2VFFA

Crystal structure of the f96h mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase
Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHHERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS8 (228-231)S1 (6-10)TI2 (34-37)3H4 (233-236)S3 (60-63)TIV1 (11-14)AH4 (96-102)AH2 (48-54)AH1 (17-29)3H1 (45-47)TIV2 (56-59)S4 (90-93)TII1 (74-77)O1 (72-74)AH3 (80-86)AH5 (106-119)S6 (160-164)TIV3 (92-95)S5 (122-127)AH7 (138-149)3H2 (151-153)TI3 (156-159)3H3 (167-169)AH6 (131-136)TIV4 (154-157)AH9 (198-203)TIV5 (169-172)S7 (205-208)TI6 (223-226)AH10 (216-222)TI5 (213-216)AH11 (239-247)S2 (38-42)O2 (165-167)AH8 (178-196)TI1 (33-36)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 98
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vffA00
5FEZA 4QAIA 3VE9A 3W7LA 2WNZA 2A85A 1H7OA 4IOTA 1K7XA 4NNBA 5DN1A 2QR6A 3IVSA 3BLIA 2A7PA 3NQDA 4JDYA 2X30A 4LC8A 1QMLA 3FLUA 1YTDA 4X22A 2V0TA 3W7JA 1VRDA 3DZ1A 3HGSA 3PSVA 4DO5A 4O12A 1LOQA 3R13A 2G96A 4MZ8A 1EX5A 1EUNA 3O6YX 4B5NA 3HIJA 1GG0A 4R53A 3MI2A 2Y63A 3K30A 2CLIA 2V81A 1R30A 1TQXA 4JEQA 1N8FA 3TSMA 1CX9A 3B0PA 3LCGA 5HINA 2GVGA 4O4WA 3PB2A 5LKYA 5KZMA 3TDFA 1G4SA 4K6AA 2GQ8A 3SSJA 1LORA 3NOEA 1BWLA 4LVAA 6TIMA 4H3DA 2QCDB 5BOOA 4UMAA 5FI8A 1OFBA 4Y8FA 4KKXA 1MZHA 4GUGA 2ZZ3A 1NAL1 1GYNA 2JKEA 3BO9A 1D3HA 3W2UA 4EF9A 3T44A 2JKAA 5HWJA 4U4MA 3QEZA 3W1NA 3KOFA 3W75A 3QM3A 4NJIA 3P80A 4MJMA 2FPYA 1QCWA 2G95A 2ZDRA 2ZZ4A 4UR8A 3W07A 3LB0A 1WDWA 4UTIA 2QF7A 1H60A 4FX8A 4O19A 4FNUA 1FDYA 2VENA 2Y85A 3P74A 3G22A 5CG7A 3THAA 4AH7A 1R2RA 1AMKA 3W23A 2GJNA 3QMSA 1PV8A 1PCWA 2A1YA 5U7SA 3TC6A 4UFKA 1VYSX 3LRKA 3FJLA 4IMDA 4UXDA 4DXVA 3W1AA 1P0NA 1YDVA 3PVFA 4NU7A 1UASA 4UNLA 1ME8A 1AW2A 2J9YA 4ORIA 3NAVA 4MJZA 4UCGA 2Q3RA 1K02A 4Z0JA 3G1XA 2FIQA 4HNVA 4IJBA 2TRSA 2V2HA 3A21A 1EIXA 3S1XA 2A21A 1W5MA 4O14A 1T8XA 2VFHA 4JTJA 1M5WA 4KFOA 5CSRA 3P5ZA 4L4MA 2RDUA 2CZEA 1O94A 3TH6A 2G5WA 1XI3A 3L5MA 3PAJA 1VYPX 3RNDA 1PL9A 3C8FA 1LZOA 3BGGA 3PBUA 4LC6A 3GDLA 1KTBA 1THFD 3E96A 2GQAA 3LHWA 4MVAA 3NL3A 1F5ZA 2FPTA 3N9RA 1NF0A 1VH7A 2DZWA 3DFNA 3LI1A 3MW7A 5DLCA 4A3UA 3ELFA 4AWUA 5EPDA 4FNSA 1GVRA 4UTJA 3KVLA 2A6NA 5T26A 3P82A 2B7OA 3EXSA 2BTMA 3NZRA 1V7YA 4JTFA 4O13A 1G69A 3PUOA 2ZRYA 5D02A 1LLZA 4BI7A 1DHPA 1X7FA 3Q37A 3CIWA 2I9EA 3S8HA 2WV8A 3UQNA 4Z08A 4DPPA 3DI0A 3NO5A 1M7OA 3LHVA 4P61A 4JX5A 2TSYA 2QKFA 4EF8A 2ZBTA 3MBDA 2B7NA 4O15A 5F4WA 4DQWA 4OWGA 2C6QA 1EP3A 3LXBA 1KW1A 2VFFA 1QPQA 2ZA3A 5J5DA 3R5EA 5D09A 2YFOA 3WJYA 1EWDA 8TIMA 5C2XA 1VPXA 1O5XA 4UFJA 3GAKA 4CNNA 1KFKA 3S1VA 1K8XA 4UC5A 4O1BA 3UZJA 3UWZA 3G3MA 4NZJA 4FX7A 2CZFA 2ZQ0A 1OJXA 1TREA 3CEUA 5I3HA 2Y7DA 1PS9A 1RD5A 1TPH1 5D04C 2RFGA 5KINA 4CQ9A 2C14A 3PY2A 2AAMA 1H7WA 4R7JA 3MMTA 3EWXA 3NM1A 3TE9A 3C4UA 2FQIA 1FWSA 3BW2A 1N7KA 1LYXA 1XXXA 5I3FA 3L0KA 2A0NA 4IX0A 3DFTA 3U2OA 5LZLA 3IIZA 1TV7A 1FCQA 2Y61A 2NV2A 3N9SA 2UV8G 3S6DA 2ATMA 5HJLA 2W0UA 3WK2A 3M5ZA 3BLFA 3TA6A 3W70A 4GE8A 4LT9A 5EA9A 4TU1A 5C6MA 1OFPA 2RDTA 4JXCA 3NEVA 4LUJA 1ZENA 5LNUA 1ME9A 2Z6IA 4PCFA 4FHAA 4ZQPA 2CFFA 1DORA 4JTEA 4LS2A 1T96A 1VGAA 3H55A 2CLEA 3G1HA 4XKYA 5F4SA 3Q94A 3ZWTA 3T55A 1D9EA 1FXPA 2Y6ZA 1OK4A 1G6CA 3TK7A 3QW3A 4N02A 4QNWA 1OHLA 3N19B 2FFCA 4NXKA 1ZAJA 2E5CA 1F73A 2X16A 4DEFA 1VLIA 1TTJA 4AMAA 4AWTA 4AEOA 1KFCA 3NL2A 4WOQA 3KX6A 3TMQA 3UXDA 2HSAA 3W87A 4XUGA 2OCZA 3A23A 4JN6A 4UFMA 1W5NA 3LHZA 2AGKA 3CPRA 3Q58A 3PM6A 1JJKA 1FXQA 1YDOA 1VZWA 3GDMA 1B3OA 1ADOA 4RX0A 2YFNA 2I14A 5EL1A 3EXTA 1TO3A 2QCNA 3SECA 1AL8A 4FXSA 3MYOA 1VHNA 2GOUA 2NXHA 2HTMA 5TBOA 5D2WA 4JX6A 4X2RA 2CLKA 3IVUA 2E1DA 3C0JA 1TTPA 4JS3A 4M7TA 4JTIA 4ZQRA 3T78A 2V9DA 4JR5A 3KAOA 5D2YA 3I7SA 2C1HA 3G1VA 4QQ3A 1W54A 3PC0A 5I3IA 2W79A 4GUJA 4GNJA 3TMLA 5G2IA 2LLEA 3WJXA 2EHHA 4JNMA 3LV6A 3W7PA 5LGXA 1L6YA 2R14A 1N55A 2O7SA 3GDRA 1M6JA 3PB0A 2V82A 4JTLA 4UTHA 2VELA 2ZYFA 3LHTA 4RKAA 4Z1BA 4FNTA 3B4UA 2QDHA 5LHEA 3THQA 2DORA 1LCOA 2JKPA 5CKSA 1ZALA 1GOXA 4WUIA 1MEWA 3IGUA 4OT7A 3TX9A 1MEIA 3OIXA 3WJZA 4GBUA 2E6AA 4Q32A 1SW7A 3TSDA 3CT7A 5DY3A 4O16A 1S3HA 1TPVA 4O54A 4ZQCA 4YL2A 3TJLA 1AW5A 1JCMP 1GPWA 3E9AA 4UFIA 2VFDA 2DZXA 3FFSA 5DBTA 5KSWA 3G0UA 3C2VA 4S1FA 3L67A 3C52A 2ZTJA 1B9BA 2C13A 5DCBA 4DBDA 2QCHA 4ZQOA 3GKFA 3DGRA 1G4EA 1IGSA 3OVRA 2B7QA 3EWBX 4MIMA 1EWEA 1SPQA 2GPTA 1JR1A 5F2GA 1DQXA 3TV8A 3INPA 3TFXA 2WO5A 1H63A 4O1AA 1WA3A 4RXGA 4IWWA 3QZEA 1M7PA 4N6EA 4MY8A 2ISSA 1Z48A 3WK0A 4LTSA 4NJHA 4MFDA 1H1YA 3TQ0A 3EWZA 4OU1A 3NPWA 3W7KA 4MYAA 3USBA 1J4EA 3CLMA 3GDTA 2NUWA 4Y90A 1FWNA 4A29A 2JBMA 1FX6A 4UR7A 3S5YA 3W1PA 4WQ6A 3W71A 1T99A 4UNKA 3UWVA 1JCXA 2YYTA 4IQLA 5FESA 3FKRA 3HGJA 1OFAA 1AK5A 1OYCA 2WJZA 3B8DA 1W3NA 1H62A 2E5BA 3IEBA 4N6FA 4A2SA 3LERA 3EWWA 3E0IA 4RXFA 5DBUA 3KFTA 4XZ9A 2F84A 3JRKA 4N9BA 4Y96A 1H7PA 4JYFA 3M43A 4LS1A 3MP4A 3UYCA 1GWJA 1YYAA 1IXOA 4E2DA 5LSMA 1TPUA 4FX6M 3BW3A 3S5OA 1SO4A 3HG5A 2TMDA 1OF8A 3NQEA 2EF9A 4DBEA 4HSOA 3IIPA 5D05A 2ZZ6A 3R2GA 4K36A 1H61A 4GC4A 4ADTA 4AAJA 2A4AA 4O0KA 2VFIA 1DQWA 1EUAA 1KLYA 2R91A 4DELA 5AN7A 1JVNA 3GLCA 2DZPA 3W2NA 1YPFA 1P0KA 2H90A 2Y89A 1GQNA 1A5AA 1HO4A 4RZ5A 3M16A 4NVTA 2ZRVA 3VNDA 4NNAA 2V5LA 5AHEA 1H50A 1UB3A 2BX7A 1HO1A 1KV5A 4DF2A 1Z42A 3N14A 4O8RA 4Y9AA 2J9ZA 1FDZA 5EYWA 1P5BA 3MO7A 3P84A 3O15A 1K03A 3C6CA 1F6KA 4OGZA 1H7XA 1NF7A 3C3NA 4WOZA 4UTMA 5CSSA 1HFBA 1Q6LA 3LXAA 3LX9A 4WY0B 4C1KA 3P7YA 4IX2A 2YZRA 3W7OA 1L6SA 1ZCOA 3IIVA 3VI2A 4I7WA 3LBCA 2FLIA 1QPNA 3PG9A 3OG3A 4GWEA 4OQVA 3EX2A 3LCHA 4JYDA 1Q6OA 2CLFA 4WD0A 5LHFA 1LOSA 1BKSA 3NNTA 3P5YA 5HQEA 2JGQA 3S42A 3DI1A 1ONRA 1NFBA 1H5YA 3TFCA 3A5FA 1A53A 2E09A 4LU0A 1DBTA 4R33A 2DZVA 2QJGA 4CCEA 4CLMA 3R12A 3SGUA 3NQ6A 3NQ8A 3BARA 3WJSA 2C15A 5CPOA 1R2TA 2CLHA 4A21A 5D37A 4BI5A 1QDSA 3GDKA 1OFEA 3R89A 2AQWA 1SR9A 4Y6GA 4XTDA 4MOZA 2HMCA 1FCUA 5K4ZA 4JTKA 3PG8A 1HG3A 3OVPA 1UJPA 3T7VA 1EPXA 1I2QA 4LVFA 4MLJA 1VHCA 1TPDA 3CC1A 4O57A 4OV9A 3LRMA 4NJJA 1C8VA 2TPSA 1W31A 4HIBA 4PA8A 3PSWA 3OHIA 5CZ0A 4LV4A 4TMCA 3NPUA 4OV4A 2YDAA 5G5IA 3MHUA 4K8EA 4DO6A 1ZAHA 4ZQNA 3QQ0A 1I2RA 3N2MA 1W3TA 2X1UA 2ZZ1A 3EX3A 1BEUA 3UY8A 1JULA 3DFPA 3L0GA 3C61A 3TIMA 1FDJA 3W7MA 1QFEA 1L6WA 1NVMA 3P67A 3M1ZA 1GTHA 3LCXA 1OFOA 2Y7FA 4M5PA 3I6RA 3LLFA 5D2XA 2RKXA 2E77A 4RK8A 5EY5A 2JK2A 4IPIA 1DKWA 3BLEA 2VFEA 2V30A 1JQVA 4O18A 3IV3A 1JCYA 3SFKA 4O10A 1ZY9A 5AC7A 4XBSA 4FNQA 2V8ZA 3MI3A 4BR1A 5CPMA 1TIMA 3P61A 3LCLA 4JX4A 1IIHA 2VEPA 1G4TA 2WKJA 3PWAA 5FEXA 3KHJA 4W9TA 5AB3A 4BWLA 1AG1O 4NQ1A 1TTQA 5I3GA 1O95A 4TR9A 4TIMA 3C2EA 1OX4A 2CWNA 1GVOA 1XBZA 2PRMA 5CPLA 5U4NA 3HBLA 4JYEA 3NL6A 4AWSA 2OT0A 5FF7A 3W22A 3G1YA 3QF0A 2BWGA 3EEGA 4MFEA 4BFAA 4NJKA 4LRSA 2FDSA 4IMFA 3UWQA 3W88A 3S1UA 3DBPA 2PC4A 1JCLA 1IF2A 3FEMA 3W2JA 3F03K 1VYRA 3DH7A 1VS1A 1O60A 1SFLA 2J6XA 1W3IA 1NSJA 3P8JA 1OFQA 4QJ1A 3STFA 1G4PA 1VLWA 2FPVA 5AYYA 5A8GA 4PC8A 1J2WA 2E6DA 4PL1A 5AYXA 1CI1A 2VOMA 2O7QA 4JTUA 4TMBA 5D33A 4QITA 3TUUA 2PRHA 3H54A 5F4XA 5EBUA 1TYGA 3SIZA 1LTDA 4EOUA 2ZRZA 4N4PA 3B0UX 1TCDA 1BWKA 1HUVA 2GQ9A 3FYOA 4CCCA 5LNVA 2DJXA 4EIVA 1YADA 1ICQA 1NEYA 1KTNA 3LXCA 5H91A 3RK8A 3NGJA 4HPJA 3LHYA 3SW6A 1MEHA 2B4GA 1QWGA 3GNDA 4KFPA 3G0SA 2DZUA 4QIUA 1TPEA 4HHPA 1TV8A 3W7EA 1S5VA 1TRDA 3C2FA 3HF3A 4N9EA 4UFLA 4PL2A 3W86A 3FJ6A 2EAWA 2E5DA 1DVJA 3ZS4A 1KLZA 4N9DA 1O4UA 1KBIA 1MXSA 1TV5A 2WQPA 3CWOX 1QOQA 3HPZA 1WV2A 1TJPA 5E1QA 4GUHA 3DU0A 4OBTA 2KZHA 1DV7A 4CNPA 5AHIA 3CEPA 5K2ZA 4LUIA 3VFLA 1TMHA 5K3VA 4Z1DA 3W7NA 4RCXA 3L68A 1XBVA 4PFMA 2NUYA 1KFBA 1W56A 4FNPA 3W85A 3GR8A 1SO6A 4JY9A 2ZTKA 2GUUA 4O28A 1TB3A 2YSWA 5KZEA 2QAFA 5HR7A 2GVLA 4MYXA 4UUIA 1E51A 1OG0A 3NQAA 1KM1A 4HNTA 2R94A 1ZFJA 4O1DA 2B0MA 4AF0A 5F2MA 2WOQA 3IIXA 4AXKA 5SWUA 6ALDA 4LRTA 5K9CA 3TXVA 1IXQA 1OYAA 4GJ1A 3TAOA 1GG1A 2A2IA 3JR2A 1LDCA 1A5SA 1OYBA 3HOJA 1VCGA 4J9JA 4AHPA 3FA5A 5DELA 3NYZA 3O63A 4JGDA 4RR4A 3EX6A 1QNVA 4M6PA 4LY8A 1LBFA 4MY1A 2YW4A 4NUWA 4QNEA 4D2JA 4LVDA 2DU2A 2QCFA 1GZGA 2Q8ZA 2C3ZA 3LHUA 2CW6A 4HSNA 1LRTA 5K9XA 4CNOA 3C2RA 3N2XA 3MP5A 1FCBA 3E12A 3KRSA 5E93A 1X1OA 2F7FA 3MYPA 3OBKA 4WXYA 4QSHA 3I65A 4EWND 1OFDA 1K7FA 4JDBA 3LLDA 5HR6A 4ONVA 1TPC1 1P1XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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