2VRJA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with n-octyl-5- deoxy-6-oxa-n-(thio)carbamoylcalystegine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular Basis for Beta-Glucosidase Inhibition by Ring-Modified Calystegine Analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vrjA00
3SCWA 2UWFA 4D6CA 1J0ZA 4Y7EA 1QVBA 3L4VA 1JYWA 1W2PA 4M82A 2VUYA 4Z2KA 3T2PA 5HOSA 4Q7NA 3WQ4A 3MUIA 4JHZA 4WJXA 1MXGA 5JIPA 4UFLA 2ZXAA 4HPGA 2ZUSA 1W91A 4PYSA 1GOOA 2BNJA 3GXDA 1BSIA 1F4HA 1OB0A 4B9YA 2EPLX 3A4XA 5E0FA 2G3MA 4TTGA 1DTUA 1UKOA 3T0BA 4D6FA 1I75A 1H11A 4CN4A 2JFEX 3A47A 3VM7A 3N1AA 1CNVA 3UETA 3TA9A 3RCNA 1C92A 4LYPA 1J18A 1WZAA 3BAYA 1B3ZA 2CNCA 1VFMA 4AY1A 2VQTA 4MNMA 4D1JA 4ACZA 5I3DA 2CCRA 2Q8XA 5AY7A 3I3EA 2VCAA 2PWFA 5E6ZA 9CGTA 4J28A 2YDRA 1R87A 1JFXA 3WD3A 3MS8A 4M24A 3RIKA 4CGTA 4NI3A 2GDVA 2Y2WA 4N0RA 1L8NA 3VDAA 3EDKA 3WIJA 4LQ1A 4GZIA 3F5JA 4WSKA 1E4LA 3L2MA 1BG4A 3L4ZA 4E4PA 2BV9A 3CZEA 3AFBA 1MQPA 5BRPA 2EPMX 5IXEA 4C7DA 2WKGA 2J7CA 1JI1A 1HL9A 1I1XA 1E43A 2WVSA 2EO7A 5GPRA 1V6UA 2FHBA 2XVGA 1E5JA 5IFTA 3ECQA 3O2LA 3UEQA 2BVYA 4HU0A 3VIIA 3VMPA 1VF8A 2VC9A 3RJXA 1HP5A 1LQ0A 1E0XA 4ATWA 3ARTA 1O7AA 3QGVA 1A3HA 4GPNA 5M03A 4A4AA 1UH3A 3MANA 4NRRA 1JZ6A 3VX0A 1G01A 3WDJA 1UR9A 2W5FA 3AHZA 3W24A 2Z1KA 2XM2A 4GI9A 1EHAA 3W29A 2W4XA 1OWQA 5LYRA 3W6MA 3M07A 3WFZA 2J47A 1OD8A 1PAMA 5D8WA 1TG7A 1WAWA 4JFSA 4U5KA 1E4MM 4OOUA 3WNKA 3ALGA 4RE3A 2VR5A 2VX4A 3GBEA 1KQYA 5IFPA 3VGGA 1SFSA 2AMGA 3EDDA 2YIHA 4UFHA 1OT1A 4BS0A 4P7QA 3EDEA 3VDHA 1C3FA 3VD9A 5CPSA 1K9FA 2WM0A 2A3AA 1E4IA 3ZJKA 3WFLA 4MNKA 2VTFA 3MMWA 2CBIA 1CGTA 1XSIA 5C8BB 5I0DA 1CPUA 4V28A 3AYSA 3BMWA 2D0HA 2J78A 1EA9C 3CZJA 3PZIA 5BWFA 3GXMA 5CPQA 3DYMA 4V2XA 1B90A 2ZUUA 2YA1A 3ARSA 1V3KA 4CU6A 1LWJA 4ZE4A 4U5IA 4QLJA 3PZVA 4HZ7A 2E3ZA 4B16A 4J3WA 4UQAA 3I3BA 2A3HA 4ZE5A 5BXSA 2J74A 3VD4A 1P6WA 4PMDA 1CGUA 3CGTA 5HPCA 3SCNA 4AYSA 3OLIA 2ZWYA 3WBAA 3B9DA 5FIPA 4H04A 1TMQA 4B3LA 4GINA 4W88A 2GVYA 3AMCA 4J3TA 1EO5A 1GQIA 2WLZA 2WMJA 4KH2A 5FL1A 7A3HA 2QF8A 2J8FA 2IUZA 3AXIA 4PMNA 2VOTA 3GBDA 3RPMA 1E6NA 1GHRA 2MANA 3B9EA 5CG0A 3THDA 3BLKA 3WH6A 2G3IA 2XFYA 2UY2A 4PEEA 4EAMA 1D3CA 3KE0A 2J75A 2CIPA 1RP8A 4P8VA 4P8XA 3UG5A 3WNPA 1V02A 3ARZA 3ZM8A 4JAWA 3LPPA 3A4AA 5A8OA 2DGAA 3AIBA 1A47A 3CUFA 1ODZA 3AHTA 2DSUA 2XFRA 1HKIA 4JL1A 1V0NA 2XWEA 4PMVA 3HMCA 1EXPA 1CGWA 1BYCA 1CLXA 4AZIA 1UH2A 2DH3A 3KZSA 1US2A 3THCA 3BAWA 2JE8A 1HX0A 3J7HA 3WUGA 1XH2A 3T0DA 1B3XA 1E0WA 3BXWA 4EKJA 4D6JA 1B9ZA 1WDPA 3UG3A 2XVLA 1ZBKA 3PZMA 5A2BA 1BGGA 4MDPA 1OBAA 2CBVA 1H0GA 2BXZA 2XFFA 4NRSA 3O9NA 1FHDA 1UD3A 1R86A 4BZYA 4AZCB 1FFQA 3WEZA 1QBAA 1NH6A 1UD5A 1JZ2A 2FHCA 3VD5A 4AZ7A 4OBSA 1W3LA 5DO8A 5C70A 4CN6A 1U2YA 1PZ2A 1BPLB 5HNNA 1AMYA 1YQ2A 2WCSA 1ISYA 2CPUA 1S46A 4UQ9A 3QHMA 1EOMA 3B8SA 3PZGA 3KL5A 4JFUA 5TD4A 2FH8A 3U7BA 3DECA 1CIUA 1HXJA 3LPFA 3WQ5A 5A6BA 4XZBA 2BVDA 1OINA 1W1PA 4YHEA 4QCFA 3L4TA 4LYRA 3NUKA 3K8KA 3VUPA 2Y8VA 3G6MA 3MUZ1 1QNQA 4L4OA 1SR0A 1W1VA 4WK9A 5EB8A 2DH2A 4FLSA 2AAAA 4B15A 1CYGA 1WDRA 3MSGA 1E3ZA 3VINA 1UWSA 4MAVA 3WUBA 4J3VA 3WKZA 3VGHA 3BAXA 3T08A 3GH7A 1PX3A 2BHZA 2ZX9A 1AVAA 3SCQA 1W9DM 1M03A 3ARWA 3OGSA 1FP9A 4PUEA 3FN9A 3CUHA 4JCMA 4AISA 4PSPA 5EFDA 2CHNA 2XIBA 2ZIDA 5A94A 4UNIA 3VX1A 3NCOA 4HOXA 3AYRA 4KGJA 4U3AA 3UESA 3ARVA 4HMEA 1UWUA 1QHPA 2EPKX 1CXLA 3IJ7A 3MO4A 1V3MA 2QPUA 1PBGA 4H7VA 5BROA 3UERA 5CGMA 4AIEA 1KXVA 2X0YA 3VD7A 1PZ3A 4GQQA 2XUCA 1GHSA 1TFVA 2VX6A 4QP0A 5ABHA 1E55A 2GK1A 2YL9A 3MMDA 2NW0A 1UA3A 1GJUA 2EPOA 3SCRA 3OB8A 3NDYA 1QNOA 5CZKA 2D0FA 2OSXA 3SCSA 2XSAA 4PTWA 1HL8A 3WNOA 1KBKA 1PX4A 4XB3A 2C7FA 4AIOA 1UZ1A 1AQ0A 1HKMA 1ZJBA 2WK2A 4E8CA 3W28A 5FOOA 3WH9A 1EGZA 2B31A 4GI6A 3OZPA 1Q6GA 1NM9A 1XSKA 2VX7A 2PI6A 3AHVA 4F9JA 2VZVA 4UFKA 4NF7A 1QHOA 1W9XA 3MKKA 1KR1A 5I79A 4E8DA 3VIGA 5A6KA 1LLOA 2OSWA 2VR4A 4F79A 1OM0A 3CUGA 3HU7A 5JBFA 4ATLA 1UKSA 5GNYA 3AMGA 1FOBA 5AYIA 4AZ5A 4MB5A 1JD9A 4XUYA 1K9DA 2F61A 1UH4A 4WKHA 4PN2A 4J3XA 5IHRA 3F5LA 2YOCA 3KL0A 3VNYA 3T2OA 1L0PA 1VFFA 2ZX5A 1V0MA 4D71A 3GYCA 4H41A 3MUY1 3MMUA 3VIFA 3IAQA 4U3CA 4LPCA 4XX6A 1WO2A 4ATDA 1UOKA 2VQUA 2ZUMA 1CEOA 3M46A 3IAPA 1U33A 1GOIA 3F4VA 3JUGA 4W5ZA 5DT7A 4TX8A 1Q6CA 3N18A 3CMJA 4MJ4A 4P7RA 3WMCA 3UCQA 1JZ7A 2C0HA 3QHNA 2ZWZA 4N42A 2CITA 1GOKA 1GW1A 1M04A 2RGLA 4GZJA 2IXUA 4ZENA 1K9EA 2VZOA 3SUTA 4CKQA 4PMUA 2BY3A 4GZEA 3WSUA 3W6LA 3U5UA 2NSXA 3BMVA 3WMSA 4UTFA 1TVPA 2CETA 1GVYA 1KFWA 3RM9A 5FKYA 4M1RA 3IJ8A 3A3HA 4TUFA 3ZO9A 1MWOA 2EQDA 3M6DA 3L4YA 3K8MA 4EANA 2YDQA 1JDCA 5LA1A 2UY4A 1F4AA 3N04A 2QMKA 4BQ4A 4CD7A 2WMHA 1KGWA 4OUEA 1JAEA 4AZCA 4W87A 4A3HA 2JALA 1DWAM 2JEPA 1E4NA 1E0VA 4HU8A 2J62A 1UHVA 3AIEA 5DF0A 2V3FA 2VI0A 1HJVA 1V3LA 5KEZA 1XYZA 3BCDA 5DEZA 3WD2A 5A8NA 3CZLA 3WF3A 3WDIA 1MFUA 5CSYA 3FXYA 2DPEA 4UCFA 1QW8A 1B31A 1E6PA 2W67A 4IISA 3SIMA 3PZOA 4P7NA 1UYQA 3WF4A 5D8ZA 1UD2A 2YA0A 4IPLA 4BQ3A 2A3CA 2Y24A 3ARQA 5A6SA 3WUEA 1W2VA 3VIPA 3GNOA 5A69A 4PCTA 3L2LA 1EHNA 3PBGA 2E8YA 1JDAA 1V02E 1GVIA 4C7GA 3BAIA 3EMQA 1JXJA 2F8QA 6CGTA 1DEDA 3AZTA 1CXHA 1H2JA 2J8GA 3VDBA 4TX6A 4MNJA 4QLKA 2VL4A 1JGIA 1UD8A 1MW1A 4JFWA 3IJ9A 3U7VA 1FP8A 1H5VA 5A8PA 3VM5A 2WC7A 1TR1A 3SURA 4MNLA 1XRVA 2UY3A 1E6ZA 4FK9A 3GH5A 4D6EA 1J01A 3W37A 2O9RA 2DIEA 5AYBA 4MJ2A 4Z2GA 2VRKA 2WZIA 2ZX7A 1UD4A 3AXHA 1FH9A 3TOPA 3SEPA 4CVUA 1CLVA 1HVXA 1J0HA 4YHGA 3WNNA 5GNZA 3W53A 4TVCA 1UR8A 2PWEA 2WCGA 1CECA 2ZE0A 1V03A 2BHYA 3CUJA 3N9KA 3BH4A 1BYDA 1B3YA 3LPGA 1RD6A 3MV11 4OKDA 1H4PA 3K1DA 4GXPA 2OWCA 1FA2A 1TE1A 2QHAA 3W38A 1C91A 4UOJA 4AIUA 3VGDA 2YL8A 3KEHA 1Y7VA 1TCMA 1VRXA 5I5RA 3AIRA 2CXGA 1DHKA 5E9AA 2ZUTA 1MVYA 3S2CA 1G1YA 2DDXA 4S3KA 4BF7A 3AQUA 1V6WA 1HP4A 3TONA 4FLQA 2DT0A 1FFRA 3AS1A 5D9MA 2FGLA 3FW6A 3ZR5A 4KMQA 2VT0A 4TXEA 4PMRA 5M17A 2X05A 1XCXA 5DT5A 4Z2LA 1B1YA 3ARXA 3N11A 2DQXA 3CPUA 3IK2A 3WF0A 1NWRA 1NWUA 3OGRA 5EBAA 4KWUA 1N82A 4LGXA 3CLWA 2D3LA 5CLWA 3CZGA 4GI8A 3WELA 3CHFA 2J7GA 4ZFMA 3APGA 1JF6A 1GQJA 2E8ZA 3AJ7A 4HA4A 1MYRA 4PMYA 3RM4A 4DWSD 1GNXA 3QR3A 1BVZA 2BVTA 2EEXA 2VNCA 3WH5A 4AW7A 3ZR6A 1LG1A 1XH1A 4PMXA 1K9TA 3AROA 2VO5A 2G8ZA 2WNWA 4CU8A 4P8WA 1HJSA 2PWGA 3L4UA 3VGFA 4OIFA 1NWSA 4HOZA 1MW0A 2C8NA 4X0NA 2J7EA 2DSVA 1G5AA 2D24A 2VURA 1KB3A 2EJ1A 1NARA 1WDSA 3VIMA 1ESWA 4W8BA 4WSJA 3ZMRA 4RE2A 1E15A 2WYSA 3VGBA 1BYAA 2WVTA 1FHLA 3CZ8A 1ITCA 3VIKA 4OOZA 2WMGA 5JBEA 3E1F1 1MXDA 3EBVA 5A8MA 1E1FA 4EE9A 4AEFA 3PN8A 1C8QA 1B2YA 3FNDA 5BYWA 4UZUA 2UY5A 4HZ8A 2XPKA 2V38A 2DSKA 2E9LA 5I2UA 1ZJAA 4HTYA 3GXFA 1HJWA 1GZJA 2WSKA 2D22A 3W26A 2YBUA 3VNZA 3WQ8A 1BYBA 3GTNA 4CCDA 1LG2A 2CKSA 1GOQA 1E1EA 4QAWA 4MTVA 1XCWA 5E70A 1J0KA 1PPIA 1MQRA 5FD0A 3CO4A 1VBRA 4F9DA 2WBKA 4LXFA 2BY0A 1EOKA 3K46A 4YN5A 3WQVA 1VJSA 1OIMA 3DYPA 3G6LA 1V3HA 1ZB5A 1CXEA 3OIHA 2CBUA 1E71M 1R8LA 5CQ1A 1QI5A 3AOFA 4ZXLA 1C7SA 3WDPP 2WHMA 2GDUA 8A3HA 1QI0A 2CERA 4MPKA 1ITXA 4H8VA 3WENA 5ABEA 4M56A 4ACYA 2O9PA 1RH9A 4JHOA 4UFJA 2V5DA 3VMNA 1ISXA 1J0IA 1MQQA 4EK7A 2VCBA 3MU7A 3PZNA 4JL2A 1EDGA 1EQCA 1QI2A 1TZ7A 4AD2A 3WQWA 1EO7A 2W91A 3ALFA 1HJQA 1ZBWA 4U33A 1OT2A 1SMDA 1ISVA 1NOFA 1QNRA 2YL5A 2XHYA 4UQDA 3VIJA 1QI4A 2XIIA 2PBOA 3PHAA 4S3JA 1WB0A 2PF0A 1E56A 2WWDA 2XYLA 3WUFA 3A6OA 1WZKA 1JF5A 2PBGA 4CN1A 4HA3A 3NSXA 4U2YA 1C93A 1ODUA 1TVNA 2D0GA 8CGTA 4HA1A 4DUVA 3UR7A 2XM1A 1KXTA 3VMOA 3CHDA 3M7SA 3U5YA 3I3DA 4J3SA 1GUVA 1GJWA 3GZAA 4D6DA 4LX4A 1OIFA 1CWYA 1UKTA 4J27A 4W7WA 3W81A 4J7RA 2XG9A 2OWWA 2BY1A 4JFTA 1OGSA 1CENA 1TA3B 1JDDA 4CVWA 2J79A 1Q6FA 1OD0A 2YLLA 1JAKA 2QLYA 3FHQA 3VO0A 2DSZA 4JFVA 1FH8A 3OGVA 2X0HA 1PEZA 2VRJA 1X6NA 4M80A 2CKRA 4UFIA 2DT1A 2ZX8A 3ARUA 4R5EA 5I24A 4NZCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCW A;  2UWF A;  4D6C A;  1J0Z A;  4Y7E A;  1QVB A;  3L4V A;  1JYW A;  1W2P A;  4M82 A;  2VUY A;  4Z2K A;  3T2P A;  5HOS A;  4Q7N A;  3WQ4 A;  3MUI A;  4JHZ A;  4WJX A;  1MXG A;  5JIP A;  4UFL A;  2ZXA A;  4HPG A;  2ZUS A;  1W91 A;  4PYS A;  1GOO A;  2BNJ A;  3GXD A;  1BSI A;  1F4H A;  1OB0 A;  4B9Y A;  2EPL X;  3A4X A;  5E0F A;  2G3M A;  4TTG A;  1DTU A;  1UKO A;  3T0B A;  4D6F A;  1I75 A;  1H11 A;  4CN4 A;  2JFE X;  3A47 A;  3VM7 A;  3N1A A;  1CNV A;  3UET A;  3TA9 A;  3RCN A;  1C92 A;  4LYP A;  1J18 A;  1WZA A;  3BAY A;  1B3Z A;  2CNC A;  1VFM A;  4AY1 A;  2VQT A;  4MNM A;  4D1J A;  4ACZ A;  5I3D A;  2CCR A;  2Q8X A;  5AY7 A;  3I3E A;  2VCA A;  2PWF A;  5E6Z A;  9CGT A;  4J28 A;  2YDR A;  1R87 A;  1JFX A;  3WD3 A;  3MS8 A;  4M24 A;  3RIK A;  4CGT A;  4NI3 A;  2GDV A;  2Y2W A;  4N0R A;  1L8N A;  3VDA A;  3EDK A;  3WIJ A;  4LQ1 A;  4GZI A;  3F5J A;  4WSK A;  1E4L A;  3L2M A;  1BG4 A;  3L4Z A;  4E4P A;  2BV9 A;  3CZE A;  3AFB A;  1MQP A;  5BRP A;  2EPM X;  5IXE A;  4C7D A;  2WKG A;  2J7C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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