2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
4GC4A 3S1WA 2RDTA 1K02A 1J4EA 3U8GA 4MZ1A 5T26A 1A50A 2H90A 4JGDA 1VR6A 4QQ3A 1SW3A 5LZLA 1IIGA 4JX6A 3W7IA 1BKSA 2CZFA 1IXQA 1TTPA 1IF2A 1VCVA 3I68A 4IPIA 6TIMA 5DN1A 3NXFA 3SY5A 1TPEA 1RVGA 1ME8A 1EUAA 3BG5A 2GQAA 3NPVA 5AHIA 1VC4A 5EKYA 2Y7FA 3TQVA 1I2RA 3DFPA 2XN1A 3BG9A 4LVFA 3STEA 2A7RA 4O8RA 3EX1A 1CX9A 4IJBA 2GVGA 3GDLA 3R89A 3W22A 4WXYA 3AJXA 4JN6A 4N9BA 3W7EA 5D2YA 4NJGA 1I45A 3IGUA 3CHVA 1LBLA 1LM1A 1W31A 4A2RA 2QAPA 3WJZA 4MUZA 4K8EA 3NYZA 1PV8A 3PUEA 4IQLA 5CSSA 4MFEA 3KOFA 1J5TA 3M0ZA 1QWGA 3UNDA 1GVQA 4AWTA 1FBAA 3LTYA 2QDHA 4ORMA 1RR2A 3PR2A 4LUIA 1H63A 4LWWA 3JS3A 2ZZ7A 3C2RA 1EPXA 1OVDA 4QAIA 1OFAA 3CM4A 2HSAA 3O05A 5A8GA 4X3ZA 4AH7A 4DO6A 3CIXA 5LGZA 1LORA 2JKPA 1KFBA 3TROA 3OEXA 3LXCA 5CPOA 3W6YA 3R13A 5D33A 4O1DA 3P61A 4H3DA 1ADOA 4KFPA 4A3UA 3QRHA 2XN0A 3L5LA 1EX5A 1DQWA 1TJRA 3MYOA 4EOUA 2BZNA 3TCEA 1KFCA 1FWNA 5HQEA 1GVSA 4AVFA 1VLIA 1PVNA 3O1NA 2TRSA 3LCIA 1TTIA 4A29A 2AGKA 4JNMA 4K38A 3HGRA 4KFOA 2RH9A 4JTFA 3O15A 3M1ZA 1L2UA 3HB9A 1P1XA 1H7OA 2WJZA 3BGGA 3TC6A 1TV5A 5KSWA 1C29A 2YX0A 3S0CA 4HNNA 3TDFA 3FJLA 1LLWA 2QUUA 5G2HA 4CQ8A 4PCFA 3LRMA 1AMKA 1OX4A 3PBVA 2F84A 4JTKA 3HO8A 5FEXA 4PFMA 1SZNA 5CZJA 2V82A 1SFLA 3OVRA 3S8HA 4Y8FA 3W7NA 3DAQA 5AYYA 3B04A 4ADTA 4E2DA 1MEHA 1LZOA 3UXAA 5L6UA 1N55A 1H7NA 3QPZA 5LNUA 1WQ5A 1LDCA 5CPMA 2VEKA 3QQ0A 4QITA 2GVLA 4JTEA 2P1FA 2X1RA 3VE9A 3NM3A 1SO5A 1TB3A 2Z6IA 3W3OA 2W0UA 4NJJA 1KV5A 5D05A 1U5JA 1CI1A 1XC4A 1H7PA 2DZWA 3PUDA 5G5IA 1VLWA 1CW2A 4UFHA 4LRTA 3LCLA 2ZRWA 2Y7EA 4JTHA 4AHOA 3GVGA 3GYEA 1QPRA 5K3VA 4MJZA 3HG3A 1GZGA 3LX9A 1JUEA 1LRQA 1UUOA 4PL1A 5D2VA 5AB3A 3M5ZA 3MHUA 2WNZA 1I2QA 3R5EA 3W74A 2NXHA 3DU0A 2CFFA 2X1TA 1G4TA 1TYGA 4UMBA 4N4QA 2ZZ3A 4NXKA 1K7EA 4NX0A 1EP2A 3SR7A 3W7HA 4GUFA 2QCHA 3DFQA 3TKFA 2H3BA 3GXTA 4FNPA 2DZUA 3IIOA 1WOBA 3EEGA 1F73A 3BW4A 4A2SA 1RQHA 1VJIA 2J24A 4NUWA 2WPBA 1R2RA 3A21A 1KM2A 5BNKA 3W2NA 3F4WA 5TBOA 5C2XA 3E96A 2I14A 3EXRA 3FA5A 3OVPA 1KFLA 4C1LA 3NQ2A 3TR2A 1G7VA 2QCGA 2AQWA 2V0TA 4Z1CA 1Z48A 2RKXA 1XUUA 3SZ8A 3W88A 1MO0A 1T99A 2BSLA 5CKSA 3CIWA 3FIGA 5DBTA 3SI9A 1W37A 4ZQCA 4CCEA 3TAOA 2AAMA 3NQ8A 4OU1A 4LVGA 2YZRA 3HGSA 1TRDA 2IQTA 1YLVA 1AL8A 2WOQA 4BR1A 1DV7A 2CLMA 3MO7A 1Z42A 4UUIA 3TFXA 4OHQA 5CGQA 3LCHA 4O4VA 1OX4B 4M6PA 2DZVA 2R91A 2QF7A 1ZAIA 3S6DA 3MP4A 3L21A 1G4PA 3W7GA 4YLWA 3GX9A 4O57A 3S1XA 1KM0A 3IVTA 4O0KA 4AXKA 2NUXA 4IX2A 4LC6A 4EIVA 3C61A 3VI2A 1VQTA 3P5ZA 1ZCOA 4LUJA 1JUKA 1SQ7A 2A21A 4MZYA 4AB4A 5D02A 1I8JA 3ELFA 1QPNA 4JTSA 3RLUA 3W87A 4CNPA 3QYQA 4M7SA 5H91A 4IPJA 1G69A 1Q6OA 4KKXA 5CSRA 4TIMA 5K9DA 1ZAHA 4M6VA 5DY3A 2E09A 3MMTA 3M9YA 3TNOA 4Y9AA 3HG5A 5FF2A 1TSIA 3W71A 4H4IA 2B7NA 2WSQA 4O16A 4RR4A 3DFSA 5CZ0A 5KINA 1QOPA 1OFBA 1GQNA 1I2NA 1F05A 1HO4A 4N6EA 3LV5A 1OK6A 1TJPA 3BK0A 1TMHA 4N6FA 3HF3A 3NL2A 5D38A 3N9RA 1KM1A 3L5MA 3DFOA 4NU7A 2DJLA 3BGJA 1FQ0A 2QUTA 1P5BA 3THAA 2QCMA 2QR6A 1O5KA 1TCDA 2EKCA 2RDWA 4YXGA 4TU1A 5DXXA 3UY7A 1OFPA 5HR6A 4YCOA 2Z6JA 1XBVA 3SW6A 3NOEA 3LBCA 1FXQA 1A5CA 3HPXA 5D03A 3EXTA 3O6YX 2ZZ4A 4O19A 4XTIA 3UWYA 3OVQA 5D04C 2V5BA 3G18A 3FOKA 2DU2A 4POCA 2B7OA 4AMAA 5AFDA 1F76A 3B8DA 4UTLA 5DCEA 4AEOA 2X1UA 4EVZA 3H54A 4PTNA 2A5HA 4CCDA 2C16A 3MHGA 1LROA 3CEUA 2YXGA 5K2ZA 3PSWA 4QSHA 1TV7A 1EEPA 1GTHA 2A2IA 1LTDA 2VXNA 3D0CA 3LCGA 2VELA 3KVLA 3MBDA 4GRSA 2BWGA 1A5BA 3R8RA 4ADUA 1GTEA 1BWLA 3EWBX 1B57A 2E77A 4DBDA 2ZDRA 2ZYFA 3LHYA 1NEYA 1W8SA 4HKPA 4NX5A 5J5DA 5FI8A 4M19A 3P74A 4BI7A 3PVFA 3BLIA 4K7YA 1KV8A 3CT7A 3RFAA 1JULA 4IMFA 2J88A 1ALDA 4WUIA 1P0NA 3STFA 5FF4A 1S3HA 1W5MA 4NJHA 5C55A 4XQ6A 3O16A 4LU0A 4YWIA 5HINA 1K3UA 2TPSA 1TV8A 4P61A 3Q94A 1TPH1 5F2IA 3OA3A 1KFKA 1PHQA 3T7VA 3TMQA 2V81A 3HGJA 1SW7A 3W76A 1LRTA 4AHPA 3M5VA 2E5BA 5F4WA 5AHEA 5LSMA 5AHLA 4BI6A 1VS1A 3G8RA 2CWNA 2CLOA 3CQ0A 3LXBA 4NNAA 4LV4A 5A5WA 4XZ9A 3G1AA 3G0UA 5EPDA 2G97A 4JEQA 4MPQA 3N34A 3DKJA 2C18A 3HQ1A 1GG0A 2ZRZA 4NVTA 1LBMA 5F4XA 4GUGA 3SJ3A 3BW2A 4JTLA 2ZRVA 2Q3RA 1WBJA 1M6JA 2FPYA 1MEIA 5FEWA 1VCGA 5C54A 1TREA 4GFSA 4Z1DA 1TTQA 3KXQA 2Y89A 1GJPA 4L4LA 1PCKA 1LYXA 3C3NA 1W5PA 3WJXA 2X30A 5KTLA 1KFEA 1TPVA 3LLDA 5EY5A 3F1QA 3EKLA 1OFDA 3G1XA 1WX0A 4MJMA 3NQEA 4DQWA 3Q58A 5DCBA 3FKRA 1THFD 1GT8A 4GE8A 4DO5A 3QC3A 1JRBA 4DF2A 3G1HA 2ZBTA 1D9EA 4UFJA 5DBUA 3LXAA 1G7UA 4K7VA 5AC8A 1NF0A 2VC6A 1OYCA 1QPOA 3FLUA 1Q6QA 4KFNA 4MY1A 3W23A 3GNNA 2J9XA 3HBLA 4DBEA 1H7WA 3TJXA 2Y7DA 3MW7A 2CW6A 1XBXA 4J9JA 3QF0A 4FO4A 3WK1A 1GOXA 1H7RA 5I3HA 3N2XA 1WDWA 4E0CA 3OG3A 3PM6A 4H6KA 3MUXA 4TMBA 2X16A 4UFIA 1HTIA 4W9TA 8TIMA 4DF0A 2C6QA 4BFAA 1YADA 5F2LA 1SUXA 4ZVJA 2C0AA 4O4WA 1V7YA 4DO4A 2FDSA 4GNJA 3THQA 2ZTJA 1TO3A 5LKYA 1GYLA 5HWNA 1H7XA 4S2BA 1TPC1 3GR8A 3WJSA 3UQNA 2JGYA 4O11A 1W3IA 3NEVA 1RQEA 1VRDA 4PC8A 4NJIA 4FX6M 3IGXA 1SO4A 5K4XA 3P8JA 3B03A 1KLYA 4ONVA 2QAFA 1KM3A 2R14A 2FPVA 3FYOA 3L0KA 4O15A 5BOOA 3BPWA 4ZQPA 3NQGA 3G1FA 1U83A 3QMRA 2Y88A 3CTLA 1JCYA 3W1UA 3LI0A 4LC8A 1NSJA 3W2MA 3JRKA 4NZFA 3G1SA 3UWVA 5BW6A 4K8HA 2CLKA 1ICQA 4QM1A 1DL3A 4ZL1A 4JS3A 3TW7A 5L9FA 1H50A 4MIMA 1EP1A 3L68A 1DVJA 4ORIA 2NX1A 4E2BA 5EA9A 1Q6LA 1ZFJA 3NZ1A 2YFNA 3A5VA 3PF3A 4MZ8A 4B5NA 1ZJIA 4M5PA 3MP3A 2DZPA 1XXXA 1H61A 2VFGA 1W3TA 4O53A 3S1UA 3SIZA 4UMCA 3M16A 4NQ1A 3QMTA 3DI0A 5AC7A 2G5WA 4MLJA 2ZRXA 1XFBA 3A9IA 1XBZA 2TSYA 1FWRA 3DZ1A 3LHUA 3CB8A 3GDKA 4LS0A 4TX9A 3UWQA 2LLEA 1KW1A 4YCPA 1BTMA 2QCNA 3QZEA 1VPXA 1QFEA 3GLCA 1XUZA 4HNUA 2PRHA 5KZDA 2X2GA 1OG0A 2PE4A 1Z44A 3PG8A 2V2CA 2DP3A 5FESA 3TAKA 1TPFA 1XCFA 3V75A 4IMCA 1VZWA 3QJAA 3L0GA 1DORA 5DCDA 3W84A 3W1LA 4PL2A 3S5NA 6ALDA 4IOTA 3NQAA 1G4SA 1ICSA 5HUOA 2ABAA 4K6AA 1GVFA 4XWUA 1HFBA 4S1FA 2G96A 4UXDA 5HR7A 4HNVA 7TIMA 1IXOA 2GOUA 2NUYA 3M43A 1F74A 1RQBA 2NX9A 2Y70A 4R34A 4UTUA 2ZZ5A 3P62A 1QCWA 3M41A 1QR7A 1VGAA 2B7QA 4N9EA 2XFWA 3TFCA 3B0VC 3LRLA 1M5WA 3KX6A 3NAVA 2ZRYA 4CQ9A 2JKAA 3C4UA 2ZFAA 3W86A 5I3GA 1SO6A 1SSGA 1JR1A 4ALDA 2V5LA 4IXHA 2PRMA 2V2HA 4M6QA 4WOQA 3C8FA 1DOSA 3NQDA 4K39A 1H5YA 5I3IA 3CWOX 1AW1A 1O5XA 1RZMA 3W85A 4AWUA 4AWSA 1WYIA 1HO1A 1YTEA 3LCWA 3F03K 3E12A 4JYFA 3L2IA 5GVJA 1F7BA 1EIXA 2QKFA 3RK8A 2QJGA 4QNEA 1QNVA 2O7QA 1Q6RA 3LCFA 2C3ZA 3QFEA 2VENA 3PSVA 3N9SA 3TA6A 1Y0EA 3LTPA 3QQ1A 2Y7GA 3B06A 3Q37A 2GQ8A 2PCQA 5AN7A 4ZQRA 3TC7A 2BXVA 1K8YA 4N2YA 4OV4A 3PS7A 4UTIA 1YDNA 1G4EA 2V9DA 5EMUA 5LNVA 4JTJA 4AAJA 1LOSA 5E1QA 3L9CA 5F1VA 3DI1A 3PBYA 3L65A 5HJLA 4Q33A 4XKYA 1MSSA 4K37A 3UWWA 1B3OA 2E6FA 5DELA 1YPFA 4OQVA 2VEIA 2E6AA 3L66A 2CU0A 4I7UA 1XBYA 4LV9A 1H1ZA 4MYAA 4DPQA 4LVDA 1SZFA 3FFSA 3GNDA 4GWEA 4Z1AA 5FF7A 2JBMA 3G3MA 4JYEA 4UTMA 1J2WA 3VKJA 3ANYA 3EWZA 1K7XA 3EX4A 1TQXA 4I9AA 3KVKA 3SGZA 4WY0A 2H8ZA 3G1YA 3B0UX 4O1BA 3LV6A 2ZQ0A 2CZEA 5D30A 1C9DA 5AOUA 2OT1A 2UV8G 2ALDA 1WXJA 3EXSA 2Q8ZA 3G0SA 2JGQA 4TR9A 5KMYA 3QM3A 2C14A 4FHAA 2E6DA 3SECA 3T44A 4LS2A 2DZTA 2QCCA 4UMAA 2Y6ZA 3R2GA 1OFRA 3W7PA 3HPSA 1YDVA 5K7JA 1SPQA 3NQMA 1TTJA 4LTSA 5AC6A 3IIZA 1Z41A 2WQPA 3UPWA 2BLEA 5SWUA 4JXCA 3N73A 5LNWA 1AW2A 3UY8A 5HMSA 4WX2A 1OYAA 4HHPA 1QAPA 2GJLA 1TIMA 3CLMA 3S1VA 1K7FA 5FF0A 2VEMA 3I7QA 5K9XA 4XUGA 1NVMA 3VFLA 4Y6GA 2A6LA 1OHLA 3BLEA 1AG1O 4Q32A 4U28A 2FB3A 4MFDA 4PODA 1OF8A 1VCFA 2YPIA 4DEFA 3WK3A 1S5WA 4R7JA 3W1TA 1FY6A 3BV4A 3PB2A 2NWSA 3HGOA 1FDJA 3MI2A 2PC4A 4MY8A 3U6WA 1F5ZA 2H6RA 4S2CA 3SGUA 3S5ZA 1K8ZA 3S9YA 2RFGA 5G1TA 5C5YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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