2VENA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
228
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 88
structure length 228
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2venA00
3C52A 1ZALA 2NLIA 1JQVA 3PUEA 5LSMA 4JY9A 3W85A 3VKJA 4GC4A 4DO5A 3RK8A 1OFQA 2QUUA 1NAL1 3O6CA 3W84A 3S1XA 1DQXA 1VCFA 1VR6A 3SGUA 4JDYA 3IIVA 3DFNA 3KRZA 2H3DA 1OABA 3LHWA 1TV8A 4O52A 4RKAA 1TIMA 1QWGA 2A4AA 3W1MA 1GT8A 1YDOA 2XN0A 4CCDA 1I2RA 2FJKA 3M1ZA 3W7OA 3P74A 2OMAA 3NL6A 2BTMA 2GJNA 5C5YA 5E1QA 2F7FA 3MW7A 3LERA 1ONRA 1M7OA 4JTUA 4QNWA 1FQ0A 3P60A 3HGSA 1DL3A 1ZAHA 1SO5A 1UUMA 1R2TA 3PUDA 2EHHA 4LUJA 4BI5A 4C1LA 1OFOA 4BF9A 4A22A 3NL5A 1NSJA 3LHTA 1SZEA 2C15A 1RPXA 2DJLA 3ABOA 4MZYA 1W37A 3EKLA 3C2RA 1U83A 2QR6A 3UPWA 4MPQA 1OK4A 4UTKA 3IGSA 4O54A 2ZTKA 1K8YA 4JY8A 1G69A 1FWTA 2DZXA 4MVAA 1H7OA 1B4EA 3CM4A 1UB3A 1H62A 2FQIA 5I3IA 1ME8A 1C9DA 3FYPA 3P5ZA 4LU0A 1JUEA 3THQA 4MJZA 2Z2UA 3OEXA 3KFTA 1W3NA 3NZRA 4IPIA 3W73A 5HR6A 2CFFA 2PRMA 3CWNA 2RHGA 2ZZ5A 3HIJA 5LNWA 5F4WA 4JTJA 2VFHA 1P5BA 4QNEA 2ZZ1A 1JULA 2YXGA 4M6QA 4QSHA 3CLMA 5AC6A 1EWDA 1E51A 1KFKA 3EXRA 2QJHA 1RQHA 4KFOA 1I4NA 4WOQA 4GJ1A 5K2ZA 1KFEA 4OBTA 4FNUA 1Q6OA 1X7FA 1SO3A 3A9IA 1SFJA 2GQAA 2EF9A 3P8JA 3VI2A 1IIHA 3I65A 2VC6A 5D38A 4DF1A 4UTLA 3GZ3A 3W7HA 1ICSA 4IX2A 2QJGA 5K9DA 3BG5A 2PC4A 4AHOA 4O0KA 1F74A 1A5BA 4LWWA 2VEKA 1DHPA 2Y61A 3USBA 3G1DA 2Y7DA 1EIXA 2ZRVA 3LHUA 2A5HA 1S3HA 4ZVJA 1H60A 1GQNA 2X1UA 5DCDA 1XI3A 1JCJA 1ZJIA 2HS6A 4JS3A 3BW3A 3T7VA 2G5WA 4QISA 1AW1A 1QMLA 2E6YA 3KVLA 3EX4A 1UUOA 2P0OA 1TTPA 4NJKA 1VYSX 2ZZ2A 4Q4KA 3P61A 5D2XA 5J5DA 2A7NA 3VE7A 3SJ3A 1W54A 1NF7A 1K02A 1X1ZA 5G4EA 2W0UA 5C2XA 3M7WA 4HSNA 1YDNA 1W1ZA 4XKYA 4LY8A 4M6PA 1Z44A 2FB3A 5MHBA 4H4IA 3BARA 3PBUA 4FNQA 1K7EA 1SQ7A 1BEUA 2TRSA 2A6NA 3Q58A 2VKZG 3M47A 3N3MA 4IX0A 5DBUA 4ZL1A 3NXFA 1LRNA 5DY3A 2QAPA 4LRTA 4O10A 4WY0B 4X2RA 3PULA 3EX6A 5DXXA 2J27A 4DXVA 3C0JA 4NXSA 3C2FA 1SSDA 4IGHA 1AW5A 1EPXA 2V8ZA 1HO4A 3IVSA 3CB8A 3G3MA 3NOEA 3UPBA 3PBYA 2DZVA 3PB0A 1LRTA 3N14A 1IGSA 4OV9A 1F6PA 1GG1A 3DAQA 3HG5A 3GDRA 4Z1CA 4UR8A 3HPSA 3PVFA 1VPXA 3W7LA 3PS7A 1AL7A 5CKSA 3W7QA 3ZWTA 1GG0A 2TYSA 4JTIA 3GXPA 1ME9A 4RXFA 2X16A 3G1VA 3W74A 1Q6RA 3TX9A 2QEZA 1S5WA 3STCA 1Q3NA 3OVPA 1W31A 3I7SA 3GDLA 4POCA 5E0KA 5EL1A 3HPZA 4TO8A 3DKLA 5FESA 1TREA 3W9ZA 1W5NA 3HG2A 4TIMA 4IPJA 4JTEA 3DHFA 1YTEA 3R8RA 1M5WA 1I2OA 2WSYA 5D09A 1W5QA 1H5YA 4N6FA 1T99A 5KTLA 2E09A 1PV8A 4NJJA 2ABBA 1W5OA 1UCWA 2C1HA 4LS0A 3S8HA 2C3ZA 4LVGA 1OJXA 1YDVA 3W1UA 1H51A 4H6KA 2QJIA 3CU2A 3LGEA 1LTDA 4I7UA 1XXXA 3DZ1A 4AWUA 3HBLA 3R2GA 1MSSA 5KSWA 1QDSA 2GJLA 2ISWA 4UFKA 2ZZ4A 1X1OA 4Z1BA 3E12A 4S2CA 3TIMA 4GWEA 5KMYA 3W3OA 5C55A 4A2SA 5F4SA 2DZUA 4MLRA 1PHWA 3LTYA 2NZLA 4K8EA 1HG3A 1SSGA 1K7FA 4FXRA 4N9DA 3LCWA 3P67A 3W7MA 1H7RA 2LLEA 1NVMA 1F5ZA 1XL9A 4DBEA 4P61A 3G1YA 1I2NA 3PBWA 2AGKA 2V30A 2RDUA 4OU1A 2A7PA 3UY7A 4NNCA 2EGZA 5H2ZA 4DO6A 1TTQA 3Q2DA 2C18A 4WZHA 5DCBA 3WJYA 4D2JA 3WK0A 2Q3OA 4CNNA 3L68A 2C19A 4MZ8A 2A6LA 3CT7A 3VFLA 1Q6QA 2E77A 3E02A 3RLVA 3KX6A 4JD4A 3GR8A 4BI7A 1PIIA 2RH9A 2WSRA 2CZDA 1QR7A 4KKXA 1YTKA 1U5JA 3G0XA 3TUUA 3QMSA 2VENA 4ZQRA 5LHFA 2E6DA 3W7RA 2YFNA 1YXCA 1T0OA 4XZ9A 4PL2A 3UZJA 4JIPA 5A5WA 3MI3A 2GQ8A 3LTPA 1ZY9A 3TKFA 1WXJA 3JRKA 4PA8A 3UY8A 5K4XA 4LT9A 3RU6A 2NUXA 1F73A 4UTIA 1KTCA 1SR9A 3GKFA 1AW2A 5SWUA 1JUBA 1C29A 4JYEA 3DFTA 5K4ZA 4UTMA 3N9RA 2Y88A 3GIYA 7TIMA 4UMAA 4ORMA 5G1TA 3UXDA 3EEGA 2ZZ3A 3PSVA 3TQKA 2NV1A 3O6DA 4FNTA 2WPBA 3STFA 4TMCA 3NA8A 3W1QA 3I7RA 1VCGA 4UCGA 3W1TA 4NUWA 2ZRXA 3HGJA 4GNJA 3B05A 3DU0A 1BWKA 2Y7GA 2ZZ7A 1W3TA 4OQVA 4DEFA 3CHVA 3IIXA 4QAIA 1LP6A 4OHQA 2CLKA 1RVGA 3ATYA 3M5YA 4QITA 1MEWA 2ZZ6A 1SU5A 3F1QA 4O18A 1SO4A 5FEXA 1FDYA 1TV5A 3W2KA 4M7SA 4IQLA 2Y63A 4NX0A 3L0KA 1XBZA 3L21A 2FLIA 1TPWA 3EWZA 1S5TA 3HPXA 1FUYA 1WBHA 2GQ9A 1F7BA 2X1SA 4X3ZA 3P62A 1ZNNA 2NUWA 1TQJA 3F03K 3HJZA 2Z6JA 4RK8A 5BNKA 1J5TA 2QCEA 1GEQA 3UQNA 2CLIA 2VFEA 4BK9A 2DZWA 5HWMA 3P5YA 5F4XA 4JTLA 4HN4A 3C2EA 1PCKA 4G1KA 3DI0A 3NYZA 5FF0A 2NXIA 4WOZA 1ZAJA 1EUNA 2V82A 5CZJA 1H7NA 3SIZA 3TSBA 2V5BA 3B0PA 4IOTA 2H90A 5I3FA 2Y62A 3TNOA 4K7VA 2BZNA 1XC4A 4RCXA 1XM3A 4ZQMA 4WQ6A 5AHLA 5D2YA 1B3OA 5T26A 2BLEA 4LRSA 4NJGA 4NXKA 2JBMA 3C61A 3KOFA 5CZ0A 1JR1A 3G3DA 3P84A 1OYCA 2EAWA 3CIXA 8TIMA 4N9EA 1GYNA 4NQ1A 3MMTA 3QFEA 4K37A 1VRDA 4KFPA 4NZJA 1WDWA 4E2BA 3KVJA 4NJHA 3O6YX 5BOOA 5AOUA 2Z1BA 3TFXA 3PR2A 4UXDA 3QSRA 5G2HA 3IIOA 3R13A 1VJIA 3DFQA 5FEZA 3EWXA 2DP3A 3FOKA 3GB6A 5DBTA 2H8XA 2R14A 2J88A 1RQEA 2QCNA 1JUKA 1W3IA 4N9BA 4HNUA 2CU0A 5L9FA 4CLMA 3O8AA 4PC8A 5LHEA 2VELA 3PSWA 4CCEA 5F2GA 1PHQA 3Q37A 4MUZA 2H3BA 3W87A 3TMLA 3W7CA 3KRSA 3O1NA 3QMRA 3P81A 5G2WA 5U4NA 4AAJA 1XBXA 3LB0A 4O53A 3GDMA 5LNRA 4ADSA 2NX1A 4JXCA 1WOAA 5DN1A 4K6AA 3NDOA 2QCGA 2W6RA 3L5LA 3PM6A 2QCLA 4LNYA 1YLVA 2PCQA 5KZEA 3G18A 3BLFA 3LDVA 4AWSA 3ELFA 3DXIA 3F4NA 1KFLA 5GVJA 3SI9A 1KFBA 3LCIA 3FIGA 3KXQA 2OX1A 3S5ZA 3EX1A 1SW7A 5LGXA 5CPNA 4Z0SA 5D05A 3F4WA 2ZRWA 3MBFA 2EKCA 1P0NA 3GNDA 2ZRZA 1WYIA 3NEVA 3GK0A 2OT1A 2OCZA 3G22A 4HT3A 3LCXA 1QPNA 4JGDA 1TTIA 1OFRA 3LCGA 2VXNA 4FXSA 4O11A 1D3GA 2EPHA 4HSOA 2V0TA 4R53A 1MEHA 1KM4A 3CIWA 5CGQA 3I7QA 3G0UA 4Z0JA 1GOXA 4LW7A 4W9TA 5D04C 4ADUA 3NQ7A 4Q32A 1O95A 3NNTA 3P7YA 1TRDA 4UFIA 2CZFA 3L65A 3LHVA 3LI1A 3MI6A 4S2BA 4R7JA 1QOQA 1TV7A 2NUYA 3IRDA 3DFPA 3S1UA 3EB2A 3HQ1A 1XUZA 3IIPA 2PRHA 3CTLA 1BKSA 4U4MA 1XDLA 1OFDA 3VCRA 2GPTA 3EX2A 3W7KA 3O07A 5HWNA 2P1FA 2ZDRA 4MYAA 5KITA 1H7XA 3T78A 1SFLA 1VGAA 3NQVA 4O13A 2GVGA 2E6FA 3B03A 4LS1A 1AK5A 4AF0A 3HGRA 1SUXA 2UV8G 3W72A 3NQ2A 4O1BA 4MYXA 4YWIA 3S1WA 3JS3A 4BR1A 3W7GA 2C13A 5HMSA 1W8SA 4JICA 3W71A 3PG8A 1AG1O 4IWWA 4DO4A 3QPYA 2FPTA 3HB9A 3TROA 4GRSA 1A53A 3S9YA 1KM2A 3TH6A 2IQTA 3RLUA 3TQVA 1K8ZA 4ML9A 4UNKA 1L2UA 3GAKA 2E68A 4X9SA 2R94A 1FDZA 3MO7A 4NNBA 1KLZA 3SFKA 4PTNA 2ISSA 2JGQA 2YFOA 2ALDA 1MXSA 4WJEA 4Z08A 3QYQA 3DFOA 4XTDA 3PBVA 2WJZA 1XUUA 1I2PA 2WNQA 4FNRA 5F1UA 3KAOA 2CLMA 3NL2A 1L6WA 4ZQPA 5HINA 3MUXA 3P8IA 3CPRA 1F76A 4CNOA 3LRKA 1LBMA 3W1LA 1A50A 3DGRA 3E49A 1GZGA 1LBLA 3AJXA 1YTDA 3HGOA 3TCEA 4K7YA 2Q3RA 2Y7EA 1KTBA 2Q8LA 2HS8A 2FB2A 1ML1A 3QW3A 3QM3A 3T4CA 4N2YA 3SZ8A 3VE9A 1EX5A 4A3UA 1YXDA 3CWOX 1ZCOA 4JTKA 4M19A 4DELA 5I3KA 1YPIA 3TJLA 4UC5A 3O16A 3MP4A 3T55A 3LCHA 1P4CA 3NQGA 3MHGA 3W88A 3BW2A 3W7EA 4LUIA 3P80A 3R12A 2VFFA 4N4QA 2X1TA 3B0UX 4CQAA 3GLCA 6ALDA 1WA3A 4FX7A 4ADTA 1X8FA 3TC6A 1YXYA 3LBMA 1TB3A 4BWLC 2Y7FA 2QCDA 1NEYA 3MHUA 4O1AA 4AMAA 1LOQA 4JX5A 3DFSA 2C16A 5K9CA 2FPYA 2YCEA 1GVSA 3FLUA 3N34A 4GUHA 4QIUA 4K36A 1FWRA 1XCFA 3MP5A 4FIRA 3SW6A 4E2DA 4UTWC 4DPPA 1TPFA 1EP1A 2YGYA 3GX9A 1SW3A 4DBDA 3GDTA 1FXQA 1HL2A 4O19A 2E5BA 3BLEA 3GYEA 3UWQA 3NL3A 3L0NA 1WV2A 3IEBA 1EEPA 2NX9A 4JIQA 2ZFAA 4YMZA 3WJWA 2FDSA 2J9YA 4MFDA 4XBSA 4A21A 4N6EA 3QMTA 3IVUA 4UNLA 1KM3A 1IXOA 2DORA 3FS2A 2XFWA 2PRLA 3HG4A 3LXBA 5G1YA 4C1KA 1WQ5A 3GDKA 4LVBA 1FCUA 2WO5A 3R89A 4WUIA 1LORA 3L9CA 4I7VA 2VFGA 1DJNA 3S42A 5AB3A 4GUIA 1TTJA 4FEZA 3MYPA 4QJ1A 3QPZA 5HR7A 3STEA 3NM3A 2Z6IA 3NQ6A 4TMBA 3B0VC 1I2QA 2XN2A 1TJRA 3OBKA 3IV3A 1GVOA 3NVTA 2DU2A 4UTJA 4HNVA 1CX9A 3NQFA 1G67A 3S6DA 4UFJA 4U28A 5D37A 1O60A 1UASA 1TSIA 1ZAIA 3PG9A 3EWBX 4I7WA 1ADOA 5D03A 3W2JA 5EYWA 3V75A 3HG3A 4LC6A 2OZ0A 1R2SA 1SO6A 3STGA 1W5MA 3QSTA 3C6CA 4UTTC 3C8FA 1G7UA 2PURA 2RKXA 3DBPA 1OX5A 1ICPA 2E5DA 2Y70A 3W2UA 4A29A 5A8GA 1TPVA 1VLWA 3QQ1A 5AYXA 2O7SA 4JTSA 5FI8A 3OVRA 5E93A 4E0CA 5J5RA 2YW4A 5K9XA 4FB7A 3QQ0A 3QC3A 3WJXA 5BRBA 1VC4A 1LOSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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