A 4JTJA 1QO2A 3S5OA 1JJKA 4PFMA 4O54A 3PB2A 2JBMA 2NUWA 4NJHA 3CB8A 1AW2A 1FDYA 4A21A 1U5JA 1KTNA 1SO4A 2P10A 1TPDA 3BW4A 3NQ7A 3R8RA 1SSGA 2ZRVA 3PY2A 2J6XA 1TV8A 4DEFA 5I3FA 3IGXA 4A2RA 4E2DA 1O94A 2CFFA 2X2GA 5FESA 4Z1DA 1YXDA 5TIMA 5IBXA 3LHZA 5C55A 3PB0A 4NNCA 3I6RA 3S0CA 3BO9A 3IIZA 5D30A 1W31A 3W7HA 3GAKA 4HKPA 4UTJA 2FQIA 1AMKA 1NAL1 4BK9A 1OYBA 1B3OA 4QNEA 5LGZA 1RD5A 3C2EA 4K7VA 3B04A 2NX1A 4DO6A 3W07A 1C8VA 1TPVA 3T7VA 4A2SA 3H54A 4HNVA 1GTHA 3G1VA 3BK0A 2Y89A 3QC3A 3L68A 4AWSA 3GNNA 4EWND 3G1HA 2ZTKA 3EXTA 3MBFA 3UZ5A 3EWBX 3TAOA 3P81A 5D05A 3P84A 1HL2A 1M7PA 3L5AA 3W7IA 2R91A 4GC4A 1I2QA 4DF2A 3LERA 1XDLA 1Z48A 1Y0EA 4MY1A 4LVAA 3PS7A 4TO8A 3O6DA 4GFSA 4MVAA 5D32A 3NQ2A 4JTFA 3PUEA 3MP4A 3L66A 4ML9A 1PS9A 1DBTA 4LWWA 4O1DA 5EYWA 2OMAA 1WBHA 3EXRA 1K7EA 5D2VA 2Z2UA 1A5CA 3BLEA 5AHFA 5AC6A 3G22A 3Q2DA 4YMZA 4LNYA 2Z1BA 4XTIA 4JYEA 1SR9A 2A6LA 3WJYA 3NPVA 4FF7A 3UXDA 3L5MA 4IUOA 4DPQA 4E0CA 1MSSA 2NLIA 3S42A 5G5IA 4E38A 4QIUA 5LNSA 3N2MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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