2VFGA

Crystal structure of the f96h mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase with 3-phosphoglycerate bound at the dimer interface
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHHERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 90
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfgA00
4OQVA 2YGYA 4RR4A 4Y8FA 5ABTA 3S5OA 3VI2A 1P1XA 3W70A 1RV8A 3BK0A 3UXAA 1KLYA 4UTMA 3I68A 4LNYA 4RZ6A 3NPXA 3S8HA 3C4UA 5F4XA 4FX7A 2CFFA 4AF0A 1V7YA 2V2HA 2EHHA 1PS9A 1GTEA 3EWBX 2Z1BA 2RFGA 3W7LA 2I14A 1WOAA 4AB4A 1W56A 3TSBA 3UPBA 2GJNA 2HSAA 4ZQPA 3AJXA 2H90A 4NJHA 4IPJA 4QM1A 1TPDA 3S1UA 1WA3A 1W31A 3O6YX 3TROA 3UQNA 3P74A 2BZNA 3LCHA 3TE9A 1VRDA 1PCKA 1H62A 2W79A 3NQAA 4FF7A 1LM1A 2QR6A 2FB3A 5I3IA 2EF9A 3NM3A 3LERA 1AW1A 3W3OA 5AHIA 2VFHA 4YLWA 4Y6GA 2PE4A 3B0UX 4IXXA 5LGXA 1ZY9A 1RD5A 3O6CA 1SO3A 3EX4A 1EX5A 4GNJA 3LCXA 3N19B 4WY0F 1O95A 3EEGA 3NQ2A 1AW5A 1JQVA 3L0KA 3L0GA 1PHWA 1MO0A 1XBYA 5AN7A 4H6KA 3LV6A 3ZFHA 3ATZA 5F1VA 5A5WA 1X8FA 4MJMA 3A22A 4JTEA 1FUYA 3KX6A 5KSWA 1P4CA 5D38A 4WXZA 5EKYA 5DBUA 1T96A 3HJZA 2NX9A 5D33A 2XFWA 3N34A 4O17A 4GBUA 2JKPA 2EKCA 3R5EA 2ZA2A 2CLHA 4JEQA 2DORA 2AAMA 1JUKA 1TPEA 3Q2DA 1BWKA 4UTLA 1TQJA 4G1KA 2GQ8A 2ABAA 3W1UA 1SFLA 4JDYA 2VEPA 3NNTA 1QO2A 3PM6A 3PB2A 3W76A 4FNSA 3JRKA 4E0CA 4IMGA 4R33A 3STFA 1F6KA 2V30A 5TQLA 1TPB1 3GX9A 5BNKA 5KZMA 2B7PA 2R94A 1YDOA 4CQAA 4JS3A 4UMBA 3LLFA 4O0ZA 2FJKA 5BRBA 5F4SA 4HSOA 1AK5A 4UFHA 3NL2A 4BI7A 2FFCA 2WJZA 3W73A 3NYZA 3TW7A 1KV5A 1KV8A 3A24A 1QO5A 2QCMA 3HB9A 3BGGA 1K8YA 4X9SA 4XTDA 3NA8A 4NU7A 3QRHA 1OFAA 3MI2A 4A2RA 5MHBA 4RXGA 2PRMA 3ABRA 3IV3A 3B0VC 2WSRA 1KFLA 2Y88A 4YMZA 3WK1A 5D2TA 2OCZA 4OWGA 4UTUA 3S1VA 3NDOA 2DU2A 3W2KA 3LB0A 5G1YA 4GUFA 2X1SA 3G24A 1G6CA 3M44A 5FESA 3T4CA 3GXNA 1G7VA 5G4EA 2DJXA 2CLOA 3TQVA 2DZXA 1JCXA 1I2OA 3PC0A 1VZWA 4CNNA 1L6YA 4FNQA 3VE7A 5KZEA 4QIUA 3CM4A 2G95A 1K02A 4PL2A 3G1AA 4BI6A 5AHMA 4MKNA 3TFXA 1TREA 1KM5A 1ZCOA 2E6DA 3W85A 5LGZA 4QITA 4GE8A 4O19A 3TR2A 1EWEA 1KM3A 4NZJA 2X1TA 4NJJA 1H61A 1JR1A 1NVMA 3GAYA 2TPSA 4WXYA 1GVOA 1Q6QA 4JTTA 1I2RA 1B9BA 1TB3A 3LRKA 4YCPA 3DZ1A 4QAIA 1JRCA 2J9XA 1WAUA 3L0NA 3O05A 3PSWA 3O15A 2Q3OA 3HPXA 1H7RA 2C0AA 2VFIA 4UUIA 3H53A 3Q58A 4AWTA 5KZDA 3FJ6A 3MJYA 1DV7A 1HO1A 1R2TA 3L2IA 4KFOA 4RZ4A 4ZZ9A 3BW2A 3W07A 2F84A 2CLMA 2ZQ0A 4K7YA 3LCWA 3TX9A 5FEXA 2O7SA 3SECA 1ME7A 3M41A 2G96A 2OT0A 3DFPA 3GNNA 4GJ1A 1S3HA 2X1RA 4KKXA 1K03A 4OE7A 5LNUA 2PURA 3GXTA 1SW0A 3CQ0A 1I2PA 2C15A 3KAOA 1ZNNA 2QCCA 1U83A 2V2DA 3SIZA 4DBEA 4FHAA 4GXMA 3DXIA 3HPZA 4WY0B 3LI0A 4WD0A 1DHPA 2X1UA 4ML9A 4DO6A 4EVZA 1G4TA 1GEQA 3MO7A 3UNDA 4TU1A 1KM0A 2JGYA 1GVFA 3E12A 3HG2A 2QCLA 2QUVA 1BKSA 3NL6A 3EKZA 1X7FA 1XBZA 4O14A 1LOQA 5DY2A 3IIZA 2Y7FA 1PL9A 4IUOA 4MFEA 5HUOA 4UR8A 5CPMA 4NNCA 4CLMA 3M5YA 4EWND 4CCDA 1F05A 4LRTA 1RQBA 3D0CA 1UUMA 1DL3A 3N9SA 3LCLA 4RX0A 1AMKA 3P60A 3C2VA 1W5NA 2HMCA 3S1WA 3HBLA 4H3DA 4K8EA 1Z42A 3C2OA 3RU6A 1OX5A 3OHIA 4TO8A 2GJLA 1VGAA 2HS8A 3GB6A 4P61A 3F4WA 3F03K 3ZWSA 3HGJA 4AF0B 4JTFA 2ZRVA 2GPTA 4JTJA 3OIXA 2CW6A 1R47A 2Y63A 3FKRA 3NQGA 3W7CA 4MZ1A 1DVJA 3W84A 3BLFA 1S5WA 3A9IA 2FPYA 4ADTA 5KITA 3OVRA 1JUBA 5AOUA 1LBMA 1PHQA 2ZZ6A 1M6JA 5G1TA 1S5VA 2G97A 3PY2A 3WJSA 2GUUA 4I7VA 1ALDA 3THAA 3NGJA 2ISSA 1HFBA 1W3NA 1L6SA 2QUTA 1I4NA 3DFTA 3KHJA 5K4XA 3C52A 3W7OA 3OEXA 4PH6A 4PODA 3S5NA 1JQXA 4FNUA 3UY7A 3QMSA 2AQWA 3MHGA 5G4WA 3GDLA 1S5TA 1SW3A 1TYGA 3R2GA 2TSYA 2FQIA 3TNOA 1IXOA 3O63A 3HF3A 3MMTA 4LU0A 3UWZA 2NX1A 1T99A 1H1YA 3EX1A 3S6DA 2QJIA 3I65A 2E5CA 3STGA 1EUAA 1MEWA 2B7NA 1TO3A 3O07A 1XXXA 5CSRA 1CX9A 4ORMA 4IMEA 1JCJA 5DY3A 1OX4B 1T0OA 1C8VA 4I7UA 3NPVA 2CLEA 2QCDB 3QW4B 1GWJA 4NUWA 3UWYA 5D02A 2VEMA 1PE1A 2I9EA 4TMBA 4HNTA 3UWQA 1HUVA 3GDTA 2CLIA 3QQ0A 2YDAA 1ONRA 4ADSA 1V5XA 4R7JA 1Q6LA 2A1YA 3W71A 1LOSA 3N73A 3C2RA 4N9BA 3RLVA 4Z1BA 3W83A 3B4UA 1W5OA 3DU0A 1LRTA 3W1AA 3TC7A 1CW2A 5D2YA 5J5RA 5G5IA 3LOTA 4IOTA 1QOQA 1XUUA 4FXRA 5EYWA 3BW4A 4WUIA 3L65A 3QYQA 2B4GA 4XBSA 3PG8A 1TSIA 4POCA 1FXQA 3G3MA 3UWVA 3PR2A 1G4SA 5F2MA 2VFEA 4JDBA 1TCDA 5H2ZA 3G1HA 3QC3A 3HG5A 3HMJG 2YW3A 4UMCA 1ZENA 3RF9A 2CLKA 3W75A 3NQVA 4JX5A 1H5YA 3KRUA 4PFMA 1VCGA 3CWNA 2OZ0A 1YXYA 2C13A 2WO5A 3B8DA 4XTIA 2F7FA 5D05A 2X2GA 5FI8A 1F76A 3IIVA 2YW4A 5CPLA 1BWLA 3LTPA 3G0XA 3IGXA 4M7TA 3L21A 5LHFA 5HR6A 5U4NA 4EOUA 3G18A 4UIOA 4W9TA 3W7MA 5FEWA 5K2ZA 1FWWA 3CLMA 2BSLA 3SY5A 1SO5A 3OA3A 3G0SA 1EPXA 2YX0A 4N2YA 2NUWA 3LRMA 5DCEA 3VE9A 4GFSA 4HSNA 3TMLA 3LHYA 2C14A 3ANYA 4M19A 3BARA 4AVFA 3V1PA 4O8RA 4AHPA 1XDMA 3M0ZA 5K7JA 5TIMA 4ICNA 1DQWA 3QF0A 1GT8A 3CT7A 2UV8G 4XQ6A 1G67A 3E9AA 1GVQA 1TPH1 4HHPA 3W1QA 1IF2A 3PBWA 5DLCA 5KTLA 4IGHA 1OFOA 3E49A 4ZQCA 1F7BA 1DOSA 1MEIA 1WXJA 4E2BA 1QPQA 1G69A 4N02A 4PTNA 5LSMA 3I7QA 1Z41A 1JCMP 4IWWA 3LCGA 5HWMA 1FWSA 2O7QA 2E77A 2YCEA 3MHUA 3O1NA 3P5ZA 4CQ8A 4LVFA 1WBHA 2JGQA 5LNRA 2Y61A 3TA6A 2JKEA 5K4ZA 2VEKA 1Z48A 3W2NA 2J24A 4OT7A 2FTPA 3R89A 3IVTA 5DBTA 1WBJA 4GC4A 4LVAA 1OK4A 5DXXA 3V75A 4LOCA 4AEOA 3M5VA 3CC1A 2DP3A 3GDRA 3GKFA 2C19A 4JTKA 4FNRA 1AW2A 4NJGA 4UTHA 4BK9A 1LROA 1HTIA 1DBTA 3G1DA 1JJKA 3O6DA 1VHCA 3SFKA 3NM1A 3IIOA 3FYOA 4XBKA 1SZFA 2Y7EA 2VXNA 3BG9A 1OG0A 3GK0A 4IX2A 3GXPA 1KM1A 2NWSA 1ICQA 3GDKA 5EPDA 3IRDA 4QNWA 1EWDA 4ORIA 1R2RA 1FDZA 3W2JA 3B05A 1L6WA 2NUXA 4WQ6A 1DKWA 2A7PA 1FCVA 4N9DA 2V5LA 4BFAA 2DZPA 1BTMA 3DAQA 1OFBA 3RK8A 4UTIA 2OT1A 1VYRA 4UXDA 1C9DA 1A5CA 2Y62A 1KBIA 3FOKA 3LCFA 3NQEA 1D9EA 1CI1A 3LTYA 2CZDA 3H55A 3IGSA 3W7HA 3NEVA 1XFBA 3FKKA 3NQFA 3EWUA 4UC5A 1KTNA 3GVGA 4GUHA 4DF2A 3DBPA 1DORA 5G2HA 3HPSA 3W7NA 3VFLA 3C2FA 3O16A 1JVNA 3R13A 3SZ8A 3NQ8A 3MBFA 2QCFA 4FX6M 3MWAA 1P5BA 3T40A 1GYLA 3M5ZA 5D2WA 2RDUA 1UBSA 2VFGA 3JS3A 1IIHA 1LRNA 1TTPA 3LI1A 1O5XA 3EXSA 4DELA 5C6MA 4Q33A 2ABBA 3C61A 4O0KA 3DHFA 2E5BA 3SGZA 1AL8A 4A21A 3RMJA 2Y7DA 3TXVA 1EP2A 5HJLA 3QSTA 3NZRA 3W1PA 5F2IA 3LCIA 3MI3A 1W5MA 2XN0A 3LXCA 3W72A 3P82A 3TH6A 5K9CA 4JIQA 4LS2A 3W88A 4FX8A 2GVJA 3WJWA 5IBXA 4HPXA 4DEFA 1NSJA 1Q6RA 4N6EA 3A5FA 1IIGA 3HOJA 2CLFA 1H7WA 3N2XA 2LLEA 5EBUA 1R46A 3P5YA 1B3OA 3P8IA 4A2SA 1MEHA 2H3BA 4AHOA 3NR0A 3H54A 4LT9A 2Q8LA 4BI5A 2EAWA 4R53A 1KLZA 2E6FA 4XUGA 4N9EA 3EWZA 1YXCA 5BW6A 3RFAA 1J2WA 2RH9A 2OMAA 4OV9A 1KM2A 3STEA 3UWUA 1JRBA 3VCRA 2DJLA 3C6CA 3HGSA 4P2VA 2TMDA 3W86A 4MLJA 2Q8ZA 3EX3A 2C6QA 3IVUA 1TPUA 2WSQA 2ZRYA 4O18A 3B04A 4C1LA 1H7NA 4Y90A 4MZ8A 1TTQA 3QM3A 4O54A 4UFLA 5CZTA 4X2RA 2JKAA 3W7RA 1LRQA 2ZTJA 4JNMA 4LVBA 3NG3A 4RCXA 2FIQA 2Y89A 3KXQA 2ZZ1A 2Y7GA 4UTWC 3S1XA 3EX2A 4O12A 1F6PA 4NNBA 1ZAJA 2JK2A 4LRSA 2YYUA 2FLIA 2A6LA 4O50A 1SZGA 3W7QA 1XI3A 4RXFA 1JCYA 2Z0IA 5FEPA 3UZ5A 3GAKA 5CZSA 2ZZ5A 3LGEA 3W1XA 2VFFA 2XN2A 3QPYA 3OVQA 1PVNA 2WOQA 3G0UA 2ZTKA 1F73A 2CLLA 3GKAA 2VOMA 3NOEA 3F4NA 4XKYB 2DZTA 4ADUA 5D04C 4MYXA 2KZHA 4NJIA 2V82A 3GLCA 1FDYA 4UTJA 3LV5A 3MUXA 5E93A 4IX0A 3ZWTA 4M6PA 3QH2A 1R2SA 4MZYA 3C3NA 2A0NA 4ZMGA 3ABOA 5DCDA 3KOFA 1XUZA 4U4MA 3P61A 3UD6A 2ZBTA 3NPWA 2YPIA 4LY8A 2ALDA 4U28A 2NXGA 1KTBA 4RV8A 3M43A 5I3FA 3BO9A 2PRHA 5HWJA 1J4EA 4NVTA 3GDMA 2HTMA 3M7WA 3PULA 4D2JA 5BOOA 2YYTA 1O4UA 1TRDA 4UR7A 5C5YA 2BXVA 1TPVA 1SO6A 1K7FA 3LBCA 4JTIA 1FDJA 5CZ0A 5AYZA 3LTSA 1NFBA 4K39A 3GIYA 4WZHA 5AHEA 5SWUA 3PF3A 1GOXA 3QMTA 3PG9A 1HL2A 1QAPA 1RZMA 2ISVA 1OK6A 1G4EA 1OFPA 5G2WA 1YDNA 3NVTA 4XZ9A 2I1OA 1NF0A 4L4LA 5CPNA 4ZQRA 3FLUA 2C18A 1OX6A 1WX0A 1LZOA 5GVJA 3FEMA 2H6RA 3W1RA 1E51A 2DZVA 2E6AA 1ICPA 2ZDRA 5U7SA 4Z1CA 2PC4A 4IQLA 1I45A 3S42A 2NXIA 3O06A 2JBMA 1EP3A 3T55A 1ZAIA 4ZQNA 1A5AA 3KRSA 1GPWA 3G1YA 1OF6A 2V9DA 1EB3A 4YL2A 1KFKA 2ZA1A 4UFMA 2QDGA 1ZAHA 5DELA 3TQKA 4X3ZA 3NPUA 1C29A 4JR5A 1J5TA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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