2VFDA

Crystal structure of the f96s mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 97
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfdA00
1AL7A 4Q32A 4A3UA 5DXXA 2ZRZA 4LU0A 4HNUA 3BG5A 1YYAA 3LHWA 1LBLA 1I2NA 4MVAA 3UPWA 2B7OA 2BSLA 3IIPA 4QNWA 1MEHA 1UJPA 1X1ZA 4BI6A 1T0OA 3N3MA 3W7IA 2F7FA 1H62A 1TO3A 4LS0A 1A5BA 3LBMA 5AC7A 1K8XA 3EX1A 1ALDA 1BKSA 5C54A 2I14A 5E1QA 3ZR4A 3C61A 4M7SA 1JCNA 5FF2A 2OZ0A 2DZXA 3MBDA 4Y90A 1TRDA 1W3TA 1CW2A 4O4WA 3TUUA 1SFLA 2BTMA 4JX4A 2A7RA 1JCMP 5CZ0A 2PC4A 1L6YA 3GR7A 1H7OA 4A2SA 3M44A 3Q94A 2WO5A 3TQKA 3S5YA 3GK0A 5FI8A 2VFGA 2ZZ5A 2JBMA 3I68A 2V5BA 3QM3A 2BXVA 4YWIA 3DENA 4YCPA 2JKAA 4X22A 3KVLA 4JR5A 5DCEA 4LVFA 3LXBA 4IMDA 4YLWA 1TPB1 2ZFAA 3FS2A 3SGZA 3SY5A 5DELA 3KFTA 4Y96A 4GUHA 4KWVA 3O15A 4JTTA 3M5VA 4MLJA 2ZZ7A 3WJWA 4POCA 5HINA 3WFAA 3G3DA 1LM1A 3P8IA 4XKYA 2FJKA 4LNYA 1OABA 3MP4A 3DFQA 1ZJIA 3NG3A 3IV3A 1SSDA 3GDLA 1GTHA 4DPQA 2YYUA 4UTHA 1EB3A 3P62A 1XUUA 5I3JA 4HN4A 3S9YA 4WD0A 3EB2A 3L0NA 2ZRVA 2E6DA 4CCDA 4X3ZA 3TAOA 4RXFA 4LS2A 3SZ8A 2J6XA 2J24A 1G7UA 1KFLA 2R8WA 1EUNA 2NUYA 3QW4B 4GUJA 4Z1BA 5KZDA 4O1AA 1FQ0A 2V9DA 4UTMA 3LLFA 1VYSX 2E6YA 1IGSA 1IXNA 4XKYB 3TC6A 3B04A 1GPWA 4NT0A 3IGUA 3W7MA 2X1SA 2GVLA 1OX6A 3GYEA 3W1AA 3GNDA 4ZVJA 4UNKA 2VEKA 3TKFA 4M6PA 3PC0A 2HS6A 3NL2A 4JN6A 2GQ8A 3QF0A 1JCXA 1H7RA 3W3OA 3G1YA 2RH9A 2ZA1A 1K7FA 1YDVA 3LCHA 1DVJA 1TPC1 2WSQA 3OG3A 1GVQA 1LZOA 1R2RA 1OFBA 1SU5A 5H91A 2Y7FA 4TIMA 5LNWA 4JTHA 2E5BA 3DU0A 1PV8A 3C52A 5J5RA 4M19A 4MOZA 5CGQA 1SZGA 1E51A 1ZAIA 2VFDA 3LHVA 3W70A 1HO4A 4FB7A 2P10A 1IXOA 1TPUA 5EMUA 1TV5A 5F2IA 1TQXA 2B4GA 3EWZA 2OX1A 4HPJA 4IMGA 4QAIA 3HQ1A 1W5MA 4TMBA 1KBJA 4OT7A 4O0KA 3W2NA 2OCZA 3VKJA 1KLYA 3IVTA 4Y6GA 1C8VA 3NQMA 1JCLA 4FO4A 1KW1A 1H7XA 1G4PA 4GUFA 1AMKA 1G4EA 5KZEA 1LLWA 5BMWA 4JTJA 5BW6A 5EKYA 5J5DA 3S42A 3TR2A 5HR7A 1YLVA 3EX3A 1ZENA 2G97A 4N9EA 3B0UX 1OFDA 3P82A 4MY8A 4IPIA 2EF9A 2Z6JA 4LT9A 3DFNA 2YFOA 1THFD 5GVJA 1KM2A 4RZ6A 3TDFA 4O54A 1VLIA 3TSDA 3HIJA 4EOUA 3DFSA 4IWWA 3TC7A 3S5NA 3G0UA 1FDZA 4IQLA 3W7JA 1EP2A 1FCVA 1KM5A 3VNDA 4JDYA 1ME9A 1SUXA 2RDWA 4MZ8A 2FLIA 1SO4A 2ZA3A 4Z1DA 3UPBA 1PL9A 1M7OA 1NSJA 2QDGA 1XKYA 3DHFA 3TQVA 3MP5A 2OT1A 1VHNA 2V5LA 2R91A 2YW4A 4PFMA 4N6FA 3TFXA 3P80A 4IMCA 2H3BA 3LCFA 1FCBA 4RK8A 3MHFA 1YDNA 3PR2A 1L6SA 1VC4A 2CW6A 2X1RA 1W56A 4DO4A 1JQXA 1XDLA 5EPDA 5D38A 1D3HA 2A6LA 4NJJA 3GDMA 3CIXA 3WJXA 2VXNA 3OVPA 2YW3A 3NO5A 3GZ3A 5CZJA 5K9DA 4Z1AA 4PCFA 4RJEA 1Q6RA 3QPYA 4OBTA 4JICA 2ZDRA 1KA9F 1EWEA 1QO2A 4O10A 5L9FA 4AF0A 4OWGA 3OVQA 2DJXA 2BZNA 3LLDA 5FEWA 2GUUA 3NXFA 3R2GA 4QM1A 3MBFA 3FJLA 3O6CA 3UWQA 5F4XA 1RD5A 2BLEA 3QRHA 3FA5A 4WY0F 1X1OA 2C16A 3DGRA 4FNUA 3NGJA 1EIXA 3MYOA 4JDBA 4AB4A 3NZ1A 3O1NA 2A2IA 4UTLA 3CT7A 1LRNA 1O4UA 1Z44A 4NX5A 3W74A 5BNKA 4NZJA 4FX6M 4UFKA 2C18A 3ANYA 3C2EA 3RFAA 4P2VA 1LLZA 1TB3A 2EHHA 4IX0A 5LHFA 2RDTA 3C3NA 1P5BA 3P81A 3STEA 3IIVA 2WNNA 1I45A 3W73A 1I4NA 1FUYA 3C56A 2CZDA 3OIXA 2I1OA 3U6WA 2FPTA 4UTUA 3A24A 3NR0A 1X6UA 4TMCA 3M41A 1JUKA 4OU1A 1DBTA 1B9BA 1X8FA 2OJPA 5HMSA 3IGSA 3PG9A 3W9ZA 3V75A 4O4VA 2ZA2A 5BOOA 3C0JA 3NM3A 5AYZA 5KMYA 1SZNA 4FXRA 4U4MA 4MPQA 4P61A 1TPH1 1WOBA 3TJLA 1LBMA 2Y61A 3FYPA 3GLCA 2ZZ3A 3C8FA 5D04C 2TYSA 3MUXA 2Y6ZA 2ZBTA 1KTNA 4UXDA 2B7PA 3JRKA 1LDCA 1ZFJA 1S3HA 3WK3A 4LRSA 3E0IA 3G1XA 3NNTA 3QYQA 1LYXA 4WY0A 1G67A 4JD4A 2NX1A 3DH7A 2ZZ2A 3GXNA 2C14A 5F2MA 4FX7A 3GAKA 1EX5A 5T26A 3S1VA 4AWSA 4K8EA 4FIRA 1U83A 3LRMA 2QKFA 4K37A 4DBDA 1KM6A 1TIMA 4G1KA 1AW2A 1QPQA 4K6AA 3W07A 4JTFA 1HG3A 3KX6A 4M5PA 5D03A 2WNZA 1VCFA 4FIQA 4HSOA 3LHZA 3QMSA 3DKJA 2WNQA 4DPPA 2E1DA 1J2WA 5MHBA 3EWYA 1QWGA 5HNRA 1AW1A 3NQCA 3TW6A 3W2KA 1RR2A 1KFCA 1KM0A 3IVSA 3F4WA 1FWRA 1DQXA 2G95A 4XQ6A 3DI1A 3MYPA 4Y8FA 2E5CA 4JEQA 2B7QA 3G8EA 3L0GA 1VR6A 2QEZA 2GVGA 1VQTA 4A22A 2BWGA 3QZEA 5EYWA 1XBZA 5HWNA 4C1LA 2CFFA 3PM6A 1OX5A 1Q6QA 3KHJA 2ZTJA 3PULA 4GUIA 3TXZA 1TTJA 1T96A 2QUUA 1U5JA 3TMLA 2E6FA 2RFGA 4C1KA 1K02A 1OFOA 5CPMA 4U28A 3S1WA 1BWKA 5HUOA 3OVRA 2ISWA 5CG7A 5SWUA 2DZUA 2O7SA 5FF0A 1XBXA 4O12A 3L5LA 3IRDA 5TQLA 3QC3A 1VRDA 2P0OA 2V2CA 2CZFA 1UBSA 2QCGA 2GQAA 2X30A 1FWWA 1SZEA 3EWUA 4RLIA 4AHPA 1SO5A 4E2BA 2Y7EA 4NZFA 4OHQA 5DCDA 2A7PA 5D30A 3CLMA 3HG3A 2FIQA 2VOMA 2VFFA 3EXRA 3M47A 4ZZ9A 3R12A 3G1AA 4N2YA 4O53A 5D37A 1H63A 2PE4A 3N9SA 1A53A 3NPVA 1GYLA 3RLVA 3GX9A 4N6EA 3FKRA 3GNNA 5CSRA 3UQNA 1JQVA 2D73A 3NPUA 2BX7A 2E77A 3NOEA 1GG1A 2QCEA 3KVJA 1W37A 4Z08A 3C2RA 2WKJA 4BI5A 1H61A 4JX6A 3IIXA 1QAPA 1SO3A 3A5FA 4H3DA 1TCDA 6ALDA 3MMTA 3I7QA 4AHQA 2OT0A 3NZRA 5C55A 3NQ2A 2W0UA 2FFCA 3KAOA 4LV4A 3TCEA 3S8HA 2NXHA 4O11A 4H4IA 4TR9A 3P5YA 3P8JA 3NPXA 4OQVA 3IVUA 1GYNA 5K9XA 3SIZA 3PSVA 2J88A 3EXSA 3GIYA 3L65A 2C19A 1WYIA 3G22A 2NLIA 3HGSA 5D2TA 1JJKA 4O50A 1GTEA 2GJNA 2NWSA 1XBYA 4IJBA 1WBHA 4K39A 3BLIA 3IIZA 3QEZA 2C1HA 4AVFA 3HGJA 1UB3A 3LRLA 1A5CA 3FLUA 3RF9A 1ML1A 4I9AA 4OV9A 3EWWA 3PWAA 2NUXA 1OX4B 4Q33A 1TJPA 1RQHA 3F03K 1R47A 3EEGA 1B3OA 3EWXA 4HT3A 3UXDA 3WJZA 2V8ZA 5F4SA 1HO1A 1S5VA 2YGYA 4NNCA 4FXSA 3W22A 4BI7A 4PODA 5C6MA 1GWJA 4S2BA 5L6UA 1WXJA 1VS1A 3W2UA 3VE7A 4KFNA 4ADUA 1SQ7A 1F73A 1W5OA 3SR7A 5G4WA 4PTNA 3KVMA 3C2FA 5TBOA 3ZFHA 5DLCA 1OVDA 1UUOA 2C0AA 4RZ5A 5I3HA 4JYEA 4WOZA 2V0TA 5FF7A 4PA8A 2GJLA 1OG0A 1YPIA 5TIMA 1KFKA 3CPRA 3EKLA 3KRSA 3O8AA 4UNLA 3S5OA 3TSBA 4QSHA 3HPXA 2ABAA 3GR8A 3BV4A 2X1TA 3G3MA 4AAJA 4AH7A 3TNOA 3DFTA 3MW7A 1TTPA 2CLLA 3W1LA 3F4NA 1MXSA 3THQA 3M6YA 1RQBA 4JTUA 4E38A 4JTLA 1VCVA 3ATZA 4KFOA 1EPXA 4AMAA 2I9EA 4FNSA 1TRIA 2JGYA 2NV2A 2EKCA 3W2MA 1TV8A 1LOSA 3O6DA 1LRQA 3A5VA 4EF9A 5FEPA 3W1NA 3GDTA 1TYGA 2QDHA 3IEBA 3TMQA 4UFJA 5G1YA 3W1UA 4QNEA 3P67A 5BRBA 3B06A 1GT8A 1TPVA 4AXKA 3YPIA 4LRTA 4D2JA 3M5XA 3R89A 2V30A 1NEYA 2XFWA 2Y62A 3M7WA 3VCRA 2FB2A 4HKPA 2ATSA 3JR2A 1OK4A 1DORA 2VFIA 3NL6A 4ZQNA 5LZLA 3N2XA 3W7OA 2J9YA 4IGHA 3O05A 3PB0A 4WX2A 3LXAA 4CNPA 1PIIA 1LOLA 3UWWA 2ZRUA 1A50A 1R2TA 4ZL1A 2NZLA 4MY9A 4JYDA 1W3NA 3KRUA 4LC8A 8TIMA 3BG3A 1TREA 4R33A 1K7XA 5KITA 3BLFA 1KBIA 5F1UA 3HG2A 3BG9A 1O94A 5U7SA 3MI6A 4WXZA 1L9WA 1R2SA 2O7QA 5AHLA 5DY2A 4O15A 2QF7A 3B03A 3BLEA 1LTDA 4XBSA 1RQEA 4JNMA 4EVZA 4MYAA 1EEPA 5BMXA 3FFSA 1H5YA 3NYZA 3UZJA 4CCEA 1GOXA 4JTKA 2R14A 5K3VA 1TTIA 2QCHA 1QPRA 2H90A 5LNRA 1T99A 3L5MA 3C4UA 3TJXA 2B7NA 2ISSA 2H8ZA 1XDMA 4FNTA 4NJIA 4UMAA 3ELFA 3LBCA 3HPSA 5LNVA 3FEMA 4IOTA 1P0KA 5D02A 1W5PA 1M6JA 5FEZA 3NDOA 4RR4A 2V82A 3DFPA 3QSTA 4QQ3A 4UTWC 1MEIA 1YTKA 1TQJA 1O5KA 3BW2A 4Z0SA 1JCYA 3PY2A 3L21A 1W0MA 4N9BA 1AL8A 1XBVA 1KM4A 1MZHA 3CWNA 2PURA 2VC6A 4LUJA 3B0PA 1ME7A 4KWWA 5D2VA 5AYXA 3W1RA 3T78A 3EWBX 1JUEA 4I7VA 2E6AA 1IIHA 4S2CA 3ZWSA 3T4CA 3UWYA 3LCXA 1Q6LA 5HUPA 4UR8A 2UV8G 2DZTA 1B4KA 1PCWA 1DV7A 2FB3A 3EXTA 1B57A 3C6CA 3MHUA 5G4EA 2HS8A 1LP6A 1W1ZA 2EAWA 5AHEA 2FPYA 1SPQA 2QCMA 3H55A 3UZ5A 3BO9A 3HOJA 1MEWA 1X7FA 1YXCA 4K36A 1SW7A 3HF3A 3OEXA 4HHPA 2J9ZA 4O16A 1TV7A 4DBEA 3P61A 3GKFA 4RXGA 1DHPA 2VKZG 2ZQ0A 5AHNA 2VFHA 5I3IA 2DJLA 1NF0A 5DN1A 1LBFA 4K7VA 2DZPA 4RZ4A 4FNQA 2H6RA 3HG4A 4Z0JA 5G5IA 3NM1A 2PCQA 3LI1A 4HNTA 4IPJA 3TA6A 3P5ZA 3B4UA 4QJ1A 1JUBA 1GQNA 2DORA 4O13A 3M43A 4MUZA 1GVOA 5EBUA 2AQWA 4O19A 4JY9A 1OHLA 4KKXA 2WJZA 4AWUA 4YL2A 3N14A 4JYFA 4CQ9A 3LX9A 4ONVA 3G1FA 5D32A 5LNUA 3A9IA 1KTCA 4UTTC 2ZRWA 1OJXA 3INPA 5LKYA 2Z1BA 1K03A 1DKWA 2FQIA 3CM4A 1QDSA 3UWUA 2Z0IA 1EA0A 1TPFA 3UXAA 5D2YA 3HB9A 2Q8ZA 4GJ1A 5FEXA 3LTSA 3DXIA 1R46A 3T40A 1H7WA 3P74A 5G2IA 3EX4A 4L4LA 4HNNA 3O07A 3GAYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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