2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
2UV8G 1AL7A 3EX6A 1FWNA 1B57A 1XXXA 2QCEA 2WKJA 2JKAA 1TPFA 4FXRA 4GWEA 2F84A 1TTQA 3A21A 3MWAA 3L0NA 3LLDA 4N9DA 1F74A 5K9XA 5DXYA 2B7NA 1XBYA 2VENA 1DHPA 5AFDA 3QQ0A 1F6PA 3EWXA 1WAUA 3W1MA 4JIPA 3LHZA 2QUVA 5D2WA 1KM6A 2WV8A 3D0CA 3AO0A 1TPVA 4EF9A 1M7PA 1YPIA 4O52A 3W2UA 4UTLA 3NQ7A 5K4ZA 5LHFA 4XTIA 3IGUA 3MBFA 1QWGA 2PC4A 1QMLA 3Q2DA 1W3NA 1DV7A 3EWUA 1HFBA 2TRSA 3M5YA 3BARA 3NL3A 3EWBX 5G5IA 3USBA 3IV3A 1B4KA 3PS7A 3G0UA 3TROA 3L5LA 3W7OA 4R34A 4ORMA 1SQ7A 1TPEA 4BFAA 3HGOA 1OG0A 4HPXA 4GUGA 4JS3A 1OHLA 3WK3A 4Q33A 4N4QA 2E09A 4ONVA 3MI3A 5F1UA 3CM4A 1ZY9A 3A22A 4TMCA 3GDTA 1TB3A 2Y61A 5DLCA 1I4NA 5AYZA 1RQHA 1KA9F 1K03A 1ZAIA 3EXRA 1YPFA 2E1DA 2PURA 4O0KA 5IBXC 5DN1A 1S5TA 4HPJA 1OYAA 4D2JA 4ADUA 2QCFA 4TR9A 5DBUA 5D33A 4CCDA 1NF7A 3G3DA 4MZYA 3DFPA 4K6AA 4UFMA 2ISWA 2DZVA 3UD6A 5F4SA 3B04A 4ZMGA 1X6UA 3W2JA 2H8XA 4KWWA 5HWJA 2WNNA 2RDUA 5EPDA 1OFAA 1VHNA 2QCHA 4JTHA 1RVGA 3MP4A 1FUYA 2Z6JA 2JBMA 2R91A 2C14A 1VCFA 4JTFA 3O6CA 1OJXA 1Q6RA 3G0SA 4QNEA 2WSYA 2ZYFA 4UR8A 4OV9A 3E96A 3SECA 1A5SA 3A24A 2VEIA 5HR7A 3PSWA 1NEYA 3CTLA 1Q6OA 1H7RA 4O16A 4XKYA 5D02A 4PFMA 5HUOA 1MO0A 1OABA 4WY0A 1ALDA 5CSRA 3M41A 4GE8A 5KZEA 5A5WA 4K8HA 3LBCA 4KFPA 4LVGA 3V75A 5FF4A 2Y88A 5C54A 4LVAA 2O7QA 5A8GA 4LNYA 3TW7A 3LCWA 4R53A 2ZZ7A 5AYYA 3BW3A 2V5BA 1PHWA 1R2TA 3QM3A 4LTSA 5FF0A 2XN2A 3NAVA 4MY8A 4OBTA 1QR7A 4MY1A 3M5VA 1VS1A 3LHWA 3KVKA 3LCLA 1KLYA 4FEZA 5FEWA 1I2NA 4OU1A 4JX4A 1KFLA 3FJ6A 3HF3A 2RFGA 4ZZ9A 5TBOA 2VEPA 2E5CA 4NT0A 3P80A 3K30A 4KWVA 4IPIA 4R7JA 5I3JA 1GG1A 3PM6A 2BXVA 3M7WA 2OX1A 3EB2A 4IQLA 4N9EA 3W71A 2QF7A 1P0NA 5EL1A 2ZA2A 1TTJA 1ML1A 3FYPA 3CIWA 2RKXA 3LRKA 2W6RA 2BTMA 2YPIA 3V1PA 1T96A 5HWNA 4A2SA 1LOQA 1TRDA 4FO4A 2TMDA 1O95A 4BI6A 3O1NA 3TK7A 5FEZA 1XM3A 3A23A 4JTIA 4UUIA 1OK6A 2Z6IA 3PUOA 1A50A 3A5VA 1UB3A 4E2DA 1FWTA 3TJLA 2DZSA 2X1UA 4LS2A 1K7XA 3Q94A 1I2OA 4QITA 4Z1AA 1F76A 3W7PA 5BW6A 1KLZA 4NX0A 1L6YA 2DZPA 4MPQA 1XBXA 3STEA 5HJLA 3LTPA 3B06A 3QRHA 1BWKA 3DGRA 1R47A 2ISSA 1OFPA 1JR1A 4CQAA 3RMJA 2OT1A 5AC8A 3M0ZA 4LY8A 1FY6A 2CZ5A 3Q58A 3N2MA 3UPWA 3RU6A 5L9FA 5I3IA 4E38A 3UWUA 1I45A 2R14A 1TRIA 2PRLA 3LHTA 1EEPA 3DHFA 4TMBA 5CG7A 3W75A 4CLMA 4Z1DA 1Q6QA 3VI2A 1LDCA 5K2ZA 1DJQA 3TE9A 4MFEA 3MO7A 3SI9A 3G8EA 3HPSA 3CEPA 1H50A 2CLIA 1XDMA 1NSJA 2JKEA 2AAMA 2A6LA 1ZALA 2WJZA 1TPC1 1QO5A 3VKJA 1OFQA 2Y85A 1XUZA 3GNDA 2G97A 4WXYA 4HNUA 3C3NA 4N6FA 2A21A 4WOZA 4ORIA 2LLEA 3CB8A 5E1QA 5HULA 3G8RA 1XC4A 4RCXA 3FA5A 4UXDA 1SFJA 5BNKA 4NNBA 5G2IA 1FDYA 1YDVA 2CLFA 3F4WA 4QIUA 4DBDA 3KXQA 3O6DA 1K3UA 4JNMA 2YCEA 2NX9A 2E5DA 2VFEA 3G1AA 1VGAA 3L66A 3PSVA 4UFKA 4H6KA 5LNRA 1S3HA 1WOBA 3NPUA 3W7HA 3RK8A 1QPRA 3LLFA 4LC8A 4UFLA 4A22A 1KM3A 2CLKA 1G4SA 3KVLA 3I65A 3VNDA 3NQ8A 1PS9A 4MIMA 4M19A 4WXZA 1RR2A 3L0KA 3B0PA 4IWWA 4L4LA 3ABSA 3SZ8A 1EUAA 3UNDA 5DBTA 4NJJA 1SR9A 4OV4A 5DY2A 2AQWA 3S8HA 1VYPX 5I3HA 4EWND 1SPQA 1H1ZA 4O13A 3GX9A 4YL2A 3R89A 5I3GA 5LNVA 5BOOA 1FBAA 3W83A 2HMCA 3W7QA 2G95A 2GVLA 3CT7A 4RZ4A 4JGDA 3P60A 1ZHAA 4JYFA 4UTIA 4JTKA 3O05A 1X1ZA 4E0CA 1KTNA 4ZVJA 3TIMA 1OX4A 2A7RA 4PEKA 1ZJIA 1VR6A 4NVTA 3IIPA 3NPWA 4CCCA 2VFGA 1XUUA 4Z1CA 2Q3OA 1SO5A 2DZTA 3GXTA 5G4EA 1TV7A 1RQBA 3ABOA 4RR4A 1XL9A 3CWOX 3R5EA 3TSBA 5D03A 2A4AA 6ALDA 4XKYB 3LV5A 3T55A 1XKYA 4FNUA 4WY0B 3NNTA 3E12A 3P5YA 1AL8A 2RH9A 3W7LA 1CW2A 1X1OA 3L65A 3R13A 1SFLA 3WJZA 5FI8A 4MOZA 3NGJA 1OFEA 3NM3A 3KRZA 1C9DA 3EXTA 3FKKA 3SGZA 3SR7A 4O1BA 3M9YA 2ZTJA 1JQXA 1MXSA 5AOUA 1OX6A 3H53A 5HNRA 4AF0A 3DENA 1NFBA 3R12A 5CZ0A 1LRQA 2FPTA 1SSDA 1TV8A 1JCXA 1K02A 1WQ5A 3W23A 3G1FA 3DFOA 4UTKA 4UNLA 2GQ9A 3G0XA 1DKWA 3T4CA 1LBMA 3S1VA 1IXPA 3S42A 4QQ3A 3KHJA 3S5NA 4UTMA 3WJWA 1F7BA 2GQ8A 1SZEA 3W7JA 4JXCA 2NV1A 3MI6A 1HO1A 3DFNA 2H3DA 3FFSA 4I7VA 5FF2A 1IGSA 5G1TA 3B0VC 4O14A 2BZNA 1TPH1 2GOUA 3TJXA 3BG9A 4UTUA 3TC7A 3P81A 4HT3A 5IBXA 2TYSA 3T40A 1VRDA 2RHGA 1ICPA 4IX0A 4O18A 3FYOA 4CNOA 1J4EA 1PCKA 1JRBA 1JCLA 3THQA 3QZEA 1H62A 3L5MA 1OVDA 2A85A 2E6FA 1C29A 4I9AA 4N9BA 4RZ5A 1A5CA 1C8VA 3SW6A 4ADSA 1U83A 4FNSA 4UIOA 1SU5A 3JRKA 4JY8A 3TW6A 5AHIA 3RLVA 2ATSA 1VLWA 3LI1A 3NQEA 1J2WA 4IXXA 1FXQA 4FNRA 2J9YA 4YCPA 2W79A 3HBLA 5AHNA 4ZQRA 3B8DA 4UTWC 3C61A 2HTMA 4ML9A 3NM1A 4XZ9A 4LS1A 5H91A 1N8FA 4LVBA 3LBMA 5SWUA 3LTSA 2VFDA 2C6QA 4C1LA 4XWUA 4ZQCA 3N2XA 1Y0EA 1KFKA 1G6CA 2WNQA 1R46A 5F2IA 4LWWA 1GG0A 4O50A 4JR5A 1RV8A 2V8ZA 3GKFA 1GVQA 3P82A 2FB2A 1KM2A 4PA8A 1G4TA 2P1FA 2GJLA 1W0MA 2F7FA 4WOQA 1OYBA 3I68A 1JJKA 2J27A 3G22A 2ZZ1A 3IEBA 1W56A 2CLLA 3PBVA 4NXSA 4DF1A 1JCJA 1B4EA 4K8EA 1LORA 5HINA 2BSLA 5CKSA 5HMSA 1DQXA 3TX9A 4PH6A 2A7NA 2X1TA 3OHIA 3W1QA 1W5OA 2JGQA 4BI5A 3PY2A 4JTGA 2OJPA 3W2MA 3PBUA 3QF0A 2ZA3A 4UFIA 2ZFAA 3CLMA 1WBHA 3W85A 3P5ZA 1H7NA 5KTLA 1G7UA 3LCFA 4LV4A 1LP6A 3QSTA 4GBUA 3W1TA 4KKXA 4LC6A 3UY8A 3QPZA 4BF9A 5D38A 1VH7A 1AMKA 2BX7A 3JS3A 1O5XA 2C0AA 4LRSA 4A29A 5F4WA 3TSDA 5KMYA 5CPOA 4GXMA 5CPNA 1SZNA 1GYNA 4AWSA 3QPYA 3BGGA 5DELA 3MP3A 1V5XA 1N7KA 3O16A 4QISA 1PL9A 4TX9A 5G4WA 3FOKA 4Z0SA 1L2UA 3PF3A 3CEUA 3CQ0A 1GTEA 1SSGA 2QCGA 3HG5A 3JR2A 3LV6A 3N3MA 2FJKA 2EKCA 1VCVA 5FEXA 1TPWA 4U28A 2DORA 1UUOA 3M47A 1K7FA 3IVTA 1YDNA 2E5BA 5AHLA 5ABTA 2ABBA 2ZZ6A 4RLIA 3EX2A 3MHGA 1KFJA 3WK1A 3DXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1V02 A;  2UV8 G;  1MNZ A;  3EX6 A;  4YTT A;  3V1H A;  4WRH A;  2QCE A;  1TZ7 A;  2JKA A;  1UIP A;  1TTQ A;  4M56 A;  4N9D A;  1HVQ A;  4JQ4 A;  3BIC A;  1ONX A;  5K9X A;  2B7N A;  1XBY A;  1DHP A;  1RVK A;  2WKL A;  1F6P A;  1WAU A;  2D24 A;  2Z2B A;  3LHZ A;  3REQ A;  2QUV A;  1HN1 A;  1KM6 A;  2WV8 A;  1QNQ A;  1OAD A;  3S5S A;  2OPJ A;  5LHF A;  3TJ4 A;  3SY1 A;  3Q2D A;  1W3N A;  2VWT A;  4JHZ A;  2TRS A;  1LF1 A;  3EWB X;  5EGR A;  1C7T A;  1V0L A;  3PS7 A;  3TRO A;  3AU6 A;  4A05 A;  3W7O A;  4ECL A;  1FP9 A;  3VD3 A;  1SQ7 A;  2BVY A;  4AIE A;  3KZS A;  4GUG A;  1VJS A;  3WK3 A;  4N4Q A;  1UR4 A;  3MI3 A;  2Y61 A;  6CGT A;  2VX6 A;  4QS5 A;  1AZ1 A;  1E3X A;  1KA9 F;  1T5A A;  2YCJ A;  2PDY A;  1FWH C;  5A69 A;  3EWD A;  5IBX C;  4PCN A;  4V28 A;  1JG9 A;  1SM9 A;  4ADU A;  4KBX A;  4FXF A;  2CIT A;  4MZY A;  3RR1 A;  3TYD A;  1B5T A;  4YTQ A;  4ZMG A;  2H8X A;  2PFH A;  3BZJ A;  5HWJ A;  1CXE A;  5LYR A;  2P0I A;  2ZDS A;  2J7F A;  1E3Z A;  2V5D A;  1NJJ A;  2NSX A;  5A8P A;  2WZE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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