2VRJA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with n-octyl-5- deoxy-6-oxa-n-(thio)carbamoylcalystegine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Molecular Basis for Beta-Glucosidase Inhibition by Ring-Modified Calystegine Analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vrjA00
1W1TA 2XVNA 4DUVA 2CPUA 3VGEA 4AZ7A 1UZ1A 4V2XA 3OZOA 2W67A 1MVYA 1W9BM 1LWJA 2BS9A 4EAMA 3A4XA 1GJUA 3WH7A 5D4YA 3W4RA 1UG6A 4JFUA 3EMCA 1CXFA 1GORA 4XZBA 1HX0A 3WFZA 1M7XA 1JYVA 2WK2A 3VD5A 4J3SA 3MUAA 1KGUA 3UR8A 4PMVA 1UA7A 1JXKA 1VBUA 1FA2A 3EBVA 2WMGA 3PTKA 4R5EA 2VZTA 2O92A 3LMYA 2O9PA 5D9OA 2VX4A 5CXPA 3ZO9A 4NRRA 2YJQA 3WF3A 1HKKA 1KFWA 3BLPX 2ZUNA 3WBEA 3AQUA 4BF7A 3SCOA 1H2JA 3SCQA 1IV8A 4PEEA 3ZT7A 5A69A 1DTUA 1E73M 3PHAA 1YQ2A 2CBVA 1QNOA 4TTUA 5CLTA 1BHGA 3TA9A 2VZUA 6CGTA 1DWJM 3ZSSA 4JFTA 4H8UA 1OINA 2D3NA 2O9TA 2QHAA 4HMDA 1U30A 2XIIA 4CUCA 1GCYA 1X6NA 3ARTA 1XSJA 2W62A 4MNMA 2DGAA 3VIIA 3OZPA 5BRQA 1OCQA 2WMIB 1E71M 3WFLA 3PZTA 3VDBA 4MNLA 3W29A 2A3HA 2BY1A 1OGGA 1ZBWA 3W6LA 2NT0A 3WQWA 5HXMA 2OLHA 3BMWA 2XFFA 1WE5A 1DEDA 1V0MA 1OGBA 3T0DA 1CGTA 2CBJA 1MXGA 4CD8A 4AIEA 3MS8A 4TVDA 4PTMA 3WDRA 1CXKA 1EQPA 3CZKA 2DT0A 1RP9A 2DEPA 3D3AA 2J7BA 2WPGA 3VU2A 1WDQA 2DIJA 2E9BA 3ARVA 4H7VA 4PMOA 2DT2A 3WNPA 4Y7EA 4PN2A 3PZIA 4H8HA 1ISZA 3W6MA 1BGAA 4MB1A 1JYXA 1SMAA 3K46A 1GQKA 5I77A 3CMJA 3F4VA 2J7FA 3AIQA 4MJ2A 1Q4NX 3NJ3A 5HBFA 3PN8A 1E0WA 2GVYA 4PSPA 3NDYA 1HJSA 3WY1A 3TTSA 3VX0A 1EGZA 5CPTA 1US3A 3WD4A 1W1YA 3VILA 3PZOA 3S6TA 2W61A 3BXWA 2PWDA 6TAAA 2VRJA 3POCA 4ACZB 1UUQA 4OBRA 4UFHA 3HJEA 3BH4A 2UY4A 4FK9A 3VM7A 2Y8KA 2VURA 1FOBA 2D23A 4FLQA 3WEMA 1ZB5A 1B3YA 1VIWA 3PZ9A 1TVPA 4AD5A 3TTOA 2BFGA 3VIHA 5I2UA 5D8WA 1LF1A 3MUIA 4PMYA 4CGTA 1NH6A 4ZXLA 4GO8A 2J8GA 2WSKA 1VFMA 1Z32X 4IM4A 4TXEA 1E70M 3UG4A 1KXVA 5EFDA 3ZOAA 2VJXA 1L0PA 3WDQA 3AZTA 4M29A 2D0HA 1ISVA 4CD7A 1EQCA 1UR4A 1NOWA 1H0IA 2CIPA 3VO0A 1GQJA 2VR5A 2QMJA 3B9EA 1GJWA 1ZBCA 1UKQA 3VIMA 2WVTA 1U2YA 3POHA 5LA1A 4LPCA 1JXJA 2JE8A 2GDUA 3OG2A 1JGIA 3ZT6A 2GUYA 5JBDA 1EH9A 1M04A 1LLOA 1H49A 1V6UA 1UZ4A 3CZLA 4KMQA 3WF0A 1DHKA 5A8MA 1C8QA 1G94A 5BYWA 5E70A 1OT1A 2VVNA 4AZHA 2YL8A 2YA1A 1QHZA 3RILA 2PBGA 1CZ1A 1E6ZA 1E9LA 4ZE5A 2CXGA 5A6LA 3AHTA 1WO2A 1E4LA 4W84A 3WSUA 5A8QA 4UFLA 2WYSA 3CMGA 1FP8A 4DWSB 2VZSA 3ARQA 5EBAA 3EMQA 1VFUA 5M3WA 1CEOA 4S3KA 1W3JA 1EDTA 1J0YA 2YA0A 2NW0A 2X1IA 3F5KA 4WKFA 4ATDA 1AQMA 1G01A 3KE0A 1D3CA 3VNYA 3CUHA 3G6MA 1CXIA 1JFXA 3N11A 1Q6GA 2WZEA 3KL5A 5BCAA 3AIVA 1CWYA 3W25A 4YHEA 5A8PA 5I3DA 3BSHA 3IK2A 2PBOA 2NT1A 3VPLA 1MQQA 1BSIA 1WDRA 1OT2A 4AY1A 1HKJA 1E3ZA 5I6SA 2B31A 1ZBKA 4OJYA 2BHYA 9CGTA 4PMXA 3WMSA 1JZ6A 5CLWA 2CKSA 2WMIA 3WH6A 3PBGA 5A2BA 2J75A 1TA3B 1CGYA 2DQXA 3II1A 3L4TA 1GHRA 1C8YA 1H09A 4UCFA 1MFVA 3K4DA 5BXTA 3FN9A 4MAZA 4UFIA 5IHRA 4W5UA 4W85A 2PB1A 3W0KA 3MSDA 3WD1A 4PTVA 4MB5A 4WKHA 5I0DA 2CHOA 2VO5A 4HOWA 4AIUA 1WAWA 1LL7A 4AYSA 4QCFA 4E2OA 1JZ5A 1PIGA 2V5CA 4PCTA 1JF5A 4PRWA 5CJ5A 1FFRA 4PMQA 2OWCA 1XSIA 1W1VA 4PSRA 1W2PA 1JF6A 4CU7A 1IZKA 2WHJA 1R86A 1MXDA 3MU7A 4BQ4A 1OGSA 2XYLA 1H11A 5E9AA 2XWDA 4TX6A 4AD4A 1QI5A 4OKDA 2WZHA 3L4WA 3CZJA 3TP4A 3SURA 4F8XA 2VVSA 3G6LA 5D9MA 3SUSA 3O6AA 2DIEA 4NSBA 1ISWA 2VQTA 1YHTA 3I3EA 1J11A 3NYDA 4PUDA 2YBUA 3RPMA 5GPRA 5BROA 2XTKA 3NDZA 1AMYA 3F5JA 1VEPA 5LA2A 2PWEA 4GQRA 2CNCA 5CPQA 4UQAA 3MV11 3CHDA 1PEZA 3EYPA 4HU0A 4UTFA 2QMKA 5IHSA 3WEOA 3AIUA 4W7VA 1B90A 2VR4A 3PZUA 1JNEA 4V28A 4Z2LA 4U2ZA 5IFTA 4UNIA 1E72M 3OBAA 3AYRA 3VD3A 7CGTA 1F4AA 1QBAA 2F8QA 1E0VA 3AHZA 1NQ6A 1I1WA 3BAWA 5EFFA 2W4XA 4HU8A 2ZIDA 2WVVB 3BMVA 5D8ZA 4CCDA 1JAKA 2VTFA 2OSXA 4HZ6A 3T08A 3VGHA 1QVBA 2JEPA 3QOMA 1B3ZA 1KCLA 8CGTA 1KXHA 4BQ2A 4X0VA 5A8NA 2W5FA 1B3VA 1VFOA 1HF6A 2HISA 4U2YA 3SUUA 3SCUA 4RE4A 3FHAA 5DEZA 3W28A 1HJUA 3DYOA 1TVNA 1H4PA 2G4FA 3WH5A 3MUZ1 3WF1A 4JCLA 4XUYA 1O6IA 3CBWA 4ATLA 4D6DA 3CPUA 2CKRA 5C8BB 3WMBA 2EPMX 2E4TA 1U33A 5A6AA 1CIUA 1GPFA 2VT0A 4GI8A 1CPUA 2VCBA 2YIHA 2ZUMA 3GXFA 2J47A 4W7UA 3MMUA 4MPKA 5BXPA 1GNXA 2XVKA 1WZMA 4AD1A 4P7QA 4CD4A 1VEMA 3TTYA 1KWGA 1JYNA 5CQ1A 2WCGA 4JFSA 2D1ZA 1XC6A 2Q8XA 4E4PA 3AIRA 2BY3A 2VNCA 2XFYA 1J0ZA 2E40A 2OYMA 4DM2A 1OD8A 2QPSA 4HA4A 3PTMA 1R85A 2BHZA 2W66A 2X2YA 1XH1A 1DWGM 1RPKA 1DP0A 1HKMA 1KR1A 1VB9A 2DDXA 1TA3A 3AS2A 5A95A 3MV01 1GOMA 1VEOA 5IDIA 2G41A 5AY7A 3WENA 3VX1A 3BAJA 1Q6DA 3WIJA 2Y5EA 4ZEPA 2XM1A 1B30A 2OYLA 2CYGA 3VGFA 2DSKA 3PTQA 3AROA 4CN4A 3WD2A 2DSVA 5C71A 3W53A 2JFEX 3QR3A 1VJSA 3VD7A 3VM5A 1K9TA 4V27A 2EJ1A 4CCCA 2WVUA 1E3XA 3CH9A 1BFNA 2YKKA 1J0IA 3W38A 7TAAA 4GO9A 2UY3A 1EO7A 2VOTA 3WF4A 4P8UA 1UKPA 1FFQA 2V3FA 1UD2A 1E6NA 3IAPA 1W9VA 1ZU8A 4Q22A 2ZUVA 4YHGA 3RJXA 3FNDA 5HDRA 1B3XA 3RCNA 1MFUA 3VGBA 2XJ7A 2WKGA 3SCVA 2YL5A 1QNQA 1XH0A 1VAHA 4QCEA 2E8ZA 3PZNA 2ZOXA 2XFRA 3VD9A 1XRVA 3N04A 4DUXA 3TOPA 4DWSD 1HP4A 2G3IA 1HL9A 4D1JA 1ODZA 1UD8A 1VJZA 3KWXA 2J78A 3CUFA 3VGDA 4W88A 4A3YA 3FAWA 2MANA 3RJYA 3L4VA 1I1XA 1QI3A 4RE2A 3WUBA 3RO8A 5FL1A 1KQYA 3A4AA 2E3ZA 2PC8A 5M5DA 4ML4A 1W9PA 3ARSA 2OWWA 1KQZA 1L8NA 1GQLA 2WMFA 2EEXA 3UETA 2FH6A 3AOFA 1J18A 2QF8A 8A3HA 1JI1A 1WB0A 5HNNA 3QHOA 2BVDA 2WVVA 2FDMA 2ZX6A 1Q6FA 2WCSA 2C8NA 4D6GA 4FLRA 5A6KA 5LA0A 3IAQA 3DC0A 1CGXA 1KCKA 3OGVA 4C7GA 2ZXBA 3T0BA 3AXHA 4Z2GA 1E6SM 3HMCA 5D9PA 1J0JA 4TTGA 2FHFA 3HN3A 4FLOA 1ZJAA 1H0GA 5FD0A 2YBTA 3VIJA 3N12A 5A2AA 3WKZA 1KGXA 2IXVA 2QLYA 5E6ZA 2XHYA 3NIYA 1SFSA 1UR2A 2ZUWA 4WJXA 2WHLA 3OB8A 1XD0A 3WNOA 2XM2A 2J4GA 4D6HA 3N13A 3EDKA 1M01A 2WVSA 4GINA 1EXPA 4C7FA 3CTTA 3ZJ6A 2CERA 5FIPA 2WC3A 4PTWA 5AC5A 3AXXA 3ZIZA 1LL4A 2XWEA 2BV9A 2NSXA 3VDCA 1MW0A 3RM8A 4CN1A 4BZYA 4GPNA 1QPKA 3LPFA 4RL3A 2JF7A 4QLLA 1ZBVA 4W93A 5C70A 3W82A 4LQ1A 3T2QA 3WH9A 5IFPA 2WSPA 1HJWA 5JIPA 4J3UA 4CU8A 4HTYA 1V0LA 2VI0A 3SUVA 2EQDA 1CNVA 1EA9C 2Y8VA 2O9OA 1PX3A 1CECA 2VRKA 1UYQA 2D0GA 4M82A 4HMEA 5ABEA 1JZ8A 3ZJ8A 3U7VA 2WWDA 3K8MA 1MYRA 3K8LA 4B3LA 1RH9A 1CYGA 1PZ3A 1WZKA 1ISYA 2WHKA 2FGZA 1QI2A 4KH2A 5AYIA 3ARUA 1E1FA 4NZCA 1ITXA 1WPCA 5I79A 3WUFA 3D5HA 4HZ7A 1UR8A 5BXSA 1HXJA 1GOIA 2PF0A 4U31A 2JALA 4Z2IA 4LX4A 1VENA 3S2CA 3F5LA 4GI6A 5A6BA 1WCGA 4WF7A 1ZL1A 2W92A 4W8LA 2FHBA 3U7BA 1QI0A 2IUZA 1KGWA 5GNZA 1EIBA 1QNPA 1PX4A 3AFBA 3SCRA 4P8XA 1JL8A 2XGBA 3WDPP 4AZCB 1R87A 1UWSA 1FH9A 3ECQA 3WELA 4GZJA 4P7OA 3LPGA 3UERA 3SEPA 1X6LA 3AMGA 3K4AA 4J3XA 3WL0A 1IT0A 4W7WA 1UWTA 3CZGA 2OYKA 1JDCA 3N9KA 3NUKA 3OA5A 4B3KA 3ZSTA 4TX8A 2WLYA 1IZJA 1XV8A 2G8ZA 4UOJA 1E5JA 3GDBA 4AD0A 1N82A 1JDDA 2DT1A 4EE9A 2WC4A 1W32A 3AZRA 3AS1A 1MQRA 1KBBA 1KXTA 1H41A 2J8FA 1E4MM 1R7AA 2WC7A 3LPPA 2UY2A 1WZAA 2OWXA 1GVIA 1VRXA 3WQ8A 1GONA 2WNWA 3CHFA 1WKYA 1SMDA 3I3DA 1UKSA 4HPHA 4M8UA 3AHXA 4MB4A 4TOQA 3SCWA 3B9DA 4AISA 1OM0A 2ZX5A 1PJ9A 3IJ7A 2AAAA 4QAWA 1BVNP 1LL6A 1NARA 3EDJA 2C0HA 1TFVA 3T0AA 1AVAA 4FLSA 3VDHA 1TG7A 2BVTA 1B2YA 3W37A 4CN6A 3W26A 1PAMA 3GBEA 5HPCA 3ZJ7A 1E6PA 4R27A 4XB3A 1KXQA 1H1NA 3J7HA 1C3FA 2WBKA 1HKIA 1QHPA 1LJYA 4C7DA 2D0FA 4GQQA 3WBAA 5FOOA 1C8XA 1UWUA 4JCMA 2WZIA 7A3HA 4ZXOA 1JZ7A 4NF7A 2RGLA 5A6MA 1BLIA 4AD3A 2PWGA 3MANA 3QOKA 2VQUA 4DWSC 1V6YA 1V3JA 3CO4A 1B0IA 4QFUA 1AQ0A 3WNKA 1ZJBA 1NM9A 4YN5A 1HJXA 3SCTA 1C92A 2TAAA 4F66A 4MB3A 5EMYA 1NWSA 2BXZA 2VX5A 3AJ7A 5DMYA 4J27A 3GH4A 3BLKA 4J3TA 1C7TA 1V3IA 2VC9A 1V3MA 1UWQA 3DYPA 1JFHA 3EMZA 1V0NA 4GXPA 1LQ0A 3AS0A 1CGWA 1OIFA 2F61A 4UFMA 2WW5A 4MAVA 2W63A 1QI4A 3WQ6A 4L4OA 2YDQA 4AD2A 1JDAA 3L4ZA 5DFAA 2G3NA 4E8DA 2FHCA 5A2CA 1KWKA 1AQHA 1XH2A 4P7RA 2W91A 3W24A 2A3AA 2VCCA 1BPLB 4LYPA 3CLWA 4P8WA 2EPNA 3MMDA 3NCOA 3ARXA 4W8AA 3VVGA 1V03A 4M24A 4W5ZA 2EPKX 3A6OA 3N18A 5CSYA 1XGZA 4PYSA 1JAEA 2WMJA 4UQBA 1UA3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W1T A;  2XVN A;  4DUV A;  2CPU A;  3VGE A;  4AZ7 A;  1UZ1 A;  4V2X A;  3OZO A;  2W67 A;  1MVY A;  1W9B M;  1LWJ A;  2BS9 A;  4EAM A;  3A4X A;  1GJU A;  3WH7 A;  5D4Y A;  3W4R A;  1UG6 A;  4JFU A;  3EMC A;  1CXF A;  1GOR A;  4XZB A;  1HX0 A;  3WFZ A;  1M7X A;  1JYV A;  2WK2 A;  3VD5 A;  4J3S A;  3MUA A;  1KGU A;  3UR8 A;  4PMV A;  1UA7 A;  1JXK A;  1VBU A;  1FA2 A;  3EBV A;  2WMG A;  3PTK A;  4R5E A;  2VZT A;  2O92 A;  3LMY A;  2O9P A;  5D9O A;  2VX4 A;  5CXP A;  3ZO9 A;  4NRR A;  2YJQ A;  3WF3 A;  1HKK A;  1KFW A;  3BLP X;  2ZUN A;  3WBE A;  3AQU A;  4BF7 A;  3SCO A;  1H2J A;  3SCQ A;  1IV8 A;  4PEE A;  3ZT7 A;  5A69 A;  1DTU A;  1E73 M;  3PHA A;  1YQ2 A;  2CBV A;  1QNO A;  4TTU A;  5CLT A;  1BHG A;  3TA9 A;  2VZU A;  6CGT A;  1DWJ M;  3ZSS A;  4JFT A;  4H8U A;  1OIN A;  2D3N A;  2O9T A;  2QHA A;  4HMD A;  1U30 A;  2XII A;  4CUC A;  1GCY A;  1X6N A;  3ART A;  1XSJ A;  2W62 A;  4MNM A;  2DGA A;  3VII A;  3OZP A;  5BRQ A;  1OCQ A;  2WMI B;  1E71 M;  3WFL A;  3PZT A;  3VDB A;  4MNL A;  3W29 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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