2VRJA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with n-octyl-5- deoxy-6-oxa-n-(thio)carbamoylcalystegine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Molecular Basis for Beta-Glucosidase Inhibition by Ring-Modified Calystegine Analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vrjA00
4GPNA 2PB1A 3A47A 3N15A 3W28A 4HZ8A 1F4HA 3KWXA 4GZEA 2XJ7A 1CIUA 2Z1KA 4R27A 5FIPA 4E8CA 3SCVA 3GBEA 4WSJA 5A6BA 3VMPA 3VKKA 1W3LA 3AIEA 1E73M 4GQRA 4FK9A 1J01A 3AIUA 1PZ3A 5D9MA 2WPGA 3PHAA 2WLYA 1CENA 2W92A 3AIWA 4W7WA 4UR9A 4X0NA 1HVXA 2E9LA 4PMYA 4P7NA 2O9RA 2VCBA 5CXPA 5DMYA 5C8BB 3GXFA 4AC1X 1XGZA 5EB8A 4JL1A 2VURA 4R5EA 4X9YA 2V38A 3VUPA 1VF8A 1TG7A 4HP5A 1P6WA 1FFQA 1E70M 3ARRA 1XRVA 1BG9A 1J10A 4MNJA 3SURA 3F4VA 1AVAA 1W2VA 4ZXOA 1Y7VA 4LXFA 4ZE5A 3OZPA 4J3TA 3K8KA 7CGTA 3GYCA 1E6PA 1LQ0A 5CLWA 3BCFA 5HXMA 3RIKA 1US3A 2WC3A 3ARQA 4NF7A 3WEMA 4UOZA 4OZOA 3CZJA 1KR0A 1JAKA 5D9PA 3VTRA 3VOCA 2XSBA 3N9KA 2VT0A 1ISVA 5AC4A 4PTXA 1OGGA 4UOJA 2GUYA 3TTQA 1CXKA 2QMKA 4D71A 4KMQA 3PZQA 1QBAA 2HVMA 1DWAM 3GH5A 3WF4A 2WHLA 3OZOA 2WWCA 3EDKA 1C3FA 2VX7A 3VPLA 1JD9A 1HJXA 4M8UA 3MKKA 1TA3B 4LYQA 2EPKX 1NOFA 4GO8A 1R8LA 1CXFA 1W3HA 2OYKA 4F9JA 1W1YA 1LLOA 4CVWA 1UD8A 1LL6A 2YKKA 2WCAA 1EQCA 2GK1A 3U7VA 2W91A 3ALFA 5BXSA 3EMCA 4GZJA 3CZEA 1GQIA 2BV9A 1E4LA 3AOFA 4AZGA 5C71A 1LJYA 1CTNA 1CXLA 1W32A 2QPUA 1G94A 2X0HA 2WSKA 3GDBA 1UA3A 1QHPA 3VDBA 4AD1A 5BYWA 3AIQA 5ABFA 1PZ2A 5JBFA 1BYCA 3MANA 3IAPA 1ZS2A 5CPTA 1BSIA 3B9EA 2OWXA 4DUVA 1ZBCA 2EXOA 5AC5A 2DIEA 3VX0A 1HL8A 3VGDA 2A3HA 2ZX5A 2VVSA 2VRJA 3N12A 1J0YA 1J0IA 1JYXA 4M24A 4FLRA 3CHEA 1XHGA 2PF0A 5D8WA 1JGIA 1S46A 5E0CA 1HKIA 1UHVA 1J11A 3CUHA 1J0KA 4XX6A 3RJYA 1CXHA 1CGVA 3CUIA 5HDRA 1JG9A 2YA0A 4WLCA 3W4RA 4UFHA 3AS2A 4EANA 2CHOA 1MQRA 3POCA 3VIOA 2RGMA 2A3AA 1BYDA 1EHAA 1GQJA 2BHZA 4JKMA 1CBGA 3GNOA 1TMQA 2DSZA 4ACZB 2E8YA 1W9XA 2BFGA 4DWSA 4IISA 2WHJA 4W86A 1HN1A 2CBUA 2DSUA 3ZJKA 4AD4A 5FL1A 5I79A 1H09A 1SMDA 4J3VA 5GNZA 4ATDA 1E56A 4IUGA 5BXPA 1E6QM 1K9TA 1OSEA 4JFVA 4J3WA 3NUKA 3AIBA 2XG9A 4ACYA 3AHTA 4F79A 3PTKA 5M03A 1UR9A 2GJXB 4PMZA 3VU2A 1QHOA 1XSJA 2PC8A 4FLQA 3UG3A 3VM5A 1AQHA 2WCGA 4UCFA 1VENA 4GZIA 1D2KA 1LL7A 8A3HA 1E1EA 2RGLA 3QOMA 1JI1A 4CN1A 5I2UA 1UKSA 2W63A 4AD2A 1JI2A 1EA9C 3B9DA 3N04A 1V6WA 3TTOA 5HBFA 3OGRA 1QNOA 1DWIM 5CGTA 3GH4A 2D23A 3QGVA 2PWFA 2O92A 4B15A 1ITXA 4IPNB 5I6SA 5C70A 3WNOA 1C7SA 4AY1A 3K4DA 5CSYA 3ECQA 4QLJA 5A6LA 1KCKA 1PEZA 5A6SA 4B16A 1V3LA 4DUWA 3BAJA 3W27A 4YPJA 3HN3A 3UG5A 1NWUA 1ISWA 3VGGA 1UR1A 3FY1A 3GNPA 1JDCA 3K46A 3B9AA 2OSWA 2J4GA 3VIGA 1XYFA 4KH2A 2XYLA 2VX6A 2DPEA 3S6TA 3ALGA 3BAIA 1UWSA 4Z2HA 5BCAA 1TFVA 2DT0A 3AJ7A 4OBSA 6TAAA 1XH0A 2ZX8A 1SMAA 4U3AA 2D2OA 5A8NA 4Z2JA 1E6NA 1HKJA 4DWSC 1KGUA 2YLLA 1HIZA 5DT5A 1MXDA 3WQ6A 1DWFM 2F2HA 1HJSA 3CHCA 4J27A 2PBOA 4PSRA 2XGBA 2JFEX 4MJ4A 1M01A 4PUDA 2VI0A 3OIHA 2UY3A 1OGSA 3K1DA 2E9BA 5IHRA 1OWQA 1OM0A 3CHDA 3RO8A 1A3HA 2Q8XA 4CCCA 4X0VA 4HPGA 2Y2WA 5A6KA 1KGXA 1EO5A 3WENA 4AEFA 5I5RA 2EPNA 2VJXA 2OWWA 3AROA 1Q6CA 1WZKA 2QLYA 4AZIA 1J9YA 2CEQA 2ZUWA 1TVNA 4JAWA 4EKJA 1NQ6A 2WMIA 2XUCA 4MB4A 3AMCA 1XH2A 1MWOA 5LA0A 1HP4A 1XSKA 3VVGA 1MXGA 2AMGA 2E40A 2CKSA 4P8UA 4S3KA 3SIMA 2VMFA 4HZ6A 1VBRA 3JUGA 4YHGA 3FHAA 4AD5A 4D6FA 3WBAA 5IXEA 1R86A 2VZSA 4B3LA 1IZJA 1C8XA 2J8GA 2D0GA 4YN5A 1VJSA 4UQCA 2DT3A 4BQ4A 3PZNA 3ZQ9A 2ZUNA 3WD1A 1MW2A 5I23A 3EYPA 4KGJA 1HJWA 1WDPA 3AI0A 2XSAA 1BFNA 3CUFA 2BVTA 1M03A 3I3BA 3MSDA 1UA7A 1LWHA 2F8QA 3VX1A 2WYSA 4M29A 2XM2A 4W8AA 2ZXAA 3DHPA 1TR1A 1UKQA 3UEQA 1V6XA 3ZT7A 3BC9A 2W4XA 1BVZA 1ODZA 1TE1A 4HPHA 1HKMA 1Q6EA 3BAYA 3TA9A 1JD7A 4QDMA 3D3AA 3RPMA 4W88A 1V3MA 5FCZA 1AMYA 4XZWA 3NIYA 5E09A 3WH5A 3HJEA 7A3HA 1V6VA 1J0HA 2D24A 3ZOAA 4LPCA 4ZXLA 3OLEA 4PCTA 4D1JA 1H1NA 2UY2A 1B3WA 1XYZA 4WKFA 2EEXA 3UR8A 3N17A 1QW9A 3FW6A 3WNNA 3AFBA 3WL1A 1BGAA 3FXYA 1GONA 1ZL1A 1H0GA 3WNKA 3ARXA 2UWFA 2Y4SA 6CGTA 1SYTA 3WIJA 2D0HA 4UZSA 2D3NA 2JF7A 2WANA 4UQ9A 4PMQA 1IV8A 3I3EA 5I0DA 4FF5A 3DYPA 1OGBA 1B1YA 1AQMA 2IXVA 4WK9A 1OT1A 3AHXA 4QP0A 1NWSA 1NWTA 3WH9A 4AXNA 1B90A 3OLGA 2VRKA 4V27A 5FKYA 2JIEA 1PPIA 1X1NA 1E6SM 1GJWA 4D6DA 2XWEA 3ZO9A 1LF1A 2ZICA 1M04A 3SCPA 3EBVA 1BTCA 4RE2A 2WW5A 3WD2A 3WD0A 4QCFA 5AYIA 1C7TA 4GQQA 5E9AA 1H3GA 3N13A 3SUWA 4H41A 1CLVA 3VMNA 2WK2A 3PBGA 1V6YA 1Q6GA 1LWJA 4ZEPA 2DSWA 1UQYA 3RJXA 1H5VA 1E3ZA 4V2XA 1JZ2A 4AW7A 1MQQA 1A47A 1OD0A 5CPSA 5JUVA 1W3KA 2CESA 4MPKA 5A6BD 1QHZA 1QPKA 2X8RA 5EFFA 1BVNP 1KWGA 1BAGA 3CPUA 1ZBWA 4W8LA 3QOKA 4QLLA 4XB3A 1RP8A 4GI6A 1DEDA 1BPLB 3PZ9A 4H8HA 3AS0A 2ZX9A 3DC0A 5I78A 5HPOA 2WWDA 2ZWZA 5CSUA 3WY1A 1I1WA 1GQLA 1EQPA 1JYVA 1JYNA 1OINA 2J7EA 3NSXA 4H8VA 1C93A 1CGWA 2XWDA 1B3XA 3WD4A 3BSGA 1E6RA 2EPOA 3WFZA 1KXQA 1K9EA 5A95A 3L4XA 2W62A 3GBDA 1OD8A 1HJQA 1Q4NX 1NOUA 2ZIDA 5I77A 2YOCA 2ZUTA 3KE0A 1QNQA 3NCOA 3WMSA 3GH7A 2NSXA 3VIPA 2DH3A 4AD3A 3WNPA 3AS1A 3IJ9A 1G01A 3AYRA 3WQVA 1ISZA 2DEPA 1MFVA 4CD5A 3WFLA 3SCTA 1OT2A 1V0MA 1QNSA 1GW1A 1CPUA 1HVQA 2PI6A 2CBIA 4MAZA 4QLKA 1G1YA 4W85A 1WZMA 1XCWA 4HA1A 2BY0A 4AZCA 2TAAA 1NM9A 1VEMA 3WDJA 4M81A 1H0IA 5KEZA 3M46A 3F5JA 1W9BM 4EK7A 1KQZA 3T08A 2E0PA 4J7RA 1B9ZA 4PCSA 3L4YA 3WDQA 1QNRA 5A6JA 4IPLA 8CGTA 3DYMA 4UQDA 4Z2KA 1H4PA 3TTYA 5I3DA 3F5LA 4UFIA 1JZ3A 3OB8A 4PSPA 2DGAA 3K8MA 2QMJA 3DHUA 4CKQA 1DHKA 1QI4A 4AIEA 1GOOA 1O6IA 1EXPA 4OKDA 1DWGM 4MB3A 1RH9A 5JIWA 4W7UA 5M3WA 1BYBA 4QCEA 1K9DA 3OA5A 1JZ5A 3OLIA 4W5ZA 3W81A 3SUVA 4PMOA 2OYMA 1CXEA 1H2JA 2VZUA 4FLOA 4W87A 3K4AA 4PMDA 2XPKA 4GINA 3KEHA 4JFWA 2Z1SA 4TTGA 3IK2A 3ARPA 3IJ8A 1I1XA 2QF8A 3MU7A 1QI3A 5A3HA 5DEZA 2CIPA 2VVNA 5D8ZA 3ZT6A 2GFTA 1HX0A 2WHKA 1B30A 2J79A 3WF1A 3M7SA 2CETA 5CPQA 1ZB5A 1LL4A 2WBKA 1EGZA 3BMWA 5IDIA 1ZBKA 1FHDA 2JEQA 2YL6A 1TVPA 3DYOA 2J74A 3U7BA 4DWSD 3NDYA 4AD0A 2VOTA 4E2OA 1HL9A 2V5CA 2YL5A 4HMEA 3W38A 1GOMA 2WXDM 1NP2A 3TOPA 2A3BA 4PTMA 3BSHA 1GHSA 2G3MA 5A8MA 2D22A 1R7AA 2WMGA 4L4PA 3ZJ8A 1LG1A 2X1IA 1BHGA 3E1F1 3VD4A 4BQ5A 5GNXA 2D3LA 4ZE4A 3CHFA 3RMEA 2WZEA 1GORA 1UQZA 1CGYA 4CD8A 4UFMA 3POHA 4UFLA 3SUSA 3IANA 4WKAA 1UG6A 1GCYA 3SUTA 1UKOA 2XVPA 5E6YA 3G6MA 1V6UA 4FMVA 3QHMA 3VIFA 5HPCA 3AIVA 4NI3A 1JDDA 2WB5A 2G4FA 2DT2A 5A2CA 4M1RA 3W82A 1O7AA 1E6ZA 3CGTA 1GVIA 2E8ZA 3PZTA 3BAKA 2NT1A 2WZHA 2O9PA 4JHZA 5D4YA 3WH7A 1UD2A 2NW0A 2VQTA 3AS3A 1K6AA 1J0JA 1MQPA 1DWJM 1HT6A 2EQDA 4BZYA 3VNYA 1CNVA 1KWKA 3AYSA 3LMYA 4MNLA 3GZAA 1E55A 2XFYA 4DM2A 5E0FA 4PMUA 3VGBA 3BGAA 3ZMRA 4N0RA 1Z32X 3VDAA 4HU0A 1RP9A 1I75A 2E3ZA 5I24A 1WE5A 1VJZA 3NSMA 1E4IA 5CG0A 1FA2A 1BYAA 2ESCA 3GXMA 1E1FA 2J77A 3MV01 1CXIA 2DSVA 4W5UA 5M5DA 1JFHA 4W8BA 5D9NA 4J3XA 3W26A 2J7FA 1KXTA 4GI8A 3WF0A 1VFOA 2J7CA 1ISXA 2IXUA 2GJPA 3VIMA 1XSIA 2BXYA 3BXWA 1TA3A 3N11A 1IZKA 4BA0A 3AIRA 1UKTA 2BY3A 3A6OA 4LYRA 3RCNA 1UR4A 4ATWA 3RM8A 2Y5EA 3WQWA 2J7DA 3NJ3A 4ML4A 2CHNA 3WUFA 4JKLA 4HOWA 3I3DA 2OSYA 3WDIA 3AMDA 3CZGA 1UR0A 3GXIA 2ZUVA 4UNIA 1DWHM 4JFSA 3WDRA 4YHEA 3W25A 2JIWA 1M53A 4S3JA 2O9OA 3CZKA 5AYBA 1L8NA 1EOKA 3OBAA 5CQ1A 5TD4A 2WVVA 1E4NA 1E3XA 4OOUA 1HJUA 4BS0A 2F61A 2WLZA 4WIWA 4A3YA 1K9FA 1B2YA 2VCAA 4H04A 3WH8A 1UD5A 4Y7EA 1SR0A 3IAQA 3BLPX 1EIBA 1PIFA 3UG4A 3WL0A 3G6LA 2OSXA 4QAWA 4B9YA 2D1ZA 4Q7NA 1KBBA 1VIWA 2FGLA 4MDOA 4CCEA 2V3FA 3CBWA 1GOWA 1BLIA 1KCLA 2AAAA 4GKLA 1W9PA 4C7DA 3PZIA 3TTSA 3AZRA 4MADA 1CGXA 4EE9A 3IJ7A 3NYDA 2IUZA 1FH8A 2J7GA 4HTYA 4TUFA 2EJ1A 2CITA 1CECA 1GPFA 4OOZA 4BF7A 3WKZA 4PMVA 2G8ZA 4JCLA 1E5NA 3N1AA 4WSKA 4F66A 1NARA 1EDTA 2FH8A 3L4VA 3VGHA 3WH6A 1UD4A 1XH1A 2PWEA 4AZ7A 4AEEA 3SCUA 4NSBA 1PAMA 4JHOA 4TOQA 1W2PA 1PX3A 1UR2A 1GOIA 5A69A 3VDHA 4LQ1A 5E6ZA 4HOZA 1V08A 3T0DA 4PEEA 2X0YA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GPN A;  2PB1 A;  3A47 A;  3N15 A;  3W28 A;  4HZ8 A;  1F4H A;  3KWX A;  4GZE A;  2XJ7 A;  1CIU A;  2Z1K A;  4R27 A;  5FIP A;  4E8C A;  3SCV A;  3GBE A;  4WSJ A;  5A6B A;  3VMP A;  3VKK A;  1W3L A;  3AIE A;  1E73 M;  4GQR A;  4FK9 A;  1J01 A;  3AIU A;  1PZ3 A;  5D9M A;  2WPG A;  3PHA A;  2WLY A;  1CEN A;  2W92 A;  3AIW A;  4W7W A;  4UR9 A;  4X0N A;  1HVX A;  2E9L A;  4PMY A;  4P7N A;  2O9R A;  2VCB A;  5CXP A;  5DMY A;  5C8B B;  3GXF A;  4AC1 X;  1XGZ A;  5EB8 A;  4JL1 A;  2VUR A;  4R5E A;  4X9Y A;  2V38 A;  3VUP A;  1VF8 A;  1TG7 A;  4HP5 A;  1P6W A;  1FFQ A;  1E70 M;  3ARR A;  1XRV A;  1BG9 A;  1J10 A;  4MNJ A;  3SUR A;  3F4V A;  1AVA A;  1W2V A;  4ZXO A;  1Y7V A;  4LXF A;  4ZE5 A;  3OZP A;  4J3T A;  3K8K A;  7CGT A;  3GYC A;  1E6P A;  1LQ0 A;  5CLW A;  3BCF A;  5HXM A;  3RIK A;  1US3 A;  2WC3 A;  3ARQ A;  4NF7 A;  3WEM A;  4UOZ A;  4OZO A;  3CZJ A;  1KR0 A;  1JAK A;  5D9P A;  3VTR A;  3VOC A;  2XSB A;  3N9K A;  2VT0 A;  1ISV A;  5AC4 A;  4PTX A;  1OGG A;  4UOJ A;  2GUY A;  3TTQ A;  1CXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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