2VFE | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5068397265495648__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5068397265495648__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VFE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5068397265495648__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5068397265495648","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VFE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5068397265495648__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	89
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-11-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vfeA00

4HHPA 3F4WA 4K37A 5K2ZA 4IMDA 1W5NA 1GTHA 4AXKA 2OT1A 4I7VA 3TAOA 4OGZA 5E0KA 3LCWA 5ABTA 1HO4A 3I65A 3SZ8A 5KINA 2V2CA 3S5YA 1FXQA 3W83A 1F73A 1FDYA 1SZFA 1PCKA 4UTMA 4MYAA 2NXGA 2WSRA 5LGXA 4NNAA 4ORMA 1QNVA 1DV7A 1LZOA 5KZDA 4ALDA 2R94A 2VFFA 2WNNA 3B06A 4MFDA 2QEZA 3L65A 2QDHA 1H1ZA 4KWWA 3D0CA 2C13A 1UB3A 4IXXA 3TJXA 1DBTA 5DELA 4UTTC 1JVNA 4XTIA 3V1PA 2ZBTA 3FOKA 1KW1A 5F4XA 5EL1A 3P5ZA 4K36A 5D2TA 2CLHA 1X1OA 4O12A 3TIMA 4MLRA 1MEWA 8TIMA 1MEIA 3BPWA 3HOJA 5FF4A 4LTSA 4BWLC 1G6CA 4LVDA 1K7EA 1X7FA 3KVMA 4JN6A 4O18A 4MJZA 1JQVA 2H6RA 3NQEA 4O8RA 3LERA 3N14A 4WX2A 2UV8G 4P61A 3IIXA 1ZHAA 2CZFA 1LYXA 5D38A 2ISVA 3HGRA 2TYSA 3M5XA 5D2VA 1F2JA 4IMEA 5T26A 3MP5A 3ZWSA 4K6AA 4NXSA 1LDCA 3QYQA 5HUOA 3TA6A 4LOCA 3QSTA 3VKJA 4YCPA 2JBMA 4UMBA 3THAA 3KX6A 1W3NA 1LOQA 2X1TA 3TSBA 1JUBA 4QJ1A 3C4UA 4MLJA 3LLDA 3BW2A 3HGSA 3KXQA 2BZNA 3W71A 1RQEA 1UJPA 3VNDA 2E77A 1G4TA 1I8JA 2DZPA 3LRLA 2V9DA 4O11A 2GJLA 2V2HA 4CNPA 1TMHA 1K8XA 2Z2UA 3GAKA 5FI8A 3OVPA 3BG3A 1VYSX 5H91A 4FX7A 4O54A 1JJKA 4ZQCA 3G3MA 1OJXA 3G0XA 3E0IA 3SW6A 4GWEA 5DY2A 4PFMA 2NV1A 4Y6GA 2QCDA 3QMRA 4POCA 3FKKA 3PG8A 5AC6A 4CLMA 4FO4A 2V5LA 4UTWA 3SFKA 4TMBA 1IGSA 1KV8A 4BK9A 4JNMA 3FJLA 1OK6A 1TCDA 1NVMA 1ZFJA 4Q4KA 1VCGA 3BLEA 3EEGA 2OJPA 3T44A 2CWNA 1JUEA 3GR8A 4LVGA 5HWNA 3IIOA 3UWWA 5DCBA 4BI5A 2A7RA 1RV8A 3GYEA 1W31A 2QJIA 1PHQA 3I7QA 1I2QA 3STGA 3IVUA 4DPPA 1FWRA 3OBKA 2G96A 2VFEA 2E68A 3C61A 3LCHA 3LHZA 3LCLA 2JK2A 2C0AA 2VXNA 2E5CA 3GKFA 3GB6A 4LV4A 3L5AA 2R91A 1GWJA 1XBXA 1YTDA 3MP3A 5LNVA 4R53A 3PBVA 4JIQA 4ZL1A 3TAKA 1ZJIA 3W2JA 1ZAJA 3RNDA 3N73A 4MVAA 3QQ1A 3EWYA 1Q6LA 1H1YA 1GPWA 3TH6A 2YFNA 2CLOA 3G0SA 4D2JA 1ME9A 3JS3A 1C8VA 5CPLA 3MI2A 2WKJA 1W54A 3NZRA 2ZRUA 2GPTA 3RFAA 1H51A 1EP1A 3MMTA 4PEKA 5IBXA 2FLIA 3NA8A 3PF3A 1TV8A 1TTQA 1VYRA 4H4IA 2CZ5A 4FXRA 2QCLA 5A5WA 4IWWA 2OZ0A 3B05A 2I9EA 1N7KA 4AEOA 1WX0A 3B04A 4HNUA 2CLFA 3RF9A 3DBPA 1XM3A 4JTTA 3B0PA 5HUPA 5D30A 3P60A 3UXAA 4ORIA 3GDKA 3QF0A 2C6QA 4LC6A 3N2XA 3A5VA 5DCDA 1TPB1 3C2RA 5KMYA 1KLZA 3SIZA 5LGZA 3HG3A 3JRKA 4JY8A 2A5HA 1AMKA 2CLLA 2GQ9A 3BARA 4O16A 4FNSA 5FF0A 4K7YA 1ALDA 1Q6RA 5A8GA 2XN1A 4TIMA 1NAL1 2RDTA 5AC7A 1DJQA 3PVFA 3W7JA 1W5PA 1KM0A 2Z1BA 2E5BA 3LV5A 1FCBA 4K7VA 1F74A 4IPIA 4A3UA 3WK1A 3NQFA 4FF7A 3TR2A 1MSSA 3UWUA 3P82A 3S8HA 1AW5A 3WK2A 1YYAA 3E96A 3W1TA 3TQVA 4LNYA 1I4NA 2GJNA 3W1XA 3QJAA 3DI1A 1SZNA 2NXIA 5F2GA 3UY7A 1SZEA 2HMCA 2XN2A 3M6YA 4NZFA 3G22A 4NT0A 4X3ZA 3HIJA 3O1NA 3N2MA 1Z44A 3C2OA 3A22A 5TBOA 3NQ6A 4ICNA 5BW6A 1H62A 3M16A 3CWNA 1ME7A 4N9BA 4MZYA 4M6QA 1LM1A 1QR7A 1H61A 3TK7A 3L0GA 3C2VA 2E1DA 3PC0A 2ZZ2A 2AGKA 1FWSA 2X1SA 1DQXA 1AK5A 3L0NA 4NX5A 1YLVA 4IQLA 2ZCGA 3W23A 2R14A 2Y61A 1UUOA 2QCDB 4Z1CA 2DORA 2ATSA 4JTHA 3W1QA 1Q3NA 1LTDA 4FX6M 1TTPA 5C54A 4YWIA 1Z42A 2Y70A 2FPVA 4WZHA 4ZZ9A 4O53A 4JTEA 3LCFA 4HSNA 1M7PA 4H3DA 2YGYA 4UXDA 5HR7A 4DF0A 2A2IA 1K03A 4LT9A 3MHFA 1OFQA 5CSSA 2VEIA 5AHLA 5L9FA 4O28A 2J6XA 5FEWA 1A5AA 1YXCA 5F2IA 3F4NA 2F7FA 3PWAA 4C1KA 1FBAA 5I3FA 3P84A 1UCWA 4O17A 4Y96A 1FY6A 1O5XA 1ME8A 4DF1A 1H7RA 2A7NA 3QW3A 1T0OA 1AG1O 4UTLA 2PCQA 3GDRA 4KWVA 3HF3A 3SY5A 1KFLA 4U28A 3IGSA 3P7YA 4C1LA 2QCFA 1L6YA 1X8FA 4EWND 1RPXA 5MHBA 3LCIA 3Q2DA 3DKJA 2E09A 4DBDA 2ABAA 2EKCA 4M19A 3LXAA 4IMGA 2ZZ3A 2WJZA 3EWXA 3QQ0A 3W74A 3SI9A 4NVTA 1LCOA 2BX7A 2WSQA 3L2IA 1KFJA 2JKEA 1UASA 3TXVA 4GJ1A 1JCJA 1SO6A 1JR1A 1F6PA 3O6CA 2ZTJA 5CKSA 4RZ4A 2ZRZA 2ZYFA 4WUIA 3UZ5A 1PCWA 1NSJA 1PIIA 3IIPA 4LRSA 4GRSA 1IXPA 4L4MA 3CU2A 5D09A 3OVQA 4WY0A 1DHPA 1SPQA 1XCFA 3USBA 2C19A 3WJYA 4Z1DA 1LRTA 5G1TA 4DPQA 1P0NA 5K9XA 3UXDA 2ZFAA 1OFOA 3OEXA 1O94A 1GVSA 2YW4A 3W75A 1VJIA 4CCCA 4N4QA 3LM7A 3LI0A 4UIOA 4GUIA 3WFAA 2V82A 4MPQA 4QAIA 5KZEA 3PBYA 5DY3A 2YXGA 1MEHA 3CEUA 3NNTA 3DFTA 5D04C 3NOEA 3NL2A 5AYZA 1ICPA 3HG2A 1TB3A 3UYCA 3S1XA 4PC8A 3STCA 3MYPA 1EX5A 3ANYA 3QMSA 5AHFA 3UQNA 3UD6A 1TTJA 2QJHA 3TKFA 5IM51 4MY9A 2FPTA 2V0TA 1SSGA 1VH7A 3W86A 2NX1A 4M7TA 1FWTA 4EVZA 3DKLA 4IMFA 3W88A 3W7HA 4O1CA 3B4UA 1YXDA 5F1UA 5C2XA 2YX0A 1JCYA 1KM1A 2HSAA 2FPYA 3G1HA 3FEMA 2VFIA 2G95A 1J2WA 4UTKA 2E6YA 5EBUA 4DEFA 1M6JA 5F4SA 4JDYA 5I3KA 2ISWA 4AB4A 1S3HA 1I45A 3NPVA 1PL9A 1FCVA 5G2WA 1OYAA 4RZ5A 5U4NA 5AC8A 3CTLA 1KBJA 1CI1A 1JQXA 4PH6A 1JCMP 1D3HA 5CZ0A 1JRBA 1XKYA 2ZRVA 3LTPA 3T78A 3W7IA 1L9WA 3QRHA 1L6SA 3W7PA 4MYXA 5CZTA 3LDVA 3KVJA 2J24A 1G4SA 2A1YA 2QCNA 1FCQA 1OX6A 3P8JA 1DKWA 1YDOA 1A50A 3CEPA 5D2YA 4QSHA 1FXPA 1OABA 1XDLA 3YPIA 2YCEA 4AHPA 4O19A 1O60A 4NJJA 2Y88A 4ZQRA 5TIMA 1G4PA 3A21A 4FNUA 1PS9A 3EKZA 4IGHA 1ONRA 4UFMA 5DBUA 2AQWA 1TRDA 3NPXA 5EY5A 2J9YA 4O1BA 1EIXA 4OV4A 1EA0A 4PL1A 2VENA 1A53A 4JY9A 1TQXA 5LKYA 5HR6A 3H54A 5LHEA 4IUOA 1XL9A 3QMTA 5C6MA 1YTEA 3PAJA 1O5KA 3CB8A 1OFRA 4N6FA 3TCEA 1R46A 4FB7A 4E2BA 2V30A 3C3NA 4IPJA 3SJ3A 3PG9A 5EKYA 3C52A 5D32A 2P0OA 1TTIA 2LLEA 3W22A 2E6DA 1YPFA 3WJWA 3TX9A 4XUGA 1HFBA 3L5MA 1IIGA 5J5RA 3TXZA 4TX9A 3G0UA 4WQ6A 1QCWA 4MJMA 3ZR4A 2WSYA 4DO4A 2QDGA 2JKPA 2CLIA 2ZA1A 3BK0A 2Y85A 2EGZA 5BMWA 1D3GA 2OMAA 3G18A 3HG5A 5G2IA 3TMQA 1JCLA 4UTJA 4XKYA 3M7WA 4IX2A 4JYEA 3N9RA 4K8HA 3BLFA 5L6UA 2Z6IA 2WO5A 4KKXA 4WY0B 3NQDA 1SO3A 2ZTKA 1N55A 2FB3A 3W7EA 2PC4A 4DQWA 1XC4A 2B0MA 2NWSA 3FIGA 2PRLA 3KRSA 3W7RA 1TV5A 3M9YA 4E0CA 5LNUA 5E93A 1OVDA 3Q37A 1PHWA 3FJ6A 4XTDA 4HNNA 1LLWA 2JKAA 2W0UA 3MYOA 1TJRA 1GVQA 2A6LA 3KVKA 4UNKA 5K3VA 3RLVA 2X16A 3L9CA 3W7CA 1RQHA 3NZ1A 2A4AA 1YADA 3KHJA 1VRDA 2HS6A 2CLKA 3PUEA 3TMLA 4WOQA 4GUJA 2QUUA 2ISSA 1T99A 4K39A 5D33A 4HIBA 4PA8A 5LNRA 3KOFA 3HO8A 3M43A 5FF7A 1OFEA 3NM3A 1LP6A 4JTFA 1FX6A 2NXHA 3INPA 5HNRA 1VCFA 4UNLA 1JCXA 3UNDA 2C14A 3PR2A 3GNDA 1BWLA 4M6VA 2A21A 2BTMA 5AB3A 1H7XA 1LRNA 4KFOA 1QAPA 4HNTA 2YPIA 3JR2A 3G3DA 3B0VC 1R2TA 2ZZ1A 3PM6A 5J5DA 4XQ6A 3BGJA 2BSLA 4RX0A 3W07A 3MO7A 4ZVJA 5LNSA 3G1DA 1TPWA 1WXJA 3LHUA 3LHTA 4LS0A 1GYLA 3NXFA 3W1AA 2PRMA 1LLZA 1BWKA 1IXOA 3OIXA 2FFCA 2QUVA 4O4WA 1OFDA 1WOBA 1KM6A 2V5BA 1H7OA 3S5ZA 1GOXA 3PUOA 3W3OA 4PODA 3R2GA 3MBFA 5CPOA 3MI3A 4Y90A 3TDFA 2B4GA 3TW7A 2DZTA 2GQ8A 5H2ZA 3EX4A 4CCDA 5BMXA 2Y7EA 4UCGA 3NPWA 1SSDA 1C29A 2Y7DA 3DH7A 1V7YA 3OVRA 3BW3A 4ML9A 3GIYA 3NDOA 3A23A 1RR2A 3FS2A 4HN4A 3V75A 3UZJA 4N02A 3LHVA 1B3OA 1KM4A 3GXTA 3KRUA 1LROA 3RU6A 3G8RA 2RKXA 2H8ZA 5AOUA 1TIMA 2ZZ6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2V5J A;  3UG8 A;  3EWB X;  1IR2 A;  3APT A;  2W61 A;  3M41 A;  1JEZ A;  2OB3 A;  3MSG A;  2V3G A;  4B15 A;  4YTU A;  2WK2 A;  3GXI A;  1GVF A;  3EWU A;  6TIM A;  1TVP A;  3KOW A;  2EHH A;  3GVQ A;  4Z42 C;  2DV0 A;  1TJ2 A;  1IIH A;  1OT1 A;  5LXX A;  4LUT A;  1RJP A;  2VX5 A;  5CBI A;  2EF9 A;  3MPG A;  4C6L A;  3AIS A;  4UTH A;  4IOT A;  1EEX A;  5E0F A;  2ZIC A;  1XLD A;  4B2D D;  3QGK C;  1B0I A;  2FTP A;  1LG2 A;  1UP0 A;  3K1D A;  4A3Q A;  1QML A;  1UZ1 A;  4GNJ A;  2GVL A;  3O06 A;  2GVY A;  3LB0 A;  3R94 A;  3DEC A;  1IZC A;  4GUG A;  4HMC A;  2RFG A;  1S5V A;  1TX2 A;  1XPG A;  1R85 A;  3AYV A;  4GQR A;  1JRC A;  5AEC A;  1GQN A;  1UWS A;  2WVT A;  1R9Y A;  4XAY A;  5JIP A;  3C8F A;  4IIG A;  1BQG A;  4O52 A;  4Q8T A;  4LV9 A;  3WFL A;  4HCD A;  7TIM A;  4IPL A;  4XD3 A;  2QCC A;  4WJE A;  1KM5 A;  4A35 A;  1EZW A;  4LYK A;  1L8N A;  1SJB A;  3QPE A;  4GZ7 A;  5DO8 A;  1S5W A;  3TTO A;  3GG1 A;  1XQL A;  1F4H A;  1Q2S A;  1JPD X;  5CSR A;  4PUE A;  4W88 A;  1O5Q A;  1EWD A;  2QJM A;  3K1G A;  2DSZ A;  5CZS A;  2X1U A;  1VFF A;  3HBL A;  4QX4 A;  4CEX C;  1U5J A;  1H2J A;  3ZVI A;  3MMU A;  4NAF B;  3FHA A;  4C7F A;  2PDU A;  4EXA A;  4YL2 A;  3V35 A;  4B2D A;  4EPE C;  3E38 A;  3OIH A;  3PSV A;  1T5A A;  3PPC A;  3AUO A;  7ENL A;  2E6F A;  1OWQ A;  5FJJ A;  4H6R A;  4EAC A;  1A5O C;  3P62 A;  5AYY A;  3TZF A;  1LWI A;  3MMD A;  2O56 A;  1QNR A;  1UA3 A;  1HO1 A;  4XBK A;  3O8A A;  1AL8 A;  1WOA A;  1WDD A;  4JQA A;  3LCX A;  1PVN A;  1M5W A;  4ZMG A;  2HIS A;  1SGJ A;  2YYT A;  5C0Q A;  1FTX A;  5EA9 A;  2OR2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VFEA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations