2VFGA

Crystal structure of the f96h mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase with 3-phosphoglycerate bound at the dimer interface
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHHERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 90
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfgA00
3MWAA 5BW6A 5KMYA 4GXMA 4Z0SA 3P84A 1PCWA 1Q45A 1YDVA 2ZZ4A 5E1QA 4GRSA 3E12A 3I65A 4WX2A 3BG3A 3TW7A 2Y63A 3S8HA 2B0MA 4XWUA 1TCDA 3ABQA 1VCGA 1QFEA 3NQ6A 1GZGA 1EIXA 1S3HA 3S1WA 3SGUA 1T99A 1X8FA 3LCFA 3O06A 2FPTA 2NWRA 1QPQA 2Y88A 4N9EA 3NQ2A 2G5WA 4NJIA 3H55A 2IQTA 2WPBA 4Y6GA 5FF7A 3E02A 4DF1A 4U28A 3W7RA 1FDZA 1WYIA 1KBIA 3W73A 5AHMA 4CNPA 1GG1A 2CZEA 3LCXA 3EWXA 4O18A 1AW5A 4M7TA 4RXGA 1SQ7A 4FEZA 1Q6RA 1GJPA 2X1TA 3G1SA 1OG0A 3M47A 3TCEA 3GR8A 1WX0A 3OIXA 1OX6A 3UZ5A 3SY5A 4LUIA 3NPXA 5AB3A 1JUBA 3H54A 5G1TA 3GVGA 5DN1A 1XBZA 3O6DA 2ZBTA 3JRKA 4RV8A 3LTYA 3CHVA 4ADSA 4A2RA 1H1ZA 2FIQA 4JTKA 1A5CA 3WFAA 5G4EA 6ALDA 1SW3A 3NO5A 3M5YA 4QNWA 3W84A 1P5BA 1ICPA 1FCBA 3GDRA 3TX9A 1YXYA 3NPWA 3QZEA 3BPWA 2A1YA 5D2YA 5FF3A 1XBXA 2E6AA 1W5PA 1JJKA 2QCFA 5I3JA 2X2GA 1KM5A 2G97A 2TMDA 2ZZ2A 3GX9A 1KM6A 3L2IA 4MLJA 4EVZA 4HN4A 2RDTA 1XBVA 1K8YA 3UNDA 1FCVA 3CIXA 4DO4A 4ZQNA 2QDGA 3FIGA 5F2MA 5D09A 1Z48A 3LOTA 2ALDA 3PB2A 4UTLA 5HR7A 3STGA 2V9DA 4GNJA 2NV2A 1VYPX 3LLFA 3MI6A 3M5VA 1EPXA 5F2LA 1BTMA 1LP6A 3O07A 3EXRA 1TPUA 2D73A 1DQWA 4QQ3A 3TFCA 3P8IA 2GQ8A 2ZRWA 2VFDA 3M0ZA 4UMBA 4O0ZA 2P1FA 3UPBA 3QMTA 1KV8A 1C8VA 3E0IA 4CCEA 4MUZA 3EXTA 3F03K 3QPZA 4O8RA 4Z1BA 3T78A 4JTFA 3HGRA 4ORIA 1DBTA 4AWSA 3W1QA 2QJIA 2DJXA 3W72A 4WD0A 2H90A 4O14A 4DO5A 3BW3A 1SO5A 3EX2A 4JX5A 5D33A 4EF9A 5G2IA 2VENA 4HSOA 2YYUA 3L65A 1ZY9A 5DXXA 3A5FA 1HG3A 5DCBA 3MP5A 2QCDB 3HQ1A 3N14A 5BRBA 3TXZA 2NXGA 5D38A 3KVMA 2FTPA 3TMQA 2DJLA 1XL9A 2ZA2A 3NYZA 4O4VA 3RK8A 2C3ZA 3U6WA 2NZLA 4Y8FA 3VE9A 5G5IA 2J9XA 2X1SA 5HNRA 1HTIA 3IRDA 1S5VA 4WZHA 2VFEA 4MY9A 3CU2A 2Q8ZA 3N9SA 2XN2A 4X22A 3S1VA 3SW6A 2VOMA 3TXVA 1F05A 4UTTA 1ICSA 3M5ZA 3DZ1A 3LHVA 3QFEA 3WK3A 1XKYA 1GTHA 4Z1CA 1N55A 1UCWA 2Y7FA 3LCGA 5H2ZA 1FX6A 3K30A 1MSSA 3NGJA 3ATYA 2X16A 4TR9A 3BV4A 1OFQA 3W2KA 1I8JA 4LVDA 3FLUA 5KZDA 4IUOA 3L21A 4KWWA 4IMDA 3GNDA 4O4WA 3S5NA 1QMLA 1YXDA 3UY7A 5EBUA 1PV8A 3KVJA 4OV4A 2X1UA 4GFSA 3W71A 1EUAA 3W83A 4JTHA 3UYCA 3WK0A 3HB9A 1Z44A 1JCNA 4MYXA 3EX1A 2CZFA 4NXKA 4UNLA 4ZQPA 2C0AA 1PHWA 3W7LA 1TIMA 1W3NA 3CT7A 4MJMA 3IIPA 3ABSA 4RLIA 3M1ZA 1WAUA 3IVUA 1K8XA 4K38A 3A22A 4DF0A 1V5XA 5GVJA 1K8ZA 2BLEA 4HNTA 4LVAA 4HNUA 3THQA 4O57A 3W6YA 2QCEA 1T96A 2E09A 4I9AA 5AHFA 1G4SA 4J9JA 4JTTA 4NNAA 3RU6A 4ZMGA 4A29A 1ME8A 3W2NA 2I1OA 3HPZA 1OYBA 1G4PA 5DXYA 3YPIA 1TPWA 3L68A 5BMXA 5HR6A 1I2QA 2G95A 2P10A 4WY0B 3G18A 1JQXA 1TQXA 2ZQ0A 2RFGA 4UFKA 2JGQA 4IOTA 4O1CA 2QAFA 5DCDA 1TTIA 3BLFA 1SZNA 2R94A 5CPOA 4AB4A 1VC4A 1Q6QA 3NQAA 4XQ6A 1J5TA 1GWJA 1Z42A 5EKYA 2E6FA 5F2GA 2ATMA 4O15A 4ZQCA 3EKLA 2GJLA 5A5WA 3G0XA 3W7DA 4HNVA 5CKSA 5IBXC 1VJIA 1W5QA 3NA8A 5CGQA 6TIMA 3CPRA 1WQ5A 2QCGA 5F2IA 5EY5A 3M16A 3R89A 2PRMA 1ME7A 3NOEA 3MI2A 1H62A 4NJHA 4JD4A 4XTDA 1VGAA 3UQNA 1LBLA 1KBJA 3BARA 1H7XA 4IMGA 4IPIA 3Q2DA 1UUMA 1F76A 3NZRA 3GDKA 3GR7A 3PF3A 4YMZA 1V7YA 3KRSA 1D3HA 3O15A 1K03A 4QJ1A 1W37A 2WOQA 2CLLA 1YYAA 4LOCA 4ZQRA 3GDMA 3G1HA 1TTQA 4P61A 1G4TA 4FHAA 2FQIA 4FNQA 2B7OA 4S2BA 3QPYA 3LTPA 3PUEA 4BFAA 3MP4A 3TUUA 2CLMA 4UIOA 3LBCA 3HBLA 3P67A 1XBYA 4MZ8A 2FJKA 1TMHA 3IIVA 4RKAA 1LOLA 4JIPA 4JXCA 3C2VA 5D02A 3M5XA 3WJWA 3B0UX 1IXNA 4BWLC 4PODA 1OFEA 4N9CA 3PBWA 5CZSA 2C19A 2QJGA 2F7FA 5EMUA 4M6QA 5AOUA 1OYCA 1KFJA 3S1UA 1AMKA 4IX2A 2GVGA 2GPTA 3PG8A 3DHFA 4BR1A 4O16A 1XC4A 1TV7A 3E96A 4LVBA 1X7FA 3HGSA 2QUUA 3A21A 3TE9A 3QYQA 1JUEA 2NXHA 3LV6A 4JY9A 3CEUA 3LHYA 1BWLA 2ZZ1A 2A7PA 1F74A 4JN6A 2VEIA 3LLDA 4IMCA 4M5PA 4ADTA 3G1VA 2AQWA 1H7OA 1OX4A 4LV9A 3LERA 2A21A 5D37A 4YLWA 1FCUA 4CNNA 2HSAA 3C6CA 4O12A 1RZMA 2PCQA 2CLIA 2Y62A 3O6CA 4JX6A 3ANYA 4CCDA 1RR2A 4YCOA 1B57A 3DKLA 1SSDA 3S1XA 1SUXA 2QDHA 5CZTA 4IQLA 2DZUA 3W1TA 4A3UA 3EWWA 1RVGA 4IGHA 3UY8A 2JBMA 3LRMA 1EWEA 3DFNA 1FY6A 2I9EA 1RQBA 4U4MA 4DXVA 5K9DA 2J27A 1TRDA 4MYAA 1VYRA 1UUOA 2JGYA 1TV5A 2RKXA 5AYYA 1KLZA 5EL1A 3G1AA 4JDYA 1SPQA 3LXAA 3C3NA 2Z6JA 3M43A 4JYFA 1W56A 4OHQA 2C1HA 3GKAA 5FEWA 1QO2A 4FXSA 2PRLA 2OT1A 3ZS4A 2NLIA 1TPH1 3AJXA 4JIQA 2EGZA 8TIMA 3D0CA 1G69A 4X3ZA 1DKWA 3HO8A 3PAJA 1B4KA 4A22A 1HO1A 4UXDA 3ZR4A 2BXVA 3G1XA 4GUGA 4JGDA 2EAWA 1LTDA 4GBUA 3TQVA 1K7FA 4UTTC 3W1AA 4MVAA 3HMJG 3QQ1A 5IM51 1VZWA 2TYSA 5C5YA 2A6NA 4RJEA 3IVTA 1U5JA 2CU0A 2OCZA 5J5RA 1QWGA 3W88A 1EP1A 4LRSA 3W7JA 2QUVA 3N3MA 3QEZA 4UC5A 3FJ6A 2J6XA 3Q58A 1OVDA 4AF0A 1M7OA 4QISA 1NFBA 1O95A 4C1LA 1GVFA 3R2GA 5AHEA 1QDSA 4N02A 5FF4A 4LV4A 1G7UA 3C4UA 2A5HA 1KTNA 3N19B 4I7WA 3EKZA 1YTDA 1ALDA 4EWND 2R8WA 2QCLA 3OG3A 4UTWA 1SO4A 5D32A 3O8AA 3TJLA 1RQHA 4RR4A 4XBSA 2ZCGA 3NL2A 1N7KA 2V30A 3W2JA 1O4UA 3S9YA 2F84A 4KWVA 3U8GA 3GXNA 4K8EA 1YPIA 1ZCOA 3P5ZA 4MZ1A 4O13A 4PH6A 3NAVA 1FBAA 4Z08A 5IBXA 1F2JA 1TQJA 1H51A 3NEVA 1MO0A 1P0KA 1LDCA 4ML9A 2C14A 5EYWA 5C6MA 4OT7A 1OFOA 2YPIA 3NQGA 2J9ZA 1TPB1 4LNYA 3LM7A 4ALDA 3P74A 2ZFAA 5AHIA 3B0PA 4JDBA 1GTEA 1ML1A 3S5OA 3TSMA 2A7RA 2QEZA 5HJLA 4AEOA 3DENA 3GLCA 1H7PA 4IMEA 3RLUA 4LS1A 5KSWA 3F4NA 2TRSA 2NUXA 2Y89A 5CPLA 1FQ0A 1I45A 1XUUA 4WY0F 1O94A 1VHCA 3PC0A 4E2DA 4JYEA 2PC4A 3S0CA 1KTBA 2Z2UA 1NSJA 1TSIA 4M19A 1EB3A 4JTJA 3GKFA 4JTUA 5LHFA 1LRTA 1TJPA 1TYGA 2BZNA 3HPXA 1WXJA 5D2TA 1L6WA 3C2FA 3DFTA 4DQWA 5CZJA 1VLIA 2ZRXA 5EPDA 4BWLA 3N34A 2V2DA 3LHTA 1LLZA 4UMAA 4NJGA 4I7UA 1S5TA 4S1FA 3W7PA 1TJRA 1AW2A 3L5LA 2B4GA 4ONVA 2CW6A 5I3KA 2FPYA 2QCHA 3GYEA 4WXZA 1C9DA 2QCMA 2WNNA 3BVJA 2VXNA 1NVMA 3TC7A 1A53A 1EX5A 3B05A 3QC3A 5D2WA 2A2IA 3TAOA 4DBDA 3O1NA 4MKNA 2Y7EA 3NQCA 1F7BA 1I2RA 3I6RA 2V5LA 2YCEA 2GVLA 4CCCA 1EA0A 2HS8A 3G24A 2HMCA 4K7YA 2GQAA 1C29A 2QUTA 4P2VA 4LWWA 1I4NA 2YZRA 1XCFA 1TPDA 4ZQOA 2NXIA 4LC6A 1JCLA 3IV3A 4PC8A 4CQ8A 3GIYA 4E0CA 3LBMA 3KVLA 4UTJA 3BG9A 4Q32A 1DV7A 5LNRA 3P60A 1PVNA 4AXKA 5K7JA 3HJZA 1TREA 1PS9A 2FPVA 4K36A 4YWIA 4MY1A 2Y85A 3UXDA 2G96A 1KFCA 2H3BA 1LLWA 1UBSA 1H50A 4TIMA 1JCXA 4JX4A 4NU7A 3S5ZA 3LI0A 4HPJA 2RHGA 4H4IA 2VELA 3TA6A 2QKFA 2PURA 3E49A 3EWBX 2CZ5A 3P61A 4N4PA 3R5EA 1FDYA 1QCWA 3IGSA 3EXSA 1W31A 3TQ0A 5LNWA 4LC8A 4LRTA 3GB6A 1Q6OA 3PBUA 1ICQA 1BWKA 2BSLA 4HPXA 5D03A 3NZ1A 1SW0A 5SWUA 1DOSA 3GNNA 3BLIA 1KV5A 1OHLA 5AC7A 1JR1A 3CWNA 4WOZA 1KFBA 4RK8A 1RQEA 4R53A 3T7VA 2DP3A 3G1DA 3OVQA 3HF3A 7TIMA 3B8DA 4DELA 1OYAA 4HKPA 1DJNA 3R13A 1PHQA 3DFQA 5CSRA 1LOQA 1ZNNA 3LTSA 5I3HA 5J5DA 5K4ZA 1IF2A 1NEYA 2E68A 4NNCA 2CLFA 3PM6A 3TJXA 3I68A 4AVFA 4L4LA 4XTIA 2QJHA 5HULA 3WJZA 4YCPA 1G4EA 2RDWA 3HG3A 3QF0A 4JY8A 3W76A 3IGXA 1BEUA 1XM3A 2YXGA 2CLHA 4HIBA 3FA5A 1NF7A 2DZSA 3PSVA 1YXCA 3NQ7A 3T4CA 4GJ1A 3S5YA 4O11A 2ZDRA 2J24A 1ONRA 2LLEA 3NL6A 3TSBA 3HG5A 1G7VA 4BI7A 4DBEA 3G0UA 4NZFA 1TO3A 2DORA 3PG9A 3SFKA 3CTLA 3TFXA 4PTNA 4IJBA 2YW3A 1H61A 1R2SA 4N6FA 1QR7A 1W1ZA 1B9BA 4M6VA 1NAL1 1DORA 1GT8A 5FF2A 5LZLA 2X1RA 3N73A 1LORA 4QITA 3TR2A 2ZTKA 4AH7A 4DPPA 3IIZA 3N2XA 5U4NA 2O7SA 3EX6A 1AK5A 3SGZA 3SI9A 1K3UA 1OX4B 3I7QA 2A4AA 3P5YA 4WJEA 4K39A 5CZ0A 1W3TA 3P82A 4RZ5A 3W1MA 1TRIA 1FXQA 3DFPA 1ADOA 2YR1A 3NQEA 3W7QA 4AWTA 5BNKA 4UFLA 2HS6A 2QR6A 1B4EA 3KVKA 4Z1DA 1GPWA 1OK6A 4XBKA 2QCCA 3LCIA 4UTWC 1YTEA 3BO9A 4O50A 1P1XA 2V2HA 1F73A 3N9RA 1WOAA 1A50A 4FIRA 4KKXA 3O05A 3PVFA 3I7SA 4AAJA 3WK1A 5DBUA 4UFMA 2NX9A 2J9YA 4OV9A 2EKCA 2OJPA 1YDOA 3NVTA 5BOOA 3DI0A 3M41A 1QPOA 3MBDA 2ZZ5A 1TV8A 4EF8A 1SZGA 5K9XA 3RMJA 5H91A 5K4XA 4UTUA 2BWGA 4IWWA 2ZRZA 4TMCA 1GYNA 4GUJA 1LM1A 3USBA 4YXGA 3L66A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MWA A;  4PFH A;  4EAC A;  4Z0S A;  1JGM A;  4WDU A;  5HME A;  2AMX A;  4MWA B;  4YTQ A;  3TW7 A;  1VRX A;  3AYS A;  4ZCW A;  3S8H A;  4XWU A;  1TCD A;  1MNZ A;  2E8Z A;  4GA8 A;  5GNZ A;  4X60 A;  3S1W A;  1MYR A;  1AD4 A;  3CV7 A;  3QHN A;  3KCL A;  1ZP3 A;  4DJF A;  1VBH A;  2PI6 A;  4LPC A;  1B9Z A;  2WVU A;  5ECV A;  2Y88 A;  3NQ2 A;  2POD A;  1WZM A;  1JAK A;  4Y6G A;  3VNJ A;  3ARU A;  3LGG A;  1EGZ A;  2WKL A;  1GPF A;  4PB5 A;  2CBJ A;  3PBM A;  3S6T A;  5AHM A;  1GG1 A;  3AMC A;  3L4Z A;  3LCX A;  1NAR A;  3EWX A;  3CPG A;  3PWI A;  4M7T A;  2NLY A;  3ARQ A;  3OB8 A;  3GR8 A;  3OIX A;  1OX6 A;  3B0X A;  4LUI A;  4LUT A;  3CYJ A;  4F0M A;  4IPL A;  3WFZ A;  3QVQ A;  4FLS A;  4XD6 A;  1ZGD A;  3JRK A;  3LTY A;  1A5O C;  1JEZ A;  5AZ1 A;  3JZE A;  4ZST A;  1Q13 A;  1YBQ A;  4I3G A;  4JOM A;  5G4E A;  2F2H A;  3NO5 A;  3IJL A;  2XVP A;  1B3V A;  3GDR A;  1KBB A;  4FOK A;  3WH8 A;  4Q8M A;  1RXO B;  2YCJ A;  1H2J A;  2A1Y A;  3GU1 A;  1YE6 A;  5FF3 A;  1W5P A;  3CHE A;  5I3J A;  1FWD C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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