2VFEA

Crystal structure of f96s mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase with 3- phosphoglycerate bound at the dimer interface
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHSERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 89
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfeA00
1FDJA 4FNQA 4MOZA 2DZWA 2F84A 1QR7A 4OT7A 3PB2A 5DCBA 3GAYA 4Q4KA 3F4WA 3KRUA 1KM0A 3DENA 3TQ0A 2G97A 5F4WA 1XC4A 3MBFA 4CQAA 1EEPA 3LGEA 3O06A 1WXJA 1G4TA 3LCFA 3LDVA 1LRTA 1B4EA 1QPOA 3LXCA 4IQLA 3HG2A 3AJXA 3HF3A 3W76A 5ABTA 1TV5A 2ZTJA 1BWKA 4JTUA 1ME7A 7TIMA 3VNDA 2JBMA 4Y96A 5HULA 4RXGA 1OX6A 3S5ZA 5D30A 1W0MA 5FEZA 3ABQA 5DCEA 4AHOA 1TPWA 2RDUA 2YW3A 2ZTKA 1SZFA 2QCDA 5D38A 5C2XA 2DZPA 3W2UA 4IMFA 4JGDA 1KLZA 2GJLA 1R46A 3GR7A 3KHJA 2TSYA 2PC4A 4HT3A 3W74A 2TPSA 2ZBTA 3L68A 1UJPA 5GVJA 2Z6IA 3LBMA 1JCYA 4M6PA 2GVLA 3UXDA 4M6QA 4N9DA 4O54A 1L9WA 5CZ0A 5FI8A 4A22A 1DVJA 3PG8A 2E6FA 1NAL1 1B3OA 4HNTA 1YDOA 3NL2A 3W1XA 1LM1A 4ZMGA 1W3TA 3QW4B 3DI1A 2R94A 2ISWA 2XFWA 4EVZA 3F1QA 2YDAA 4UXDA 5BW6A 1SPQA 3E96A 3G0XA 1VCFA 1IGSA 1ZCOA 2X30A 3MJYA 1O94A 2CLKA 1Q6LA 1FCUA 1ZAIA 4AHQA 2X1RA 3G1HA 1HFBA 1XKYA 3GXPA 4N2YA 3BO9A 4HSOA 3S5YA 4KKXA 2XN2A 4UTIA 1TJRA 4HIBA 2WSRA 1SU5A 4UC5A 3IIPA 4JDBA 3HPSA 4AXKA 4GWEA 2A7NA 3EWXA 3QZEA 1WOBA 5T26A 2Y63A 4MY9A 1FXPA 2VEMA 2QCGA 3QQ1A 4MZ8A 1RQBA 4HNVA 2EHHA 4IX2A 1SZEA 3KFTA 3Q2DA 5BRBA 3GKFA 3M41A 1VR6A 3N19B 4FIQA 2A5HA 2ZRXA 1VZWA 1OFDA 1MZHA 1D3GA 2CU0A 3E49A 1HL2A 3G1FA 1KTBA 2B7OA 3LERA 3LCGA 2DZVA 3I68A 3W7LA 5AYYA 4QQ3A 4K36A 2VENA 1OHLA 3TA6A 4OHQA 2VFDA 4YLWA 5CZSA 4JIQA 4K39A 5D2XA 4ORIA 3ZFHA 3P60A 3P8JA 1QDSA 4CQ9A 3TMLA 1F6PA 1RD5A 3NQDA 4UMBA 2QR6A 2WPBA 3DXIA 3TSDA 3DHFA 4GXMA 3R5EA 1LBLA 1VQTA 2V9DA 5I3KA 2BWGA 3CIXA 3QPZA 1R47A 3FKRA 3HGRA 4RKAA 1ML1A 1R2RA 4MKNA 2ZZ5A 3THQA 2W0UA 4O14A 2Y7DA 1GT8A 5FF4A 2NV1A 2NUYA 8TIMA 2ZCGA 5K3VA 3IVUA 5F2MA 4JR5A 3NGJA 3UWYA 3CPRA 3TV8A 1DBTA 5K4ZA 1XXXA 3BW2A 1OX4A 4Y8FA 3K30A 6TIMA 2GQ9A 2X16A 1N7KA 1W5QA 2AGKA 1TPVA 3QMRA 4R7JA 3OVPA 5KZDA 3IIZA 5D32A 3SI9A 2NUWA 3W1TA 5DBTA 1J5TA 3TC6A 1KFJA 5HR7A 4HNNA 1VS1A 4AAJA 3QSRA 1QO5A 1FBAA 3O6CA 4UFLA 4HN4A 4LWWA 1FDZA 1TPDA 4JY8A 5DELA 1A5BA 3VE9A 4XZ9A 2FJKA 3C6CA 1BWLA 1OVDA 2CZDA 2GOUA 3FLUA 2VFGA 4AMAA 1QOPA 2Y88A 3BLEA 3W7OA 3HGOA 5BMXA 4RJEA 4O50A 2NUXA 2CLFA 2E09A 1FQ0A 3OEXA 4UFIA 3GK0A 2EKCA 4JTTA 1G4PA 3RLVA 4QNEA 4O0ZA 1XM3A 2RDTA 3M16A 2QCFA 4FIRA 2ZYFA 1W5PA 3E9AA 3UD6A 3BVJA 3G8EA 1TTPA 3GIYA 4LUIA 2JK2A 4Z0JA 2HSAA 4R33A 1X7FA 2OMAA 3VI2A 5G1YA 1W31A 3EWBX 4BF9A 3B8DA 3W1NA 4UTUA 4DO5A 1SO4A 3S9YA 4JTEA 1EUNA 4RZ4A 4NJKA 4XBKA 1JCMP 3O6YX 1S5TA 4K38A 1KFBA 3MYPA 5AC8A 4ZZ9A 3EXTA 2TRSA 3F4NA 4NNAA 4PFMA 2H8XA 2ZZ2A 3UZJA 3VFLA 5K2ZA 1YXDA 4KFPA 4CLMA 3O6DA 1R2TA 3NO5A 1QWGA 1TYGA 4DBEA 4K7YA 2ZRUA 2ZA3A 2CLMA 4O4VA 3W83A 4OV9A 1GPWA 3C0JA 1B57A 3IGXA 1H7PA 5LNUA 3DHDA 1A5CA 3QW3A 2KZHA 4O57A 4JS3A 1W5MA 1I8JA 1KFEA 2AAMA 1G69A 1KW1A 1NF0A 4H4IA 2CZ5A 3RMJA 3W6YA 4O53A 1PS9A 3WK3A 2FB2A 4UMAA 1O60A 3B05A 4ICNA 1U5JA 4LT9A 1AG1O 4Z08A 1OFQA 1P1XA 2ABAA 3LXBA 1KM3A 1R2SA 3PVFA 1K02A 4RZ5A 2ZZ7A 3LI0A 4FNRA 4NU7A 2E6AA 1UB3A 4K6AA 1KM5A 4UTMA 1XBXA 4PL1A 2YGYA 4M7SA 2DZSA 4JICA 2V82A 2YSWA 4WOZA 5D04C 3MP3A 3TW6A 4DEFA 1TQXA 1FX6A 3WK2A 2FDSA 4M19A 2RFGA 5K7JA 3T40A 1YXCA 1THFD 1G67A 3C2RA 4JTLA 1DL3A 3BK0A 1DQXA 3B4UA 3NPWA 4IJBA 3OA3A 3G1AA 4FX8A 4GUIA 2NV2A 2WNZA 1WQ5A 2A7RA 1GWJA 2C15A 1HO4A 3UWVA 1OYBA 5HQEA 3G18A 2A2IA 4O4WA 3TQVA 4GFSA 3B04A 4DXVA 5LNRA 3MWAA 1L2UA 3CWOX 3C56A 3P80A 4JEQA 5KINA 1QNVA 1F5ZA 1TPFA 4UR8A 2NXIA 1LLWA 1DJNA 1S3HA 1I2PA 4WQ6A 4LNYA 5U4NA 4UNLA 1C29A 3BGGA 1BEUA 1LRQA 3SW6A 4WOQA 2C6QA 4PTNA 4MJZA 2PRHA 3T78A 1YDNA 4ZQOA 4CNNA 4MYXA 1TPUA 3C52A 4LV9A 2ZZ6A 1RVGA 2P0OA 3A21A 4MLJA 2PRMA 5D2YA 5HMSA 4H3DA 2X2GA 4GRSA 1M7PA 1ZAHA 1W54A 4ML9A 4XUGA 5DBUA 1OK4A 3IIVA 5AC6A 2CLHA 2CLEA 3PUOA 4JYEA 3UZ5A 6ALDA 4DF0A 3INPA 3EWUA 3EWWA 2NWSA 3EWZA 4XQ6A 2V2DA 3L21A 4O19A 2EAWA 2NZLA 1EP2A 4NJIA 5G2HA 3WJYA 4I9AA 3HBLA 3CHVA 3LHYA 1W3NA 3S5NA 4IWWA 4JX6A 1LROA 1ADOA 1OYAA 1ZY9A 1LTDA 3WJSA 4A3UA 4AVFA 1G4EA 1X1ZA 2JGQA 4GUJA 3BPWA 3N14A 3TX9A 3RLUA 1UUOA 3W7DA 3TCEA 5J5DA 2Q8LA 3W3OA 5E1QA 4AF0B 1IXNA 3PSWA 3QM3A 4O17A 2EF9A 5FESA 2ZRZA 4HPJA 1SZGA 2VEIA 4MY1A 3LCHA 5HJLA 5TQLA 2Y7FA 3VE7A 4L4LA 2WOQA 4ADUA 2BTMA 2JGYA 3UNDA 1QCWA 4Z1AA 4PL2A 5E93A 4LU0A 4JTKA 4XTIA 2CW6A 4Z1BA 5EY5A 3L5LA 4I7WA 4KFOA 3NQ8A 5A8GA 1YXYA 3O05A 3QMTA 4A2RA 4YCPA 4AHPA 3GKAA 3LTYA 3Q37A 4C1LA 4O16A 3LI1A 4X2RA 2CZEA 1KV8A 3CTLA 3I6RA 3PY2A 1OF8A 2NLIA 1I2RA 2ZRWA 3W1QA 1A53A 3KRSA 2WV8A 2VOMA 4HNUA 2E6YA 4JYFA 2FB3A 2YCEA 4LVFA 5F4XA 1O95A 4UTLA 3U8GA 1J2WA 3TROA 3OBKA 1XCFA 1WYIA 1IIGA 2QDGA 3NQMA 3UY7A 3D0CA 2NX9A 3NM3A 3H55A 1MEHA 1W1ZA 3MP5A 1TSIA 2E6DA 3CEUA 1V7YA 3LV6A 2QCLA 4O28A 1Y0EA 1SW3A 4S1FA 4POCA 2FIQA 3DH7A 4NXKA 1WAUA 3QSTA 3DKJA 1A50A 3G1XA 4G1KA 4BI5A 1H50A 1I2OA 4AWUA 5DY3A 2C19A 2CWNA 3STCA 3FYOA 3NG3A 1VYSX 1K7XA 1I2QA 4LRTA 3WK1A 5HINA 4KFNA 3P5ZA 3SJ3A 3GDKA 3ABSA 2VELA 3LOTA 4E38A 4DF1A 3QQ0A 4FXRA 4R34A 4I7UA 1KM6A 3LCXA 3MMTA 1OABA 3A5VA 1GG0A 4MPQA 1TPC1 4NZFA 2A6LA 3TFCA 1F76A 1FWTA 5DXYA 2GQAA 1JCXA 3UWQA 3N73A 4CCEA 1L6YA 4K8EA 1M7OA 4DELA 1VYPX 3ATZA 3W07A 3W2NA 3HIJA 3W7RA 4GUHA 3TAKA 2Y7EA 5AHIA 4YWIA 3LHVA 4RCXA 3SFKA 5FEWA 1S5VA 4N9CA 1TV7A 1IXOA 1GVRA 4NJGA 3SIZA 2H3DA 2R91A 2H6RA 3A22A 2GVJA 1VCGA 2A1YA 3RU6A 3TDFA 3W2KA 4N4PA 1WV2A 2ZA1A 3RK8A 3B0UX 4ADSA 5DLCA 1IF2A 1VHCA 1JR1A 3EX1A 4XKYB 3N9SA 3BLIA 1KTCA 3L66A 1ME9A 2VEKA 1XI3A 3JS3A 3MHGA 3NDOA 3S1WA 1W37A 2ZZ1A 3BGJA 4N6FA 4O18A 3IIXA 3LCIA 3EX2A 1S5WA 3EX6A 2YPIA 3SZ8A 3HOJA 2WO5A 4HKPA 5I3IA 2YR1A 1EA0A 2H3BA 4MVAA 4BI7A 1YTKA 2A7PA 3TAOA 3CIWA 3B0PA 3R13A 1N8FA 1I4NA 5FF2A 4FX6M 2NWRA 3R2GA 5AYZA 3G1SA 1AL8A 3L2IA 4TX9A 3KVJA 1QMLA 1RZMA 1OFEA 4KWVA 3O16A 1K7FA 3PUDA 3FA5A 5D09A 5LKYA 2QUUA 1X6UA 5EKYA 2WJZA 2ZQ0A 4DO4A 4JYDA 2R14A 1T96A 1LYXA 4MZYA 2P10A 3O63A 4NJHA 3TU9A 4MZ1A 3KVLA 1XDLA 4MJMA 4YL2A 3W73A 1FWNA 4NUWA 3L67A 4W9TA 1XBVA 1CW2A 3BV4A 1W5NA 2W6RA 1R30A 1KFLA 4UR7A 1KA9F 3TXVA 2Y70A 3NEVA 4PCFA 1TB3A 2TMDA 2YYTA 5KZEA 2RKXA 2Y6ZA 3WJWA 3N2MA 4MY8A 3EXRA 1SO3A 1DHPA 1J4EA 1FUYA 3P61A 3NYZA 2NXGA 5H2ZA 1ZALA 1KM1A 1VH7A 2E77A 4TMBA 3QJAA 4GUGA 1TO3A 3GDRA 2LLEA 3BG3A 3GAKA 1IXQA 2H90A 1UCWA 3HGSA 3PAJA 3C4UA 2X1SA 3P84A 3LLFA 5I3GA 1SO6A 5G4EA 5H91A 3VKJA 3UPBA 3CLMA 1O4UA 3STFA 3OVQA 4ZQPA 1AW5A 2CLLA 5C54A 4Y6GA 2FFCA 3CEPA 3GYEA 3B06A 3NOEA 4FNTA 2ZRYA 5HUPA 1H7RA 4ADTA 3RNDA 3SECA 4Z0SA 3T4CA 4YMZA 1YPIA 1H7XA 4L4MA 1SR9A 3W1AA 4PH6A 3S42A 1VPXA 3N3MA 1JQXA 3UWWA 1PIIA 5KZMA 1C9DA 1GTHA 3M43A 3QC3A 4QNWA 4WY0F 1A5SA 4LUJA 2BXVA 5HWMA 4B5NA 3KX6A 4O11A 3L5AA 3O1NA 4UFHA 1SW0A 3W7QA 2C18A 2QKFA 4X9SA 1RQHA 4ORMA 3TH6A 1SFJA 3S1UA 1Z48A 4PEKA 4R53A 3NZ1A 3W22A 3P7YA 4EWND 2EPHA 3LRKA 2YFOA 5EPDA 3WFAA 2B0MA 4E2DA 1NVMA 2BLEA 3STGA 4LW7A 4GNJA 4IUOA 3FKKA 3G1DA 3OIXA 4OE7A 3LRMA 4ZQRA 1Z44A 1VYRA 4JY9A 5AN7A 3FIGA 4LC6A 3UY8A 3NQGA 4MFEA 2FQIA 2V2HA 1WBHA 2VFIA 3G3DA 2PE4A 1ICPA 2WNNA 3NQFA 1JVNA 3TW7A 5D02A 1K8YA 2Q8ZA 3QF0A 3FJ6A 2O7QA 5CKSA 1FCBA 4AWTA 1K03A 4UTWA 2Y62A 5F1UA 3W7JA 4K7VA 1L6WA 2E68A 3SSJA 4LRSA 3W7NA 5J5RA 1OFBA 3GNDA 3NQCA 3AO0A 2WQPA 3W7MA 2FPTA 2H8ZA 5G4WA 1YDVA 3M47A 1PV8A 3M5ZA 4A29A 2Y7GA 4QIUA 3GR8A 4LS2A 1G7VA 4WXYA 4RZ6A 5F2GA 3PS7A 4JTJA 3PWAA 4IMGA 1SUXA 3PB0A 3N34A 5AFDA 3G0UA 3LHZA 4AH7A 3IIOA 3HG3A 2C3ZA 2NX1A 2PURA 1QPNA 5D2TA 2NXHA 2WSYA 3HG5A 1PE1A 3NR0A 2BSLA 3LHWA 3I7QA 3BLFA 4IMDA 3DFTA 5CG7A 4HHPA 1ZAJA 1LORA 3PC0A 4IPJA 2VXNA 3U2OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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