2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
1Y0EA 3N9SA 2CW6A 2H3BA 3P74A 1OYAA 2JGQA 3TQKA 4A22A 1OFEA 5AOUA 1DHPA 3HGOA 4S2BA 1KA9F 2GJNA 2WNQA 2TMDA 2P0OA 3M5XA 3R12A 1EX5A 1JUBA 1HTIA 2CZFA 3CM4A 5D32A 1SW7A 4PH6A 3TQVA 1V5XA 1TV8A 1D9EA 3PG8A 4BF9A 4GJ1A 3VFLA 2EAWA 2B0MA 1ZHAA 3DKJA 3EWBX 2NX1A 2ISWA 4PFMA 4GXMA 3N19B 5LNSA 5AHMA 3W7GA 4WOZA 2RKXA 4O12A 3W2NA 1ICSA 1F6PA 5IM51 1Z42A 4GC4A 3C2FA 4LRSA 1ZCOA 3ELFA 3G1FA 2RHGA 3R13A 4PODA 2X1SA 3W7RA 2C1HA 5U4NA 3W1TA 1EP1A 4POCA 2WOQA 1KM3A 4M6VA 1TQJA 2RFGA 1GVRA 4AHOA 1IIHA 2VFIA 1JCJA 2J27A 4YXGA 5DCEA 3LCHA 4JTTA 4E2BA 1G4PA 1GPWA 1TIMA 1JQXA 3N73A 5C6MA 1MEWA 3A9IA 1P4CA 1Q45A 3EX6A 3LCLA 4QNWA 3S1VA 1OHLA 4UNKA 3NQDA 3W23A 5LGXA 3TMLA 2ALDA 1JUKA 3W7DA 5G4EA 3W2UA 1I2RA 3LRKA 4WXYA 5K2ZA 3QMTA 4UCGA 1J5TA 3DXIA 4DXVA 3C2VA 3W74A 1ZY9A 2ZTKA 3PWAA 3LV6A 3BG5A 5C5YA 1K8XA 3RNDA 1UUMA 3NQMA 3TKFA 4AHQA 3TXVA 3ANYA 3FJLA 5BOOA 2RH9A 2NUXA 1Z44A 3G0UA 4QM1A 4MVAA 5DY3A 1V7YA 4DO4A 5F2GA 5BW6A 3GR8A 2QJIA 4CCCA 1FCVA 1JQVA 3PF3A 4UXDA 4R33A 3IVSA 2NXGA 2H8XA 2YR1A 3DHDA 2VFHA 3W75A 4LS2A 4QSHA 3B06A 1RVGA 3C3NA 3E0IA 3HF3A 4K7VA 1L6SA 1DOSA 3ABSA 3P5YA 2TYSA 3L5AA 4E2DA 4QJ1A 1VCGA 4A29A 3UZJA 1FWWA 4C1KA 4OGZA 4K7YA 4AWUA 3IEBA 3SY5A 4ALDA 3LRMA 1GWJA 1RZMA 3EKLA 3N2MA 1I2QA 4AXKA 3UWUA 2FPYA 2X1UA 4IPIA 4RV8A 3I65A 4MJZA 5A8GA 3S6DA 3LERA 1WA3A 2CZDA 4LV4A 1W56A 1XDLA 4O52A 4IQLA 4FNRA 4OQVA 1G4TA 1K7XA 1ONRA 1YTKA 2YPIA 4X22A 3O07A 1OFDA 2VEMA 3GDLA 3LTSA 1FDJA 5G1TA 2GQ9A 1LDCA 1GZGA 1OYCA 3W1UA 2V30A 4ORIA 1G67A 1QR7A 1W5PA 1OFQA 2NWRA 4LU0A 4MLJA 3M5YA 4EIVA 4JN6A 5D2XA 4JDYA 1N8FA 3TJXA 1RPXA 2Y7FA 4RJEA 3HBLA 3W70A 4X9SA 1H7NA 4I9AA 3B4UA 1GT8A 1QDSA 1GG1A 4CCDA 1OF6A 1UB3A 1GTEA 3KRSA 3SW6A 5D09A 3BK0A 3IVUA 3TA6A 4BR1A 2QAFA 3HG5A 2JGYA 5A5WA 3WFAA 2Y62A 4FNTA 2AGKA 4K8HA 4MFDA 1GVOA 3NM3A 3BLIA 1H62A 1X7FA 3L5MA 3NA8A 4YMZA 3PBUA 1O5KA 2DU2A 3MWAA 4O16A 3O16A 4M19A 4GUJA 3NVTA 2DP3A 4IOTA 2DZTA 1XUUA 2J9ZA 3W6YA 3WJWA 1BTMA 4JTSA 1TPEA 3P81A 5LHFA 3STFA 1KM6A 2J88A 4NZJA 3A24A 1F7BA 3P60A 3T40A 1GYNA 1KM0A 3S42A 3C6CA 1GOXA 1YDOA 4FIQA 4O57A 1FCQA 3NQ2A 1EA0A 1QO5A 2H8ZA 2JK2A 2E1DA 2QCCA 3NYZA 4L4MA 2VKZG 1R2SA 4WXZA 1DORA 1MZHA 2C3ZA 1QFEA 1PVNA 3GZ3A 1VZWA 4IX2A 4EOUA 2V81A 2TRSA 5CZ0A 3UZ5A 3S5YA 4FHAA 4UTUA 2XN1A 5AYXA 2XFWA 1AK5A 1DVJA 1X1ZA 5KTLA 1OG0A 2WNNA 3QQ1A 4UFJA 3Q37A 2TSYA 3HPZA 4K6AA 5H2ZA 1HG3A 2CLLA 2V2HA 3KHJA 1AW1A 1E51A 4NNAA 1VQTA 4NJJA 3F03K 3GLCA 3LHTA 4WY0F 5LNRA 3C61A 1H60A 2DZXA 2PC4A 3TDFA 3LCIA 4UR8A 4ZQPA 1TV7A 2ZZ6A 3DFNA 2GJLA 5G2WA 4NQ1A 4C1LA 1K8ZA 1R46A 1SSGA 3L0GA 2O7QA 4FNPA 5K9XA 5CPLA 3TU9A 2QDGA 1QPOA 4UUIA 4ICNA 1FUYA 3M1ZA 1F74A 4UTKA 3L5LA 3ZFHA 3DHFA 2EF9A 4WX2A 3G0SA 2B7NA 3C2RA 1O94A 4N9DA 4AB4A 1KV5A 2FPTA 1YXYA 1W5NA 1G7UA 1TV5A 1SW3A 3DFSA 5HMSA 3PAJA 1OX4A 1W5QA 4JIQA 4JY9A 4IMFA 1FBAA 4IMGA 2V0TA 1ZENA 3LM7A 1W8SA 4KKXA 2FIQA 4QQ3A 1EWEA 3C2EA 3SI9A 4K38A 4MZ8A 3NNTA 4A2SA 1WDWA 1I2OA 4DBDA 4JIPA 2CZ5A 3WK3A 1C8VA 3C56A 3RFAA 3FA5A 1M7PA 5E0KA 1LBFA 2LLEA 4O19A 1VPXA 5D05A 3HG4A 3W76A 4BFAA 4BWLC 3W3OA 1W3IA 4LW7A 5CKSA 4BK9A 5HNRA 1H7OA 2V9DA 3W1PA 2Q3OA 3QYQA 3LB0A 1O95A 5KSWA 3IIOA 2YSWA 1S5WA 2ZA1A 3CEPA 4UTLA 3M9YA 3FLUA 5AYYA 1XBYA 4M5PA 3MI6A 5LSMA 3DH7A 1JRBA 4UFKA 2CU0A 4LRTA 3IIZA 5FF7A 3TC6A 3G8RA 5DCBA 3NL5A 1ZALA 1N55A 3W7HA 1SZEA 1EUNA 5CPOA 1NF7A 3NR0A 1WAUA 3TV8A 3LBCA 5U7SA 3NZ1A 3NL6A 1D3GA 2JKAA 3S0CA 4NT0A 3MBDA 4QIUA 3W7CA 3D0CA 4XBKA 3W88A 1KTBA 2GPTA 2X1RA 5LGZA 4CNPA 3SSJA 2E6AA 5EL1A 3KX6A 1X6UA 3DAQA 2VFDA 1H7WA 2YDAA 2A2IA 3OG3A 2GUUA 2C0AA 4JS3A 4LV9A 1TYGA 1NF0A 1B9BA 1DL3A 5BMXA 2Y6ZA 3W1RA 2FQIA 5FF2A 3SFKA 1KLYA 1IXPA 1VRDA 1PCKA 3A21A 1LLWA 4ZVJA 1K7FA 3SZ8A 3W7KA 3I7QA 5HUPA 2ZFAA 5FF3A 2CLHA 3HPXA 4LC8A 4O28A 3V75A 5EBUA 1TB3A 5BMWA 1H7RA 4N6FA 3C4UA 3C2OA 4PEKA 3WK0A 4E0CA 3TMQA 4OV9A 2ZRUA 4KWWA 1YXDA 4WY0A 1LOLA 4RZ4A 3TE9A 4YLWA 1W3TA 4O18A 2A6NA 3LOTA 3W7JA 4IPJA 4NVTA 5DBUA 5C54A 4H3DA 4IUOA 3PBYA 1H7XA 3G18A 2NWSA 1BEUA 2GOUA 4A3UA 5I3GA 4JY8A 1F73A 3HG2A 4MY9A 2E6DA 5D2TA 3CEUA 3O6YX 1T99A 1YTEA 4NJGA 6ALDA 1TPVA 5CGQA 3EX1A 3DBPA 2HMCA 2ISVA 2Q3RA 2FLIA 4LVBA 1WOAA 3NQAA 2RDWA 4FIRA 1OX6A 4O50A 1YLVA 2OZ0A 1NEYA 2QUUA 1ADOA 1RD5A 3PS7A 3L21A 1SO6A 4UTWC 1VGAA 5DBTA 3N14A 1OFRA 3M6YA 5FF0A 1OX4B 5CPNA 1TTQA 3I7SA 5HWMA 2ZTJA 2Y88A 5E93A 3LHZA 4FX6M 5FEPA 4PC8A 4BWLA 1PHQA 3LHWA 4O4VA 1LOQA 1OJXA 1UBSA 2C16A 1OVDA 3QSRA 1LROA 3LCFA 3CWNA 3MYOA 1P1XA 5FEXA 1BWKA 3STGA 3FJ6A 1A50A 2V82A 3W2MA 1XUZA 1KM2A 1UJPA 1ME9A 2FTPA 4A21A 2A7PA 3T78A 2I9EA 4RLIA 2E09A 4MY1A 4N4QA 4OE7A 3W1MA 2VFFA 1XBVA 1VYSX 3OA3A 4MPQA 4Y90A 7TIMA 5EMUA 2V5BA 4IMEA 4X3ZA 2B7QA 2G95A 4TX9A 3BGGA 3LCXA 4PTNA 3PG9A 2A6LA 4UTHA 4LC6A 4Z1CA 2G5WA 1ICQA 3ATYA 3DFTA 1VS1A 5GVJA 3HPSA 3EWZA 1W0MA 2TPSA 4IX0A 2BWGA 2OJPA 3ABRA 3KAOA 4P61A 3M43A 4YCPA 2B7PA 1W31A 5D02A 3P84A 3NQ8A 3EEGA 1EPXA 4MLRA 1JCXA 2J9XA 2QCLA 5DY2A 1YADA 5I3FA 4Y8FA 5G5IA 1FWTA 3W84A 2QR6A 5AC7A 2VEIA 1HO4A 1VJIA 1M7OA 3W07A 1KFJA 3P8IA 1XCFA 2X2GA 1XI3A 1F5ZA 3ZWSA 3G1YA 1XL9A 3W7EA 2JBMA 1L2UA 1FWNA 1QO2A 3R8RA 4CLMA 2UV8G 3OEXA 1XC4A 3WJZA 1FXPA 5TIMA 1JRCA 2BXVA 1SQ7A 1VH7A 3DFQA 2QJHA 2ISSA 1Z41A 4TU1A 3PVFA 3TQ0A 2JKPA 1R47A 1TRIA 3T7VA 1TPDA 1DQXA 4X2RA 1FY6A 4HPJA 4PL1A 2QCFA 1XM3A 3B03A 3F1QA 4KFPA 2VC6A 2PURA 4HKPA 2AAMA 4IMDA 1R2RA 2Q8ZA 4JD4A 3UNDA 3GIYA 1TJRA 4NX5A 3LTPA 3AJXA 3EWWA 4O4WA 5G1YA 1A5BA 3JRKA 3YPIA 4WY0B 3OVRA 2QCHA 1JVNA 5H91A 3W85A 3TFCA 4Z1DA 4MKNA 2A1YA 3HQ1A 4KFOA 4AHPA 3NPWA 3LHYA 1L6YA 5I3HA 1G69A 3TROA 3IV3A 4NNCA 3EB2A 3IRDA 4UTWA 1HFBA 1Q6QA 3LX9A 3EX4A 2BX7A 3LTYA 3VI2A 4ADSA 3O06A 3STCA 5DXYA 3W1AA 3RK8A 1LRQA 4O54A 4ZMGA 1LBLA 4XBSA 5KITA 3LHVA 3F4NA 4DELA 4MZ1A 1S5VA 3TAOA 4XTDA 3V1PA 3M5VA 2Y85A 3CWOX 2I14A 4Z0SA 1WX0A 3L65A 4Q4KA 5FEWA 2QCEA 2NUWA 5I3JA 4NJIA 4RXFA 5G2IA 3GB6A 4AF0A 5CZTA 3BG3A 3WJXA 5K9DA 4R7JA 3FIGA 2A0NA 3Q2DA 1OFBA 4DF0A 5AYZA 1FQ0A 2DORA 1YDNA 2OX1A 2YGYA 1PHWA 5KZEA 5D2WA 3EKZA 4I7UA 3WK2A 3TSBA 2BZNA 1LRTA 6TIMA 2E77A 4UTMA 4IXXA 3FYOA 3TX9A 3Q58A 3SIZA 2ABAA 4CQ8A 3SJ3A 1VCVA 5HWJA 4FNQA 2CLKA 3LI0A 3GNNA 1T96A 2Z1BA 3LDVA 4JR5A 2XN2A 1FXQA 2A5HA 1DJQA 4O53A 2ZDRA 4JTJA 4HNTA 1EP2A 4AMAA 1WBHA 1F6KA 2WO5A 3ABOA 3BG9A 4H6KA 5AHIA 1H7PA 5K9CA 4UIOA 3CHVA 4FB7A 1OFPA 2Z6IA 2C18A 3ZWTA 3W7MA 4JEQA 2Y89A 3AO0A 4IGHA 1IXQA 2KZHA 1T8XA 3ZS4A 4CQ9A 3GR7A 3UD6A 3HG3A 3O15A 4M6PA 1SZFA 4N9BA 3PY2A 3W1QA 1FDZA 3A5VA 1XDMA 1JCLA 3CPRA 3EX3A 3DI0A 1GVFA 3LCWA 4OWGA 5AB3A 5AN7A 3G0XA 1QMLA 3HGRA 3NZRA 4WD0A 4ADTA 2A7RA 3VNDA 1LORA 1NAL1 2Y63A 3A22A 3KVJA 1TQXA 3FYPA 3H54A 1H50A 2H6RA 4UMBA 4FEZA 4JYEA 2X16A 1ZAJA 3IIPA 5HWNA 1YYAA 3GNDA 4D2JA 1UCWA 5DELA 1ZFJA 2C19A 2YFOA 5J5DA 5KZMA 2IQTA 2R94A 1MO0A 3S8HA 4GE8A 3GX9A 3U2OA 5EPDA 1ZJIA 3T4CA 2B4GA 3TJLA 5BNKA 3QJAA 2QF7A 1A53A 1TTPA 4HNNA 3KOFA 1QOPA 2Z0IA 4JDBA 4N02A 3TSDA 4NXSA 4K8EA 3B0VC 4UFLA 2PRMA 2QKFA 3EXSA 1UUOA 4O11A 3UWWA 5DCDA 1G4EA 4M6QA 1DKWA 4OBTA 2G96A 3W2JA 4B5NA 3QEZA 3O6CA 4GUGA 4CQAA 4DO5A 5LNWA 3LI1A 5L6UA 3R2GA 3NQVA 3TAKA 3MP4A 3PB2A 4HNVA 4J9JA 4M7SA 1K03A 5I3KA 5AFDA 2B7OA 2CFFA 3DI1A 2HS8A 2J9YA 3LBMA 3MJYA 2E6FA 1AL8A 1KBIA 2HTMA 1H51A 3M47A 3M44A 3P61A 2DJXA 3L2IA 1GVQA 1KM5A 1WYIA 1JCNA 4AF0B 3QMSA 3OHIA 1J2WA 5HQEA 4WUIA 1YDVA 1YPFA 2GVJA 1TMHA 2GVLA 5CSSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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